KuboLog 2005-10-16

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2005 年 10 月 16 日 (日)

0700 起床．朝飯．コーヒー．

井田君のマルハナバチ訪花シミュレイション，もののためしとて R で書いてあるのを Perl で書き直してみる (時間測定のため中核部のみ)．この移植作業には一時間ほど必要だった．

計算時間は R だと一試行 (= 100 花序訪問)およそ 36 秒らしい (井田談)．これはお茶部屋 iMac (PowerPC G4 1.0GHz, MacOS X 10.3) による測定． Linux 上の R だともっと速いはずで，いま私の ThinkPad X31 (PentiumM 1.6GHz, VineLinux 3.2) で計ってみると (system.time(...)) …… 11 秒ぐらいか． MacOS X はよけーなことばかりやってるから遅いのか? まあ，カーネルによる資源分配の方針が違うってことなのかもしれんけど．

それでは ThinkPad 上の Perl だと …… 6 秒ぐらい．言語のちがいでこれぐらい速くなるのはまったく当然．ということで，処理の手順はほとんど同じであっても OS と言語をかえるだけでで 6 倍の高速化はできた (CPU のちがいを考えると 4 倍ぐらいか)．

ThinkPad 上の R → Perl で二倍ぐらいしか速くならん …… これは思ったほど速くなってない．たぶん R が関数間での「参照わたし」をかなり多用してるんだろう，と思うんだけど．しかしふつーの参照わたしでもないはず．このあたり，私にとって R 最大のナゾなんだよね．だれか ``Effective R'' とかいった Effective 本を書いてくれんかな．

しかしながら，高速化されたとはいえ Perl プログラム 100 試行で 10 分， 1000 試行だと 100 分かかることになるので …… うーむ，まだ「遅い」かも．

R → ケガれ言語 Perl 移植作業は予想どーり手ばやく片づいたわけだが (つまり移植やりやすい，ってこと) …… これを呪われ言語 C++ に移植するとなると少なくともまる一日を費すだろうな．そして呪語をもちいたからといって，がんばってもせいぜい 3-4 倍の …… いやはや．とりあえず放置．

1125 自宅発北大構内走．今日もゆっくり走る．とゆーか北大構内走は常にゆっくりである． 1235 帰宅．体重 74.0kg．うーむ．重いまま．昼飯．怠業．洗濯．

1600 自宅発．曇． 1810 研究室着．

粕谷さんから科研費申請に関する問い合わせが．今回は自分では出さずに，粕谷さんの分担者になるんで．問い合わせに回答するべく，研究者番号などまとめてるこのあたり参照 (さらに暗号化した別の個人情報ファイルもあるんだが)．

[Gmail ちょいす]

粕谷さんへの返信 (私が書いたもの) をなんとなく Gmail 上でながめたら， 親切にも 「関連ある記事」を示してくれていた．メイルの文中に科研費うんぬんと書いてあるだけなのに ……

マルハナバチ訪花シミュレイション， A801 の Dell デスクトップ機 (Pentium4 2.4GHz, Vine Linux 3.2) で計算したら，とうぜん ThinkPad より速くなる．それはいいとして，だ ……

ふと思いついて ThinkPad X31 上の Vine Linux 上で動作する VMware (PC emulator) 上のゐんどーづ XP 上で計算させてみたら，なぜか Linux 上で直接計算するよりかなり速い，というすごくしょっきんぐ なことがわかってしまった …… 何で emulator 上の OS に負けるんだ． (後記: これは VMware 内の clock がヘンであるため，とわかった …… 10/18 参照)

	[R 版]	[Perl 版]
[ThinkPad X31] PentiumM 1.6GHz (Vine Linux)	11 秒	6.0 秒
[ThinkPad X31] (Cygwin on WinXP on VMware on Linux)	5.1 秒	3.9 秒
[Dell desktop 機] Pentium4 2.4GHz Vine Linux	6.4 秒	2.3 秒

VMware って同じ CPU 同じ Linux カーネルで動作する単なる一ソフトウェアに他ならない．とすると Perl の差か? Vine と Cygwin でそんなに違うのか? SiteTMYM や Radium Software などのありがたい記述を参考にして， $HOME/.rpmrc を設定して perl の rpm -ba にとりくんでしまう．これまた時間かかる．

しかし結果はよろしくなく，ほとんど改善されない．というか，下手するとさらに悪化する場合もある，と確認できてしまった．うう．

R も再コンパイルしてみたんだが …… こちらも多少マシになったぐらいか．

ThinkPad X31: 11 秒が 8.5-9.5 秒ぐらいに．
Dell desktop 機: 6.4 秒が 5.4-5.8 秒ぐらいに．

なぜかしら， R は測定値のばらつきが大きい．

院生の PC 上で使うと，明らかにゐんどーづ用の R とか動作がニブいのになぁ，数秒で終わる計算じゃなくて数十秒とかになると結果が変わるんだろうか，などといぶかしみつつ 2320 研究室発． 2335 帰宅．晩飯．

[今日の運動]

北大構内走 70 分間．

[今日の食卓]

朝 (0810): クロワッサン．
昼 (1300): タマネギ・ニンジン・卵の焼きそば．
晩 (2420): 米麦 0.7 合．ニラ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁．塩サバ電磁波蒸し．

ぎょーむ日誌 2005-10-16

2005 年 10 月 16 日 (日)