ぎょーむ日誌 2005-10-19
2005 年 10 月 19 日 (水)
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0840 起床．
朝飯．
コーヒー．
昨日あれこれ放置した問題にとりくむ
……
1000 自宅発．
晴．
1015 研究室着．
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で，
朝から泥沼にはまりこんでるのは「密度」の問題．
昨日，
苫小牧の平尾君が新しい計算結果とか送ってくれたんだけど，
見ているうちにいろいろわからなくなってきた．
というかそもそも難問なのである．
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苫小牧 leafminer 研究の観測で得られたのは
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ある樹木個体の一部 (小樹木の場合は全部)
にどれぐらい host (葉もぐりな虫たち)
がいるか
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その host のうちどれだけが parasitoid
(寄生蜂)
に寄生されていたか
という数だけなのである．
ところがモデリングで必要になるのは
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寄生者である parasitoid は「どれだけいた」のか
というあたりだ．
これは観測されていない．
そもそも
「どれだけいた」
に曖昧性がある (モデリングの文脈に依存する)．
parasitoid の個体数が知りたいのか
(それはどの空間スケイルでのハナシなのか)，
host と parasitoid の個体数の関係を知りたいのか，
それとも parasitoid の寄生産卵活動の強度を知りたいのか
……
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さらに対象樹木が巨大である場合，
当然ながら
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その樹木個体全体でどれぐらい host (葉もぐりな虫たち)
がいるか
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その全 host のうちどれだけが parasitoid
(寄生蜂)
に寄生されていたか
もわからない．
むろん parasitoid 集団の全貌もわからない．
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ある host 個体にとって「寄生される確率」
p
が logisitc model で近似されたとしよう．
こんなかんぢになる．
parasitoid density とは
(実際のところ)
何なのかよくわからないけれど，
いま注目してる host のまわりに
(局所的に)
存在している parasitoid の「密度」のごときものなのだろう．
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このときに「対数おっづ比」(log odds ratio)
なる奇妙な量に変換すると，
その対数おっづ比
(すなわち
log(寄生 host数) - log(全 host 数 - 寄生 host 数))
とやらが parasitoid density とかいうのに比例する，
ことがわかる．
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ところで寄生確率のモデルを少し変えると，
見てくれも多少かわる．
確率
p
の関数型をこうしてみると，
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対数おっづ比とやらはまったく別ものになる．
しかしながら今度は逆に考えて，
「parasitoid density とやらに比例する量は何か?」
を計算すると，
下のようになる．
これは上の対数おっづ比ってのとはまた別モノのようにも見える
(けど，
そんなに違わないと見ることもできる)．
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ともあれどちらをとるにしても，
log(寄生 host数) - log(全 host 数 - 寄生 host 数)
あるいは
log(全 host数) - log(全 host 数 - 寄生 host 数)
といった量が parasitoid density をあらわしてるのかもしれない，
と考えたいところなんだけど，
状況はそれほど簡単ではない．
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というのも，
ここでいう parasitoid density とは
「ある一匹の host からみた parasitoid の密度みたいなもの」
(いぜんとしてこのように定義があいまいなままなんだけど)
であって，
もっと大きい空間スケイル，
たとえば樹木全体とか調査区画内に
「parasitoid がどれぐらいいるのか」
という量はまた別モノかもしれないからだ．
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よくわからぬまま昼飯．
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研究費消費活動
(今後はホントに必要なぶんだけ申請しようと反省しつつ)．
雪野さんに調べていただいたところ，
今年度は (かなり努力して消費してるにもかかわらず)
40 万円以上がまだ残っている．
もでる業者ないしは「安楽椅子」研究者からすると，
とほうもない大金である．
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院生が desktop 機が必要ということで，
オンラインでコストを算定してみる．
計算機はやすくなったというけれど，
Pentium4 の 3GHz超 だのメモリ 1G 超だの
(院生がどうしても必要と主張するので
--- とゆーか指導教員の圧力も考慮すべきかも ---
はなはだ不本意のきわみながら)
おひすソフトウェアだのを選択していくと，
やはり 20 万円ぐらいにはなる．
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昨日放置してしまった統計学こんさるメイル書き二通ほど．
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夕方から夜にかけて M2 牛原さんと屋久島照葉樹しゅーとのデータ解析．
つまり
R
プログラミング講習．
本日の重点は
tapply() 駆使する樹種ごと集計わざ．
今年も修論の季節ですなぁ．
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芽鱗痕
のこる「二度のび」なる現象は照葉樹まにあどもが言いたてるほどには
頻発する現象ではなさそう
(中小サイズ個体では)．
しかしながら
「伸びない」
という現象は樹種 (と明るさなど) によってはわりと発生しているような．
とはいえ，
観測期間は今年の 3-9 月に限定されてるわけだが．
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1930 ごろ終了．
1950 研究室発．
2010 帰宅．
晩飯．
晩飯くったらいきなり寝てしまった．
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そしてこういうときにかぎって問い合わせメイルが夜中にきていたり．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.5 合．
キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．
- 晩 (2050):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニンジン・タマネギ・ジャガイモ・ブナシメジ・豚肉のシチュー．
