ぎょーむ日誌 2006-08-(21-31)

2006 年 08 月 21 日 (月)

• 0650 起床． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 晴． 今日も暑くなりそう． 予報では真夏日にかぎりなく近い． 0815 研究室着．
• 東京出張の発表準備． しかし， ぢりぢりとしかススまん．
• で， 霜月さん ところで AIC 比較の多重性みたいな， 当方が前から気になっているコトに関する記述があった …… これで現実逃避の口実を発見したので， 統計学本をながめたり何やら書き込んでみたり． われながらオワっているなぁ．
• すでに正午． 本日のセミナーの予習でもしてみるか． うーむ， SOM か …… 少し理解できた． 原空間 (すごーく多次元) で「近く」にいる点たちが output 空間 (ふつーは二次元) でも「近く」に来るように配置する加重セットを探索する方法， か．
• 1400 から Trendy セミナー． 本日は阪大の 時田さん と釜山大の Chon 先生． 時田さんの話は無限ランダム群集でそれっぽい species-abundance 曲線が生成されます， というハナシ． productivity なる群集平均値が重要なんだけど， じつはこれは「競争排除されていなくなった species も含めた群集平均」 になってて， なかなか面倒な量だ (生き残った種の， つまり現在観測できる群集の平均はまた別ものである)． Chon 先生のほうは気の毒なことに ゐんどーづの呪いで液晶プロジェクターつながらず， さらに 「ゐんどーづ用 poorpoint ファイルを Mac 上で Mac 用に変換しようとするのは想像を絶する難事業」 と知らしめる状況がまず現出してしまって， ですね． 内容は上記 SOM とか neural net 回帰とかで Ecological informatics やりましょう， というもの．
• 1610 ごろ終了． お茶部屋で昨日のサバぶし問題， 最後のツメを． これでホントに釈放された．
• 九大事務のかたにまたいろいろと科研費のつかいかたを教えていただいたり， 再来週の trendy セミナー要旨をアップロードしたり．
• そして毎度毎度のことながら発表準備ススまん． 論文原稿つくってたんで， 図とかはでそろっているハズなんだが．
• 晩飯でも食えば気分転換できるかも， と理由をつけつつ撤退． 1850 研究室発． 1905 帰宅． 晩飯．
• やはりススまず．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日に ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): シリアル．
  • 昼 : 食ってない．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． 麻婆豆腐． プチトマト．

2006 年 08 月 22 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0935 自宅発． 曇． 0950 研究室着．
• たいへん残念ながら， もはや「準備ススまん」へたれ状態を楽しむ時間的よゆーも失われてきたので， 作業をススめることに． とりあえず図をならべなくては …… しかしポスターや論文用の図は「細かすぎる」ので， dvipdfmx で生成する PDF ファイルがでかくなりすぎる …… という本すじとはあまり関係ないところの修正ばたばたに時間をとられて， ひととーり並べおわったらすでに正午． いやはや．
• これではまだ説明用の図は足りてないのだが， とりあえず並べた図につける文をまずなんとかしなくては． 現時点で全体 20 ペイジほど．
• 何も考えずに書ける「図の説明」みたいなものは書けた． 面倒なコトの説明はまだ何もかけていない． しかしばててきたので， 北大構内現実逃避の旅にでる． 1355 研究室発．
• ちょっと前に雨がぱらぱら降ったので， 北大構内いよいよ涼しい． 北大生協書籍部ふらふらと． 昼飯調達して研究室もどる． 昼飯 …… ここしばらく昼飯をあまり食わない生活だったので， ちょっと食べただけでかなり満腹感がある． 人間は不思議だ．
• LaTeX への画像うめこみわざ補足． ぎょーむ日誌今年の 1/16 に書いたように ebb を使う． このときに注意が必要で \includegraphics{foo.png} で読みこむファイル名が foo.bar.png だったらコンパイルをとおらない． ファイル名を foo_bar.png などと変更する必要がある． 前にやったときに「JPEG ファイルだとダメで」 とか書いてるけど， これはひょっとしたらファイル名問題でやられてたのかもしれん．
• ぢりぢりと面倒なコト説明図などをつくる． MCMC 計算わざ Metropolis-Hastings 法の解説．

• いちまい作っただけでばてた． ひとやすみ． 新潟県出身の小林君とお茶部屋雑談していて気づいたんだが， 新潟とか山形が米どころである理由のひとつは かの地のフェーン現象による猛烈な高温のおかげなのかも， という気がしてきた． 同緯度でも太平洋側はやませとかにヤラれてるわけで．
• なぜ日本海側暑い雑談などが生起しうるのかといえば， ちょっと以前の暑い日つづきの中の現実逃避の一環として， アメダス ペイジ (URL もとっくに暗記してしまった) などをひらき 「やれやれ， やっぱり札幌は 29.2°C か， 天気予報かなりハズれぎみだな …… 新潟とか 33.1°C． 勝った． やーいやーい …… 東京 27.9°C だと?! ちくしょう， なんで排熱暴走破綻都市のくせに札幌より気温が低いんだっ? データ処理ミスか? ゑくせるでも使っているのか?」 と優越感にひたったり悲憤慷概するひとときをすごすことが 多かったもので ……
• べいづ対応版， 統計学つーる階層図． アタマもへたばってきたので， 黄いろくしてみました …… いかん， 見てるだけで疲労度が高まる．

• そして「ちょっとススんだ」と油断すると， お茶部屋雑談にとらっぷされてしまう． この研究室は私自身も含めて左ききが多くて， その左きき人たちは社会的ストレスのせいで 寿命が短い らしい， というハナシから ……
  「自動改札機とか右きき用だけど， 右で使うから特にストレス感じないですけど」
  「うーん …… 紙に字を書くときにすごく手首がまがってる 左ききのヒトって多いような気がするんですけど， あれって左だと書きにくいからですかねえ?」
  「この研究室でそんなに曲がってる左ききのヒトっていましたっけ? 甲山さんとかヘンかなあ ……」
  「他のヒトは知りませんけど， 久保さんはすごく曲がってるから指摘してるんです」
  (そうだそうだと周囲から賛同の声)
  「(狼狽しつつ) えっ，ぼく? 自分ではぜんぜん気づかなかった ……」
• とりあえず， 「今すぐ発表しろ」 と言われても何とかなるところまで， つまり必要最小限の投影資料 PDF ファイルは準備できた． ネットからアクセスできるところに複数のバックアップをとる． 明日から東京出張といっても， 明日は移動するだけだし …… 撤退． 2240 研究室発． 2255 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． 麻婆豆腐．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 海苔巻．
  • 晩 (2340): バゲット． 麻婆豆腐． プチトマト．

2006 年 08 月 23 日 (水)

• 0755 起床． しまった． じつは過去 5 分間に研究室の D2 小林君が NHK ラジオ第一札幌放送のローカル番組 「おはようもぎたてラジオ便」 の中の「北海道森林物語」 に出てたんだけど， 聞きのがしてしまった． 誰か録音してないかな．
• いやはやー …… と思いつつ朝飯． コーヒー． 出張準備， といっても特にやることないけど． 東京地図． LAN ケイブル (長め)． 二泊ぶんのきがえ． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• 昼すぎに出発する予定なので， まだ発表準備をマシにする時間はある． ところで， 本日は移動するだけなのになぜ早めに動くかといえば， 夕方-日没時刻ぐらいに移動すると， 帰宅らっしゅにまきこまれるそうだから． まあ， 朝に比べれば夕方はぜんぜんばらけているんだろうけど．
• 投影資料の修正 & 追加． 30 分以内でハナシが終わるかどうか不安になってきた．

• 正午すぎ． 出発の時間が近づいてきたんで 「旅のお供 ThinkPad がいきなり壊れても何とかなるようバックアップ」 をネット上と USB メモリに現時点の投影資料 PDF ファイルをコピーする． web server 上では とりあえず版 と称して公開．
• 1225 研究室発． 晴． 1232 JR 札幌駅着． 空港まで 1040 円． 空港自動チェックイン機で航空券を発券させる． 1240 快速エアポートで同発． 今日は移動時間はひたすら Clark & Gelfand 本 読んでた． 1316 新千歳空港着． 千歳は雨． 快速エアポートも空港内もけっこう混んでる．
• AIRDO 20 便羽田行は満席であるだけでなく overbooking か …… キャンセル者二名募集， 一万円キャッシュバックですぐに空いたらしい． 私は満席の B767-300 に搭乗． 1400 定刻どーり taxing 開始． 階層ベイズモデル本に没頭してるうちに， どすんと羽田空港着陸 1625． 晴．
• 羽田第二ターミナルのガラスばり通路は ANA fleet が「翼を並べてる」様子がかっこよく見えて良いねえ． 京急の急行に乗って 1654 同発． ここから渋谷まで 560 円． 1618 品川着． JR 山手線にのりかえて 1619 同発． 1631 渋谷着． すごい湿度だ． 待ち時間ヌキなら羽田からここまで 35 分ぐらいか．
• ハチ公改札口なる北西端からでる． 私はこちら側にでるのは初めてなんだけど …… なんだかすごい人口密度だねえ． かくも蒸し暑いのに， みなさん駅のまわりにたむろしちゃって． 思わず写真とっちゃいましたよ．

• 駅前の銀行で現金をおろしてから， まわりをきょろきょろと見回しつつ北西方向， 渋谷区役所・NHK 方面をめざして (なぜか地図だけはちゃんとアタマに入っている)， ゆるやかな坂をのそのそとあがっていく． 1650 本日の宿着． チェックイン時にさっそく二泊ぶん 23710 円とられる． やはり都心部は高い． そして部屋はすごーく …… 狭い．
• こういうところで貸してくれる LAN ケイブルはたいてい短いので (ここはどうかわからないが)， 自宅からもってきた長めのケイブルを使う． するとせまい机に拘束されずに， ベッドの上でネットにつながる． あら? まだ何も設定してないのに勝手につながってるぞ? しかし， なんとも不安なので， いつもどーり /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 を

  DEVICE=eth0
  BOOTPROTO=dynamic
  

  と書き換え sudo /etc/init.d/network restart， さらに sudo /sbin/dhcpcd で DHCP 接続状態に．
• お茶など飲んで一休みしつつ， メイルよんだり， だらだらとぎょーむ日誌なんぞ書いてみたり．
• そしてまた明日の発表の投影資料の LaTeX ファイルをひねくる作業． すでにとりあえず版 PDF ファイル公開しちゃってるんだけど， 問答無用にて説明の順番をがらっといれかえる． 最初に母子里林冠 Gibbs モデルを説明し， 次に屋久島照葉樹のシュート休眠確率の説明をすることに．
• 1950 夜の散歩に出る． ここから駒場までの経路を確認するつもりだ． 宿は JR 渋谷からみて最初の「丘」の頂部ふきんにある． いかにも本州的なせまい道を西の方向に下っていく． 渋谷センター街． 若者たちがうろうろと． 外国人も多い． 見知らぬ街をさまよう緊張の中で アタマの中の 地図 と目の前の景色が次第にとけあってまざっていく． 下りきった先に東急百貨店があり， その南側の道を今度はゆっくりと西をめざしてのぼっていく． 街は暗く静まりつつ住宅街になる． 車道はせまく車一台しか通れない． 栄通り， 一方通行． のぼりきったところが山手通りとの松濤二丁目の交差点である． ここから住宅街の中をくだっていくと渋谷区と目黒区の境界をまたぎ， 闇の中で東大駒場キャンパス「炊事門」に到達する．
• 駒場キャンパス は樹木密度の高い公園のようなところだ (実際，内部に一般むけ公園がある)． 渋谷の喧騒から 10 分歩いただけで 虫の鳴き声しか聞こえぬ一画にたどりつく不思議さよ． 夜の構内は暗く人どおりもほとんどない． 正門の方角の検討をつけ灯火まばらな数理研究科棟横を通過する． しばらくいくと， 正門にたどりつき有名なる時計台が． 私は駒場にくるのはじつはこれが初めてなんだよね …… とりあえず明日の会場である 11 号館を確認． 宿からゆっくり歩いて 20 分ぐらいの距離か．
• 経路確認終了． 往路を引き返して渋谷の丘の喧騒の中に再び戻るべく， 駒場の林の闇の中に踏みこんでいくのであった． 宿のちかくで晩飯． 2055 宿にもどる．
• で， 明日の準備のつづき， と称してまたうだうだと LaTeX ファイルをひねくる．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): シリアル．
  • 昼 : 食ってない
  • 晩 (2040): 宿ちかくの神戸らんぷ亭． おろし牛皿定食 590 円．

2006 年 08 月 24 日 (木)

• 0600 起床． 0800 宿発． 曇． 宿ちかくのコーヒー屋で朝飯． 昨晩踏査したとおり， 渋谷区を西にむかって目黒区に入って 0900 東大駒場キャンパス着．

[東大・駒場キャンパス]

樹木が多くて静かなよい環境でした．

[会場]

60 人ぐらいのヒトたちが参加されたとか (追記: 80 人ちかく，だそーで)． やはり東京だと集客がよい …… この時期に北大でこのお題でやったらせいぜい 15 人ぐらいだろうな．

• 0930 生物資源の数理モデリング はじまり． 植物モデリングより (竹中さん，私，島谷さん) と水産資源解析より (他のみなさん) という組合せ
• さて， 午後にやった私の 発表 だが …… まあ， 時間内にまとまったのは良いとして， 階層ベイズモデルの御利益とか伝えるにはまだまだチカラ不足でしたなぁ． 私の前後に話された岡村さん・北門さんの明晰な 「計算の良さを示す手順」 を見つつ， つくづくそう思った． まあ， 冒頭に申し上げたように 「このあたりホントに勉強を始めたばかりで， こういうところで発表すれば， 自分の理解が良くなるかなという利己的な理由で」， まさにそのとおりだったわけだが．
• そして午後の休憩時間にまた竹中さん・梅木さん・酒井暁子さんに包囲されて 「つるしあげ」 をくらってしまう．

[ゑくせる伝導者・島谷さん]

「私 poorpoint の使いかたぜんぜん知らないんですよ」 といいながらいきなりゑくせるファイルを開いてはじまった島谷 talk． 「そるばーではこの問題は限界」 とか 「ゑくせるでは行列の det 計算はなぜか 64×64 まで， しかしそんなコトどこにも書いてないのが MS 的というか」 とケナしつつじつに楽しそうでした．

• 1700 終了． ススまぬ準備の日々には 「東京出張かあ， しんどいなあ」 とうだうだしてたわけだが， 来てみれば「参加してよかった」と思えるシンポジウムでした． 準備・参加された皆様， どうもありがとうございます．
• 渋谷東急のちょっと西にある居酒屋でうちあげ． 嶋田研 M1 (!!) の堀部君からにうらるねっとイエバエの育種・生理・行動生態に 関していろいろと教えてもらう． ぢつに興味ぶかい． そうか， 二層 neural net + 短期記憶だけでそこまで採餌行動を自律制御できるのか． 放置してある危険爆発物たるアリ研究で何か使えるかも ……
• 2150 宿に帰着． ばてた．
• 「査読にとにかく時間かける」ポリシーなど反主流派ぢゃーなるとして知られる Ecological Modelling がまたやってくれましたよ …… アカマツ論文， 最初の査読に 9ヶ月ついやして major revision, 今月はじめにその修正稿 (いきなり ベイズモデル化 してしまった当方もどうかと思うが) を提出して「まーた再査読に何年もかけるつもりだろう」 と思ってたら， 今度はいきなり accept． あっけにとられるやら， これまでのアカマツモデリング 「苦難の道のり」 ふりかえって感慨にふけるやら． ともかくますます脱力． いろいろとお世話になった共著者の香川大の小林さんに連絡．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 宿ちかくの Newyorker's Cafe． コーヒーとベイグルのセット． 390 円．
  • 昼 (1210): 箱山さん・森本さんと東大駒場の生協で． カレー． 230 円．
  • 晩 (1810): 真魚． トビウオの刺身とか珍しいものがいろいろと …… いいものは全部東京に集められてしまっているのだろうか． シンポジウム主催の遠洋水産研からの謝金 10000 円はここで償却した． じつに正しい使い道だ．

2006 年 08 月 25 日 (金)

• 0630 起床． 風呂に入ったりしてうだうだする． もはや夏休み気分ですよ． あ， 雨がふってきた． NHK によると東京上空だけ雨雲発達だとか．
• 0845 チェックアウト． 雨はやんだ． 宿から少し駅側にくだったコーヒー屋で朝飯．
• 0910 JR 渋谷駅着． さて， ここから品川や浜松町を経由しない， つまりいつもとちょっとちがう経路で羽田空港に行ってみることに． 渋谷ハチ公口からみると南西方向にむかって駅を縦断． JR 埼京線に乗って 0914 渋谷発． この時間帯はもはやスシづめ過密状態ではない． 特に埼京線は渋谷とその先でどんどんヒトがおりていく． 大崎からそのまま品川区地下を走る私鉄りんかい線になる． 0931 天王州アイル着． ここまで 410 円．
• いったん地上にでて北 200m ほど歩いてモノレイル駅へ． 東京モノレイルに乗って 0937 天王州アイル発． モノレイルもまあ混んでるってほどではない． 0956 羽田空港第二ターミナル着．
• さーて， 第二ターミナルで飛行機でもながめてのんびりしよう， と思っていたんだけど …… 自動チェックイン機で「ひとつ早い便」を選択してしまったために 慌ただしいことになる． ゲイトは長蛇の列 …… と思ったら「10:20 発の便搭乗の客専用」の経路が形成されて， そこを突破． えーと 109 番搭乗口は 1F か …… と地階に降りてバスに搭乗． 当方のどたばた感は無意味なものだったよーで 空港内バスはなかなか発車しない． やっと動いたと思ったら， C 滑走路ぞいをけっこう長く移動している． 誘導路上は大小各社の飛行機がこれまた長蛇の列をなしていて， どこかに編隊爆撃にでもでかけるのか， といったふぜいだ．
• で私が搭乗した ANA 1401 便のエアバス A321 も東京湾潮風に吹かれる待ち行列に加わる． 過密空港羽田らしく予定より 10 分ぐらい遅れて 1040 離陸． 北海道近辺はよく晴れてて， 今回も駒ヶ岳・樽前山・恵庭岳がよくみえる． 1155 千歳着陸． なぜかそのまま航空自衛隊基地がわにある駐機場まで運搬されてしまう． 降機してまたバス． いやー， 東京に比べるとやっぱり北海道は空気が乾燥しててさわやかだ． 晴れててもぜんぜん暑くない． 戦闘機 F-15 一個飛行小隊がカルガモ兄弟よろしく列をなして地上走行だの 迷彩輸送機 C-1 着陸する様子の見物つあーつき空港内移動．
• JR 快速エアポートにのって 1234 新千歳空港発． 車中で弁当くう． やっぱり体うごかしてると空腹になるね． 1310 札幌着． ここも晴． 1325 研究室着．
• なんか出張中にかぎってふだんメイルやりとりしてない人・ 知らない人からの問い合わせメイルとかが来るような気がするね．
• glmmML() を使ってるヒトたちにはけっこう重要な情報かも …… glmmML version 0.65 以降では stepAIC() を使って自動モデル選択ができるようになりました． GLMM ペイジにも追記． まだ結果オブジェクトに posterior.modes なるものが追加された． ここを見れば「個体差」の最大事後確率 (MAP) 推定値がえられる， ということだ．
• うだうだとメイルかき続けてしまう．
• 昨日， 首都大院生の 鈴木智之さんから教えてもらったんだけど， Journal of Ecology でも階層ベイズモデル & MCMC 計算論文が でてるんだねえ ……

  Schneider MK, Law R & Illian JB. 2006. Quantification of neighbourhood-dependent plant growth by Bayesian hierarchical modelling. Journal of Ecology 94: 310-321. (url)

  内容はおもしろそうなんだけど， いろいろなモデルでかたっぱしから MCMC 計算して事後分布の 信頼区間を列挙した Table つくってしまうところは Journal of Ecology 的なのか．
• さきに「Journal of Ecology でも」 とか書いたのは当方が勝手に同誌はデータ解析に関して保守的だ， と思いこんでいるからなんだけど …… 全文の検索してみたら， 意外にも ``MCMC'' で 5 件， ``Bayesian'' で 13 件 も見つかってしまった． なお Ecology を検索 (全文) してみると ``MCMC'' 26 件で ``Bayesian'' 110 件．
• …… などということばかりで撤退． 1840 研究室発． 1855 帰宅． 体重 74.0kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 宿から駅への途中にあったコーヒー屋 Excelsior Caffé (って ドトール 系列だったのか) でコーヒーとベイグル． クリームチーズとクランベリージャムがついて 380 円． 東京の， というかこの渋谷近辺のコーヒー屋高密度状態は異常だ． 便利だけど．
  • 昼 (1230): いなり寿司． 290 円．
  • 晩 (2040): 米麦 0.8 合． ワカメ飯． タマネギサラダ． 卵焼き．

2006 年 08 月 26 日 (土)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• 駒場シンポジウム が終わってから， というのがマヌケなんだが， ともかく終わってから 「ベイズな手法 の説明」 の手順みたいなのについて考えてみる． 抽象的なハナシをきいて自分で具体例を作れるヒトは 私の話など聞かなくても自分でどんどん勉強ススめるだろうから， そちらは考慮しなくてよい． ということで， 具体例を示しつつ説明する場合だけを検討すればよいわけで， と．

• まあ上のような「手法間の関係を説明してるつもりの概念モデル」 を掲げつつハナシをするのであれば， 一般化線形混合モデル (GLMM --- これは経験ベイズ法の一種) で解決するんだけど， あえて MCMC 計算で推定するとどうなるでしょう， 利害得失はこうです， といったナガレがよいのかもしれんな． この段階ですでに階層ベイズモデル (hierarchical Bayes model) の考えかたが入ってくる． 屋久島データ解析みたいな 「多樹種各少標本数みたいな状況で便利だ」 という階層ベイズモデルの応用は「そうだそうだ」とウケてたみたいなんだけど， これは 「少し独自の工夫 (「樹種」があたかも random effects) + 階層ベイズモデル」 の両方を同時に説明せんといかんので 二番目か三番目ぐらいに説明したほうがよいかもね， と．
• で 母子里林冠モデル みたいな 空間構造あり統計モデル で Bayes とか MCMC がたいへん重要， というハナシは …… これはけっこう難しそうなんで， ずっとあとまわしにすべきかもしれんね． 空間な問題は図にしやすい点は良いのだけど， 「空間的なパターンに関する Gibbs 分布」 ってのは …… そういうふうに考えたことないヒトのアタマに浸透するまでに， いくばくかの時間が必要とされるのだろう (これはむしろ抽象化というか， サイズの小さい格子空間などごく単純化したモデルで説明するべきか)．
• Gibbs 点過程による， 例えば個体間の反発によって電線上にほぼ等間隔にならぶ鳥の配置を MCMC 計算で生成しました， という順問題というかパターン生成の問題はまだわかりやすいだろう (MCMC の説明にもよい)． これとは逆に， 観測されたパターンが Gibbs 分布からのランダムサンプルである， と仮定したときにその相互作用パラメーターなどを推定せよ， という逆問題つまりパラメーター推定なんかは説明が難しいよね．
• 1130 自宅発北大構内走． 晴． 太陽に照らされながら走ってると， アタマの中は (暑いところを好む昆虫である) アリに関するモデリングあれこれ， もこもことわいたり縮んだり． 1235 帰宅． 体重 73.6kg． 昼飯．
• すぐ隣の北 12 条生協で買いもの． 外は暑い …… とネット上でアメダスみてみると …… 札幌 29°C ぐらい． あらら， 東京 27°C に「負けて」いる． 悔しいので (まったくアテにならぬ) 週間天気予報みて 「やっぱり中長期的には札幌の勝ちだな」 と溜飲をさげてみる試み．
• 1430 自宅発． 晴． 1445 研究室着．
• 明朝 8 時からの停電にそなえて shutdown 準備． 研究室の Unix 機と MacOS X 機に ssh で login して

  	at 07:50AM
  

  と次の午前 7 時 50 分すなわち明日に次のことをせよ， と指示する． これは対話形式でプロンプトがでるので (MacOS X ではでないけど)

  	/sbin/shutdown -h now
  

  と指示して Ctrl+d でぬける． ゐんどーづ機は …… めんどうだから放置しようかな． 停電しょっくにどれだけ耐えられるか実験， とか．
• といったところから， いくつかのネット雑用に埋没．
• 1750 研究室発． 本日は苫小牧ボスこと鍋嶋さんの就職祝い (東京農工大) & 送別会で北 11 西 3 ひだまり庭 に集合． とても楽しい集まりになりました． いやー， 鍋嶋さんて世間で「典型的な」と思われそうな (しかし少なくとも生態学分野まわりではめったに実在しない) 「理系」女性研究者だよなあ， と苫小牧ボスの一奴隷たる私は感銘をうけるのであった．
• 支払い． 幹事大学院生殿 (A 棟 8F における圧倒的多数派つまり支配者カースト性別がわ) からの「他の三人の教官にはこれだけいただいたんですけど!」 すなわちぼやぼやしてないでさっさと支払いやがれ命令に 「すみません今日はこれでかんべんしてください」 と手持ちの 1000 円札をすべてわたしてその場は無事にきりぬけた． 2240 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 65 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 食パン．
  • 昼 (1310): 米麦 0.5 合． ワカメ飯． タマネギサラダ．
  • 晩 (1810): ひだまり庭．

2006 年 08 月 27 日 (日)

• 0755 起床． 本日は夜まで北大停電． 朝飯． コーヒー． 今日は洗濯ナシ怠業．
• 科研費で購入したい本のリスト作り． amazon.co.jp の検索機能は (おそらくあちこちで指摘されてるんだろうけど) 貧弱というか検索もれが多いような気がする．
• さーて， 問題はこれをどうやって購入するかだ． 九大事務のかたに調べていただいたところによると，
  1. 九大生協に発注して北大に送ってもらう (送料が必要になる)
  2. 札幌市内とかの書店に 「九大と取り引き可能な業者」 として登録してもらい， そこから購入する
  • 北大生協書籍部は不可 (九大の科研費で買うには「あからさますぎる」 ということで)
  といったところだ．
• 1. は書類手間が最小なのが魅力的なんだけど， 九大事務でこまごまとした対応に関する御迷惑かけそう (発注した書籍が一度にそろわないだの， 分割して配達していいのかなど …… 嗚呼， 想像するだにおそろしい)． めんどうだけど， てきとーなところを探して 2. でやってしまうかな ……
• 1130 自宅発停電中北大構内走． 本日も晴． まことにびみょーではあるけれど， 走っていてカラダが少しカルく感じられてる． 1235 帰宅． 体重 73.2kg． 昼飯．
• 1440 自宅発． 長年つかってきたふとんシーツが「すりきれて」 大穴があいてしまったので， 毎度毎度のことながら， 北 9 東 5 の Homac に買い出しにいく …… うーむ， ふとんのサイズってこんなにいろいろあったのか． はかっておけばよかった． たぶんこの 105×215 という一番小さいやつで大丈夫だろう． 「わんたっちしーつ」 つまり上側しかなく下側はゴムひもでしぼりこんでるいい加減なやつだったので 1000 円弱． 1605 帰宅． おお， このサイズで正解だった．
• 去年 4 月 に一度挫折したんだけど， またなンとなく scim + anthy に変更してみる (vutils のアップデイト 通知にそそのかされて)． とりあえず setime scim． こちら の説明もいろいろと参考になった．
• うーん， この GTK な scim はなンか派手でイヤだなぁ． もっと地味なのがいいんだけど． 辞書編集用に kasumi などインストールする必要あり．
• どうやら北大ネットが停電から復旧しつつあるようなので 1625 自宅発． 私が A 棟に入った瞬間に電力が復旧した． 1645 研究室着． サーヴァーとか立ち上げる． LAN 内 nameserver が自動起動してないような気がする． あとは特に問題ナシ． かとー先生 iMac は止めてみる．
• この土日は研究ススまぬまま 2010 研究室発． 2025 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
  • 北大構内だらだら走 65 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 食パン．
  • 昼 (1310): うどん．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ニラ・マイタケ・卵の炒めもの．

2006 年 08 月 28 日 (月)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0810 研究室着．
• お茶部屋は「鍋嶋さんおひっこしにともなう食糧・台所用品など放出品」置場に …… 院生たち (約一名) が 「これがほしかったんですよー!」 と興奮している．
• また anthy+SCIM まわりでどたばたする …… 結局， kterm 上での入力は canna+kinput2 に (一時的に) もどしてしまった． GTK 系と Emacs は anthy というはいぶりっど状態． なるほど， gnome-terminal の scim 入力ならその場で変換できるわけか …… なぜか anti-alias 文字の端末画面は苦手なんだよね．
• A706 実験室， 停電あけに部分的室内停電． 会計係の人にまで出張してもらったんだが …… 「副」ブレイカーが意外なところにあったので， 「主」ブレイカーをいくらヒネっても復旧しなかった， というオチであった．

[A706 実験室内「副」ブレイカー]

ここがオチていた． 研究室雑用 wiki などに記録する．

• …… いかん， データ解析 解説ペイジまわりの修正にかまけてしまった．
• すでに正午． またアメダスみてみると， 本日正午の札幌市の気温は 24.6°C． 道内はどこも急に気温低下． 他の地方， 特に日本海側はフェーン現象か何かですごく暑そう．
• そして， ひさびさに， というかアタマがかなりヘンになりそうなプログラミングで 残り半日をつぶしてしまった． いや， 「つぶす」ってほど非生産的でもなかったんだけど， なんというかえらく苦労したもんで．
• かかる状況に至る過程には いつものごとく現実逃避的な動機が重要な役割を果していたように思われる．
  1. さっさと母子里林冠モデルの introduction かかんといかんな
  2. 葉面積指数 (LAI) にとりつかれた まにあっくなヒトたちの論文よまんといかんな
  3. BibTeX ファイルも整えんといかんな
  4. 以上 1.-3. を少しは楽しくできる工夫はないものかな (すでにこのあたりから イヤ気に原因をもとめられる逸脱が見られる)
  5. BibTeX ファイルにいろいろコメントいれて VikiWiki 出力できたら面白いかもな (すでに発想がまともではない)
  6. きっと簡単にできるだろうから， ちょっとだけ変換フィルターのプログラミングやってみようかな (作業の困難性を完全に見誤っている)
  と， 研究室の日常の中に転落への道は口を開けていたのであった．
• いやー， やることはただ単に， こういう BibTeX 項目 ……

  @Article{MonsiSaeki1953,
    Author         = {Monsi, M. and Saeki, T.},
    Title          = {{\"U}ber den {L}ichtfaktor in den
                     {P}flanzengesellschaften und seine {B}edeutung f\"{u}r
                     die {S}toff-produktion},
    Journal        = {Japanese Journal of Botany},
    Volume         = {14},
    Pages          = {22-52},
    year           = 1953,
    note = {
  - 群落光合成モデル
    }
  }
  

  これを VikiWiki なんかでも解釈できるような

  !! [07] BibTeX key: #{code MonsiSaeki1953}
  - Monsi M, Saeki T. 1953. Über den Lichtfaktor in den
    Pflanzengesellschaften und seine Bedeutung für die
    Stoff-produktion. Japanese Journal of Botany 14:22-52.
  - メモ:
   - 群落光合成モデル
  

  といった形式に変換したいだけなんだよね．
• 最初の困難は， ぢつは parse がけっこうやっかいな BibTex 項目の読み込みであった． かかる面倒に対処するために， CPAN には Text::BibTeX なるモジュールあるわけだが …… この 100 ペイジ以上ありそうな浩瀚なるマニュアルの一部を印刷出力して 「ほほー，すげー」 と感心して読むうちに， この迷宮のごとき世界にさまよいこんだら最後， おそらく一週間は戻ってこれれないと 本能的にサトってしまったのですばやく撤退． 今まで何度もドつぼに落ちた経験は無駄ではなかった!
• そこで次善の策として， bibutils の bib2xml と xml2end 連携わざをもってすれば， たとえば上に示した BibTeX 項目は， かくのごとき EndNote 形式

  %0 Journal Article
  %T Über den Lichtfaktor in den Pflanzengesellschaften
  und seine Bedeutung für die Stoff-produktion
  %A Monsi, M.
  %A Saeki, T.
  %J Japanese Journal of Botany
  %D 1953
  %V 14
  %F MonsiSaeki1953
  %O - 群落光合成モデル\\
  %P 22-52
  

  …… にさらさらと変換してくれる． これなら Perl であとひとヒネりすれば， らくらく書式変換終了! などとカルく見てたわけだが ……
• えーい， ところが実際にやってみると xml2end まわりが何だかかなりクセものでウムラウトとか欧州文字まわりで 何だかおかしなことやってるみたいなんだよね (XML を直接あつかうべきだったかもしれんが)． するとその前の XML の段階でなんとかせねばならず， またこの一連の作業の出口である VikiWiki は Ü という文字列あたえてやっても Ü とは表示せずに， よけーな変換して Ü とそのままにしてくれちゃったりするわけで …… このあたり， Ruby で書かれた VikiWiki の HTML generator に手をくわえたり， ケガれ言語 Perl を駆使する かなりケガれた連鎖的トリックを発案し実装することとなった．
• それでも， なお， だ …… use encoding 使いまくったのに文字コードまわりの問題をまだ完璧には解決できていない． いやー， このあたりまだまだ研究が必要だ．
• すでに日没しようかという時刻になって， よーやくにして BibTeX → VikiWiki テキストに (いちおうは) 変換できるよーになった …… その 出力例． まあ， 今後は
  1. BibTeX ファイル書いたり， メモをかいたり
  2. おもむろに， make
  3. VikiWiki ファイルが強制的に上書きされる
  これで原稿用 BibTeX とネット版の「同期」がとれます， とゆーことで． しかし本日はこれだけでばてきってしまった． 嗚呼．
• お茶部屋の片すみで傍聴した院生たちの会話．
  「私，女子高・女子大出身だから 学校の中にオトコの学生がうろうろしてたら 『なんでコイツここにいるんだ』 とか今でも思うよ． そっちにいる久保さんとか見てもね」
  「えっ，でも女子大でも先生はオトコが多かったんでしょ?」
  「うん． そりゃー， 先生は別でしょ」
  「久保さんだっていちおう先生じゃない」
  「あ． そうか． ぜんぜん忘れてた」
• 1900 研究室発． 雨． 1915 帰宅． 体重 74.2kg． うーむ， 一進一退． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): セイコーマート， ツナマヨパン．
  • 昼 : くってないけどお茶部屋で ときどき栄養補充
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のカレー．

2006 年 08 月 29 日 (火)

• 0740 起床． 0800 自宅発． 曇． 0815 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 今日は昼すぎから院試の室内監督やらんといかんので， 何ともおちつかないな．
• 林冠モデル関連の 文献ファイル つくりにとりくむ …… はい， 昨日の午後を費して構築した bibtex → vikiwiki 変換システム， さっそく遊んでおります．
• 大学院入試の午後の室内監督やらねばならので 1215 研究室発． 晴． 1225 北大北側にある「高等教育機能開総合センター」 (たぶん教養部みたいなところ) 着．
• 1300-1600 専門試験 (つまり生物学の試験) の監督． 「コース」ごとにややこしく問題が分配されてるおかげで， 室内監督が 4 人もいたので， 2 人 × 1.5 時間ずつ分担して監督． いつもよりはラクだ．
• 「ヒマな時間」は LAI まにあっく論文を読んでおりました． はい． しかしこの LAI 至上主義のヒトたちは …… こういうの見ると， 三次元葉群配置が本質で LAI なんぞはその一側面にすぎない， とする母子里 Gibbs 林冠モデルはずいぶんとまっとうなモノにみえてしまうね …… ふーむ， しかし LAI なヒトたちも 「三次元モデルを使って評価できればなあ」 などと述べているな．
• 私は前半 1.5 時間の試験監督をやり， 終了 15 分前にまた試験会場へ． ほほー， 過半数が中途退出． やはり 3 時間という試験時間は受験生にとっても長すぎるわけだ …… などという試験監督内心に存在する 浅はかにして軽佻浮薄なる表層的通俗的納得なんぞは この身命を賭して否定してやるこれが若さだとばかりに目の前の受験生が いきなり消しゴムでごーしごしと答案用紙の一面の文字ことごとく消してしまい (残り 10 分!)， またイチから回答を書き直しはじめてしまいましたよ ……
• …… ともあれ試験時間は終了し， 採点のために受験者個人情報を隠蔽するような 独特なヒモとじわざで答案用紙を問題番号ごとにまとめて 私の作業は終了． 1640 やれやれ無事に放免 …… と外にでたらいきなり大雨． 地環研までの 10 分間の歩行ですっかりびしょぬれになってしまった．
• ということで研究室にもどってお茶部屋で脱力． また LAI 論文まわりの文献を読もうとするが …… なんだかネットから隔離された環境でないと， こういうひたすらにまにあっくな論文はなかなか読みススまないね． ついつい別の論文を検索してしまう．
• 1915 研究室発． 1930 帰宅． 晩飯．
• 2300 自宅発北大構内走 …… と思ったらまた雨にふられて撤退． 2340 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 食パン．
  • 昼 : 食ってない．
  • 晩 (2010): スパゲッティー． チンゲンサイ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のカレー．

2006 年 08 月 30 日 (水)

• 0800 起床． なンか空腹でよく眠れませんでした． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0925 研究室着．
• 1000-1240 大学院入試の口述試験， いわゆる面接におつきあいする． A 棟 7F 707 室． まあ， 私は例年どーり控え室に院生をよびにいく 気楽な任務をもっぱらとしておりましたが． さて， ぜんぜん標本数の少ない憶測にもとづく感想ですが …… 大学院入試って世の中の景気 (大学生の就職しやすさ) の変動の影響うけやすような気がする． とくにここ地環研みたいに学部をもたないので 他大学からの受験者が多いところでは (北大の学部生は今いる学部とつながってる大学院に進学することが多く， 地環研みたいな「ヨソ」を受験するのはめったにいない)．
• どうも日ごろとは異なることをやると空腹になる．
• 研究室ネット雑用あれこれ． どうも MacOS X から EPSON のネットワークプリンターに印刷する場合， EPSON AppleTalk 経由よりも EPSON TCP/IP のほうがよさそうだ， ということが試行錯誤の結果として憶測された． しかし AppleTalk なるプロトコルはとうぶん消滅しないんでしょうなぁ ……
• 甲山さん夕張岳山行ぷろぢぇくとにぢりぢりと巻き込まれつつある．
• 空腹でちょっとへろへろぎみであるが， また文献ファイルの改訂作業．
• 北海道北端ちかくの サロベツ で湿原の植物を調査する院生とのお茶部屋雑談．
  「調査地でキツネにつきまとわれるんですよ」
  「北海道のキツネは観光客にならされてしまってるのか 人間に対する警戒心がウスいみたいですからね …… エサとかもらえると思ってるんでしょう」
  「日本むかしばなしのキツネみたいにこっちをだますんじゃないかとか， 『ごんぎつね』みたいに悪さをするんじゃないかとか」
  「なんだかずいぶんと理系ばなれした世界のような ……」
  「でも実害もいろいろあって， 私の目の前で調査用くいとか引き抜くんです． これって絶対に人間をナメてる， だから報復してやろうと」
  「ほ，報復」
  「根掘りとかかまえて威嚇するとですね， むこうは逃げずにかえってキバとかをむくんですよ． これがすごくコワくて， 敗けてしまうんです ……」
  「兇器ふりまわす女性大学院生に威嚇勝ちするとは …… キツネめ， なかなかあなどれん． そんなにでかいキツネなんですか?」
  「小型のイヌくらい …… でもキバとかホントにこわいんですよ． 笑いごとではないんです」
  「そうでしたか， 失礼いたしました」
  「調査地あちこちにフンでマーキングなんかして， ニオイもすごくて， エキノコックスとかも心配なんですよ． 何とかなりませんかねえ」
  「無警戒なやつだからエサに毒をまぜて与えたら 『駆除』とか簡単にできそうですけど ……」
  「…… 毒殺， いいかも!」
  「いやはや， 国立公園内かつラムサール条約登録湿原で生態学研究者が 『小さくてかわいい』 野性動物を毒殺ってのは， ちょっと外聞が悪いような ……」
  ここでサロベツ湿原で調査しているまた別の院生が 「キツネともっと話しあいを」 と難度の高そうな和平路線をうちだし， これに対して キツネ暗殺をも選択肢のひとつとして検討すべしと主張している院生は そんなナマぬるい措置ではダメだと反論． 収拾つかなくなってどうしたらいいんだろねと困惑しきっていると， 指導教官の露崎さんの 「キツネよけ薬剤とかあるみたいだからそういうの使ったら」 との助言で一件落着． しかし， 「キツネよけ薬剤」 って検索してみても何だかアヤしげなものばかりなんですけど ……
• ということで， キツネ対策のよい知恵などありましたら， 教えてください．
• なんだかほぼ一日空腹状態だったよーな， などと思いつつ今日はさっさと帰って洗濯しようと， 撤退． 1810 研究室発． 1830 帰宅． 体重 73.6kg． 洗濯． 晩飯．
• 2250 自宅発北大構内走． 2340 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): バゲット． チンゲンサイ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 昼 : 食ってない
  • 晩 (1900): 米麦 1.0 合． タマネギ・けずりぶしサラダ． ピーマン・ニンニク茎・卵の炒めもの．

2006 年 08 月 31 日 (木)

• 0720 起床． 0735 自宅発． 晴． 0750 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• ふーむ， キツネよけに クマスプレー， か．
• bib2wiki.pl も改修しつつ， またまた 文献ファイル の改訂作業． VikiWiki 化で意外と楽しく文献整理ができるようになってきたんだけど， クスリがききすぎているというか， 文献整理という手段が目的になってしまいそうで， 今度はこの作業っていつになったら終わることやら， という気がしてきた．
• 樹木のカタチ論文をひっくりかえしていると， 他の分野よりイタリア人著者のものに遭遇する頻度が高いような気がする． このへんの問題に関して， da Vinci 以降いたりあん研究者たちを刺激してしまう何かがあるのだろうか?
• 1300 ごろ鍋嶋さん関東に出発されるのでお見送りする． ということで， A 棟 8F における歴史的な権力変遷の時代区分のひとつ， 鍋嶋さん君臨時代が終わってしまった． また戦国時代に突入しそうだな …… そもそも A 棟 8F で代々つづいてきた 絶対王制 の時代は終わりを告げようとしているのだろうか．
• 文献ひっくりかえす作業のつづき． みなさん何かにとりつかれたよーに 「葉面積指数 (LAI) は重要・重要」 とひたすらに連呼する論文ばかりで， ここまで信じこんでしまってる根拠がよくわからない …… よくわからないというか， ぢつは根拠とやらは 「すごく単純化したモデルでは LAI で生産力が決まる (ようにそのモデルが作られている)」 というだけのことで， もうちょい現実的な状況においてもそう言ってよいのか， このあたりきちんと計算している例はほとんどない． ホントに LAI で生産速度が決まるのか， と MCMC 計算の結果をちょっと図示してみれば …… ほーら， こんなにばらつくぢゃん．

[Gibbs 林冠の LAI vs 生産速度]

そりゃ相関はあるけど， LAI さえわかれば何でもわかる， というわけでもあるまい． しかもコレすごく狭い範囲の LAI なんだよ． これも論文にのせようかな．

• 文献ファイル の書きたし・書きなおしは， かかる特殊な作業環境を構築してしまったことによって 快適だけどアブないものとなりつつある． 各論文を要約しようとするときはしばしば (自分と著者に対して) ひどくいらいらさせられるんだけど (これは著者の文脈にのらねばならないので)， これに対して 「ぬきがき」 を作っていくのはぜんぜん楽しく要点と詳細がアタマに浸透する． それはけっこうなんだけど， 自分でも意外なほど時間くってしまって進捗むちゃくちゃに遅く， しかもアタマも疲れてくる …… おそらく「ぬきがき」作業の過程において， 流し読みする場合とくらべて， (なかば無意識のうちに) 同じパラグラフでも何倍も丁寧に読みこむせいだろう． やはり何かを代償としてさしださずには仕事はススまぬものなのか ……
• ということで， 文献まわりの作業がいつになったらオワるのかまったくわからぬまま撤退． 1835 研究室発． 1850 帰宅． 晩飯． ちょっとまた文献ファイルをひねくる．
• 2300 自宅発北大構内走． 2345 帰宅． 風呂．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 研究室お茶部屋． バゲット．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． バターロール．
  • 晩 (1940): 米麦 0.8 合． ネギ・コンニャク・豆腐・ワカメの味噌汁．