ぎょーむ日誌 2006-07-(21-31)
2006 年 07 月 21 日 (金)
-
0820 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
晴．
0925 研究室着．
-
本日のぎょーむ内容の要約:
母子里林冠モデルの図を作りつつ，
メイルで九大理学部生物事務室に
あれこれとめんどうな質問メイルやりとり，
ひょっとしたら先方からみるとぎょーむ妨害(ひー)．
ときどきネット雑用．
-
九大事務から示される必要条件あれこれはけっこうめんどう．
自分用雑用 wiki に整理してみる．
-
北大事務からたまには興味ぶかいメイルなんかもくる．
あれこれ購入してる先が倒産すると，
かくのごとき事態になる，
ということのようで．
平成１８年７月１９日付けで，津元理化産業株式会社が破産いたしました。
このため，同社に対して有する債務を早急に確定させる必要があります。
つきましては，同社より物品等の納品を受けている場合の対応として
１．納品書等の請求書類を受け取っている場合は，早急に購入依頼書を作成願います。
２．請求書類を受け取っていない場合は，納品物品等名，納品日（給付完了日）及び
金額の判る関係書類を提出願います。金額が不明なものについては，提出する関係書
類に，その旨付記願います。
３．保守契約，賃貸借契約等の継続的な契約を行っている場合は，会計係まで御相談
下さい。
以前より継続的に同社を利用している場合は，特に十分な確認・調査のうえ，確認漏
れがないようよろしくお願いいたします。
また学生等が請求書類を預かっているケースも見受けられますので，この点もご注意
下さい。
報告に漏れがありますと，破産管財人による精算手続きに影響を与えてしまいますの
で，慎重かつ確実に行って下さい。
今日ひねくっていた図のひとつ．
-
お茶部屋アラスカ雑談．
露崎さんは北極海に面した
Kaktovik
(Wikipedia,
Google maps)
というホッキョクグマとかがうろうろしてる町の，
さらにそこから山のほうに 100km ほどいった氷河でテント暮らしするそーで．
クマ対策ライフルの携行が義務づけられてるとのこと．
-
夕方ごろから北大ネットくされぎみ．
-
1850 研究室発．
3 月に D とった赤坂君が環境研で PD やるので，
本日はその追いコン．
なぜかひたすらサロベツデータ解析のハナシばかりしてたような気がする．
2210 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
2006 年 07 月 22 日 (土)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
昼飯．
1300 自宅発．
曇．
1315 研究室着．
-
お茶部屋では
殿下が苫小牧研究林視察
という北海道ろーかるな話題でもりあがっている
(現場にいあわせた院生たちがいたので)．
研究林長殿，
おつかれさまです．
[苫小牧視察]
読売新聞 7/22 (土) 朝刊．
調査で苫小牧に行ってた院生たちによると，
なんだか知事だの北大総長だのまできてたいへんだったそーです．
-
Open University ポスター準備．
今回は写真を大きくするようレイアウトを変更してみる．
ポスター自動生成スクリプト & LaTeX ファイルを改造するわけだが．
あとは屋久島ぱねるだけ，
というところまで作業終了．
-
今年も
「写真あげますからあとは久保さんのほうで」
というかんぢでポスター作成作業はすすむ．
材料がでそろったので，
ネット版研究室案内
& おーぷんゆにばーしちーポスター
同時自動作成スクリプトを動かす．
ポスターはこんなかんぢで．
-
A801 のプリンター
Epson LP-9200PS2 の修理．
定着器にむちゃくちゃに紙がつまっている．
原因はいつものごとく，
けちけちと「ウラ紙」を使ったから．
-
古いプリンターなので，
あちこちのネジを外して定着器を分離．
絶望的にまきついてしまっている．
よりによってコーティング紙のウラ紙をくわせたか
……
-
とりはずすのに 2 時間かかる．
そして最後の一片がはずれた瞬間，
手もとから定着器が私の手からすべり落ちた
……
落下
……
がしゃん
……
「がしゃん?」
……
なんで定着器から割れモノの音が
……
と思って調べてみると
……
じつはトナー「焼き」ヒーターって電気ストーヴのごとく，
ガラス管式ヒーター使ってたのか．
定着器，
全損．
-
そしてこれは Epson LP-9200PS2 の命脈が尽きたことを意味する．
1998 年購入 Postscript (!) laser printer の定着器なんぞ，
いまどきどこにも売っていない．
あったとしてもおそらく新型機一台が購入ぐらいの値段だろう．
いやはや．
ということで，
「ウラ紙」
やめましょう．
-
すごくすごく脱力．
-
ということで本日はもはや何もやる気がしなくなったので，
院生の皆さんのじゃまばかりしてすごす．
-
ここ数日，
夕方ごろになると北大ネットが「腐る」．
上部の SINET がダメになってるのか?
いや，
やっぱり北大内部がおかしいんだろうな．
-
2130 研究室発．
2150 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
クロワッサン．
- 昼 (1300):
蕎麦．
- 晩 (2330):
米麦 0.8 合．
チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
2006 年 07 月 23 日 (日)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
昨日の自滅的ぷりんたー「修理」の精神的打撃のせいか，
また錬金術的な三次元光計算問題の迷宮にとらっぷされてしまう．
光を求めてさまようこの暗黒世界はかなりジャンキーだ．
-
現在の計算方式は「遅くて不正確」．
これを「速くて正確」にすることはおそらく不可能．
そこで「遅くて正確」または「速くて不正確」のどちらかを選ばねばならない．
これらふたつのうち，
どちらかといえば「速くて不正確」が重要である．
-
しかしながら，
ここに制約条件があって
「速くて不正確」
⇔
「遅くて正確」
をきりかえられる，
いわば「すけいらぶる」な計算方法になれば理想なんだが
……
まあ，
世の中なかなかうまくできていない．
-
1355 自宅発北大構内走．
晴．
1455 帰宅．
体重 73.6kg．
昼飯．
-
1540 自宅発．
曇．
札幌駅周辺の本屋をうろうろ．
1700 研究室着．
-
いま調査しーづんでいそがしい院生たちから，
お茶部屋でひたすら
調査地のハナシなどうかがう．
これまた一種の現実逃避だな．
-
2100 研究室発．
2120 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
- 昼 (1520):
米麦 0.6 合．
チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
2006 年 07 月 24 日 (月)
-
0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
0935 研究室着．
-
今朝もまた少しだけ三次元光計算について検討していた．
ちょうど
一年ほど前
に検討していた方式，
これって「速くて不正確」な計算方法には悪くないと思うんだよね．
[視線角度離散化]
標的を貫通する視線がどの天球区画にあたるか，
を角度離散化で近似的に探索しよう，
という考えかた．
あらかじめ「この角度ならこの区画」ってのを計算して準備しとく．
-
また後でみるかもしれないから
(とゆーか，
アタマの中からさっさとこの問題を消去してしてしまいたいので)，
いくつか要点をここに記録しとくか．
-
光遮断オブジェクトそれぞれについて
「この角度から見られたときの投影面積」
をあらかじめ計算しとく
(たいへんかな?)
-
この投影面積と
「その方向の視野」
の「面積」 (視点 - オブジェクト間距離で決まる)
で光遮断がきまる
うん?
これだけか?
じつはホントに難しいのは複数の視線を遮断するような近接した状況で，
これは reference points を増やすしかないのか
……
などなどとうだうだ考えてるうちに，
「速くて不正確」がしだいに「遅くて不正確」になっていくのである
(ここ数日いつもくりかえされる悪しきパターン)．
「速くて不正確」
⇔
「遅くて正確」
がうまく切りかえられるような計算方法の導出は難しい．
-
とか何とかこちらの現実逃避から逃げられたか，
と思いきや，
また別の現実逃避に．
-
R
で空間統計
MCMC 計算というといままで
geoR
系 package だけだったんだけど，
これの対抗馬ができたようだ．
spatialBayes
(CRAN: library(spBayes))．
Author に
Hierarchical Modeling and Analysis for Spatial Data
の著者が含まれている．
geoR
系は R で全部コーディングされてるけど
(ホントか?)
spBayes
は C++ extension 使ってるんで速い，
とのこと．
ふーむ．
-
インストールしてみる．
version 0.01．
現時点では Gaussian なモデルの計算だけ，
かな?
計算方法は基本的に Metropolis-Hastings 法．
線形モデルのパラメーター推定には Gibbs sampler
による計算を指定できる．
パッケージ 'spBayes' の情報
Date: 2006-05-17
Title: spBayes fits Gaussian models with potentially complex
hierarchical error structures
Description: spBayes fits Gaussian models with Markov chain Monte Carlo
(MCMC).
BEF Bartlett Experimental Forest inventory data
ggt General Gaussian Template
ggt.sp General Gaussian Template for common spatial
covariance functions
prior Creates prior distribution definitions for use
in ggt and ggt.sp
sp.DIC Calculates Deviance Information Criterion (DIC)
for ggt.sp object
sp.effect Recovers the random spatial effects from a
ggt.sp object
sp.predict Prediction for new points given a ggt.sp object
私のめんどう質問によって九大事務はすっかり混乱のきわみにおちいったようで，
いつまでたってもお返事いただけないので，
とりあえず editing 依頼メイルを Nevada 州にだしてしまう．
にれ印刷
とおーぷん大学ポスター印刷出力の件でやりとり．
今回は postscript file 入稿ができないかどうか，
でいろいろと．
てくにかるなハナシなんだが
……
この
ポスター，
LaTeX で生成してるんだけど
その中で
\usepackage{pstricks,pst-grad}
を使っている．
これを指定すると dvipdfmx
による PDF ファイル化ができなくなる
(正確に言うと，
できるけど別モノになる)．
いままでは生成した postscript file を Mac なんかの
Adobe distiller で PDF 化してみたんだけど
……
にれ印刷は Illustrator とか使ってるんで，
まあ postscript file ぐらい処理できるだろう，
ということで．
とりあえず何とかなっているようだ．
明日午後，
印刷見本もってくるとのこと．
なーんだ，
毎日夕方になると発生してた「ネット腐れ」は
北大内に原因あったのか．
きゃっしゅがらみと「思われる」不調って毎度毎度のことだねえ．
以下は (あまりにもみっともないので)
学外には隠匿されてる
ペイジ
内の記述．
一部Webサイトへの閲覧不調の復旧作業完了(2006/7/24)
北大キャッシュフローの不調が原因と思われる、一部Webサイトへの接続不調に
つきましては、9:50頃に復旧致しました。
夕方から夜にかけて稲葉さんの
石狩浜植物
調査のハナシを拝聴する．
なかなか不思議な世界のよーで
……
ハマナス
や
ハマニンニク
のごとく「重防御」してる植物もあれば
(しかしトゲをつきさすべき相手は人間ぐらいしかいないかもしれないんだが)，
ハマエンドウ
のごとく食植昆虫にひたすら食われてしまって，
どうやって個体群が維持されてるのか見当もつかぬやつらもいる．
ハマヒルガオ
は厚く光沢のある葉で強光下の光合成をがんばってるのかと思いきや，
1m ものびると水ストレスか何かの原因で先端がかれてしまったりする．
同化物なんてありあまってるような気がするんだけど，
何を待っているのか
ウンラン
はなかなか咲かない．
うーむ
……
2020 研究室発．
2035 帰宅．
体重 74.2kg．
晩飯．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.6 合．
ニラ卵炒飯．
- 昼 :
食ってない
- 晩 (2210):
米麦 0.8 合．
麻婆豆腐．
コンブあえもの．
2006 年 07 月 25 日 (火)
-
0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
晴．
0905 研究室着．
-
1000 ごろに
伊庭さん
が来てくださる．
北海道休暇旅行の途中，
とのこと．
二時間ほど北海道ヒグマ雑談と，
統計学雑談．
本日は，
北海道内外でのヒグマによる
死亡事故
の空間分布と時系列，
カーネル法と古典的多変量解析と MDS の関係，
カーネル法とベイズ統計と Gaussian process の関係，
カーネル法と q-q plot に共通する「ぱらめとりっく確率分布いらない」主義，
q-q plot と確率の弱収束，
「収束するけどすごく遅い」ことにふつーのユーザーは気づいてない点
……
などなど．
-
ここと医学部のあいだにある
電子研
にたちより，
そこで
末谷さん
と合流して faculty house で昼飯．
意外と混んでおり，
ひと手がたりないのかゆっくりとした時間をすごすことになる．
連動するカオスとかひさしぶりに力学系ハナシを聞く．
-
また電子研に移動して伊庭さんと
柳田さん
の共同研究，
「倒立する二重振り子の初期値のあたえかたの MCMC 探索」
など見せていただく．
中央大学講義の JDK 開発の ising model とかも．
-
同じフロア，
「特異性から見た非線形構造の数学」
COE の 津田さん
研究室のセミナー室で伊庭さんのトーク & 雑談 4 時間ほど．
ハナシのとりかかりは，
「経験則としての大数の法則」は存在するか
と情報理論における
「データ圧縮＝統計的予測」
から始まり，
これらがミクロを重視してたり指向しているのに対して，
統計力学
はマクロよりかといったハナシが展開．
さまざまな統計力学研究者の名前があげられ，
そのヒトたちが
リウビルの定理
だの
エルゴート仮説
だのどう「使って」いるか，
というような．
-
議論にでてくる単語はどこかで聞いたことあるものばかりなんだけど，
何が議論されているのかほとんどわからなかったり
(つまり単語は知ってるけど理解はしてない，
という状況ですな)．
こういう体験はなかなか貴重だ
(かなりアタマが刺激される)．
たとえば，
黒板上に歪んだ四角形がありその中で全体で蛇行する太線の図と
その横に同じく四角形なんだけど内部がいくつかに分割されてて
その中で蛇行する太線が描かれる図を対比してあーだこーだの議論．
かなり時間がたってから，
それらは等エネルギー面 (四角形)
上でとりうる「状態」とその遷移 (蛇行太線)
をあらわしていて，
長い時間たてば状態はどこにでもいくのか
それともある領域に限定されているのか，
エルゴート仮説はどちらをあらわしているのかといったハナシ，
とわかったり．
-
へろへろと電子研から撤退．
2000 研究室発．
2015 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米麦 0.6 合．
麻婆豆腐．
- 昼 (1300):
faculty house の「エルム」で
クラーク野菜カレーセット 1050 円．
北海道スープカレーふうというか，
タマネギ系ソースと揚げ野菜．
- 晩 (2210):
米麦 0.8 合．
タマネギ・ニンジン・コンニャク・ワカメの味噌汁．
2006 年 07 月 26 日 (水)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
0935 研究室着．
-
また九大事務とメイルやりとり．
先方はご立腹かも，
とおびえてみたり．
こわい．
-
昨日，
「等エネルギー面上でかぎられた領域しか蛇行できない状態」
図をさんざん見せられたせいか，
だんだん不安になってきたので，
母子里 Gibbs 林冠モデルを
レプリカ交換モンテカルロ法
(パラレルテンパリング法，
Metropolis-coupled MCMC)
に改造する方法を検討してみる．
意外と簡単にできるかも
……
-
プログラム修正とばぐとり試験運転に 3 時間ほど要した．
レプリカ数 8．
じゃ，
MCMC 計算で林冠状態サンプリングの試験運転やらせてみますか．
-
……
と放置しとこうとしたんだけど，
こんなにたくさんの林冠モデルを同時に動かすのははじめてなんで，
マクロなパラメーター設定に苦闘する．
具体的にはレプリカ間の「温度差」だ．
たとえば，
「温度差」をあけすぎると，
すぐにこういうふうに順位がかたまってしまう．
#CANOPY_ID: 1 3 4 5 2 6 7 8
#CANOPY_ID: 3 1 4 2 5 7 8 6
#CANOPY_ID: 3 4 2 1 7 8 5 6
#CANOPY_ID: 3 4 1 7 2 5 6 8
#CANOPY_ID: 3 1 7 2 4 6 8 5
#CANOPY_ID: 3 7 1 4 2 6 5 8
#CANOPY_ID: 3 7 1 2 6 5 4 8
#CANOPY_ID: 7 3 2 6 5 4 1 8
#CANOPY_ID: 7 3 2 5 4 1 8 6
#CANOPY_ID: 7 3 5 2 4 8 6 1
#CANOPY_ID: 7 3 2 5 8 4 1 6
#CANOPY_ID: 7 3 5 8 4 1 6 2
#CANOPY_ID: 7 3 8 4 5 1 2 6
#CANOPY_ID: 7 3 8 4 1 5 6 2
#CANOPY_ID: 7 3 8 4 1 6 5 2
#CANOPY_ID: 7 8 3 4 1 6 2 5
#CANOPY_ID: 7 8 4 3 6 1 2 5
#CANOPY_ID: 7 8 4 3 6 2 1 5
#CANOPY_ID: 7 8 4 6 3 2 1 5
... (以下略)
断続する計算まち時間に雑用あれこれと．
アカマツ原稿はラスヴェガスではなくインド送りになった．
かなーり「温度差」をせばめないといかん，
ということがわかってきた
……
するとレプリカ間でどんどん順番がいれかわる．
みょーなところにトラップされた林冠が他のものに追い抜かれ，
温度の高い領域にほうりこまれてかき混ぜられてまた敗者復活をとげる．
葉群配置に山あり谷あり栄枯盛衰ドラマあり．
これが MCMC 計算術の初目録 (?)
拡張アンサンブル系混合わざ
parallel tempering (並列焼きもどし) 法だ!
-
しかしこういう図を見てると，
統計的な推定にとってエルゴート仮説はどうでもよい，
というか (chain が一本でない場合は) ほとんど関係もないかも，
といまさらながら気づいた．
わりとあたりまえのことで，
ここで MCMC 計算に要求されていることは，
ただ単に
「Gibbs 分布からランダムサンプルせよ，
手段はとわない」
ってコトなんだから．
-
ぱられるの欠点としては時間かかること．
この場合 chain 数は 8 なので単純に言って従来の 8 倍以上の時間がかる．
のこり計算時間はあと 3 時間ちかく必要か，
ということで撤退．
1920 研究室発．
1940 帰宅．
-
2100 北大構内走．
2155 帰宅．
体重 74.2kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
タマネギ・ニンジン・コンニャク・ワカメの味噌汁．
- 昼 :
食ってない
- 晩 (2210):
米麦 0.8 合．
ニラ卵．
タマネギ・ニンジン・コンニャク・ワカメの味噌汁．
2006 年 07 月 27 日 (木)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
-
さて，
昨晩やらせておいた ぱられるてんぱりんぐ MCMC 計算の結果は
……
と．
まあ，
ぱられるにしたので当然ながら林冠上部も多少は「震えて」いる．
動いてるように見えないって?
まあ，
アニメイションにするともうちょいわかりやすいんだけど．
-
まあ，
よく混合はしているよな
……
しかし，
その副作用として収束が格段に遅くなってるね．
つまり今までだったら (局所的なんだろうけど)
良い所に単調に近づいていってたわけだが，
レプリカ間のいれかえを導入すると山のぼりの途中に
谷底に蹴落とされるようなもんだからなあ．
これまた，
当然ながら (ってのに気づいてなかったんだけど) 「遅く」なる，
と．
-
Metropolis-Hastings 法のおもしろいところは，
条件をちょっとゆるめるとたちまちトンでもなパターンを生成してくれるところ，
なのかもしれぬ．
-
サンプリング設定をかえて再計算．
MCMC 本などみなおす．
-
計算中止命令．
「温度」のいれかたにちょっとまちがいがあった．
修正して計算やりなおし．
-
昨日はかなりせばめた「温度差」
もうちょい増やしてもいいのでは，
という気がしてきたので設定を変更してまた計算やりなおし．
やりなおしを命じたあとに，
「やっぱり『温度差』がでかいといよいよ収束時間が遅くなるかも」
というようなコトをうだうだと考えてみたり．
まあ，
途中経過をざっとながめた感じでは特におそいわけでも，
また林冠 configuration が凍りついてるわけでもないみたいだけど．
-
森君がやってきて A704 の新型プリンター LP-S6500
のトナーがはやくもきれかけとのこと．
みると K がほとんどなく CMY もかなり減っている．
購入してまだ三ヶ月なんだが
……
こんなもんか?
-
さらに，
だ．
何やらいま森君が書いてる
シウリザクラ論文の数式まわりを書け，
とか
(2.5 年前
に私がその計算へるぱーをやったあれ)
……
で，
拝見してみるとたしかにそのあたり私が書いたほうがまだしもマシかも，
という状況におちいってますなぁ．
このイラク戦争的なシウリザクラ問題にはまきこまれぬよう注意していたんだが，
まあ数理モデルまわりのめんどうまでも永光さんにおしつけるのも
……
と，
ふと表紙をみると，
いつのまにやら知らないうちに私の名前も共著者に加えられてしまっている
……
いやはや．
よい子の院生の皆さん，
ことわりもなく他人を共著者に加えるのはやめませう．
-
ということで，
シウリザクラ研究ボスの永光さんにいまさらながらご挨拶メイルを書いたり．
まあ，
森君のほうでいろいろ大量破壊兵器さがし的な
書きなおし作業が延々とつづくだろーから，
当方はしばらく放置できるだろう．
-
「温度差」ややひろげた parallel tempering MCMC 計算，
こういうかんぢで進捗している．
やはり，
いれかわりがゆっくりになっている．
-
150 K step あたりから混戦もようになっているのは，
温度やや高めのところうろうろしてた連中が，
温度低めにいすわってたレプリカに「追いついて」きたからだ．
ぢつに興味ぶかい．
-
このあともちらちらとながめていると
……
なんというか 8 個あるレプリカが
(サッカーとかよく知らないんだけど)
J1 と J2 に別れて争っていて，
J1-J2 間のいれかえ戦があまりひんぱんではない，
というような
……
いやいや，
各リーグ内でも上位どうし下位どうしばかりが順位あらそいをやっているような．
これでいいのか?
-
さらに
「温度設定かえて計算やりなおしたい」
という欲求をがまんして見てると
……
すごくゆっくりとはいれかわっているんだよね．
現時点では入れ換え戦で J1 に入ったやつがトップにいる．
しかしながら，
この「温度差」では万年 J2 下位の連中が
J1 トップあらそいをやるまでにはすごく時間かかりそうだ．
-
まあ，
サンプリングそのものにも時間かかるわけだし，
ここはしばらく放置してみますか．
-
このように「温度差」ひろめにしておくと，
入れ換えはひんぱんでなくなり，
その結果として「見かけ上は」収束がちょっと速くなっているようだ．
トップはそれなりに入れ換わるようになったので
「見かけ上」
だけよりは少しマシな状況かもしれない．
逆に昨日から今朝にかけてのように，
「温度差」せまめにしておくとレプリカ交換が多くてよいのだけど，
これはいわばすぐに高温状態に蹴り落されるわけで
Gibbs 定常分布への収束は時間がかかる，
と．
-
ここまでの計算時間，
約 3 時間で半分 (40 万 step) おわった．
こうなったら，
ややひろめに思える「温度間隔」だけど，
このままひとまず最後まで計算させてみるか．
-
うーむ，
jeconet
に
黒田啓行さん
から例のシンポジウムの案内が
……
来月 24 日，
いまからかなり (準備その他が) 不安なのである．
まあ，
林冠 Gibbs モデルと何か簡単な Bayes モデルを紹介する予定なんだけど．
生物資源管理にも保全にも直接には結びつかないハナシだなぁ
……
第2回「生物資源の数理モデリング」シンポジウム
（演題等変更の可能性があります）
日時 2006年8月24日（木） 9時30分から17時まで
場所 東京大学・駒場キャンパス・11号館1106号室
（京王井の頭線・駒場東大前下車すぐ）
http://www.c.u-tokyo.ac.jp/jpn/kyoyo/map.html
生物資源の保全・管理において、数理モデルによる評価および予測は重要な役
割を担いつつある。しかし、扱う問題が現実的であるほど、モデル化の際の困
難も多く、手法の高度化とともに、新たな発想が求められている。今回は、生
態学、水産学、統計学に関する様々な話題を通して、これからの野生生物の数
理モデリングにおいて何が必要なのか考えてみたい。
9:30 - 9:50 黒田啓行（遠洋水研）
「シンポの趣旨説明＆アホウドリ混獲評価プロジェクトの紹介」
9:50 - 10:30 藤田剛（東京大）
「房総丘陵におけるシカ個体群管理のための空間明示モデル」
10:30 - 11:10 竹中明夫（環境研）
「多種共存メカニズムは，森林の構造にその痕跡を残すのか」
11:10 - 11:50 箱山洋（中央水研）
「在来淡水魚の生息地ネットワーク：湖沼-河川-水田の系に着目して」
（昼食）
13:00 - 13:40 岡村寛・仙波靖子（遠洋水研）
「アオザメ個体群トレンドの復元問題」
13:40 - 14:20 久保拓弥（北海道大）
「植物生態学研究で使われている MCMC 計算の紹介」
14:20 - 15:00 北門利英（東京海洋大）
「遺伝統計学的方法による集団構造の推定」
（休憩）
15:20 - 16:00 島谷健一郎（統数研）
「ベイズ型ノンパラメトリック推定」
16:00 - 16:40 竹内幸夫（遠洋水研）
「水産で使われる統合型資源評価モデル」
16:40 - 17:00 総合討論
1900 研究室発．
空腹なのになぜか古本屋にふらふらと．
1950 帰宅．
体重 74.2kg．
晩飯．
ホントに (ほぼ) 「J1-J2 分離状態」のまま，
計算がひととおりおわった．
計算時間 320 分．
おそるべきことに，
まだ収束していないようにみえる．
-
まあ，
これでこの問題に関する妥当な「温度差設定」が明らかになったし，
どれぐらいの step 数が必要なのかもわかってきたので，
また計算やりなおしを命じておきますか．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 5 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
ワカメスープ．
- 昼 :
食ってない
- 晩 (2220):
米麦 1.0 合．
ネギ・エリンギ・豆腐の卵とじ．
コンニャク煮物．
2006 年 07 月 28 日 (金)
-
0830 起床．
あらら，
昨晩北大ネットにもぐりこんだときに
「ちゃんとそこからぬける」
処理をしなかったので ssh 自動切断といっしょに計算 job
が途中でとまってしまっていた．
そのあたり修正．
そしてネット雑用少々．
朝飯．
コーヒー．
0950 自宅発．
晴．
1005 研究室着．
-
来週とつぜん
寺島さん
にこちらでセミナーをやっていただくことになった
(という連絡がマレイシアに出張中の甲山さんから)．
いろいろと連絡をとり，
Trendy セミナー案内ペイジ
をつくる．
8/3 (木) 18:00 からです．
-
母子里林冠 Gibbs モデルのパラレルテンパリング MCMC 計算のほうは，
適切な「温度差」設定がわかって順調に進捗中．
8 個のレプリカたちがいーぐあいに順位戦をたたかっている，
というかんぢで．
-
あちこちとメイルやりとりがつづく．
-
日曜日に開催されるおーぷんゆにばーしちーのポスターを
地環研玄関ホールにはりだしにいく．
ポスターは昨日の夕方に
にれ印刷
から届けてもらっていた (A0 plastic 紙 (?) 10500 円)．
時刻はすでに 1500．
-
延々たる林冠 Gibbs モデルの MCMC 計算つづいている．
ざっとみたところ，
ほぼすべてのレプリカがいれかわりたちかわりトップに君臨してるように見える．
しかしながら，
8 個あるうちのひとつだけは莫大な量の順位戦にもかかわらず，
トップどころか「J2」からもなかなか「昇格」できない，
という状況のようにみえる
(みえにくいけど「赤」，
なお下の図はもっと長い順位変動のなかのごく一部)．
-
これはある「温度差」のもとでは，
構成する「選手」のいれかわりがひんぱんであるにもかかわらず，
永久に J2 からはいあがれないチームが少なくともひとつは存在する，
という数学的な定理が存在しているのだろうか
……?
(と J2 ふぁんなヒトたちの不安をたかめてみる)
-
計算は夕方ごろに終わっていたんだけど気づかなかった．
このへんの関連文献あさりに没頭していたので．
-
2040 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.7 合．
ネギ・エリンギ・豆腐の卵とじ．
- 昼 :
くってない
- 晩 (2230):
スパゲッティー．
レトルトパウチドのトマトソース．
2006 年 07 月 29 日 (土)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
あまりにも住環境が悪化しているように思えたので，
室内の片づけ．
-
1140 自宅発北大構内走．
晴．
1225 帰宅．
体重 74.2kg．
あいかわらず重い．
昼飯．
-
北大構内走しながら，
また光計算問題，
つまり当面の研究には何の関係もない問題について検討していた．
本日は多少はマシな進捗があった．
-
以前に，
「速くて不精確」
⇔
「遅くて精確」
をきりかえられる，
いわば「すけいらぶる」な計算方法になれば理想なんだが
……
とか書いてたけど，
この方向で考えるのは難しいので，
ヤメたほうがマシかも，
とサトりつつある．
-
では，
どうするかというと，
-
「遅くて精確」
: おそらく (推定すべき) パラメーター不要
-
「速くて不精確」
: 「補間」のためのパラメーターなどがいくつか必要
という関係に注目して，
「遅くて精確な眼」
を教師にして
「速くて不精確な眼」
を鍛えて学習させればよい．
そして学習ずみの
「速くて精確ではない，ただし鍛えられた眼」
だけを使って樹木・森林シミュレイションをやればよい．
-
学習段階では，
「遅くて精確な眼」
と
「速くて不精確な眼」
を同じ場所に同じ方向に配置して同じ光景を見させる．
で，
「速くて不精確な眼」
の光像生成統計モデリングに必要なパラメーターを
「遅くて精確な眼」
がみた光景をもとに推定させる，
という方式だ．
-
これら二種類のあいだの眼は視界のデータ構造以外は
何も関係なくてもよい．
しかしながら，
まあ，
実際に作るとしたら共通の「部品」を使うことになるだろう．
たとえば天球分割集合とか光計算の境界条件だ．
-
境界条件は六面あるうちの三面のカベに
(境界条件計算用に派生してやったちょっと特殊な)
「眼」を並べてうめこんでやればいい．
境界条件用の「眼」を交換することで，
周期・反射・固定それぞれの境界条件に対応できる．
これは今までやったことない計算方法だけど，
今までのものよりさらにすっきりしているように思う．
-
このあたり私はこれまでの計算では数年前に作った
TravelGuide
という計算クラスを作って対応していた．
これは「視線」を三次元空間内で延伸させるもので，
さらにその途中でカベにあたったらどう処理するか，
といったコトもやらせているわけだが
……
おもしろいことにというか不謹慎なことにというか，
TravelGuide が動くようになったのが
9.11 事件の次の日
で，
そういうご時勢なのに
(「視線」が)
カベにぶちあたるだの誘導するだの何やら嬉しそうに書いてるんだよね．
-
wikipedia の
正二十面体
(icosahedron)
の解説，
なかなかよい
(とくに Cartesian coordinates)．
なんでここでいきなり正二十面体が登場するのかといえば，
視界というか天球分割は正二十面体から始めて
再帰的に細分化していく方式が使われているから
……
まあ，
私はめんどうなので
八面体分割
とかやってるわけだが．
-
1500 自宅発．
晴．
札幌駅まわりの本屋うろうろ．
1540 研究室着．
下の写真は地環研玄関ホール，
おーぷんゆにばーしちー
のポスター展示．
-
ひさしぶりに人口高密度状態のお茶部屋．
野外調査からかえってきた日焼け院生たちから
「久保さん，
イロが白いですねえ」
と非難される．
「すみません」
と言いつつぢりぢりと撤退．
-
それはともかく仕事はススまず．
いやはや．
2030 研究室発．
2055 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
食パン．
- 昼 (1250):
スパゲッティー．
レトルトパウチドカレー．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
青椒肉糸．
2006 年 07 月 30 日 (日)
-
0840 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
かたづけ
……
頓挫．
-
朝日新聞 web site の
北極異変
特集の
「森林火災の焼け跡にピンクの絨毯 米アラスカ」
なる記事に露崎さんが登場しているな．
たぶんこのあとも
北極海側の山地の氷河後退地などの植生のハナシとかでも登場するはず．
-
1155 自宅発北大構内走．
晴．
おーぷん大学とやらで構内に人が多い．
やはり高校生がおもな客のよーで．
1250 帰宅．
体重 74.2kg．
昼飯．
-
1500 自宅発．
Homac でいろいろと購入．
大学にむかう．
-
外見は直射日光さんさんでも気温 27°C
夕方の札幌市内をゆっくりと歩いてるかのようによそおいつつ，
アタマの中ではまたしても
三次元光計算の狂った世界をさまよっていたのであった.
円筒はダメだな
(とつぜん断定
……
いままでいろいろと工夫
してるにもかかわらず)．
球の相互めりこみくっつけで代用するしかない．
三角形にかぎらず (当然ながらある平面上の) ポリゴンは
……
その法線ヴェクトルと視線ヴェクトルの内積で視野投影面積が計算できるはずだ．
-
途中のこんびにに寄る．
なにかお茶部屋用アイスクリームでも買っていこうか
と考えたんだけど，
もし個数が人数をしたまわった場合に生起するであろう
阿鼻叫喚
弱肉強食
問答無用
優勝劣敗
盛者必衰
減価償却
諸行無常
の陰惨な未来視におびえてしまって，
ついに何も買えずじまいだった．
1610 研究室着．
お茶部屋に三人．
なーんだ，
流血圏外の
……
-
うだうだ
-
母子里林冠モデルまわりの計算結果の整理整頓．
-
メイル送信しようとしたのに送信できない
……
なになに，
工事のため本日 1900-2000 北大内外通信途絶?
いやはや．
-
そして 2000 をすぎても北大内外の通信は回復しない．
-
2045 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
食パン．
- 昼 (1340):
米麦 0.6 合．
ネギ・ピーマンの炒めもの．
塩ザケ．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ネギ・ピーマンの炒めもの．
ワカメスープ．
2006 年 07 月 31 日 (月)
-
0740 起床．
0810 自宅発．
晴．
0825 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
おーぷん大学のポスターを玄関から回収．
A 棟 8F の昨年ポスターは外して，
回収してきた今年ポスターにはりかえる．
-
ぱられるてんぱりんぐ MCMC 計算結果の整理のつづき．
[並列焼きなまし林冠]
flash 動画
もあります．
「葉移動」とかやらなくても林冠全体がわさわさと
「動いて」いるかのように見えるようになった．
-
熱帯林 (Pasoh)
がえりの甲山さんから熱帯林ハナシをあれこれと．
なンかまた危険なサンプリングをもくろんでいるな．
一番危険なのは本件の主要当事者である
甲山さん・矢澤さん・Matt
(そして FRIM 側も?)
の思惑べつべつ同床異夢状態であるのに，
本人たちはあまりそうとは考えていない，
というあたりか
……
いやいや，
私がその渦中にまきこまれかねないことに比べれば，
あとはどうでもいいことか．
-
生態学会誌 (和文誌)
編集部から「『個体差』のある統計モデリング」の校正刷りがとどく．
手紙には「学術情報」(こういう解説記事のこと)
は 5 ペイジ以内でこえたら超過料金とか書いてあるけど，
この原稿は編集長からの要請できっちり 10 ペイジある．
まあ，
追加料金とやらも発生してないみたいなんで放置しとこう．
-
統計モデリング解説校正とかはひととーり終わらせる．
1845 研究室発．
1900 帰宅．
-
1955 自宅発北大構内走．
空腹状態で走ったらどうなるだろう，
という人体実験を実施しているわけだが
……
やはりへろへろになる，
というゆーいなる結果が得られた (N = 1, p = 0.000000001274)．
そして低血糖状態の脳の中では
夜の北大構内の樹木たちの高さが 50-60m までのびてしまって，
熱帯林の悪夢というべき幻影が明滅するのであった．
2050 帰宅．
体重 74.2kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
北大構内走 55 分間．
走ってというよりよたよたとさまよっていた，
というか
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
ソーセイジパン．
- 昼 :
食ってない
- 晩 (2200):
米麦 1.0 合．
ハクサイ・キャベツ・マイタケ・コンニャク・サバぶしの
……
カレー．
味噌汁つくろうと思っていたのに，
途中でなぜかしらカレーになってしまった．
