ぎょーむ日誌 2004-01-(01-10)
2004 年 01 月 01 日 (木)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
元旦からでれでれと．
山行記録まとめる
……
って，
単なる「ぎょーむ日誌」
ですが．
-
朝から救急車と消防車のサイレンばかり聞くような気がする．
-
昼飯の準備．
山の中で指に切傷多数ができてしまって，
手がうまくうごかん．
ひょっとして，
ごく軽度の凍傷がその原因?
-
やや筋肉痛ぎみ．
年末山行はそんなに運動量は多くなかったんだけど
……
ふだん使わない筋肉を動かさないといけないんだよね．
これは冬山登山全般について言える．
たとえば，
雪にふかぶかと突き刺さってしまったスキーをひっこぬく
(同時に体全体をおこしつつ)，
という動作は足の筋肉に加重引き抜き
& ヒザを支点とする回転持ち上げ
を要求したり．
押したり蹴ったりすることに慣れきってる我が下半身筋肉は，
この尋常ならざる動作に驚愕しているのである．
-
てなかんぢで一日が終ってしまった．
静かな怠業日だった．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.7 合．
納豆．
- 昼 (1430):
タマネギ・マイタケの焼きそば．
- 晩 (1930):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・エノキダケ・コンブ・煮干の雑炊．
2004 年 01 月 02 日 (金)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
まるまる一日ついやして「ぎょーむ日誌」
の改善．
といっても内容がよくなったわけではなく，
過去 1500 日弱ぶんにアンカーと
それをたぐるリンクを自動生成するプログラム群の構築
……
もちろん，
今後に書くぶんにも自動的に新しくアンカー & リンク
できるように作ったわけで．
-
日付計算には
Date::Calc
なる Perl モジュール使いまくり．
-
ついでに，
いろいろな「ぎょーむ日誌」バグを直していく．
日付の間違いとか．
いちいち目で見てチェックはできんから，
点検・修正プログラムにやらせるわけだが
……
おお，
ぼろぼろと間違いが見つかってくるねえ．
やはり人間の手によるデータ入力は間違いまくるもんだ
……
などと書くと，
今年もやはりゑくせるファイル内の
データ入力間違いとかやらされるんだろーか．
-
全ぎょーむ日誌ファイルを書き換える作業も終了したので，
ふらふらと買い物にでかける．
あらら，
今日は北 12 生協は 2000 で閉店だったのか
(明日からは平常営業)．
食料が調達できん．
ということで料理の意欲ますますなくなり，
晩飯はれとるともの．
-
一日にたくさんの複雑なコードを書くと，
アタマの中がぐるぐるしてなかなか眠れん．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・エノキダケ・コンブ・煮干の雑炊．
- 昼 (1230):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・エノキダケ・コンブ・煮干の雑炊．
- 晩 (2130):
スパゲッティー．
レトルトパウチドもののカレー．
2004 年 01 月 03 日 (土)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
-
う．
またぎょーむ日誌生成まわりの Perl スクリプト手直しに
時間を使ってしまう．
-
いつまでも怠業ばかりしてるわけにもいかんので
1100 自宅発．
晴．
1115 研究室着．
誰もいない．
飼い主たちが帰省してるのでお茶部屋ずまいになってる動植物の
水やり・エサやりとか．
しかし仕事すすまんので，
とりあえず昼飯．
-
さーて，
仕事，
と思ったらまた KuboLog スクリプトにとらっぷされるわけで．
きりがないな．
-
シウリザクラ推定問題，
昨年のやりのこし (森君問題のほう)
に取り組もうとする．
簡単にできる問題は片づいてるわけだが，
あとはなかなかややこしいな．
-
かとーオフィス内，
奥手稲小屋なみに寒い
……
とゆーのは大げさにしても，
室温 12°C はなかなかキビしい．
とりあえずガスストーヴつける．
-
甲山さんがうろうろしてる．
-
森君のシウリザクラ推定問題に半日費して
-
「父親としての成功する要因」
の最尤推定
(GLM ではない)
& 可能な全モデルの列挙
& その中から AIC によるモデル選択
……
今回も
R
の
optim()
版を作るよゆーがなかったんで
自作 Perl モジュールの組合せで解決
-
その最良推定結果と連動して
「母親としての結実量を高める要因」
の一般化混合線形モデル (GLMM) による推定
……
これは大澤君のシウリザクラ問題用に開発した R の
glmm() (in CRAN)
& stepAIC.glmm() (自作)
のコンビネイションわざで解決
-
ありていに言って 1. で得られた推定値をもって
2. の推定計算やるのは少しイヤなんだが
……
まあ，
修論だったらいいのかな．
-
また 1. ではクレーンサイトと緑トンネルサイト
を「プール」しちまっている，
というか両調査地のパラメーターが同一と仮定して，
推定計算をやらせるようにした．
なにしろクレーンサイトの調査個体分布ってのは
ひどく偏っていてですね
……
いまさらながら，
生態学における個体間「距離」を考慮した統計モデリングは
難しいもんだと思う．
-
ともあれ，
そのように灰色な作法を用いて得られた結果は
ふつーなしろものだ．
父親としての成功，
幹直径にほぼ比例，
距離が近ければよい，
同一遺伝子型はダメ．
母親の結実，
同一遺伝子型樹木に包囲されるとがた落ち
……
だけか．
例によって混合モデルのほうがあてはまりが断トツに良く，
しかもそれは樹木単位ではなく花序単位でばらつく，
と仮定したほうがよい．
このデータセットとモデルの場合，
樹木ごとのランダム変量導入はほぼ意味ナシ，
ということのよーで．
-
ともあれ計算に関しては一件落着．
しかし，
報告を書かんといかんのだろーな．
2220 研究室発．
北 12 生協で買い物．
生鮮食品の入荷が少なくておもしろい．
2240 帰宅．
体重 72.4kg．
晩飯．
-
昨日も今日もプログラミングばかりやってたよーな．
2500 消灯．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.7 合．
納豆．
- 昼 (1200):
さっそく営業してた北 12 駅よこのパン屋
「北欧」で調達したあれこれ．
ひじきパン 120 円．
まずくはないしミネラル補給にもなるんだろーけど，
やはり無理矢理感がつよい．
カレーパン 90 円．
揚げてないやつ．
こちらはふつー．
- 晩 (2320):
米麦 0.7 合．
ネギ・豆腐・カキ・コンブの味噌鍋．
2004 年 01 月 04 日 (日)
-
0910 起床．
さっそく計算ばてか?
朝飯．
コーヒー．
-
いかん，
新年早々だらだら週末モードだ．
とりあえず昨日の推定計算問題を説明する作図とか．
-
えーと，
上の図の解題は
……
ある母親 (正確には結実した花序) i の父親が
genet j に含まれる樹木個体のひとつである，
とわかっているとする．
このときに genet j に含まれているある個体 k
が父親として成功する確率は何で決まるか?
という問題．
調査地内には他にも父親候補になりうる genet
が存在していることがわかっている．
-
1510 自宅発．
曇．
1520 研究室着．
-
昨日の計算についてメモをまとめようとしてるんだけど，
なかなかススまず．
-
気がつくと，
時系列データ解析問題に没頭していたり．
-
ということで，
予定してた作業に進捗ナシ状態．
2040 研究室発．
2100 帰宅．
体重 73.0kg．
-
2500 消灯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0940):
米麦 0.7 合．
ネギ・豆腐・カキ・コンブの味噌鍋．
- 昼 (1330):
米麦 0.7 合．
ネギ・豆腐・カキ・コンブの味噌鍋．
- 晩 (2150):
米麦 0.7 合．
ネギ・豆腐・カキ・コンブの味噌鍋．
2004 年 01 月 05 日 (月)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
晴．
0900 研究室着．
-
釧路大会関連雑用もいくつかあるんだけど，
事項列挙だけして放置．
-
昨日は頓挫してしまった計算メモ書き．
-
どうも昨日あたりからまた北大ネットが不調，
という気がする．
学外へのアクセスがむちゃくちゃに遅い場合がある．
新年早々なにやってんだか．
もちろん北大ネット (HINES)
からアナウンスのたぐいはいっさいナシ．
挙動から憶測するに，
怪しげなる北大 proxy server が原因か?
昼すぎごろからぼちぼちと回復したよーで．
-
昼飯．
みなさん，
ぼちぼちと出揃ってこられたよーで．
-
午後も計算メモつづき．
ふーむ，
\usepackage{time}
ってのがあって，
これを
使う
と時刻をファイル中に入れられるとはしらんかった
(今まで Perl で作ったフィルターに流してた)
……
いや，
LaTeX 内での日付に関しては
こちら
のほうが参考になるかな．
-
小林さんから植物の三次元モデリング・局所明るさ計算に関して面白そうな
文献
おしえていただく．
-
今日の午後から夜にかけては，
粕谷さんが
biometry
に投稿した挑戦状に完全にトラップされてしまった．
正の整数Tを正の整数の和で表すとき、分け方は何通りかあります。たとえば、
T=2なら
2=2、2=1+1
の２通り、
T=3なら
3=3、3=2+1、3=1+1+1
の３通り、という具合です。Tに対して何通りの分け方があるか求める方法は、”整
数の分割”や”分割数”といった名前で確率の本によく載っています。
私がいま知りたいのは、Tについて何通りの分け方があるかではなく、その個々の
分け方をすべて与えるアルゴリズムです。たとえば、T=3なら、３通りというのでは
なく、3、2+1、1+1+1というのが知りたいわけです。
-
夜になってからの当方が biometry に提出した答案．
簡単にできる「はず」のものにえらく時間を費してしまいました．
手のこんだ現実逃避というところでしょうか．
とりあえず Perl で書いてみました．スクリプトはこのメイルの末
尾にあります．粕谷さんの質問されてた「アルゴリズム」の一例は
このスクリプトの partition サブルーチンのごとし，ということ
で (これは再帰を使ってるので短いですね)．
実行すると，
$ ./enum_partitions.pl 5
5
4 + 1
3 + 2
3 + 1 + 1
2 + 2 + 1
2 + 1 + 1 + 1
1 + 1 + 1 + 1 + 1
となります．
どなたか親切なかた，R で書いてください (当方もはや燃えつき)．
たぶんもっと簡単にかける「はず」です．
-
たしかにこれを生成する
enum_partitions.pl
はそんなに長くない
……
なんでこんなに手こずったんだろう．
-
2130 研究室発．
2150 帰宅．
体重 73.2kg．
晩飯．
-
で，
アタマ使うプログラミング
(といっても，あれって学部学生用演習レヴェルだよなぁ)
やるとなかなか眠れん．
2520 消灯．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・マイタケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1310):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ハクサイ・マイタケ・卵の炒めもの．
- 晩 (2220):
米麦 1.0 合．
ハクサイ・ブナシメシ・油揚・煮干の味噌汁．
2004 年 01 月 06 日 (火)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
-
昨日の LaTeX 日づけ問題，
\newcommand{\zeropadding}[1]{\ifnum #1<10 0#1 \else #1 \fi}
\newcommand{\todaye}{
\the\year/\zeropadding{\the\month}/\zeropadding{\the\day}
}
てなかんぢで処理してしまった．
なンかあまり関心できないんだけど．
ついでに acer.tex
など make と Perl で強引に日付いれてたファイルも修正．
-
昼飯．
-
買う必要ないのに買ってしまった高発熱
ThinkPad X31 (US 鍵盤版)
とどく．
Linux インストールとかあとまわしだ．
そうだ，
年末の香川逃避行の航空半券・領収書を
雪野さんに提出しておかなくては．
-
1500 ごろ推定計算説明メモはひととーりできた．
6 ペイジほど．
見直しにかかる．
読んでて実に手抜きな説明ですな．
結果はメモには含めなくて web 版だけ，
と．
-
まあ，
これでいいかということにして森君や永光さんに
アップロードしましたメイルを送る．
時刻は 1532．
-
ということで，
買ってしまった ThinkPad X31 の戦力化にとりくむ．
箱あけると CD-ROM もマニュアルも何も入ってない．
日本 IBM が売りはじめた
US 鍵盤版 ThinkPad
ってこういうもんなの?
ともかくゐんどーづ XP とやらを使って
VineLinux 2.6r3
の CD image (635MB) をダウンロード．
CD-R に焼く．
じつは CD-R 使用初体験．
-
Vine のインストールはあっけなく終ってしまった．
それなのに X11 とか何の問題もなく起動するし．
いつのまにこんなに簡単になってしまったんだろう．
あ，
しかし当方の気合いがぬけてたので Dual
ぶーととやらはできないようになってしまったな．
/dev/hda の MBR に LILO 書き込んだため．
FDD ついてないんだから，
危険な試行とかできないぢゃん，
と言いわけしてみる．
-
新年早々，
激烈なるかんちがいメイルがくる．
面白いのでさらしてみよう．
先日，苫小牧**堂にラーメンを家族で食べに行きました
テーブルが，前に食べた方の，汁が数滴たれていて，非常に衛生面を考えても，いい
気分はしませんでした
従業員の女性に苦情を言いましたら，顔にはっきりと，めんどうくさい，っと云う嫌
な顔をされ，誠に憤慨致しました
ラーメンは，美味しいかも知れませんが，それ以前の教育に問題があるのではないで
すか？
しかるべき返答次第では，本社責任者へ訴えます
誠意あるご返答をして頂きたいと，存じます
メールアドレス
*************@fine.***.ne.jp
携帯
０９０−７***−９***
氏名
川***（かわ******）
悪のりして平身低頭な謝罪作文でも返信してやろーか，
と思ったんだけど，
上の文面から見るにいかにもアブないやつだと思ったんで，
放置することに．
明日にでもなれば
**堂本社 (なんてあるのかしらん?)
に正義の怒りに燃えたメイルが送りつけられてるんだろう．
-
永光さんからさっそくシウリザクラ計算のコメントいただく．
ジェネットサイズは考慮できないか?
とのこと．
なかなか面白そうなんだけど
……
という議論する間もなく，
しばらくおでかけになるそうで．
-
X31 への個人環境・ファイル一式の移行はわりと簡単に終ってしまった．
というのも
/home/kubo
をネットワーク経由で rsync
してあとは少々手直しすればいいだけなんだから．
これで細かくカスタマイズされてる設定一式が引き継がれるんだからなぁ
……
Unix 系はこのへんかなりラクです．
/etc
以下も再利用できる部分おおいし．
[ThinkPad X31 US 版]
私が適切な研究費行使ができなかったので，
購入されてしまった計算機．
しかし計算は速い．
いままでの ThinkPad240Z は Celeron 500MHz だったもんで．
-
あとは R とかダウンロードしたり．
これも回線の高速化で待たされることがなくなった．
RPM package も普及してるし．
コンパイルの必要はほとんどナシ．
-
X31 の戦力化があっさり
帰ろうとしたんだけど，
お茶部屋雑談にトラップされてしまった
……
2225 研究室発．
2245 帰宅．
体重 73.2kg．
-
2520 消灯．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・ブナシメシ・油揚・煮干の味噌汁．
- 昼 (1310):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ハクサイ・ブナシメシ・油揚・煮干の味噌汁．
- 晩 (2330):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・ブナシメシ・油揚・煮干の味噌汁．
2004 年 01 月 07 日 (水)
ばてきりました．
すでにとっくに午前終了．
ともあれこれでほぼ完全に X31 に移行できたかな．
ぎょーむ日誌とかもとっくに X31 上で vim
してるわけで．
東研 M1 片桐君にいきなり 5F まで拉致されて，
MacOS X 10.3 用に DNA 配列など調べる学術研究用ソフトウェア
(とうぜん freeware あるいは open source software)
のインストール作業
……
なんでも，
EMBOSS
(Unix 系 OS 用)
というようなソフトウェアがよく使われてるんだけど，
その GUI らっぱーとして
Kaptain
なる KDE なソフトウェアがあるんだけど，
MacOS X の X11 まわり呪われでうまくいかん，
ということのよーで．
MacOS X の debian な package 出し入れは得意ではないんだけど，
とりあえず
apt-get install
で KDE を入れることができる状況にまでは持ちこめた
……
しかしファイルがでかくてたくさんあるのでなかなか
ダウンロードが終らん．
あとは fink install emboss-kaptain
すれば最小限のコンパイルで導入できるはず，
と説明して 5F からは逃亡．
近ごろ入学してくる M1 のほとんどはゐんどーづ使いである．
しかし，
あたりまえのことながら
Mac なヒトは最初から MacOS X 使いだな．
つまり Unix の世界に近いところで暮らしていて，
何かあればこういうふうに Unix なソフトウェアを使うわけだ．
興味深い．
さらには MacOS X が動くハードウェアを持ちながら，
心理的障壁その他の事情で
MacOS X に移行できない博士課程院生
あるいはそれより年寄りな生態学者連中
(Mac 使いが多い)
が「どーしよう」とうろうろする様子を観察するのもまた面白い．
1730 外出．
北大生協書籍部 (1900 まで営業)
ふらふら．
1800 クラーク館地下の
理髪店
で散髪．
実に
3ヵ月ぶり
だ．
私の場合，
できれば毎月散髪したいんだけど，
11 月はシウリザクラにたたられており，
先月はヘルペス
にやられてたり道外に逃亡してたもんで．
アタマは 40 分ほどで片づく．
2625 円．
1850 かとーオフィスもどる．
森君の
シウリザクラ
推定問題，
部分的にやりなおし．
このへんてこな樹木はクローナルで，
根萌芽で自分の遺伝的コピーをどんどん作っていくやつで
(いま統計モデリングしてる繁殖様式は根萌芽ではなく
種子生産なんだけど)，
そういうふうに形成されたコピーの「かたまり」
は送粉者 (pollinator) を引きつけてるんだろーか?
というところを観測データから推定してみたい．
むろん他の要因 (でかい個体かどうか，など)
と同時にだ．
これに関しては
「ジェネットクラスターがでかければ
ますます送粉者も来てくれるはず」
という永光 & 森説と，
「推定された花粉親地図をみるとむしろ単木性のシウリザクラのほうが
花粉親としては成功する見込みが高そうだ」
という浦口説があるんで，
このあたり白黒つけてみたいところだ
……
で，
距離やサイズや自家不和合性を考慮している lottery model 的な
花粉競争モデル (下図) のもとで，
「孤立した個体は有利か否か?」
の最尤推定計算 & AIC モデル選択やらせてみると，
どうやら単木性のもののほうが競争力は 2.7 倍
ぐらい
(個体つまりラメット間の競争力が)
高い，
となった．
つまり浦口説がよさそう．
なんとも楽しい結果ではありませんか．
シウリザクラ生態学研究者として世界的にも五指に入る権威たる
M2 大澤先生
(5 人もいないんではという指摘はおいといて)
いわく，
「これでますますシウリザクラが何のためにクローン繁殖してるのか，
わけわからなくなりました」．
まあ，
この推定結果の生物学的解釈に関しては皆さんに悩んでいただきましょうかね．
シウリザクラといや，
その大澤君の芽の個数モデリングにおいて，
せっかく Poisson 回帰つまり一般化線形モデル (GLM)と
その発展版である一般化線形混合モデル (GLMM)
で調べてんのに，
なんだか怪しげな割算値を計算しろとか命令されてるそーで．
そんなことやっても百害あって一利ナシ，
なのはまったく明らかなんだけどなぁ．
大学院生より教官たちの教育が必要ってことかしらん?
計算メモも修正してアップロード．
VineLinux 2.6r3 において，
sudo apt-get install xpdf
しないと TrueType Kochi フォントがインストールされん．
さらにかとー先生からご教示いただいたんだけど
……
Linux 用 Adobe Acrobat Reader 5.x
の日本語フォントパックに
ゴシックフォント
HeiseiKakuGo-W5-Acro
が含まれていないので
(Adobe 社の手抜き
……
どーりで今までヘンだと思ってた)，
Reader 4.x package などからそれを取らねばならない．
やりかたについては，
このあたりの
サイト
が参考になる．
2235 研究室発．
雪．
2245 帰宅．
ばて．
晩飯．
[今日の素読]
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・ブナシメシ・油揚・煮干の味噌汁．
- 昼 :
なんとなく食ってない
- 晩 (2320):
米麦 1.0 合．
ホウレンソウ・エノキダケの卵とじ．
2004 年 01 月 08 日 (木)
-
0810 起床．
えーい．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
雪がかなり積もってる．
歩道・車道間に除雪されて形成された雪山の高さが身長をこえた．
いかにも札幌の冬らしくなってきた．
0930 研究室着．
-
なぜかシウリザクラメモの手直しに時間をとられる．
-
そしてカエデ原稿の見直し．
しばらく見てなかったんだけど，
いろいろ修正されてるなぁ．
数式の変更が気になる．
-
ひととーり読み終わったんで昼飯．
-
昼飯後に浦口さんとカエデ原稿訂正案上奏．
とりあえずパラメーター推定関連の数式はもとに戻してよし
との勅許を得る．
いつもながら疲れる．
で，
また原稿見直し．
修正．
-
大澤君と呪われ割算値回避問題について議論し，
てきとーにごまかしてやろう，
と Agresti かてごりかる本を見ると
……
うーむ，
われながら阿呆阿呆というか無知無知だ．
一般化線形モデルでは offset なる項を設定できるのか!
ああ，
どんな統計学本にもちゃんと説明されてるな．
われながら不勉強とゆーか不注意とゆーか．
いつものことながら．
-
っつーことで
λ = xoffset
exp(Σ βi xi)
= exp(Σ βi xi + log(xoffset))
てなかんぢのモデリングが簡単にできるわけで．
R
なら glm() や glmmML()
で offset = offset(...) と指定するだけだな．
-
ともかくこれで，
カウントデータに関するかぎり，
生態学からは呪われ割算値を完ペキに排除できて，
ポアソン分布その他あれこれ離散確率分布を仮定したモデリングが可能
(しかも
glm の枠組みの中で!)
と示されたわけだ．
めでたしめでたし．
-
ということで，
一般化線形混合モデル選択用の自作関数
stepAIC.glmmML()
も offset を指定できるようにする．
-
しかし悪いことはできんもので，
offset なモデルを使って推定計算やりなおしてみると，
opportunity cost に関するごまかし計算
(というほど高尚なものではなく単なる間違い)
のアヤしさが暴露されてしまったよーだ．
えーい，
またまたシウリザクラ計算 (大澤君用)
やりなおしか．
-
しかし今日はもう遅いんで計算の続きはまた明日だ．
しかし，
まぁ，
生物学的にはともかく統計学的には offset いりモデルって，
あまりうまくいかなかったりする場合もあるんだよなぁ
……
と今までやったことある事例を考えるのであった．
2155 研究室発．
2220 帰宅．
体重 73.0kg．
-
2300 消灯．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.7 合．
ネギ卵炒飯．
- 昼 (1310):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
ホウレンソウ・エノキダケの卵とじ．
- 晩 (2300):
米麦 0.7 合．
ネギ・麸・ホタテ・コンブの味噌汁．
2004 年 01 月 09 日 (金)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
大雪．
0920 研究室着．
論文よみ．
-
1000
論文セミナー
，
今日は塩寺さんがオーストラリア熱帯な
湿潤 vs 乾燥 & P-rich vs P-poor
な森林で取れた葉っぱの群集スケイルな比較の論文の紹介．
基本的には最大光合成速度は何で決まるか，
でリンだの窒素だの SLA (怪しげ割算値)
だのあれこれで説明してみませう，
というもの．
standardized major axis あてはめなるタテ横最小二乗法
(著者たちが作った
SMATR
なる計算ソフトウェアとかも公開されてたり)
で呪われぐあいを推し量ろうとは努力してるんだが
……
ぢう回帰モデリングはやはり呪われた結果なのであった．
ふーむ．
熱帯・多種・割算値・クモの巣状交絡網
……
といった解析を難しくしてしまう要素がでそろってしまうと，
もはや人間の限界といいますか．
1130 終了．
-
昼飯
……
食おうとしたら，
工藤さんあいてに offset つき一般化線形モデル
(昨日，よーやくにして「発掘」されたあれ)
の説明をすることに．
ともかく割算値問題はこれで終了．
カウントデータ解析は「そのままの値」に
離散確率分布をあてはめて楽しくやりましょう，
ということで．
めでたい．
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昼飯後にシウリザクラの
opportunity cost 計算問題に再びとりくむ．
これは昨年いんちきな計算をやって放置しといたものだ．
ここでいう opportunity cost とは
「もしこの葉っぱが虫にかじられなければ，
どれぐらい残存できていただろうか
(つまり生産に貢献できただろうか)」
の推定値である．
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うーん，
書いてみると opportunity cost なる terminology
は良くないような気がしてきた．
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ともかく，
各シュートごとにこの「失われた葉の価値」
を計算していく機構を作っていく．
基本的にはそんなに難しい計算ではない．
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こちらで得られた見積もり計算を大澤君に渡して，
芽の個数を説明する一般化線形混合モデルにほうりこむと
……
まぁ，
そんなに悪くはないのかな．
とゆーことで．
1630 一件落着．
お茶部屋にいくと奇怪な現場にでくわす．
[そーてぃんぐ]
CN こーだー用とかとか多様性うんちゃら用の
サンプルとかをひたすら処理しなければならぬ生態学者が
ココロを少し病んでしまうと，
このような症状がでる．
分類されてしまったのは熊のグミ．
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opportunity cost あらため食害コストと呼ぶことにした
量を計算する方法についてメモにまとめてみる
……
つまりまあ修論というものには，
ところどころ M2 の表現能力を超えてる部分があるんでは，
と思うわけですよ．
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しかし推定計算結果をよくよく見ると，
「虫にかじられたせいで死亡」
という部分だけを
ホントに分離
するってのは不可能に近いな．
とくに一般化混合線形モデルではその困難までをも
わかりやすく
(つまりあからさまに)
表現しちゃってるわけで
……
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メモ書き途中のまま
2020 研究室発．
晴．
2030 帰宅．
体重 73.6kg．
げー，
なんで太ってるわけ?
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で，
なんか晩飯後にひたすらだらだらする習慣は不治なんだろーか．
2600 消灯．
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[今日の素読]
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
運動量すくないんだろーな，
これ
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[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.7 合．
- 昼 (1310):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
キャベツ・タマネギ・豆腐の炒めもの．
- 晩 (2130):
米麦 0.7 合．
キャベツ・タマネギ・エノキダケ・豆腐のシチュー．
2004 年 01 月 10 日 (土)
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0930 起床．
けっこう終ってる．
朝飯．
コーヒー．
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ナニも進捗しない．
外は降雪のよーだ．
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1650 自宅発．
曇．
1700 研究室着．
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しかし仕事ススまん．
ひたすらにまぬけだ．
2000 研究室発．
雪．
2030 帰宅．
体重 73.2kg．
晩飯．
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VineLinux
2.6r3 って実はトンでもな設定だと発見．
昨年 Kochi フォントがらみであれこれ問題あったけど，
それが意外な影響を及ぼしてた，
と言いますか
……
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default では
TrueType-kochi-subst
(Free Japanese/English True Type Font (Kochi substitute, Luxi))
なるフォントがインストールされるけど，
これはよろしくない．
見てくれがヘンというだけでなく，
web browser (mozilla 系も Opera も)
とかをフリーズ (!) させやがるんだよね
(もちろん
TrueType-kochi-subst
のままでもとりあえず動くんだけど，
私には認識できない何か決定論的な要因で
galeon とかが止まったりする)．
いやはや．
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対策は簡単で
apt-get install TrueType-kochi
するだけ．
TrueType-kochi-subst
はこのとき自動的に削除される．
つまり Vine の packager たちも
ユーザーがそうすることを意図してるようで．
だったら，
ちゃんとどこかに書いとけよと思うわけだが，
コシが引けてるといいますか．
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2430 消灯．
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[今日の食卓]
- 朝 (1000):
米麦 0.7 合．
キャベツ・タマネギ・エノキダケ・豆腐のシチュー．
- 昼 (1400):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
キャベツ・タマネギ・エノキダケ・豆腐のシチュー．
- 晩 (2100):
うどん．
ごぼ天．
