ぎょーむ日誌 2004-01-07

2004 年 01 月 07 日 (水)

• 0830 起床． えーい， だらだらしてるな． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0930 研究室着．
• ThinkPad X31 (US 鍵盤版) まわりの細かいワナで午前中が費されてしまった． まぬけだ． まず闇ネット問題． X31 がつながったりつながらなかったり． ケイブルがおかしいのだろうか， と作り直したり比較実験やっても釈然としない． 最終的に switching hub の問題だった， と特定できた． こいつは MAC アドレスとか記憶しやがるんだよね． で， 今までは差し替えによって通信不能になったら， 手もとの hub だけ電源いれなおせば通信が回復した． しかしながら， X31 は e100: eth0 NIC Link is Up 100 Mbps Full duplex なる NIC を使っているせいか (full duplex がいかんのか?)， 手もとだけでなく， もひとつ「上流」の hub もリセットせんといかん． しかもその順番は「上流 → 下流」だ (なぜ?)． ともあれ一件落着．
• おっt Canna の頻度学習辞書とか再設定しないと． ぎょーむ日誌 2002.12.13 に書いてあるとーり． しかしこういうのをわざわざ手動でやらねばならんところが， Linux 日本語環境のまだまだな部分なんでしょうなぁ．
• ぎょーむ日誌文字化け問題． これは私の愛用するテキストエディター vim の日本語文字処理部分の問題だ． 現状は 6.2.x が最新であるけれど， Vine では 6.1.265 だな． こいつはなぜかしら JIS 文字の処理が不完全で， もうちょいパッチをあてた 6.1.300 以降にしないといけない．
• ついでなんで VineSeedPlus から vim-6.2.106 の SRPM をとってきて rpm --rebuild してみる …… これも問題なさそうかな? (試用中 → どうやら良さそう)
• PalmOS 3.5 機 (中古 clie PEG-S500C 3000 円) との USB 経由 hotsync 問題でコケまくる． このあたりの苦闘についてぎょーむ日誌に何も記録が残っていないためだ …… おそらく， 昨年 4 月当事はつくば大会消耗で気力が失せてたのだろう． とりあえず到達した解決策 (for Vine Linux 2.6r3) としては
  • 下のような邪悪な chown を行う (ぜんぜんおススめではない)

  	crw-------    1 kubo     uucp     188,   0 Aug  2  2002 /dev/ttyUSB0
  

  • /etc/murasaki/murasaki.usbmap にかかる 一行 を追加する (カーネルモジュール visor がないとダメだよ)
  • jpilot-0.99.5-0vl1.i386.rpm と pilot-link-0.11.7-0vl1.i386.rpm を VineSeedPlus から導入する …… これより古いものはダメ
  ばてきりました． すでにとっくに午前終了． ともあれこれでほぼ完全に X31 に移行できたかな． ぎょーむ日誌とかもとっくに X31 上で vim してるわけで．
• 東研 M1 片桐君にいきなり 5F まで拉致されて， MacOS X 10.3 用に DNA 配列など調べる学術研究用ソフトウェア (とうぜん freeware あるいは open source software) のインストール作業 …… なんでも， EMBOSS (Unix 系 OS 用) というようなソフトウェアがよく使われてるんだけど， その GUI らっぱーとして Kaptain なる KDE なソフトウェアがあるんだけど， MacOS X の X11 まわり呪われでうまくいかん， ということのよーで．
• MacOS X の debian な package 出し入れは得意ではないんだけど， とりあえず apt-get install で KDE を入れることができる状況にまでは持ちこめた …… しかしファイルがでかくてたくさんあるのでなかなか ダウンロードが終らん． あとは fink install emboss-kaptain すれば最小限のコンパイルで導入できるはず， と説明して 5F からは逃亡．
• 近ごろ入学してくる M1 のほとんどはゐんどーづ使いである． しかし， あたりまえのことながら Mac なヒトは最初から MacOS X 使いだな． つまり Unix の世界に近いところで暮らしていて， 何かあればこういうふうに Unix なソフトウェアを使うわけだ． 興味深い． さらには MacOS X が動くハードウェアを持ちながら， 心理的障壁その他の事情で MacOS X に移行できない博士課程院生 あるいはそれより年寄りな生態学者連中 (Mac 使いが多い) が「どーしよう」とうろうろする様子を観察するのもまた面白い．
• 1730 外出． 北大生協書籍部 (1900 まで営業) ふらふら． 1800 クラーク館地下の 理髪店 で散髪． 実に 3ヵ月ぶり だ． 私の場合， できれば毎月散髪したいんだけど， 11 月はシウリザクラにたたられており， 先月はヘルペス にやられてたり道外に逃亡してたもんで．
• アタマは 40 分ほどで片づく． 2625 円． 1850 かとーオフィスもどる．
• 森君の シウリザクラ 推定問題， 部分的にやりなおし． このへんてこな樹木はクローナルで， 根萌芽で自分の遺伝的コピーをどんどん作っていくやつで (いま統計モデリングしてる繁殖様式は根萌芽ではなく 種子生産なんだけど)， そういうふうに形成されたコピーの「かたまり」 は送粉者 (pollinator) を引きつけてるんだろーか? というところを観測データから推定してみたい． むろん他の要因 (でかい個体かどうか，など) と同時にだ．
• これに関しては 「ジェネットクラスターがでかければ ますます送粉者も来てくれるはず」 という永光 & 森説と， 「推定された花粉親地図をみるとむしろ単木性のシウリザクラのほうが 花粉親としては成功する見込みが高そうだ」 という浦口説があるんで， このあたり白黒つけてみたいところだ …… で， 距離やサイズや自家不和合性を考慮している lottery model 的な 花粉競争モデル (下図) のもとで，

「孤立した個体は有利か否か?」 の最尤推定計算 & AIC モデル選択やらせてみると， どうやら単木性のもののほうが競争力は 2.7 倍 ぐらい (個体つまりラメット間の競争力が) 高い， となった． つまり浦口説がよさそう． なんとも楽しい結果ではありませんか．
• シウリザクラ生態学研究者として世界的にも五指に入る権威たる M2 大澤先生 (5 人もいないんではという指摘はおいといて) いわく， 「これでますますシウリザクラが何のためにクローン繁殖してるのか， わけわからなくなりました」． まあ， この推定結果の生物学的解釈に関しては皆さんに悩んでいただきましょうかね．
• シウリザクラといや， その大澤君の芽の個数モデリングにおいて， せっかく Poisson 回帰つまり一般化線形モデル (GLM)と その発展版である一般化線形混合モデル (GLMM) で調べてんのに， なんだか怪しげな割算値を計算しろとか命令されてるそーで． そんなことやっても百害あって一利ナシ， なのはまったく明らかなんだけどなぁ． 大学院生より教官たちの教育が必要ってことかしらん?
• 計算メモも修正してアップロード． VineLinux 2.6r3 において， sudo apt-get install xpdf しないと TrueType Kochi フォントがインストールされん．
• さらにかとー先生からご教示いただいたんだけど …… Linux 用 Adobe Acrobat Reader 5.x の日本語フォントパックに ゴシックフォント HeiseiKakuGo-W5-Acro が含まれていないので (Adobe 社の手抜き …… どーりで今までヘンだと思ってた)， Reader 4.x package などからそれを取らねばならない． やりかたについては， このあたりの サイト が参考になる．
• 2235 研究室発． 雪． 2245 帰宅． ばて． 晩飯．
• [今日の素読]
  • やっぱ早起きせんといかんのかな
• [今日の運動]
  • 今日はうんどうもしてないし
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ブナシメシ・油揚・煮干の味噌汁．
  • 昼 : なんとなく食ってない
  • 晩 (2320): 米麦 1.0 合． ホウレンソウ・エノキダケの卵とじ．