ぎょーむ日誌 2006-07-27

2006 年 07 月 27 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• さて， 昨晩やらせておいた ぱられるてんぱりんぐ MCMC 計算の結果は …… と． まあ， ぱられるにしたので当然ながら林冠上部も多少は「震えて」いる． 動いてるように見えないって? まあ， アニメイションにするともうちょいわかりやすいんだけど．

• まあ， よく混合はしているよな …… しかし， その副作用として収束が格段に遅くなってるね． つまり今までだったら (局所的なんだろうけど) 良い所に単調に近づいていってたわけだが， レプリカ間のいれかえを導入すると山のぼりの途中に 谷底に蹴落とされるようなもんだからなあ． これまた， 当然ながら (ってのに気づいてなかったんだけど) 「遅く」なる， と．

• Metropolis-Hastings 法のおもしろいところは， 条件をちょっとゆるめるとたちまちトンでもなパターンを生成してくれるところ， なのかもしれぬ．
• サンプリング設定をかえて再計算． MCMC 本などみなおす．
• 計算中止命令． 「温度」のいれかたにちょっとまちがいがあった． 修正して計算やりなおし．
• 昨日はかなりせばめた「温度差」 もうちょい増やしてもいいのでは， という気がしてきたので設定を変更してまた計算やりなおし． やりなおしを命じたあとに， 「やっぱり『温度差』がでかいといよいよ収束時間が遅くなるかも」 というようなコトをうだうだと考えてみたり． まあ， 途中経過をざっとながめた感じでは特におそいわけでも， また林冠 configuration が凍りついてるわけでもないみたいだけど．
• 森君がやってきて A704 の新型プリンター LP-S6500 のトナーがはやくもきれかけとのこと． みると K がほとんどなく CMY もかなり減っている． 購入してまだ三ヶ月なんだが …… こんなもんか?
• さらに， だ． 何やらいま森君が書いてる シウリザクラ論文の数式まわりを書け， とか (2.5 年前 に私がその計算へるぱーをやったあれ) …… で， 拝見してみるとたしかにそのあたり私が書いたほうがまだしもマシかも， という状況におちいってますなぁ． このイラク戦争的なシウリザクラ問題にはまきこまれぬよう注意していたんだが， まあ数理モデルまわりのめんどうまでも永光さんにおしつけるのも …… と， ふと表紙をみると， いつのまにやら知らないうちに私の名前も共著者に加えられてしまっている …… いやはや． よい子の院生の皆さん， ことわりもなく他人を共著者に加えるのはやめませう．
• ということで， シウリザクラ研究ボスの永光さんにいまさらながらご挨拶メイルを書いたり． まあ， 森君のほうでいろいろ大量破壊兵器さがし的な 書きなおし作業が延々とつづくだろーから， 当方はしばらく放置できるだろう．
• 「温度差」ややひろげた parallel tempering MCMC 計算， こういうかんぢで進捗している． やはり， いれかわりがゆっくりになっている．

• 150 K step あたりから混戦もようになっているのは， 温度やや高めのところうろうろしてた連中が， 温度低めにいすわってたレプリカに「追いついて」きたからだ． ぢつに興味ぶかい．
• このあともちらちらとながめていると …… なんというか 8 個あるレプリカが (サッカーとかよく知らないんだけど) J1 と J2 に別れて争っていて， J1-J2 間のいれかえ戦があまりひんぱんではない， というような …… いやいや， 各リーグ内でも上位どうし下位どうしばかりが順位あらそいをやっているような． これでいいのか?
• さらに 「温度設定かえて計算やりなおしたい」 という欲求をがまんして見てると …… すごくゆっくりとはいれかわっているんだよね． 現時点では入れ換え戦で J1 に入ったやつがトップにいる． しかしながら， この「温度差」では万年 J2 下位の連中が J1 トップあらそいをやるまでにはすごく時間かかりそうだ．
• まあ， サンプリングそのものにも時間かかるわけだし， ここはしばらく放置してみますか．
• このように「温度差」ひろめにしておくと， 入れ換えはひんぱんでなくなり， その結果として「見かけ上は」収束がちょっと速くなっているようだ． トップはそれなりに入れ換わるようになったので 「見かけ上」 だけよりは少しマシな状況かもしれない． 逆に昨日から今朝にかけてのように， 「温度差」せまめにしておくとレプリカ交換が多くてよいのだけど， これはいわばすぐに高温状態に蹴り落されるわけで Gibbs 定常分布への収束は時間がかかる， と．
• ここまでの計算時間， 約 3 時間で半分 (40 万 step) おわった． こうなったら， ややひろめに思える「温度間隔」だけど， このままひとまず最後まで計算させてみるか．
• うーむ， jeconet に 黒田啓行さん から例のシンポジウムの案内が …… 来月 24 日， いまからかなり (準備その他が) 不安なのである． まあ， 林冠 Gibbs モデルと何か簡単な Bayes モデルを紹介する予定なんだけど． 生物資源管理にも保全にも直接には結びつかないハナシだなぁ ……

第2回「生物資源の数理モデリング」シンポジウム
（演題等変更の可能性があります）
日時  2006年8月24日（木）  9時30分から17時まで
場所  東京大学・駒場キャンパス・11号館1106号室
（京王井の頭線・駒場東大前下車すぐ）
http://www.c.u-tokyo.ac.jp/jpn/kyoyo/map.html
生物資源の保全・管理において、数理モデルによる評価および予測は重要な役
割を担いつつある。しかし、扱う問題が現実的であるほど、モデル化の際の困
難も多く、手法の高度化とともに、新たな発想が求められている。今回は、生
態学、水産学、統計学に関する様々な話題を通して、これからの野生生物の数
理モデリングにおいて何が必要なのか考えてみたい。
9:30 - 9:50  黒田啓行（遠洋水研）
  「シンポの趣旨説明＆アホウドリ混獲評価プロジェクトの紹介」
9:50 - 10:30  藤田剛（東京大）
  「房総丘陵におけるシカ個体群管理のための空間明示モデル」
10:30 - 11:10  竹中明夫（環境研）
  「多種共存メカニズムは，森林の構造にその痕跡を残すのか」
11:10 - 11:50  箱山洋（中央水研）
  「在来淡水魚の生息地ネットワーク：湖沼-河川-水田の系に着目して」
（昼食）
13:00 - 13:40  岡村寛・仙波靖子（遠洋水研）
  「アオザメ個体群トレンドの復元問題」
13:40 - 14:20  久保拓弥（北海道大）
  「植物生態学研究で使われている MCMC 計算の紹介」
14:20 - 15:00  北門利英（東京海洋大）
  「遺伝統計学的方法による集団構造の推定」
（休憩）
15:20 - 16:00  島谷健一郎（統数研）
  「ベイズ型ノンパラメトリック推定」
16:00 - 16:40  竹内幸夫（遠洋水研）
  「水産で使われる統合型資源評価モデル」
16:40 - 17:00  総合討論

• 1900 研究室発． 空腹なのになぜか古本屋にふらふらと． 1950 帰宅． 体重 74.2kg． 晩飯．
• ホントに (ほぼ) 「J1-J2 分離状態」のまま， 計算がひととおりおわった． 計算時間 320 分． おそるべきことに， まだ収束していないようにみえる．

• まあ， これでこの問題に関する妥当な「温度差設定」が明らかになったし， どれぐらいの step 数が必要なのかもわかってきたので， また計算やりなおしを命じておきますか．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． ワカメスープ．
  • 昼 : 食ってない
  • 晩 (2220): 米麦 1.0 合． ネギ・エリンギ・豆腐の卵とじ． コンニャク煮物．