ぎょーむ日誌 2006-09-(21-30)

2006 年 09 月 21 日 (木)

• 0650 起床． 0705 自宅発． 晴． 0720 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• うだうだとぎょーむ日誌を書いてみたり．
• また大陸奥地から面倒を招来しそうな もめごとの原因になりそうなメイルがきたので， まずはそちらでよく話あってください返信．
• 小林さんからダケカンバ葉っぱの光合成速度と 蒸散速度のデータおくってもらったので， それぞれの光 vs 速度曲線を作図してみる．

[とりあえずこういうかんぢ]

で論文用の曲線を推定・作図しなおした． 林冠の合計生産力や蒸散量はあとから計算しなおす予定 (といっても自動作表プログラムを動かすだけだけど)．
光合成速度 (上) のほうは 5 枚の葉のデータに (いわゆる) 非直角双曲線 (呼吸量もいれて 4 パラメーター)， 蒸散速度 (下) のほうは 4 枚の葉のデータに 私がでっちあげたてきとーな式 c - (c - a) * exp(-b * I) という 3 パラメーターモデルをあてはめたもの．
ここでの fitting には R の nls() 使った．

• これらの「セン」はいっけん問題なく見えるけれど， 統計学的・生物学的にいろいろと問題ありありだ …… しかし， この林冠モデル論文の眼目は 「精密な推定をすること」 ではないので， 上のいんちきくさいセンを使う予定なんだけど．
• 気になるひとつの点は「個葉差」である． この測定では一枚の葉から何度もデータをとる， つまり典型的な pseudo-replication になっているわけで， そのあたりは 「個葉差」 図示される．

[個葉差]

上が光合成速度， 下が蒸散速度．
生理生態学では同じ個体とか葉っぱから何度もデータとることが多いのに， そのあたりまったく考慮しないでパラメーター推定とかやってんのは かなりヘンだよねえ， とかねがね思っていたわけですが ……

• こういう状況では random effects を考慮した統計モデリングが役にたつはずだ …… ということで， 論文用の計算とは別に nlme() in library(nlme) でためしに推定してみる．

  fit.mixed <- nlme(
  	prate ~ f.prate(f, q, pmax, respiration, PPFD),
  	data = data.photosynthetic.rate,
  	fixed = f + q + pmax + respiration ~ 1,
  	random = q + pmax + respiration ~ 1 | id,
  	start = c(f = 0.06, q = 0.7, pmax = 13, respiration = 2)
  )
  

  nlme() はなんでもかんでも正規分布かつその平均値は (とうぜんパラメーターに関する) 非線形な関数でよい， つまり非線形混合モデルを計算してくれるわけだ． なんでもかんでも正規分布のご利益で複雑な random effects を指定できる． このあたり GLMM とは異なるところだ …… とはいえ， random effects をになう項を複雑にするとかなり計算に時間かかるけど．
• で， random = q + pmax + respiration ~ 1 | id, なる random effects 構成は AIC (ABIC?) 的に最良の random effects だったわけだが …… うーむ， この観測データ & このモデルの組み合わせのもとでは， 混合モデル化することによってあてはまりは格段に改善されるものの， パラメーターの最尤推定値そのものはほとんど変化しないなあ ……

  Nonlinear mixed-effects model fit by maximum likelihood
    Model: prate ~ f.prate(f, q, pmax, respiration, PPFD) 
    Data: dd 
    Log-likelihood: -22.214
    Fixed: f + q + pmax + respiration ~ 1 
            f           q        pmax respiration 
     0.064786    0.614758   17.456469    2.188832 
  Random effects:
   Formula: list(q ~ 1, pmax ~ 1, respiration ~ 1)
   Level: id
   Structure: General positive-definite, Log-Cholesky parametrization
              StdDev  Corr         
  q           0.20057 q      pmax  
  pmax        3.77612 -0.997       
  respiration 0.54150 -0.296  0.219
  Residual    0.23171              
  Number of Observations: 70
  Number of Groups: 5 
  

• えーと， どういう計算しても最大光合成速度 (明るさ無限大? における光合成速度?) が 17μmol あたりになるってのが気になっているんだよねえ …… たいていの葉は 13μmol ぐらいでアタマうちになってんのに， 17μmol ってことはないでしょう， と思ったわけだが．
• つまり個葉差考慮した統計モデルでも推定値があまり変わらない， ということは
  1. 非直角双曲線なる関数型で 光-光合成関係を記述するのは不適切である (光強度「無限大」における 光合成速度なんかをもちだしてくる数理モデルがおかしい)
  2. こういうモデルで得られた推定値， たとえば「最大光合成速度」とかを 生物学的に文字どーり解釈してはならない
  まあ， 上のふたつはどちらもだいたい同じコトをいってるんだけど， こういうハナシなんでしょう． いやはや， 今回の林冠モデルの応用例として計算してみせる 林冠生産量・蒸散量の憶測値試算みたいに， ある光強度範囲における 現象論的な関数関係さえわかればよい， というときには問題にはならんわけだけど．
• なんともはやー， とゆー気分になってきたので， お茶部屋かたづけで気分転換． ついでにお茶． 時刻は 1110．
• 生理生態学データを混合モデルで解析しろ， というのは一個の独立した研究になるんじゃないかなあ， と思ったんだが． 生理データ， というけど lme/nlme 本 みればわかるように， 混合モデルはとっくの昔から人間・動物の生理データ解析に 頻繁に使われている． 植物生理学まわりが遅れてるだけ， ってことかしらん?
• ホントにここまでの計算とかまちがってないだろうなあ， と何度もチェックしなおしてみたり．
• ついに 「ひょっとして関数型そのものを間違ってるんぢゃなかろーな」 というところまで気になる． 文献ファイル には Thornley (1976) などともっともらしくあげているわけだが， これまたインチキなことに私はこの 「植物生理学の数理モデル」 なる教科書をもっていない． しょうがないので， またネット上などで検索してみると …… Thornley 御大の近著論文， ちょっと粘着じみたものを感じさせるタイトルの論文みつけてしまいましたよ．

  Thornley, JHM. 2002. Instantaneous canopy photosynthesis: analytical expressions for sun and shade leaves based on exponential light decay down the canopy and an acclimated non-rectangular hyperbola for leaf photosynthesis. Annals of Botany 89: 451-458. (url)

  とりあえず当方の数式でまちがいなし， か． 上記論文， びみょーな諧謔とやや偏執ぎみな雰囲気に気圧されてしまったので， これって魔除けにでもなるかも， と 文献ファイル にまつっておくことにする．
• 昼飯．
• まあ， 昼飯前のアレで 光合成・蒸散速度の光依存性がわかってしまったことにしてしまって， モデル林冠のあれこれを再計算． 作図・作表のやりなおし． まあ， このあたりはいつものごとく 「なんべんでも最初から計算やりなおしできる」 よう半自動化されているわけだが．
• 本文のなおしにとりくむ． LIDAR 文献あつめてみたり． 小林さんがこちらに寄ってくださったので， 書き直しについて相談．
• 1810 研究室発． 1825 帰宅． 体重 73.0kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日がつづいている
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1355): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1930): 米麦 0.7 合． 卵焼き． ネギ・豆腐の味噌汁．

2006 年 09 月 22 日 (金)

• 0620 起床． 朝飯． コーヒー． 0805 自宅発． 晴． 0820 研究室着．
• 小林さんが一昨日・昨日とこちらに来てくださって相談できたので， あんがい早く終わりそうな気がしてきた林冠モデル作文のつづき． 投稿まですませてしまえることができるなら， (放置するとまたあれこれ忘れてしまうので) 他のことより先にこちらを片づけたほうがよいわけで．
• 導入部分ひととーり書き直し …… 一時間ほどで気分転換が必要となりお茶部屋かたづけ． ついでにお茶．
• そのあたりで (現時点ではあまり関係ないんだけど) 何か LIDAR について書いたほうがよいかも …… で， いくつか論文をながめてみたんだけど， 今まで引用したのはヤメにして， 単純な Lidar vs 地上観測比較ものについて言及することに． げ， もう正午ちかいぢゃん．
• 大学院生まんが PHD， ここ二回ほどなかなか辛辣な観察が． 「科学的方法」と「現実の方法」の 比較． そして意味もなく紙たばをあちこちに運搬したがる 研究者 …… 私も無意識のうちにときどきこういうことやってる， と気づかされた． べつに productive に見せかけようとしてるわけではない， と思うんだが …… だったらどういう理由によるものなのだろう．
• ということで (?)， ここまでの修正を紙に印刷出力してみる． すると， またいろいろとなおしたくなる． 内容的にはウスいと思うんだけど， なンかこの部分もいつのまにやら長くなってるよ． 現時点でおよそ 1100 語． モデル説明はもっとだらだらと粘着的に長く (と言いつつこれでもかなり説明を省略しているんだけど) ぢつに 2900 語にちかい． このあと， evapotranspiration rate の説明が追加されるのでさらに長くなる予定．
• 昼飯． 昼飯後にまたカオス的になってきたお茶部屋冷蔵庫の整理をやってると， 大学院生たちが手伝ってくれたので 「捨てる / 捨てない」 判断がすごくやりやすくなった (ついでに人数が増えると 「勢いで『捨てちゃえ』」 効果が強まるとわかった)． カビのはえたダイコン煮物やイカの塩辛は廃棄されることに． 欲望のおもむくままに冷蔵庫に保存されてたんだろうけど， なぜかしらその主体的な行為そのものが記憶領域から削除されてしまうらしく， 冷蔵庫内カビ培地の追加供給にオワってしまうのである．
• 冷蔵庫かたづけ疲れなのか作文のテが止まって …… ふと気づくと統計学本を熟読していた． 私の理解ってこういうきちんとした本が書けるところほどには， 明晰ではないのだろうなあ ……
• そういや蒸発散量 (evapotranspiration) のデータが変わったんだっけ， ということでまた半自動の作表・作図プログラムを動かす．
• このあたりの変更に対応して作文も修正．
• お茶部屋ではなぜかユダヤ教・キリスト教・イスラム教 の根源にかかわる議論が．
• 予定どーりと言いますか， discussion 節はかなり書き直しが必要だな， と検討してると …… いきなり院生のスリランカ訪花昆虫データ解析宿題のてつだい． なんだかおもしろそうな現象なんだけど， データがあまりにも少ない …… こういう (生態学ではありがちな) 状況では glm() + stepAIC() がとりあえずおてがるで良い． 「観察データに含まれる情報量が少なければ， (もしその現象がホントは複雑精妙なものであったとしても) 観察者はその現象の複雑さについて何も言えない」 というあたりまえのコトをじつにすっきりと提示してくれる．
• 帰宅しようとしたらお茶部屋雑談にとらっぷされた …… これは院生密度が高くなってきたときに発生する確率が高まる現象である． するとやや強いにわか雨が．
• 2005 研究室発． にわか雨はやんでる． 2020 帰宅． 体重 73.4kg．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， ひたすらつづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0630): 米麦 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． トマト・ネギ・豆腐の煮物．

2006 年 09 月 23 日 (土)

• 0620 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 洗濯．
• 以前から気になってるけどなぜかあまり報道されてないように思える事件:
  • 大阪大生命機能研究科関係者による 論文ねつ造事件が発覚， その論文は撤回された (8/2)
  • その論文の共著者の一人である助手氏が実験室で服毒自殺 (9/1)
  • この助手氏はねつ造にかかわっていたわけではなく， まったく逆で
    1. 知らないうちに勝手にデータつかわれて， 共著者にされてた
    2. 出版後にそれを知り告発して論文を撤回させた
    3. ねつ造事件の学内の調査委員会に協力的だった
    4. データ改ざんはその論文の corresponding author である杉野明雄教授が単独でおこなった， と大阪大生命機能研究科の 研究公正委員会が断定 (9/21)
• きちんとした部分については 「科学コミュニケーションブログ」 や 「5 号館のつぶやき」 などにまとめられている (最新の新聞サイト報道などへのリンクもある)．
• 毎日の記事 は杉野教授のねつ造動機にもふれているな． first author である大学院生の学振応募書類に必要だったそーです．
• ウラにでまわってる出典よくわからぬウワサの例としては， 大学は自殺事件そのものを「なかったこと」にしようとした， などなどといった本邦の大学ならば あっても不思議ではないイヤなハナシとかだったり．
• こういう場合， その大学とか研究科のサイト って， ホントに完全に「なかったこと」にしてるよね． というか， 事件の中心にある研究室の存在すら なかったこと， にしてるわけ?
• ねつ造論文と自殺の関係は不明， とか言ってる学内の調査委員会報告， 何というかオワってるね …… 人間の生き死にに関わる捜査は 尋問のプロにやってもらわないと無理でしょうなあ． でないと， 誰もホントのことなんかしゃべるわけないって．
• 国内の報道はあまりふみこんでないんだけど， 最新の Nature には News としてもっときちんとしたものが:

  Ichiko Fuyuno and David Cyranoski. 2006. Mystery surrounds lab death: Japanese biologist found poisoned at his bench. Nature 443: 253. (url, full text)

  著者は 冬野いち子さんで Nature や FEER などでいろいろな記事を書いておられる人 …… 「やはり最後は女性頼みの日本」， この嘆息表現は柳田さんの剽窃だけど．
• そしてその柳田さんご自身も今日はこの件について詳しく書いておられる (日本語, 英語)． まあ， こういうふうに海外にもどんどん知られていくわけで ……

  Journalists seem to be often shouted when they try to get some remarks.

  取材にきた記者を怒鳴る阪大の対応ってどうなってるわけ? こういう場合は広報担当者をきめて 「阪大はこの件に対してきちんと情報公開してます」 と (せめてフリだけでも) 対応してみせるべきなのに．
• 阪大の菊池さんによる杉野教授のねつ造手法に関する コメント．

  今や最高の実験器具はPhotoshopだということがわかります。 Photoshopさえあれば、どんな実験結果も思いのまま。

  まあ， この論法でいけばどんなデータ解析ソフトウェアも 最強のねつ造道具ということになりますが．
• 服毒の真相はもはや闇の中なんだろうけど， そこに至る経緯というか周辺の状況なんかはもっと明らかになるはずだ． 刑事事件になる， つまり警察が介入すればもう少し調査がススむのだろうか …… しかし刑事事件にはならないんでしょうな． 警察もべつに何か正義みたいなものを実現したいわけではないのだろうし．
• これって大学・研究がらみで発生したから 私などには重大事件に思えてしまうのであって， 企業なんかだとこういうたぐいの 不可解な自殺事件って珍しくも何ともないから (そしてうやむやにされるから)， あまり報道されてないわけ?
• いかなる劣悪な状況に立たされたとしても， 死んだら負け， ということです．
• 昼飯． 1250 自宅発． 晴． JR 札幌駅周辺の本屋とかをふらふらとしてから 1340 研究室着．
• どうも仕事がススまない．
• すみません， 夕方すぎまで寝てました ……
• そしてお茶部屋では土曜日なのに (土曜日だからこそ?) 大学院生たちがずーっと「食」話題でもりあがりつづけている．
• 林冠モデル作文の discussion 節， ちょっと論調を変える必要があるか? こういうふうに， ここでみょーに LAI を重視してるのは矛盾だよなあ． 重視すべきは LAI とかではなく林冠構造の「直接」推定にこそある …… となると， 今ごろになってこの Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 計算を (めんどくさがらずに) 拡張アンサンブル法 parallel tempering で (二ヶ月ほど前に) やっておいてよかった …… と気づいた． 8 個の独立した「温度」履歴の異なる林冠 chain をぱかぱかと入れ換えてるわけだからねえ． さて， このあたりどう説明したものやら．
• あまりススまず， 2140 研究室発． 2200 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， ひたすらつづく．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0650): 食パン．
  • 昼 (1200): 米麦 0.7 合． トマト・ネギ・豆腐の煮物．
  • 晩 (2220): スパゲッティー． レトルトパウチドカレー．

2006 年 09 月 24 日 (日)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• 1035 自宅発． 晴． 1055 研究室着．
• なにげなく手もとの ThinkPad X31 (Vine Linux 3.2) で sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade したら apache2 がらみでの入れ換えが発生した． php5 も交換されたのでこのあたりの挙動も調べてみる …… と何やら site メンテナンスにハシってしまった． 夕方とか時間あったら， 研究室 web server のほうも Apache 1.3 → Apache 2.0 移行を画策してみるか? たぶん， けっこう苦闘するだろう．
• すでに正午すぎか． なんとなく， だらだらとお茶部屋かたづけ． 次第に食器類の収納場所がなくなってきたので， 研究室雑用 wiki に
  • すでに収納場所がなくなってきたので，お茶部屋の食器などがほしい人は自宅に持ち帰ってください
  • 「これ持ってかえっていいんだろうか?」という判断がつかない場合は，まわりの院生の相談してみてください
  と書いてみる． どうなることやら．
• 林冠モデル作文， ちょっとだけ改善．
• 昼飯． なぜか院生たちと地図帖をながめることに．
• まぬけだ …… キーボードにお茶をこぼしてしまった． この IBM SpaceSaverII はこういう事故に強いタイプ (上からのちょっと水をこぼしても電子回路には到達しにくい) なんで原理的には乾燥させれてよいだけ， なんだけど …… いかんせん鍵盤のキー直下の空間ってのは ホコリ・髪の毛・その他ゴミのたぐいがたまるところで， そこに水分が追加されると， なンともイヤな状況になってしまったので ……

[IBM SpaceSaverII 掃除]

キーを全部とりはずして完全清掃にとりくむことになった． SpaceSaverII は見かけのカッコ良さとはうらはらに， その機構は写真左で示されてるよーにごく単純なメンブレンタイプなのである (おかげで水こぼしに強いわけだが)． 写真右はザル洗いしたキー．

[Happy Hacking Keyboard]

で， 本日は SpaceSaverII の部品が乾くまではその代役として， 伝説の鍵盤 HHK 1997 年もの を使うことに (なお現在売られてる HHK は こちらに)． 打鍵感とか SSII よりずっといいんだけど， べつに電気鼠を必要とするので今まで机の引き出しにしまわれていた．

• 鍵盤かえると最初はぎこちないんだが …… というのも私の場合， GUI (WindowMaker) 上の操作 (仮想画面きりかえなど) も鍵盤依存なので． 使ってるうちに次第になれてくる．
• 結局， この土日はあまり作文改善がススまなかった． 2115 研究室発． 2140 帰宅． 体重 73.8kg． うーむ， 運動不足ふとり， か? 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう怠業日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 食パン． 卵焼き． 野菜スープ．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2210): スパゲッティー． サンマのトマト煮．

2006 年 09 月 25 日 (月)

• 0720 起床． 0735 自宅発． 曇． 0750 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• さて， SpaceSaverII 鍵盤修理の件だが …… けっこうめんどうなことになったな． 鍵盤そのものには問題ないけど， 鍵盤中央の TrackPoint によるポインター移動が 「上下」 しかできなくなった． 左右に動かん．

[SpaceSaverII TrackPoint]

昨日， キーを外してるときにぼきっと折れた． 瞬間接着剤でくっつけたんだけど， やはり電気的には修復してなかったらしく， ポインターがきちんと動かん． もういっぺん接着しなおしてみる． しばらく放置． まあ， ダメだったら家にもう一枚おなじものがあるんだけど ……

• ということで， Happy Hacking 鍵盤生活つづく． いや， これはこれで快適なんですけどね． 鍵盤とは別に電気鼠が必要になる点をのぞけば …… って， 私はあまり電気鼠に依存しない計算機つかいであるようで， HHK に慣れるにつれそれほど不便はなくなってきた． Web browser などは電気鼠の使用頻度が増えるわけで， こういう状況では TrackPoint がほしくなる． なんで， 入力装置栄枯盛衰の歴史の中であんなに便利で快適な TrackPoint の眷属たち がかくもすたれていってしまったのかねえ ……
• やはり「単なる接着」では TrackPoint を修復できん， とわかった． ひきつづき Happy Hacking Keyboard 使うことに． SpaceSaverII のほうはいったん自宅にもちかえって， 分解修理を試みる． ダメなら， 廃棄だな． いやはや．
• 土日にほとんど進捗しなかった 林冠モデル作文の書きなおし作業のつづきにとりくむ． 先週の小林さん・加藤さん来訪によって生じたあれこれ変更を反映して， discussion 節の書きなおし．
• 昼すぎまでかかってひととーり修正した． Gmail のゴミ箱をのぞくと事務室からの一斉同報メイルがころがってて (そうなるよう filter 設定している)， なんでも 2005 年のぎょーせきを入力せよとのことでそういう作業にとりくむ． いまだに 「コピー機こそが OA 革命の中核」 を標榜して日々数トンの無駄紙浪費してる北大事務かるちゃーといえど， これはさすがにオンライン化されていて入力はラクだ． 昼飯．
• お， 例の阪大の 生命機能研究科 のサイトに 研究科長談話と調査報告書 というペイジができて論文ねつ造に関する報告書 (PDF file) がアップロードされてるね． あちこち「伏字」だらけだけど． 分子生物学の分野でニセ結果をでっちあげる手口とか， 杉野教授のすぐにばれてしまったウソの申したてとかはよくわかる．
• あるいはこの教授が共著者たちを説得というか恫喝 (恫喝のていをなしていないような気もするけど) まぬけメイルのコピーものせられているなあ …… このヒト， ねつ造することに「慣れてる」ような気がするし， ちっとも悪いとは思ってないみたいね． 「弁明」なんかでも， 口先でてきとーなこと言えば何とでもなると考えてるような …… こういう研究者， いますよね．
• さてこの報告書だけど， 自殺事件に関してはほとんど何もふれておらず， 本文の一番最後に「付記」として

  本委員会が調査を行っている最中の、平成１８年９月１日早朝に、申し立て者の一人である川崎泰生助手が研究室内において自殺された。このことは、本委員会にとっても、痛恨の極みであり、特にご遺族、ご親族に対して申し上げるべき言葉が見つからない。川崎助手は、本調査に積極的に協力された。川崎助手のご冥福を心よりお祈り申し上げます。

  とあるだけ． 報告書のファイル名は FinalReport20060921.pdf なんだけど， これでもう阪大での調査はぜんぶ終了， ってコト?
• 論文ねつ造のほうは 「どこかのバカな分子生物学研究者が， ぎょーせきかせぎに狂ったあげくに， すぐにばれるよーなウソついた」 といったもはや「ありがちな」とでも言うべきどたばたにすぎないんだろう． しかしながら， 自殺事件のほうはむしろ部外者の研究者にとっても看過できん問題だよ． 本件の事実関係はまだ何もほとんど明らかになっていないけど (司法が調べるべき事件なのかもしれんが)， 現状のままでは 「教授 (とかエラいヒトたち) の悪事を告発したら， 下っぱは自殺するところまで追いつめられてしまうのか」 とゆーふうにとられてもぜんぜん不思議はなくて， ねつ造なんかがますます隠匿されていくと思うんだけどね．
• 林冠モデル作文， 書きなおした部分のさらに書きなおし作業など． なかなか遅々たる進捗ぶりだねえ．
• そして夕方になるとばててきてますます速度低下． もいっぺん introduction 節の見なおし & 書きなおし．
• ひととーり直してみたんで， make pdf してアップロードして香川の小林さんにメイル． 2020 研究室発． 2040 帰宅． 体重 73.4kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • どこまで続くうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 研究室お茶部屋． バゲット． 野菜スープ．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． バゲット．
  • 晩 (2120): スパゲッティー． サンマのトマト煮．

2006 年 09 月 26 日 (火)

• 0655 起床． 0705 自宅発． 晴． 0720 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• いつまでも林冠モデル作文ばかりやってるわけにはいかないけど， 昨日修正した作文でもひととーりみなおしてみるか …… と見なおしてみると， 意味不明な文がずらずらと並んでてアセる． 言いわけをしてみると， いったん書いた文章を「修正」と称して並べかえたり， 切り貼りするとこういうコトがおこりがちで …… いやはや， ともあれ修正しては make pdf コマンドうって， さらに rsync でサーヴァー上のファイルを update． そのあたりメイルで連絡． なんで昨晩はこれに気づかなかったんだろうね．
• ぢりぢりとした修正， つづく．
• そろそろ用語の統一もせんといかんな， とゆーことでひと月ぐらい放置してた model 節， ぢつに全体の半分ちかくを占めるこの数理迷宮に (自分で書いた作文なのに) 勇気をふるってとびこんでみる …… いやー， 光計算のところは半分ぐらい直しただけでばてました． そりゃあ， 書いてあることはわかるんですが， 境界条件処理とかで三次元ヴェクトルが回転したりつけかえられたり， ってのを読んでると背筋がみょーにぞわぞわしてくるんですよね． ふう．
• 光計算の後半はあとまわしにすることにして， MCMC 計算小節． 光計算のほうはぞわぞわと具体的であるのに対して， こっちは抽象化されているはずだから ……
• MCMC 小節の見なおし & 書きなおし終了． ここはけっこういい具合だ． ついでにモデリング節の残りの部分も． 昼飯．
• 自分の作文から「逃げだして」しまった光計算小節の後半にとりくむ．

[Xdvi]

紙に印刷出力して点検すんのも悪くないけど， LaTeX 原稿を make で dvi ファイル化して， xdvi でかなり拡大して見る， というのもなかなか悪くない， と近ごろ気づいた． ずっとディスプレイだけ見てればよく， 修正しつつ preview が容易であるからだ．

• 食後なので胃とかに血液が集中しているせいか， 三次元酔い (?) もせずに修正をくわえつつ読みおえることができた (だいじょーぶなのか?)． このあたり， 「親切な図」 まで準備されているにもかかわらず， (もし仮に作文が数学的・文法的に正しかったとしても) ほとんどのヒトにはわけわからんところでしょうなあ． 私だって自分の作文じゃなきゃ 絶対に 読まないよ …… もし他人の論文の場合だったらどうするか? そのときは数式と記号・座標系の定義だけはじっくりアタマにたたきこんで， 数式をつなぐ部分は「自分で考える」． そのほうがぜんぜんラク．

[「親切な図」]

…… のつもりの図群． 座標系とかハコとか光回廊の概念とか 葉群単位とか法線ヴェクトルとか近傍ハコ間相互作用とか ……

• ということで， 本日の林冠モデル作文の書きなおし作業は終了． つづきはまた明日以降に．
• さて， 次の仕事なんだが …… 何をやるべきか． そもそも私は複数の仕事を並行してススめてみても あまりうまくいかないんだけど， かといって本格的な統計こんさるシーズンに突入する前に 「宿題」 とかも片づけてしまいたいわけで．
• 「宿題」と言うとイヤそうなかんぢだけど， 必ずしもそうでなく， 現在残存しているふたつの宿題
  • 苫小牧 leafminer 寄生蜂の空間統計モデリング
  • 屋久島葉寿命問題
  このふたつは「ぜひ着手したい」宿題だ． というのも， どちらも計算のめんどうな部分はほぼ終了しており， 統計モデリングに関して「あーしたらこーなる」もだいたい把握されていて， あとはさらにここ半年ほどのあいだに進歩した べいづモデリングだの MCMC 計算 Gibbs サンプラーわざだのを適用してやればいいかんぢでまとまる， つまり「勝つとわかってる勝負」なんだよね (むろんとりまとめにはまたそれなりに時間を費してしまうわけだけど)．
• …… にもかかわらず， だ． この二件はあとまわしにする予定 (今年中にどちらかひとつには着手できれば， と希望)． 理由は， やっかいな計算傭兵稼業がひとつあって， ですね．
• えーと， いま私は三件ほどぷろぢぇくとの分担研究者とやらになっているんですけどね …… とか今さら何いってんだか， というかんぢですが．
  1. 粕谷さんが研究代表者の科研費 (萌芽) 「尤度に基づく生態的データのための新しい統計的解析法」 (2006-2007 年度)
  2. 占部さんが研究代表者の地球環境研究推進費 (ECOAS) もの 「生物相互作用に着目した高山・亜高山生態系の脆弱性評価システムの構築に関する研究」 (2005-2007 年度)
  3. 東正剛さんが研究代表者の科研費 (基盤 A) 「外来侵入アリ類と融合コロニー形成に関する総合的研究」 (2005-2007 年度)
  まあ， 1. に関しては特に何か特定の問題を， というわけでもなく自由にやらせてもらえてるようなので， これはアカマツとかを「成果」にカウントして何の問題もない．
• 2. はよくわからないんだけど， おそらく私は研究費としては直接には一円ももらっていないので (後述するように， ぜんぜんそれで差し支えないわけだが)， あまり心理的圧迫感を感じない． しばらく放置してもよいし， 群集構成に関する Gaussian-Logistic な簡単なモデルの解析とかもできるし， あるいは今の林冠モデルなんかを「成果」と称しても， 必ずしもマトはずれではない． ということでまだ放置．
• 問題は 3. のアリ科研費だ …… まず， いきなりお金のハナシをすると， 「モデル屋はカネなんぞいらんだろう」 なる大統領指令によって全体の年度予算およそ 1500 万円のうち 30 万円を自由に使ってよろしい， となっている． 「モデル屋は ……」 という東さんの指摘は， これに関してはまったく正しく， 実際に研究するだけならほとんど私はほとんどおカネを必要としない (しかも院生の研究費用とか 研究室秘書さんのお給料を分担負担してるわけでもない)．
• 私は「カネのかからぬ研究者」として大学院生のころから 意識的にそちらの方向に specialize しており， その結果として大学というインフラに寄生 (そして他人のデータに寄生) してるならば (実験系・野外調査系のヒトたちと比較すると) ぜんぜんおカネのかからない商売をやってるわけだ．
• もらった研究費はどうなったかというと， 昨年度の 30 万円のほとんどは (やはりアリ科研費の分担者の一人である) 高田さんの渡米費用に使われたので私自身はほとんど使ってない (たしかトナーカートリッジ購入とかに使った)． ということで， 昨年度はアリ研究やってなくてもウシロめたいことはなかったんだけど， 今年のアリ科研費 30 万円のうち 8 万円ばかりをつかって 三週間ほど前に A801 院生室のレーザープリンター買ってしまったんだよね．
• さらに全 3 年間のうちに半分が経過したのにまだアリの数理モデリングやってない， というのはいくら何でもマズい． マズさの上塗りと言うべきか， アカマツだの母子里ダケカンバ林だの苫小牧 leafminer だの屋久島葉っぱだのに関する計算あれこれなどは， 職業的うそつきというべき私がいかに曲解のかぎりをつくしたとしても 「外来侵入アリ類と融合コロニー形成に関する総合的研究」 に貢献していると主張するのがかなり難しい， ということで独立したアリ研究やらねばならんところに追いつめられている．
• と書くとユウウツになってきたので， お茶部屋かたづけ． 棚の組み立て作業とか．
• で， ココロを落ちつけて続きを書こうと考えたわけだが …… そもそも何で私なんぞがアリ研究に巻きこまれているのか? 東さんが科研費申請するからってんで 2004 年秋にかとーオフィスまできたわけだが (残念ながらぎょーむ日誌には記録がない， 申請前の研究計画だったからとうぜんなんだが)， やりとりとしては， 今度アリ科研費で申請するから久保も分担者に加われ， というもの．
  「いやー， しかし私はそういうアリのデータ解析とかやったこともないし …… そもそもこんな日本における侵入アリの分布拡大のデータとかあるんですか?」
  「ああ， そんなのいくらでもあるよ」
  といった会話があったわけだが， 実際にはそんなデータなし． まあ， この会話の時点でも「アヤしい」とは疑っていたんだが．
• にもかかわらず， なんで分担者なんかに名前を連ねてしまったのかというと …… 「こんな申請書では絶対におちる」 と楽観していたため． だって表面的には外来侵入アリうんぬんとか書いてるけど， ちょっと読めばそのあたりの研究計画はじつにずさんで， ああこれは外来うんぬんは単なる口実， ホントは多女王真社会性の進化みたいなことをねちねちと調べたい， もうアリマニアにしかわからん趣味としか言いようのない世界がありありと …… しかし私は世の中というものをよくわかっていないようで， なぜかしらこの申請は基盤 A として採択されてしまい， かつてのあの会話から二年後になっても私をわずらわせているのである．
• さて， それではこの窮状をどう切りぬけるか， というハナシなんだが …… ここでネット上でちょっと アルゼンチンアリ とか検索してみると， 「繁殖力がきわめて高い」 といったモデリング上きわめてめんどうなハナシなどを見つけてしまって， またユウウツになってしまったので， つづきなんかはまた明日以降に．
• 1845 研究室発． 1900 帰宅． 体重 73.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • そろそろアブない連続うんどう怠業日つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2010): 米麦 0.7 合． ネギ・ブナシメジ・しらたきの煮物．

2006 年 09 月 27 日 (水)

• 0650 起床． 朝飯． コーヒー． 0815 自宅発． 曇． 0830 研究室着．
• 母子里林冠モデル作文， discussion 節に一ヶ所あやしいところがあるのに気づいたので， 修正．
• 昨日 のアリ科研費 30 万円ぶん計算傭兵稼業内容の検討のつづき …… で一日がオワってしまった． この科研費プロジェクトで， とりあえず数理モデル化できそうなところ．
  1. アルゼンチンアリの分布拡大: 廿日市市 - 地域スケイル, Gaussian Random Field (空間統計学) + 時系列な統計モデル
  2. コロニー間戦争: 最大でも 1ha ぐらい? worker 10-100 万個体に「戦争」させる, コロニーごとに異なる資源配分 (worker の仕事分担など) を「戦争」の過程で進化させる
  3. アリのケンカ解析: 実験室で得られているアリけんかデータを まっとうな統計モデルで解析する (勝ち負け解析)
  …… といったあたりか?
• といったことをうだうだと考えているうちに， 計算機よりの技術的な検討とか， ネット上でアリ科研費の皆さんと情報共有に関するさらに細かい技術的検討， に入りこんでしまって， ですね ……
• そのような技術暴走の帰結のひとつとして， KuboWeb 内ではむやみに使われてしまっている VikiWiki を 1.9.9.22 にアップグレイドする作業． 手間的には意外と簡単 (PukiWiki よりもラク) で vikiwiki2 以下をまるごと入れ換えるだけだ． ただし当方では vikiwiki2/vikiwki 以下のいくつかのモジュールを改造してるのでそこは注意する必要がある． 「また」 ど忘れするのを予防するために， ここにちょっと書いておこう．
  • plugin/admin.rb: 静的 HTML 生成パネルの default 設定を変更する
  • plugin/toc.rb: <ul class="toc"> というコードを生成させる
  • lib/generator/html.rb: Xml parser の @escapes にエスケイプ設定を追加
• 五月後半 にうだうだと書いてた GLMM 解説記事が掲載された日本生態学会誌とどく …… 編集部に「この原稿 PDF ファイルをネット上に掲載していいか?」 と問い合わせたんだけど， 返事が何もこないので「まあ，勝手にやるか」 と解説記事 PDF ファイルを ダウンロードできるようにしてしまう．
• 1700 ごろ， ちょっと所用で雨の中を工学部にでかける． その帰路についでにひさしぶりに北部生協の書籍部をのぞいてみるが …… うーん， やっぱり生協本館の書籍部よりも冊数は少ないなあ．
• 1850 研究室発． 雨． 1905 帰宅． 体重 73.2kg． 晩飯．
• やはりぎょーむ日誌は研究上たいへん有用で， アリに関するメイルをいただいたり．
• [今日の運動]
  • そろそろ体を動かしたい， と考えてるわけですが ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.6 合． ネギ・ブナシメジ・しらたきの煮物．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2020): スパゲッティー． チンゲンサイ・ネギ・ナメコ・ワカメ・トウモロコシ・豆腐のシチュー．

2006 年 09 月 28 日 (木)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着．
• 母子里林冠モデル作文， 香川の小林さんがじつにすばやく野外観測節について とりまとめてくださったので， こちらの手もとの原稿ファイルと merge する作業． 文献ファイル， いよいよ長くなるなあ． 既存の部分もこの部分にあわせて修正．
• 本文もとっくに 7000 語突破の誰が読むんだこんな長い論文， 状態になっている． あ， 要旨をまだ書いてなかったな． これで材料もでそろったんで， 要旨も書いてみるか．
• 要旨はみじかく 200 語ぐらいで． あー， これで投稿できる体裁だけはぜんぶ整った． まだ何ヵ所か観測まわりの数値をうめたり， が必要だけど． 謝辞もまだ完全ではない， か． そうだ， 共著者がかくのごとくずらずらと並んでいたのをすっかり失念していた． 皆さんの「修正しろ」ご意見もいろいろときそうですなあ． ここまでは， おもに私と小林さんだけで作業をすすめてきたんで．

• 昼飯． また原稿のみなおし．
• 作文みなおしにもばててきたので， 投稿予定さきの Agricultural and Forest Meteorology まわりをうろうろしてみたり …… いろいろと細かい指定があるな． まあ， たいがいの部分は Elsevier が準備してくれてる LaTeX 用の elsart.cls と BibTeX 用の elsart-harv.bst が勝手に正しく整形してくれるんで， 当方は何もやらなくてよいんだが …… おっと elsart.cls は今年 5 月に新しいものに更新されているな．
• 1710 事務棟 2F 講義室で研究院アワーなるセミナーに出席． 最初の大気-海洋の熱交換ハナシは途中からだったのでよくわからなかった． 二番目は微生物の 森川さん で， バイオフィルムなる概念を中心にした微生物学のハナシでかなりおもしろかった． お茶部屋ながしとかがぬるぬるしてるけれど， あれは細菌など微生物が金属板表面とかでクラスターを形成しているためで， あの連中はより集まると EPS (細胞外高分子物質) なる接着剤 & よろいをだして個体群・群集を形成する． 個体群の場合は細胞性粘菌のように (という比喩はヘンか?) 集団内の「場所」に依存して遺伝子が発現して ある部分は繁殖タイプある部分は基質くっつきタイプに分化する， というような． あるいは体内に入った病原性細菌の場合は， 数がそろうまでは免疫系刺激せぬよう忍耐の日々をすごし， 免疫系に対抗できる「よろい」が形成されるやいなや猛烈な病毒性を発揮する， というような． 群集の場合には EPS 内で 「種間」の密接な物質・シグナルやりとりがあるらしい．
• で三番目は東北大生命科学研究科 生態システム生命科学科 から三人 (占部さん・河田さん・中静さん) がこちらに来られて「ネットワーク」生態学に関するもの …… こちらはかなりダメだった． これは 私だけの意見ではなく， 会場からも 「何を言ってるのかわからない」 「今までとどこがちがうのか」 「そんなふうに一般化してもメリットはない」 といった指摘があいつぎ， またダメの核心をつく良い質問もでたのに ぜんぜんきちんと回答できてない， といった状況だった．
• 1930 研究室発． 「劇ヘン」研究院長から下っぱの私まで含む 参加者 12 名の晩飯． 2200 帰宅．
• [今日の運動]
  • 明日こそはうんどうを!
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): チンゲンサイ・ネギ・ナメコ・ワカメ・トウモロコシ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1255): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1950):

[旬香]

北 15 西 4 にある小料理屋． 魚はうまい． ちょっと塩あじが濃い (北海道標準?)．

2006 年 09 月 29 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0855 研究室着．
• アカマツシュート資源分配の階層ベイズモデル論文の 校正にとりくむ． Ecological Modelling といえば， 以前はやぼったい誌面で知られたものだが ……

[校正用 PDF ファイル]

査読は死ぬほど遅いけど， その後はえらく迅速な Ecological Modelling， というよりその出版社 Elsevier から送られてきたもの． ちかごろ同社ぢゃーなるあれこれの論文 PDF ファイルは左のようなモノになっている．
香川の小林さんにも見ていただいたところ， あっというまに 当方ではとても発見できないような 修正点を発見してくださった． ということで， 注意力散漫な 私は何度もみなおすことに …… で， ようやくいくつか修正点をみつけたんだけど， そのほとんどは私自身のミスによるものであった． いやはや．
今回， 初めて Acrobat Reader 7 の校正機能をもちいて， 修正点の指摘・さしかえ文の書きこみをやった． Linux 版 Reader 7.0.8 がややヘボくて苦闘．

• ばてたので 昼飯調達の旅にでる． 研究室にもどって昼飯．
• もいっぺんみなおしてえいやっと 校正 PDF ファイル送信． 時刻は 1440．
• データ解析こんさるメイル書き． 花粉散布・種子散布の問題は考えどころが多くて 難しい …… というか今までの統計モデリングで ホントによいのかしらん， といろいろひっかかるワケですね． たとえば， 種子散布ってのはシードトラップしかけないとわからんわけで， でてきた実生の分布ってのは 種子散布曲線だけで決まるわけではない， と．
• とある引っ越しにともなって余剰となった 「サンポール」 (主成分: 塩酸) がお茶部屋においてあったので， ふたつあるやかんの片方に投入してみる …… とうぜんのことなんだけど， 内壁に白くこびりついていた 炭酸カルシウムの「壁」がさらさらと溶けていく．
• 1845 研究室発． 1905 帰宅． 体重 73.0kg． 晩飯．
• 2105 自宅発北大構内走． 2150 帰宅．
• なぜか明日もまた甲山さん山行お供で 空沼岳 に行くことに．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): チンゲンサイ・ネギ・ナメコ・ワカメ・トウモロコシ・豆腐のシチュー． バゲット．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 北大生協の韓国ふうのりまき． 298 円 482 キロカロリー．
  • 晩 (1930): スパゲッティー． レトルトパウチドのボンゴレソース．

2006 年 09 月 30 日 (土)

• 0555 起床． 朝飯． ウスめのコーヒー …… にしたんだけど， こういう早おき→車移動の場合はコーヒーさけたほうがやはり安全， と確認． コーヒーってけっこうな毒物なんですね． 0640 自宅発． 曇． 0655 研究室着． 0700 甲山さん車に宮田さん・矢澤さん・長谷川さんともども乗り込んで 空沼岳 にむけて出発．

[08:09 にせ登山口駐車場]

天気は曇． 空沼岳は札幌市外縁の山なので， 比較的はやくに到着． 写真は真駒内の奥の採石場はずれの真駒内側最上流部の橋の手前に車をとめたところ． このあたり標高 400 m ちょいぐらい． ここから 10 分ほど歩くと

[08:22 ホントの登山口駐車場]

…… に到着する． 空沼岳はなぜか「支笏洞爺国立公園」 の一画に含まれているらしい．

[08:23 いきなり渡渉]

駐車場横から丸木橋をわたってゆるやかな尾根にとりつく． 空沼岳はかなりゆるやかな登りがひたすら続く． 山頂までゆっくり歩いて 3.5 時間ぐらい．

[08:37 針広混交林とササ原]

ルート下部， つまり万計沼まではこういう針葉樹・広葉樹が混交した森林 + ササ原がつづく． 2004 年台風の影響ででかいエゾマツなどが倒れている …… けどルートはよく整備されててこういった倒木なども切断されていたり．

[09:29 万計沢渡渉]

標高 700 m ぐらい． このあたりで私の登山靴のシャンクが「はがれかける」 という問題が発生してしまったんだが， 長谷川さんから借用した予備の靴ひもで修復できた． いやー， ちゃんと補修用具をもち歩かんといけませんね．

[09:44 万計沼]

ばんけいぬま， 標高 913 m． 休憩． ここには万計山荘 (写真の対岸) と空沼小屋 (北大所有らしい) がある． 標高があがるにつれ紅葉がすすんでいく． そして， このあたりから次第にガスがかかってくるようになる．

[10:40 真簾沼]

まみすぬま， 万計沼から 40 分ほど． 標高 1000 m ぐらい． ここから主稜線にむかってアップダウンがつづく． そしてこのころから雨がぽつぽつと降りはじめ， 30 分後には本格的に降ってきた． ときどき雷．

[11:43 空沼岳山頂]

そらぬまだけ， 標高 1251 m． ハイマツがはえている． 院生いわく「ここだけハイマツがはえてて，ニセものくさい」． いやはや， 札幌市近郊の山々標高 1000 m 以上の稜線には 「線状」にハイマツがはえている (残存している?) わけで． 冷たい雨の降るなか昼飯．

[12:02 山頂からの展望・北東側]

しばらくすると雨のいきおいが少し弱まり， 北東側に札幌市が見えたり …… だけど何が何だかわからん． 甲山さん「うーむ，よい針広混交林だ」． と言いますと? 「調査プロットを作りたくなる」． 他の全員がまたそんな無謀なことを， といさめる．

[12:04 山頂からの展望・南西側]

あるいは 南西側に恵庭岳山頂ふきんが見えたり (写真中央)． これまたわけわからん． そして私が逆に写真にとられてしまっている場面． 1210 ごろ雨の中の下山開始．

[13:23 空沼小屋]

往路をひきかえしての下山途中， 万計沼ほとりの空沼小屋のきさきで雨やどりしつつ休憩． 川などは増水してなかったけど， 登山路は水たまり・排水溝状態になってる場所が多かった． 私にとってはひさしぶりの「雨の中の山行」だ．

[15:11 下山]

下山にふなれな院生たち， 苦闘しつつ下山． 雨は次第にやみつつあるもまだ降っている． 私はぼろぼろ (したがって「吸水性」の高い) Entrant 雨具 (10 数年モノ) だったので全身ずぶぬれで寒い (今回の一件でこの雨具の廃棄決定)．

• 1520 ごろ駐車場発． 1615 北大着． 皆様おつかれさまでした．
• 1800 研究室発． 1815 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 空沼岳登山．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0610): バゲット．
  • 昼 (1145): 空沼岳山頂． こんびに握り飯二個． 梅．
  • 晩 (1930): 米麦 1.0 合． トマト・タマネギ・ニンジン・ネギ・ブナシメジ・あいびき肉のシチュー．