ぎょーむ日誌 2006-09-(11-20)
2006 年 09 月 11 日 (月)
-
0650 起床．
朝飯．
コーヒー．
0815 自宅発．
晴．
0830 研究室着．
-
北大ネットのメイルサーヴァー，
例によってまだ壊れたまま．
いまどきここまでへぼい大学ネットいんふらも珍しいよ．
土曜日とかに壊れても月曜日になるまで復旧に着手されないんだからねえ
……
で，
0930 ごろ復旧しましたとか言ってるんだけど，
三日間にわたって「受信拒否」を続けてきたので，
送り手側のメイルサーヴァーも「北大に送ってもダメだ」と判断していて，
なかなかすさまじい遅配が発生しそう．
-
まあ，
こういうのは気にするだけ時間のムダなので，
林冠モデル作文にとりくむ．
これもいつまでもだらだらと取り組んでてよい問題ではない．
-
例の抗炎症剤はなかなかよろしく，
先週はカユかったりキモチわるかったりして不快だった左ひざウラ，
ほぼ回復といえるところまで改善した．
なかなかよろしい．
特に机の前にすわってるときに気になってたんだよね．
-
昨日，
メイルサーヴァーの壊れぐあいを調べるために
自分あてに送信したテストメイルが
17 時間かかって届いた．
もっとすごい遅配もありそう．
-
林冠モデル作文，
作文にツマると
「なんか (ハナシの展開を助ける) ネタになりそうな他の論文ないかな」
と探してしまうので，
文献ファイル
がぢりぢりと長くなり続けている．
-
とりあえず，
というかよーやくにして，
始めと終わりから掘りススめてきた introduction 節が貫通したので，
お茶部屋でひとやすみ．
げ，
もう 1130 か．
えーと，
私があと作文せんといかん部分は abstract ぐらい，
かな．
まあ今まで書いた部分もかなり修正せんといかんだろうけど．
いつのまにやらとっくに合計 5000 words 突破，
最終的には 6000 もこえるな．
-
そしてお茶部屋ながしの手を洗う用液体石鹸がもうきれただろう，
と昨日 Homac で買ってきた詰めかえパックで補充しようとしたところ
……
大学院生たちの「生活力」おそるべし，
というべきか A 棟 8F (つまり女性用) トイレから
かっぱらってきた
に相違ない濃緑色の液体石鹸が容器の中にすでに充填されていた．
うーむ
……
(後記:
これはかっぱらったわけではない，
とのご指摘うけました．
どうも失礼しました)
-
そして今年度も
統計学授業
を 2007 年 1/22 と 1/24 にやれという連絡メイル．
これけっこう準備がたいへんなんだよね
……
そして何についてどう説明するのが院生たちにとってよいのか，
いまだによくわからない．
-
地環研の「中庭」とでもいうべきところにはえてる樹木の樹冠
(canopy)
みてるうちに
「林冠光合成速度って何なんだろうねえ」
とゆー気がしてくる．
[LAI vs 林冠光合成速度]
まあ，
母子里林冠モデル論文には
左のごとき図を追加してみることにはしたわけだが．
下の写真は研究とは無関係な「中庭」樹冠．
-
ここまでの作文，
ちょっと見直しただけでもぼろぼろと意味不明な文が
……
とりあえず目につく部分を修正．
ここはいったん共著者にわたしたほうがよいだろう，
ということにしてしまって，
make pdf
発令してファイルをアップロード，
香川大の小林さんに母子里
(北大の
雨龍研究林)
現場での material & methods 節をお願いいたしますメイルを書く．
これでむりやり林冠作文は本日はひと区切りついたことにする．
ふう．
時刻は 1530 あたり．
-
前に小林さんに「introduction 節以外はだいたい書けました」
とメイル送ったのが
8/18 (金)
と判明．
まあ，
そのあと
東京出張
があったり，
LAI 論文どもの泥沼の中でもがいたりしてたとはいえ，
そんなに時間が経過していたとは．
-
さーて次の「夏休みの宿題」
……
夏休みの宿題が残存しているかぎり，
現在は誰がなんと言おうと夏休みなのである．
今日は院生密度が低く，
夏休み気分がかなり高い．
-
中国からの計算ぎょーむ依頼ってのもあるんだけど，
この件に関しては工藤さんに照会すべき点がいろいろありそう
ということがわかってきて，
しかも工藤さんは本日もまた外に調査にでかけておられるので
(稲葉さんたちと石狩浜で海浜植物たちの光合成測定のようで)，
こっちの計算はあとまわし．
-
ということで，
長らく放置していた森君・永光さんのシウリザクラ空間統計モデル論文の
下請け計算のどきゅめんと書き．
前にも書いたけど
(と調べてみると，
この件で連絡してたのは
7/27 (木)
ごろだったか
……
うーむ，
またしても
こんなに時間が経過してたとは)，
2004 年正月ごろ
にやってたこのいーかげんな計算，
現在となっては全部計算やりなおしたいところなんだけど，
やりなおすとますますたいへんな宿題になってしまうので
このまま論文化しましょう，
というキビしい現実に妥協ぎみなハナシ．
-
母子里林冠モデル作文のほうでメイルやりとりしてから，
シウリザクラ関連のあれこれに目をとおしてみる
……
うーむ．
-
うーむで終了．
1830 研究室発．
1845 帰宅．
晩飯．
創成川
・国道 5 号線むこう，
つまり東区がわにある
諏訪神社
が何やらさわがしい，
と思ったら本日は大祭のよーで．
-
2155 自宅発北大構内走．
2240 帰宅．
-
トップペイジ
にはすでに書いてるんだけど
……
Gmail
はしばらく前から
ここら
で自分でアカウント作れるようになったみただいた．
ということで，
興味あるひとはそちらでアカウント作ってみてください．
かなり便利です．
そして依然として，
当方からも配布できる状態なので，
ほしいヒトは連絡ください．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
米麦 0.6 合．
ネギ・ブナシメジ・豆腐・海藻・煮干の味噌汁．
- 昼 :
食ってない．
いつものごとく，
ときどき糖分補給．
- 晩 (1910):
米麦 0.8 合．
永谷園の麻婆春雨，
野菜増強 (ネギ・ピーマン)．
2006 年 09 月 12 日 (火)
-
0630 起床．
0640 自宅発．
晴．
0655 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
昨日までは「林冠モデル作文が終わるまでは」
といった口実であれこれとタナあげしてたんだけど，
その作文とやらもひと区切りついてしまったので
(とはいえまだまだ完成には遠いけど)，
本日からはタナあげしてしまったあれこれに取り組まねばならぬ．
昨日すでに着手したシウリザクラ関連もそのひとつ．
-
雑用系だと壊れプリンターなどの廃棄てつづきとかに取り組まんといかんな．
これは難物だ．
-
とりあえずは，
小型の雑用からぼちぼちと，
というかのろのろと取り組んでみることに．
総務掛に提出すべき紙きれの準備あれこれ．
で，
総務にわたしにいく．
えーと，
担当は係長からみて右ななめすぐ前
(いつもこのあたりややこしい)．
-
下請け某データ解析に関して工藤さんと相談
……
やはりややこしいことになりつつあった，
状況のようで．
ということで，
「条件が整うまでこの下請けぎょーむは中断します」
メイルを中国に送る．
一件落着か?
はたまたさらに面倒は拡大するのか?
-
とある査読ぎょーむ，
まだ締め切りまで時間あるけど，
最初から最後までひととーり目をとおしてみる．
何か特定の問題の解決とかシロクロつけるといったたぐいの
論文ではないんだけど，
あれこれと情報がもりこまれていて，
なかなかたいへんだな．
またしばらく放置しよう．
-
本日も A 棟 8F の院生密度はひくそう．
追いこまれてるヒトたちは
道内各地の調査地
へ，
追いこまれてないヒトたちは
手伝い・見物・観光がてら追いこまれてるヒトたちの行く先である
知床・駒ヶ岳・黒松内についていったため．
うーむ，
私はこれらの調査地のどこにも行ったことがない
……
-
大学院生の調査地に関するお茶部屋会話．
「久保さん，私が調査してる○山いきませんか?」
「食料運搬要員として，でしょうか」
「うん，それもあるけど，クマよけにもなるし」
「クマ．な，なんで私がいたらクマがよけるんです?」
「いやー，クマがきたら久保さんをクマに襲わせておいて，
そのあいだに逃げるんですよ」
-
とりあえず，
午前中はシウリザクラのつづきにとりくんでみることに．
-
事務室学術助成係からメイル．
科研費書類
(文部科学省,
学振)
のしーづんか
……
まあ，
今回は申請しなくてよさそう．
というか，
もし申請→採択されてしまったらかなり自滅的な状況になる．
-
家に抗炎症剤をおきわすれてきたので，
いったん帰宅することに．
1230 研究室発．
晴．
1245 帰宅．
ついでに昼飯．
1305 自宅発．
1320 研究室着．
-
シウリザクラ作文，
Burczyk
グループのたくさんの論文とか，
永光さん
シウリザクラ論文とかいろいろ気になるんだけど，
とりあえず委細かまわずに以前の計算下請けに際して
「どきゅめんと」
として納品し，
しかも
(論文共著者としてまきこまれなくてもすむよう)
丁寧に書いておいた計算説明メモにそって作文をススめてみることにする．
とゆーか，
どうしてこのメモがあるのに今まで論文化されなかったんだろうねえ
……
-
繁殖生態学用語がわからん．
花粉親は
……
なんだ，
単純に pollen parent でよいのか．
-
と，
まわりの繁殖生態なヒトたちにもいろいろと教えていただきつつ，
作文をぢりぢりと進捗させる．
結局，
先行モデルはいろいろと気になるので，
文献ファイル (BibTeX) つくりながらの作業となる．
-
1850 研究室発．
1905 帰宅．
体重 74.4kg．
うーむ，
体重が
……
短期的な変動は水収支によるものなんだろうけど．
晩飯．
-
雑談メイル書き & データ解析こんさるメイル書き．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1255):
タラコスパゲッティー．
- 晩 (2020):
米麦 0.8 合．
永谷園の麻婆春雨，
野菜増強 (ネギ・ピーマン)．
ハクサイ・タマネギの炒めもの．
2006 年 09 月 13 日 (水)
-
0630 起床．
朝飯．
コーヒー．
0745 自宅発．
晴．
0800 研究室着．
-
またシウリザクラ論文モデリング作文．
昨日は繁殖生態学用語など確認しつつ慎重にススめてきたつもりなんだけど，
本日はてきとーにススめますか
……
と思ったんだが，
やはりこのあたりの用語はよくわからんので調べながらススめることに．
[2004 年正月]
……
につくってみたモデル説明図の一部．
このモデルってこういう図がないと，
なかなか理解が難しいような
……
と自分のためにここに表示して作文をススめてみる．
-
粕谷さん blog で
三次元図をくるくるまわすソフトウェア
を探しておられる．
こんなのは (またいつものごとく)
R
で解決すべき問題であって
library(rgl)
(
RGL project サイトに展示されてる
いろいろな例)
の plot3d()
関数で簡単にできますとコメントしてみる．
library(rgl)
は OpenGL よびだす package で，
plot3d()
は下のような図を表示して，
さらに電気鼠でこれを自由に回転させることができる
(……
とあたかももともと知っていたかのように書いてみる)．
-
シウリザクラモデル作文，
花粉親の繁殖成功を左右する要因を推定する統計モデル
の説明を書いたところでばてた．
正午すぎ．
ということで，
気分転換と実益をかねるお茶部屋かたづけ．
今日も院生密度はほぼゼロ．
ああ，
きっとまだ「夏」なんだ．
そうにちがいない．
-
最近，
朝がやや早めなせいか，
やはり午後になると空腹になる．
ということで昼飯．
-
作文つづく．
-
途中お茶部屋雑談にひっかかったりしながら，
シウリザクラの統計モデル作文，
ひととーり終わった．
時刻は 1640．
現時点で 1100 語弱 (double space だと 5 ペイジぶんぐらい)．
まあ，
いつものことながら，
まだまだ修正せんといかんわけだけど．
-
そして本日いただいた永光さんメイルによれば，
このシウリザクラ論文 (全体) 原稿は年内には完成しないであろう，
というような見とおしがあったりなかったり．
私にとっては，
これは「夏休みの宿題」の一部だったんで，
全体の進捗とはあまり関係なくこの時期に
分担部分まわりに関して
(とりあえずできるところまで)
片づけるつもり．
-
と言いつつ，
R の
library(rgl)
でちょっと遊んでみたり．
これって操作手順をまちがえると
(OpenGL まわりが?)
制御不能になったりしておもしろいな．
-
作文修正，
まだまだつづきそう．
1830 研究室発．
1850 帰宅．
体重 74.2kg．
うーむ．
洗濯．
晩飯．
-
2230 自宅発北大構内走．
2310 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0650):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・タマネギの炒めもの．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (2010):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・ピーマン・エノキダケ・豆腐のカレー．
2006 年 09 月 14 日 (木)
-
0630 起床．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
晴．
電気代しはらう．
1579 円．
0810 研究室着．
-
研究科事務室で検印された保険証を回収．
-
昨日ひととーり書いてしまったシウリザクラ繁殖の統計モデル作文，
(いままで放置してた)
関連文献読みなどしつつ修正にとりくむ．
-
すると富良野の後藤さんから，
ありがたいことに，
次の生態学会誌和文誌に掲載される (であろう)
花粉散布研究総説の原稿を送っていただいた．
ふーむ，
著者は田中健太・北本尚子・島谷健一郎・後藤晋といった皆さんの連名．
内容は
……
第一著者の趣味がかなりでてるような．
-
で，
花粉ちらばり論文にいろいろ目を通してみたんだが，
自分の作文をこう改善しなくては，
といった内容が見つけられづ．
まあ，
私の読みがアサいわけですが．
-
森君のシウリザクラ論文どらふと
(のさらに準備稿みたいなもの)
を永光さんがびしびしと修正したもの，
そのコピーが手もとにあるんだけど
……
それを拝見していると，
自分自身のへぼい作文がなおされているような錯覚に
ときどきおちいってしまう．
気をとりなおして，
ここまでの自分の作文と見くらべつつ，
ちぇっくポイントを確認してみる．
たしかに統計モデル説明にはあれこれとみょーな概念もでてくるんで，
これらの説明の順番とかよく配慮せんといかんな．
-
とりあえず昨日書いた部分をひととーりなおしてから昼飯．
お茶部屋でサロベツ研究雑談にとらっぷされてしまう．
「露崎弟子の院生はことごとく『種屋』化」
……
うーむ．
ともあれ，
院生たちのこういう研究雑談を拝聴しておくと，
あとでうける「衝撃」の量が多少は減るのである．
-
シウリザクラモデル説明補足作文のつづき．
系外からの花粉流入とか考えてませーん
(嗚呼)，
といった説明を追加してみる．
あとは何をいいわけすればいいのかな．
散布カーネル (というのがそもそもないんだけど) が二次元的でないのは，
まあ放置していてもいいだろうし．
-
現時点のシウリザクラモデル，
まずい点を列挙してみるか．
-
系外からの花粉の流入を考えてない:
これは旧来的には
「遺伝子頻度きめうち」
計算で解決されてきたわけだが，
こんにち的には Bayesian & MCMC 計算すべきだろう
-
距離依存性が単純すぎるかも:
まあ，
これはよくある散布カーネルで
……
といいたいわけだが，
はたしてこの観測データって
こんな散布カーネルの微妙なカタチを決められるほどの
情報を含んでいるのかしらん?
-
random effects が入っていない:
これって瑣末なコトのように思われるかもしれないけれど，
けっこう重要で
……
この観測データでは開花に関する情報が欠落しているので，
この年にホントに開花して花粉放出してたんだろうかとか，
開花時期がオス-メスでずれてたんじゃなかろうか，
といった心配あれこれをこの random effects
あらわす項に押しこむことができる
他にもまだあるんだろうけど
……
-
といったことをうだうだ考えつつ，
モデル説明作文ひととーり書き直し．
-
するとタイミングをはかったかのように，
香川の小林さんからいくつか三次元・光計算・林冠・光散乱
関係の文献を教えていただくメイル．
三篇の論文をダウンロードしてみる．
ふーむ，
「りもせん」的というか，
母子里とは逆に「上から見た森林の見えかた」
シミュレイション，
モンテカルロ散乱計算 (これは MCMC 計算とはまた別もの)
もやってますといった内容だな．
とりあえず
文献ファイル
に追加．
林冠モデルのほうの作文もちょっと修正．
-
1845 研究室発．
1900 帰宅．
体重 73.6kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・ピーマン・エノキダケ・豆腐のカレー．
- 昼 (1430):
研究室お茶部屋．
冷蔵庫に甲山家の庭でとれたシソが入っていたので，
「シソマヨネイズパン」
なる奇妙なものを作ってみた．
- 晩 (1910):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・ピーマン・エノキダケ・豆腐のカレー．
2006 年 09 月 15 日 (金)
-
0640 起床．
朝飯．
コーヒー．
0700 自宅発．
晴．
0715 研究室着．
-
シウリザクラ作文に関しては，
当方でできるところは (現時点では)
だいたい終了しつつあるので，
また放置してた他のあれこれにとりくんでみる．
-
この季節になると他大学・他学部からも統計学・データ解析あれこれ相談が．
メイルかき．
-
ゑくせるファイルなどで送りつけられた事務書類を片づける．
この奇妙な使われかたをしているファイル形式のものを始末するにあたって
-
gnumeric
-
OpenOffice.org
という選択肢があるわけだが
……
現時点では OpenOffice.org のほうが一歩ススんでるのかもしれない
(こちらのほうが操作などはうっとうしいんだが)．
なんだか印刷設定・「用紙におさめる」
まわりがヘンちくりんになりがちなお役所ゑくせるファイルの始末において．
gnumeric でこのあたりうまくいかないのは，
私の gnome-print まわりの設定がおかしいのが問題である，
という可能性もあるんだけど．
-
生態学会雑用
……
といってもいつもの学会さーばー雑用ではなく，
私個人の会費ふりこみまわりあれこれ．
来年度からの自動会費ひきおとしの申込書類をかく
(申込は 9 月末まで)．
ついでに Ecological Research の紙版をうけとらない
(900 円びき)
も申しこむ
(こっちは 10 月末まで)．
-
漂泊の PD なのにいままでネット上で情報発信してなかった
亀山さん website 構築の手伝い
……
というか下うけ．
今日において初心者のヒトに HTML を教えることは
以前より格段に難しくなったように思えるので
(CSS とか面倒だから)，
当方の教える労力を最小化するべく
PukiWiki
を使ってもらう．
-
で，
あれこれと試行錯誤して，
亀山サイト
開店しつつ準備中状態へ
(内容はこれから充実させていくそうです)．
-
午後になってくるとばててくるので昼飯．
-
なぜか夕方まで野田さんと群集生態学ハナシ．
-
そしてなぜか夜までお茶部屋で矢澤さんと熱帯林群集さんぷりんぐハナシ．
-
群集生態学の集中砲火にみまわれた午後，
でオワってしまった．
そして本日夕方から院生密度が急に高くなり，
お茶部屋は「食」本位主義とでもいうべき状況が復帰してきたので，
こそこそと撤退．
1830 研究室発．
1850 帰宅．
晩飯．
-
そして明日はなぜかまた甲山さんの調査とは無関係の
風不死
(ふっぷし)
岳登山．
どうなることやら．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
研究室お茶部屋．
冷蔵庫に依然としてシソが残っているので
シソパン (食パン + シソ + チーズ)．
いまさらながら気づいたんだけど，
シソは生のままのせるほうがよい．
- 昼 (1410):
研究室お茶部屋．
シソパン．
- 晩 (1920):
スパゲッティー．
ハクサイ・ピーマン・エノキダケ・豆腐のカレー．
2006 年 09 月 16 日 (土)
-
0550 起床．
朝飯．
やや睡眠不足 + 乗り物による移動の場合，
私はコーヒーさけたほうが部なんなので
(胃のあたりがキモチ悪くなる)，
紅茶．
0635 自宅発．
曇．
0650 研究室着．
-
0705 北大発．
甲山・川合・長谷川・久保というよくわからぬめんつで
風不死
(ふっぷし) 岳登山．
甲山さん車で支笏湖南岸をめざす．
[08:38 樽前山登山口駐車場]
苫小牧市の腕章つけたヒトたちが整理していました．
ここも札幌市から 1.5 時間ぐらいでつく近い山，
ということで朝からすでに多数の駐車．
入山届けをみるとやはり樽前山が人気あり，
行き先: 風不死岳はやや少ない．
0845 駐車場発．
[08:52 樽前山外輪山]
その裾野を風不死のほうに歩いていく．
1739 年の
樽前山噴火
でこのあたりの森林は一掃されて，
まだ復元してないのでこのあたりは見晴らしがよい．
[09:47 風不死岳登山口]
という奇妙な看板がかかげられている．
このあたりから樹林帯になる．
[10:01 風不死岳急登部]
標高 800-980m のあいだはなかなかの急登．
凹角の壁がクサリ場になってたり．
残置ロープ・クサリのたぐいを信用できないので，
こういう場所でもそういうものは利用しないで登るほうがよい
(たいていの場合，
問題なく登りおりできる)．
[10:58 風不死岳稜線]
急登をすぎるとなだらかな稜線となる．
いくつかのピークをこして，
1103 山頂着 (写真中央のぢみなピーク)．
つまり駐車場から 2 時間 20 分ほどで到着したわけだ．
[11:08 支笏湖]
山頂はこんでたので，
北尾根ルートのほうに入りこんで昼飯．
支笏湖とその周辺がよく見える．
私は昼飯の握り飯を駐車場におきわすれてきたので，
用意周到にも非常食として持参してきたオールレイズンなど食べる．
[11:29 下山開始]
風不死岳山頂 (1102m) をあとにする．
[12:39 いきなり樽前をめざす]
風不死からの下山途中の
甲山さんのきまぐれで．
風不死-樽前間のトラヴァース道をたどる．
右が樽前山の真の山頂である溶岩ドーム
(火山活動してるので立入禁止)．
左が「とりあえずの山頂」である東山．
[12:48 風不死岳をかえりみる]
右が風不死岳．
左が風不死-樽前間の稜線にある 932m 無名ピーク．
[13:06 樽前外輪山をゆく]
風がぴゅーぴゅー強くふいてて皆さん
「寒い寒い」
と言いながら登ってました．
[13:08 樽前山溶岩ドーム]
なんと言うか，
「地獄の関門」
というかんぢで
(
原図)．
1313 東山山頂着
(寒さででぢかめの電池が一時的にきれたので写真なし)．
1220 トラヴァース開始から一時間弱で登れてしまった．
風つよいのでさっさと下山．
山頂をちょっとすぎると駐車場にまっすぐ降りる道がある．
1350 駐車場に下山．
[13:58 樽前ヒュッテ]
下界にもどるとでぢかめの電池が復活．
下山届けを書く．
1405 同発．
[14:27 支笏湖畔]
甲山さん車のカーナビがなぜかでたらめ道路案内をして，
支笏湖畔キャンプ場に誘導されてしまった．
甲山さんがなぜかしら
「せっかくだからソフトクリームでも食べていくか」
と下車．
約一名が「わーい，あげいもだ」と，
これまたなぜかしら「あげいも」を注文したので，
やや呆然とそれを見守る甲山さん．
[14:33 支笏湖と風不死岳]
一番向こうが風不死岳．
見た目はかなりかっこよい．
その前が支笏湖．
そして一番手前はこの支笏湖畔キャンプ場で
なぜかオートバイ乗りの集会があり，
それにつどったバイクまにあたちのバイク．
-
1440
いとう温泉
着．
入湯料 600 円なんだけど，
甲山さんが皆のぶんをひきうけてくださった
(どうもありがとうございます)．
風不死岳をながめつつ，
湖に接する露天風呂につかる．
1520 同発．
1630 北大着．
風不死岳登山隊，
無事に解散．
-
1740 ごろ北大ネット途絶．
「またまた週末恒例の北大ネット不調かよ」
と原因しらべてみる．
また北大 DNS server がやられたのか?
いやいや routing がおかしいような気がする．
A 棟 8F オモテ系統・ヤミ系統，
どちらも問題なし．
ならばその「外側」，
A 棟建物ハブはどうか?
と 3F の暗い廊下で作業．
手さぐりで強制再起動の操作．
「なンかヘンだな」
と思いつつ 8F に戻ってみたけどネットにはつながっていないまま．
-
このとき
「なンかヘンだな」
をもう少し注意ぶかく調べていれば原因がここで特定できたわけだが
……
-
どう調べてもわからないので，
ムダなコトだよなとは思いつつ，
北大ネット管理者たちに電話してみる
……
この連中，
一万人以上のユーザーをもつネット管理者のくせに，
「土日祝日のネット不調は知ったことではない」
という態度なんだよね．
プロ意識が完ペキに欠落してると言うか．
とうぜんネット管理室には誰もおらず．
-
もはやこの問題は自力で解決するほかあるまい，
と覚悟をキメる．
まずは
北大図書館へ
(感心なことに土日祝日夜まできちんと開業している
……
つまり同じ北大内のサーヴィス機関でありながら，
ネットの連中とはまったく異なるヒトたち，
と申しますか)．
図書館のネット端末から北大ネットの「壊れぐあい」を調査してみる．
北大ネット全般問題なし．
環境科学院 B/C 棟問題なし
……
やはり A 棟だけがネット途絶か．
-
また A 棟建物ハブのある 3F にもどる．
今度は廊下の電灯をつけてみると
……
そもそも建物ハブに電力が供給されてない，
と今さらながらに発見．
しかし 3F そのものは停電してない．
ハブのコンセントのみ電力が供給されてないと確認できた
……
ということで，
いかなる神の悪意によるものか，
この不可思議なる
ピンポイント停電
こそが土曜日の夕方から夜にかけて
A 棟のみをインターネットから隔離してしまった事故の原因だと特定できた．
-
あとで冷静に考えてみると，
建物ハブ横に実験室があったので
……
つまり電線をこの実験室と共有しており，
さらに実験室が (よくあることだが)
電力を食いつぶしすぎてブレイカーが落ちたのかもしれぬ．
-
ともあれ原因はわかったので，
このぎょーむ日誌にすら書けぬ非合法な手法をもちいて
A 棟 3F の配電盤パネルをこじあけ，
やはり階の中の一経路の電力供給だけがオチていることを確認．
一度 off がわに押しこんでから on にもどす
……
電力再供給に成功．
A 棟 1-8F はふたたびネットに接続された．
-
いやー，
A 棟内階段をむやみにあがったりさがったり
(私は運動のためと称してエレヴェイターを使わぬため)，
図書館まで往復したりで風不死登山よりばてた．
土曜日のこの時間に A 棟内でうだうだしてる数十人の連中，
「ちぇっ，北大ネットがまた壊れたのかよ」
「お，いつのまにか直ってる，ラッキー」
とか何も知らずにお気楽な
……
-
匿名的秘密工作的復旧作業でチカラつきたので
1940 研究室発．
2005 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0610):
バゲット．
- 昼 (1110):
風不死山頂．
昼飯の握り飯の駐車場に忘れてきたので，
非常食としてもってきたオールレイズン．
- 晩 (2040):
シソタラコスパゲッティー．
海藻スープ．
2006 年 09 月 17 日 (日)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
1130 自宅発．
晴．
1145 研究室着．
-
岡村さんに教えていただいた J.S. Clark 御大の宣伝論文．
Clark, JS and Gelfand AE. 2006. A future for models and data
in environmental science. Trends in Ecology and Evolution
21:375-380.
(url)
グラフィカルモデリングとベイズ統計による動態予測の強みを宣伝したもの．
Combining the advantages of graphs and Bayes
Emerging machinery for synthesis combines graphical modeling in
hierarchies with Bayesian inference (Box.1).
The growing appplication of ecosystem complexity is fully compatible
with this framework. Neither by itself is sufficient, as evident from
past, independent, applications of graphs and Bayesian inference.
...
-
やや腹痛あり．
なぜかおなかの調子がよろしくない．
-
ということで文献関連作業は中断して，
研究とは何の関係もない Nature とかだらだらとながめる．
-
回復してきたのでお茶部屋で昼飯．
-
小林さんから文献教えていただいたので，
文献ファイル
に追加，
本文も修正．
-
メイル書きとか．
-
なんか他にもやるべきことがあったような気もするが
……
とりあえず，
9/23 しめきりの査読ぎょーむに取り組んでみる．
今日・明日ぐらいで終わらせることができればいいんだけど．
まあ私の場合，
何が専門なのかよくわからないわけだが，
今回のはふだんはぜんぜん縁のないハナシで．
どうしてこういうのがまわってきたり引き受けてしまったりするのかねえ．
-
で，
その内容なんだが
……
比較的まっとうだと思うんだけど，
用語の定義とかハナシの範囲とかいろいろと気になる．
岩波生物学辞典だの，
あのぶあつい教科書 ``Ecology'' だのが積みあがっていく．
査読報告は残念ながら「短く終了」ではオワらないもよう．
-
で，
査読ストレスがたまると 8F 廊下をぐるぐると徘徊してしまう．
-
徘徊にも疲れたので撤退．
1905 研究室発．
1920 帰宅．
体重 73.4kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
バゲット．
ネギ・卵の炒めもの．
- 昼 (1430):
研究室お茶部屋．
シソチーズパン．
- 晩 (2030):
バゲット．
ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
2006 年 09 月 18 日 (月)
-
0645 起床．
朝飯．
コーヒー．
0815 自宅発．
曇．
0830 研究室着．
-
ひと晩経過したら今回の査読がイヤじゃなくなるかと思ったけど，
やはりイヤなままだった．
しょうがない．
今日中に終わらせるか．
-
書くほうもイヤだし読まされるほうもイヤだろうなあ，
という作文つづく．
表現型可塑性だの生活史理論だの勉強にはなりますけどねえ
……
気分転換にお茶部屋かたづけ．
-
午後になっても終わるめどがたたない．
ばててきたので昼飯．
「楽しくないなあ」
などと思いながら作文するのはよろしくないのであろう．
もっと淡々とススめてみるか．
-
査読報告かき完了，
編集部にほうりこむ準備あれこれ，
投げだすよーに送信．
1526 よーやく作業終了．
ばてばて．
-
気分転換に A 棟 8F に堆積する古紙およそ 100kg ほど捨てにいく．
[古紙すて作業]
まずヒモでくくる．
台車にのせて 1F まで運搬．
ちょっと過剰積載ぎみで苦しい．
そしてここから長い階段を B1F まで下らねばならぬ．
これは台車が使えないので，
両手に紙束をもって何度も上下往復する必要あり．
まあ，
気分転換にはなる．
-
作業おわってお茶部屋でばててると，
院生の PC
「騒音がするのでどうにかしてください」
修理ぎょーむ依頼．
なになに
……
筐体をあけてみると，
どうも CPU ファンではなく，
なんだか統合チップセット上の小さいファンが異音を発しているな．
なかなか面倒なので，
「ただ単にうるさい小ファンをとりあずすだけ」
という処置をこころみる．
さてさて，
どうなることやら
(ファンは取り外してもヒートシンクはついている)．
-
さてさて，
〆切つきぎょーむはオワったので，
データ解析こんさるでも，
と．
とりあえずメイル一通．
そして文献複写．
-
1835 研究室発．
1850 帰宅．
晩飯．
-
2135 自宅発北大構内走．
アタマの中でアリ計算がもぞもぞとうごめく．
途中から雨．
2220 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
食パン．
ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (1930):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・ニンジン・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
2006 年 09 月 19 日 (火)
-
0650 起床．
0700 自宅発．
曇．
0715 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
そういや，
本日から三日間は書類上の「夏休み」だったな，
といまごろ気づく．
-
比較的規模の小さい (はず)
のデータ解析こんさるを (堆積しないうちに) どんどんやってしまおう，
と計画．
まずは農学部 M1 中井君の卒論．
以前にぎょーむ日誌にデータ解析があやしいうんぬんと書いてしまったので，
そのむくいである．
やはり内容的にはかなりおもしろいが
……
-
途中でこちらの院生の
「文字どーり樹状構造データを記述するデータ構造」
に関する質問．
これは (植物生態学のどの教科書にも書かれていないが)
最良の方法はきまっており，
それは「娘」 (の枝というか segment) から見て「母」
を記録していくという方式だ
(逆方向つまり母→娘はだめ)．
たとえばデータ表の各行を
樹木 ID, 母 ID, 娘 ID, 娘齢, (娘 segment データ) ...
としておけば，
あとはこれを R
なり何なりに読みこませて，
ごく簡単なプログラミングでもって，
階層構造・樹状構造の中の「任意の場所から『先』の集計」
みたいなことが簡単にできる．
-
で，
一つめのデータ解析こんさるメイル書きを終えて，
二つめに取り組んでいると招集命令が
……
そうか今日は熱帯林サンプリング作戦会議だった．
-
ということで 1100-1300 ごろまで 7F の甲山さん部屋となりで，
甲山さん・矢澤さんと Pasoh サンプリング計画．
-
けっきょく矢澤さんはめでたくというか順当にというか
樹木の太さ-高さ (D-H) 関係を調べることが中心に
-
しかし，
ぢつは D-H 関係って樹木まわりの生態学の超難問のひとつで
(個体・集団動態の中で形成されるパターンだから)，
まちがっても「あろめとりー」のハナシではないし，
「センがひければ何でもいい」
という問題でもない
-
一ヶ月間がんばってサンプリングすれば 1000 個体?
-
それを 50 種だとすると一種 20 個体ぐらい?
-
選抜対象樹種ってのが「最大サイズ」みたいな量で
「層別抽出」みたいな方式で選ばれる，
と
-
種内ではサイズもしくは順位で加重した
sample()
で測定個体を選抜する，
と
……
これって何の「まぢない」になるのかねと思ったんだけど
……
しかし今かんがえてみると，
あとでこういった「偏った」選抜方式も
また統計モデリングの一部として扱うことができるな
……
そうであるならば，
やはりサイズで加重したほうがのちのち無難そう
そして病的なデータばかりひろい集めてくる群集生態学につきものの
「多種」系の処理，
考えたくない面倒はことごとく Bayesian
なモデリングに押しつけてみせる予定だ．
Clark 先生主張するがごとく将来の生態学データ解析がことごとく Bayesian
になる
……
のかどうかよくわからないけど，
群集生態学は絶対にこれを避けてとおれないのはまちがいない．
毒をもって毒を制す，
というか．
-
また別のこんさるメイル書き．
ばててきたので昼飯．
-
さらに別件のデータ解析こんさる．
ゑくせる表を
gnumeric
でながめる
……
けど，
よくわからないところがあったので質問メイル．
-
霜月さんとこ
で紹介されてたんだけど，
鳥屋にやさしい統計のお勉強
サイトの鳥学会大会 2006 (岩手大学)
の自由集会
統計モデルによるデータ解析入門：線形モデルとモデル選択
はたいへんすばらしいですね!
ということで
GLM 参照
に追加
……
データ解析こんさるメイル，
鳥学会のみなさんも分担してくださることを期待しつつ．
-
ということで，
データ解析こんさるの台風の目に入った．
このすきにデータ解析わざ修行を．
伊東宏樹さん
が以前から
紹介
しておられる，
R package 中おそらく唯一の Metropolis-Hastings 法の関数
MCMCmetrop1R()
in library(MCMCpack)
(CRAN)
を調べてみる
-
……
ふーむ，
これって単純なモノなんだけど，
じつは意外と複雑なこともできるのではないかな?
おそらく階層ベイズモデルも記述できる．
-
問題はモデルを記述できてもサンプリングできるかどうか，
だよな
……
MCMCmetrop1R()
ではかくのごときやや奇妙なランダムウォークサンプラーを使っていて，
The proposal distribution is centered at the current value of
theta and has variance-covariance V = T (-1*H)^{-1} T, where T is
a the diagonal positive definite matrix formed from the 'tune' and
H is the approximate Hessian of 'fun' evaluated at it's mode. This
last calculation is done via an initial call to 'optim'.
これが面倒のもとになっているようだ．
まあ，
このあたり実験してみないことには，
挙動がよくわからん．
-
お茶部屋会話．
「今年は何か教科書の輪読会をしようか，
論文紹介にしようか皆で検討してるんですよ」
「論文紹介にしたら，
一回ごとに完結するし」
「論文紹介は，
ですね
……
『専門外』の論文を紹介されてもわからないんですよ」
「『専門外』ってまだ M1 の段階で何を言ってるんだか．
だったら『専門』分野の論文だったらきちんと読めるのか，
というとぜんぜんそんなことはないでしょう」
まあ，
大学院生の論文読み取り理解力にはかなり個人差があり，
学年とかにはあまり関係なく読めないヒトは
いつまでたっても読めないわけだが．
-
ついでに言えば，
研究室内の他の院生が興味をもってる論文すら理解できないのであれば，
まっとうな「専門家」とやらになれるはずもナシ．
はてさて，
このあとどうなったことやら．
まあ，
わかりやすい教科書なるものを見つけることができれば
「自分が何もわかってない」
という事実を直視しなくてすむわけだが．
-
1850 研究室発．
ちょい雨．
台風接近中．
1910 帰宅．
体重 73.2kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
研究室お茶部屋．
セイコーマートのツナマヨパン．
- 昼 (1410):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (1940):
米麦 0.8 合．
ニラ卵炒飯．
海藻スープ．
2006 年 09 月 20 日 (水)
-
0640 起床．
0655 自宅発．
晴．
気温高い．
台風通過後で電線がところどころ切れている．
0710 研究室着．
天気図みると，
台風の中心は札幌市との最近接点を 2 時間前に通過したばかり，
というかんぢだな．
朝飯．
コーヒー．
-
昨日夕方のつづきで，
データ解析わざを改善する修行．
たまに
CRAN
の package 一覧を無心にながめてみるとなかなかに興味ぶかいのだが
……
この
RcppTemplate
ってのはかなりおもしろそうだな．
私みたいな C++ なる「呪われ言語」つかいのためだけにある package
なんだけど．
R
のデータ構造，
vector
や
data.frame
などなどを受け渡しできる
(さらに STL vector などへの変換もやってくれる)
テンプレイトライブラリを提供する，
というものだ．
ドキュメントが親切で助かる．
-
0930 ごろ香川から小林さんがみえる．
しばらくすると旭川から加藤京子さんも．
今日はいろいろなくみあわせで検討あるわけだが，
まずは小林さん・加藤さんでとあるプロジェクト関連の会議．
-
私は
RcppTemplate
調査のつづき
……
だいたいのしくみはわかった．
RcppTemplate
じたいは単純なものだが
(つまりよく考えられた設計になっている)，
良い R extension を書くにはまだまだ修行が必要，
というかんぢだ．
たとえば
#include <R.h>
などから呼ばれる R API といったしくみがうまく使えるかどうか，
といったあたりとか．
かなり勉強
(Writing R Extensions)
が必要な気がする．
-
R extension のプログラミングとはまた別に，
R package 作法というのもあって
……
とりかかりとしては，
いつものごとく
RjpWiki
内の説明が有用である．
-
午前中はこれでほぼ終わり．
小林さんとユキモチソウの話を少しばかり．
三人で生協で昼飯．
-
夕方まで三人で母子里林冠モデル論文とりまとめの相談．
これからうめていく現場での調査に関する記述の分担，
それから私がすでに書いた他の部分の修正検討あれこれ．
-
夕方ごろ北大フィールド科学センターの里村さんがこちらにこられたので，
私以外の三人でまたべつの研究相談
(たいへんそうだ)．
-
加藤さんが旭川にもどられる時間がせまってきたので，
四人で JR 札幌駅方面に晩飯にでる．
駅につくなり「鶴の一声」でよつば乳業直営店
White Cosy
に決定．
なかなか興味ぶかい
めにゅー，
というべきかもしれない．
私は
パフェ
のたぐいは食べなかったけど．
-
小林さん・里村さんと北大にもどってアカマツ相談．
じつはまだ論文化されていないデータがひとつ残ってるわけで．
-
2100 ごろにお二人は帰られる．
しかし「本日」はまだ終了しない
……
ImageJ
なる画像解析ソフトウェアを使って葉面積測定をしている院生たちが
「このソフトウェアは正しく動作しない」
とか言うので，
Documentation
読みつつ，
あれこれ試行錯誤してこのソフトウェアの挙動を把握しようとする
(今までまったく使ったことがなかったので)
……
結局，
「正しく動作しない」
のは正しく使っていないためだとわかってきた．
-
二時間を費して，
少なくとも葉面積測定にかかわりそうな部分はほぼ完全に理解できた．
要点は簡単で，
「かならず」
Image → Adjust → Threshold... → Apply
でもって二値化してやること．
あとは
wand
+
Measure
とか
Analyze particles ...
とかで領域の面積計算なんかは問題なくできる．
-
2300 研究室発．
2315 帰宅．
ばてばて．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 昼 (1255):
北大生協．
健康雑穀米ご飯．
炭火焼レバー炒め．
サバみそ煮．
味噌汁．
415 円．
590 キロカロリー．
- 晩 (0720):
よつば乳業直営店 (は札幌駅にしかないようだ)
White Cosy
のペペロンチーノ．
なぜかちりめんじゃこなどが入ってる不思議な
variation だった．
