ぎょーむ日誌 2006-09-20

2006 年 09 月 20 日 (水)

• 0640 起床． 0655 自宅発． 晴． 気温高い． 台風通過後で電線がところどころ切れている． 0710 研究室着． 天気図みると， 台風の中心は札幌市との最近接点を 2 時間前に通過したばかり， というかんぢだな． 朝飯． コーヒー．
• 昨日夕方のつづきで， データ解析わざを改善する修行． たまに CRAN の package 一覧を無心にながめてみるとなかなかに興味ぶかいのだが …… この RcppTemplate ってのはかなりおもしろそうだな． 私みたいな C++ なる「呪われ言語」つかいのためだけにある package なんだけど． R のデータ構造， vector や data.frame などなどを受け渡しできる (さらに STL vector などへの変換もやってくれる) テンプレイトライブラリを提供する， というものだ． ドキュメントが親切で助かる．
• 0930 ごろ香川から小林さんがみえる． しばらくすると旭川から加藤京子さんも． 今日はいろいろなくみあわせで検討あるわけだが， まずは小林さん・加藤さんでとあるプロジェクト関連の会議．
• 私は RcppTemplate 調査のつづき …… だいたいのしくみはわかった． RcppTemplate じたいは単純なものだが (つまりよく考えられた設計になっている)， 良い R extension を書くにはまだまだ修行が必要， というかんぢだ． たとえば #include <R.h> などから呼ばれる R API といったしくみがうまく使えるかどうか， といったあたりとか． かなり勉強 (Writing R Extensions) が必要な気がする．
• R extension のプログラミングとはまた別に， R package 作法というのもあって …… とりかかりとしては， いつものごとく RjpWiki 内の説明が有用である．
• 午前中はこれでほぼ終わり． 小林さんとユキモチソウの話を少しばかり． 三人で生協で昼飯．
• 夕方まで三人で母子里林冠モデル論文とりまとめの相談． これからうめていく現場での調査に関する記述の分担， それから私がすでに書いた他の部分の修正検討あれこれ．
• 夕方ごろ北大フィールド科学センターの里村さんがこちらにこられたので， 私以外の三人でまたべつの研究相談 (たいへんそうだ)．
• 加藤さんが旭川にもどられる時間がせまってきたので， 四人で JR 札幌駅方面に晩飯にでる． 駅につくなり「鶴の一声」でよつば乳業直営店 White Cosy に決定． なかなか興味ぶかい めにゅー， というべきかもしれない． 私は パフェ のたぐいは食べなかったけど．
• 小林さん・里村さんと北大にもどってアカマツ相談． じつはまだ論文化されていないデータがひとつ残ってるわけで．
• 2100 ごろにお二人は帰られる． しかし「本日」はまだ終了しない …… ImageJ なる画像解析ソフトウェアを使って葉面積測定をしている院生たちが 「このソフトウェアは正しく動作しない」 とか言うので， Documentation 読みつつ， あれこれ試行錯誤してこのソフトウェアの挙動を把握しようとする (今までまったく使ったことがなかったので) …… 結局， 「正しく動作しない」 のは正しく使っていないためだとわかってきた．
• 二時間を費して， 少なくとも葉面積測定にかかわりそうな部分はほぼ完全に理解できた． 要点は簡単で， 「かならず」 Image → Adjust → Threshold... → Apply でもって二値化してやること． あとは wand + Measure とか Analyze particles ... とかで領域の面積計算なんかは問題なくできる．
• 2300 研究室発． 2315 帰宅． ばてばて．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1255): 北大生協． 健康雑穀米ご飯． 炭火焼レバー炒め． サバみそ煮． 味噌汁． 415 円． 590 キロカロリー．
  • 晩 (0720): よつば乳業直営店 (は札幌駅にしかないようだ) White Cosy のペペロンチーノ． なぜかちりめんじゃこなどが入ってる不思議な variation だった．