KuboLog 2007-10-13

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2007 年 10 月 13 日 (土)

0900 起床．ねむい．さむい．旭川・稚内ではいつもより早い初雪だったそーで．コーヒー．朝飯．洗濯．怠業． 1150 自宅発．晴．電気代しはらい 1480 円． 1210 研究室着．

われながらマヌケというか …… さっさと日光発表準備を終わらせるべきなのに，熱帯山地林樹形の下うけ計算の改善にとりくんでしまった．うまくいかない推定計算が放置されてるとキモチ悪いんだよね．こんなことやってる場合ではないんだが．

計算にばかみたいに時間かかる原因がひとつわかった．当方の平凡なミスだ．やっぱどたばたやってはいかんね．いやはや．これで 4 倍ぐらい速くなった．

それから多変量正規分布の事前分布で生成するパラメーターからべき乗の指数 (exponent) に該当する部分を外す．どうせこの部分は「解釈」してみせても阿呆らしいだけだろう．これで分散共分散行列が 4 × 4 まで縮小できた．

しかし MCMC 計算には時間かかる．ゆっくり変化するので長く sampling する必要がある …… まち時間に昼飯．

15000 MCMC step に 1500 秒．無事に計算終了，か? (事後分布表， BUGS code)

さーて，いそいで撤収撤収．しかし下うけ報告書かきをせねばならぬ．つらい．

下うけ報告書終了．その末尾部分．

結果をざっとみたかんじでは，

・個葉面積と一次枝分枝速度に負の相関
・個葉面積と葉数に負の相関
・一次子分枝速度と葉数に正の相関

甲山さんふうに言えば「あたりまえ」の結果が追加されただけなのかもしれま
せん．樹高 (への allocation) に関しては上の三つほど明確ではなく，かろう
じて樹高と葉数に正の相関があるかも，というやや意味不明ぎみの傾向でした．

あ，あとど忘れ対策にここに記録しとくけど，この推定計算結果の Rhat でみた収束はよいのだが，実際のところは数千 MCMC step 超の長周期にウネってるようにも見える．

次．数学セミナー 2007 年 11 月号特集「統計科学のすすめ(その2)」の補足ペイジにこの 11 月号の宣伝を追加．私の解説記事はともかく，編集部の人たちととりまとめ人・伊庭さんの尽力で興味ぶかくいろいろと考えさせる内容の特集になっています．

特集――統計科学のすすめ[その2]

平均値から個性へ／統計的モデリングのひらく世界像

伊庭幸人　8

階層モデルで「個性」をとらえる

久保拓弥　16

個人差・地域差をとりこむ統計科学／医学分野の事例

丹後俊郎　23

全体モデルから局所モデルへ／状態空間モデルとシミュレーション

樋口知之　30

生きた言葉をモデル化する／自然言語処理と数学の接点

持橋大地　37

ポスト近代科学としての統計科学

田邉國士　44

ブックレビュー／情報量規準・ベイズ統計・MCMC

伊庭幸人　50

数セミ編集部の人にお礼のメイルを書いて，この件ぶじに終了．

10/23 日光の会場への移動など検討．

生態学会福岡大会のサイトで R プログラミング自由集会の参加もうしこみ，と．

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【提案受け付け番号】: W-006
【集会種別】: 自由集会
【お名前】: 久保拓弥 様
【所属】:   北海道大学・地球環境科学研究院
【e-mail】: kubo@ees.hokudai.ac.jp

【集会タイトル】: データ解析で出会う統計的問題 -- R プログラミングの基礎
【提案内容】: 
生態学では観測・実験データを得てから試行錯誤で (観測データにみられるパターン
を説明する) 統計モデリングする場合が多く，データを何度も抽出・再配列したり，
傾向を発見するためにたくさんの作図が必要になります．これを手作業でこなすのは
まったくたいへんなことであり，コンピューターによる自動処理 ―― つまりプログ
ラミングが有効なわざとなります．この自由集会では free な統計ソフトウェアであ
る R を使って，生態学研究の役にたつプログラミングの始めかたを紹介・議論した
いと思います．近年，生態学をふくむ多くの分野で R による統計解析が普及してき
ました．R は単なる統計モデルあてはめ (例: glm() 使う，など) だけでなくさまざ
まなデータ処理プログラミングが可能です．その中でとくに重要なわざである「デー
タ作図」 (竹中) と「乱数を使ったさまざまな実験」 (粕谷) についてとりあげ，ま
た「それ以前の準備」(久保) についても紹介します．

自由集会の URL: http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/

   1. R プログラミングの準備
          久保拓弥 (北海道大)
   2. R で自動作図 − どんな絵でも，何十回でも，何百枚でも
          竹中明夫 (国立環境研)
   3. R の乱数関数プログラミングー統計の疑問は計算して解決
          粕谷英一 (九州大)

【受け付け日時】: Sat Oct 13 15:52:46 2007
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次．科学研究費補助金事業の電子申請，事務的な内容ばかり入力すればよいのか，と思って入力していったら＜最後に申請書類をアップロードするところがあったので，「一時保存」を押して撤退．学術助成〆切は 10/16 (火)．ここの地環研事務の学術助成係に研究調書の事前点検を依頼 …… というメイルを書こうとしたら，これはどうも印刷出力したものを事務室にもってこい，という趣旨のよーだ．ということで，これは月曜日に．

これで日光準備に …… と思ったのだが，江川さんデータ解析したうけを予防的に迎撃したほーがよさそうな気がしたので (「ミサイル発射準備を察知したらその基地を攻撃しても専守防衛」みたいな論理?)，御用聞きにうかがってみるとやはりそういう状況だったよーで．露崎さん修士たちが所属させられる起学 (← こんな日本語は存在しない) なる専攻科はやたらと修論中間発表とかばっかりやらせるんだよね ……

問題はすでに数日前にうかがっていたし，まあいつもの植物形態モノのパターンであつかえるモノなので …… と階層ベイズなモデリングしていったんだけど，いったん帰宅せねばならぬ用事を思いだした． 1820 研究室発． 1830 帰宅．荷物うけとり．ついでに晩飯．晩飯． 2010 自宅発．駅とかに寄り道して， 2045 研究室着．

また江川さんサロベツデータ解析下うけのつづき …… うーむ，こういった結果でいいのかな? 下の図は事後分布の一部．

まあ，これ以上の複雑な情報は抽出できそうにないので， 2300 研究室発． 2320 帰宅．

[今日の運動]

またうんどう休養日

[今日の食卓]

朝 (0940): 米麦 0.6 合．ネギ・卵炒飯．
昼 (1350): 研究室お茶部屋．米麦 0.6 合．インスタントのカレースープ．
晩 (1920): 米麦 0.8 合．ハクサイ・ネギ・ニンジン・ショウガ・干しシイタケ・春雨・鶏団子のスープ．

ぎょーむ日誌 2007-10-13

2007 年 10 月 13 日 (土)