ぎょーむ日誌 2008-11-17
2008 年 11 月 17 日 (月)
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0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
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アリ論文なおしにとりくみたいところなんだけど
……
昨日のヒヨコ論文読解もそうだったんだけど，
「M2 からの依頼」をこのしーづんに放置する，
というのはけっこう度胸が必要とされるので
……
今日はハムシの食性・好き嫌い解析．
2 週間ぐらい放置したまま
なんで (ひどい)．
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好き嫌いと書いたけど，
バイオアッセイでわかるのは好き嫌いではなく，
むしろ「K 種類のエサの食いわけパターン」だろーな．
今回は K = 2 だけど．
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例によって，
「とりあえず全データみえる図」
を描いてみる
……
やはり同じ 1 個体でも 1 回目は A を食い，
2 回目は H を食う，
といったヤツらがちらほらといるな．
これって実験場所 (シャーレ?)
の中で
「まずは A か H かを選ぶ」
→
「いったん選んだらかなり満腹になるまで食ってしまう」
といった行動パターンなのか?
いや，
もちろん (ほとんど) A しか食わない，
というグループ・個体もいるんだけど．
H だけというグループはなく，
H ばかり食うという個体はあまりいないわけだな．
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うーむ，
これは当初の描像とはちょっとちがうような．
かなり「非対称性」みたいなものがあります，
と．
つまり
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エサ植物 A: どの個体にとっても「食べて問題なし」
みたいだ
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エサ植物 H: 個体 (あるいはグループ)
によってばらばら，
「見つけたら満腹するまで食べる」
--
「食べるけど途中でイヤになる」
--
「ぜったいに食べない」
やっかいなのは，
途中で H を食べるのがイヤになってしまったムシたちの挙動だな．
「口なおし」に A を食べて満腹するのか，
それとも H なんかを食べたので気分が悪くなって食事をヤメてしまうのか
……
まあ，
この実験データではそのあたりは解明できないわけだが．
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途中で，
保要さんのモウセンゴケ地図つくりの手伝いを 15 分ばかり．
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ハムシのつづき．
しかしまあ，
このデータからは A と H の非対称性の詳細だとか，
「H を食ったら食欲そのものが失せる」
効果とかわからないわけだから
……
とりあえずは，
当初の予定どーり重量分配モデル的なあつかいで解析してみますか．
つまり植物個体の場合だったら重量を地上部・地下部に分配したように，
ハムシは「食欲」なる (直接観測不能な) 「量」
をエサ植物 A と H に分配します，
と．
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こういう単純なモデルでいくわけだが
……
注意すべきは観測データと対応させるところだな．
この実験では「面積 506.7 mm2 に切りそろえた葉片」
をエサとして与えているわけで．
つまり最大残存量はこの数値をこえることはない．
しかし観測データをみると 510 とかある．
これはつまり，
スキャナをつかった面積測定の誤差だ．
つまりこの実験では個体差と測定誤差を分割して推定できる可能性がある．
そのためには logit リンク関数をうまく使えばよい．
このリンク関数は二項分布なモデルのときだけ使うものではない．
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いや，
cloglog link 関数でいくべきか
……
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などと 2 時間ばかり試行錯誤しているうちに，
それっぽい答えがでてきたような気がする．
計算時間は 4000 MCMC step で 72 秒ぐらい
(A801 室の Dell desktop 機 Pentium 4 2.4 GHz で)．
BUGS code
と
事後分布表．
概要
plot(post.bugs)
はこんなかんぢで．
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1 個体内の session 差がけっこうでかい．
地域差はけっこう明瞭
……
といったところか．
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収束のよろしくない
tau[2]
(個体差の大きさ)
はこんなかんぢで
……
ときどき，
「個体差なんて，ないない」
状態にトぶ．
まあ，
個体差と session 差の区別がつきにくい，
ということだろう．
1 個体 2 session だけなんで．
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fixed effects 的なパラメーターはこう．
host に明瞭に依存，
性差あり，
ということで．
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おっと，
重要な点をひとつぬかしていた．
これは「食欲」や食べた量が重量ではなく「葉面積」
で表現されている．
面積-重量で換算できそうなデータもあるんだけど，
現時点ではあえて面積のまま放置してある．
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ともあれ発注者氏にメイル連絡しますか．
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やや遅めの昼飯．
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全 7 回のはずが 5 回に削られたので統計学授業，
受講者からの要望でとりあえず GLMM 補講をすることになった．
日程は 11/26 (水) 16:30 -- 18:00 あたり，
部屋について問いあわせてみると
……
A803A はすでに予約ずみですか．
A804 にするかな?
とりあえず補講 mailing list で皆さんに連絡．
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ハムシ食性ベイズモデル解析の作図プログラムなどをぽちぽちと修繕していると，
なんと牛原さんが!
(その他 1 名のおともつき)．
直立して 屋久島葉寿命
ベイズモデルの論文かきに着手できていないという，
まことになげかわしい状況に関して報告
……
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牛原さんの寛容に感謝しつつ，
現状の整理整頓を．
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アリ論文かきなおし
…… これをまっさきにどうにかしたい!
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テングザル論文
→ しばらくは松田君が苦闘するのでしょう
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食植性昆虫の好き嫌いベイズ解析したうけ
→ とりあえず，なんとかなった!
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苗場山の樹木のいる・いないデータのベイズ解析したうけ
…… もうちょいあとまわし
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帯広樹木開花モデリングの計算したうけ
…… とうぶん，むり?
(さっさと着手しなくては)
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開花制御遺伝子発現時系列データの統計モデリング計算のしたうけ
…… とうぶん，むり?
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「R の作図わざ」本のほんやく原稿修正作業にとりかかる
→ 共立出版，ぶきみなる沈黙
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岩波統計学本
…… ぽちぽちと書きススめなくては
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統計学授業
の GLMM 補講の準備
…… 11/26 (水) 16:30 までに準備?
こういった状況かな?
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屋久島論文かきは次の生態学会 (盛岡) 大会以降になるのでは，
と懸念している
……
うーむ，
これから 3 月までの予定としては
……
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11 月:
おそらくアリ論文修正や上記したうけでオワりそう．
今年度は (研究室内) M2 したうけは比較的ラク，か?
しかし昨日・本日のように他の研究室の M2 したうけは
いくらでも発生しうるわけで．
GLMM 補講．
さらに，
階層ベイズモデル補講もやれ，
と言われていて，
ですね
……
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12 月:
上記したうけは 12 月にも終了していないだろう．
ぼやぼやしてるとまた別件がどんどん入ってくるかも．
まさに，
解析したうけしーづん．
とくに準備しなくてよいのだが，
4 (木) - 6 (土) に気のオモい横浜出張あり．
自分でススめるべき計算としては，
生態学会大会ポスター発表 (ウミガメ)
の計算てなおし，
とか?
よくわからないんだけど，
D なヒトたちのベイズ論文かきお手伝い，
とか?
「蟻」の解説記事かき．
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(2009 年) 1 月:
おそらく，
依然として解析したうけしーづん．
みなさんの修論直前 + 生態学会準備，
とか?
解析したうけのひとつ，
帯広樹木開花モデルの解説かきで苦しんでいるかも．
2 月の公開講座の準備 (テキストかき?)．
月末に授業 2 回．
これはそれぞれ，
生態学会自由集会 (3 月) の GLM のハナシ，
階層ベイズ公開講座 (2 月) と同じ内容にして
省力化したいところだが
……
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2 月:
おそらくウミガメ論文かきで苦闘しているはず．
この月とその翌月ぐらいでウミガメ問題を完全にオワらせてしまいたい．
23 (月) に統数研で階層ベイズモデル公開講座，
150 分．
やっぱりテキストを書かんといかんような気が
……
統数研といえば伊庭さんに申しつけられている岩波の
統計学本かきもありますな
……
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3 月:
17 (火) - 21 (土)，
生態学会盛岡大会，
ウミガメ上陸数ベイズモデル発表と
GLM 自由集会．
ウミガメ論文を投稿してしまえば，
これでよーやく屋久島葉寿命論文かきにとりくめる，
はず
……
まあ，
つまり，
冬という「解析したうけシーズン」ってところは例年と同じなんだけど，
次の 3 月できれいさっぱりと「脱」ウミガメしたい，
ということで屋久島葉寿命問題があとまわしにされている，
といったところか
……
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ということで，
「脱」アリのためのアリ論文原稿の修正にとりくんでみる．
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やっぱり，
論文や解説文の読み書きが遅いのが律速してるのかなぁ
……
ちなみに屋久島葉寿命論文は今年の 5-6 月に書く予定だったんだけど，
ぎょーむ日誌
をみればわかるとおり，
そのあたりはアリ論文かきデスマーチを楽しんでいる．
7 月は地衣類論文の全面かきなおしで，
8 月は苫小牧樹木成長論文かきなおしと R 作図わざ本のほんやく，
9 月はお花見おサル論文すこしと
car.normal() 解説かきで，
10 月はなんだかうだうだと科研費書類かきや R 作図本原稿のみなおし，
〆切バスターズな生態学ベイジアン記事よみ
なんかやってるうちに授業に突入，
と
……
やっぱり読み書きが遅いわ．
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かかる過去の「実績」をかんがみるに，
ウミガメ論文はかなり楽観的にみても二ヶ月かかりそう．
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ともかく「脱」アリ，「脱」アリ
……
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うーむ，
なかなかアタマがアリにきりかわってくれない
……
1840 研究室発．
1855 帰宅．
晩飯の準備．
1955 自宅発北大構内走．
2040 帰宅．
体重 70.8 kg．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.8 合．
サンマのトマトソース．
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
サンマのトマトソース．
- 晩 (2140):
サトイモ・ニンジン・高野豆腐・鶏肉の煮物．
ヨーグルト．
カキ (果物)．
サトイモとカキはなぜかしら院生からめぐんでいただいたもの．
どちらもおいしくいただきました．
