ぎょーむ日誌 2008-12-19

2008 年 12 月 19 日 (金)

• 0630 起床． なんとなくおきてしまった． 朝飯． コーヒー． 0755 自宅発． 晴． 0810 研究室着．
• ちょっと早おきしすぎ (当社比) でねむい．
• テングザル論文のファイルを開く …… Linux 上の VMware 上のゐんどーづ上のえむえすわーどで． 共同研究において， かかるソフトウェアの使用を (結果的に，なんだけど) 強制されてしまうのがもっともツラい． どれくらいツラいかと言うと， ドブ川の中をはいずりまわって落した貴重品をさがしださなければならぬ， という時ぐらいツラい ……
• そのツラさの由来としては …… たとえバナシとしては， 自分で食べる野菜を畑で作っているんだけど， それらを自分自身の手でワケのわからぬ農薬まみれにしている (「虫がわいたら近所にメイワクだから農薬たくさんまいてくださいよ!」 といった無言の圧力のもとで)， といった状況と同じようなキブンでしょうか …… テキストエディタ + LaTeX だと無農薬・減農薬といったキブンなんだよね．
• で， ドブ川にとびこむ決心ができずに (あるいは，人間はいづれ死ぬのだから 多少の農薬ぐらいどうってコトないよ， といったサトりの境地に到達できづに) 逡巡している状態． いったんとびこんでしまうと， あとは作業を終わらせるしかない状況に追いつめられるわけだが ……
• どうしてみなさんこんなソフトウェアなんかで論文かくんでしょうね …… 将来的には何か対策を考えなくては．
• とゆーことで， また少し生態学データ解析さいとの手なおしに逃げてしまった． 怠業するとこのサイトが充実しますな．
• とりあえず再計算の結果を反映した図表を生成するべく， R プログラム + LaTeX ファイルなどを修正して make pdf． これは松田君が作ってくれた調査地の地図． 良い地図ですね．

• 全データ俯瞰する library(grid) 図． BE unit の移動量を追加．

• ボルネオ・メナンガル川ぞいのテングザルたちの人気ユニット ``BE'' の集客力ランキングがぢりぢり上がっていることを示す 事後分布ちゃーと (← 半分うそ)．

• 今日のデータ解析こんさるメイルかき． (次の生態学会大会で発表しなければならぬ) ウミガメモデル のように時系列データをあつかっている統計モデルは 状態空間モデル (state space model) と呼ばれているのだが …… これのふたつの「ばらつき」， すなわちプロセスにおけるそれ (ウミガメの例だと， ウミガメ個体群の年変動) と観測におけるそれ (ウミガメ上陸時のばらつき) がなぜ分離して推定可能なのか， その直感的な説明は? とゆーご質問． 回答文案．

私が思いついた直感的なハナシというのは次のようなものです．

結局，この問題であつかうデータを図として描くと，横軸に時間 t でタテ軸に
観測値 y_t の点々がぽちぽちとプロットされることになります．状態空間モ
デルで推定したことは何か，というとこれらの観測値の点々に対して「できる
だけなめらかな曲線を描け」というものです．ただし，このときに，

・曲線はできるだけなめらかにしろ: 各時点で好き勝手な値はとらずにできる
  だけ「前後」にあわせるようにしろ

・点々にできるだけあわせろ: たとえば「観測誤差」が正規分布にしたがうの
  であれば，曲線と点々の二乗誤差を最小にしろ



といった矛盾するふたつの制約をつけられているわけです．つまり，曲線をで
きるだけなめらかにすると観測値とのずれである二乗誤差が大きくなり，二乗
誤差を小さくしようとすると曲線ががくがくぎざぎざになります．

状態空間モデルでは観測とのずれだけでなく，曲線のなめらかさも正規分布な
ど確率分布で表現されます．したがって，この統計モデル全体の尤度ができる
だけ高くなるように上の二条件のあいだの妥協点を見出すことができるわけで
す．

観測値からのずれも曲線なめらかさも正規分布で表現できる場合には，MCMC 計
算とか持ちださなくてもカルマンフィルターといううまいアルゴリズムで最尤
推定ができる，というハナシになっていると理解しております．

• ま， タネをあかせば， 時系列データも空間データと同じ， つまり， あの car.normal() の例題 とまったく同じってコトですよ． 歴史的には時系列統計モデリングわざを， 空間統計モデリングなヒトたちがぱくったわけですが．
• 北大図書館から連絡いただく． 去年の 自由集会ペイジ からもリンク． 「研究のいんふら」として北大をみた場合， 事務系とかネットワーク系とか (キビしく言えばわれわれ教員系とかも) かなりヘボヘボなかんぢなんだけど， その中にあって 北大図書館のヒトたちはホントにプロフェッショナル意識があり， 仕事の水準が高く， とてもすばらしいと感心させられることが多い．

Subject: HUSCAP: Submission Approved and Archived
		
タイトル: Rで改善する生態学のデータ解析

コレクション: 雑誌発表論文等 (Peer-reviewed Journal Articles,etc )

あなたの資料を、北海道大学学術成果コレクション(HUSCAP)に保存しました。
http://hdl.handle.net/2115/35063

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• しかしながら， ぷろへっしょなる意識けつらくぎみの私の テングザル作文はススまぬまま， 1930 研究室発． 寒いけど， あまり冬らしくない日々． 買いもの． 1955 帰宅． 体重 71.6 kg …… うーむ． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ネギ・油揚・豆イカ・タラの煮物．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・油揚・豆イカ・タラの煮物．
  • 晩 (2230): ハクサイ・ニンジン・シイタケ・煮干・豆腐の味噌汁． キャベツ・ショウガ・ニンニク・豚肉の炒めもの． 煮豆． ヨーグルト．