ぎょーむ日誌 2008-12-(21-31)

2008 年 12 月 21 日 (日)

• 0650 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 今日は群集生態学論文の勉強会． 曇． このあとしばらくして雪になった． A 棟 1F をあてもなくさまよう島谷さんを発見したので， 拉致して A 棟 8F までご案内する． 0845 研究室着．
• A804 で 0930 より勉強会． 参加者は主催者の島谷さん， 幹事の深谷君， あとは北大構内から 4-5 人， 苫小牧から 3 人ばかり．
• まずは野田研 M2 の深谷君による

  Tilman (2004) Niche tradeoffs, neutrality, and communtiy structure: a stochastic theory of resource competition, invasion, and community assembly. PNAS 101:10854-61.

  …… なンといいますか， あちこち無理矢理な群集シミュレイションだった． 著者が Tilman でなければ reject ではないかな．
• MacArthur 的 な「正規分布な資源分布」 に「正規分布な資源利用 niche」 を無限個つめこむことができるので， 種の類似限界をつめこむことができない， というのがこの論文のひとつの出発点なのだが …… 群集生態学なヒトたちってホントにいまだにこういう認識なのか? Sasaki & Ellner しりーづその他を読めってかんぢですな． 一般には， つめこめる種は有限個だ (MacArthur の仮定が特殊)．
• ともかく， Tilman 強引わーるどにくたびれはてて， 午前終了． 皆さんを昼飯調達の旅にご案内する． 地環研から北方およそ 400 m の地点に数カ月前にできた ほっかほっか亭 北大前店． A804 セミナー室にもどって昼飯．
• 1330 から午後の部． 島谷さん独演会 (ゑくせる達人わざ & Mathcad わざ実演つき) の 3.5 時間． 以上．
• …… まぁぁ， 紹介された

  Morlon et al (2008) A general framework for the distance-decay of similarity in ecological communities. Ecology Letters 11:904-917.

  もなかなかクセのある論文なのだが …… ``Supporting Information'' (Journal web page からダウンロードできる) は数式びっしり 31 ペイジもあるしね．
• 論文の趣旨としては「集中分布してる生物を安易に (阿呆っぽい) ランダマイゼイションすんな， 中立モデルと比較したいのであれば， せめて Poisson cluster process (Neyman-Scott process の一種) ぐらいを使え (ついでに， ありがちな species-abundance 曲線では「ずれ」がはっきりしないから similarity の distance-decay も見ろ)」 といったもので …… まあひさしぶりに点過程のハナシをきいたのでいろいろ勉強にはなった …… たとえば 依然として， Neyman-Scott 過程の最尤推定は解決されていないそーで …… ではどうするかというと， K 関数を微分したΩ関数を作り， (Poisson cluster process の仮定のもとで導出される) Ωの「理論式」(親密度と散布のパラメーターからなる) を最小二乗法 (みょーな重みづけわざ使用) でひねりだし， さらに個体数を親密度で割って子密度を憶測する， と．
• 1700 すぎ， 終了． みなさんぐったり． 今日は苫小牧の石原さんも論文紹介してくださる予定だったんだけど， 時間も (体力も) なくなったのでおひらき． 窓の外は雪． そして真っくら …… そういえば本日は冬至ですな．
• 1845 研究室発． 雪． つもってきましたな． 電気代しはらう． 1401 円． 1900 帰宅． 体重 72.0 kg …… あらー． 晩飯の準備． 晩飯．
• 明日も勉強会． 予習．
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.8 合． 卵焼． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． リンゴ．
  • 昼 (1300): A804 セミナー室． ほっかほっか亭のサケ弁当 360 円．
  • 晩 (1940): 米麦 0.4 合． モヤシ・ネギ・ショウガ・ニンニク・豚肉の炒めもの． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． ヨーグルト．

2008 年 12 月 22 日 (月)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0815 自宅発． 曇． 積雪びっしり． 0830 研究室着．
• 0900 より群集生態学論文の勉強会のつづき． 今日の午前は苫小牧の石原さんで，

  Clark JS (2003) Uncertainty and variability in demographiy and population growth: a hierarchical approach. Ecology 84:1370-1381.

  フクロウの個体群動態の生残確率率・産仔数パラメーター推定の階層ベイズモデル． Clark 的にいつものごとく， ともうしますか数式とか「てきとー」に書きトバしてるのでまちがいとか いろいろあったり (この論文に関しては図・表もかなりまちがっている)． とはいえ， 2003 年の時点で「生残確率を推定するのにアホみたいな割算するな」 (意訳) と指摘しその解決策を論文にだしてたのは …… うーん， 私はまだまだ周回おくれなかんぢが．
• ところでこの個体群なハナシが群集生態学につながるかといえば， ぬけめない石原さんは Clark et al. (2007) を紹介しておられた． これは群集生態学の理解に貢献してるのかしてないのか， なんとも …… しかし意外にも， ともうしますか， 午後に平尾君が紹介してくれた論文には引用されてた．
• 3 時間びっしりとひとつの論文にとりくみ， 昼飯．
• 午後は 13 時から 3 時間ほど． 平尾君による，

  Jabot F, et al (2008) Reconciling neutral community models and environmental filtering: theory and an empirical test. OIKOS 117:1308-1320.

  これも勉強になった． 平尾君が「ここまでの経緯」 みたいなのも含めて紹介してくれたんだけど， ややぼーっとしつつ聞いてた私の理解はこんなかんぢで:
  • Hubbell 本 (2001) が 「群集の species abundance 分布 (SAD) を生成できる」 「実データと比較可能でありパラメーター推定ができる」 理論として群集の中立説というフレイムワークの提示に 本腰をいれ， (Hubbell の思わくどーりに?) 賛成するヒトも反対するヒトもその手のひらの上で 踊ってくれるという時代になった
  • Hubbell は SAD をシミュレイションで生成していたのだけど， この方法で SAD を生成してみせるのはけっこう不便だとわかってきた
  • 局所群集への移入率の大きい局限では， 中立な多数対立遺伝子の確率分布 (Ewens 1972) でよい (尤度関数がかける) とわかった
  • 一般的な移入率のもとでの (ややこしー) 尤度関数は Etinne (2005; この論文の共著者のひとり) が示したけど， メタ群集の多様性θを Ewens (1972) のやりかたで 推定する必要があった
  • 局所群集での種分化はない (個体数が少ないので) と仮定すると (SAD はランダムドリフトとメタ個体群からの移入だけできまる)， 遺伝子系図学 (gene genealogy) で使われる coalescence process で局所群集の SAD を定式化でき， それを尤度として移入率が推定できる (メタ群集多様性θなんかは推定しないで)， とわかった (Etienne and Olff 2004 など) …… スゴい発想だ!
  • この論文では定着仮定に filtering (局所環境が species 定着の可否に影響する) があったらどうなるのかを調べた
  といったもの． シミュレイション実験してみると， 場所による移入率の相違は Etienne (2005) の方法では うまく推定できないけどこれは推定できる， ということをまず確認． つぎに環境差があると …… 移入率は低く見つもられてしまう． これはメタ個体群との相違が大きくなるためで， 中立モデルで解釈すると「移入率が低いからヘンな群集ができる」 となるため． まあ， これで m の推定やることで種差に影響あたえていそうな環境要因とか 特定できるんじゃないの? といったハナシのようで …… しかし， この論文のままでは「移入率が場所によって異なる」 「環境による filtering がある」 の区別がつかないよね， といったハナシから上述の Clark et al. (2007) なんかに言及がいってるようで．
• …… よーやく， おわった …… 勉強にはなったけどばてた．
• テングザル論文すすまず． 1920 研究室発． 買いもの． そしたら北 12 生協でテングザル松田君にばったりあった． うう． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ふけんこうなる日々， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.8 合． 卵焼．
  • 昼 (1200): 百周年記念会館「きゃら亭」の A ランチ． シーフードスパゲッティー．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ネギ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ニンジン・鶏肉のレモン蒸し． ヨーグルト．

2008 年 12 月 23 日 (火)

• 0730 起床． さいきん， 電燈つけっぱなしで寝てしまうことが多い． そしてあけがたぐらいに目をさまして， 「いやはや」 などとつぶやきつつ電燈けしてまた寝る …… このためなのか， あまりよく眠れてる気がしない． 朝飯． コーヒー． どーも昨日・一昨日の勉強会ばてなのか， ずるずると怠業．
• Linux 上で簡単に複数 PDF ファイルを結合するには， pdftk が良いとわかった． しかも pdftk はそのぢみな見かけとはうらはらに， ファイル結合だけでなくじつに いろいろなこと ができる， とわかった (例: こちら とか)．
• とりあえず， 今年度の 講義のーと を結合してみた …… 全 132 ペイジか．
• さてさて， これを流しこめば 岩波本 のペイジはかなりうまるような気もする． 最初にでた赤穂さんのカーネル多変量解析本の本文は 200 ペイジぐらいだったので． しかし「流しこんでオワり」 といった安易な作業だけで終わりになるわけないしなぁ ……
• 実際のところ， 講義のーとから除去できる R コード (ちょっとグラフを書いたりするところなど) は除去することになりそう …… そして， そういったコードは当方の web site 上に移行したほうがよいのだろう． となると， やはり全 200 ペイジぐらいにするためには， 説明がヌケてるところをかなりおぎなう必要があったり， 時系列や空間構造のあるデータ解析についての補足が必要になる， と． これは (少なくとも) 新しく一章ぶん書かねばならないんだろうな．
• なぜこんなやくたいもないコトを考えるかというと， 岩波書店から昨日かかるメイルなどをいただいてしまったため:

  (久保略: 次にでる予定の書名) はほんとは１月刊行予定でしたが、少しずれて３月刊、 (久保補足: 久保の原稿は) できれば１月末までに完成してくださると、５月刊行に間に合わせられそうです。

  「1 月末」!! としょっくをうけ，

  こちらの無理な注文ばかりですみません。

  …… はい， 無理だと思います …… といった脱力を経験してしまったので．
• けっきょく午前中はちょっと掃除しただけでおわった． こんなにぐだぐだしてるからヒマなやつだと思われるのだろうな …… うう． 昼飯． 1305 自宅発． 雪． 1320 研究室着．
• うーむ， なかなかテングザル作文修正にとりくめん ……
• しかしながら， 残念ながら， いつまでも「わーどなんかやだやだー」 とダダをこねているわけにもいかないので， Linux 上 VMware 上 ゐんどーづ上のわーどにとりくむ …… 統計モデリング小節をかなり書き直し， 結果節もそれに対応させていく ……
• わーどの user experience (しかも自分で書式設定してないファイルの操作) にばててしまったので， 1850 研究室発． さむい． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ふけんこうなるうんどう不足状態， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.8 合． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1220): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・鶏肉のレモン蒸し．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ダイコン・イカの煮物． キャベツ・ニンジン・ソーセイジのレモン蒸し． ヨーグルト．

2008 年 12 月 24 日 (水)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0845 自宅発． 晴． 今日は気温やや高め． 予報では夜には「雨」とか． どうなることやら． しかし明後日ぐらいからまた強烈なる寒波がくるそーで． 0900 研究室着．
• 午前中はなんだかメイルやりとりとかで終わってしまった．
• そして年末にむけていろいろなものが壊れたり不調になる． 院生部屋の蛍光灯． プリンター． 修理の手配など． 昼飯．
• 1330 からうっかり 2 時間も会議に出席してしまった …… 今回は残念ながら出たほうがよい会議だったわけだが． 来年 7 月から A 棟とりこわし耐震工事のもの． 今回は新 A 棟の仕様説明とこちらから出す室内配置・物品配置の 書類について．
• さらに研究室にもどって工藤さん・露崎さんと相談しているうちに， A 棟とりこわし時点での物品移送リスト作成の期限がけっこうせまっている， とわかった． これは新プラン作成と連動していて …… いろいろ手配が必要になりそうなもよう． やれやれ．
• 雑用ついでに 7F プリンター Epson LP-S6500 のネット途絶修理． なぜか設定が初期化されてたので IP アドレス再設定 …… でカタづくはずだけど苦闘する． 困ったときのぎょーむ日誌， と検索してみると回答がみつかった． 2006-04-17 に記されてるとーり 「電源をいったん切る」 といった野蛮な方法で IP 設定が反映された． やれやれ．
• やれやれでオワった一日だった． 1850 研究室発． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • どこまでふけんこうになれるかじっけんちゅう ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． ダイコン・イカの煮物．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・ソーセイジのレモン蒸し．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・ソーセイジのレモン蒸し． ヨーグルト．

2008 年 12 月 25 日 (木)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着．
• 午前中は A 棟耐震工事 (来年 7 月から) ひなん生活の 準備雑用の準備でオワってしまった …… 要点はめんどー回避． A 棟 7-8F だけで 15 個の呪われゑくせるシートの生成が 要求されているので，
  • 研究室共用 Google アカウントをつくり， そこに情報を集約する (つまり呪われゑくせるファイルつきメイルをそちらに送れ，と)
  • Perl を駆使して 15 個のゑくせるファイルを生成， さらに研究室雑用 Wiki からそれらに「直リン」させる PukiWiki コードを生成させる
  といったコトなんだけど， まああれこれヒトに仕事を委任しなければならないので， ばたばたと歩きまわったりする必要もあったり．
• この過程で細かいワザの習得など． w3m で BASIC 認証つきサイト (研究室雑用 wiki とか) アクセスしようと思ったら w3m http://ログイン名:パスワード@hosho.ees.hokudai.ac.jp/xx/ でよい， とか．
• さらに Google service にパスワード入力なしでログインするには， このように URL 指定する， とか: (たとえば Gmail の場合) https://www.google.com/accounts/ServiceLoginAuth?continue=https://mail.google.com/mail&service=mail&Email=ログイン名&Passwd=パスワード …… 研究室雑用 wiki のごとく， パスワードで保護された場所でしか使えない便利でアブなすぎる URL ですな．
• ひとつ気づいたんだけど， Google Document は「解毒」能力が高すぎて， ちょっと困る場合もある． すなわち， 事務室が作った呪われゑくせるファイルをアップロードできるのはよいとして， こんどはダウンロードしようとすると …… できない． 「xls で保存」なるメニューはあるのだが， 事務室がわざわざ付加した呪われ属性のいくつかが アップロード時の解毒によって消されていたりする場合もあって， ですね …… ということで， Gmail をとりあえずのその場しのぎな storage として使うことに．
• ばててきたので昼飯．
• 昼飯後， 研究室メイリングリストにいろいろ連絡メイルを送信． とりあえずは一件落着． しかしこの年末に巨大なる A706 実験室 & 調査装備置場 の物品表作り， なんかもあったり …… 複雑怪奇なる A606 化学実験室も …… ぐったり．
• A801 院生部屋の蛍光灯修理 …… ではなく， 本日は検査だけでしたか …… お茶部屋に関しては， どうも交換器ではなく壁のスイッチ接触不良では? という可能性があるそーで．
• 少しだけテングザル作文をススめる ……
• 輪読会の予習．
• お茶部屋で晩飯くってから吹雪の中， 農学部へ． 輪読会の予定会場は酔っぱらったフィールド科学センター教員たちに 占拠されていたので， 造林のセミナー室へ．
• 1900 より カエルベイズ本 輪読会． 今日の担当は平川さんで第 2 章． 例によって著者の例題がよくない． 実際にやったサンプリング方法にあわせて二項分布・負の二項分布 のどちらを選ぶべきか決めればよいのであって， 「どっちでもよい → 両者の結果が異なる → ダメ」 という論法はおかしい． あと， モデル選択カエル本 の (モデル選択の普及に貢献したという功績は認めるものの) 悪影響 の大きさは無視できないものがある． ``Akaike weight'' とかヘンな用語を使われているのに， 統数研のヒトたちなんかは 「Akaike ブランド」 (ま，これは冗談ですが) の勝手な悪用とか抗議しないのかな?
• 2100 農学部発． 湿雪がどんどんふりつもっている． 2120 帰宅．
• [今日の運動]
  • うーむ …… 生活を改善したい ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 食パン． キャベツ・ニンジン・ソーセイジの蒸し煮．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 食パン． キャベツ・ニンジン・ソーセイジの蒸し煮．
  • 晩 (1810): 研究室お茶部屋． 食パン． キャベツ・ニンジン・ソーセイジの蒸し煮．

2008 年 12 月 26 日 (金)

• 0720 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 猛烈なる吹雪． これが山岳部の冬山合宿ならテント内で 「今日は行動中止! 交代しながらテントまわりの除雪」 となるぐらいの悪天だ． 積雪量がおおくて， 札幌市ならびに住民の皆さんによる除雪がぜんぜん追いついていない (はい，集合住宅ぐらしの人間は無責任かつお気楽であります)． いつも本当に感心するんだけど， よくまあこんなところに 190 万人都市を維持できるもんだねぇ …… 世界にいやいや人類史上に例のない，ともうしますか． 0940 研究室着．
• 昨日， Burnham & Anderson (2004; モデル選択カエル本) の ``Akaike weight'' (これは彼らの造語) にケチをつけたんだけど， 気になったのでちょっと調べてみる． このヒトたちでは exp(-0.5 × ΔAIC) などといったとっぴな weight は思いつくわけないよな …… という憶測にもとづいて，いろいろな論文をながめてみたのだが， そもそもの根源は赤池さんの 1978 年の論文，

  Akaike H. 1978. On the likelihood of a time series model. The Statistician 27:217-235.

  にありそうだ (ちょっと見つけにくいところにあるので link)．
• この中では 時系列モデルの推定みたいな ややこしーことやるときに， a quasi-Bayesian みたいな方法として exp(-0.5 AIC) (あまり本質的ではないけど ΔAIC ではなく AIC) が期待平均対数尤度に近いと考えて (←このあたりは坂本・石黒・北川. 情報量統計学. 1983. にも似たよーな検討が)， 重みづけしてみたらどう， といった heuristic な提案だ． B & A (2004) 本であつかっているのとは， ずいぶんとちがう状況ではないかな?
• その後の展開だけど， この weight なるものは最小二乗法的な状況以外では ぜんぜん検討されてないのでは? 最小二乗法な状況においても 何かがきちんと正当化されてるわけでもなさそうだし． ということで， 依然として heuristic なまま， と考えてよいだろう．
• こういう (他にも QAIC とか AICc とか QAICc とか) アブないわざをアブなく紹介する (限定された状況でしか検討されてない方法なのに一般化してみせる， など) とゆーのが B & A (2004) 本の特徴ではないかな．
• などとうだうだやってたら健康診断うけつけしめきりの時刻が! 吹雪の中， 札幌駅北側エルプラザ 5F に走り， 1 分ちこくしたけど受付前でがっくりしてたら おなさけで通してもらえた． 私は 5 月 に人間ドックで健康診断すませているので， 本日はハシカの抗体検査のための採血だけ． 待ち時間もふくめて 10 分間で終了．
• ぱん吉で昼飯調達してから研究室にもどる． AIC 文献をもうちょっとながめてみたり， FAQ モデル選択 を少しなおしてみたり．
• 窓の外はちょっと晴れてきた …… と思ったらまたすぐに吹雪で視界が閉ざされる．
• テングザル作文修正をぢりぢりとススめてみる ……
• 1600 ごろから 2 時間ちょっとばかり松田君と相談しながら テングザル discussion 節の改訂 …… サルわーるどは難解だ． しかし専門家に相談しながらだと作文改訂という作業も 気分的にはラクだなぁ．
• Discussion 節の改訂はまだまだ途中だけど， ばてきたので本日は途中までで終了． 1930 研究室発． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 食パン． ネギ・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1220): 研究室． ぱん吉のサンドイッチ．
  • 晩 (2050): 米麦 0.8 合． ニラ・ニンジン・キクラゲ・春雨・ホタテのスープ． 麻婆豆腐． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2008 年 12 月 27 日 (土)

• 0830 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 歳末たいぎょーもーど， に突入してしまった ……
• 昼飯くって 1440 自宅発． 曇． 1455 研究室着．
• しかしテングザル作文修正はススまぬまま撤退 …… 1900 研究室発． 1915 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ふちょー
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): イソップベイカリーの新作 (?) 胚芽クロワッサンとか．
  • 昼 (1400): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 晩 (2000): 米麦 0.6 合． ニラ・ニンジン・キクラゲ・春雨・ホタテのスープ． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．

2008 年 12 月 28 日 (日)

• 0830 起床． うーむ． 朝飯． コーヒー．
• 今日は怠業などしないでさっさと研究室に …… と思っていたのだが， 何のハズミか， トイレ・浴室そうじなんかで午前がオワってしまった． まあ， 1 年以上もちゃんとそうじしてなかったんで， かなり ……
• ややぐったりしつつ， 1130 自宅発． 今日も雪． ちょっと秀岳荘によってから， 1155 研究室着． とりあえず昼飯．
• 夜までテングザル原稿の修正作業 ……
• 現時点でとりあえず修正できるところはぜんぶ修正した， と思えたので作業おわり． ファイルアップロード & 連絡． 2030 研究室発． 2050 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． さるばて．
• [今日の運動]
  • 歳末ふけんこう状態 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.6 合． ニラ・ニンジン・キクラゲ・春雨・ホタテのスープ．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． レトルトパウチドカレー． キャベツ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 晩 (2130): イソップベイカリーのバゲット． キャベツ・ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・マイタケ・鶏肉のスープ煮． ヨーグルト． リンゴ．

2008 年 12 月 29 日 (月)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 1000 より， 年末も残っていた院生に働いていただいて， A 棟耐震工事 (来年 7-2 月) 時の避難生活物品移転リストづくり． とりあえず 7F 実験室から． 小山さん・保要さんにインキュベイター (やたらと数が多い) などを調べていただき， 私は矢澤さん・木村君とロッカー・机などかさばるものの 幅・奥行・高さの測量． 井田君が以前に作ってくれた地図を参考にしつつ．

• この移転物品リストの提出は来月 20 日なのだが， それと同時に改造工事後の新実験室などのプランも同時期に 提出しなければならない …… つまりこの物品リストをながめつつどこに何を配置するので この新実験室には何 volt の電源がいくつ必要といった計画をする必要がある (さいわいなことに，このあたりは露崎さん担当) ので， かくのごとく年末に実験室の調査をしている次第．
• 7F 実験室のかさばるもの測量が終了したので (あとからやっかいなハチ部屋を放置してたことに気づいたのだが)， 6F 実験室 (化学系) の大物測量 & 移動に注意すべき機器チェック． 地図がないので， 木村君が記録作業しつつ作った地図はこんなかんぢで．

• 意外に， ともうしますか院生の皆さんががんばってくれたおかげで， 2 時間ほどで A706 & A606 両実験室のやっかいなもの リストアップは 2 時間ほどで終了した． いやー， 助かりました ……
• 昼飯．
• このリストを事務室が作った呪われゑくせるファイルに転記する苦行． 7F 実験室のそれは小山さんにお願いし， 私は 6F 実験室にとりくむ． 測量しながら記録してもらったリストはなんだかヘンなところがあり， 何度か「現場」にもどって確認作業などが必要だった．
• それ以前に， 他ならぬ私が罫線まみれな呪われゑくせるファイルなんぞに 時間を浪費させられる状況とゆーのが， 何とも ……
• などとうだうだしてたので， 入力にけっこう時間がかかった．
• 実験室と同じく， 移転後のプラン提出がめんどうな 8F お茶部屋とセミナー室の測量もやってみる． 一人で長机とかの幅を測量するのはなかなかたいへんだ ……
• 測量作業を終えたので， これも呪われゑくせるファイルに入力 ……
• …… てなかんぢで貴重な年末の一日がオワってしまいましたよ． 1920 研究室発． 1940 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• うーむ， 暖房を使わない月はガス代が 3000 円ぐらいなんだけど， 使う月は +5000 円ぐらい上昇しますなぁ ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.8 合． キャベツ・ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・マイタケ・鶏肉のスープ煮．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． キャベツ・ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・マイタケ・鶏肉のスープ煮． 米麦 0.8 合．
  • 晩 (2040): 米麦 0.8 合． キャベツ・ブロッコリー・タマネギ・ニンジン・マイタケ・鶏肉のスープ煮． ヨーグルト．

2008 年 12 月 30 日 (火)

• 0840 起床． うーむ， 生活周期が復旧しない …… 朝飯． コーヒー．
• 昨日の移転物品調査のファイルについて， 研究室雑用 wiki 上で少しばかりとりまとめてみる．
• うーむ， 生態学会大会 (盛岡，3 月)， なかなかぎちぎちにツメこんだスケジュールになってますね． 初日 (以前は各種委員会だけの日で学術発表ナシだった日) に 23 個も自由集会やりますか． GLM 自由集会 は W04． 17 時に終わるんで， 今回はうちあげとゆー気分ではないのだが ……

• などと怠業してるうちに午前がオワってしまいましたよ． やれやれ． 1220 自宅発． 雪． 1235 研究室着． 昼飯．
• さて， テングザル方面もひとくぎりつき (しかも松田君は現在べつのテングザル論文 revision で苦闘してるもよう)， A 棟ひっこし雑用の年末にやるべきことも終了したので， ずいぶんと長いことを放置していた M2 したうけに着手しなければならないのだが ……
• なかなか着手できづ． いつものことながら．
• などと時間を浪費ばかりもしてられないので， 難解な構造をもつデータにとりくむ． これのめんどうなところは 「信頼できないデータが入ってる列」 の修正が必要， というあたりで …… なぜ信頼できないかというと， R で精密に調べたときに判明したんだけど， 「ゑくせる上で手動でこぴぺ & しくじり」 によるもので ……
• 樹高に関して「汚染されてる」「されてない」データ のきりわけがわかってきた …… しかし本日は ThinkPad X31 の部品がとどくので撤退． 1745 研究室発． 雪． 1758 帰宅． ドアの前でばったり配達のヒトとかちあった． 18 時以降配達， なんだけどちと早すぎませんかね． まあ， 受けとれたからいいけど．
• さっそく大手術にとりくむ．

[ThinkPad X31]

これで何度目になるのか， ともあれまたまた ThinkPad X31 の大手術． 今回は下半身交換ともうしますか， 液晶パネルその他を新しい本体につなぎかえる， とゆーもの． 40 分ほどで終了． Hardware 的な不調が原因でまともに動作しなかった トラックポイント (鍵盤中央の赤鼻) が正確に動くようになった． ThinkPad はこれが使えなくては．

• HDD さしかえで何の問題もなく動作している． ThinkPad 旧下半身は予備部品として保存することに． このマシンもかなり以前に販売されてたモノだしね …… またある日とつぜんシステムボード (基板) なんかが原因不明で壊れても不思議ではない．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うっかりうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.8 合． 卵焼き． コンブサラダ．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． コンブサラダ． リンゴ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． ホウレンソウのゴマ醤油あえ． ダイコン・豆イカの煮物． ヨーグルト．

2008 年 12 月 31 日 (水)

• 0820 起床． 生活周期がずれたまま年末 …… 朝飯． コーヒー． 洗濯． どこに何があるのかわからない， というこの部屋の現状に関して少しばかりの疑問が生じたので， 物品を移動することで何か秩序のようなものが生じるかどうか とゆー実験を試みてみた …… 多少はマシになった． そもそもそんなにモノがあるわけでもないんで． しかしあるはずのモノが見つからなかったり． うーむ?
• てなことでうだうだしてるうちに， すでに正午ちがくなってしまった． 不調だな． 不調だ． 1130 自宅発． 雪． 気温はやや高く歩道上の雪はややとけぎみ． 1145 研究室着． A 棟 1F の廊下を歩いてたら， 実験棟にむかう生態遺伝研究室のかたにばったりお会いした．
  「あれ? 君は実験動物のお世話しなくてもいいのに何でいるの? 計算機のお世話?」
  「M2 という動物のお世話です」
  「ああ，なるほど」
  まあ， 実際のところは M2 のデータにとりくんでいるわけだが．
• で， 昼飯などくいつつデータをながめる． うーむ．
• とりあえず， データ中の信用できない列を削除して， 信用できるところを組みあわせて， 樹高成長量などを算出していく．
• さらに死亡枝と新規生成枝 (先発枝 proleptic shoot を区別しつつ) TRUE/FALSE 列で …… このあたり sapply() ワザの連発．
• うーむ， apply() 関数系のワザは ぜんぜん難しくないと思うんだけど， まわりの院生をみてると「習得の難所」になってるような気も． これが「他のワザでは代替できない」 かというと， ぜんぜんそんなコトはないんだけど (皆さん for () とかでシノいでいたりしますな)， 使えるとコード全体がかなりすっきりするする (for () は関数ではないのですっきり書けない)， というご利益はある．
• データから「ゑくせる呪われこぴぺエラー」 はひとまず厄ばらいできたように思えたので， 「全データを俯瞰できる図」 の作図プログラミングにとりくんでみる． 図を作るとまたエラーとか見つかったりするんだけどね ……
• library(lattice) 作図の coding …… これまた「習得の難所」 かなぁ …… 来年はでるはずの「R の作図わざ」 を読めば下のような図が描けるようになる， といいですね． まあ， R こーどは こんな かんぢで．

• シラカンバ 22 個体・ホオノキ 33 個体ぶんの枝成長・枝死亡・枝生成・ 幹成長などの図を pdf() 関数を使って PDF ファイルに出力してみる …… あ， evince だとシンボルの一部がバケるんだった． えーい， データが正しいかどうかわからんけど， PDF ファイルもリンクしておくか (BP, MO)．

• うーむ， データが正しいとすると， だけど ……
  • シラカンバの頂部の幹 (leader shoot) では当年では一次枝は同時枝としては伸びないけど， 翌年に先行枝として伸びる?
  • ただし樹高成長がよい個体は同時枝をだす? (いかんせん BP は個体数が少ないので何とも)
  • 緑の横棒は一次枝直径の log RGR に相当する量なのだが， これは個体上部ほど高い …… しかし直径が小さい枝も上部にある， つまり直径と位置が交絡してるので， 何ともかんとも．
  • ホオノキはわけわからん
  はてさて， どうなることやら．
• 1900 研究室発． なぜか気温があがって雨． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 歳末うんどう不足状態継続中 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ネギ・卵炒飯．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2130): 蕎麦． ヨーグルト．