ぎょーむ日誌 2008-05-(11-20)

2008 年 05 月 11 日 (日)

• 0900 起床． うー． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• R-help の常連回答者 Deepayan Sarkar が library(lattice) (R graphical manual) 本を 3 月に出版していた， と今ごろになって気づいた (amazon)． これは買わねば． さらにすばらしいのは， ご本人のサイトで 図と R コード が公開されてるコト．
• 1110 自宅発北大構内走． 晴． 1155 帰宅． 体重 71.4 kg …… うーむ， アリ論文ふとりなのか? 反省．
• 昼飯． 洗濯． また怠業． 1515 自宅発． 晴． 1530 研究室着．
• うー， なかなか仕事が …… というかバテぎみなのか， なかなかやる気がでない．
• となりの A802 院生部屋からぴーぴー警告音がするので行ってみたら， 院生と新型プリンター LBP5400 が格闘してた． 調べてみるとどうも原因は院生ゐんどーづの printer driver にありそうなのだが (PC 側で device 情報が取得できない) …… printer driver のポート設定の SNMP 設定なんちゃらを 無効にすると device 情報が取得でき問題が解決したかのようにみえる． あいかわらずナゾなシステムですなぁ．
• とりあえずトドマツ校正に関する質問に返信するメイル． うーむ， かんたんなことなのに二日間も放置してしまった．
• また天塩川モデリングの試行錯誤． なんべんやっても 7 種類ものイオン動態を同時に収束させるのはぜつぼー的， と見えるわけだが …… いろいろヒネくっているうちに改善すべき点を発見していくのが， データ解析分野における職業的なるうそつき， というヒトたちなのですよ．
• といったハナシはともかく， 収束を阻害してた要因はわかりにくいところにあった， と時間をムダについやして発見できた． このややこしーモデルにおいては， パラメーターの初期値をうまく設定してやらねばならない， とゆーことだ． Gibbs 分布のおそろしさよ． そういう試行錯誤がイヤならパラレルテンパリングみたいな 拡張アンサンブル法を使うしかないんだけど， ゐんばぐすではそんなことそもそも無理無理というわけで．
• 難しい岩壁登攀の中で手さぐりでルートをさがすような困難の中でも 不幸なメイルは来信する． トドマツ図を作りなおせ?! いやはや ……
• 天塩川モデル， 「とりあえずこれで収束するだろう」 というところがわかったので 30 分ぐらい費やす計算を命じておいて， 2210 研究室発． 買いもの． 2230 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): ヨーグルト． シリアル．
  • 昼 (1330): イソップベイカリーのレトロバタール． キャベツ・豚肉の炒めもの．
  • 晩 (2310): スパゲッティー． レトルトパウチドのソース． キャベツ・ニンジン・ハムのスープ．

2008 年 05 月 12 日 (月)

• 0820 起床． まあ， よくねむれました． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 天塩川モデリング， 「初期値をうまく設定してやる」 わざで Gibbs sampler をだまくらかすコトはできているんだが …… だましきれてない部分がある． そのあたりもうちょい修正． 再計算．
• 再計算させてるあいだ， トドマツ proof 段階での図のつくりなおし作業． こんなかんぢで． 情報としてはぜんぜん変わってないわけですが， すごく細かいところが変更されてる． 変更部分だけ PDF ファイル化， すなわち dvipdfmx -s 46,48 -o figNEW.pdf abies.dvi してファイルアップロード， メイルで連絡． これで一件落着， かしらん?

• 天塩川試行錯誤， まだまだつづきそうなもよう． パラメーターが多すぎる． しかしそいつらを制御するべくまたパラメーターを追加せぬばならぬ， というこの対処療法． 嗚呼．
• トドマツ図， そうですか， EPS ですか． dvips & ps2epsi 連係わざ． アップロード & メイルかき．
• 天塩川計算， 最後にアシをひっぱってくれたのはやはりいちばん濃度がウスい (つまり観測値がアヤしい) NH4 か …… モデリングに何かまだマズい点が残存している， と考えるべきなんだろうな． こういう場合は．
• とりあえず海水の効果とやらのイオン間のばらつきを制御するパラメーターを追加， と． なんだかツギあてだらけのモデル …… まあ， 階層ベイズモデルというのはそういうモノなのかもしれんけど．
• いつものごとくウスい壁 (というか単なる板きれ) をとおして大統領講義がきこえてくる． 内容はなぜかしら集団遺伝学． 学部生むけの内容なのだが …… まあ， 学部をもたない地環研の場合， あちこちから院生がくるのでそういう授業も必要なのだろう． しかしながら， いつものごとくさっさと脱アリしたい気分になってくるなあ．
• 工藤さん Mac から壊れぎみ CANON LBP2810 に印刷出力する工夫あれこれ． カギは印刷品質の設定にあった． モノクロにしてイメージプリント (だったか? ともかく LIPS なんちゃらは不可) と判明した．
• 北大中央生協購買まで昼飯調達の旅． 昼飯．
• 夜まで天塩川モデリングの試行錯誤に費やしてしまった． いろいろやってみたのだけど， 水量変化の収束が悪くなるか， あるいはイオン濃度の変化の収束が悪くなるか， という状況で同時にふたつを改善できない， というイヤな状況だ．
• もひとつイヤなのは 「こんな計算で得られた結果って何かつかいみちがあるのかなぁ」 という徒労感だ． 水質動態の推定モデルとしては新しくてなかなか良いと思うんだけど， そういうハナシでもないよねえ …… というか当方も先方の研究室も水質学にはそうとうにうとい， といったあたりが問題なのではないかな．
• いやはや． 2010 へろへろと研究室発． 買いもの． 2030 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル．
  • 昼 (1320): 研究室． 中央生協出入口に出張してきた屋台で買ったお好み焼き． 豚玉 250 円．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ワカメの酢のもの． キャベツ・ニンジン・タマネギ・干しシイタケ・干しエビ・ホタテのスープ．

2008 年 05 月 13 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． データ解析こんさる問題の難問を検討してみる． ひとことで言えば， Mantel 検定なるものはデータがもつ情報をドブに捨てまくったあげくに， 変数 X と Y のあいだにこういう関係がありました， と示してみる技法だねえ． つまりたいしたコトは言えないわけだ． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• 午前中はまた天塩川試行錯誤でオワってしまった …… やはり少々の小細工ではダメだな． 抜本的には「流量」なる信頼できない観測値の背後にある ホントの流量の動態モデルの改善が必要なのだろう． ただ単に観測値にあわせるだけのモデルなら何とかできていたわけだが， 7 種類ものイオン濃度 (これがまた信頼できるのかどうかよくわからぬ観測値) も同時にモデリングすると， 両者のアヤしさにふりまわされて収束しなくなる …… もうすこし具体的に言うと， Gibbs sampler が 「流量変化なんて (どうせ観測値は不正確なんだし) どうでもいいや」とナゲてしまって， chain ごとに異なるてきとーな値をとることにして， その中でのその他あれこれのつじつまあわせに熱中している， と．

• …… で， けっきょくのところ本日もまた第一次欧州大戦西部戦線的なる すなわち不毛にして塹壕消耗戦的なる天塩川モデリング試行錯誤 で終わってしまいましたよ …… やはり水量のモデリングがうまくいかないので， 何をやってもダメ， という状況 …… 先月やったのは NO3 と NH4 の二種類だけをあつかっていたので， なんとかごまかしきれていたわけだな． さっさと脱アリしたいのに， 天塩川で足どめをくらってしまうとは． 1910 研究室発． 1930 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 不健康なるうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・干しシイタケ・干しエビ・ホタテのスープ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・干しシイタケ・干しエビ・ホタテのスープ．
  • 晩 (2000): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・干しシイタケ・干しエビ・ホタテのスープ．

2008 年 05 月 14 日 (水)

• 0810 起床． うー． 朝飯． コーヒー． また朝から Mantel 検定がらみの問題を検討してみる． さすがに結論が見えてきた． Mantel なんぞというトビ道具を持ちだしてきた時点で， いわば冥府魔道にふみこんでいるのだから， Mantel のことは Mantel だけ使って決着すべし． ふつーの他の統計学的な道具だてを使う余地なし． ひたすら条件つき確率分布からの標本集団を生成してみせるより他ない …… まあ， そういうことでしょう． と結論してみて， 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• そして今朝も「これを倒さねば先にススめぬ」 天塩川モデリングにとりくむ． 一晩ねるとまた新しい反攻作戦をおもいついたりするわけで …… ようするに， あの信頼ならないヤクザな水量データに対して 「紳士的なる」モデリングを試みようとしたのがそもそもの誤りだという 気がしてきた．
• たとえば， ヨコ軸に対してタテ軸が指数関数的に増大する， といった単純な仮定をおくと …… 雪どけ時期においてめちゃくちゃなことになっていることをのぞけば， これでだいたい説明がつく．

• まあ， ヨコ軸ゼロのところで水量ゼロでないあたり (とくに 5 月) めちゃくちゃさのひどいところなんだが …… まあ， まだ天塩川源頭部 (つまり天塩岳 1558 m) に残雪がまだまだあるってコトなんでしょ …… と， てきとーなコトを言ってみる．
• もちろん階層ベイズモデルの中ではこんなに単純なことはやらない． 雪どけ時期における (めちゃくちゃな) あてはまりの悪さを考慮しつつ， 可能な無数の曲線群を生成して必要な 「サンプリング地点間の水量変化」 の事後分布を生成してやるわけだ． マトモにやったらこの 5 月の水量はモデリング不可能だからねえ．
• といった奇策も通用せず …… うう． きちんと観測データと対応させることのできる水量の統計モデリングは難しすぎる …… うーむ， ちょっとモトの式をこうかえてみるか?

• 日没時刻ぐらいまで悪戦苦闘をくりかえして …… 投了． すなわち， この天塩川水質階層ベイズモデルのウリであった， 水量とイオン濃度変化を同時に推定してみせる， とゆー境地からは撤退． 水量のモデリングは放棄． 水量はキメうちにしておくことに．
• するとまあ， なんともあっけなくイオン濃度モデリングの MCMC 推定計算， すぱぱーんと収束しちゃったりするわけですよ． あちこち欠測だらけの NH4 がしつこくしつこくアシをひっぱってくれたおかげで (くそう憎むべきあんもにあめ……) 推定計算の MCMC step 数はむちゃくちゃに長くせざるをえなかったが …… 70000 MCMC step 1031 秒で計算終了 (NH4 がなければ 20000 MCMCM step 340 秒ぐらいで終了するのだが)． いやはや． BUGS code と 事後分布表， その他あれこれ．

• で， ここまでかくも長き第一次欧州大戦西部戦線的なる すなわち不毛にしてしとしと冷たい雨の降りしきる中の 毒ガスただよう塹壕消耗戦的なるモデリング試行錯誤の七転八倒ころびまくりおちまくり 最後の最後は最大戦闘加速で緊急離脱までしながら， まったくもって予想どーりともうしますか， 何もおもしろそうな結果はえられなかったというか， 何となくあたりまえのことばかりのような ……
  • 自然の地形はすべてのイオン濃度を低下 (水をきれいに?) します (beta1; 下の図 beta1[7,1] はへろへろ NH4)
  • ほとんどのイオン濃度では 「はっきりした (fixed effects 的な) 季節変化」 がわかりません (beta2)
  • 河口から入ってくる海水の影響でほとんどのイオン濃度は上昇します …… ただしなぜかしら NO3 だけは低下 (beta3)
  うーむ …… まあ， そもそも何かおもしろそうなことがでてくる統計モデリングではなかったんですけどね．

• あーもー今日も天塩川にざぶざぶ流されてオワってしまった …… 2015 研究室発． 雨． 2030 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． やれやれ．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 …… しかし， そのあと疲労回復をめざしてお風呂 & ストレッチ． これのおかげか， ひさびさによく眠れた ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): ヨーグルト．
  • 昼 (1400): 研究室． 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． ダイコン・ネギ・ワカメの味噌汁． ニラ卵．

2008 年 05 月 15 日 (木)

• 0840 起床． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 天塩川モデリング， 昨日の悪戦苦闘にてひとまずはケリがついたので …… 秩序ある撤退， すなわち報告かき．

[PukiWiki で報告かき]

ということで， 天塩川特設 PukiWiki 上でぽちぽちとまとめてみました．

• ひととーり終了． メイル書き． 時刻はすでに 1300 すぎ． うう． 昼飯．
• さっさとアリ論文原稿にもどりたいところだが …… その前に一週間ほど放置してしまっためんどうなデータ解析こんさるメイルかき．
• ということで， partial Mantel test 文献よみ． このアヤしそうな手法については今までよく理解してなかったんだけど …… いくつか文献よんでみると「何をやってるのか」はわかった． ようするに， ふつーの Mantel test は 「相関係数 (correlation coefficient) みたいな量」の検定なんだけど， ぱーしゃるのほうは 「偏相関係数 (patial correlation coefficient) みたいな量」の検定， ってことで．
• 蛇足ながら R の library(vegan) には mantel.patial() なる関数が入っている．
• 論争になってるのは， その検定統計量をアヤしい randomization によって生成する手口に関するあたりで ……

  Raufaste, Rousset. 2001. ARE PARTIAL MANTEL TESTS ADEQUATE?. Evolution.

  partial Mantel test でやってる randomization による偏相関の分布の生成って統計学的根拠がないんぢゃないの? 理論的には Type I error の確率が nuisance parameter (久保注: この場合は遺伝子流動の速度のようで) に依存している．

  ふつーの Mantel test は理論的にも問題ナシ．

  Castellano, Balletto. 2002. IS THE PARTIAL MANTEL TEST INADEQUATE?. Evolution.

  Raufaste & Rousset (2001) が考えてる条件は単純すぎるんで， シミュレイションで調べてみた． partial Mantel test で問題ナシ．

  Rousset. 2002. PARTIAL MANTEL TESTS: REPLY TO CASTELLANO AND BALLETTO. Evolution.

  Castellano & Balletto (2002) でつかってるモデルはへっぽこなので， そのあたりを示すためにそのシミュレイションやりなおしてみた． やっぱり Type I error が nuisance parameter (久保注: この場合はデータのばらつきパラメーターのことのようで) に依存しまくってるぢゃん．

  久保注: Castellano & Balletto (2002) で示してるパラメーターの範囲では Type I error の確率がまっとうそうに見えるのはそのとおり． しかしながらこの Rousset (2002) が指摘してるように， ぜんぜんおかしくなるパラメーターの範囲も存在するようだ．

• で， このあと皆さん何をやってるかというと， db-RDA (distance based redundancy analysis) にハシってしまうヒトもあり

  Geffen et al. 2004. Climate and habitat barriers to dispersal in the highly mobile grey wolf. Molecular Ecology.

  ... Although partial Mantel tests (Smouse et al. 1986) have been used to perform partial regression analyses for genetic distances (e.g. Malhotra & Thorpe 2000), there has been recent debate concerning the validity of such an approach for different situations (e.g. Legendre 2000; Raufaste & Rousset 2001; Castellano & Balletto 2002; Rousset 2002). The problem arises due to the lack of independence of individual distances in a distance matrix. Although a simple Mantel test overcomes this issue by the use of permutations, a permutational approach does not necessarily solve problems introduced by several uncontrolled nuisance parameters in the case of more than one regressor (i.e. partial tests). Thus, we do not use a Mantel approach here, but rather use the distance-based multivariate approach of McArdle & Anderson (2001). The important point is that, for dbRDA, the individual distances are not treated as a single univariate response variable, as in the Mantel test, but rather the individual sites are the units of observation for analysis, about which we have calculated distances using an entire set of genetic variables. The distance matrix is therefore treated as information regarding multivariate response data. Taking this multivariate approach avoids the problems associated with the partial Mantel test.

  で， その McArdle & Anderson (2001) なるものは

  McArdle & Anderson. 2001. FITTING MULTIVARIATE MODELS TO COMMUNITY DATA: A COMMENT ON DISTANCE-BASED REDUNDANCY ANALYSIS. Ecology.

  ... First, the assumption that counts of abundances of species conform to a multivariate normal distribution (required by MANOVA) is not generally, or even likely, to be true. ... Second, partitioning in traditional MANOVA implicitly uses Euclidean distances among sampling units. By partitioning, we mean attributing additive proportions of the total variability to individual factors in an experimental design. It is generally agreed that Euclidean distance measure is not appropriate for use with ecological data of species abundances (...). Finally, there are often more variables (species) in the system than there are sampling units (or degree of freedom), which makes the traditional MANOVA statistics impossible to calculate.

  しかし RDA って 重回帰 & PCA あわせわざ (しかも residual values の PCA なんかも) でワケわからんというか …… *CA といったたぐいのモンスターが出現した時点で， 統計モデリングは終了ってかんぢだね． その先はひたすらによくわからぬ迷宮があるのみ．
• で，

  Yang. 2004. A LIKELIHOOD-BASED APPROACH TO ESTIMATING AND TESTING FOR ISOLATION BY DISTANCE. Evolution.

  …… てな論文もあって， ですね． なかなかおもしろいアイデアというか， 尤度にもとづく MANOVA ってかんぢだねえ …… 分散共分散行列の定式化にいろいろなやりくちがありうるだろう， と．
• これはけっこうよい着眼だとおもうんだけど， 最尤推定だのモデル選択だのでどうこうすべき問題でもないような気もする …… と結論がえられぬまま 1935 研究室発． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 電気代 1514 円．
• [今日の運動]
  • ふけんこうなうんどう休養日がつづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): ヨーグルト．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ダイコン・ネギ・ワカメの味噌汁．
  • 晩 (2010): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． ダイコン・ネギ・ワカメの味噌汁．

2008 年 05 月 16 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． またアヤしげ問題について検討する． 0940 自宅発． 晴． 今日は平年より気温が高いそーで． 0955 研究室着．
• 昨日のつづき． つまりさっさと脱アリしたいんだけど， その前に脱 Mantel を …… と検討・作文してたら脱・天塩川がまったく不十分でざぶざぶー と流されてしまって， 気がついたら 1300 すぎ． 嗚呼， 「脱」のヘタな私 ……
• ちょっと北大生協本館までふらふらと． 外はこんなに快適なのに …… 書籍部うろうろ． 昼飯かって研究室にもどる． 昼飯．

[計算統計学の方法]

目次とかは 朝倉書店サイト に． 副題にあるとおり， ブートストラップ，EM アルゴリズム，MCMC について説明したコンパクトな本． 統計学の専門家がかいたものなので …… まあ， 「役にたつ」かどうかは読者次第． EM アルゴリズムについて日本語で簡単に読める本はほかにはなかなかないかも．

• うーむ， 北大の謝金まわりがややこしくなったようで ……

  学生さんを調査や研究補助で雇う際、今までは謝金として支払っておりましたが、今
  年度より、「短期支援員」として扱われることとなりました。
  
  謝金と違うのは、たとえ１日限りのアルバイトだとしても、きちんとした北大との契
  約があるということで、発令も出ます。
  
  またこの雇用ですと、原則として２週間前には書類を提出しなければなりません。で
  すから、前もって分かっている際にはできるだけ早めに手続きをしたほうが良いと思
  います。
  
  また、月初・中旬ですと、後からの書類提出でも何とか対応していただけるようです
  が、例えば、5月の勤務は5月末までにという締め切りがありますので、25日を過ぎる
  と、そのような例外は無理だとのことです（発令するだけでも5月を超えてしまうの
  で）。
  
  またこの雇用は2ヶ月の範囲内と決まっていますので、たとえば6月、7月にアルバイ
  トをしてもらった場合、8月は雇用できません。ただし、9月からはまた2ヶ月の範囲
  内で雇用できるそうです。
  

• 1630 すぎ， 脱 Mantel． まあホントに「脱」したとは思えないけど ……
• ちょっと院生の BUGS code をながめてみたり ……
• 現状をちょっと整理してみよう:
  • アリ論文原稿をさっさとかたづけて脱アリしたいよー
  • 脱・天塩川 + 脱・Mantel はまだ不十分だろう …… 天塩川は状況によっては時限信管つき作文爆弾になりかねない懸念あり
  • 事務書類かき: PD 学振書類の評価書 (5/22)，学内研究費申請書 (6/4)
  • 帯広開花モデリング (5 月中?) …… 今日も追加データをいただいてしまった
  • 3 月の R 自由集会の記事かき …… 6 月末しめきりだけど， 私の分担部分はさっさと書くのがよさそう
  • 締め切りがまだ明示されてないけど将来的には重荷になりそうな ぎょーむが数件
  • 学内雑用の懸念: 3 週間後に北大祭とやらがあるんだけど， 今回は研究室紹介ポスターは作らなくてもいいのかな? (まあ 8 月のおーぷんゆにばーしちーまでには作成を命じられるわけだが) …… 後記: と思ったら翌朝，不幸のメイルがきた
• とりあえず一週間ほど放置してしまったアリ原稿をひねくってみる．
• 本日はさっさと晩飯をくわねばならぬ， という制約があるので 1850 研究室発． 1900 帰宅．
• で， 明日は朝から人間ドック． こんなの受診したくないのだが (本来なら今年は通常の健康診断ですませることができた)， かなりの金額 + けっこうなめんどうが要求されるこの苦行にとびこむ理由は， 脳 MRI とかでアタマの中の血管の状況を調べてもらうためである (脳 MRI は追加料金をとられる)． ああ， しかしバリウム飲みとかイヤだなぁ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): シリアル．
  • 昼 (1340): 研究室． いつものごとく， 北大生協黒パンサンドイッチ．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． ダイコンの酢のもの． コマツナ・卵の炒めもの．

2008 年 05 月 17 日 (土)

• 0710 起床． ねむい． 本日は人間どっく． 朝飯は不可． 水分摂取も不可． 「研究室紹介ポスター作れ」という不幸のメイルはくる． いやはや． あ， しかし NHK ラジオ第一の 「土曜あさいちばん」 で中国から帰ってきた中島裕子さんの声を 2 年ぶり にきくことができた!! …… こんどから土日はもうすこし早めにおきるようにしよう．
• 0800 自宅発． 晴． 0810 札幌駅構造物の一部である JR タワーオフィスプラザ 8F のメディカルプラザ 着． 受付． ネット経由でもうしこんだんだけど， 受診票なる PDF を download & 印刷出力して持参しなければならなかった， とわかった． これは後で提出すればよいということで本日はそのまま進行．
• 5 月だからなのか土曜日朝だからなのか受診者は多くない． そこらのカベのはりがみには「3 時間かかります」と書いてあったが， 二時間もかからずに終了．
• 最初にいきなり脳 MRI， 前から書いてるようにこれのためだけの人間どっくになってしまったわけで …… ハードウェアとしては上の Wikipedia link に示されてるようなもの． 受診者は防音ヘッドホンなど装着されたうえで強い磁場にさらされることになる． 10 分ほどで終了したんだけど， その間に多種多様な騒音を聞かされることになる． MRI 技師さんにあとでうかがったところ， 撮影する方向によって発生する音が異なるとのこと． 私のアタマの中の様子についてはまた後日に診断結果がでるはず．
• たぶん気のせいだと思うんだけど， きわめて強い磁場の中にアタマをおいたせいなのか， アタマがなんだかふらふらするようなかんじも ……
• まあ， あとはふつーの人間どっく． 身長・体重・聴力・視力・血圧の測定． 胸部 X 線撮影． 血液検査． 超音波エコーによる内臓内部の探査 これは今回はじめてだったんだけど， 十数ヶ所の位置での探査を画像化されてしまった． そして 前回 も苦闘させられたバリウム胃の撮影． 眼圧測定の眼底撮影．
• 最後に， 問診 & 現時点での検査データの診断 …… なんでも， くだんの超音波エコーによると 肝臓に小さい石灰 のカタマリがあるそうで． 「まあ，これはたいしたことないでしょう． 今後どうなるかはまた次に調べてみてくだださい」 とのこと． 石灰つまり炭酸カルシウムといえば， 北大地環研 A 棟の (お茶部屋水道などで使われてる) 北大地下水なんかが原因なのか? よくわからん．
• 本日の検査費用， 共済組合による補助がつくので 日帰りドック (自動化) 13000 円 + MRI/MRA (頭・顎) 26000 円 (!) + 消費税 2950 円 = 41950 円 (!!) ということで， この代金を支払う． なぜか札幌大丸 (これもまた札幌駅構造体の一部) 8F 食堂フロア の 1000 円お食事券をもらった …… これは人間ドックがこんでるときなんかに受診者に検査途中で食事させるためだろう．
• 1020 無事に釈放． 思ったよりずっと早くおわった． 北 12 生協で買いものして 1040 帰宅． 洗濯． 怠業．
• バリウム + 胃傍聴のための炭酸で胃のあたりがキモチわるいんだが 1210 自宅発北大構内走． 晴． 天気はよいけど胃のあたりはいまいちなので， ゆっくりてけてけ走る． 1250 帰宅． 体重 71.0 kg …… まだアリ呪われ太りから脱出してないな． どうでもいいけど， じつは人間どっくにおける体重の測定値はまだ教えられていなかったり．
• 先日， 自宅がらくたの中から復旧した安物レーザープリンターで， 人間どっくの受診票 PDF ファイルとやらを印刷出力する． それをもってまた JR 札幌駅へ． 1320 自宅発． 提出して一件落着． ついでに例の「大丸 8F 1000 円お食事券」をさっさと使ってしまうべく …… 食堂フロアに行ったのはいいのだけど， A 棟 8F お茶部屋なみに性比が偏っているのですくんでしまった． しかし今さら走って逃げてもしょうがないので， 客密度があまり高くなかったアジア料理屋さんでフォーなど食べた．
• 食後はひさびさに 駅周辺の巨大書店たち周遊ふらふらを楽しんでしまった …… 1630 研究室着．
• さっさと「脱」あれこれ作業をススめるべきなんだが …… またしても進捗がよろしくない． 調子が悪い原因のひとつは， 胃の X 線撮影のためのバリウムをさっさと「出す」 ために下剤をわたされたんだけど ……
• ススまず， 撤退． 2030 研究室発． 2045 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 人間どっく受診前なので食ってない．
  • 昼 (1350): 亜細亜飯店 HATHI で蒸し鷄のフォー． ドリンクつきで 980 円．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・タマネギ・豚肉の煮物．

2008 年 05 月 18 日 (日)

• 0730 起床． あまり眠れなくてすごく眠いのに目がさめてしまった． のそのそと朝飯． コーヒー． ねむい． 洗濯． 怠業．
• 1035 自宅発北大構内走． 今日も晴． 1125 帰宅． すこしねむけがとれた． 体重 70.8 kg． 洗濯． 昼飯の準備． 昼飯．
• データ解析こんさるメイルがまた来信 ……
• 釈放されて， 1710 自宅発． 晴． 1725 研究室着．
• 事務書類かきにとりくんでみたけど， これまたなかなかススまず ……
• 2130 研究室発． 買いもの． 2150 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ダイコンの酢のもの．
  • 昼 (1230): 米麦 0.6 合． キャベツ・ニンジン・ショウガ・ホタテの味噌炒め． キュウリ． ヨーグルト．
  • 晩 (2310): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ショウガ・ホタテの味噌炒め． ダイコン・キュウリ・ニンジンのサラダ． 鶏レバのショウガ煮． 豆腐・ワカメのすまし汁．

2008 年 05 月 19 日 (月)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． ちょっと雨． 0940 研究室着．
• 研究室雑用． また研究室紹介のポスター． 昨年はポスターまわりがどたばたしていて作らなかったわけだが， 今回はつくりなおさんといかんようだ さすがに 2 年前 のものを使いまわすわけにもいかんし． ということで， めんどうな連絡メイルかきとか．
• 他にもいろいろと研究室ネット雑用だの データ解析こんさるメイル書きなどなどでぢたばたしてるうちに 午前中は終わってしまった． 昼飯． 小林君と奥尻島ブナ雑談． あとで調べてみると， 奥尻島って 江戸時代 からすでにニシン漁基地として使われてた (北前船 もきてたのかなぁ) ってことは， そこにはえてるブナなんかも ……
• ホントにさっさと脱アリしたいんだが …… 昨日ちょっと手をつけてみて難ブツだった事務書類かきを先に終わらせてみることに． ついでにデータ解析こんさるメイル返信かきとかも．
• また不幸な気分になる事務書類が． 6/6-6/7 のよくわからぬアヤしげな FD 合宿， あんけーとを facsimile で送れとか顔写真を学内便でおくれとか， すでにこの段階でもういかにも「ダメそう」なかんぢが …… 場所は奈井江町の温泉 北乃湯． まあ楽しくなさそうな無料温泉旅行ということで． しかし先方の出張てつづきがまだおわってないぢゃん．
• イヤな気分であんけーととかをうめて， facsimile で送レ命令を無視して学内便でぽいっと出してしまう． ついでに顔写真は面倒なので画像ファイルを印刷出力して， これも同封しておいた． 「写真おくれ」とかお電話攻撃くらいそうな予感がするけど， 気にしないことにする． いやはや．
• ますますイヤな気分になったので， R-help ながめて， 「R ってまるちこあをうまく使ってないよね． ところでゐんどーづ上で複数の R を起動するにはどしたらいいの?」 なる質問に対する

  How surprising was that? Do you have any programs that do? Very few Windows programs make effective use of multiple CPUs, and of those that do, they do not do so for the sort of tasks R is running routinely.

  ではじまるじつに Ripley 先生的な Ripley reply を楽しむことに．

  Running multiple instances of R simultaneously is very common practice. (Right now I have 14 instances running on an 8-core machine.) The only thing you need to watch is that you don't save the workspaces in the same place. So wither run them from different directories or (probably better) don't save the workspace.

  いやー， 8-core ましんで 14 個も R を同時にひらきつつ すばやく R-help 迎撃メイルをかく Ripley 先生を想像して 少し明るい気分になってきました．
• ついでに作業療法と称して， 針と糸でぼろぼろデイパックのショルダーストラップの修繕． 簡単なものだったのですぐに終了． 手作業で落ちついた気分に．
• うーむ， 雑用ばかり， しかもまだ残存してるなあ …… と撤退． 1825 研究室発． ちょっと雨． 1840 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): ヨーグルト． キャベツ・ニンジン・ショウガ・ホタテの味噌炒め． ダイコン・キュウリ・ニンジンのサラダ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ショウガ・ホタテの味噌炒め． ダイコン・キュウリ・ニンジンのサラダ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． ダイコン・キュウリ・ニンジンのサラダ． サバの電磁波酒蒸し．

2008 年 05 月 20 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0825 自宅発． 雨． 0840 研究室着． セミナーの予習．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日の担当は白崎君でパイプモデルの紹介． なンでいまさらぱいぷもでるなんだろうねえ， というかんぢだが …… で， やはりかんちがいぎみの review だった． 少なくとも白崎君の研究にはほとんど役に立たないだろう …… 合計断面積一定の法則， つまり da Vinci 則なんかを統計モデリングのネタにつかえるぐらいで．
• 蛇足ながら本邦古典生態学とでもいうべき pipe model 論文なんかはこんにちでは CiNii なんかで著者名 shinozaki 論文名 pipe model で検索すると 書誌がでるだけでなく全文の PDF file がダウンロードできたりする． こういうデータベイスが Google Scholar なんかと連動していれば格段によいのだが， 日本のお役所にそこまで「おーぷん性」を期待するのは ぜつぼー的な無理難題というべきなんだろうな．
  (後記: じつは Google Scholar で検索できる， と田辺さんにご教示していただいた． たしかに 検索 できる! なんでも昨年 4 月に大々的に 報道されたそーで …… そういや， そういうにゅーすがあったかも …… うーむ)
• 1200 すぎ終了． 昼飯． 研究室紹介ポスター担当者たちに現状を確認してまわったり， Open Source 世界で開発された ``Photoshop もどき'' とでもいうべき ゐんどーづ用 Gimp のダウンロード (注: 現時点の最新版は ver. 2.4.5 なのでそれをインストールすべし) と使いかたのいんすとらくしょんとか ……
• 昨日からのつづきで， 個々の雑用をつぶしていく雑用殲滅戦を継続中 (用語のアナロジーで憶測するならば， 雑用撃滅戦のほうは雑用たちの発生源そのものを たたきつぶしていくといった意味になるのか?)． 雑用メイルかき．
• そして昨日・一昨日は挫折した事務書類かきにとりくむ． やるべきことは
  1. 10000 字超の文書をよくよむ
  2. 1. の内容にもとづいて 1600 字程度の作文をでっちあげる
  で， 1. はなんとかなったんだけど， 2. がなかなか ……
• 1730 ごろ， ついにいたたまれなくなって ThinkPad X31 と紙たばだけをかかえて研究室から逃げだす． 外は雨． 北大図書館 (本館) 3F の新聞・CNN コーナーのソファで ThinkPad をひらき， お役所作文にとりくんでみる …… すると何たる奇跡か! とつぜんアタマがお役所作文生成もーどにきりかわり， じつにうんざりさせられるありきたりな言いまわしを これでもかこれでもかと書き連ねた 空疎な内容の作文がどんどん generate されていく …… 1600 字の作文， 50 分ほどで終了．
• 研究室にもどって共用ゐんどーづ機でわーどを起動し， 腐れた罫線まみれのケガれお役所ファイルを開く． この無意味無駄無茶苦茶無恥無策な形式ってのは OpenOffice.org や Google Document でも解決できない問題だからねえ …… ともかく図書館ででっちあげた作文をテキストファイルから， 触るのもイヤなフォーマットにながしこんでいく作業． その他あれこれやって …… よーし， 明朝にでも事務室に提出すればこれで一件落着， のはず．
• とうめんの残存雑用はあと一件なのだが …… というところでヤル気がなくなってしまって， 本日は撤退． 1940 研究室発． 雨． 1955 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• ふーむ， 来年度に地環研 A 棟改修 (耐震補強工事) …… しかし詳細というか概要すらまったくわからん． 説明会というのをさぼった私がわるいのかしらん?
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.5 合． サバの電磁波酒蒸し． ヨーグルト． キウイ． いやー， 数日前に 北 12 生協で 10 個 590 円でうってたので思わず 買ってしまったんだけど， なかなか長期間たのしむことになりそうだ ……
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ニラ卵． ダイコンの味噌汁．