ぎょーむ日誌 2008-05-(21-31)

2008 年 05 月 21 日 (水)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 0845 研究室着．
• まずは昨日の事務書類を 1F 事務室に提出． これにて一件落着． やれやれ．
• とうめんの残存お役所方面むけ作文はあと一件． まあ， これは ECOAS のプランクトン・魚密度の階層ベイズモデル について 800 字ぐらいでかけ (お役所むけ報告書用) ということなので， 読者たる評価委員がだだーっとおおいそぎで流し読みしてる最中に 「なんだこりゃ?」 とひっかからなければそれでよいのだろーけど (べつに「ふむふむ詳しくよくわかる」でなくてもよいはず)．
• 作文にとりくむ …… と言いますか， 「あーいつまでもこんなふうにうだうだしててもしょうがない …… しょうがないから書くか」 というふうに状態遷移するまでに時間かかるんだよね． うー
• なんと CiNii は Google Scholar で検索可能! とのお知らせをいただき， 昨日のぎょーむ日誌にそのあたり追記．
• ECOAS お役所むけ報告書の 800 字モデル概要作文， なんとかでっちあげることができたので送信． 時刻はすでに 1020．
• 脱アリめざすアリ論文しあげ作業に復帰． 天塩川その他に流されてたわけで …… じつに 5/8 いらいだ． 二週間ちかくも流されてたのか． 嗚呼．
• 上で「天塩川」と書いてみるとまた危険なモノをかんじてしまったので， A801 院生部屋奥の Dell 機に ssh して危険予防的な推定計算をやらせておくことに …… 土地利用を「自然状態とそれ以外」から「農地とそれ以外」に変更． ありていにいって， 自然状態 vs 農地のあいだには強烈な負の相関があるので (なにしろ不本意ながら「割合」なンで)， 推定計算なんかはやらなくても結果はほぼ自明なんだけど， まあここは逆らわぬことにして， ですね． えーと， 5/14 の記録によると計算時間は 18 分ぐらいか．
• さてさて， アリ論文原稿だが …… とりあえず今まで書いたところを読みなおさんといかんな． すでに 7000 word 超． じつは私は自分のかいた原稿を読みなおすことに ニガ手意識があるんだよね． 数行よむとすっかりイヤな気分になってしまって， ですね ……
• 天塩川計算のほうは 70000 MCMC step 1032 秒で計算終了． 計算時間がよそーどおりであるだけでなく， 推定結果も完全によそーどうり． BUGS code はとうぜんながら 5/14 のそれ とは変更なし． 事後分布表， その他あれこれ， と．

• またアリ原稿にもどろうとする努力． 例によって隣の講義室とのウスい壁をとおして 大統領「進化生物学」講義が．
• 6/6-7 の不幸な気分にさせられる出張依頼， 旅費システム上で処理．
• 天塩川モデリング， 最後のダメおし念おしとして農地 + 自然 + その他 で推定計算させてみた …… これまた予想どーりで収束しません， と． まあこれを確認するために計算させたわけで．
• するとネラったかのように Nina さんからメイルが． 脱・天塩川めざして「農地」モデルの結果をアップロードしてみるか …… 説明かき・アップロード・メイルかき終了． 時刻は 1240． 昼飯にしますか．
• さーて， 午後はアリ論文を …… と思ったらまた天塩川氾濫． うーむ． とりあえずメイル返信． あれこれよくわからん．
• メイルやりとりのあいだにも， アリ原稿よみの苦行 (自分の作文なんだが) をぢりぢりと継続中 ……
• するとまあだいたい予想されたような内容の返信 (ただし書きかたは大学院生というより堂々たる査読者というか) いただいたので， こちらも想定どーりの回答を返す． ついでに図をまた一枚作成， 天塩川モデリング pukiwiki にアップロード， と．
• しかしおたがいひどいスペルミスの嵐だな ……
• メイルだしてから， すばやくまた図書館に逃げる． 一時間ほど CNN こーなーでアリ原稿修正にとりくむ． うーむ， この作文， あちこちわれながらけっこうヒドい ……
• 研究室にもどってくるとやはり Nina さんから天塩川メイルがきてた …… うーむ， 明日の午後， 談判することになってしまった ……
• アリ論文をすこしばかり修正してみる．
• 1820 ごろ院生が「ネットがつながらない」 というのでいろいろ調べてみると …… A 棟 8F のむこうがわつまり地環研 router まわりがおかしくなっている， とわかった． しょうがないので情報基盤センターとやらに電話して状況を説明してみると， 「担当者はいま帰りました」 「だったら明朝まで復旧しないということですか?」 「(とうぜんのごとく) そうです」 …… これがユーザー数 20000 はいるだろう北大ネットの現状なんだよね． で， 天もこの猛烈なる怠惰にアキれはてたのか， 1900 すぎに勝手に復旧してしまった． やれやれ．
• 1920 研究室発． 買いもの． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.6 合． ダイコンの味噌汁． ヨーグルト． キウイ．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． グリーンカレー．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ダイコンの味噌汁． ネギ・ブナシメジ・卵の炒めもの．

2008 年 05 月 22 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0845 研究室着．
• セミナーの予習． 4 つの論文のうちふたつは悪夢のごとき多変量解析モノ． そのうちひとつには Q-mode うんちゃらというのがあって， これはつくづく …… こういう凶々しい方法については Legendre & Legendre の Numerical Ecology なんかに詳しい (しかしあまり読みたくない) 解説あるわけだけど， 読んでもよくわからんなぁ． またべつの論文では カウントデータなのに ANOVA + 多重比較でつくづくイヤな気分に．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は木村君で植物群落が火事で燃えるハナシの論文紹介． 焼きかたと種組成で短期的な応答が異なりますといったハナシ， にすぎないんだけど， これが restoration ecology とよばれているものなのだろう．
• 昼飯．
• 天塩川モデリング談判の予習． なぜかしら気分が重い．
• 1400 から 3 時間ほど天塩川モデリング相談． そもそもモデルがよくわからない …… ということだったので時間をかけて説明しなおしてみる． Nina さんはこのあたりのカンは異常に良いので 少なくとも ion flow まわりはかなりきちんと理解できたようだ．
• すると， 問題がひとつ発覚して， ですね …… いままで land cover データとして使っていたものに関して 誤解があるとわかった． 私はこれは 2 観測地点間の river segement の land cover だと思っていたんだけど， じっさいのところは 「ある 1 観測地点より上の land cover すべて (割算値になってるので気づかなかった……いやはや)， しかも支流をふくむ」 というものだった．
• いろいろ検討しなおしてみて， GIS データを使った再計算 + 階層ベイズモデルの MCMC 推定計算やりなおしで ケリがつくとわかった． 本日の談判はここまで ……
• けっこうばててしまったので， 本日はネット雑用でオワる．

[アリぺいぱーず]

みょーにぶ厚いアリ科研費報告書 (左)． ついでに報告書中では in submission ということになってるけど， まだ完成してないアリ論文原稿 (右)． つまり報告書中には未完成品が収録されてしまっている， とゆーことですな ……

• 1910 研究室発． 1925 帰宅． 晩飯の準備． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.5 合． ダイコンの味噌汁． ヨーグルト．
  • 昼 (1230): 研究室． クロワッサン．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． コンブの酢のもの． タマネギ・キャベツ・ニンジン・ホタテのカレー．

2008 年 05 月 23 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 午前中はメイルかきとかでオワってしまった． どうも昨日のバテが継続してるかんぢで ……
• お茶部屋に誰もいなかったのですばやく昼飯． A 棟 8F 院生密度の低下する調査しーづんに突入しつつあるようで ……
• 天塩川計算やりなおしが気になるんだけど， Nina さんからの補正 & 追加データまち， ということでアリ論文原稿に拘束される日々をオワらせる努力を …… えーと， とりあえずの作業としては
  • Introduction 節に「ごりやく」パラグラフ追加
  • 総説 Polydomy in Ants をざっとながめて論点のド忘れちぇっく
  • 投稿できる状態にするべく全体の調整・修正
  とりあえずは， コレだけやればよい． やればよいのだが ……
• 自分の作文をよみなおすとイヤな気分になって失神する病に苦闘する．
• なぜか種数 vs 面積関係なメイルやりとりにまきこまれる． えーと， (種数) = a + b × log(面積) となってるのが semi-log モデルとかいうやつで ……
• 隣の講義室もやかましくなったことだし 北大構内逃亡の旅にでる． 本日は Thikpad X31 その他をかかえて．

[新聞・CNN こーなー]

北大図書館本館の開架閲覧室の「外」にある区画． 飲食自由な場所で新聞よめたり， あるいは奥のほうではでかい液晶 TV がひたすら CNN をながしていたり． ちかごろ私が気にいってるのは液晶 TV の前の椅子で 原稿かいてみることである． 目の前でどんどんニュースが流れててもけっこう集中でき， ちょっと書けなくなったら 1-2 分ほどその番組をながめればよいわけで．

• 2 時間ほど集中して作業にとりくめたおかげで， 眺めただけで気分の悪くなった introduction 節は多少マシなものになった …… 研究室にもどる．
• またネット雑用とかにまきこまれる． 1910 研究室発． 1925 帰宅． 晩飯．
• 寝不足ばてぎみだったためか， 晩飯直後にいきなり寝てしまった …… 目がさめたら 2230 すぎ． いやはや．
• [今日の運動]
  • ふけんこうなかんぢのうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． コンブの酢のもの． ネギ・モヤシ・エリンギ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． タマネギ・キャベツ・ニンジン・ホタテのカレー．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． タマネギ・キャベツ・ニンジン・ホタテのカレー．

2008 年 05 月 24 日 (土)

• 0830 起床． なんだか寝不足感あり． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• ひたすら村上春樹の紀行エッセイ「遠い太鼓」をよみふけってしまった． (今の私と当時は同年配だった) 著者が 1980 年代末の 3 年間にローマに生活の中心をおき， さらにその間にギリシアや地中海の島々で執筆してた時期 (このときに「ノルウェイの森」などが書かれた) の南欧州くらしのスケッチ． 「イタリアの中でも特別な市」 というべきローマの三悪 (公共交通機関の想像を絶する怠業， 「ブラックホール」郵便局， 日常茶飯事な軽犯罪) だの外国人からみた感情表現ゆたかだけど不思議なるイタリア人 (口先うまいけど不誠実， ぢつになちゅらるな責任転嫁， これらの背景をなすある種の合理性) にはつくづく笑わされるとともに， ああ私はこんな騒乱の世界では暮らしたくないなぁと しみじみ思わされた． 村上春樹のエラいところだと感銘うけたのは， イタリア・ギリシアといったコトバもあまり通じない， さらに上記のローマのごときトラブル頻発いやはやな環境であっても， 毎日毎日えっさえっさとジョギングし， おいしい料理を作ったり食べたりしながら， さらにきちんと一定の執筆ペイスを堅持しつづけたあたり， なんだよねえ． 私も周囲にフリまわされずに一定の生活周期を維持する工夫が必要とされているよーだ．
• などといった読書で生活周期がみだれたわけだが． おそめの昼飯． 1605 自宅発． 曇． 1620 研究室着．
• どうもアタマが朝からぼーっとしてるんだが …… ともかく， ぎょーむがススまず．
• お， 大相撲は琴欧州優勝． ブルガリアといえば天塩川の Nina さんの母国なんだが， ひょっとしたら北大ブルガリア留学生たちでおいわい会でも 開催してるのかしらん．
• 日没時刻ごろからアリ論文がススみはじめる． introduction 節のかきなおしのつづき． あとはこれと discussion 節の整合性をちぇっく & 修正 ……
• やはり， と申しますか私が書くとどうしても方法論よりの論文になってしまう． これは攻撃確率なるものそれ自体はあまり生物学的な意味がないため． たとえばこの敵対性実験においてアリどうしが遭遇したときに 攻撃の確率なるものが 0.1 だったとしよう． それって 0.1 だったらどうなるわけ? というあたり， じつは誰もわかっていない．
• 攻撃確率 0.1 とかいう数値ってのは効率よい巣防衛だってことを表現してるかどうかも 決める方法がない …… もちろんぜんぜん条件の異なる他の論文にあらわれる (しかもごくごくいいかげんな方法で憶測された) 攻撃確率なるものと「比較」してみせるのもほぼ無意味である．
• ここまで達観してしまうと， あとはこの論文で使ってる岩倉さん実験のいろいろな条件によって生じる 攻撃確率の相違なるものを比較するほかない …… しかしこれまたアリのミクロな行動確率と (たとえば) その帰結たるマクロな集団動態を結びつける方法がないので …… けっきょくのところハナシは 「石狩浜のアレってさーホントにすーぱーころにーなの?」 に限定されてしまう．
• すーぱーころにーか否か? ってのもこれまたどうでもよいハナシという気がするのだが …… ともあれ論文中では Pedersen et al. (2006) の定義にてらしあわせれば， supercolony ではない， ということにしておいた． 蛇足ながら， どんなアリでも岩倉さん実験やって (おそらく実験室に拉致・長期監禁する方式より， 欠点も多々あるにせよこちらの野外実験のほうがマシではないかな?) 攻撃確率をきちんと推定すれば， おそらく supercolony についての Pedersen et al. (2006) の定義に 厳密に合致するアリ集団は地球上に存在しないのではないかな? などと憶測してるんだけどね．
• こういう strict な supercolony を実現させるための 生理学的な機構が存在しない， と思われるため …… アリの知覚能力はスゴいのかもしれないけど， だからといってエスパーではないんだからね．
• 逆にいえば， 実験室で飼育条件を整えれば人造 supercolony は可能かも?
• さてさて， 問題は私にはそれ自体はあまり重要とも思えない 「supercolony か否か?」 問題のあつかいを重くする， という方向性なんだが …… まあ結局のところは， supercolony かどうかとか言うんだったら， こういうふうにきちんとアリの行動を観察し， それを統計モデル化しましょう， といったハナシになってきましたなあ， このアリ論文は．
• てなことなんかを考えつつ， 作文全体を修正してみて， 2115 研究室発． 2130 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): イソップベイカリーのクロワッサン， ベイコンのサンドイッチ．
  • 昼 (1500): イソップベイカリーのバタールその他． ダイコン・トマト・レタスのサラダ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ダイコン・トマト・レタスのサラダ． コマツナ・ブナシメジ・豚肉の炒めもの．

2008 年 05 月 25 日 (日)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 昨日のぎょーむ日誌かき．
• 雨． 北大構内走にでる気がうせるなぁ …… 買いもの． 昼飯．
• 気がついたらまた怠業していた ……
• 夕方ごろから多巣アリ総説 Polydomy in Ants をみなおす． まあ， 石狩浜アリ論文ではあつかえていない論点が多々あるわけだが …… すでに 7200 words こえてることだし， これより長いものにしたくないところだ． なぜすでに長いかといえば， 階層ベイズモデルで推定してみると一見単純にみえる アリ行動がけっこう複雑だったから， というほかない．
• しかし見ればみるほど気になる論点があるなぁ ……
  • colony boundaries なるものを正確に特定するのは 社会性昆虫の行動・社会性進化の実証的研究には必要不可欠である
  • polydomy は季節的な場合もある (石狩浜のエゾアカヤマアリもそうかも?)
  • polygyny (多女王性) と polydomy の関係
  • 同種の隣人個体の高密度さ (overdensity) がもたらす ……
  • polydomy という性質を使った環境への適応
  • polydomy におけるエサ集め効率の良さ
  • polydomy and within-colony conflicts …… この conflicts はいわゆる血縁淘汰的なハナシ
  • variability in colony closure …… polydomy な巣で nestmate recognition が「非効率」である理由は polydomy それ自体ではなく (polydomy と相関の高い性質である) polygyny に由来する， といったハナシなんかも
  • worker の攻撃確率は時と場所によって変化し， それは巣ごとの 「食べものの得やすさ」 なんかでも変わるのかもしれない
  うん， やはり何もかも， は無理だ．
• アリ論文原稿の discussion 節をちょっとひねくってみたり．
• [今日の運動]
  • ふけんこううんどう休養週末
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): シリアル．
  • 昼 (1320): イソップベイカリーのクロワッサン． ダイコン・トマト・レタスのサラダ．
  • 晩 (1910): 冷たいスパゲッティーを作ってみる

2008 年 05 月 26 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• ネット雑用で時間をとられる．
• 天塩川問題にまたもどされる． subcacthment ごとの農地割合 (またまた割算値!!) が再計算されてきたので (river segment ごとに) それをつかって再計算 …… ぜんぜん収束しない． やっぱり subcacthment ではダメで， 200 m buffer zone での値が必要なのでは， とメイル返信してみる．
• すでに正午すぎ …… しかし， 上記の件に関して「計算がうまくいきませんでした」 ですまされるワケがない， と心配になってしまってついついあれこれ考えて …… みてもよくわかりませんなぁ． 昼飯．
• 天塩川問題のメイル来信におびえつつ， アリ論文原稿修正のつづきにとりくむ． 私の予定としては， 今後は
  1. 全体をよみなおす， introduction - discussion 節間の整合性をとる
  2. abstract を書きなおす
  3. 英文校閲にだす
  4. 共著者に「読んでください」連絡
  5. 投稿
  で脱アリできるのでは， と考えているのだが ……
• 自分の書いた作文よみなおし作業． 読んでるとあいかわらず気分が悪くなってくるんだけど， この気分の悪さにも慣れつつあるなぁ ……
• しかし慣れてもヒドいものはヒドい．
• M 院生のてぬきな研究室セミナー案内に立腹した D 院生たちの要望で研究室雑用 Wiki にそのあたりの 注意事項を列挙できるペイジを準備してみる．
• ぢつは院生の多くは雑用 wiki を誰でも書き換えることができる， というのを知らない． そのことをお知らせする一文でも追加してみるか．
• ついでに研究室セミナー malinglist (qmail & ezmlm で運用している) の配信メイルに「セミナーペイジはここです」 と自動追加してみる設定にしてみるか． ezmlm FAQ によると dir/text/trailer なるファイルを追加すればよいそうで． どうなることやら．
• くたびれる天塩川メイルやりとり． とうとう「NO3 だけでいい」と今さらながらの意見が …… イオン一種類だけだったら誰もこんなに悪戦苦闘してません， って， と暗闇での無燈火自動車時速 100 km/h 運転といったかんぢで BUGS code の修正． どこにも衝突せずに目的地に到達．
• MCMC 計算はあっというまに収束した． 20000 MCMC step で 250 秒ぐらいだったか? (BUGS code, 事後分布表)

• ばててきたので撤退． 1940 研究室発． 1955 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• さーて， 上記の計算結果をアップロードして脱・天塩川だ! …… と思っていたのだが， AC アダプターを研究室におきわすれてきたことに気づいた． だったら明日やればいーや …… と考えればよいのだが， 早く脱・天塩川， 早く脱・天塩川， といった強迫観念におされて再投稿ならぬ再登校することに．
• 2130 自宅発． 2145 研究室着． 天塩川モデリング wiki 上で報告を急いでまとめる． 一時間ほどで終了． 2255 研究室発． 2310 帰宅． くたびれた． これでホントに脱・天塩川できればよいのだが ……
• [今日の運動]
  • あいかわらず不健康な日々．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): シリアル．
  • 昼 (1300): 研究室． サンクスの海苔巻き．
  • 晩 (2040): 米麦 0.8 合． ダイコン・モヤシ・サケの味噌汁． アスパラガス・エリンギ・豚肉の炒めもの．

2008 年 05 月 27 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 今日も寒い． 0845 研究室着． セミナーの予習．
• 1030 より研究室セミナー， 研究室セミナー， 本日の担当は吉田君で葉寿命に関する古い論文の紹介と その文学的な解釈． 1220 ごろ終了．
• 菊沢さん葉寿命論文 (1991) 読みなおしてみて気づいたのだが， 純生産を算出するにあたって「(葉) 自分自身の構成呼吸」 などをきちんと考えることが (あるいは動物の採餌戦略であれば searching & handling cost なんかを考えることが) このテの最適化バナシではすごく重要だ， ということ． 葉の話でいえば， これがために常緑だけでなく一斉・順次どちらの落葉なんかもあつかうことができる (というか， 一斉展葉はある種の発生的制約かも， といった視点を獲得できる)． そもそも生物の最適うんちゃらなんちゃらはぜんぜん好きではないのだが …… 好き嫌い以前の問題として， このあたりのコスト計算がずさんなものはそもそもまったく何の使いものにならない， とわかった．
• なぜ菊沢論文がみょーに気になったかといえば， 脱アリして次にとりくむべき論文化作業は屋久島照葉樹 22 樹種の 葉寿命階層ベイズモデル， ですなぁ， というあたりで ……
• またネット雑用 …… ちかごろは例の研究室紹介ポスターとそれと連動する Web 版 研究室紹介 のあれこれ．
• 昼飯．
• うーむ， また甲山さんが山のぼりを画策しているな ……
• 雑用とかでどたばたしていて， やや呆然としていたのだが …… 天塩川水質モデリングについては， とくにその後は問題ないようなので (…… といった実感をつかみそこねていたのだ)， 脱アリにむけたアリ論文原稿作業のつづきにとりくむ．
• われながらあいかわらずヒドい作文だなぁ， と嘆息しつつも 気絶もしなければどこかに逃げだしたりもせずに一語ずつ前進してみる努力．
• うをー， 天塩川モデリングはまだオワってなかったのか， とおどろくべきメイルを受けとり逃げだしたくなる． まあ， いますぐに何かしろといったハナシではなさそうだけど …… はいはい， アリ原稿アリ原稿．
• 夕方， 野田研の M2 の深谷君の階層ベイズモデルこんさる， 30 分ほど． こういう時系列データの動態パラメーターの事後分布は「ちらかる」 よなぁ ……
• アリ原稿アリ原稿．
• うをー， 今度は帯広開花モデリングの …… ああ， はやくとりくまねば． どうしてこうすけぢゅーりんぐが破綻していくのだろうねえ． 嗚呼， 破綻破綻．
• 1750 研究室発． 1800 帰宅． 宅配便うけとる．
• 1900 自宅発北大構内走． なにやら大学生たちがよさこいソーランの練習やってるな． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ダイコン・モヤシ・サケの味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． アスパラガス・エリンギ・豚肉の炒めもの．
  • 晩 (2020): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． ダイコン・モヤシ・サケの味噌汁．

2008 年 05 月 28 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． なかなかキモチのよい晴． 0820 研究室着．
• 「差の事後分布」 ってのは使えるかもしれないなぁ． とくに比較すべき対象がすくないときに．
• 脱アリめざしてまたアリ論文原稿修正にとりくむ．
• ばててきたので， 昼飯調達にでる． ついでに北大生協書籍部を 20 分ほどうろうろ． 研究室にもどって昼飯．
• アリ原稿作業のつづき．
• うーむ， いろいろとヘンなメイルが ……
• ちょっとお茶部屋で休憩． お茶部屋新聞である北海道新聞 に宮城谷昌光さんの 「新三河物語」 が連載されてる …… これは道新だけでなく全国の地方新聞でそうなってるわけだが． 今日のは特におもしろかった．
• 主人公は大久保平助 (彦左衛門忠教) ほか大久保家のヒトたちで， 連載内日時は第一次上田合戦 が終わって大久保一門をふくむ徳川方が真田昌幸に撃退されたところ． 新三河物語によると， このとき家康は東海にいて豊臣秀吉の東征を迎撃する準備にしゃかりきだった (小牧・長久手の戦いはすでに前年に終了)．
  • 秀吉が来たら まずは三河の岡崎で遅滞防御 → 後詰めしない計画なので岡崎落城
  • さらに浜松など遠州内で消耗させ → 同じく遠江蹂躙
  • 駿府で決戦 → まあ史実の小田原城攻囲戦みたいに ……
  • それでもダメなら同盟している後北条家の領土 (つまり関東) に逃げる
  とあたかもナポレオンをモスクワちかくまでひきこむような 焦土戦略の実現に熱中してたというのに， いきなり最前線の岡崎城主の徳川家重臣・石川数正が秀吉方に奔ってしまって， ですね． 東海はなんだかもうすごいことになってしまうわけだが ……
• かくもおそれられていた秀吉は， 史実ではなぜかその翌年になると自分の妹を家康の正室としてさしだしたり， 生母・大政所までも人質にだすんだよね． これって「なぜかしらん? 急にめんどうになったのか?」 と以前から不思議に思っていたんだけど …… 本日の新三河物語によると， その原因は第一次上田合戦直後の 天正大地震 にあった， としているんだよね． これはなんだかスゴい地震で， 飛騨と近畿の複数の断層が同時にずれる マグニチュード 8 級だったんでは， と憶測されてる． 岡崎城なんかも大破したらしいんだけど， 秀吉の本拠地である畿内・近江もぼろぼろ (私は見てないんだけど山内一豊の NHK 大河ドラマでは長浜城崩壊の場面があるそーで) …… まあ， 家康征伐どころではなくなったらしい．
• 新三河物語には歴史を変えた地震， とあるわけだが …… うーむ， 日本の歴史はこれからもずっと こういった大地震にふりまわされていくんでしょうなぁ． 地震に歴史がふりまわされる国って， なかなか他にはないんではないかなぁ． 中国なんかだと今回の四川地震の何倍 (何十倍?) も被害をだした 唐山大地震 (1976 年) とかって歴史に何か影響あたえたのかな? 同年の周恩来・毛沢東死去のほうが重大事件だったりして (なにしろ 文革 の犠牲者数はさらにその数十倍だからねえ) …… ということで， 地震 sensitive な ある意味では平和な国なる主題の本日の新三河物語には感銘うけたのでした．
• 気をとりなおしてアリ原稿のつづき．
• 本文ひととーりなおした． 時刻はすでに 1745． いやはや．
• なんかめんどくさくなってきたので， abstract の修正にもとりくんでみる． こりゃまたヒドいな ……
• ひととーりなおしたところでチカラつきた． 1910 研究室発． 買いもの． 1940 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• さっさと脱アリ作業をススめるべきなのに， 夜は仕事がぜんぜんススまん …… ということで上記の天正大地震あれこれをうだうだと書いてみる．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ネギ・豆腐・卵の炒めもの．
  • 昼 (1350): 研究室． 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． タマネギ・サバ電磁波酒蒸し．

2008 年 05 月 29 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• アリ原稿作業のつづき． 作文としてはとうてい完成してるとは思えないんだが …… というのも， あいかわらず自分で読んでて気分がわるくなるわけだが， ここまでの修正作業でさすがに「なんだこりゃ?」と驚愕してしまう箇所は かなり減ったハズ …… ということで， 本日は私の敵国語作文のまずさについて指摘してくれる有料サーヴィスに 原稿を提出できる段階までもっていく予定．
• 今ごろになって書きおとしに気づいたんだけど， エゾアカヤマアリって兵隊カーストはないよなぁ? いわばコロニー防衛が主題であるにもかかわらず， このあたり何も書いていなかった． 少なくとも形態的に分化したようなカーストはないはずだ． よくわからないけど勝手に「無い」と断定してみよう．
• また全文みなおし． うーむ， まだまだヘンなところがぼろぼろとみつかるわ …… だれかたすけてくりゃれー
• 今さらながらだけど， 動物行動の実験・観察データ + 階層ベイズモデルによる解析 ってのはいろいろ細かいところが見えすぎてしまうような気がする． 見えすぎってのはヘンな表現だけど． そもそも エゾアカヤマアリの行動観察なんかやったこともない私が なんでこんなコマかいハナシを書いてるんだろう， という気分にさせられるねえ． 植物データ解析だとここまでややこしくならないと思うんだけどなあ． 「動き」が見えにくいからかな ……
• …… いかん， 作文修正のふかみにはまってしまった． 時刻はもう 1400 か． ちょっと休憩しよう． 昼飯．
• 来月中ごろから二ヶ月ばかりカナダ山中にいく 井田君と MacOS X で A 棟 8F 闇ネットにもぐりこむ 方法の研究をすこしばかり． MacOS X は Unix であり X11 も準備されているので， とくにヘンなことをするまでもなく $HOME/.ssh/config で

  	Host *
  	#	ForwardAgent no
  		ForwardX11 yes
  		ForwardX11Trusted yes
  		

  などと設定するだけのことだった． 残された問題は海外から接続した場合の実行速度だな．
• またアリ作文の本文の修正のつづき． 1550 すぎ， いったん終了． よけーな部分を削ったので 200 words ぐらい減った． 7150 ぐらい．
• 本文をもういっぺん見なおす気力がでないので， 図表まわりのみなおし・修正作業．
• ここでチカラつきたので， 共著者にこういうメイルをだしてみる．

北大の久保です．皆様，ごぶさたしております．3 月の生態学会福岡大会以後，
さまざまな下うけデータ解析わりこみにナヤまされながら，エゾアカヤマアリ
敵対性実験の論文原稿の「とりあえず版」ができました．

http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/...

上記 URL から原稿 PDF ファイルをダウンロードできます．うまくダウンロー
ドできない場合はお手数かけてすみませんが久保までご連絡ください．

今後の作業としては

1. 英文チェックにだす: 7200 語ほどなので 10 日ぐらいかかるでしょう
2. 訂正した原稿ファイルを皆さんにまた見ていただく
3. 論文原稿の体裁を投稿用に整える
4. 論文投稿

を予定しています．本来なら (私のあまりよろしくない) 英文が修正されてか
ら見ていただいたほうがよかったのですが，皆さんおいそがしそうですので現
段階の原稿も見ていただくことにしました．お時間あるときに見ていただいて，
問題ありそうなところや書きたりないところをご指摘いただけると助かります．

投稿先としては  Behavioral Ecology and Sociobiology

http://www.springerlink.com/content/100464/

がよいのではないかと考えております．この点に関しても皆さんのご意見をお
きかせください．

さて，内容のほうですが，やはり私が書いてしまうとどうも方法論よりな方向
になってしまいました．いくつかの点で岩倉さん・藤原君修論と異なるところ
があります．

まずは supercolony についての要点ですが，

・ここでは Pedersen et al. (2006) の supercolony の定義を使うことにし
  たので「supercolony 内部では supercolony 内のアリへの攻撃確率が一定」
  が必要

・しかし石狩浜ではまだそれは調べられていない (だからこそ岩倉さんたちが
  野外実験をしたわけですが)

・そこで石狩浜に関しては (以前の研究を引用するときをのぞいては) とくに
  supercolony とは呼ばない (ということでこういう論文標題になりました)

・実験データにもとづく推定結果として石狩浜のアリは「外」からきたアリ
  への攻撃確率が高いが，supercolony 内部でも nestmate とそれ以外の
  アリでは攻撃確率が異なるので上の定義にてらしあわせるかぎり
  supercolony とはいいがたい

・ただし Perdersen et al. (2006) の supercolony 定義にも再考の余地は
  ある

といった方向でまとめてみました．

また CHC や遺伝的データに関しては，今回は岩倉さん・藤原君の修論を引用
しつつその内容に言及するだけで，この論文ではとりあつかっていません．理
由は敵対性実験の行動データとその解析について述べるだけですでにこの長さ
になってしまったためです．

それではいつもながら突然のメイルでもうしわけありませんが，よろしくお願
いいたします．

• まあ孤立無援なるアリ論文かきということでこういうメイルを書かねばならぬ めんどうがある一方で， 内容とかに関しては当方の好き勝手に書けてしまった， という御利益はたしかにあったわけだが …… もっとも， かくのごとき内容では気にくわんので修正しろといった大統領命令が発令されなければ， のことなのだが． じつはその場合についても対応可能かも． たとえば， それはこちらの原稿のほうは「方法論の論文」としてだすから， 生物学的に insightful なのは難しくて書けそうにないから そちらで原稿かいてください， といったあたりで．
• 時刻はすでに 1730． 次の作業． 敵国語作文チェックは PDF file で出せるようなので， それ用の PDF file づくり． 先方が機械的にやると行番号まで「単語数」にカウントされてしまうからねえ …… 本文の単語数は 7200 ぐらいのはず．
• 文章部分と図表部分に分割して dvipdfmx で PDF ファイル生成して， 以前につかった editage なるところ (インターフェイスは日本語だけどその実体はインド) にぽいっとファイルをアップロード． う， 支払い先とか変更しとくの忘れてた． まあ， 先方からの連絡まちだな …… と思ったらすぐに見積りの連絡がきた (とうぜんのことながらインドから)． ふむふむ， 数式などをのぞいた単語数だと 6686 になるのか． おそらく語数カウントにやかましいじゃなくて strict なセンセイがたを相手にしてるうちに 「慎重な見積り」するようになってしまったのではないかな． 支払い先を変更してくださいとコメントつけて発注してみる． はてさて， だいじょうぶだろうか． ちょっと不安なので， あまり意味がないような気もするけどメイルでも同じことを連絡してみる．
• えーと， これでもうしばらくのあいだはアリ原稿なんかをひねくらなくていいのかな? …… としばし呆然としてみる． 1900 研究室発． 1915 帰宅．
• お， editage が上記の変更作業をやってくれた． 再来週の月曜日にはもどってくる， と …… これは「遅くてもいいから安い」オプションを選んだため． 費用は 38110 円． 残された問題は複雑怪奇化の進行が止まらぬ北大会計システムに関して 同社の対応で突破可能かどうか， というあたりなのだが ……
• アリ祓いのため， 1935 自宅発北大構内走． 2020 帰宅． 体重 70.6 kg． うーむ． 晩飯の準備． 晩飯．
• 今月のガス代は 4013 円 (4.3 m³)． 非寒冷期なのにガスのコストが下がらんような ……
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.6 合． コンブサラダ．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・サバ電磁波酒蒸し．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． コンブサラダ． キャベツ・ニンジン・ネギ・ミズナのサラダ． 麻婆豆腐．

2008 年 05 月 30 日 (金)

• 0740 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0945 研究室着．
• そういや， 昨日でいったんは作業にひと区切りのついたアリ作文， 「そもそも supercolony なんて概念はどうでもいいコトなんだ」 てなことをはっきりとは書いてなかったな． まあ， それにちかいことは書いてるからいいか．
• うーむ， X 上のターミナル選定にはまってしまった．
  • kterm: 基本的に良いのだけどあまりにも古く， さすがに現代的な terminal のほうがあれこれ便利なかんぢで …… 最近はとくにつかわないようにしている
  • rxvt: 上とおなじ
  • gnome-terminal: いまいち気に入らないんだけど， まあなんとなく「現代の標準的な」というかんぢがするので なんとなく使っている …… 常時ひらいてる 2 枚のうち 1 枚
  • mlterm: gnome-terminal にくらべるとイヤなかんじが少なく， なかなかよいのだが …… いかんせん scim-canna というヘンてこなシステムとびみょーに相性がよくない (変換候補一覧がでない) …… さらにどうでもよいことだがなぜかしら WindowMaker ともびみょーに ……
  • Terminal: 本日から使いはじめた xfce の標準ターミナル， いろいろまにあっくな使いかたがあるみたいだけど 私はふつーに使うことに， …… 常時ひらいてる 2 枚のうち 1 枚
  ということで scim-canna で問題がない gnome-terminal と Terminal を併用してる状態．
• そうそう， 長年の Linux 使いでもあるにもかかわらず， 今まで使っていなかった GNU screen を最近はぽちぽちと使いはじめている．
• おっと， ちょっと脱力脱線ぎみだな …… えーと， 現在位置を確認してみると， 5/16 の状況 からの変化と現時点で処分できる・処分すべき順番を考えると， こんなかんぢか?
  • 学内雑用: 研究室紹介ぽすたーの生成・印刷
  • 3 月の R 自由集会の記事かき …… 6 月末しめきりだけど， 私の分担部分はさっさと書くのがよさそう
  • 事務書類かき: 学内研究費申請書 (6/4)
  • 帯広開花モデリング (5 月中?) …… 6 月にずれこみそう
  • アリ論文原稿をさっさとかたづけて脱アリしたいよー …… 作業再開は 6/9 (月) 以降のハズ
  それから， 脱アリ後 (投稿できた時点でとりあえずの脱アリということにしよう) の着手になってしまうと思うんだけど， エゾアカヤマアリにつづく 「おもしろそうなデータなのに闇にほうむられそうな 地環研修士論文さるべいじ作戦」 第二段たる屋久島葉寿命データ解析の論文化に着手できれば， と考えている． うーむ， 考えてみると牛原さんは 2006 年 3 月卒業だ．
• きぶん転換にポスターはりかえ．

[アリポスターは廊下に]

2008 年 3 月の生態学会福岡大会でつかったもの (要旨)． その横は 2006 年 3 月新潟大会で発表した母子里ダケカンバ 三次元 Gibbs 樹冠モデル． これはよーやく， つい先日 Agricultural and Forest Meteorology の online 版がでた． 印刷版はまだ．

[屋久島ポスターは室内に]

2007 年 3 月の松山大会でつかったもの (要旨)． うーむ， さっさと論文化しなくては ……

• ということで， 研究室紹介ぽすたー作業． 院生のみなさんの尽力で今朝になって必要な材料はでそろった． とりあえず Web 版 を生成．
• perl + LaTeX なポスター生成のしかけをいじくって， Web 版 と対応する PDF ポスター版も生成してみる． こんなところか? とりあえずメイリングリストで皆さんに 「どうでしょう?」 メイルを．

• うーむ， タテヨコの余白が気になるが …… まあ印刷のときに工夫すればいいのかな? 情報基盤センターの大判プリンターも だんだん使いこなせるようになってきたので， なんとかなるのでしょう．
• 印刷は月曜日あたりにやることにして， それまでポスター問題は放置． 昼飯．
• うーむ …… 重点配分経費・研究支援事業なるモノに応募しようかと思っていたのだが， 昨年度採択 ぶんをみると当方が考えてる研究費よりヒトけた多すぎる． 20-30 万円ぐらいで十分なんだけどな． 書類には 100 万円限度 30 件とか書いてあるけど …… 現実には「少額ばらまき」型ではなさそう． まあ， ぜんぜん「戦略的」でもない研究課題でだすことになりそうだから， これはヤメときますか．
• 他にも応募しやすそうなモノとしては， 住友財団 の基礎科学研究助成・環境研究助成ってのもあるけど， これまた最低でも 50 万円ぐらいか． 50 万ねえ． 計算機はそんなに買う必要ないだろうし (とゆーか管理コストを考えると不要な計算機は買いたくない)， 研究室内の周辺機器もひととおりそろってはいる …… ああ， プリンターの中で溶けるように消失していく高額なるトナー代なんかは 一部分担するべきなんだろうねえ． A 棟 7-8 F あわせて年間かるく 30 万円以上かかってるんだろうなぁ．
• いろいろ出張ででかけてみるのも何かの勉強になるのかもしれないけど， 「出張」というと またまた新しい下うけ計算なんかがどかっとのしかかってくるような恐怖感があって， ですね． これまたおそろしいともうしますか ……
• うーむ， いまやりたいことって 「新しいぷろじぇくと」 ではなく「さるべいじ」というかまあ借金返済みたいなことなんだよねえ． 屋久島葉寿命のハナシは一年以上放置してるしなぁ． 宿題といえば他にも ……
• ふと思いついたんだけど， 宿題消化かつ「新しい研究課題」っぽいことを両立できるようなハナシとして， 苫小牧樹木直径データのベイズモデル化， ってのはありうるなぁ． これは鍋嶋さん・日浦さんとススめてきて現在は GLMM 版を投稿中なんだけど． じつはこの巨大なる時系列個体データセットのごく一部を使ってるだけだし， まだまだモデリングには改良すべき点が多々あるわけだし， 「WinBUGS でちょいと計算」ではすまされない ぐらいの難しさはあるわけだし (というかホントはかなり難しい問題が山積)， ハナシはわかりやすいし， かんきょー love なヒトたちにもウケはよいだろうし …… まあ難点は 「どんなに統計モデリングを工夫しても推定計算がまったくうまくいかない」 かもしれない， といった危惧があるぐらいだろう． 時系列モノ， 気象モノはしんどいからねえ．
• これを住友 (6/30 締切) にだすか， それとも秋の科研費書類かきに使うか …… まあ， もうちょっと放置することにしてみるか．
• 現時点では甲山さんの熱帯林科研費の分担者なんだけど， ここは私以外のヒトたちはぢゃんぢゃんお金を使いそうだし， またうっかり使うと悪夢のごとき熱帯林計算なんかを押しつけられそうだし …… いや， 使おうが使うまいがなんだか押しつけられるような気がしてきた．
• ともあれ， しばらく放置ということで． いまの時点ではおカネはまったく必要ではない．
• お， R-help の ``Including a tilde in a plotmath-type call'' なる質問に対してに対して Ripley 御大がなかなか興味ぶかい回答を． なるほど expression() の中で symbol() なる関数を使えるんだ．

I think what you are asking for is not a tilde.  That is a raised symbol
(an accent), and not as in TeX's $\sim$ .  It is character 126 in the Adobe
Symbol encoding (Adobe's name is '\similar'), so one way is

expression(X*symbol("\176")*N(mu, sigma^2))

There are others, and in most circumstances

expression(X * "~" * N(mu, sigma^2))

will work.

• さてさて， 次なる時限爆弾， 3 月の生態学会福岡大会の R 自由集会 の紹介記事を書かねばならぬハナシ． 生態学会誌掲載， 6 ペイジ (1 ペイジあたりの字数はおよそ 2000 字，ただし図表こみ)． 粕谷さん・竹中さんにもちょっと書いていただく予定なのだが …… ともかく， まずは 全体のわくぐみみたいな部分を私が準備しなければならない， と．
• えーと， 投稿規定は これ か． 区分は「学術情報」． 生態学会誌には二年ほど前にも「学術情報」とやらで GLMM 解説記事 とか書いたんだけど， なんだかあれこれめんどうなんだよねえ．
• まあそのときの LaTeX file 一式や原稿 PDF ファイル生成のしくみをまた流用すればいいや， と作業にとりくんでみたのだが ……
• あまりススまず撤退． 1915 研究室発． 1930 帰宅．
• 1950 自宅発北大構内走． 2045 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 55 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． 麻婆豆腐．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ワカメスープ． キャベツ・ニンジン・ネギ・ミズナのサラダ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ビーフシチュー．

2008 年 05 月 31 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー．
• 洗濯． 怠業． なぜかベトナムの歴史を調べるのに没頭．
• 昼飯． なぜかしら入場券をとあるヒトからもらったので， 北海道近代美術館に「北海道の水彩画」展をみにいく． 明治から現代にいたるまでの水彩画が年代順・画家別に展示されてる． 来てしまったのはいいとして， 私は絵画のみかたというのがよくわかっていないし， どの絵がよくてどれがよくない， というのもまったくわからない．
• 年代順にならべられているので対象 (この展示では風景画が多かった) をとらえる方法論が変化していったのはわかる． しかし画家がある方法論でもって何をとらえようとしていたのかは …… まあ， 私にはよくわからない． 絵の横にある解説を読んでみると， 「自分の表現したいこと表現するためには○○という方法が適していたので ……」 というふうに書かれていて， その発想はわかるけど何を表現したいのかわかってないんだねえ ……
• いや， これは今回の展示だけのハナシではなくて， 私の場合， どういう絵をみてもそう思ってしまうわけです．
• おそらく絵画の歴史というのは， 表現したコトとその方法の発展のからみあい， という側面はあるのだろう． たとえば三次元のモノを二次元上に 写像 (mapping) したいというコトと， さまざまな遠近法やキュビズムとかの発展のからみあい， というような側面だ …… このあたりはわかるような気がする． どうでもよいが音楽の歴史になるとこのあたりの関係すらまったくわからない． 文学の方法論も， かな? つまり一次元への写像はよりわかりづらいのかも．
• で， 水彩画にもどると， データ解析したうけ業者たる私なりのある種の曲解として， この年代順展示に見られる変化は何によって説明されるかといえば …… 美醜の軸を観念論的にきめようとする美学的な変遷というよりも， むしろ もっと具体的で試行錯誤的な方法論 driven ないきあたりばったりで説明されるんでは， というみかただ． つまり写像の方法論が生物進化みたいに分裂生成・消滅をくりかえしていて (写像の方法の系統樹が作れる，ということ)， 新しい方法論 M で対象 X をとらえるとこうなる， ということを示したい． この X は従来の方法論でよくあつかわれてきたモノでもよいし， M の特徴をわかりやすく示すことのできるモノ， といった必要条件さえみたすのであれば M は「何でもよい」 …… まあ， もしこの画家たちのうち何割かがそのように考えているがいたのであれば， そのヒトたちの考えかたは自然科学者 (の一部か?) にちかいところがある， ということなのだろう．
• 美術館は一時間ぐらいで出たんだけど， 帰りにあちこちの書店に何時間もとらっぷされてしまって ……
• あ， ぎょーむ日誌の更新をわすれてた．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 …… とはいえけっこう歩いた
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): イソップベイカリーのクロワッサン．
  • 昼 (1300): サンドイッチ．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． ホウレンソウ・トマト・レタスのサラダ． カマスの干物．