ぎょーむ日誌 2008-04-(11-20)
2008 年 04 月 11 日 (金)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
曇．
0925 研究室着．
-
今日は朝からアリ論文原稿かきのつづきにとりくめる．
しかし放置してた原稿の再開はなかなかツラい．
関連文献もいろいろ読みなおさねばならぬところなんだけど，
その前にそもそも昨年 7 月末まで書いた原稿はどんなものだったのだろうか
……
うーむ，
この階層ベイズモデルまわりの記述その他あちこち，
けっこう修正せんといかんような．
-
で，
修正しようとしたんだけど，
モデリング関連の修正文案を生成しようとしても
コトバがつまりがちである
(ダメな部分はわかるのに)，
とゆー驚くべき状況にあることがわかった
……
原因のひとつは，
ここ半年ほどにわたって下うけデータ解析ばかりに
かまけて
いたため，
論文とかをきちんとは読んでなかった，
といったコトではなかろーか?
いやはや．
-
まあ，
りはびりには時間が必要，
ということで
……
あわてずさわがず Jim Clark 論文
(こういうふうにエラそうに書けたら楽しいだろうねえ)
や Gelman の
Bayesian Data Analysis 本などなど，
コトバのえらびかたや
文のつながりに注意しつつゆっくりとよみなおしてみる．
-
昼飯．
-
なぜか A801 院生部屋のネット修復にてまどる．
この部屋の配線はけっこう錯乱している
……
-
そしてネット雑用にも
……
-
アリ論文りはびり，
のんびりしてはいられないが復旧時間が必要，
ということで
……
1855 研究室発．
1910 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1330):
研究室．
北大生協中央食堂前で焼いてたお好み焼き (エビ)．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
キャベツ・ニンジン・ネギ・ハムのサラダ．
タマネギ・ピーマン・サバの電磁波酒蒸し．
2008 年 04 月 12 日 (土)
-
0800 起床．
雨．
朝飯．
コーヒー．
怠業
……
1200 自宅発．
雨．
1215 研究室着．
-
アリ論文
……
ススまないので昼飯．
-
アリ論文，
まずはモデリング節かきなおしに着手する．
かきなおし作業がススまなかった原因のひとつを修繕してみる．
すなわち，
「石狩浜のエゾアカヤマアリはスーパーコロニーに決まってるだろ，
文句あるのか」
なる大統領わーるどからの脱出である．
-
当方のデータ解析で言いたいことは
「すーぱーころにーの定量的な定義って何なの?
すーぱーころにー性を定義している
アリ行動の統計モデリングって，
誰かきちんとやったことあるの?
ちゃんとやったら石狩浜のアレはすーぱーころにーって呼んでいいの?」
というハナシなので，
噛みつき確率のモデルに
「スーパーコロニー内の巣であること」
なる説明変数があるのはまずいわけだ．
これを
「石狩浜の巣であること」
に置きかえたり．
-
もちろんデータをとった A 棟 5 F 院生たちは
「石狩浜はそもそもスーパーコロニーなんだけど，
石狩浜新港ができたあともスーパーコロニーが維持されてるのか」
といった文脈で考えてた (考えさせられてた?)
わけだが
(さらによくわからぬ血縁淘汰バナシなんかも)
……
まあこの場所における「これまでの研究」 &
現在における「すーぱーころにーの定義」なるものを勘案すると，
「石狩浜はすーぱころにーに決まってる」
ではハナシがすすまないわけで．
-
まあ，
ぢりぢりと進行中，
ということにして
……
1950 研究室発．
雨．
2005 帰宅．
晩飯の準備．
ちょっとうんどう．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
イソップベイカリーの
クロワッサン
……
今朝かったら 160 円だった．
10 円ねあげ?
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
春雨スープ．
- 晩 (2200):
米麦 0.8 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
キャベツ・ニンジン・ネギ・ハムのサラダ．
タマネギ・ピーマン・サバの電磁波酒蒸し．
2008 年 04 月 13 日 (日)
-
0900 起床
……
よく寝た．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
1150 自宅発．
曇．
今日も気温ひくい．
買いもの．
1215 研究室着．
昼飯．
-
そう簡単には離脱できない天塩川モデリングのメイル書き．
やはりカギは川の区間ごとの流量変化量にあるわけで
……
集水域の面積なんぞ役にはたつまい
(あってもなくても同じ)
と思っていたんだけど，
Nina さんあて返信メイルを書いてるうちに，
まあ事後分布のハバを少し狭めるのには役にたつかも，
という気分になってきた．
-
しかしいかに優秀とはいえブルガリアからきた留学生に
(天塩川は一級河川なんで)
国土交通省とかがニギっている
(つまり日本語でアクセスするほかない)
河川データ探しの苦闘させてよいものかね?
指導教員も少しは手つだえよなという気もする．
データ解析なんかはこっちに丸なげしてるわけだし．
-
研究室内で古い小さい冷蔵庫が稼働してたのに気づいたので，
電源を切る．
内容は
……
2 年ほど前にサンプルされた屋久島樹木のシュート，
とか．
この冷蔵庫も廃棄したいなぁ．
-
アリ論文，
本日は用語の混乱の修正のつづき．
昨日は supercolony なる語の使いかたを再検討したわけだが，
本日は colony なる語の再検討．
-
エゾアカヤマアリとか
多巣性 (polydomous) のアリたちが作った巣 (nest) の集まりが
colony ということで，
これはもともと一個の巣だったのが分巣 (budding)
によって増殖したものである．
では，
ある場所に行ったらたくさんエゾアカヤマアリの巣があった場合，
それらを全部まとめて
colony と呼んで良いのかというとそうではないかもしれない．
なぜかというと，
「もともとの巣」がひとつだったとはかぎらないから．
-
私のもともとの原稿では (アリを採取した) ある地区のことを
colony と呼んでた．
これはいかにもマズいだろう，
ということで修正したい．
なんでそもそも colony にしたかというと，
岩倉さん修論の locality なる用語がどうにもイヤだったため．
そして藤原君修論では population になってるわけだが
……
まあ，
population というのも定義がめんどうなわけで．
-
では，
どうすればいいかというと，
難しく考える必要はなく site でよかろう，
という気がしている．
block でもいいかなと思ったんだけど，
それも何だかヘンなので．
アリに関しては
nest site
なる語もあるようで
(ホントに google のたぐいがなければ，
この孤立無援なるアリ作文は一歩もススまなかったことでしょうよ)，
あとは文脈に応じて sampling site, research site などなどと使っていけばよい．
-
で，
本文・図・表中の colony なる語を * site に修正していく作業．
-
まだまだ作業の終わりは見えぬまま，
2020 研究室発．
2035 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
米麦 0.6 合．
ネギ・豆腐の味噌汁．
- 昼 (1240):
研究室．
ヨーグルト．
シリアル．
リンゴ．
- 晩 (2120):
米麦 0.7 合．
レタスの炒めもの．
キュウリ・トマトのサラダ．
2008 年 04 月 14 日 (月)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0820 自宅発．
曇．
0835 研究室着．
-
またアリ論文修正のつづき．
-
またデータ解析こんさるメイル対応．
ちょっとばてる．
-
ばてたのかアリ論文すすまず．
昼飯．
-
アリ論文作業，
ぢりぢりとススめてみる．
野外実験の小節をかきなおすべきかなあ，
と思いつつもとりあえず結果節のかきなおしに着手してみる．
-
夕方すぎになるとどんどん効率が落ちる．
まずいのは「効率が落ちている」という自覚がない点である．
1850 研究室発．
1930 帰宅．
晩飯の準備．
ちょっとうんどう．
晩飯．
-
ふーむ，
「うっかり」
でしたか
……
ということで，
自由集会ペイジ
に粕谷さん投影資料を追加．
-
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
ストレッチ．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1240):
研究室．
シリアル．
- 晩 (2100):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ピーマン・ネギ・ハムの中華ふうスープ．
2008 年 04 月 15 日 (火)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
0915 自宅発．
晴．
0930 研究室着．
-
また天塩川メイルかきとか．
-
母子里 Gibbs 林冠モデルの proof がきた．
この PDF ファイルをダウンロードできるようにして，
共著者のみなさんに連絡．
さっさと返送してしまいたい，
と思いつつチェック開始．
-
日没時刻ごろまで，
天塩川モデルのメイルやりとり，
母子里メイルやりとり，
母子里校正
……
でオワってしまった．
なんかですね，
私はどうも自分の書いた原稿よむのが遅いというか，
読んでるとすぐにイヤになってしまうというか
……
-
うーむ，
天塩川のハナシでけっこうまた時間をとられてしまった
……
1945 研究室発．
2000 帰宅．
晩飯の準備．
ちょっとうんどう．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
研究室．
シリアル．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
春雨スープ．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ピーマン・ネギ・ハムの中華ふうスープ．
2008 年 04 月 16 日 (水)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0855 自宅発．
晴．
0910 研究室着．
-
いかん
……
メイル書きとかネット雑用にかまけてたら時刻はすでに 11 時．
-
明日中ぐらいに報告を書かねばならぬ天塩川問題も気になるけど，
とりあえずアリ作文修正作業のつづきを．
ここ A803B とはきわめてウスい壁をへだてている A803A
ではなぜか大統領がでかい声でアリ講義を．
-
と仕事しようとしたら，
フィールド保険関係のメイルが．
また雑用 Wiki に転載．
- 加入資格：学生・教員・研究生・研究員
- 保険期間：平成20年5月15日〜平成21年5月15日
- 保険内容：
- 死亡・後遺障害保険金額 500万円
- 救援者費用保険金額 1000万円
- 保険料 ：4,410円（一人あたり）
-
昼飯調達の旅．
研究室にもどって昼飯．
-
アリ作文修正のつづき．
「(アリ拉致 & ハコにいれ輸送という) 野外実験操作によって生じたアリの挙動不審」
みたいな「実験操作そのものが原因の……」みたいなコトを敵国語表現するなら，
どうしたらよいか
……
以前の作文は experimental procedure がどーのこーの，
とかわかりにくく書いていたんだけど，
experimental artifact
なる表現を思いついたので，
これでずばっと書いちゃったほうがすっきりするような気がしてきた．
-
新 M1 のアカウント関係の書類が意外と早くとどいたので
(生物圏の 4 人)，
メイルアカウントの設定の手つだい．
ついでにプリンターの設定とか
……
あとデータ解析こんさる．
-
ばてたので撤退．
1850 研究室発．
1900 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
またメイルかきだの，
母子里 proof の提出だの
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.7 合．
ネギ卵炒飯．
- 昼 (1400):
研究室．
北大生協のにぎり飯．
- 晩 (2130):
米麦 0.7 合．
豆腐・ワカメの味噌汁．
鶏レバーのショウガ煮．
コマツナ・ブナシメジ・卵の炒めもの．
2008 年 04 月 17 日 (木)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
今朝の札幌市は霧．
0935 研究室着．
-
今日は天塩川 (モデリング)
にひたすら流された一日だった
……
-
主な改良点としては
……
-
水量増加分が部分集水域 (subcatchment)
の面積に依存して決まるようにした
-
2007 年のイオン濃度データも無理矢理つかうことにした
(水量データがない
……
2006 年と同じと仮定)
-
中央化できない説明変数に関して，
標本平均値をぽいっとくみこんだ
(これで収束が改善された)
-
で，
結果はずいぶんとマシになったのだが
……
-
そのあたりの報告を書かねばならんなあ，
と思ってると Nina さんからいろいろメイルがきて，
ですね．
いろいろと相談とか追加発注とか
……
-
で，
天塩川くたびれでオワってしまった．
明日も天塩川．
アリ論文原稿はどうなるんだろう
……
1950 研究室発．
2005 帰宅．
晩飯の準備．
ちょっとうんどう．
晩飯．
-
そうそう志水さんとの共著，
大雪山地衣類繁殖の階層ベイズモデルの投稿論文が
major rivision で返ってきた．
太陽の軌道から「明るさ指数」みたいなものを計算したのが気にいらなかったらしい．
しかし日射量より湿潤さのほうが重要だ，
といわれましてもねえ
……
なかなかキビしいな，
The Lichenologist．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
ストレッチ．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・豚肉の煮物．
- 晩 (2140):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・サケのスープ．
鶏レバーのショウガ煮．
2008 年 04 月 18 日 (金)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー
……
また朝から難しい問題にとらっぷされてしまう．
うう．
1050 自宅発．
曇．
1105 研究室着．
-
今日もまた天塩川モデリングでオワった
……
午前中はモデルの再改良．
-
昼飯．
-
志水さんと地衣類繁殖モデル論文に関する The Lichenologist
相談．
なんでも査読者の「水のほうが重要」コメントはあまり正しくないそーで，
高山帯では霧のため岩面上でもけっこう湿潤だったりするから，
水律速ではなかろうとのこと．
ということで，
major objection とやらには反論する方向で再投稿を試みることに．
-
そしてまた Nina さんと天塩川メイル学内やりとり．
まあこれもまたひとつの国際救助隊任務だ
……
しかしこちらはお返事かいてるあいだに先方から 3 通も来信があるとツラい．
-
天塩川モデル，
けっきょく，
コマかすぎる土地利用区分はほとんど無意味で，
「自然」「自然でない」の二区分で十分だとわかった．
これまた常識的なことに，
植物があると河川に流れこむ窒素の量が減るのである．
-
天塩川上流部分ってちゃんと植物はえてるのかしらん
……
と
衛星写真みると，
けっこう樹林びっしりだとわかった．
-
しかしこの報告書かきは進捗せず
……
2020 研究室発．
2035 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
うー
-
電気代しはらう．
1280 円．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
キャベツ・ニンジン・サケのスープ．
ヨーグルト．
- 昼 (1410):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
春雨スープ．
- 晩 (2130):
米麦 0.6 合．
キャベツ・ニンジン・サケのスープ．
2008 年 04 月 19 日 (土)
-
0910 起床．
うう．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
残念ながらいつまでも怠業してるわけにもいかないので仕事．
天塩川モデリング報告かき
……
-
とりあえずあれこれを Wiki 上にまとめていく．
-
こんなところでとりあえずはいいのかなあ，
というかんぢで
1900 ごろひとまず作業終了．
晩飯の準備．
晩飯．
今日は一日ひきこもりな日だった．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.5 合．
キャベツ・ニンジン・サケのスープ．
- 昼 (1300):
米麦 0.5 合．
鶏レバのショウガ煮．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ダイコンの葉の味噌汁．
きんぴらゴボウ．
サトイモ・鶏ひき肉の煮物．
2008 年 04 月 20 日 (日)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯
……
いかん，
また怠業もーどにおちこむ．
-
昼飯くったあと，
のそのそと
1440 自宅発．
晴．
1500 研究室着．
-
天塩川モデリング Wiki の修正などなど．
これで天塩川モデリングはいったん終了，
と思いたいわけだけど
……
-
で，
さっさとアリ論文のほうを再開したいんだけど，
その前に放置してたこんさるその他メイルかきあれこれ．
うーむ random effects の「検定」ですか
……
そして，
ついでにこんな図を作ってみたり．
-
といったメイルかきでオワってしまった
……
2010 研究室発．
買いもの．
2030 帰宅．
晩飯の準備．
ちょっとうんどう．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
米麦 0.6 合．
コンブサラダ．
- 昼 (1300):
米麦 0.6 合．
コンブサラダ．
- 晩 (2130):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニンジン・ピーマン・ホタテのシチュー．
