log.w.herb[1:6])
がうまくモデル化できていないので，
推定計算に失敗してるような気がする．
ススキ
(Miscanthus sinensis)
の影響は少ない，
とかはうまく表現できているんだけどなぁ
……
sapply(..., tapply(...))
してみる．
> sapply(1:5, function(i) tapply(d[,2 + i], d$Ski.slope.types, mean))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
Akabira 0.200000 0.727273 0.400000 0.018182 0.036364
Kiyogaoka 1.560000 2.560000 0.640000 0.260000 0.080000
Kotorinomura 0.785714 0.321429 0.214286 0.232143 0.267857
Makomanai 0.056818 0.068182 0.079545 0.000000 0.068182
Nakagoya 0.247863 0.085470 0.017094 0.068376 0.102564
Sorachibuto 0.116667 0.000000 0.125000 0.000000 0.033333
Tsukigata 0.769231 0.166667 0.128205 1.000000 0.064103
> sapply(1:5, function(i) tapply(d[,2 + i], d$Ski.slope.types, var))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
Akabira 0.274074 1.868687 1.170370 0.018182 0.035690
Kiyogaoka 5.108571 10.986122 1.255510 0.890204 0.075102
Kotorinomura 1.480519 0.331169 0.425974 0.508766 0.236039
Makomanai 0.077194 0.064263 0.097048 0.000000 0.064263
Nakagoya 0.515620 0.113322 0.016947 0.098733 0.144562
Sorachibuto 0.389636 0.000000 0.345588 0.000000 0.032493
Tsukigata 2.413586 0.244589 0.165168 3.012987 0.060773
ふーむ，
Makomanai と Sorachibuto
はけっこうヘンではないかな?
この二つはぬいて計算させてみる．
log.w.herb[1:6])
がうまくモデル化できていなくて，
見くらべてみると
収束ぐあいとしては昨日の朝とあまり変わるところがない
……
alpha
なるパラメーターをもちこんで，
草本による shading の値が 0-1 間におさまるようにしたところである．
これがそれほど有効ではなかった，
ということなのかな?
D(P | Q) + D(Q | P) と足してるだけ
……
ああ，
なんでこんな簡単なことが自分では気づかなかったのだろうか．
> sapply(v.tree, function(t) tapply(d[,t], d$Ski.slope.types, mean))
Bet.pla.stem Lar.kae.stem Bet.max.stem
Akabira 0.200000 0.727273 0.018182
Kiyogaoka 1.560000 2.560000 0.260000
Kotorinomura 0.785714 0.321429 0.232143
Makomanai 0.056818 0.068182 0.000000
Nakagoya 0.247863 0.085470 0.068376
Sorachibuto 0.116667 0.000000 0.000000
Tsukigata 0.769231 0.166667 1.000000
kterm & rxvt & kinput2
生活をめざしている．
X 上のターミナルは mlterm と gnome-terminal，
日本語入力は scim + scim-canna．
scim-uim + uim-canna
という方式もためしてみたけど，
なんとなく scim-canna
を (自分でコンパイルせんといかんけど)．
単語登録など辞書管理は sumika
で (これが Canna にも対応してるとは知らなかった)．
後記:
というか scim-uim
はなんか動作がおかしいような気がする．
for (quadrat in 1:N.quadrat) { # 蛇足ながら shading[] の計算はわりと無根拠
shading[quadrat] <- 1 - exp(-inprod(w.herb[], Herb[quadrat,]))
}
for (hspc in 1:N.herb) {
w.herb[hspc] <- exp(log.w.herb[hspc])
log.w.herb[hspc] ~ dnorm(0.0, tau[2])
}
というふうに
「加重」 w.herbp[]
の対数値である log.w.herb[]
がこのように設定されてた．
ヒトコトでいえば，
「ゼロを中心にして 6 種が好き勝手な値をとれ，
ただし全体のばらつき (分散) は 1 / tau[2]
と制約する」
といった階層ベイズモデル．
shading[quadrat]
にさらに樹木応答がわの係数がかけられて，
「樹木側の係数」 × shading[quadrat]
というカタチで線形予測子 (linear predictor)
にくみこまれていて，
ですね
……
このかけ算値全体の大小を決めてるのは樹木の係数のほうなのか，
それとも shading[] の平均値なのか，
MCMC 計算やってくれる WinBUGS にとってはわからーん，
という状況なんだよね．
for (quadrat in 1:N.quadrat) {
shading[quadrat] <- 1 - exp(-inprod(w.herb[], Herb[quadrat,]))
}
w.herb[1] <- 1.0 # 第 1 種の値を強制的に 1 とおく
for (hspc in 2:N.herb) { # 第 2 種以降は好きなよーに
w.herb[hspc] <- exp(log.w.herb[hspc])
}
for (hspc in 1:N.herb) { # log.w.herb[1] は計算する意味がないけど
log.w.herb[hspc] ~ dnorm(0.0, tau[2])
}
つまり 6 種ある草本のうち一個の加重値
w.herb[]
を強制的に 1 においてしまう
(log.w.herb[] をゼロと設定すればいいんだけど，
諸般の事情とやらでめんどうなので放置している)，
という方法だ．
ここでは第 1 の種の値を固定している．
第 2 の草本種以降の log.w.herb[] に関しては
(今回はたまたまうまくいっただけなのかもしれないが)
ゼロを中心とする事前分布を設定している．
log.w.herb[hspc] ~ dnorm(0.0, tau[2])
と設定してる事前分布の平均は 0.0 以外ありえないと思うんだけど
……
barchart(cover ~ as.factor(slope), groups = as.factor(herb), data = dd, stack = T, auto.key = list(space = "right", rectangles = T, reverse.rows = TRUE))
高階知巳. 2008. Rプログラミング&グラフィックス. 九天社.目次 を見ると， これはなかなか踏みこんだ R プログラミング本になっていそうだ． 例外処理だのガーベージコレクションだの library(rgl) だのにまで説明されているようだ． 著者は library(rimage) の作者でもある．
grep
してみると，
現時点においてはこういう構成になっている，
とわかった．
HTML::Template
や
DBI
と連携して使うよーで
……
ふーむ．
じつは Vine Linux ではこういった Perl module
あれこれを apt-get install
できるのである．
version がちょっと古かったりするけど．
LPRng
の ESC/Page driver では LP-800 から印刷できん，
とわかった．
cups
を使うしかなさそうなんだが
……
これの導入については
2004-10-04 に失敗
ずみである．
しかしまあまた変化してるかもしれんので試してみる．
sudo apt-get install eplaser-cups gnome-cups-manager
とゆーところ．
gnome-cups-add
でプリンター追加，
LP-800 はないので代わりに LP-1800 を使うことにする．
問題なく印刷できる．
gnome-cups-manager
のたぐいがなくても web browser で
http://localhost:631/
にアクセスすればよい，
とわかった．
かんぢんの印刷出力だが
……
CANON な連中 (LIPS 4)
だと
Unable to open the initial device. quitting
と印刷出力してオワり．
やはり依然としてダメなのかな?
cups
と
LPRng
の共存はならず．
ということで，
闇ネットプリンターたちを使うために LPRng
にもどした．
で，
自宅プリンター EPSON LP-800 だけど
……
これは /usr/sbin/printtool
でフィルターを LP-XX00
ではなく LP-1800 (eplaser)
を選択したらうまく動作した．