.tgz
をほどくのは
Lhaplus
のほうが良さそうだ
……
C:\cygwin\
以下が修復の余地なく壊れている，
とわかった．
これは，
なぜかしらゐんどーづ再インストールにもかかわらず，
幽鬼のごとくファイルの一部が残存していて，
という怪談ぢみた現象から発生したなかなか理解不能な
……
ともあれ屈辱の
Cygwin
全削除 (すら難しかった) &
再インストール．
dvipdfmx
を動かすためには ghostscript
(ゐんどーづ版の名は gswin32c.exe)
が置かれている場所への PATH とおしわざが必要，
とわかった
(また TeX Wiki
のお世話になり
このあたりの説明
に助けられた
……
システムこんぱね + 詳細設定)．
私は GS 8.54
インストールしたんで，
gs/gs8.54/bin;
といったかんぢで PATH
を追加．
これでうまくいった．
一件落着．
udev
で boot ごとに毎回 /dev/ 以下を作りなおしてるみたいで，
/dev/hda などが 600
になってると VMware は insufficient permission
うんぬんとか言って動かないのである．
そこでいささかザツな解決策ながら，
専用の起動スクリプトを作ってしまうことにして，
VMware 起動前に毎回毎回
sudo chmod 660 /dev/hda*
(これは乱暴すぎるのだけど)
とすることに．
とうぜん /etc/group
は
disk:x:6:root,kubo
などと設定ずみ．
make pdf
でとりあえず版 PDF file 生成して，
server に rsync
してから富良野の後藤さんに「みてください」メイル送る．
.bst (BibTeX style)
ファイルとはかけ離れたものであり，
Elsevier とは異なり Blackwell は bst file を提供しておらず，
というめんどうな状況だ．
makebst.tex
の所在をさがす．
tetex
とかインストールしてるヒトなら
slocate makebst.tex
すればすぐに見つかるだろう
……
見つからんヒトは
CTAN の custom-bib
一式を download & install してくだされ．
makebst.tex
の所在 (パス) を確認してから
ptex (パス)/makebst.tex
moleco
と回答していたなら)
moleco.dbj
というスクリプトファイルが生成されるんだけど，
質問の一番最後に「スクリプト実行しますか?」
という質問には y
と答えてしまうので，
moleco.dbj
の存在知らぬままこれを実行してしまうことが多い
moleco.dbj
が
moleco.bst
を作るので，
それを LaTeX file から
\bibliographystyle{moleco}
てな具合に使ってやる
make
して dvi などの出力をみるまでわからない．
そしてまちがっていたからといって，
上述の 1. からやりなおすのはまさに無間地獄というほかない
……
makebst.tex によって生成された
(あなたカスタマイズな bst file 生成スクリプトである)
moleco.dbj
を改造するのである!
つまり全体の流れ
makebst.tex → moleco.dbj → moleco.bstのまん中を撃つ， よろしいか，
makebst.tex
にもどったりあるいは
moleco.bst
を改造するのは苦労多いばかり，
それに対して
moleco.dbj
の改造はぜんぜんラクですよ，
ということだ．
moleco.dbj
の内部をのぞいてみればわかるように，
moleco.dbj
は
(BibTeX とその周辺ツールとは信じられぬほど)
読みやすいものになっている．
たとえば
Clark JS (2003) 論文名 ...としたかったのに
Clark JS (2003). 論文名 ...となる bst file
moleco.bst
が作られてしまったとしよう．
このとき
moleco.dbj
を開いて，
当該箇所をさがしてみると
%DATE PUNCTUATION (if date not at end)
%: (def) Date with standard block punctuation
% yrp-col,%: Colon after date
% yrp-semi,%: Semi-colon after date
% yrp-per,%: Period after date
% yrp-x,%: No punct. after date
このあたりがアヤしいとただちに見当がつく
……
つけられるぐらいコメントが充実しているのである．
コメントアウトの位置を下のように変えて
%DATE PUNCTUATION (if date not at end) % %: (def) Date with standard block punctuation % yrp-col,%: Colon after date % yrp-semi,%: Semi-colon after date % yrp-per,%: Period after date yrp-x,%: No punct. after date
moleco.dbj
を保存．
ptex moleco.dbj
で修正された
moleco.bst
が生成される
……
というふうに試行錯誤すればよい．
moleco.dbj
があまりにもへっぽこな場合には
moleco.dbj
の大改造も大変だろうから，
おとなしく
ptex makebst.tex
つまり工程 1. にもどったほうがいいね．
moleco.dbj
の修正を試行錯誤してできた Molecular Ecology 用の
moleco.bst
つかった出力はこうなる．
BibTeX において重要なのは
「たいていのぢゃーなるの参考文献書式は必ずや
bst 設定だけで出力できるハズ」
との確信をもつことである
(いろいろな学問分野でその実績もあるのだから)．
moleco.bst
は直接いじらないほうがよい，
と書いたけど，
残念ながら直接テをださねばならぬこともある．
たとえば私は note
item によけーなコトを書いたりするんだけど，
これは Reference 中には表示しないでほしい，
と．
この変更は
moleco.bst
を開いてみると，
moleco.dbj
がつくった bst file はできあいの bst file に比べて
やや読みやすいとわかるだろう．
note
まわりはこうなっていて，
FUNCTION {format.note}
{
note empty$
{ "" }
{ note #1 #1 substring$
duplicate$ "{" =
'skip$
{ output.state mid.sentence =
{ "l" }
{ "u" }
if$
change.case$
}
if$
note #2 global.max$ substring$ * "note" bibinfo.check
}
if$
}
これをたとえばいささか乱暴にこのように改造すればよい．
上の出力はこのように改造された
moleco.bst
で生成したものである．
FUNCTION {format.note}
{
note empty$
{ "" }
{ "" }
if$
}
bibpunct
は
\bibpunct{(}{)}{;}{a}{}{,}
となっているから引用が
(Clark, 2003)
といった書式になってしまうのであって，
これを
(Clark 2003)
としたければ
\bibpunct{(}{)}{;}{a}{}{}
とすればよいだけなのである．
ただしこの宣言の前に
\usepackage{natbib}
が必要である．
すると本文出力はこうなる
(ただし，
ちょっとややこしいことに
et al.
を斜体にするかどうかなどなどは bst file が定義している)．
@Article{ ... },
@Book{ ... },
@Manual{ ... }
の出力しか確認してないけど Molecular Ecology 用 bst file 例
moleco.bst
はこういうかんぢで．
問題あれば
moleco.dbj
修正してより良い bst file 生成できるはず．
\input{}
だの図表だの BiBTeX だの)，
これを「追加」しておくだけでコンパイル作業はほぼ問題なし
Makefile 設定できそうではあるけど)
とりあえず
(1) LaTeX ボタン
→
(2) BibTeX ボタン
→
(3) LaTeX ボタン
で文献反映された DVI file できる．
PDF LaTeX
も動作するんだけど，
R
などが生成した EPS file は読みこまない (??)
dvipdfmx
に変更，
引数は "%s.dvi"
xyz.tgz
のようなファイルをダウンロードさせようとすると
勝手にファイル名を
xyz.tar
に変更して HDD 上に保存しようとする．
Lhaplus
などはこの拡張子では正しくファイル判別できず動作が変になるので，
xyz.tgz
とファイル名を元にもどしてやる必要がある．
dvipdfmx
が動作しないヒトは
一昨日記述
の「PATH とおしわざ」参照．
今後はゐんどーづな共著者たちを
「WinShell 化
(すなわち LaTeX 化すなわち脱わーど化)」
する野望が実現の視野に入ってきた，
というべきかも．
moleco.bst
などに不備が多々ある，
とわかったのであれこれ修正 & こっそり交換．
\setlength{\unitlength}{0.5mm}%
\begin{picture}(295,202) % 295, 202
\sffamily
\put(0,0){\includegraphics[width=147mm]{figure/model.eps}}
\put(20,180){mother tree $j$}
\put(35,58){DBH$_j$}
\put(235,52){fallen log $k$}
\put(235,72){AREA$_k$}
\put(235,92){annual survival $p_k$}
\put(100,15){distance $\Rjk$}
\put(125,85){density $\Djk$}
\put(80,170){seed dispersal $K_j(\Rjk)$}
\put(170,125){$\Nseedling$: number of seedlings}
\put(172,110){$\Nsapling$: number of saplings}
\end{picture}
……
てなかんじの LaTeX 「説明文スーパーインポーズ」わざは
なかなか手間どる
……
気分よく図がしあがるのは良いんだけど．
1910 研究室発．
晩飯．
2040 帰宅．
xyplot()
とかでちょっと描いてみるのは意外と簡単なんだけど，
カスタマイズしようとすると
xyplot(..., strip = ..., panel = ...)
と指定しなければならず，
さらにこの stript & panel 関数それぞれに
独特の引数
(それぞれ which.panel& subscripts)
あったりして，
なかなかややこしいね
……
scales
とかだろうか．
xyplot( n.offspring ~ distance | mother, data = data, layout = c(1, 3), ... scales = list( alternating = 1, # axes location bottom/left tck = c(1, 0) # ticks length, bottom/left and top/right ), ... )
postscript()
や pdf()
関数は width や height
をインチで指定するんだけど，
これのメートル換算がときどき面倒になり，
こんにちではありがたいことに
google で計算
できたりする．
We also used a compound distribution, the 2Dt as formulated Clark et al. (1999). The 2Dt is a two-parameter compound distribution meant to simulate the shape of a mixture distribution. It is Gaussian in nature but assumes Gamma-distributed Gaussian parameters.と書いてあるね． ならば …… おそらく 2Dt (二次元 t 分布) の two parameters とやらは Gamma 分布の shape & scale parameters ということになる …… Jones et al. (2005) は ややこしい統計モデリングやってるくせに 数式がひとつもないサビしい論文なのでそのように憶測．
latex2html-2002-0vl5
に含まれてる /usr/bin/pstoimg
(in Perl)
で
-transparent
と指定して
上のような transparent な図を生成させるためには改造が必要みたいだ．
問題は
1270 行目の
$pnmtoimg .= ' -trans ' . L2hos->quote($trans_color);なんだけど (
netpbm-progs-10.27-0vl3.2
由来の /usr/bin/pnmtopng
の仕様が変わったため?)，
そうさなあ，
乱暴には
$pnmtoimg .= ' -transparent white ';とでも改造してしまえば， とりあえず透過 PNG file が生成される．
system "env DISPLAY=:0.0 /usr/X11R6/bin/kterm -e vim ファイル名";を動作させると
kterm
上で vim (私好みのテキストエディター)
が開きシステム中のどのファイルでも編集できる，
と (CGI 置いてるユーザーの権限で読み書きできるファイルなら
……
というのも，
当方の apache2 は
suEXEC
してるんで)．
use CGI
した場合，
CGI プログラムの挙動はいろいろとかわってしまって，
$ENV{...}
が使えなくなる
(かわりにいろいろな環境変数取得関数が定義される)
open
は (あたかも上の例みたいに)
「外部プログラムをなんでも開ける」
という強力すぎる機能が付加されているので，
CGI プログラムかくときは open よりも
(機能制限されてる)
sysopen
のほうがマシですよ，
その他もろもろ．
moleco.dbj
ファイルの修正では無理でまた makebst.tex
までもどっての修正となった
……
しかしとにかくこういう変態的なるーる押しつけられる状況であっても
bst file がちゃんと生成できるんだから素晴しい!
@Book
まわりとか多々問題あると思うので，
不備に気づいたかたは教えてください．
a novel maximum-likelihood model, the
Seedling Neighbourhood Model,
to estimate jointly selfing rates, immigration by seed and pollen and
the effect of interplant distance on female reproductive success and
selection gradients based on established offspring (see details
in Bruczyk et al 2006). ... Major advantages of the
Seedling Neighbourhood Model
are (i) it includes both selfing and immigration rate (from outside
the neighborhood) as parameters within the likelihood model,
thus rendering it suitable for nonisolated populations, a common
case in temperate forest trees; and (ii) analysis are based on
naturally established offspring populations (rather than on pollen
or seed stages).
……
なるモデル (引用，長すぎか)
の正体なんだが
……
まあ，
いつもの Burczyk 型モデルだ
(って説明になってないか)．