ぎょーむ日誌 2007-04-25

2007 年 04 月 25 日 (水)

• 0830 起床． コーヒー． 朝飯． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 東北大の富田君 Web 日記 2007-04-24 の記述， いろいろと勉強になる． そうか， Jim Clark 御大の 2Dt 関数ってのは (いわば) 混合正規分布だったのか …… すんません， まだ原論文よんでなくて， ですね．
• うん? てことは， トドマツ母子モデルの結果説明でだす予定の 周辺化散布カーネル (点線) って 2Dt ってことかしらん? いや， こんなややこしい事前分布 (対数正規分布) とか使ってないだろうな． あとで調べてみよう．
• そして 「やはりそこが指摘されるか」 というべきか， 「大量『散布』者は遠方に子供を送りこんでない & 遠距離『散布』者は子だくさんでない」 (ぎょーむ日誌 2007-04-16) ってホントか， という …… うん， これは査読者にも言われそうだ．
• ここまでの作図では下のように， 最後の簡単な図 (発見された子供数 Top3 母樹と 最大散布距離最大 Top3 母樹の母子間距離と子供数) でそういう関係ありそう， というのを示したことにしてしまおう， ともくろんでいたんだけど， やっぱり「種子散布」(と呼んでるけどそう単純ではない) カーネルの「個体差」とやらはたしかにアヤしげな概念だからね． たぶん下の図ではアヤしさに負けて力不足だろう．

• ということで， 「トドマツ更新に利用可能な倒木の位置 (+ その倒木の利用されぐあい)」 も同時に示す図に変更しようともくろうんでみる．
• これはややめんどうな R 作図になるので， また library(grid) (利用例: こういう 事後分布図 とか) でも使ってみようかと考えたんだけど …… しかし本日はなぜか一念発起して 「R 作図の苦手克服」 と称して library(lattice) にとりくんでみる．
• R graphical manuals の Image Browser とか R Graphics (Paul Murrell の本) などながめながら試行錯誤してみたんだけど …… xyplot() とかでちょっと描いてみるのは意外と簡単なんだけど， カスタマイズしようとすると xyplot(..., strip = ..., panel = ...) と指定しなければならず， さらにこの stript & panel 関数それぞれに 独特の引数 (それぞれ which.panel& subscripts) あったりして， なかなかややこしいね ……
• lattice trellis ( library(lattice)) 初心者にとって作図のコツは Replacements of traditional graphics functions の使いことなしか? 設定の難所は ticks まわりの scales とかだろうか．

  xyplot(
  	n.offspring ~ distance | mother,
  	data = data,
  	layout = c(1, 3),
  	...
  	scales = list(
  		alternating = 1, # axes location bottom/left
  		tck = c(1, 0) # ticks length, bottom/left and top/right
  	),
  	...
  )
  

• 1430 ごろまでかかって， どうにかこうにかネラいどおりの作図できた． タテの棒線はトドマツの倒木更新に使われてる倒木の位置 (Top3 母樹それぞれからの距離) とその倒木で更新してる (全母樹の) トドマツ実生・稚樹数． ● や ▲ はそれぞれ「子だくさん」「遠距離散布」 Top3 母樹たちの子供数．

• …… うーむ， まあ， つまり上の図で言いたいことは
  • 子だくさん Top3 は ちょっと先に利用可能な倒木あるのに， 近場の (おそらく「良い」) 倒木を集中的に使っている (それゆえに子だくさんたりえているのだろう)
  • 遠距離散布者 Top3 は 子供を送りこめた 200 メートル先まで行かずとも， (方位を無視すれば) 「途中」に良さげな倒木たくさんあるのに利用できていない
  といったところか． 図では示していないけど， 「子だくさん」ではない (つまり数個体しか子供を残していない) 母樹の「散布」距離はじつは長短さまざまである …… といったことどもから， こういうモデリングでよく使われてる長短兼用 (dual mode) 散布カーネルは この観測データにみられるパターンの説明に必要なさそうで (子だくさんかつ遠距離散布が見られないから)， むしろ「個体差」でいいでしょう， と．
• とはいえ， 後藤さん・富田君が指摘しているように， 「散布カーネルの個体差」ってのはなかなか説明が難しい． 現在準備中の原稿中では 「調査地内の倒木分布の heterogeneity も反映している」 とか何とか注記してきたんですけどね．
• おそい昼飯． だんだんばててきた．
• 上の図に関して後藤さんに連絡． まあ， たぶんこの新しいのが採用されるだろうという予断にもとづいて (とうぜん古い図の作図プログラムなども残しているけど)， LaTeX 原稿にくみこむ作業． R の postscript() や pdf() 関数は width や height をインチで指定するんだけど， これのメートル換算がときどき面倒になり， こんにちではありがたいことに google で計算 できたりする．
• figure legends や本文の書きなおし・書きたし …… ばててきたので撤退． 1815 研究室発． 1830 帰宅． 洗濯． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 食パン．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． フリーズドライ卵スープ．
  • 晩 (1955): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ピーマン・ブナシメジ・卵の炒めもの． キュウリ．