ぎょーむ日誌 2007-04-(11-20)

2007 年 04 月 11 日 (水)

• 0700 起床． コーヒー． 朝飯． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着． 後藤さん迎撃準備．
• 午前中から 1500 ごろまで後藤さんにここまでのトドマツモデル相談． こういうモデリングで良さそう， とういことで 今後のとりまとめその他雑談． 富良野からきていただき， おつかれさまでした ……
• 翌朝になって気づいたんだけど， goto_note に詳細な記録が …… 他のヒトが「ぎょーむ日誌」書いてくれるとラクですなあ．
• 何やらまた雑用 …… 気づいたら日没時刻 (本日札幌は 1812) ちかい．
• いまいちな状況のまま撤退． 1905 研究室発． 1920 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1210): 後藤さん・平尾君と 百周年記念会館 (アスベスト除去工事済) にかえってきた「きゃら亭」の昼定食． 銀ガレイのアーモンド焼きというもので， 身はけっこう厚いんだけど味は淡泊ななかから うまみがにじんでくるようなかんぢでなかなかよろしかった．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ニラ・シイタケ・豆腐の炒めもの．

2007 年 04 月 12 日 (木)

• 0750 起床． コーヒー． 朝飯． 0945 自宅発． 雪． 1000 研究室着．
• トドマツ母子分布解析の論文執筆分担部分にとりくんでみる． 出始めはいつもすごく進捗しない．
• 甲山さんとの会話．
  「ということで， 熱帯林科研費あたったよ． 久保君もお金ほしい?」
  「ほしくありません (即答)」
  「なんで?」
  「とんでもなく面倒なデータ解析おしつけられそうですから」
• 1400 すぎ昼飯調達にでる． 朝の降雪はどこにいったのやら， ちょっと春っぽい陽気． 研究室にもどって昼飯．
• トドマツつづき．
• 事前分布・超事前分布に関しては， いちいち記述するのがめんどうなので， 昨年の アカマツ再計算 のときと同じく， Table におしこむことにする． こういうふうに．

• まあ， Ben Bolker 先生の近ごろ publish された Molecular Ecology 論文 のごとく BUGS コードをはりつけるのが一番正確なんだろうが …… たとえばこのトドマツモデルにしても， そんなに長い コード ではないし．
• しかしながら， Molecular Ecology の technical editor はこのあたりの体裁に関する 素養が皆無， とこの論文でわかってしまうわけで …… まあ Table のほうが無難でしょう．
• 1930 研究室発． 1945 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． ニラ・シイタケ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1430): 研究室． サンクスにぎり飯．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ネギ・ショウガ・鷄レバ炒めもの． ホウレンソウあえもの． ダイコンおろし．

2007 年 04 月 13 日 (金)

• 0810 起床． コーヒー． 朝飯． 0940 自宅発． 曇． 0955 研究室着．
• 農学部 生態系管理 の徐 (Seo) さんの統計こんさる， 一時間ほど． けっきょくのところ， モデル選択の問題なのである． ホントは「混合モデル化したら」 と言いたいところなんだけど， そうすると指導教官ともどもさらに強まった 混乱の渦中でもがくことになりそうなんで， 言わないことに．
• で， その他にも農学系こんさる依頼みたいなメイルが二通ばかりきてるんだよねえ …… うーむ， こういった「実学」系の分野の発想にもとづく問題とかはぜんぜん得意ではない．
• Dell 機の Vine Linux 4.1 化にとりくんでみる． すでに手もとの X 端末用 desktop 機と ThinkPad X31 の 4.1 化に成功してたんで今回は楽勝だろうとの予断があったのだが …… じつはこのマシンって RAID とかややこしいことやってるんだよね． 一時間ほどじたばたしてみたんだけど， どうにもならないとわかったので， このあたり設定したかとー先生にお伺いのメイルをだす． すでに横浜周辺に移転されたのかしらん?
• ばてたので， 昼飯調達にでることにする． ついでに応用統計学会年会費 5000 円の支払． はたして 今年 9 月の大会 には参加できるのだろうか …… 9 月といえばアリ論文かきかパイプ樹木論文かきのどちらかに ヤラれている可能性が高い， ような気がするんですよねえ． 研究室にもどって昼飯．
• 宿題は check in / out バランスの崩れぬうちにさっさとかたづけなくてはね， とあまりまだ進捗してないトドマツ作文にもどる．
• かとーさんから返事いただいたので， 難しい Dell 機の Vine 4.1 化作業のつづき …… これは数時間以上苦闘したんだけど， ちょっとだけ進展したところでチカラつきてしまった． ともかく， Dell 機の terminal device が死んでる 「遠隔操作」 状態なんで作業の効率がとても悪くて， ですね． 今後の作業用に下の記録だけ残す．

ssh dellpn sudo emacs /etc/modprobe.conf

/etc/modprobe.conf:
  alias parport_lowlevel parport_pc
  alias scsi_hostadapter megaraid_mbox
  alias scsi_hostadapter1 aic7xxx
  alias eth0 e1000

ssh dellpn sudo /sbin/mkinitrd -v -f /boot/initrd-2.6.16-0vl68.img 2.6.16-0vl68
ssh dellpn sudo /sbin/lilo # (たぶん不要……と思ってたら必要だった)
ssh dellpn reboot

• むなしく撤退． 2205 研究室発． 2220 帰宅． 体重 68.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • がっくりうんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． チンゲンサイ・ネギ・ショウガ・鷄レバ炒めもの． ホウレンソウあえもの．
  • 昼 (1350): 研究室． セイコーマートの豆パン．
  • 晩 (2250): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・ネギ・ショウガ・鷄レバ炒めもの． ホウレンソウあえもの．

2007 年 04 月 14 日 (土)

• 0730 起床． コーヒー． 朝飯． 雪まじりの雨． 怠業． 洗濯．
• あまり期待せずに買った文庫本 「弱小国の戦い」 が意外とおもしろかった． おもに 19 世紀半ば - 20 世紀半ばの 欧州 情勢をあつかったもので， ここでいう弱小国とは (相対的な意味で) 「大国」ではない国々， つまり国数のうえでは現在の EU のたいはんをしめている国々のことである (ただしノルウェーや旧ユーゴスラヴィア諸国など EU 未加盟国も含まれる)． では「大国」とはどこかといえば， ドイツ・ロシア・フランス・イタリア・イギリスあたりで， こいつらは欧州近現代史においてぢつにはた迷惑きわまりない， 大国とは近くにあるというだけで 弱小国にとっては災難としかいいようがないものだとわかる． それでも (大国の思惑も反映させつつ) 多数の弱小国が存続しつづけたてきたところが 欧州情勢の不思議さなのかもしれない．
• というか， 日本とか中国ではわりと広い範囲を含んでしまう 「統一国家」 ができてしまうのは， このへんのヒトたちなんかは「中央の権威」みたいなモノが存在する 世界設定・文明観が好きだから， なのではないかしらん …… 欧州弱小国のヒトたちは遠方の権威には服さぬ「蛮族」なのかもしれませんなぁ．
• いつまでも怠業ばかりしてられないので， ぎょーむに取り組んでみる …… がなかなか進捗しない．
• そこでカーテンの洗濯なる作業にとりくんでみる． これがじつにたいへんで， 問題解決までけっきょく合計数時間を費してしまった．
• 当家のカーテンはじつに汚くて， ですね． なぜかといえば， 2000-05-30 から 2002-03-31 まで東京都大田区の第一京浜なる アスファルト粉塵・ディーゼル排煙の 大量発生地帯のすぐ横でくらしていたんだけど …… ここはじつにひどくて， アルミサッシの窓を完全にしめきっていて 一度もあけたことがないにもかかわらず， 内部のカーテン黒くススけてくるんだよね．
• で， そのカーテン札幌に持ってきたんだけど， 目の前にその「第一京浜汚染」をぶらさげたまま数年間くらしてきた． まあ， これぐらいその気になって洗えばすぐにキレイになるだろう， などと考えていたんだけど …… 実際に浴槽で手洗してみたところ， いくら洗ってもあまりキレイにならぬとわかった．
• そこで二組ある汚染カーテンのうち， 多少はキレイになったほうを部屋の内側， 洗ってないほうを外側にする二重カーテンにしてこれからの季節の 「早朝直射日光」に備える …… 高緯度地帯 & 東経 141 度にある東むけの部屋ではこれがけっこう 深刻なのである (ということでカーテンがとつぜん気になったりするわけで)．
• で， そうすると南側の窓はカーテンがなくなるので 2000 すぎに 北 9 東 5 の Homac にいって (わざと) やや長めの遮光カーテンを …… 新しいものを買って解決するというのは私ふうではないのかもしれないけれど， まあ第一京浜汚染カーテンに関しては 「洗濯あきらめる・汚いものは隠す・足りないものは新しく買う」 というふうにしか対処しようがない．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): もりもとのサンドイッチ．
  • 昼 (1240): とあるかたからいただいたラーメン． ごちそうさまでした．
  • 晩 (2120): 米麦 1.0 合． ネギ・モヤシ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁．

2007 年 04 月 15 日 (日)

• 0740 起床． コーヒー． 朝飯． 怠業．
• 1030 自宅発北大構内走． 曇ときどき晴． それほど寒くなくなかなか快適． 低温研-獣医学部前のウッドチップ舗装上の雪はかなりとけてきた． 1110 帰宅． 体重 68.8kg． 洗濯． 昼飯．
• 1400 自宅発． 曇． 事務室前のはりがみ， 北大スラブ研センター 公開講座 おもしろそうだなぁ …… 昨日読んだ弱小国本の影響かな． 1415 研究室着．
• 「返事かくのたいへんそうだなぁ」 と 3-4 日ほど放置しておいたメイルにまとめて返信を試みる． たとえば， こんなの．

北大の久保です．「森林動態シミュレイションの難しさ」に関する説明が足り
なかったようなので，補足説明します．

森林動態シミュレイション構築の難しさはいろいろとあげることができます．
すぐにわかるのは，そういうシミュレイションがあつかえるほど研究者がなか
なか森林生態学まわりにはいない，ということがあります．しかし，ここでは
それは問題にしないことにします．

さて，めんどうなプログラミングの経験があり，データ解析の手法にくわしく，
関連する文献を勉強したことがある人間にとってもいくつかの困難が予測され
ます．データ→プログラミングの方向で並べますと，

1. 必要な観測データがまったく足りない

2. 観測データから樹木の成長・繁殖・死亡のパラメーター推定が困難

3. 三次元シミュレイションを高速化する森林内光強度計算が困難

といったことがあげられます．1, 2, 3 の順で重要です．各項目についてもう
少しくわしく説明します．

1. 必要な観測データがまったく足りない

これまでの経験から対象となる多くの森林生態系を計算機内に再構築するため
のデータが足りない場合が多々ありました．撹乱によって生じた林冠ギャップ
のその後の変遷に関するシミュレイションに興味があるようですが，これをシ
ミュレイトするためには，

・対象となる森林で林冠ギャップ形成前にそこにどのような稚樹集団が形成さ
  れていて，撹乱によってどれだけ生き残っているのか

・ギャップ形成後にそのギャップへの種子供給はどうなっているのか (ギャッ
  プ周辺の毎木調査や繁殖調査が必要)

・ギャップ形成後に土壌中の休眠種子はどのように応答するのか

・稚樹集団は林冠ギャップという「ふつうではない」環境下でどのように成長
  するのか
  
・またそのような状況で稚樹間競争の帰結はどうなるのか

・稚樹間競争は成長にともなう樹形変化に強く依存しているが，その樹形変化
  のデータはあるのか

・いったん形成されたギャップは拡大するのか (ギャップまわりの林冠木が倒
  れる確率など)

といったデータが必要になります．おそらく統計学的なデータ解析ができるほ
ど，これらに関するデータが対象となる森林に関して存在してないと思います．

2. 観測データから樹木の成長・繁殖・死亡のパラメーター推定が困難

この点に関しては生態学のデータ解析で近年つかわれるようになってきたベイ
ズ推定という新しい手法をもちいることによって，以前に比べると (樹木の成
長・繁殖・死亡に関する) パラメーター推定はかなり改善されてきました．し
かしながら，この方法はまだまだ発展途上であり，上にあげたような多数のパ
ラメーターをあつかうためには，それなりの時間をかけた研究が必要となるで
しょう．

3. 三次元シミュレイションを高速化する森林内光強度計算が困難

これはもっとも技術的な項目で，ただ単に計算機内の三次元森林内の光分布の
計算はしばしば困難であり，計算に時間がかかるというだけの問題です．しか
しながら，森林動態シミュレイションの構築のためには試行錯誤が必要であり，
試行錯誤のためには計算を何度もやりなおす必要があり，計算を何度もやりな
おすためにはこういった技術的な問題に時間をかける必要がある，ということ
です．

以上のような困難性が予想されます．とくに 1. のデータに関する点はたいへ
ん重要です．私の意見では，現時点では計算機シミュレイションによる定量的
な予測は (おもにデータ不足が原因で) 困難です．

それよりもこういった森林を長年観察されている森林研究者・技術者の意見を
集約して予測するほうがよほど確度の高い予測が可能だろうと考えております．
学術的には予測能力が低い森林動態シミュレイターの構築にもたいへん価値が
あるのですが (数量化されたデータだけで森林動態がどこまで再構築可能なの
かを検証できるので -- つまり「われわれは森林というものをどれほど『理解
できてない』のか」を確認できる)，実務の上では「まとはずれな『予測』ばか
りはきだす計算機プログラム」以上の価値はないと思います．

• まとめて返信， は意外と効率がよかったのか 2 時間ほどで 懸案の返信はひととーり出すことができてしまった …… ふー， すっきり． 平日にこういうコトやるより， 日曜日とかにやったほうが 「なンかトクした」 気分があるな．
• かとーさんから 「udev あたりがアヤしいんでは」 といった御指摘いただいたんで， Dell desktop 機 (Dell PowerEdge 600SC) の Vine Linux 4.1 化をススめてみる．
• いろいろ調べてみたんだけど， やっぱりわからん． 最後に Vine 4.1 installer CD 作ってみたんだけど，
  • RAID driver として megaraid_mbox を選ぶ (これまでの試行錯誤においても /etc/modprobe.conf でこれを設定していた)
  • しかし HDD を発見できない (この挙動も同じ)
  うーむ， Vine installer でもダメとは ……
• とゆーことで， 本日もムナしく撤退． 1845 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ネギ・モヤシ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1240): 米麦 0.6 合． ネギ・モヤシ・ナメコ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ネギ・ピーマン・キャベツ・マイタケ・豚肉の炒めもの． キュウリ．

2007 年 04 月 16 日 (月)

• 0930 起床． コーヒー． 朝飯． 1110 自宅発． 曇． 1125 研究室着．
• 進捗の遅滞が (私の中で) 懸念されはじめたトドマツ母子分布モデルの原稿かき． とりあえず， ここまで書いたモデル節とモデル説明の Table の修正．
• 昼飯後は今までの作図プログラムを論文用に改造する作業．
• R の plot() や lines() 関数では lty = ... オプションでいろいろな線種 (line type) を指定できるんだけど， Paul Marrel さんの R Graphics 本ながめてると， 細かい「破線かすたまいず」ができるとわかった． Chapter 3: Customising Traditional Graphics の Figure 3.6 に示されているとーりなんだけど， lty = "11" とすると線長さ 1 + 空白長さ 1 の細かい点線になるし， lty = "99" とすると線長さ 9 + 空白長さ 9 のまのびした破線になる， と．
• で， その lty = "11" を指定して事後分布図を postscript() 出力してみたり．

• 「文字いれ」は 下のごとく LaTeX でやってる． R の text() & expression() わざでこういった文字かきこみはできるんだけど， $\bar{\theta_1}$ とかめんどうだよね．

\rightline{\bfseries \figPosterior\  b}
\begin{center}
	\setlength{\unitlength}{0.1mm}
	\begin{picture}(1270,1270)
		\sffamily
		\put(0,0){\includegraphics[width=127mm]{figure/post.dispersal.eps}}
		\put(0,1150){Seed dispersal}
		\put(0,1100){$\theta_1$: fixed effects}
		\put(0,550){$\thetaj$: random effects}
		\put(100,500){of mother three $j$}
		\put(1230,620){$\theta_1$}
		\put(1200,50){$\bar{\theta_1} + \thetaj$}
	\end{picture}
\end{center}

• 重要なのは， 元データ → ... (いろいろな作業) ... → 投稿用図版 にいたる工程の中に極力手作業をいれないことだ． たとえば上の図は WinBUGS のだした計算結果を R が load() して postscript() で図を生成． LaTeX がそれを読みこんで説明文字とか付加して PDF など投稿可能なフォーマットにしてくれる， というナガレね．
• このほかにも
  • 母樹ごとの種子散布カーネル
  • 周辺化された散布カーネル
  • 「大量『散布』者は遠方に子供を送りこんでない & 遠距離『散布』者は子だくさんでない」 データ図
  などなど， ひととーりできてたので 1900 研究室発． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• Vine Linux 4.1 化によって壊れた VMWare (いや， VMWare update 時にコワれたんだっけ?) にゐんどーづを再インストールする苦行． うう．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.5 合． ネギ・ピーマン・キャベツ・マイタケ・豚肉の炒めもの． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ワカメスープ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ホタテのワイン蒸し． コマツナあえもの． キュウリ．

2007 年 04 月 17 日 (火)

• 0800 起床． コーヒー． 朝飯． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 中間さんから Linux boot まわりのご教示をいろいろといただく …… ふーむ， initial ram disk の image は gzip -dc /boot/initrd-<version>.img | cpio -tv でほどけるのか ……
• しかし午後の仕事にそなえて雑用処分 …… で午前おわる． 昼飯くってるヒマなし．
• 1300-1555 フィールド科学センター 上田研究室 の Nina さん (ブルガリアからの留学生) あいてに R 講習． 天塩川栄養塩類データをつかって， data.frame と作図まわりをひととおり． Dalgaard 本 をかなり予習されてたので， 順調に進展． しかし天塩川データは Bayes model 化以外では救済できないかも ……
• 夕方に昼飯．
• Vine Linux 4.1 化でコケてる Dell 機 (kernel-2.6 は動かないので kernel-2.4 で terminal 死んでる状態 + ssh 遠隔操作のみ受けつける状態) の修復にとりくむ． 結局のところまだうまく修復できなかったんだけど． 以下は作業メモ．

# initrd.img file の展開
$ gzip -dc initrd.img | cpio -id
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 19:42 bin/
-rw-r--r-- 1 root root  83K  4月17日 18:48 bootsplash
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 dev/
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 etc/
-rwxr-xr-x 1 root root  851  4月17日 19:43 init*
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 lib/
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 loopfs/
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 proc/
lrwxrwxrwx 1 root root    3  4月17日 18:48 sbin -> bin/
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 sys/
drwxr-xr-x 2 root root 4.0K  4月17日 18:48 sysroot/

# Dell 機の現在の /proc/partition (kernel-2.4.31 のもとでの) などなど
$ ssh dellpn cat /proc/partitions
major minor  #blocks  name  rio rmerge rsect ruse wio wmerge wsect wuse running use aveq
   8     0  156217344 sda 5535 6755 97612 34070 7547 8239 126392 16230 0 30050 50310
   8     1      40131 sda1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
   8     2  103924485 sda2 31 107 426 160 8 12 136 60 0 220 220
   8     3   51199155 sda3 5499 6642 97146 33890 7539 8227 126256 16170 0 29870 50070
   8     4          1 sda4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
   8     5    1052226 sda5 3 0 24 10 0 0 0 0 0 10 10

$ ssh dellpn sudo /sbin/fdisk -l /dev/sda
Disk /dev/sda: 159.9 GB, 159966560256 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 19448 cylinders
Units = cylinders of 16065 * 512 = 8225280 bytes
   Device Boot      Start         End      Blocks   Id  System
/dev/sda1   *           1           5       40131   83  Linux
/dev/sda2               6       12943   103924485   83  Linux
/dev/sda3           12944       19317    51199155   83  Linux
/dev/sda4           19318       19448     1052257+   f  W95 Ext'd (LBA)
/dev/sda5           19318       19448     1052226   82  Linux swap / Solaris

$ ssh dellpn cat /etc/fstab
/dev/sda3               /                       ext3    defaults        1 1
none                    /dev/pts                devpts  gid=5,mode=620  0 0
/dev/sda2               /home                   ext3    defaults        1 2
none                    /proc                   proc    defaults        0 0
none                    /dev/shm                tmpfs   defaults        0 0
/dev/sda5               swap                    swap    defaults        0 0

# 展開した init の改造
echo Creating block devices
mknod /dev/sda b 8 0
mknod /dev/sda1 b 8 1
mknod /dev/sda2 b 8 2
mknod /dev/sda3 b 8 3
mknod /dev/sda4 b 8 4
mknod /dev/sda5 b 8 5

# img の作成
find . | cpio --quiet -c -o | gzip -c > ~/initrd.img

# Dell 機に渡す
$ scp initrd.img dellpn:
$ ssh sudo mv initrd.img /boot/initrd-2.6.16-0vl68.img
$ ssh sudo /sbin/lilo
$ ssh sudo reboot

# しかしながら boot させると
...
Mounting root filesystem # mount -o defaults --ro -t ext3 /dev/root /sysroot を実行
mount: error 6 mounting ext3
Switchroot: mount failed: 22
Kernel panic - not syncing: Attempted to kill init!

• 本日は撤退． 2035 研究室発． 2050 帰宅． 晩飯．
• 先日言及した「弱小国の戦い」に関連して， 粕谷さんからまた難しい宿題が …… 調べてみると， ドイツのチェコ併合と時期をおなじくして「弱小国」ポーランドも ちゃっかり ザオルジェ進駐 なるチェコとの係争地ぶんどりをやっていたらしい， とわかった． ふーむ， なんでこんなこと知っておられるんだ ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
  • ストレッチ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.5 合． ニラ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1610): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． コマツナあえもの． 納豆．

2007 年 04 月 18 日 (水)

• 0820 起床． コーヒー． 朝飯． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 雑用 & 昨日の Dell 機修復作業みなおし (いくらかの試行錯誤も含む) に時間とられてしまう． あ， よくわからぬ生態学会 server 雑用も …… これはさいわいにもすぐに終了 (とある地区会に傭われた web 屋さんが .htaccess の設定をしくじっただけ)．
• うーむあとまわしにすべき調査という気もしたんだけど …… まあ， そんなに時間かからないだろうと思って， Winshell 3 を (先日に修復してしまった) ThinkPad X31 上の VMWare 上のゐんどーづ XP にインストール作業． その前に TeX installer を， ということで TeX インストーラ 3 を使わせてもらう． こりゃー， 簡単だ． TeX 関連 package の ダウンロード & 伸張に時間かかるけど． お， Vine 4.1 の ghostscript 7.07 より新しい 8.54 がインストールされてる．
• Winshell3.1 (Wikipedia) もインストールしてみた． これも TeXWiki の解説 どーりにやったら簡単だった． しかしながら， こういう統合開発環境 (IDE) ぢみた世界ってのは私にはあまりなぢめないものがあるんだけど ……

• これは LyX とかとちがってナマな LaTeX をあつかうわけで， LaTeX2e 文典 みたいな本がないと何もできないだろうな (私は同書がないと LaTeX 書けない)．
• ともあれこのあたりの顛末を LaTeX に興味あるらしい 後藤さんに連絡 …… まあ， ゐんどーづなヒトに Makefile 書かせるわけにもいかんでしょう， ということで． 後藤さん LaTeX 化には私にも利益があり， トドマツ LaTeX 原稿の MS わーど化という苦行を回避できる可能性がある．
• けっこう時間かかってしまった． さてさて次なんだが …… 関与するヒト (私は関与してるのではなく空間相関のせいでまきこまれてるだけのヒト) をすべて雑用係にしてしまう (うん? 甲山さんは除く?) おそるべき PlotNet の server 雑用． 1250 に終了． 待機． 1320 に電話あり， 設定担当のヒトが 15 分後ぐらいにくるとのこと．
• そのあたりかたづいて， 昼飯．
• ちょっとまた Dell 機復旧作業 ……

$ ssh dellpn /sbin/lspci
00:00.0 Host bridge: Broadcom GCNB-LE Host Bridge (rev 32)
00:00.1 Host bridge: Broadcom GCNB-LE Host Bridge
00:02.0 Ethernet controller: Intel Corporation 82540EM Gigabit Ethernet Controller (rev 02)
00:04.0 RAID bus controller: American Megatrends Inc. MegaRAID (rev 02)
00:08.0 VGA compatible controller: ATI Technologies Inc Rage XL (rev 27)
00:0e.0 IDE interface: Broadcom CSB6 IDE Controller (rev a0)
00:0f.0 Host bridge: Broadcom CSB6 South Bridge (rev a0)
00:0f.1 IDE interface: Broadcom CSB6 RAID/IDE Controller (rev a0)
00:0f.2 USB Controller: Broadcom CSB6 OHCI USB Controller (rev 05)
00:0f.3 ISA bridge: Broadcom GCLE-2 Host Bridge

$ ssh dellpn /sbin/lspci -n
00:00.0 0600: 1166:0017 (rev 32)
00:00.1 0600: 1166:0017
00:02.0 0200: 8086:100e (rev 02)
00:04.0 0104: 101e:1960 (rev 02)
00:08.0 0300: 1002:4752 (rev 27)
00:0e.0 0101: 1166:0217 (rev a0)
00:0f.0 0600: 1166:0203 (rev a0)
00:0f.1 0101: 1166:0213 (rev a0)
00:0f.2 0c03: 1166:0221 (rev 05)
00:0f.3 0601: 1166:0227

$ ssh dellpn /sbin/lsmod
Module                  Size  Used by    Not tainted
e1000                  81356   1
rtc                     8488   0 (autoclean)
lp                      8064   0 (unused)
parport_pc             32360   1
parport                34632   1 [lp parport_pc]
nvram                   7188   0 (unused)
megaraid               29700   3
sd_mod                 13036   6
scsi_mod               68968   2 [megaraid sd_mod]

$ ssh dellpn grep v0000101Ed00001960 /lib/modules/2.6.16-0vl73/modules.*
alias pci:v0000101Ed00001960sv*sd*bc*sc*i* megaraid_mbox

$ ssh dellpn /sbin/lspci -vv
(output)

$ ssh dellpn cat /proc/interrupts
           CPU0       
  0:     353722    IO-APIC-edge  timer
  1:          2    IO-APIC-edge  keyboard
  8:          1    IO-APIC-edge  rtc
  9:          0   IO-APIC-level  acpi
 11:          2   IO-APIC-level  ide2
 17:       4539   IO-APIC-level  eth0
 20:       4655   IO-APIC-level  megaraid
NMI:          0 
LOC:     353688 
ERR:          0
MIS:          0

• しかしなんだかかなりダメそうな気がしてきた …… 2015 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． 肉じゃが． ワカメスープ．
  • 晩 (2210): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニラ・ニンニク・マイタケ・卵の炒めもの．

2007 年 04 月 19 日 (木)

• 0830 起床． コーヒー． 朝飯． 0945 自宅発． 晴． 1000 研究室着．
• トドマツ母子分布階層ベイズモデル原稿かきのつづき． MCMC 計算の結果を読みこんで下のような Table を自動生成する R コードを書く． うーむ， これらのパラメーターの事後分布って， 95% 信頼 (信用) 区間ってわりとどうでもいいモノだなぁ， という気がしてきた． まったく無意味というわけではないんだけど．

• Figure legends 書き． 途中で昼飯．
• 私担当の図表まわりがそろってきたので， そのあたりながめつつ results 節かき． 積分計算してみたら， 「平均」散布カーネルの平均種子散布距離は 34 m だった． 左が母樹ごとの散布カーネルで， 右が事前分布で周辺化 (marginalized) された散布カーネル．

• ぎょーむ日誌に図をはりつけてながめてるうちに， なんとなく気にいらなくなったので (ということがよくある)， 描きなおしてみる． ここでも先日「発見」した 破線詳細の lty 指定わざ を使っている (lty = "42")．

• 見ているうちにやはり気にいらなくなったので， また描きなおす． 太い実線が「母樹 random effects ヌキ」 のいわば「平均的な」散布カーネルで， 破線がそれを母樹差事前分布で 周辺化してやった散布カーネル． R + LaTeX の組みあわせのもとでのこの修正作業においては， 一度も電気鼠に触れずとも原稿ファイル中にうめこまれた 図がどんどん更新できるのである．

• results 節はやや長めの 2 パラグラフでとりあえず止まってしまったので， このあたりの results にまつわる discussion 節も書いてみる． 「個体差とか考慮してない今までの計算方法はインチキっぽい」 とかいう方向の作文はラクかつ安易ですなぁ．
• ひととーりうまってきた …… けれど， モデル説明まわりを discussion 節にあわせて補足したり， モデル関連の文献をながめたり， という作業はまだのこっている状態． 本日はここまでか． 2010 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.5 合． キャベツ・ニラ・ニンニク・マイタケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ワカメスープ．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ネギ・ショウガ・カジカの味噌汁． キュウリ．

2007 年 04 月 20 日 (金)

• 0800 起床． コーヒー． 朝飯． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• ThinkPad X31 上の Vine Linux 4.1 (Kernel 2.6.20) 上の VMware 5.5.3 上の奇妙な OS の整備に時間とられる …… いえいえ， 「わーど化」の苦行が回避できるなら， これぐらいは喜んで ……
• とはいえ， 世の中すこしは改善されてるような気もするわけで， 一時期は MS おひすファイルが投稿論文のすたんだーどになっちまうのか， と危惧したんだけどさすがに学術ぢゃーなるまわりでは そういった悪しき世界に深いりすることなく， 脱出する方向に動きつつあると思う． そういった世界の学術まわりと比べると 北大大学事務とかは悲惨というほかないんだけど， まあ今世紀のなかばぐらいまでにはずいぶんと改善されるんではないかな? われながらいささか楽観的だとは思うけど．
• いつまでもうだうだしてられないので， またトドマツ母子分布の階層ベイズモデル原稿分担かきのつづき …… なぜかしら， 「従来の長短兼用散布曲線 (dual mode dispersal kernel?) ってダメなんじゃないの」 といった悪口にまたまたチカラが入ってしまう．
• などという安易な作文にばかりかまけているわけにもいかず， 後藤さんがすでに いろいろ作文されてる部分とつなげる作業とかも必要なわけで …… 文脈とか用語法とか確認するべく， いまさらながら後藤さん原稿の読みなおし． いつものことながら， どうしてこのあたりが後まわしになるんだろうね．
• ``increase in genetic structure'' という表現が奇妙に思えたんだけど， 検索 してみたら， たしかに使われている …… ふーむ， 「構造が強まる」のか． わからないヒトのために書いておくと， これは遺伝子頻度に (近傍で強く，遠方にいくほど弱くなる) 空間相関がある， という意味．
• で， その局所的遺伝子頻度のパターン (もしくは遺伝的構造) がクセものなんだが …… うーむ， 当方の計算ではそういう「構造の変化」は何も考慮してないんですが， と今さらながらに気づいた． こりゃー， dispersal kernel の推定法まにあっくなハナシやってる場合じゃないな． さてさて． 面倒はことごとく他人に押しつけてしまいたい利己的な私としては ……
• などと考えつつ北大構内昼飯調達の旅にでる． 研究室にもどって昼飯．
• ほほー， 高名なる GENALEX とは ``genetic analsys in Excel'' の略でしたか． へー， ゑくせる， なんだ ……
• で， そこで使われてる遺伝相関なるものは Smouse and Peakall (1999) あたりで定義されてるわけだ． なかなか面倒な遺伝子型間距離を定義して， 「遺伝子頻度」で重みづけして (お，妙な bias 補正が)， multilocus の場合はそれを足し算して， 距離の分散共分散行列 C つくって (これは個体内のばらつきと個体間のばらつきを表現)， ある個体間距離がある距離クラスの所属するかどうかの {0, 1} 行列 X つくって (対角要素は「枝」数) …… で， C と X の element-by-element 積の対角要素 (重みつき分散) でそれ以外 (重みつき共分散) を割ると， たしかに相関係数みたいな (文中にもあるような Moran's I みたいな) 数量がでてきますなぁ， と．
• だいたいわかってきたので， このあたり平尾君と議論してあれこれと確認． 後藤さんに相談のメイル書いてみる．
• 研究室ネット雑用 …… 研究室内のメイリングリスト関係， とか． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 68.4kg． 晩飯．
• 粕谷さんからまた欧州弱小国に関する雑談と言いますか 宿題と言いますか． ふーむ， ポーランド移民の子である ジョン・シャリカシュヴィリ 前統合参謀本部議長の父親の軍歴， ですか (wikipedia にそれなりに書かれているが) …… なんでこんなことを記憶しておられるんでしょうねえ ……
• なんとなく気になったので Amazon で War in a time of peace のペイパーバックを注文してしまった．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． ネギ・ショウガ・カジカの味噌汁．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 北大生協にぎり飯．
  • 晩 (2220): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・ニンジン・ネギ・煮干の煮物． キュウリ．