ぎょーむ日誌 2007-04-20

2007 年 04 月 20 日 (金)

• 0800 起床． コーヒー． 朝飯． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• ThinkPad X31 上の Vine Linux 4.1 (Kernel 2.6.20) 上の VMware 5.5.3 上の奇妙な OS の整備に時間とられる …… いえいえ， 「わーど化」の苦行が回避できるなら， これぐらいは喜んで ……
• とはいえ， 世の中すこしは改善されてるような気もするわけで， 一時期は MS おひすファイルが投稿論文のすたんだーどになっちまうのか， と危惧したんだけどさすがに学術ぢゃーなるまわりでは そういった悪しき世界に深いりすることなく， 脱出する方向に動きつつあると思う． そういった世界の学術まわりと比べると 北大大学事務とかは悲惨というほかないんだけど， まあ今世紀のなかばぐらいまでにはずいぶんと改善されるんではないかな? われながらいささか楽観的だとは思うけど．
• いつまでもうだうだしてられないので， またトドマツ母子分布の階層ベイズモデル原稿分担かきのつづき …… なぜかしら， 「従来の長短兼用散布曲線 (dual mode dispersal kernel?) ってダメなんじゃないの」 といった悪口にまたまたチカラが入ってしまう．
• などという安易な作文にばかりかまけているわけにもいかず， 後藤さんがすでに いろいろ作文されてる部分とつなげる作業とかも必要なわけで …… 文脈とか用語法とか確認するべく， いまさらながら後藤さん原稿の読みなおし． いつものことながら， どうしてこのあたりが後まわしになるんだろうね．
• ``increase in genetic structure'' という表現が奇妙に思えたんだけど， 検索 してみたら， たしかに使われている …… ふーむ， 「構造が強まる」のか． わからないヒトのために書いておくと， これは遺伝子頻度に (近傍で強く，遠方にいくほど弱くなる) 空間相関がある， という意味．
• で， その局所的遺伝子頻度のパターン (もしくは遺伝的構造) がクセものなんだが …… うーむ， 当方の計算ではそういう「構造の変化」は何も考慮してないんですが， と今さらながらに気づいた． こりゃー， dispersal kernel の推定法まにあっくなハナシやってる場合じゃないな． さてさて． 面倒はことごとく他人に押しつけてしまいたい利己的な私としては ……
• などと考えつつ北大構内昼飯調達の旅にでる． 研究室にもどって昼飯．
• ほほー， 高名なる GENALEX とは ``genetic analsys in Excel'' の略でしたか． へー， ゑくせる， なんだ ……
• で， そこで使われてる遺伝相関なるものは Smouse and Peakall (1999) あたりで定義されてるわけだ． なかなか面倒な遺伝子型間距離を定義して， 「遺伝子頻度」で重みづけして (お，妙な bias 補正が)， multilocus の場合はそれを足し算して， 距離の分散共分散行列 C つくって (これは個体内のばらつきと個体間のばらつきを表現)， ある個体間距離がある距離クラスの所属するかどうかの {0, 1} 行列 X つくって (対角要素は「枝」数) …… で， C と X の element-by-element 積の対角要素 (重みつき分散) でそれ以外 (重みつき共分散) を割ると， たしかに相関係数みたいな (文中にもあるような Moran's I みたいな) 数量がでてきますなぁ， と．
• だいたいわかってきたので， このあたり平尾君と議論してあれこれと確認． 後藤さんに相談のメイル書いてみる．
• 研究室ネット雑用 …… 研究室内のメイリングリスト関係， とか． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 68.4kg． 晩飯．
• 粕谷さんからまた欧州弱小国に関する雑談と言いますか 宿題と言いますか． ふーむ， ポーランド移民の子である ジョン・シャリカシュヴィリ 前統合参謀本部議長の父親の軍歴， ですか (wikipedia にそれなりに書かれているが) …… なんでこんなことを記憶しておられるんでしょうねえ ……
• なんとなく気になったので Amazon で War in a time of peace のペイパーバックを注文してしまった．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． ネギ・ショウガ・カジカの味噌汁．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 北大生協にぎり飯．
  • 晩 (2220): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・ニンジン・ネギ・煮干の煮物． キュウリ．