ぎょーむ日誌 2007-04-19
2007 年 04 月 19 日 (木)
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0830 起床．
コーヒー．
朝飯．
0945 自宅発．
晴．
1000 研究室着．
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トドマツ母子分布階層ベイズモデル原稿かきのつづき．
MCMC 計算の結果を読みこんで下のような Table
を自動生成する R
コードを書く．
うーむ，
これらのパラメーターの事後分布って，
95% 信頼 (信用) 区間ってわりとどうでもいいモノだなぁ，
という気がしてきた．
まったく無意味というわけではないんだけど．
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Figure legends 書き．
途中で昼飯．
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私担当の図表まわりがそろってきたので，
そのあたりながめつつ results 節かき．
積分計算してみたら，
「平均」散布カーネルの平均種子散布距離は
34 m だった．
左が母樹ごとの散布カーネルで，
右が事前分布で周辺化 (marginalized)
された散布カーネル．
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ぎょーむ日誌に図をはりつけてながめてるうちに，
なんとなく気にいらなくなったので (ということがよくある)，
描きなおしてみる．
ここでも先日「発見」した
破線詳細の lty 指定わざ
を使っている
(
lty = "42")．
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見ているうちにやはり気にいらなくなったので，
また描きなおす．
太い実線が「母樹 random effects ヌキ」
のいわば「平均的な」散布カーネルで，
破線がそれを母樹差事前分布で
周辺化してやった散布カーネル．
R + LaTeX の組みあわせのもとでのこの修正作業においては，
一度も電気鼠に触れずとも原稿ファイル中にうめこまれた
図がどんどん更新できるのである．
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results 節はやや長めの 2 パラグラフでとりあえず止まってしまったので，
このあたりの results にまつわる
discussion 節も書いてみる．
「個体差とか考慮してない今までの計算方法はインチキっぽい」
とかいう方向の作文はラクかつ安易ですなぁ．
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ひととーりうまってきた
……
けれど，
モデル説明まわりを discussion 節にあわせて補足したり，
モデル関連の文献をながめたり，
という作業はまだのこっている状態．
本日はここまでか．
2010 研究室発．
2030 帰宅．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.5 合．
キャベツ・ニラ・ニンニク・マイタケ・卵の炒めもの．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ワカメスープ．
- 晩 (2150):
米麦 0.8 合．
ネギ・ショウガ・カジカの味噌汁．
キュウリ．
