ぎょーむ日誌 2007-04-16

2007 年 04 月 16 日 (月)

• 0930 起床． コーヒー． 朝飯． 1110 自宅発． 曇． 1125 研究室着．
• 進捗の遅滞が (私の中で) 懸念されはじめたトドマツ母子分布モデルの原稿かき． とりあえず， ここまで書いたモデル節とモデル説明の Table の修正．
• 昼飯後は今までの作図プログラムを論文用に改造する作業．
• R の plot() や lines() 関数では lty = ... オプションでいろいろな線種 (line type) を指定できるんだけど， Paul Marrel さんの R Graphics 本ながめてると， 細かい「破線かすたまいず」ができるとわかった． Chapter 3: Customising Traditional Graphics の Figure 3.6 に示されているとーりなんだけど， lty = "11" とすると線長さ 1 + 空白長さ 1 の細かい点線になるし， lty = "99" とすると線長さ 9 + 空白長さ 9 のまのびした破線になる， と．
• で， その lty = "11" を指定して事後分布図を postscript() 出力してみたり．

• 「文字いれ」は 下のごとく LaTeX でやってる． R の text() & expression() わざでこういった文字かきこみはできるんだけど， $\bar{\theta_1}$ とかめんどうだよね．

\rightline{\bfseries \figPosterior\  b}
\begin{center}
	\setlength{\unitlength}{0.1mm}
	\begin{picture}(1270,1270)
		\sffamily
		\put(0,0){\includegraphics[width=127mm]{figure/post.dispersal.eps}}
		\put(0,1150){Seed dispersal}
		\put(0,1100){$\theta_1$: fixed effects}
		\put(0,550){$\thetaj$: random effects}
		\put(100,500){of mother three $j$}
		\put(1230,620){$\theta_1$}
		\put(1200,50){$\bar{\theta_1} + \thetaj$}
	\end{picture}
\end{center}

• 重要なのは， 元データ → ... (いろいろな作業) ... → 投稿用図版 にいたる工程の中に極力手作業をいれないことだ． たとえば上の図は WinBUGS のだした計算結果を R が load() して postscript() で図を生成． LaTeX がそれを読みこんで説明文字とか付加して PDF など投稿可能なフォーマットにしてくれる， というナガレね．
• このほかにも
  • 母樹ごとの種子散布カーネル
  • 周辺化された散布カーネル
  • 「大量『散布』者は遠方に子供を送りこんでない & 遠距離『散布』者は子だくさんでない」 データ図
  などなど， ひととーりできてたので 1900 研究室発． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• Vine Linux 4.1 化によって壊れた VMWare (いや， VMWare update 時にコワれたんだっけ?) にゐんどーづを再インストールする苦行． うう．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.5 合． ネギ・ピーマン・キャベツ・マイタケ・豚肉の炒めもの． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ワカメスープ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ホタテのワイン蒸し． コマツナあえもの． キュウリ．