ぎょーむ日誌 2007-04-26

2007 年 04 月 26 日 (木)

• 0830 起床． コーヒー． 朝飯． 0930 自宅発． 雨． 0945 研究室着．
• 上田研究室の石沢さんと サケ母川回帰 データこんさる． 豊平川・石狩川 合流点 付近とか調べたらどうでしょうねえ， というような． 途中， 上田さん自身がちょっと顔をだし， 最近の 論文 と総説一式いただいた …… ふーむ， 洞爺湖のサクラマスはいろいろ実験的に調べられたりしてるわけね． なぜか味の素株式会社提供の混合アミノ酸つかっておられるのがおもしろい．
• 統計学会連合大会 …… うーむ， 参加できるかどーかびみょうなところだ． 企画セッション とかベイズチュートリアルとかおもしろそうなんだけど．
• 仕事はかどらぬまま昼飯． 窓の外は依然として雨 …… とか思ってたら雪になりましたよ．
• 計算もとっくに終わり， モデルの説明などもひととーり書いてみてから， 種子散布文献よみ． 計算したうけ業者にはよくあることです．
• ともかく， よく知らないぎょーかいではぎょーかいなヒトたちのおすすめ文献とか まずは丁寧に読まなくては． いくつか丁寧に読めば， 「あとは同じ」とサトって速くながめることができたりする．
• で， Jones et al. (2005) を今さらながらゆっくりと読んでみた． ふーむ， ハナシの本筋にはあまり関係ないんだけど， たしかに

  We also used a compound distribution, the 2Dt as formulated Clark et al. (1999). The 2Dt is a two-parameter compound distribution meant to simulate the shape of a mixture distribution. It is Gaussian in nature but assumes Gamma-distributed Gaussian parameters.

  と書いてあるね． ならば …… おそらく 2Dt (二次元 t 分布) の two parameters とやらは Gamma 分布の shape & scale parameters ということになる …… Jones et al. (2005) は ややこしい統計モデリングやってるくせに 数式がひとつもないサビしい論文なのでそのように憶測．
• と書いてみてから， Clark 御大のことだからもっとヒネくれたことをやってるのでは …… と不安になったので， (これも今さらながら) Clark et al. (1999) のとりあえず数式部分だけを参照してみると …… ふつーに shape & scale parameter だった． ただしその導出はヒネくれというかきわめてまっとうというか 「正規分布の分散の逆数の共役事前分布はガンマ分布」 なる性質を悪用したもので， なるほどこういうふう定式化すればすっきりするね， と勉強になった．
• 御大の 2Dt とは異なり， こちらの富良野トドマツ母子分布の散布カーネルは 一般化線形モデル的な random effects パラメーターであることを強調するべく 「個体差」は対数正規分布 (log 世界での正規分布) な事前分布を使っている． これはこれで首尾一貫してると思う．
• で， もとにもどって Jones et al. (2005) はどちらかというとテクニカルぎみな論文 (数式がないにもかかわらず)， という気がした． まあ， 種子散布モデル (だけ) の推定結果とかにそう簡単に 生物学的な解釈とやらを与えられないのはいずこも同じ， とゆーことなのかもしれないけど． ここでは周辺化した二次元正規分布である 2Dt だけでなく 対数正規分布 + 対数正規分布といった 複合確率分布 (これはパラメーター数が増える ……) なんかも最尤推定されていて， めんどくさい AIC 計算とかもやっている．
• ところで， こういうふうに seed trap とかしかけまくる (BCI 50 ha 中に 200 trap!) ヒトたちって， trap 間の空間相関とか考えたりしないものなのかね?
• で， 次に Clark et al. (1999) にとりくんでみる． うう， 長い ……
• 途中で集中力がキレてしまったので， 気分転換に R 作図． 昨日の 「大量『散布』者は遠方に子供を送りこんでない & 遠距離『散布』者は子だくさんでない」 ハナシのつづきで， (昨日は Top3 だけ示してたけど) 本日は全母樹に関する子供数 vs 最大「散布」距離． 富良野トドマツはこういう不思議な「個体差」を示すわけだ …… この図も論文に使えるような気がしてきた．

• ただし昨日の図も必要． 昨日の図は 「使えそうな倒木を使っていない」 ことも示しているからね．
• 2000 研究室発． 2020 帰宅． 体重 68.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ， うんどうのタイミングが ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． チンゲンサイ・ピーマン・ブナシメジ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． インスタント味噌汁．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ニラ・ショウガ・ホタテの炒めもの． タマネギ・豆腐の味噌汁．