ぎょーむ日誌 2007-04-23

2007 年 04 月 23 日 (月)

• 0830 起床． コーヒー． 朝飯． 0945 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 朝からまた VMware にヤラれる …… Vine Linux 4.1 においては udev で boot ごとに毎回 /dev/ 以下を作りなおしてるみたいで， /dev/hda などが 600 になってると VMware は insufficient permission うんぬんとか言って動かないのである． そこでいささかザツな解決策ながら， 専用の起動スクリプトを作ってしまうことにして， VMware 起動前に毎回毎回 sudo chmod 660 /dev/hda* (これは乱暴すぎるのだけど) とすることに． とうぜん /etc/group は disk:x:6:root,kubo などと設定ずみ．
• てなソフトウェアに振り回されることばかりやってるわけにもいかないので， トドマツ母子分布の階層ベイズモデル論文の作文分担部分のつづき．
• 1500 ごろまでかかって， 母樹差 & 倒木差を考慮しつつ 種子散布 + 倒木上の実生生残を同時に推定する 階層ベイズモデルの説明をひととーり書きなおし． 北大構内昼飯調達の旅に出る． よーやく札幌も春というかんぢで． 研究室にもどって昼飯．
• 院生まんが PhD の 最新のもの (originally published 4/20/2007) は多くの院生たちにとって現実的に感じられる問題かもしれない …… まあ， 大学院という牢獄から脱出できたとしても， これってわりとありがちな状況ではあるんで， あなた一人がサビしい気分になる必要はあるまいよ． ふーむ， しかし 「吠えてる院生は『噛』かない」 とは何だか含蓄のある ……
• ここまでの作文のみなおし． いつものごとく， あちこちにひそんでいた頭痛モノの作文まちがい (のうち少なくともいくつかは) 修正してから make pdf でとりあえず版 PDF file 生成して， server に rsync してから富良野の後藤さんに「みてください」メイル送る．
• で， このあたりの文献よみでも， と思ったんだけど BibTeX の書式設定にはまりこんでしまった．
• 「また横道にばかり入りこんで……」 と思われるかもしれないけど， これはけっこう LaTeX 使いの皆さん苦闘されるところなのである． そして今回の投稿先は (共著者の皆さんによって) Molecular Ecology と決まってしまっていて， ですね． このぢゃーなるの書式はそこらで入手できる .bst (BibTeX style) ファイルとはかけ離れたものであり， Elsevier とは異なり Blackwell は bst file を提供しておらず， というめんどうな状況だ．
• 過去にもさんざん bst file では 苦闘ずみ してきたにもかかわらず， 今回のは私のハンパな bst 知識では太刀うちできぬ難問であるゆえ， 2004-02-23 (浦口さんカエデ論文のとき) には挫折した makebst.tex による bst file 半自動生成にとりくんでみたところ …… なンと! (いささか時間かかってしまったけれど) 今回はかなり使えるようになってしまったのである．
• まず makebst.tex の所在をさがす． tetex とかインストールしてるヒトなら slocate makebst.tex すればすぐに見つかるだろう …… 見つからんヒトは CTAN の custom-bib 一式を download & install してくだされ．
• makebst.tex の所在 (パス) を確認してから
  1. ptex (パス)/makebst.tex
  2. 30-40 個ぐらいある質問にひたすら答える: 知識力と観察力と注意力と決断力と忍耐力が ひたすら問われるもの， と覚悟されたい
  3. 質問に全部答えると (たとえば最終出力ファイル名の語幹を moleco と回答していたなら) moleco.dbj というスクリプトファイルが生成されるんだけど， 質問の一番最後に「スクリプト実行しますか?」 という質問には y と答えてしまうので， moleco.dbj の存在知らぬままこれを実行してしまうことが多い
  4. moleco.dbj が moleco.bst を作るので， それを LaTeX file から \bibliographystyle{moleco} てな具合に使ってやる
  さて， 問題は 2. の「質問に答える」部分だ． 私は絶大無比の確信をもって断言しちゃうけど， この嵐のごとき質問ぜめへの回答は何べんくりかえしえても 必ずどこかでまちがえる ものであり， もし重要な質問でしくじっていれば思いどおりの bst file は生成されないのである．
• そして bst file が間違ってるかどうかは全体を make して dvi などの出力をみるまでわからない． そしてまちがっていたからといって， 上述の 1. からやりなおすのはまさに無間地獄というほかない ……
• この悪しき状況における必勝の手順はひとつしかない …… ハナシは簡単で上述の 3. で makebst.tex によって生成された (あなたカスタマイズな bst file 生成スクリプトである) moleco.dbj を改造するのである! つまり全体の流れ

  	makebst.tex → moleco.dbj → moleco.bst
  

  のまん中を撃つ， よろしいか， makebst.tex にもどったりあるいは moleco.bst を改造するのは苦労多いばかり， それに対して moleco.dbj の改造はぜんぜんラクですよ， ということだ．
• なんとならば moleco.dbj の内部をのぞいてみればわかるように， moleco.dbj は (BibTeX とその周辺ツールとは信じられぬほど) 読みやすいものになっている． たとえば

  Clark JS (2003) 論文名 ...

  としたかったのに

  Clark JS (2003). 論文名 ...

  となる bst file moleco.bst が作られてしまったとしよう． このとき moleco.dbj を開いて， 当該箇所をさがしてみると

  %DATE PUNCTUATION (if date not at end)
      %: (def) Date with standard block punctuation
  % yrp-col,%: Colon after date
  % yrp-semi,%: Semi-colon after date
  % yrp-per,%: Period after date
  % yrp-x,%: No punct. after date
  

  このあたりがアヤしいとただちに見当がつく …… つけられるぐらいコメントが充実しているのである． コメントアウトの位置を下のように変えて

  %DATE PUNCTUATION (if date not at end)
  %   %: (def) Date with standard block punctuation
  % yrp-col,%: Colon after date
  % yrp-semi,%: Semi-colon after date
  % yrp-per,%: Period after date
    yrp-x,%: No punct. after date
  

  moleco.dbj を保存． ptex moleco.dbj で修正された moleco.bst が生成される …… というふうに試行錯誤すればよい．
• ただし最初に作った moleco.dbj があまりにもへっぽこな場合には moleco.dbj の大改造も大変だろうから， おとなしく ptex makebst.tex つまり工程 1. にもどったほうがいいね．
• というかんぢで， moleco.dbj の修正を試行錯誤してできた Molecular Ecology 用の moleco.bst つかった出力はこうなる． BibTeX において重要なのは 「たいていのぢゃーなるの参考文献書式は必ずや bst 設定だけで出力できるハズ」 との確信をもつことである (いろいろな学問分野でその実績もあるのだから)．

• ここでの bst file である moleco.bst は直接いじらないほうがよい， と書いたけど， 残念ながら直接テをださねばならぬこともある． たとえば私は note item によけーなコトを書いたりするんだけど， これは Reference 中には表示しないでほしい， と． この変更は moleco.bst を開いてみると， moleco.dbj がつくった bst file はできあいの bst file に比べて やや読みやすいとわかるだろう． note まわりはこうなっていて，

  FUNCTION {format.note}
  {
   note empty$
      { "" }
      { note #1 #1 substring$
        duplicate$ "{" =
          'skip$
          { output.state mid.sentence =
            { "l" }
            { "u" }
          if$
          change.case$
          }
        if$
        note #2 global.max$ substring$ * "note" bibinfo.check
      }
    if$
  }
  

  これをたとえばいささか乱暴にこのように改造すればよい． 上の出力はこのように改造された moleco.bst で生成したものである．

  FUNCTION {format.note}
  {
   note empty$
      { "" }
      { "" }
    if$
  }
  

• さてさて， もうひとつ重要なのは 本文中の引用箇所の書式 である …… これは bst file ではなく， 本文 LaTeX プリアンブル中の bibpunct によって決着をつけるべき問題 (というか bibpunct 含む natbib であつかうべき問題) である．
• ぎょーむ日誌 2003-11-12 でも言及してるけど …… 要するに default の bibpunct は

  \bibpunct{(}{)}{;}{a}{}{,}
  

  となっているから引用が (Clark, 2003) といった書式になってしまうのであって， これを (Clark 2003) としたければ

  \bibpunct{(}{)}{;}{a}{}{}
  

  とすればよいだけなのである． ただしこの宣言の前に \usepackage{natbib} が必要である． すると本文出力はこうなる (ただし， ちょっとややこしいことに et al. を斜体にするかどうかなどなどは bst file が定義している)．

• まあ， いろいろと紆余曲折はあるにせよ， bst file がわりと自在に生成できるような気がしてきた． 現時点では @Article{ ... }, @Book{ ... }, @Manual{ ... } の出力しか確認してないけど Molecular Ecology 用 bst file 例 moleco.bst はこういうかんぢで． 問題あれば moleco.dbj 修正してより良い bst file 生成できるはず．
• 2110 研究室発． 2125 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): シリアル． イチゴ.
  • 昼 (1520): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． フリーズドライ卵スープ．
  • 晩 (2210): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ニンジン・興部ソーセイジの煮物． コマツナのゴマあえ．