ぎょーむ日誌 2008-04-(01-10)
2008 年 04 月 01 日 (火)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
シャワーあびたりしつつ，
昨日の査読はどうしたもんだか，
とかんがえてみる．
一晩ねてみたら少しはアタマの中が整理されてきたのか，
なんとかなるような気がしてきた．
0940 自宅発．
曇．
やや寒い．
0955 研究室着．
-
しかし午前中は天塩川モデリングの勉強とメイル書きでほとんどオワってしまった
……
-
さっさと査読ぎょーむのつづきを，
と思ったところでまた陸水メイルなどもらった．
ちょっと教科書などながめてみるべきかと思って，
北大構内徒歩の旅にでてみる．
曇天．
風つよく寒い．
北大図書館で入門書を 4 冊ばかり借りてみる．
ついで北大生協で昼飯の調達．
書籍部にもいってみたけど，
何も買わず．
研究室にもどって昼飯．
-
北大・環境科学院の不人気ぶりに関する事務なメイル．
へー，
「起学」って充足率なる割算値が生物圏よりひくいんだ．
最初に設定した定員数が楽観的すぎたんじゃないのかしらん?
平成19年度博士前期課程定員充足率90％以下
起学87.0％、地球77.3％
平成19年度博士後期課程定員充足率90％以下
起学40.0％、地球62.2％、生物85.5％、物質63.6％
査読報告かきは終わらず
……
1925 研究室発．
あいかわらず強風 & 寒い．
1940 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
うーむ
……
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.5 合．
豆腐・ワカメの味噌汁．
コンブのあえもの．
- 昼 (1410):
研究室．
北大生協サンドイッチ．
リンゴ．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
豆腐・ワカメの味噌汁．
コンブのあえもの．
2008 年 04 月 02 日 (水)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
晴．
しかし気温は低い．
道東では 70 cm をこす積雪になっている，
とか．
0935 研究室着．
-
本日は小山さんとサロベツ草本のバイオマス分割問題にとりくむ．
苫小牧・屋久島の稚樹で同様の問題をあつかった田辺さん BUGS code
を流用
……
しかし大幅な改訂を強いられることに．
-
午前中にひととおりできたのでいったん休憩．
昼飯．
-
午後もいろいろと改良つづく．
MCMC 計算の収束がよくない．
-
MCMC 収束改善のカギは「個体差のばらつきパラメーター」のいれかたにあった．
つまり個体差を
tau[分割の種類]
とするとうまくいかず，
下の図のごとく
tau[分割の種類, species]
とするとうまくいく，
と．
-
うーむ，
新 M1 がうろうろしてるな
……
そして
北大ネットペイジ
(このペイジはホントに恥さらしだと思うのだが)
によると，
メイルアカウント申請には
iiC-ID (情報基盤センターID)
なるものが必要であり，
これを申請するためには「学生番号」が必要である，
と．
つまり入学式以降でなければメイルアカウントは作れません，
ということのようで．
-
そして名前は変わっても以前とかわりなく，
iiC-ID なるものは紙きれを提出することによってしか取得できないのである．
-
そして本日も査読は終わらなかった
……
1930 研究室発．
1945 帰宅．
-
うーむ，
仕事がススまない
……
-
[今日の運動]
-
うーむ
……
そうそう，
寝る前にかなりストレッチを
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1230):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
海藻スープ．
- 晩 (2200):
米麦 0.8 合．
ネギ・卵の炒めもの．
2008 年 04 月 03 日 (木)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0855 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
-
0930 より研究院の教授会．
結局のところ，
これは出席してなくても不幸なぎょーむを押しつけられるたぐいのものではなかった．
しかし 1.5 時間にわたって査読すべき原稿の再チェックと
査読報告書のメモをつくることができたので，
まあ有益だった．
-
ということで，
不幸な気分は依然として継続している査読報告書かき．
投稿．
一件落着．
やれやれやれ．
時刻はすでに 13 時ちかい．
うう．
-
新 M1 たちの座席とりどたばたにまきこまれる．
A801 が満室状態．
新 M1 たちは A801 が西日のあたる部屋だとは知らないからな
……
ともかく A802 に M2 とかを動かすことに．
いやはや．
昼飯．
-
昼飯後も原稿よみ．
今度は鍋嶋さんの苫小牧樹木直径成長の再投稿原稿．
(もちろん，ええ，もちろん)
よむのはいいんだけど，
「天塩川モデリングはどうなってます?」
その他といったメイルがきそうでコワい．
明日は帯広出張で不在だし．
-
日没ごろ原稿よみ終了．
「読みました」
メイル．
あいかわらず原稿よみ速度がおそい．
-
天塩川問題に少しとりくんでみる．
しかし地図をみたら小さな支流がたくさんあったのでイヤになってしまった
……
-
明日の予習，
以前につくった十勝平野の樹木開花モデルをみなおしてみる．
なンとこれは昨年 7 月はじめ
(2007-07-02)
にやってた計算なんだよね
……
-
2000 研究室発．
2015 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
えーい，
今日は何だかとびこみなデータ解析こんさるメイルが多いなあ．
-
明日は帯広畜産大に日帰り出張．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1310):
研究室．
米麦 0.6 合．
なんだかお茶部屋がこんでいるので．
- 晩 (2100):
米麦 0.7 合．
ダイコンの味噌汁．
コマツナ・油揚の煮物．
カレイ．
2008 年 04 月 04 日 (金)
-
0650 起床．
今日は帯広畜産大の紺野さん研究室ひがえり出張．
朝飯．
コーヒー．
0740 自宅発．
雨．
0747 JR 札幌駅着．
JR 北海道のサイトであれこれ予約してたんだが
……
「みどりの窓口」区画内に受け取りの端末がある，
とわかった．
クレジットカードさしこむと発券．
帯広往復で 12000 円ほど．
-
0802 とかち 1 号で札幌発．
車内で本日の予習，
すなわち十勝平野に点在する広葉樹分断林の開花状況の観測データ
とそのモデリング
(その試作版)
を見直し，
佐藤さんの修士論文をよみなおす．
-
1042 JR 帯広着．
今日の開花モデリング会議に参加してくださる田代さん
(九大の足寄演習林)
が
1105 紺野さんの研究室着．
この 1F に紺野さん研究室があります．
-
紺野さん，佐藤さん，田代さんと私の 4 人で十勝平野分断林の
広葉樹開花時系列データのモデリング相談．
これまでのモデリングの確認とか．
-
皆で昼飯にでる．
晴カフェ
(はるかふぇ)
に行こうとしたら「本日貸切」だったので，
大学の近くにもどって
飯床路
(いいところ)
へ．
とてもすばらしい昼ごはんでした．
-
午後は，
昨年 7 月に作った私のプロトタイプモデルをもっと複雑にする相談．
うーむ，
難問はいろいろありそう
……
-
場所差・年差と樹種差の関係
……
まああまり考えたくない
-
D-H な問題
……
これはぜったいに考えたくない
-
種特性 (← うさんくさいね)
として繁殖確率 50% サイズを使い，
これと明るさ依存性パラメーターの事前分布として
二次元 (二変量) 正規分布を使い，
相関係数の事後分布を推定する
-
ちかごろの帯広お菓子屋さんウワサによれば，
六花亭がテをひろげすぎて苦闘していて，
柳月
ががんばっている，
とか
……
いったハナシをうかがいつつ，
柳月のお菓子をいただいた．
-
17 時前に終了．
また田代さんに駅まで送っていただく．
どうもありがとうございます．
-
帯広駅周辺内外をうろうろしてから
(駅前になぜかすごく立派な市立図書館が!)，
1746 JR 帯広発．
晩飯．
2015 JR 札幌着．
2030 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1220):
昼定食のひとつ，
味な盆盛り十品．
デザート & コーヒーもつく．
ケイキはサクラの塩づけのはいったシフォンケイキ．
- 晩 (1820):
JR 帯広駅の
豚はげ
のもちかえり豚丼．
950 円．
帰りの JR 特急車内で．
2008 年 04 月 05 日 (土)
-
0840 起床
……
よくねた．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
いやはや，
怠業ばかりしてる場合でない，
と正午すぎにようやく動きはじめる．
部屋の中をちょっとそうじ．
すでに窓をあけてそうじしてもそんなにツラくない気温に．
昼飯を食べようとしたけど何もないので，
またイソップパンに買い出しに
……
と思ったら，
なぜかしら 13 時すぎなのに店外まで長蛇の行列になっている
……
ここは人気の店なのに店舗面積がすごく狭いのである．
行列にならんだあげくに通勤時間の東京の電車みたいな店内に突入するほどの
きあいが本日は欠けていたので，
もうちょっと歩いてもりもとへ．
こちらはパン売り場はすいてた．
帰宅して昼飯．
-
1500 自宅発．
曇．
1515 研究室着．
-
佐竹さんと共同研究 (?) してる大学院生で，
しばらくこちらに滞在するアントニオのネットワークプリンター設定．
幸か不幸か，
びすたになってもゐんどーづのプリンター設定は改良も改悪もされてないよーで．
-
なぜか返信すべきメイルがいろいろ蓄積してますよ
……
-
かなり処理してみたんだけど，
全部は無理だった．
1910 研究室発．
佐竹さんの院生であるアントニオ
(ポルトガル人でスイスの大学院生)
を晩飯につれていくことに．
この時期，
土日は北大生協は晩飯を供給してないらしく，
しかも院生たちは多忙のようなので．
地環研ちかくの
「ねこや」 (北 12 西 4)
でモデリング雑談しながら晩飯．
2030 帰宅．
-
またメイル書きとか．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1330):
もりもとのサンドイッチ．
- 晩 (1930):
「ねこや」のポークソテー，
オレンジソース．
2008 年 04 月 06 日 (日)
-
0930 起床．
なぜか眠い．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
また正午すぎになってしまった
……
いやはや．
ちょっとうんどう．
体重 70.6 kg．
昼飯．
-
1440 自宅発．
晴．
1445 研究室着．
-
ふーむ，
これが岩波書店理系書籍用 LaTeX スタイルファイル
……
-
データ解析こんさるメイル書き．
-
また別の下うけ，
なぜかまた苫小牧シウリザクラの再計算．
うーむ，
いろいろとヤル気を減退させてくれるぽいんとが
……
-
ふーむ，
JavaScript による spam ロボット対策
(spam 用メイルアドレス収集ロボットよけ)
か
……
これはまあ有効な方法だと思うんだけど，
ロボット側が JavaScript を読むことできればぜんぜん機能しないわけで．
たとえば Perl の CPAN
(Comprehensive Perl Archive Network)
にはすでに
JavaScript
なる Perl extension for executing embedded JavaScript なるモノが含まれていたり．
私が悪の cracker でスパム用ロボットを作るなら
とうぜんこの
use JavaScript;
な Perl スクリプトを書くけど．
-
で，
シウリザクラ最尤推定プログラムの Perl code に苦闘させられている．
これは 2003 年に作られたもので，
当事は R で最尤推定の関数を書けなかったので Perl
になってるわけだが
……
そもそもこんなオス親成功評価モデルとか今さら古くて使いたくないといったんだが，
まあよくわからん理由で再計算させられることに．
しかもシウリザクラ論文で使ったデータとは異なる書式・内容となっていて，
ですね．
-
ひさしぶりの Perl プログラミングで，
どーにかこーにか再計算終了．
時刻はすでに 2030 すぎ．
やれやれ．
ともかく関係者に計算できたダウンロードしてください連絡メイル．
-
またメイル書きとかやって，
2110 研究室発．
2125 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1330):
米麦 0.7 合．
ピーマン・牛肉の炒めもの．
レタス・ダイコンのサラダ．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
ピーマン・牛肉の炒めもの．
レタス・ダイコンのサラダ．
2008 年 04 月 07 日 (月)
-
0830 起床．
うーむ．
朝飯．
コーヒー．
天塩川モデリングの検討に没頭してしまった
……
1010 自宅発．
曇．
1025 研究室着．
-
うーむ，
シウリザクラ再々計算の依頼が
(やはり Cervus の使いかたに個体差がありましたか)
……
しかし天塩川モデリングは水曜日ぐらいまでにやらねばならないので，
苫小牧な計算はあとまわしに．
-
苫小牧といえば，
鍋嶋さんたちと苦闘した
苫小牧直径成長解析論文，
再投稿しましたとの連絡いただく
(もう一方の大仕事も順調に進行中とのこと)．
無事にススみますように
(祈)．
-
天塩川データの整理にまずとりくまねば
……
ほーら，
Nina さんから「どんなぐあいですか?」メイルがどしどし
……
-
水量とイオン濃度のデータの
RData
化ができたのでひと休み．
昼飯．
-
昼飯後は一時間ほど佐竹さんと遺伝子発現モデルの相談．
うーん，
これってば一個体から何度もデータとってるし，
かなりあからさまに時系列な効果ありそうだし，
内部状態をもつわけで
……
ということでこれまたセンをひっぱるハナシではなく，
一般化状態モデルつまり例の
ウミガメ上陸数モデル
ごときモノにしちゃったほうがのちのちのためでは
(ヒストンまきつきぐあいだのメチル化の rate だのがわからなくたって，
発現量とてもちの環境データから作れるし)，
という方向に流れていってしまった．
まあ，
佐竹さんだってこんなことばっかりやってる
Otter Nordal Bjørnstad
の研究室にいたもんだから，
いまさらかかる統計モデルぐらいでは驚かないわけで．
-
とはいえ，
他のヒトたちの御意向もとうぜんながら重要だし，
私は天塩川水中ぶくぶくモデリングと石狩浜アリ論文
(+ 帯広樹木開花モデル + 屋久島葉寿命モデル論文かき?)
でクビがまわらないし
……
で少なくとも月末まで何も動きがなさそうな状況に．
-
ところで，
「誤差」がどのように PCR で増幅されるのか，
だれか研究してないかしらん?
-
天塩川データ整理にもどる．
Land-use & land-cover．
-
……
で，
チカラつきてしまった．
1855 研究室発．
1910 帰宅．
晩飯の準備．
ですからウチは TV ありませんってば，
と「ビデオリサーチ」なヒトをおいかえしたんだけど，
名前と住所と「TV ありません」にチェックしたら粗品のシャーペン
わたされてしまった．
晩飯．
-
天塩川のつづきをやろうとしたんだけど，
なぜか着手できづ．
-
land use の行列計算だけちょこっと．
明日はこれらの部品をくみあわせて階層ベイズモデリングすればよろしい
……
しかし水中ものデータの統計モデリングというと
(昨年 2 月の 豊平川アミノ酸モデル
のごとく)
苦労ばかりで何もわからず，
てな悲劇的というほかない結末になっても何の不思議もないような
……
-
じつは今から作ろうとしてる，
水量変化を考慮しつつ上流から下流への水質変化をあらわす
階層ベイズモデル，
かなり素朴かつそれゆえに正しいもののように思えてきた
……
すくなくとも河川な研究室なんかで
「なんとなく，これでいいでしょいいでしょ」
てなふうに使われてる (らしい)
「測定機械が吐きだした水質割算値の応答変数」
~
「GIS ソフトウェアが吐きだした土地利用の割算値の説明変数」
などとしちゃってる奇怪きわまりない重回帰なモデルよりは．
-
河川にそった観測区間ごとの水量の変化は本質的に重要なんだけど
(これは陸から河川に流れこむ溶質量が
地中溶媒流量に比例するという単純なモデルであっても)
……
とうぜんながらこのように溶質・溶媒の変化の詳細を押さえた
河川水質変化モデルなんかも存在するはずなんだけど
(しごくあたりまえな思考の産物なんで)，
そういうのはなぜか普及していない，
ということなのかしらん?
私のさがしかたがたりないのかな．
-
そして真夜中になっても地環研 web サイトをめぐるあやしげな
メイルがびゅんびゅんとびまわってますよ
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1410):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
海藻スープ．
- 晩 (2100):
スパゲッティー．
ハクサイ・ネギ・サバのシチュー．
ダイコンのサラダ．
2008 年 04 月 08 日 (火)
-
0820 起床．
いかん，
生活周期が
……
0835 自宅発．
晴．
0850 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
さっさと天塩川モデリングを終わらせよう，
という願いもムナしく，
朝からわけのわからぬコトばかりにまきこまれる．
-
シウリザクラ再計算，
けっきょく今やらねばならないことに．
これは森君から送られてきたファイルにおいて，
親樹ファイルと親子関係ファイルそれぞれにおいて樹木 ID のつけかたが
(しかも部分的に!)
相違してたため．
そのあたりを修正する一行を追加して，
再計算．
-
しかしこの再計算もアヤしい，
とわかった．
まあ，
先月投稿した計算はいつでも復旧できますから，
とこれは放置することに．
-
富良野トドマツ原稿の印刷作業において，
なぜかしら図表を EPS file にしろとかいう指示がきたので，
3/21 (金)
と同様に
ps2epsi をつかって問題解決．
アップロード & メイル連絡．
-
北大ネットにおいてメイルアカウントを取得する方法が複雑怪奇化しました，
との連絡
- メールアドレスを取得する場合、まずは「iiC−ID」というIDを取得する必要があります。
- このIDを使って情報基盤センターポータルページというページにログインし、そこでメールアドレスを取得する事となります。
- メールアドレスの取得を希望する者（iiC−IDの取得を希望する者）は、「iiC−ID発行申請書」に必要事項を記載し、会計担当に提出します。
- 後日、情報基盤センターから「iiC−ID」が発行され，学内便で届きます。
- 「iiC−ID」を取得後，情報基盤センターポータルページへログインし「HINES申請登録手続き」からメールアドレスの申請を行います。
をウケて明日のガイダンス (ちゃんとやるのか?)
にそなえて申請書類準備
……
北大の計算機いんふら部門も
「うちの『すぱこん』がんばってます」
とか無駄すぱこん延命のためだけの宣伝やってないで，
このあたりの申請をオンライン化しろよ．
-
むろんこういうぎょーむ効率化ソフトウェアを開発する能力の獲得，
なんて無理難題は北大の場合だと今世紀中の解決は不可能だろう．
で，
外注になるわけだけど，
ハードウェアの発注にくらべて自分とこ専用ソフトウェアの発注というのは
ケタちがいに難しい (アタマを使う) 仕事なんだよね．
ぎょーむの流れとやらをいったん抽象化つまりモデル化して，
モデルを検討してから，
さらにまた具象化しないといけない
(そしてこれをひたすらくりかえす)．
これがなかなかできないんだろうなぁ
……
-
いかん．
こんなことやってるとすでに正午前だ．
-
圧迫感のある天塩川モデリングにとりくむ．
いや，
モデリングじたいはおもしろいと思うんだけど，
結果がどうなることやら，
というかんじで．
「土地利用の効果なんてこのデータからは何ともいえません」
てな結果になったりしたら
……
でもこれがありそうな結果なんだよね．
-
で，
前準備として昨日
RData
化したデータのパーツを本日はさらに統合して，
と
……
-
どうでもいいけど，
天塩川の情報に関して，
北海道開発局の
河川ポータル
だけでなくその下部組織である開発建設部，
すなわち上流の
旭川開発建設部，
下流の
留萌開発建設部，
これらぜんぶがばらばら体裁の天塩川ペイジを準備してるってのは
かなり効率わるいような．
少なくともおカネはかなり無駄に使われてるのはまちがいあるまい．
印刷物なんかも二重・三重につくられてるんだろうなあ
……
-
ふーむ，
統合してみると今回使えるデータはこれだけか．
まあ，
よくも悪くも MCMC 計算は速くてたすかるかも．
st date NO3.N NO2.N NH4.N PO4.N wf length lulc.2 lulc.4 lulc.5 lulc.7 lulc.8 lulc.10
1 st.1 2006-05-11 NA NA NA NA 164.16 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
2 st.2 2006-05-11 0.280 0.020 0.110 0.002 NA 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
3 st.3 2006-05-11 0.380 0.040 0.090 0.040 197.35 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
4 st.4 2006-05-11 0.350 0.020 0.070 0.030 696.74 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
5 st.5 2006-05-11 0.320 0.020 0.070 0.002 1385.28 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
6 st.6 2006-05-11 0.220 0.020 0.040 0.030 2091.73 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
7 st.7 2006-05-11 0.200 0.020 0.030 0.030 1848.85 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
11 st.1 2006-07-27 NA 0.001 0.010 0.002 5.33 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
12 st.2 2006-07-27 0.139 0.001 0.010 NA 16.92 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
13 st.3 2006-07-27 0.248 0.012 0.040 0.019 4.69 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
14 st.4 2006-07-27 0.270 0.010 0.010 0.020 32.88 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
15 st.5 2006-07-27 0.195 0.005 0.000 0.013 49.06 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
16 st.6 2006-07-27 0.204 0.006 0.020 0.018 68.22 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
17 st.7 2006-07-27 0.264 0.006 0.050 0.014 415.32 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
21 st.1 2006-10-23 0.129 0.001 0.011 0.000 9.80 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
22 st.2 2006-10-23 1.536 0.002 0.000 0.001 3.04 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
23 st.3 2006-10-23 0.747 0.006 0.019 0.000 11.03 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
24 st.4 2006-10-23 0.460 0.008 0.030 0.000 29.27 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
25 st.5 2006-10-23 0.451 0.003 0.000 0.000 82.84 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
26 st.6 2006-10-23 0.383 0.003 0.000 0.001 128.00 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
27 st.7 2006-10-23 NA NA NA NA 160.76 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
31 st.1 2006-12-25 0.185 0.001 0.000 0.000 2.28 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
32 st.2 2006-12-25 0.216 0.001 0.009 0.000 14.14 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
33 st.3 2006-12-25 0.848 0.007 0.779 0.000 15.79 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
34 st.4 2006-12-25 0.522 0.006 0.278 0.001 39.72 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
35 st.5 2006-12-25 0.428 0.004 0.177 0.001 53.78 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
36 st.6 2006-12-25 0.398 0.004 0.127 0.002 NA 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
37 st.7 2006-12-25 0.386 0.004 0.142 0.003 153.49 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
えーい，
水量のモデリングがやっかいだな．
めんどうなのは上流にくらべて下流の水量が少ない場合だ．
えーと，
単純に考えた場合
……
ある区間における水の追加は常にプラスだとすると，
水量が少なくなるのは流速の低下によるものだということになる
……
いかん，
そうなると水体積・流速の両方を考えないといけなくなってしまう!
流速のデータはたしかなかったはず．
では，
もひとつの単純化として，
流量の低下は (地中に水が消えたりしたことにして)
水体積は減ったけど流速はつねに一定みたいに考えてみると
……
これはその区間における水追加量があたかもマイナスであるかのようになるから，
となってしまうからまずいなあ．
では追加はつねにプラス，
ある流量をこえると地下にもぐる消失がでてくる，
と考えてみるかな?
よくわからぬまま昼飯．
「明日の新歓こんぱは 7000 円しはらってください」
予告が．
よくわからぬ場合は，
というか「よくわかっている」と錯覚している場合であっても，
統計モデリングにさきだって図をいろいろ作ってみないといけない．
こういう場合，
library(lattice)
は便利だ．
しかしめんどうなところもある．
こういう流量変化の図はまだぜんぜん簡単で，
xyplot(log(wf) ~ as.factor(st) | date, data = d, type = "b")
と命じるだけでいい．
-
さてさて
……
まあ，
対数流量でみた場合，
おおざっぱには上流 < 下流とみればよいわけで
……
水量の変動がハゲしいところはアテにならない推定しかできない，
と．
-
ついでに他のデータも図にしとくか．
測定機械のはきだす割算値はこう．
R 作図コードはめんどうなものになってしまう
(ion08.R)．
library(lattice)
の呪いというほかない．
-
しかしまあこの割算値だけ見てても何も見えないね
……
濃度と水量の積はこう．
まあ，
いわばこの増加をモデリングせんといかんわけだが
……
-
しかし，
この土地利用様式とやら
(下の図は GIS 割算値そのまま)
でそれが説明できるのかねえ……?
-
上の作図コードは
barchart(
X200m ~ as.factor(sam.site),
groups = LULCtype,
data = dl,
stack = TRUE,
col = rainbow(9)
)
てなかんじで．
-
ともかくあれこれ作図してみて，
モデリングにとりくもうか，
という気分になってきた．
「推定計算してみたけど何が影響してるのかまったく不明」
という結果になってもおどろかないカクゴができたので．
水量は下流にいくほど単調に増大していることにするか．
-
とりあえず水量変化だけ
のモデルを作ってみる．
いっぺんに全部つくったりしたらアタマがめちゃくちゃになるからね．
-
水量モデル，
とにかく情報がないので
(集水域の面積とかはあるけど何の役にもたたぬところがポイントだ)，
無情報事前分布なモデルになりましたよ，
と．
データ少ないくせに 4000 MCMC step でもまだ十分に収束してない
(とくに deviance)．
-
原因はいつものごとく，
「測定時 (今回だと水量の測定) における測定誤差がわかりません」
にあるとわかった．
この測定誤差はキメうちでてきとーにやるしかない．
水量測定の SD は 10 m3 ぐらい，
とかでたらめに決めてやると，
まあまあ収束した．
いやはや．
-
これで水の動きはいちおーモデリングできたことになるので，
ここに 4 種類のイオンなんぞを混ぜこんでやればよろしい，
ということだ．
イオン供給量は land use で決まります，
と．
-
数時間ほど試行錯誤すると，
とりあえずの結果が
……
-
うーむ
……
-
硝酸 (NO3) とアンモニウム (NH4)
イオンのみモデリング，
亜硝酸 (NO2) とリン酸 (PO4)
イオンは濃度が低すぎるのかモデリングできず
-
データが少ないので計算は速いけど，
収束はまだまだ
-
土地利用は
……
よくわからず，
まあ順当にというか森林があるとイオン濃度は低めになるかも?
といった傾向があるよーなないよーな
……
-
チカラつきたので撤退．
2110 研究室発．
2125 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
研究室．
シリアル．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ハクサイ・ネギ・サバのシチュー．
- 晩 (2210):
米麦 0.8 合．
モヤシ・煮干の味噌汁．
キャベツ・ショウガ・卵の炒めもの．
2008 年 04 月 09 日 (水)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0855 自宅発．
晴．
今日も気温が高い．
0910 研究室着．
-
天塩川モデル改良のつづき
……
いろいろヒネくってみたんだけど，
抜本的には良くならない．
つまりこの観測データセットに含まれる情報を使って，
土地利用とイオン濃度の関係について明確な説明は不可能，
といったところかな?
推定計算については 40000 MCMC step で 200 秒弱
(BUGS code
と 事後分布表)．
-
甲山さんが風邪で休みなんで
(というか事前に何もきめてなかったので)，
新入生説明会まわりのごたごた
……
-
1330 ごろから生物圏科学専攻 4 人 M1 へのガイダンス
(起学はまたべつの場所でやってる)．
まあ，
なんとかなった．
ついでに年に一度の「安全」 poorpoint file 上映会，
すなわち
北大の安全管理の委員会
が作って配布して視聴を義務づけられてるモノ．
-
1500 ごろ終了．
起学方面もフォロー．
-
天塩川モデル作業のつづきに復帰．
Nina さんへの「とりあえずのモデル」 & その結果の説明かき．
この作業はいつもながらしんどい．
1750 ごろ送信．
今日中になんとかなった．
ちょっと肩の荷がおりて，
脱力．
-
脱力しつつ，
さてさて次は何をしなければならないんだろう
……
と検討してみたのだが
……
意外と，
かつよーやくにしてアリ論文のつづきにとりくめるような気がしてきた．
ただし，
現状で放置してるモノとしては，
-
塩寺さん宿題，
熱帯山地林樹木の再計算
-
シウリザクラ再計算の結果の検算?
-
その他?
なんかあったかな?
があることをド忘れせぬように注意する必要あるけれど．
-
まあ，
そろそろ着手しないとアブない，
ということでアリ論文．
論文作業再開といっても何もハナバナしいことなどなく，
アタマの中から揮発してしまった自分の作文とかアリ文献なんかの読みなおし
といった地味な作業がつづくことになりそうだ．
というか，
そもそもどこに何があるのかわからなくなったアリ文献の山を整理しないと
……
えー，
あり文献，ありぶんけん
……
-
いや，
統計モデルはアタマに入っているんですけどね．
先月の福岡大会でポスター発表したから．
しかし，
そもそもどういうぢゃーなるに投稿しようと考えていたのかも忘れてしまいましたよ．
いやはや．
-
1850 研究室発．
「松」で新歓こんぱ．
2245 帰宅．
-
[今日の運動]
-
うんどう休養日つづく
……
「久保さん，最近うんどうしてないんですか?」
と聞かれてしまった
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.4 合．
モヤシ・煮干の味噌汁．
キャベツ・ショウガ・卵の炒めもの．
- 昼 (1240):
研究室．
米麦 0.6 合．
にぎり飯．
- 晩 (1920):
北大正門前の「松」
で新歓こんぱ．
2008 年 04 月 10 日 (木)
-
0830 起床．
うーむ．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
0945 研究室着．
-
以前に送信したデータ解析こんさるメイルでロジスティック回帰
glm(cbind(応答した数, しなかった数) ~ ..., family = binomial)
と書くべきところをまちがってたことに気づいたので，
あわてて訂正メイルかき．
-
そして，
アリ論文のつづき
……
にはとりかかれず，
天塩川わーるどにもどされる．
河川水質学に関して私を指導する大学院生 Nina さんから
reading assignment (論文よみ宿題) を出されたからだ．
モデル屋稼業は客商売であり日々勉強でもある．
-
……
いかん，
関係ないメイルかきに時間をつかってしまった．
-
論文よみ宿題，
King RS, Baker ME, Whigham DF, Weller DE, Jordan TE, et al. (2005) SPATIAL CONSIDERATIONS FOR LINKING WATERSHED LAND COVER TO ECOLOGICAL INDICATORS IN STREAMS. Ecological Applications: Vol. 15, No. 1 pp. 137-153
(url)
なる課題なのだが，
まあつまりは
-
土地利用には空間相関がある
(スケイルにもよるけど，
これはとうぜんそうでしょう，
相関なければランダムぱたーんだよね)
-
空間相関あるから各要素の影響を独立に推定するのは難しい
-
土地利用の割算値だけ見ててはダメで，
地上・地下水が「地図上のどこをとおるか」
(つまり土地利用の空間配置)
が重要
といったことで．
-
天塩川モデリングに関しては私のてもとには集水域の地図はないし，
あっても上述のごとき精密モデルからパラメーター推定できるほど観測データがない
……
上のような推定をやるためには川にそってぽつぽつとサンプリングしていてはだめで，
もっと二次元的にあちこちの水をくんでくる必要がある．
-
まあ，
ともかく天塩川モデルでも GIS がはきだす割算値を素朴に使ってるわけではない，
ということで．
いちおう上流の water & ion flow が下流のそれらに影響あたえる，
という点では空間構造明示的なモデルではあるな．
ただし，
上流の観測点から下流の観測点に水が流れつく時間おくれを考慮してないけど．
流速データとか無いもんで．
-
ともあれ，
GIS 普及はたいへんめでたいことだけど，
同時に脱「GIS な割算値」という
統計モデリング問題はいろいろ検討しないといけませんね，
ということで．
-
といったメイル書き．
昼飯．
-
天塩川 water & ion flow モデル
(BUGS code)
の図をつくってみる．
またメイル連絡．
