ぎょーむ日誌 2008-04-08
2008 年 04 月 08 日 (火)
-
0820 起床．
いかん，
生活周期が
……
0835 自宅発．
晴．
0850 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
さっさと天塩川モデリングを終わらせよう，
という願いもムナしく，
朝からわけのわからぬコトばかりにまきこまれる．
-
シウリザクラ再計算，
けっきょく今やらねばならないことに．
これは森君から送られてきたファイルにおいて，
親樹ファイルと親子関係ファイルそれぞれにおいて樹木 ID のつけかたが
(しかも部分的に!)
相違してたため．
そのあたりを修正する一行を追加して，
再計算．
-
しかしこの再計算もアヤしい，
とわかった．
まあ，
先月投稿した計算はいつでも復旧できますから，
とこれは放置することに．
-
富良野トドマツ原稿の印刷作業において，
なぜかしら図表を EPS file にしろとかいう指示がきたので，
3/21 (金)
と同様に
ps2epsi をつかって問題解決．
アップロード & メイル連絡．
-
北大ネットにおいてメイルアカウントを取得する方法が複雑怪奇化しました，
との連絡
- メールアドレスを取得する場合、まずは「iiC−ID」というIDを取得する必要があります。
- このIDを使って情報基盤センターポータルページというページにログインし、そこでメールアドレスを取得する事となります。
- メールアドレスの取得を希望する者（iiC−IDの取得を希望する者）は、「iiC−ID発行申請書」に必要事項を記載し、会計担当に提出します。
- 後日、情報基盤センターから「iiC−ID」が発行され，学内便で届きます。
- 「iiC−ID」を取得後，情報基盤センターポータルページへログインし「HINES申請登録手続き」からメールアドレスの申請を行います。
をウケて明日のガイダンス (ちゃんとやるのか?)
にそなえて申請書類準備
……
北大の計算機いんふら部門も
「うちの『すぱこん』がんばってます」
とか無駄すぱこん延命のためだけの宣伝やってないで，
このあたりの申請をオンライン化しろよ．
-
むろんこういうぎょーむ効率化ソフトウェアを開発する能力の獲得，
なんて無理難題は北大の場合だと今世紀中の解決は不可能だろう．
で，
外注になるわけだけど，
ハードウェアの発注にくらべて自分とこ専用ソフトウェアの発注というのは
ケタちがいに難しい (アタマを使う) 仕事なんだよね．
ぎょーむの流れとやらをいったん抽象化つまりモデル化して，
モデルを検討してから，
さらにまた具象化しないといけない
(そしてこれをひたすらくりかえす)．
これがなかなかできないんだろうなぁ
……
-
いかん．
こんなことやってるとすでに正午前だ．
-
圧迫感のある天塩川モデリングにとりくむ．
いや，
モデリングじたいはおもしろいと思うんだけど，
結果がどうなることやら，
というかんじで．
「土地利用の効果なんてこのデータからは何ともいえません」
てな結果になったりしたら
……
でもこれがありそうな結果なんだよね．
-
で，
前準備として昨日
RData
化したデータのパーツを本日はさらに統合して，
と
……
-
どうでもいいけど，
天塩川の情報に関して，
北海道開発局の
河川ポータル
だけでなくその下部組織である開発建設部，
すなわち上流の
旭川開発建設部，
下流の
留萌開発建設部，
これらぜんぶがばらばら体裁の天塩川ペイジを準備してるってのは
かなり効率わるいような．
少なくともおカネはかなり無駄に使われてるのはまちがいあるまい．
印刷物なんかも二重・三重につくられてるんだろうなあ
……
-
ふーむ，
統合してみると今回使えるデータはこれだけか．
まあ，
よくも悪くも MCMC 計算は速くてたすかるかも．
st date NO3.N NO2.N NH4.N PO4.N wf length lulc.2 lulc.4 lulc.5 lulc.7 lulc.8 lulc.10
1 st.1 2006-05-11 NA NA NA NA 164.16 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
2 st.2 2006-05-11 0.280 0.020 0.110 0.002 NA 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
3 st.3 2006-05-11 0.380 0.040 0.090 0.040 197.35 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
4 st.4 2006-05-11 0.350 0.020 0.070 0.030 696.74 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
5 st.5 2006-05-11 0.320 0.020 0.070 0.002 1385.28 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
6 st.6 2006-05-11 0.220 0.020 0.040 0.030 2091.73 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
7 st.7 2006-05-11 0.200 0.020 0.030 0.030 1848.85 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
11 st.1 2006-07-27 NA 0.001 0.010 0.002 5.33 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
12 st.2 2006-07-27 0.139 0.001 0.010 NA 16.92 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
13 st.3 2006-07-27 0.248 0.012 0.040 0.019 4.69 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
14 st.4 2006-07-27 0.270 0.010 0.010 0.020 32.88 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
15 st.5 2006-07-27 0.195 0.005 0.000 0.013 49.06 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
16 st.6 2006-07-27 0.204 0.006 0.020 0.018 68.22 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
17 st.7 2006-07-27 0.264 0.006 0.050 0.014 415.32 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
21 st.1 2006-10-23 0.129 0.001 0.011 0.000 9.80 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
22 st.2 2006-10-23 1.536 0.002 0.000 0.001 3.04 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
23 st.3 2006-10-23 0.747 0.006 0.019 0.000 11.03 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
24 st.4 2006-10-23 0.460 0.008 0.030 0.000 29.27 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
25 st.5 2006-10-23 0.451 0.003 0.000 0.000 82.84 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
26 st.6 2006-10-23 0.383 0.003 0.000 0.001 128.00 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
27 st.7 2006-10-23 NA NA NA NA 160.76 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
31 st.1 2006-12-25 0.185 0.001 0.000 0.000 2.28 36 6.269 0.931 0.000 0.000 0.000 0.000
32 st.2 2006-12-25 0.216 0.001 0.009 0.000 14.14 10 1.208 0.224 0.044 0.181 0.081 0.000
33 st.3 2006-12-25 0.848 0.007 0.779 0.000 15.79 45 1.411 1.148 1.116 1.670 1.577 0.725
34 st.4 2006-12-25 0.522 0.006 0.278 0.001 39.72 25 0.864 0.628 0.621 0.961 0.789 0.379
35 st.5 2006-12-25 0.428 0.004 0.177 0.001 53.78 10 0.097 1.097 0.034 0.452 0.203 0.021
36 st.6 2006-12-25 0.398 0.004 0.127 0.002 NA 70 3.019 1.857 1.559 2.487 1.792 1.145
37 st.7 2006-12-25 0.386 0.004 0.142 0.003 153.49 55 2.692 1.582 1.043 1.680 0.968 1.049
えーい，
水量のモデリングがやっかいだな．
めんどうなのは上流にくらべて下流の水量が少ない場合だ．
えーと，
単純に考えた場合
……
ある区間における水の追加は常にプラスだとすると，
水量が少なくなるのは流速の低下によるものだということになる
……
いかん，
そうなると水体積・流速の両方を考えないといけなくなってしまう!
流速のデータはたしかなかったはず．
では，
もひとつの単純化として，
流量の低下は (地中に水が消えたりしたことにして)
水体積は減ったけど流速はつねに一定みたいに考えてみると
……
これはその区間における水追加量があたかもマイナスであるかのようになるから，
となってしまうからまずいなあ．
では追加はつねにプラス，
ある流量をこえると地下にもぐる消失がでてくる，
と考えてみるかな?
よくわからぬまま昼飯．
「明日の新歓こんぱは 7000 円しはらってください」
予告が．
よくわからぬ場合は，
というか「よくわかっている」と錯覚している場合であっても，
統計モデリングにさきだって図をいろいろ作ってみないといけない．
こういう場合，
library(lattice)
は便利だ．
しかしめんどうなところもある．
こういう流量変化の図はまだぜんぜん簡単で，
xyplot(log(wf) ~ as.factor(st) | date, data = d, type = "b")
と命じるだけでいい．
-
さてさて
……
まあ，
対数流量でみた場合，
おおざっぱには上流 < 下流とみればよいわけで
……
水量の変動がハゲしいところはアテにならない推定しかできない，
と．
-
ついでに他のデータも図にしとくか．
測定機械のはきだす割算値はこう．
R 作図コードはめんどうなものになってしまう
(ion08.R)．
library(lattice)
の呪いというほかない．
-
しかしまあこの割算値だけ見てても何も見えないね
……
濃度と水量の積はこう．
まあ，
いわばこの増加をモデリングせんといかんわけだが
……
-
しかし，
この土地利用様式とやら
(下の図は GIS 割算値そのまま)
でそれが説明できるのかねえ……?
-
上の作図コードは
barchart(
X200m ~ as.factor(sam.site),
groups = LULCtype,
data = dl,
stack = TRUE,
col = rainbow(9)
)
てなかんじで．
-
ともかくあれこれ作図してみて，
モデリングにとりくもうか，
という気分になってきた．
「推定計算してみたけど何が影響してるのかまったく不明」
という結果になってもおどろかないカクゴができたので．
水量は下流にいくほど単調に増大していることにするか．
-
とりあえず水量変化だけ
のモデルを作ってみる．
いっぺんに全部つくったりしたらアタマがめちゃくちゃになるからね．
-
水量モデル，
とにかく情報がないので
(集水域の面積とかはあるけど何の役にもたたぬところがポイントだ)，
無情報事前分布なモデルになりましたよ，
と．
データ少ないくせに 4000 MCMC step でもまだ十分に収束してない
(とくに deviance)．
-
原因はいつものごとく，
「測定時 (今回だと水量の測定) における測定誤差がわかりません」
にあるとわかった．
この測定誤差はキメうちでてきとーにやるしかない．
水量測定の SD は 10 m3 ぐらい，
とかでたらめに決めてやると，
まあまあ収束した．
いやはや．
-
これで水の動きはいちおーモデリングできたことになるので，
ここに 4 種類のイオンなんぞを混ぜこんでやればよろしい，
ということだ．
イオン供給量は land use で決まります，
と．
-
数時間ほど試行錯誤すると，
とりあえずの結果が
……
-
うーむ
……
-
硝酸 (NO3) とアンモニウム (NH4)
イオンのみモデリング，
亜硝酸 (NO2) とリン酸 (PO4)
イオンは濃度が低すぎるのかモデリングできず
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データが少ないので計算は速いけど，
収束はまだまだ
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土地利用は
……
よくわからず，
まあ順当にというか森林があるとイオン濃度は低めになるかも?
といった傾向があるよーなないよーな
……
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チカラつきたので撤退．
2110 研究室発．
2125 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0900):
研究室．
シリアル．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ハクサイ・ネギ・サバのシチュー．
- 晩 (2210):
米麦 0.8 合．
モヤシ・煮干の味噌汁．
キャベツ・ショウガ・卵の炒めもの．
