ぎょーむ日誌 2007-05-(11-20)

2007 年 05 月 11 日 (金)

• 0700 起床． コーヒー． 朝飯． 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 北大ネット， いきなり死んでる． 例によって無策な HINES おしらせ． SINET がらみか? しばらくしたら復旧した．
• トドマツ原稿「脱わーど & 脱ゑくせる化」作業のつづき． 書き忘れてたけど， 昨日 BibTeX ファイルの修正やってたわけだが， (私が書いた部分をのぞいて) もと原稿では \cite{} など使ってないので本文から BibTeX ひっぱるのはあきらめ， 全部を References に掲載するようにしている． これを可能にするのが \nocite{} わざである． Perl スクリプトなどで bib file から \nocite{} 一覧を生成する．
• Table の脱ゑくせる & LaTeX 化は 30 分ちょいでできた． 意外と簡単だった．
• そして正午前にひととーり LaTeX 化できたよーな気がする． 内容的にはまだまだだけどね． 印刷出力して点検． ざっとみなおして原稿修正． make pdf && make save してアップロード． Linux 上の VMWawre 上のゐんどーづ上の WinShell で全コンパイルできること確認して， 後藤さんに連絡．
• 昼飯．
• トドマツ原稿しあげに関して， 先送りした作業のひとつである母樹稚樹地図つくりなおし． すなわち後藤さんつくった R プログラムの改造， というもので． ふーむ， gene duplication 的な ……
• 1500 より東大の PD である Dillon Chrimes さんによる 針葉樹セミナー， 45 分間ほど． アカエゾマツ・エゾマツ・トドマツの生理生態よりな比較なんだけど， 明るさ・窒素吸収とかちがうもんだねえ． セミナー後， 針葉樹モデリング雑談少々．
• 作図はこんなもんかしらん? ということでまた make pdf してアップロード．

• 1750 研究室発． 1800 帰宅． 晩飯．
• 明日はなぜか 漁岳 (いざりだけ) に登りにいくことに．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.7 合． ナメコ・豆腐の味噌汁． ネギ・ブナシメジ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン． レイズン・チーズのせ焼き．
  • 晩 (1910): 米麦 0.8 合． ネギ・ニラ・ショウガ・豆腐のスープ． キュウリ．

2007 年 05 月 12 日 (土)

• 0600 起床． 本日はなぜか甲山さんと 漁岳 (いざりだけ) に登りにいくことに． 朝飯． コーヒー． 0650 自宅発． 曇． 0700 研究室着． こちらに雪山必携装備であるサングラスあると思ってたんだけど 見つからん．
• 0720 甲山さんの車にのって北大前発． 真駒内の 石山陸橋 こえたさらにその奥地にローソン・7/11・サンクス・セイコーマートが 一軒ずつあり， 本日はローソンで昼飯調達． ついでにサングラスも買う． 980 円のヤスものだったけどかなり有用だった …… ただし私は顔面ひろめ (というか頭蓋骨おおきめ) なのでツルがあたってた耳の上が痛くなってしまったけど．
• このまま支笏湖方面に進出すべく， 国道 453 を南下して峠を越えるのか， と思っていたらそうではなく …… この地図 恵庭岳北方で漁岳東方の国道 453 屈曲部 (奥漁橋) こえたところ右の林道から入山とわかった． この漁岳登山ルートは夏道ないんだけど (おそらくササ密度が高すぎるため)， なぜか入山とどけボックスあたり．

[08:42 登山開始]

林道ゲイトにむかっているところ． 本日は 4-5 パーティーが漁岳に登ったもよう．

[09:28 林道からみた漁岳]

漁川ぞいの林道もすぐに雪に被覆される． あるていど上流 (西側) にすすむと漁岳が見える． 三連峰． 本峰は一番左 (南)．

[09:32 支尾根のぼりとりつき]

林道を一時間弱歩くと， 主稜線から派生する支尾根へののぼりのとりつきに到達する． 目印は幹にまかれた二重赤テイプ (2007 年 5 月現在)．

[09:41 尾根への急登]

20 分ぐらいつづく． 雪は腐りかけというかいいぐあいのかたさで， ステップに足をおいてもくずれない．

[10:04 標高 901 m ピーク]

視界が開けて， 恵庭岳・支笏湖・オコタンペ湖がみえる． ここをちょっと下ると主稜線にとりつく． このルート， なかなか route finding が難しく， 先行パーティーの足跡と わりと頻繁にあるピンクテイプの目印に助けられた．

[10:51 雪壁直登]

主稜線上． 漁岳前峰とでもいうべき 1175 m ピークまでも急な登りがある． 雪が登りやすい状態にあるので， すばやくキックステップでさくさくと直登できる． なぜか主稜線上ではウグイスの鳴声がひんぱんに．

[10:53 主稜線をゆく]

さきほどの雪壁をのぼりきったところ． 手前から甲山さん・主稜線・オコタンペ湖・支笏湖， そのうしろに風不死岳・樽前山 (ぎょーむ日誌 2006-09-16 に山行記録)． (画像の元ファイル)

[11:13 最後のコルからみた漁岳]

前峰的な 1175 m ピークの直下を西側にまいておりると 本日の登り最後のコルに到達する． ここから漁岳山頂まで標高差およそ 100 m． 急な斜面． (画像の元ファイル)

[11:33 山頂への急登]

まあ， ここもキックステップでさくさくとチカラまかせに登るところで ……

[11:36 山頂直下の雪壁]

ここもキックステップ雪壁のぼり． 下りは山頂からちょっと北側にでて， 雪壁をななめに下った． 下りに関しても雪の質がちょうどよくて， 体力つかわずにちょー高速下降できる …… ただしそういう技術というか慣れは必要とされるんだけど．

[11:39 漁岳山頂 1318 m]

というわけで， 登りに合計 3 時間ほど費して山頂に到達した． 甲山さんは西側をみていて， こちらは羊蹄山やルスツが見えていた． 昼飯． 今日はうす曇りだけど風まったくなく気温たかかった．

[11:57 山頂から南東を見る]

もと来たがわの方向をみるとこんなかんじで． イチャンコッペ山・紋別岳 (ぎょーむ日誌 2006-04-28) ・恵庭岳・支笏湖・風不死岳・樽前山などなど． (画像の元ファイル)

[11:57 山頂に登山者ぞくぞくと]

ゴム長靴で登ってきたヒト多数． やはり登山者は高齢化がススんでるような． 若そうなイヌたちは元気でした． 1210 下山開始．

[13:58 下山]

前述のように雪が落下の運動エネルギーをうまく吸収してくれたので， 体力つかわずに下山できた． 支尾根から降りるところでちょっと道をまちがえて林道からの取りつき点より 500 m ぐらい下流におりてしまった． また 30 分ほど林道あるきして駐車上にもどった．

[14:22 ]

1408 駐車場発で， 支笏湖畔の いとう温泉 へ． 入湯料 700 円． 対岸の風不死 (ふっぷし) 岳がよくみえる． (画像の元ファイル)

• 1450 いとう温泉発． 甲山さんの車で自宅ちかくまで送っていただいて， 1610 帰宅． 洗濯． なぜか急に空腹になったので， 梅干し， キュウリ， トマト， リンゴとたて続けに食べてしまった．
• 当家のコワれ洗濯機は一度に少量しか洗えなくなった (正確には脱水できなくなった) ので， なんと本日は四回も入れ換えねばならぬことに …… 待ち時間に写真の整理とか掃除機かけとか．
• 晩飯．
• [今日の運動]
  • やまのぼり
• [今日の食卓]
  • 朝 (0620): シリアル．
  • 昼 (1145): 漁岳山頂． ローソンにぎり飯 2 個．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． 刺身パック． ホウレンソウのゴマあえ． キュウリ・トマト． さつまあげ．

2007 年 05 月 13 日 (日)

• 0950 起床． コーヒー． 朝飯． 雨． 怠業． 眠い．
• 眠い． 昨日の山のぼりって， どれぐらいのエネルギーつかったんだろうか? 荷物も含めて 80 kg の重量を 800 m 持ち上げたとすると， 627200 J のエネルギーを使ったことになる． これはキロカロリーでいうと 1500 Kcal ぐらい． ところで， 脂肪組織 1 Kg を燃焼させると 7200 Kcal にもなる …… ということで， 昨日の運動すべてが脂肪組織燃焼で支払われたとしても， 0.2 kg ぶんぐらいしか使っていない， ということか．
• ということで， 眠い怠業日でオワってしまった ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): 米麦 0.6 合． ホウレンソウのゴマあえ． キュウリ・トマト． さつまあげ．
  • 昼 (1340): 米麦 0.5 合． タマネギ・ニンジン・ジャガイモ・ニンニク茎・ 丸肉の炒めもの．
  • 晩 (2105): 米麦 0.8 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ネギ・ニンニク・シイタケ のカレー． ホウレンソウのゴマあえ．

2007 年 05 月 14 日 (月)

• 0810 起床． コーヒー． 朝飯． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• トドマツ原稿 References まわり修正． ネット上でばらまかれてる BibTeX エントリーはけっこうダメ というか BibTeX 文法無視のやつがおおくて，

  author={Aldrich, PR and Hamrick, JL},
  あるいは
  author={Aldrich, P.R. and Hamrick, J.L.},
  

  とすると

  Aldrich P and Hamrick J (1998) ...
  

  となってしまう．

  author={Aldrich, P R and Hamrick, J L},
  あるいは
  author={Aldrich, P. R. and Hamrick, J. L.},
  

  と修正すると

  Aldrich PR and Hamrick JL (1998) ...
  

  と正しく表示される．
• 修正版 make pdf してファイルアップロード． メイル連絡．
• わけわからん査読依頼をまたひきうけててしまった …… 今回は統計学モノ． だいたいにおいて私のところまでまわってくるのは terminal care が必要そうなモノばかり， というかんぢで．
• データ解析こんさる． あまり好きではない (そしてぜんぜん勉強してない) 多重比較モノ． とりあえず R の TukeyHSD() は名義変数化されたもの (as.factor()) か順序変数化されたもの (as.ordered()) しか受けつけないらしい， とわかった． そのあたり報告して終わり．
• ECOAS の報告書に何か書かないといけないのかしらん …… と考えてみたんだけど，
  • 実際のところ昨年度は ECOAS 仕事をやっていない
  • 別の仕事を成果にみせかける作文をやっても 他との整合性がとれなさそう
  ということで追加作文ナシです， と工藤さんに連絡してみる．
• 北大祭 (6/7 (木) - 6/11 (日)) で地環研の研究室もポスター展示やれって? いやはや， どうなることやら． ところで， 北大祭サイトの URL が http://hokudaisai.com/site/ となってて大学はこれをまったく支援してない (*.hokudai.ac.jp ドメインではない) ってぢつにまぬけだと思うんだけどねえ．
• トドマツ原稿に GENALEX 計算値図を追加して， make pdf & 再アップロード．
• 昼飯．
• 考えただけで気が重いアリ関係のあれこれ． 大統領 通達で今年度も 30 万円つかってヨシ連絡． たしかに今年度はアリ研究にだけ使われてしまうであろう． 8 月の出張事務についてアリ科研やとわれな三浦さんと相談． 琉球大の辻さんに連絡メイル．
• 先月 18 日 で挫折してた A801 院生部屋内のデスクトップ機 (Dell PowerEdge 600SC) Vine Linux 4.1 化にともなう boot 不能状態のサルヴェイジ作業のつづきにとりくむ．
• ようするに問題は IDE RAID な megaraid_mbox がマトモに動作しない， ということで …… はい， 動かぬなら外してしまえ megaraid ということでぬいてしまうことにしました．

[Dell 機内部]

一番手前 (つまり筐体下側) の PCI バスにささってるのが 問題の RAID ボード． これを抜いてしまって HDD は基板に直結． 筐体まわりけっこうホコリがいっぱい． なぜかしらこのマシン， 筐体だけでも 3 個もファンガついてる (+ 円筒形の奇妙な CPU ファン) …… 2002 年モノ．

• で， 悪しき RAID 基板ぬけば一件落着かといえばそうでもなく， そこから先も苦闘の連続であった． もはや二度とこんなことしないと思うけど， 要点だけ記録しとく．
  • 基板のジャンパで NVRAM クリアの必要あり? ようわからん
  • IDE の HDD が二台入ってた; ジャンパ設定は ``Cable Select'' 以外うけつけんみたい
  • IDE 配線， すごく忍耐づよく試行錯誤してみたんだけど， けっきょく IDE port の選択がなぜかコレしかダメ だったんだよね …… Primary: HDD 2 台させるケイブル (先が /dev/hda); Secondary: CDD; Tertiary: 使ったらダメ (Secondary あけるな，ということ)
  • そしてこういうわけわからんハードウェアに対して， Vine Linux 4.1 installer CD は「繊細すぎる」みたいでダメ
  • では解決策はどうするかといえば， 「野蛮な」 Vine Linux 3.2 installer CD 使って (しかも graphical mode はダメで text mode でないとサルヴェイジできん!) fdisk だの HDD format だの …… しかるのちに apt-get update (Vine 3.2 → 4.1 化はぎょーむ日誌 このあたり 参照)
  …… といった悪戦苦闘のすえに Vine Linux 4.1 化にめでたく成功．
• Dell 機さるべいじどたばたの渦中で， なぜかとつぜん明日の午前中に 階層ベイズモデル解説セミナー やることになってしまった． 内容的には松山大会 ベイズ自由集会 とまったく同じ．
• Dell 機の戦力化作業してるうちにばててきたので， バカみたいに時間のかかkる Wine コンパイル命じておいて撤退． 2040 研究室発． 2055 帰宅． 体重 68.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
  • ストレッチ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): シリアル． リンゴのヨーグルトあえ．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 食パン． レイズン・チーズのせ焼き．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・ネギ・ニンニク・シイタケ のカレー．

2007 年 05 月 15 日 (火)

• 0650 起床． コーヒー． 朝飯． 0800 自宅発． 晴． 0815 研究室着．
• 昨晩ちょっとだけ残してた Vine 4.1 化 Dell デスクトップ機， とりあえずのサルヴェイジ & 戦力化終了． めでたしめでたし．
• セミナーの準備 …… 投影資料 (PDF file) をちょっとだけ手なおししてみる．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は急に予定がかわってしまって 「代打」の私が階層ベイズのハナシをすることに． 内容的には今年 3 月の生態学会松山大会 べいづ自由集会 とまったく同じ．
• 野外調査にでかけてる院生が多かったわけだが …… 「直前」宣伝も多少の効果あったのか， 低温研や農学部などからも聴きにきてもらって， いろいろと質問してもらったので助かった．
• 本日の内容， どれぐらい伝わったか， だけど …… すでに何度かこのあたり聞いてるヒトにはわかりやすかったみたいだけど， 始めてのヒトにはやはりわかりづらかっただろなあ． 皆さん， 自分のデータにそって説明すればよくわかってくれると思うんだが．
• セミナー終了後， Vine Linux 4.1 の dvipdfm 設定にとりくむ …… セミナー直前になって Vine 設定では Acrobat Reader 7 では Hevetica font が表示されない， とわかったので (ということでセミナーは xpdf でのりきった)．
• いろいろ調べてみたんだが …… けっきょく

  /usr/share/texmf/dvipdfm/config/dvipdfmx.cfg
  

  の 138 行目，

  D  "gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sPAPERSIZE=a0 -sDEVICE=pdfwrite
  -dCompatibilityLevel=1.3 -dAutoFilterGrayImages=false
  -dGrayImageFilter=/FlateEncode -dAutoFilterColorImages=false
  -dColorImageFilter=/FlateEncode -dUseFlateCompression=true -sOutputFile=%o
  -dNOKANJI -c '.setpdfwrite << /NeverEmbed [/Courier /Courier-Bold
  /Courier-Oblique /Courier-BoldOblique /Helvetica /Helvetica-Bold
  /Helvetica-Oblique /Helvetica-BoldOblique /Times-Roman /Times-Bold
  /Times-Italic /Times-BoldItalic /Symbol /ZapfDingbats /Ryumin-Light
  /GothicBBB-Medium] >> setdistillerparams' -f %i -c quit"
  

  (これは実際には一行) をたとえば乱暴に，

  D  "gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sPAPERSIZE=a0 -sDEVICE=pdfwrite
  -dCompatibilityLevel=1.3 -dAutoFilterGrayImages=false
  -dGrayImageFilter=/FlateEncode -dAutoFilterColorImages=false
  -dColorImageFilter=/FlateEncode -dUseFlateCompression=true -sOutputFile=%o
  -dNOKANJI -c '.setpdfwrite << /NeverEmbed [/Ryumin-Light
  /GothicBBB-Medium] >> setdistillerparams' -f %i -c quit"
  

  (これは実際には一行) とすれば英字 font がうめこまれた PDF file ができるとわかった (Linux 用 Acrobat Reader 7.0.9 でも問題なく表示できた)． ファイルサイズは 0.53 MB → 0.65 MB と膨張してしまったけど．
• こういう embedding やろうがやめとこうが Mac や Windows 版 Reader だと問題なく読めるんだよね． あるいは Linux の xpdf や evince なら …… あ， そうか …… Adobe Reader なんかヤメて， evince 使えばよかったんだ! ということで上述の dvipdfmx.cfg を「フォントうめこまない」設定にもどす．
• ネット雑用． 今月 24 日 (木) の Trendy セミナー で市橋隆自さん (東京大学日光植物園) がつる植物なハナシを!
• 昼飯． なぜかしら 院生たちが 次々と動員されていって， 渡島駒ヶ岳消耗戦に投入されて消えていく …… 何があったというのだろうか．
• いろいろメイルかき．
• Amazon から 生態学の Bayes & MCMC 本 というべき二冊がとどいた．
• まず， Jim Clark 御大本 ``Models for Ecological Data''． 内容的には前著 環境科学の階層ベイズ本 でやってるようなことを， 「すごく丁寧」に解説している， というもの． この「すごく丁寧」がクセもので …… 私にとってはたいへんわかりやすいんだけど， その理由は数式がたくさんのってるから． ところがヒトによっては数式が多いと (わかりやすいとかそれ以前の問題として) 「読むのがイヤ」 という場合もあるよーで ……

[Clark ゾウ本]

600 ペイジ超の巨大なハードカヴァー本なんだけど， 2435 円 (Amazon, 久保購入時) …… 安い! 「自分の研究はデータ解析いかんにかかっている」 生態学研究者あるいは JS Clark ふぁん (うん? これは前者とほぼ重なる?) は 絶対に買い． ともかく安い本なので収納スペイスあるヒトも買い． ただし巨大な本なのに (Clark 御大的にとでももうしますか) さくいんがぶっきらぼう．

• こちら ``Bayesian Methods for Ecology'' はもっとウスい (ただし値段は高い)， いわば「生態学研究者のための ゐんばぐす」 本． こっちのほうがとりつきやすいかもしれないんだけど …… 上述の Clark 本が数式いっぱい本だとすると， こちらは BUGS コードいっぱい本． これまた嫌われてしまいそうな要因となるかも ……

[McCarthy カエル本]

300 ペイジ弱のペイパーバック， 6617 円 (Amazon)． BUGS コードいっぱいなんだけど， 編集しくじっていてコードまわりやや読みづらい． おそらく今後はこういう系統の本がいっぱいでてくるだろうし (Clark 本とちがって誰でも書けるものだから; 私の べいづ自由集会のハナシ にちかい)， まあウケいれられていくんだろう， と思う．

• McCarthy カエル本の最初にのってた 「べいづの人気上昇中!」図． たしかに保全生物学まわりは難度の高いデータ解析がたくさんでてくるから， 必然的に Bayes 利用となりがちなんだよね．

• 気が重くなるアリ研究に移る前に …… 志水さんとの地衣類繁殖の階層ベイズモデル (計算そのものは 昨年 10 月末 に終わってる) の作文にとりくんでみる．
• と思ったら， 富良野の後藤さんからメイル来信， トドマツ世界にひきもどされる．
• 空腹でふらふらしてきたので 2020 研究室発． 2035 帰宅． 体重 67.2kg …… なンか最近は体重の観測値の増減ハバが大きいような． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): パンケイキ．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 食パン． レイズン・チーズのせ焼き．
  • 晩 (2115): 米麦 1.0 合． ネギ・シイタケ・豆腐のカレー． プチトマト． キュウリ．

2007 年 05 月 16 日 (水)

• 0810 起床． コーヒー． 朝飯． 朝から「自作の汎用 MCMC な sampler 作れないか?」 という妄想にトラップされてしまった …… やっぱ汎用は難しいわ． 0945 自宅発． 晴． 1000 研究室着．
• 汎用 MCMC といえば， Kent Holsinger (生態遺伝学なヒト) の MCMC++ があったなあ …… お， 3 月に 1.2 がリリースされてる． しかし， ためしにコンパイルしてみたんだけど， example 動かしても segmentation fault するんだよねえ ……
• gdb してみると

  Starting program: /home/kubo/mcmc++-1.2/examples/binomial 
  
  Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
  main (ac=1, av=0xbffd4f54) at /usr/include/boost/spirit/core/scanner/impl/skipper.ipp:171
  171             while (*last)
  

  boost library まわりに問題ある， とわかったんだが …… Vine 4.1 用の boost (libboost のたぐい; 安直には sudo apt-get install libboost-test-devel) とかにきりかえてもうまく動作しない (./configure --with-boost-test=-gcc-1_33_1 が必要; いや， ./configure --with-boost-test=-gcc でいいのか?)． ということで， MCMC++ はまたこんど， ということで． sudo make uninstall ……
• 消しちゃったあとで， gdb のなかで trace back すべきだった， と気づいた． 呪われ言語 C++ からすっかり遠ざかっている日々だな …… ところで， R のプログラム debugging にも traceback() わざは必須だよ (+ browser())．
• また志水さん 地衣類 わーるどに戻ろうとする努力． ともかく志水さん原稿よんでみようとしている． 地衣類用語あれこれ， thallus (葉状体) だの apothecia (子器) だの ……
• ススまぬまま昼飯． 昨日言及の Clark 御大 ゾウ本， 日本の amazon.co.jp では 2490 円 (時価) と異常に安いんだけど， amazon.com では $65 という密告をいただく． ふーむ ……? まあ， 興味あるヒトは安いうちに買っておいてください．
• さて， くだんのゾウ本には「副読本」とでもいうべき， 「Models for Ecological Data-Lab Manual [ペーパーバック] 」 (3362 円, 書名・値段は久保発注時のもの) なるものがあって (上述の密告なヒトはゾウ本の異常安値に関して amazon.co.jp がこっちとカンちがいしたんじゃないの， とスルどいご指摘)， これも注文してたんだけど …… 現在の amazon.co.jp でそのあたり確認してみると， なぜか書名が Models for Ecological Data (ペーパーバック) に変わっていて (ただし ISBN やペイジ数はゾウ本のそれらとは異なっている)， 値段も 2471 円となってる． こちらのペイジ数は 152 なのでまあ妥当というかそんなものか， な値段だろう． ちなみに amazon.com では ``Models for Ecological Data (Paperback)'' で $19.95 となってますなぁ ……
• Clark 御大が出版社とモメごとでもおこしちゃったせいか何かで， 出版すごく遅れるわ， 書名は二転三転の混乱のどんぞこ， amazon.co.jp における値段づけなんかもむちゃくちゃになった …… といった顛末だったのだろうか?
• 蛇足ながら， 御大の publications ペイジでは ``Clark, J.S. 2005. Models for Ecological Data. Princeton University Press, under contract.'' のままやる気なさげに放置されてるね ……
• よくわかんないんだけど， とりあえず旧発注はとりけし， あたらしく 2471 円のほうを発注． 「配送予定日： 2007/6/10 - 2007/6/25」 となってるけど， まあとうぶん届かないような気がする．
• アヤしげなところから送信されてきた再査読依頼 …… 一時間ぐらいでてきとーに書いて返信してしまった． 一件落着， なのだろうか?
• 地衣類原稿よみ ……
• 集中力がキレて， 「これから書く地衣類繁殖ベイズモデルの説明 (modeling 節など) って， 志水さん (MacOS X つかい) に渡すときにわーど化せんといかんのだろうか?」 という (当面のところは) どうでもよいよけーな問題にはまってしまう． いつものことながら， わーどなヒトたち相手にするときの 問題の焦点は数式まわりなんだよね． 志水さんに LaTeX おしつけるわけにもいかんので， 両者の妥協点としては OpenOffice あたり， となるのかもしれない …… 久保全面敗北シナリオとしては， 私がまた共用 PC で吐き気こらえつつ MS おひすを使う， あたりだろう．
• OpenOffice の数式 editor Math は (鍵盤入力で決着つけよう指向な) LaTeX 的なテイストがちょっとあるので悪くはないんだが …… ギリシア文字のいれかたがわからん． で， 調べてみると

  	%lambda = exp(%beta_0 + %beta_1 x) 
  

  てなかんぢで入力すればよい， とわかった． ただしこの数式オブジェクトは MS おひす数式オブジェクトと互換性なく， さらに， どうやら上記ギリシャ文字に関しては移動先での可読性すらもないかも， と．
• どうでもよい問題についてだいたいのところを理解できたので， また原稿よみにもどる． そもそも何をやったのかもよく思いだせん． 昨年 10 月末 のぎょーむ日誌ながめたり， 当事の計算プログラムだの印刷してみたり．
• また関係ないハナシだけど， XOrg で外部モニターやプロジェクターなんかを問題なく動作させるには /etc/X11/xorg.conf の Section "Device" に Option "MergedFB" "true" が必要なのかしらん? こんど実験してみよう．
• 昨日うけとってしまったとある査読原稿ぱらぱらとながめて …… 内容が理解されるほどにアタマが痛くなってきた． これって冗談ではなく， ホントに terminal care が必要なモノだったのか． ココロをしずめるべく， 冷静に「救済しがたい点」を列挙してみる．
• てなことで地衣類方面へのきりかえはなかなか進捗せぬまま オワってしまいましたよ． 2030 研究室発． 2045 帰宅． ばてた． 体重 67.2kg． うーむ， 昨日と同じ観測値か． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
  • ストレッチ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.5 合． ネギ・シイタケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン． レイズン・チーズのせ焼き．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ホッケの電磁波酒蒸し． コマツナのゴマあえ． キュウリ．

2007 年 05 月 17 日 (木)

• 0700 起床． コーヒー． 朝飯． 昨日， 現実逃避でながめてた某査読原稿のオワりかたについて考えてしまう …… 人間， こういういいかげんな内容のものを読まされると感情的になりがちなのだけど， ともかく冷静に対処しなくては …… と考えてるうちに朝から気分わるくなってきたので， もう査読報告でも書いておくりかえしてしまおうかしらん， という方向に． 0900 自宅発． 曇． 0915 研究室着．
• 気分汚染問題， 数式をいろいろ書いてみて整理・検討するうちに少しおさまってきた．
• ということで， 不毛な労働はアトまわしにして， 昼前の時間はもう少し生産的なコトに使おう， ということで地衣類繁殖論文原稿， 志水さんぱーと読み …… 今日はなんとか読めた． というか (現時点ではまだ) 短いものなんだからさっさと読め， というかんぢですね．
• どういう方向で書けばよいかわかってきたので， 地衣類繁殖の階層ベイズモデル作文にとりくんでみる …… で， 「書き直し」の手間をはぶくべく OpenOffice で書いてるんだけど， やっぱこういう「わーぷろ」ってのは楽しくないねえ．
• おっと， 後藤さんから LaTeX 質問が． LaTeX はこんなに快適なのにー
• ああっ! 昨日よけーなこと書いてしまったせいか， amazon.co.jp において Clark 御大本 Models for Ecological Data: An Introduction (ハードカバー) (ペイジ数 632) とやらが 2490 円から 8854 円 に「値上がり」している! ねんのため書いとくと amazon.co.jp で言うところの Models for Ecological Data (ペーパーバック) (ペイジ数 152) って内容はまったく別のもの (おそらく R コードとか掲載した演習本) なので注意してね．
• 地衣類論文原稿， 繁殖モデルの前にめんどうな 太陽軌道ハナシ も書かんといかんなあ． これも完全にド忘れしてるし．
• そして太陽光強度のハナシとはすなわちこれまた三次元計算のハナシなのである． これの説明かきは激烈に疲れるであろう． なンか世の中の生態学研究者たちの中で 私ばかりが何度も何度も三次元計算の説明やらされてるような被害者的気分に おちいりつつあるんですけど．
• 昼飯． 動員解除されて渡島駒ヶ岳から無事に復員してきた院生たちから 劣悪きわまりない彼地の労働体制について ……
• Vine Linux の SCIM ってかなりダメ， という気がしてきた． scim-heler とか多数のプロセスが暴走的に増殖していくのである． 以前からできるだけ使わぬよう (つまり古き悪しき (?) kinput2 愛用) していたんだけど， 本日は最後にのこっていた X 端末機的 lex でも sudo apt-get remove scim anthy してしまった (Anthy には罪はなさそうだけど， これって Vine Canna にまだいろいろな面で負けてるような気がしたんで)．
• またトドマツの世界にひきもどされる． で， 後藤さんとメイルやりとりしてるうちに， ちょっと不思議なことに気づいた．
• ここでは階層ベイズモデルで一般化線形混合モデル (GLMM) 的な状況あつかってるんだけど， こういった GLMM における random effects ってのは， じつは (一般化ではない) 線形混合モデルのそれとはちょっと意味あいが 異なるのかも …… という可能性にいまさらながら気づいた． もしも仮に random effects を 「確率分布の平均 はかえないけれど， ばらつきはかえる要因」 と定義してしまうと (これは古典的というか Crawley 的 というか)， いわゆる link 関数が log だの logit だののときには …… はい， 成立してないように見えますね．
• ちなみに分布が正規分布であってもパラメーターの結合が 非線形の場合 (nlme() であつかうような問題) についてもやはり同様である．
• まあ， 非線形の場合はどうすればいいのかちょっとわからないけど， GLMM 的なやつに関しては， random effects の定義を (たとえば) 「線形予測子の平均 はかえないけれど， ばらつきはかえる要因」 とすればいいのかな (「線形予測子の確率分布」みたいなヘンなこと考えてますね)． つまりこれは， なんというのか， link 関数で変換された世界の線形モデル， という描像がつねにつきまとうわけね (観測データを変換してるわけじゃないよ)．
• ということで， 事後分布つかった「予測」計算は慎重にというか， まあよけーなこと (推定したパラメーターの一部だけ使って計算，など) やらずに素朴に事後分布全部で積分しなさい， ということなのかな．
  • ともかく知りたい「何か」の事後分布をだす → 最後に積分
  • あるいは何でもかんでも積分するのではなく， 事後分布のパーセンタイル値 というか ``quantile'' 値 (中央値とか 95% 信頼区間とか) とかのほうが無難かねえ ……
  「○○の事後分布の平均」 には要注意 (○○に依存)， ということで (あたりまえか)．
• 江川さんとサロベツ種子まき実験データ解析相談． なるほど「こんたみ」を (嗚呼また) random effects に押しつけてしまって glmmML(生残数 ~ あれこれ, family = poisson, offset = ...) とするのはウマいやりかただなあ． この場合， offset 項 は offset = log(最初の種子数) にしましょう， といった助言 (理由は「offset 項」リンク先に)．
• 窓の外はいつのまにやら雨．
• 江川さんがまた glmmML() 質問にきて話しているうちに …… 「めんどうな問題は Bayesian で」 方針が適用されてしまった．
• どこがめんどうか， というと
  • 処理区によって播種した種子数が異なる
  • さらに播種数ゼロの区画でも実生はでる --- 埋土種子があるから (上記「こんたみ」)
  • そして播種数ゼロ区画では offset わざが使えない! (log(0) = -∞)
  • とうぜんながら， 播種数 > 0 な区画でも埋土種子由来の実生がまじってる
  • そこで 埋土種子から発芽実生数を 隠れ状態 (確率変数) としてあつかう
  そして言うまでもなく， 160 個あるサロベツ湿原上の実験区画ごとの ``random effects'' がかなり大きい．
• …… といったことを BUGS 言語で書いていく． なんか最近は毎週のように 新しい階層ベイズモデルプログラムかきをやってるよーな ……
• R2WinBUGS から Wine 経由でよびだされるゐんばぐす上で MCMC 計算が走りはじめたので， 江川さんのチェックをうけつつヨシ・ヌマガヤ・ミカヅキグサ 発芽実験の結果を表現できる階層ベイズモデルを改良していく． いろいろと工夫を重ねて 「すばやく収束するモデル」 を発見した …… ふーむ， 興味ぶかい ……

• 本日の計算はここまで． 2315 研究室発． 雨． 晩飯． 2430 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): シリアル．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． モリモトのサンドイッチ．
  • 晩 (2400): 北 14 「串ごん」でシーフードピザ．

2007 年 05 月 18 日 (金)

• 0720 起床． コーヒー． 朝飯． 朝に洗濯とかするんではないかしらん， と 0800 すぎから洗濯機まわしてみる． そして昨晩の江川さんサロベツ種子まき実験階層ベイズモデルをまたいろいろと ひねくってみたり． 0925 自宅発． 曇． 0940 研究室着．
• サロベツ種子発芽 & 実生生残の階層ベイズモデルを改善していく …… よけーなパラメーターを削り， 無情報事前分布とそうでないのをきりわけ， てきとーな「きめうち」事前分布を廃止して …… モデルはマシになった． 意図難解すぎる種子まぜ treatment の「効果」がゼロだというのも 2000 MCMC step 収束計算で十分にしめせる．
• ということで， 江川さんにまた監修してもらいつつ， モデルをなおしたり作図プログラムを作ったり …… 正午まえにひとまず終了．

• またしても不良再生品をつかまされた A802 彩色印刷機 CANON LBP2810 のトナーカートリッジ (マゼンダ) 交換． 残量 23%． 症状は紙面一面がマゼンダになっちゃうこと． カートリッジ内のセレンドラムが壊れてるのか?
• LBP2810 問題， 続． どうもきゃりぶれいしょんまわりがおかしいような． しょうがないので， 強引な方法なんだけど， web interface からの手動設定で M の濃度を 7 から 2 に下げてみる．
• トドマツ原稿， 後藤さんが修正してくださった disucssion.tex を paper/section にいれて make pdf とアップロード．
• 昼飯．
• ごたごたあれこれちょっと片づけて， トドマツ原稿よみ． 関連論文よみ． トドマツメイルかき …… うーむ， 時間かかったわりにはたいした内容ではないな．
• お茶部屋の紙ごみすて作業てつだい． ついでに， 私のいる部屋のダンボール箱も． 地環研 B1F の紙ごみ捨て場， あいかわらずオワっている ……
• サロベツ種子まき実験の階層ベイズモデル作図， もうちょっとだけ続き． 「隠れ状態」 である埋土種子密度の事後分布図．

• 論文などながめてから 1840 研究室発． 雨． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): シリアル．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． 鶏の手羽もとの黒酢煮． 鶏レバの煮物． ニラ・シイタケ・豆腐のスープ． トマト． キュウリ．

2007 年 05 月 19 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 北 9 東 5 Homac に自室カーテンだの お茶部屋水道替えフィルター買いにいったり．
• 1310 自宅発． 今日も雨． 昼飯． 1430 北大クラーク会館地下 理髪店 で散髪． なンと 二ヶ月ぶり だ． そして本職にとっても私の顔面は剃りにくいものらしい (すぐに皮膚が切れて出血するから)． 1530 研究室着．
• なンというか …… 眠い．
• ということで， また ナゾのスタンド攻撃 うけて 「時間をふっとばされて」 しまった．
• 1945 研究室発． 雨雨． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• カーテン配置転換作業， とか．
• [今日の運動]
  • 雨がふるとうんどう休養日になりがち?
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.7 合． 鶏レバの煮物． ニラ・シイタケ・豆腐のスープ． トマト． キュウリ．
  • 昼 (1340): 自宅ちかくの北 12 西 2 の Mar's Cafe の「本日のパスタ」セット， ダイコンサラダ・コーヒー・デザート (パウンドケイキ + サツマイモプディング + アイスクリーム) つきで 950 円．
  • 晩 (2240): 米麦 0.8 合． コマツナ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・キクラゲ ・干しエビ・タラすりみの (にせ) 中華風スープ． キュウリ．

2007 年 05 月 20 日 (日)

• 0910 起床． コーヒー． 朝飯． 洗濯． 怠業．
• サロベツ種子まき実験データ解析用の階層ベイズモデル， 今回は簡易版でひとまずの推定計算すませてしまったけれど， いつの日か
  1. 発芽日分布
  2. 発芽可能確率
  3. 時間依存 (その実態は季節性・サイズ・密度依存性) な発芽後生残確率の変化
  をきちんと分離して推定しろ， と言われそうなので， その未来に備えてモデリングのメモ書きとか．
• 20 年間ほど音信ない友人をネット上で発見して驚く． ふーむ， ネイルサロン …… がんばってますね． ネットは不思議だ．
• 雨傘の修理作業． ありあわせの材料・工具でなんとかならないか， という試み． 太いクリップの末端を 5cm ほど切断して， 「骨折」アルミ骨にさしこんでペンチではさみこむ． とりあえず瞬間接着剤でかためる． ここで瞬間接着剤ぎれ． なんとなく不安なので糸でぐるぐる巻きにして …… 残ってる接着剤は業務用セメダインスーパー X だけ， か． まあ無いよりはマシだろうということで， 骨折部分をカタめるように慎重に「パテもり」していく． どうなることやら． 7-8 時間は放置しとかんといかん．
• 深夜になってから傘生地装着して展帳， すなわち平常使用時と同等のテンションかけてみたのだが …… 曲がりやすいクリップの切れ端を「骨」にする， というのは失策でもっと曲がらないワイヤーを使うべきだった (ピアノ線とか?)． しかしぐるぐる巻補強だけはみょーに強靭で， とりあえず傘としては問題なく使えそう．
• 1235 自宅発北大構内走． ひさしぶりに雨あがって晴． 1325 帰宅． 下の写真は当家でてすぐ創成川街路樹のプラタナス， 北 12 西 1 のエゾヤマザクラ (ホントか?)， 北大北 13 条門のイチョウ並木， 低温研・獣医学部前 (つまりエルムトンネル直上) のいつものジョギングコース (ウッドチップ軟舗装)．

• 昼飯．
• いつまでもうだうだしてないで， 大学にいかなくては， と思ってるうちに …… 眠くなってしまって， ですね．
• 晩飯後に地衣類繁殖モデル説明かきの三次元モデル説明の整理．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
  • ストレッチ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.4 合． コマツナ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・キクラゲ ・干しエビ・タラすりみの (にせ) 中華風スープ．
  • 昼 (1410): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． 鶏レバの煮物．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． マガレイのショウガ煮つけ， 煮汁流用のネギ・シイタケ・豆腐のつけあわせ． ピーマン・干しエビの電磁波蒸し．