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ぎょーむ日誌 2007-05-15

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

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2007 年 05 月 15 日 (火)

0650 起床．コーヒー．朝飯． 0800 自宅発．晴． 0815 研究室着．
昨晩ちょっとだけ残してた Vine 4.1 化 Dell デスクトップ機，とりあえずのサルヴェイジ & 戦力化終了．めでたしめでたし．
セミナーの準備 …… 投影資料 (PDF file) をちょっとだけ手なおししてみる．
1030 より研究室セミナー，本日は急に予定がかわってしまって「代打」の私が階層ベイズのハナシをすることに．内容的には今年 3 月の生態学会松山大会べいづ自由集会とまったく同じ．
野外調査にでかけてる院生が多かったわけだが …… 「直前」宣伝も多少の効果あったのか，低温研や農学部などからも聴きにきてもらって，いろいろと質問してもらったので助かった．
本日の内容，どれぐらい伝わったか，だけど …… すでに何度かこのあたり聞いてるヒトにはわかりやすかったみたいだけど，始めてのヒトにはやはりわかりづらかっただろなあ．皆さん，自分のデータにそって説明すればよくわかってくれると思うんだが．
セミナー終了後， Vine Linux 4.1 の dvipdfm 設定にとりくむ …… セミナー直前になって Vine 設定では Acrobat Reader 7 では Hevetica font が表示されない，とわかったので (ということでセミナーは xpdf でのりきった)．

いろいろ調べてみたんだが …… けっきょく

/usr/share/texmf/dvipdfm/config/dvipdfmx.cfg

の 138 行目，

D  "gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sPAPERSIZE=a0 -sDEVICE=pdfwrite
-dCompatibilityLevel=1.3 -dAutoFilterGrayImages=false
-dGrayImageFilter=/FlateEncode -dAutoFilterColorImages=false
-dColorImageFilter=/FlateEncode -dUseFlateCompression=true -sOutputFile=%o
-dNOKANJI -c '.setpdfwrite << /NeverEmbed [/Courier /Courier-Bold
/Courier-Oblique /Courier-BoldOblique /Helvetica /Helvetica-Bold
/Helvetica-Oblique /Helvetica-BoldOblique /Times-Roman /Times-Bold
/Times-Italic /Times-BoldItalic /Symbol /ZapfDingbats /Ryumin-Light
/GothicBBB-Medium] >> setdistillerparams' -f %i -c quit"

(これは実際には一行) をたとえば乱暴に，

D  "gs -q -dNOPAUSE -dBATCH -sPAPERSIZE=a0 -sDEVICE=pdfwrite
-dCompatibilityLevel=1.3 -dAutoFilterGrayImages=false
-dGrayImageFilter=/FlateEncode -dAutoFilterColorImages=false
-dColorImageFilter=/FlateEncode -dUseFlateCompression=true -sOutputFile=%o
-dNOKANJI -c '.setpdfwrite << /NeverEmbed [/Ryumin-Light
/GothicBBB-Medium] >> setdistillerparams' -f %i -c quit"

(これは実際には一行) とすれば英字 font がうめこまれた PDF file ができるとわかった (Linux 用 Acrobat Reader 7.0.9 でも問題なく表示できた)．ファイルサイズは 0.53 MB → 0.65 MB と膨張してしまったけど．

こういう embedding やろうがやめとこうが Mac や Windows 版 Reader だと問題なく読めるんだよね．あるいは Linux の xpdf や evince なら …… あ，そうか …… Adobe Reader なんかヤメて， evince 使えばよかったんだ! ということで上述の dvipdfmx.cfg を「フォントうめこまない」設定にもどす．
ネット雑用．今月 24 日 (木) の Trendy セミナーで市橋隆自さん (東京大学日光植物園) がつる植物なハナシを!
昼飯．なぜかしら院生たちが次々と動員されていって，渡島駒ヶ岳消耗戦に投入されて消えていく …… 何があったというのだろうか．
いろいろメイルかき．
Amazon から 生態学の Bayes & MCMC 本 というべき二冊がとどいた．
まず， Jim Clark 御大本 ``Models for Ecological Data''．内容的には前著環境科学の階層ベイズ本でやってるようなことを，「すごく丁寧」に解説している，というもの．この「すごく丁寧」がクセもので …… 私にとってはたいへんわかりやすいんだけど，その理由は数式がたくさんのってるから．ところがヒトによっては数式が多いと (わかりやすいとかそれ以前の問題として) 「読むのがイヤ」という場合もあるよーで ……

[Clark ゾウ本]

600 ペイジ超の巨大なハードカヴァー本なんだけど， 2435 円 (Amazon, 久保購入時) …… 安い! 「自分の研究はデータ解析いかんにかかっている」生態学研究者あるいは JS Clark ふぁん (うん? これは前者とほぼ重なる?) は 絶対に買い．ともかく安い本なので収納スペイスあるヒトも買い．ただし巨大な本なのに (Clark 御大的にとでももうしますか) さくいんがぶっきらぼう．

こちら ``Bayesian Methods for Ecology'' はもっとウスい (ただし値段は高い)，いわば「生態学研究者のためのゐんばぐす」本．こっちのほうがとりつきやすいかもしれないんだけど …… 上述の Clark 本が数式いっぱい本だとすると，こちらは BUGS コードいっぱい本．これまた嫌われてしまいそうな要因となるかも ……

[McCarthy カエル本]

300 ペイジ弱のペイパーバック， 6617 円 (Amazon)． BUGS コードいっぱいなんだけど，編集しくじっていてコードまわりやや読みづらい．おそらく今後はこういう系統の本がいっぱいでてくるだろうし (Clark 本とちがって誰でも書けるものだから; 私のべいづ自由集会のハナシにちかい)，まあウケいれられていくんだろう，と思う．

McCarthy カエル本の最初にのってた「べいづの人気上昇中!」図．たしかに保全生物学まわりは難度の高いデータ解析がたくさんでてくるから，必然的に Bayes 利用となりがちなんだよね．

気が重くなるアリ研究に移る前に …… 志水さんとの地衣類繁殖の階層ベイズモデル (計算そのものは昨年 10 月末に終わってる) の作文にとりくんでみる．
と思ったら，富良野の後藤さんからメイル来信，トドマツ世界にひきもどされる．
空腹でふらふらしてきたので 2020 研究室発． 2035 帰宅．体重 67.2kg …… なンか最近は体重の観測値の増減ハバが大きいような．晩飯の準備．晩飯．
[今日の運動]
- うんどう休養日
[今日の食卓]
- 朝 (0730): パンケイキ．
- 昼 (1400): 研究室お茶部屋．食パン．レイズン・チーズのせ焼き．
- 晩 (2115): 米麦 1.0 合．ネギ・シイタケ・豆腐のカレー．プチトマト．キュウリ．

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