ぎょーむ日誌 2007-05-16

2007 年 05 月 16 日 (水)

• 0810 起床． コーヒー． 朝飯． 朝から「自作の汎用 MCMC な sampler 作れないか?」 という妄想にトラップされてしまった …… やっぱ汎用は難しいわ． 0945 自宅発． 晴． 1000 研究室着．
• 汎用 MCMC といえば， Kent Holsinger (生態遺伝学なヒト) の MCMC++ があったなあ …… お， 3 月に 1.2 がリリースされてる． しかし， ためしにコンパイルしてみたんだけど， example 動かしても segmentation fault するんだよねえ ……
• gdb してみると

  Starting program: /home/kubo/mcmc++-1.2/examples/binomial 
  
  Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
  main (ac=1, av=0xbffd4f54) at /usr/include/boost/spirit/core/scanner/impl/skipper.ipp:171
  171             while (*last)
  

  boost library まわりに問題ある， とわかったんだが …… Vine 4.1 用の boost (libboost のたぐい; 安直には sudo apt-get install libboost-test-devel) とかにきりかえてもうまく動作しない (./configure --with-boost-test=-gcc-1_33_1 が必要; いや， ./configure --with-boost-test=-gcc でいいのか?)． ということで， MCMC++ はまたこんど， ということで． sudo make uninstall ……
• 消しちゃったあとで， gdb のなかで trace back すべきだった， と気づいた． 呪われ言語 C++ からすっかり遠ざかっている日々だな …… ところで， R のプログラム debugging にも traceback() わざは必須だよ (+ browser())．
• また志水さん 地衣類 わーるどに戻ろうとする努力． ともかく志水さん原稿よんでみようとしている． 地衣類用語あれこれ， thallus (葉状体) だの apothecia (子器) だの ……
• ススまぬまま昼飯． 昨日言及の Clark 御大 ゾウ本， 日本の amazon.co.jp では 2490 円 (時価) と異常に安いんだけど， amazon.com では $65 という密告をいただく． ふーむ ……? まあ， 興味あるヒトは安いうちに買っておいてください．
• さて， くだんのゾウ本には「副読本」とでもいうべき， 「Models for Ecological Data-Lab Manual [ペーパーバック] 」 (3362 円, 書名・値段は久保発注時のもの) なるものがあって (上述の密告なヒトはゾウ本の異常安値に関して amazon.co.jp がこっちとカンちがいしたんじゃないの， とスルどいご指摘)， これも注文してたんだけど …… 現在の amazon.co.jp でそのあたり確認してみると， なぜか書名が Models for Ecological Data (ペーパーバック) に変わっていて (ただし ISBN やペイジ数はゾウ本のそれらとは異なっている)， 値段も 2471 円となってる． こちらのペイジ数は 152 なのでまあ妥当というかそんなものか， な値段だろう． ちなみに amazon.com では ``Models for Ecological Data (Paperback)'' で $19.95 となってますなぁ ……
• Clark 御大が出版社とモメごとでもおこしちゃったせいか何かで， 出版すごく遅れるわ， 書名は二転三転の混乱のどんぞこ， amazon.co.jp における値段づけなんかもむちゃくちゃになった …… といった顛末だったのだろうか?
• 蛇足ながら， 御大の publications ペイジでは ``Clark, J.S. 2005. Models for Ecological Data. Princeton University Press, under contract.'' のままやる気なさげに放置されてるね ……
• よくわかんないんだけど， とりあえず旧発注はとりけし， あたらしく 2471 円のほうを発注． 「配送予定日： 2007/6/10 - 2007/6/25」 となってるけど， まあとうぶん届かないような気がする．
• アヤしげなところから送信されてきた再査読依頼 …… 一時間ぐらいでてきとーに書いて返信してしまった． 一件落着， なのだろうか?
• 地衣類原稿よみ ……
• 集中力がキレて， 「これから書く地衣類繁殖ベイズモデルの説明 (modeling 節など) って， 志水さん (MacOS X つかい) に渡すときにわーど化せんといかんのだろうか?」 という (当面のところは) どうでもよいよけーな問題にはまってしまう． いつものことながら， わーどなヒトたち相手にするときの 問題の焦点は数式まわりなんだよね． 志水さんに LaTeX おしつけるわけにもいかんので， 両者の妥協点としては OpenOffice あたり， となるのかもしれない …… 久保全面敗北シナリオとしては， 私がまた共用 PC で吐き気こらえつつ MS おひすを使う， あたりだろう．
• OpenOffice の数式 editor Math は (鍵盤入力で決着つけよう指向な) LaTeX 的なテイストがちょっとあるので悪くはないんだが …… ギリシア文字のいれかたがわからん． で， 調べてみると

  	%lambda = exp(%beta_0 + %beta_1 x) 
  

  てなかんぢで入力すればよい， とわかった． ただしこの数式オブジェクトは MS おひす数式オブジェクトと互換性なく， さらに， どうやら上記ギリシャ文字に関しては移動先での可読性すらもないかも， と．
• どうでもよい問題についてだいたいのところを理解できたので， また原稿よみにもどる． そもそも何をやったのかもよく思いだせん． 昨年 10 月末 のぎょーむ日誌ながめたり， 当事の計算プログラムだの印刷してみたり．
• また関係ないハナシだけど， XOrg で外部モニターやプロジェクターなんかを問題なく動作させるには /etc/X11/xorg.conf の Section "Device" に Option "MergedFB" "true" が必要なのかしらん? こんど実験してみよう．
• 昨日うけとってしまったとある査読原稿ぱらぱらとながめて …… 内容が理解されるほどにアタマが痛くなってきた． これって冗談ではなく， ホントに terminal care が必要なモノだったのか． ココロをしずめるべく， 冷静に「救済しがたい点」を列挙してみる．
• てなことで地衣類方面へのきりかえはなかなか進捗せぬまま オワってしまいましたよ． 2030 研究室発． 2045 帰宅． ばてた． 体重 67.2kg． うーむ， 昨日と同じ観測値か． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
  • ストレッチ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.5 合． ネギ・シイタケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン． レイズン・チーズのせ焼き．
  • 晩 (2150): 米麦 0.8 合． ホッケの電磁波酒蒸し． コマツナのゴマあえ． キュウリ．