ぎょーむ日誌 2008-01-(01-10)

2008 年 01 月 01 日 (火)

• 0950 起床． 新年になっても生活周期は改善されず． 朝飯． コーヒー． 体重 70.4 kg． 怠業．
• JAGS-1.0.1 をインストールして遊んでみたり． 今年はこのソフトウェアが発展してくれればなぁ ……
• 年末にとりこぼしたススはらいのための統計学本勉強． 昔のヒトは計算ワザが正規分布に関するものと順位和に関するもの周辺に限定されてたから いろいろとおもしろくてヘンなアイデアをだすなぁ …… さてさて， これをもうちょい現代ふうに説明するならどうするか， だ．
• 夕方になって北区の札幌駅周辺とかをちょっと散歩してみたり． 雪が少ない．
• しかし夜になって札幌も豪雪状態に突入． 我が家は国道 5 号線ぞいにあるので， 大型グレイダーが航過すると震度 2 ぐらいのゆれが発生する．
• [今日の運動]
  • うんどう怠業日から始まる新年 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (1010): 米麦 0.5 合． 豆ごはん． お正月用総菜．
  • 昼 (1300): 米麦 0.5 合． 豆ごはん． お正月用総菜．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ホッケ． お正月用総菜．

2008 年 01 月 02 日 (水)

• 0910 起床． 朝飯． コーヒー． 返信の難しい依頼メイルがきた …… でふりーづしてしまった． 1200 自宅発． 日本海低気圧が北海道の北側を通過中なので西高東低の気圧配置となり， 今日も大雪． 1215 研究室着． 今日も静かで平和な地環研 A 棟 8F．

[車道-歩道間の雪壁・雪山]

ひと晩でけっこう降ったので， 今シーズン初の除雪山が形成されつつある． まあ， また高さ 2-3 m ぐらいの長城になるのではないかな． 北 12 条生協 周辺．

• ぎょーむススまぬまま昼飯．
• とりあえず生態学会福岡大会の要旨 (アリかみつきの統計モデリング) を書いて登録． 共著者のみなさんに「1/8 (火) までなら変更可能です」 通知メイルをだす． 1910 研究室発． 1925 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ああ， ホントに不健康だな …… いやいや， これは単なる気分的な問題にすぎないんだろうけど
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): シリアル． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 豆ごはん．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． かまぼこ・シイタケのすまし汁． 半額だった刺身もりあわせ．

2008 年 01 月 03 日 (木)

• 1030 起床． 生活周期のずれがなかなか復旧できない． 朝飯． コーヒー． 1205 自宅発． 曇． 1220 研究室着．
• クラシカルな統計学本の勉強 …… じつはこのようなクラシカル本にも (モデル選択的なかんぢの …… いや実際はモデル選択ではなく検定のハナシなんだけど) 「分割表の切り直しによる多重性の問題」 (検定のハナシなので「偽陽性 (言い過ぎ) が生じるのは明らかである」 としている) との指摘があって「うーむ」と考えさせられる．
• また Wiki などで自分のサイトを作りたいという院生の手つだいで PukiWiki のインストール作業など． 私は必ずしも PukiWiki (というか PHP で駆動する Wiki システム) が良いとは思わないんだけど …… まあ， やはりお手軽・資料が多いということで．
• 昼飯．
• なんだか仕事のススまぬハラいせとして FAQ モデル選択 なるやつあたりペイジを作ってみる …… そうねえ， 不幸な気分になれる質問 worst 4 はこんなところか?

   ・ モデル選択したあとに検定すればいいのですか?
   ・ モデル選択規準 AIC が一番小さいモデルは一番あてはまりの良いモデルですか?
   ・ 「パラメーターの重要性」をみるために Akaike weight を計算すべきですか?
   ・ サンプル数が少ないときには AIC ではなく AICc を使うべきですか?
  

  いっぽうでモデル数が多いときのモデル選択法などについては， 私もよくわからん． しかし重要な問題ではある． ベイズにうまく逃げこめれば， と思うのだけど． また機会があればこの FAQ を改善したり， 別の種類の FAQ なんかも作りたいねえ．
• ススはらい的ぎょーむは本日も終了せず． 勉強はススんだけど． 1950 研究室発． 駅すぐ南の紀伊國屋書店にふらふらと寄ってみる． 2040 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • さてさて ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (1120): 米麦 0.8 合． 切り干しダイコン・ニンジン・油揚の煮物．
  • 昼 (1530): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 切り干しダイコン・ニンジン・油揚の煮物．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ネギ・ブナシメジ・ハクサイ・カジカの味噌汁． 切り干しダイコン・ニンジン・油揚の煮物．

2008 年 01 月 04 日 (金)

• 0950 起床． うう． 朝飯． コーヒー． 1120 自宅発． 曇． 1035 研究室着．
• 例の， 「不幸な気分になれる査読を断りたいんだけど， 断る理由の手紙を編集者あてに準備してるうちに， いっそのことこのまま査読報告にしたほうがマシかも」 な査読報告かきのつづき． 不幸な査読者をこれ以上増やさぬためにも次からは editor reject にしてほしい． しかしこれは editor にとってリスクの大きな選択なので， それならば reviewer に不幸を押しつけてやれ， となるわけだが．
• とびこみ動物生態学データ解析こんさる． ここ A 棟 5F つまり大統領研究室の重田さんで， ウミガメ の上陸数の統計モデリング …… 私のところにこれがまわってくる理由としては， まわりくどい言いかたをすれば大統領が昔から堅持しておられる 大学院ゆとり教育主義のひとつの帰結なのかもしれない．
• で， お話をいろいろとうかがってみる． ウミガメって沿岸でうろうろしてるだけかと思ったら， けっこう回遊というか外洋を 放浪 してるらしくてなかなかやっかいだ． ほー， 宮崎県の人々は最近になってウミガメの卵を食べるのやめた， とか． ともかくこういう時系列データは GLMM とかで歯のたつしろものではないので …… そもそもまともな図もないので， 修士課程つめこみ教育主義の私としてはまずはデータ整理の宿題をだしてみる．
• その後， 矢澤さん熱帯林データ解析こんさる． これは甲山さんの種数さえ多けりゃそれでヨシ主義のひとつの帰結なのかなぁ …… ちょっと関係ないハナシだが， 重量「分配」的なハナシはベイズモデルの導入によって わりとすっきり解決できたような気がしてるんだけど (これはホントの重量分割とあろめとらー的にあつかう両方法があり， 後者は教条主義的なあろめとらーには許容しがたいものかもしれない)， 古典的な同じ次元をもつ観測値をあつかうあろめとりー問題に関しては 今回もまだうまくモデリングできてるような気がしない．
• 1940 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • えーい， あすこそは ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.8 合． 切り干しダイコン煮物のたきこみ飯．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 切り干しダイコン煮物のたきこみ飯．
  • 晩 (2130): スパゲッティー． トマトソース．

2008 年 01 月 05 日 (土)

• 0930 起床． もはやかかる生活周期のずれには動揺しないコトにしました． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． うんどう． はい． よーやく， ひさびさに．
• 1450 自宅発． 晴． 買いもの． 1510 研究室着．
• ちょっとメイルかきして昼飯．
• 研究室の Web server 機も Vine Linux 4.2 に sudo apt-get dist-upgrade してみる．
• ウミガメこんさるのつづき． 本日はいろいろな作図 …… やっぱり図にしてみると漁業とかで何かが説明できるとか， そういうものでもなさそう． ということで， 下のような時系列データだけが与えられている状況のもとで， 中期・短期の変動を分離してこれを説明できるような階層ベイズモデルが 必要とされているようで．

• 本日は作図だけ …… というかデータをいろいろな方法で (ただし割り算とかよけーなコトはやらずに) 図にすることで統計モデリングは半分以上かたづいたようなもんだ． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 45 分間． 400kcal．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): シリアル． ヨーグルト． リンゴ．
  • 昼 (1550): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 切り干しダイコン煮物のたきこみ飯．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・ニンジン・コンニャク・ブナシメジ・サケの味噌汁． ダイコンの長芋おろしあえ． 鶏レバのショウガ煮．

2008 年 01 月 06 日 (日)

• 0950 起床． 生活周期が …… 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． ちょっとうんどう．
• 時系列データ解析する階層ベイズモデルを検討中． 統数研方式というか， 変化率の変化率 (つまり二階微分というか二階差分) が正規分布になるみたいな …… モデルを考えればよいのかしらん? 観測値のウラに「ホントの密度」があって， というようなコトを考える 隠れマルコフモデル (hidden Markov model) であると同時に (後記: これは正確には隠れマルコフではなく一般化状態空間モデル) ， 個体群の成長速度の変化を階層ベイズモデルで拘束してやる， と …… すなわち， 個体群の成長速度は激変しないだろう， という仮定を使っているってこと．
• てなことを検討して， だいたいの腹案がまとまったので BUGS 言語でコーディングしてみる．
• いきなり本物データを使うと最悪なコトになるのはまちがいないので， まずは簡単化した架空例を構築してみる． 丸で示された観測データから赤で示された「真の」個体群動態を推定せよ， そして成長速度の変化を特徴づけろ， とゆー問題だ． 架空データは赤曲線を平均とするポアソン乱数．

• MCMC 計算そのものは 10 秒ほどで終了し， 収束も完ペキ (事後分布表) …… ゐんばぐす邪悪ぎみなわざをもちいたからだ． …… すなわち， この架空データ専用の実験的な BUGS code の Tau.dummy まわりである． ついでに言っとくと， このワザを使わないでこのテの問題を バカ正直に WinBUGS で推定させると死ぬほど時間が費されることになる (deterministic node の「連鎖」が長くなりすぎるため)．

• 統計モデルの予測としてはこんなかんぢ． 思ったよりがたがたしてるな ……

• そして今回の問題のカギである 「個体群の成長速度がハッキリと『衰退』してると言えるのはいつごろか?」 に答える図． 40 年目あたりから， ということになる．

• 架空データにおける 「ホントの成長率」 (赤) をみればわかるように， ホントは 20 年目から衰退が始まっている (マイナス成長になるのは 30 年目ぐらいから)． しかしながら， このノイズまみれな (架空) 観測データのもとでは 「マイナス成長といえるのは 40 年目ぐらいから」 としか言えないのである． かくのごとく自然科学の方法論の限界を定量的に示すのが 統計モデリングの役割のひとつと言えるだろう．
• ところで「両端」があまりあってないのは， 「前後」の拘束が少ないからだ．
• それでは個体群の成長速度に関するモデルをちょっと変形して， 統数研方式とゆーか， 成長速度の「変化がなめらかになるように」という制約を 階層ベイズモデルで与えてるモデルも試してみよう． コーディングのやりかたは …… たとえば， こういう BUGS code とか． 両端のあつかいはあいかわらずデタラメだけど．
• 計算は 1.5 倍ぐらい (つまり 15 秒ぐらい) を費して収束． 当然ながらというか， まあ多少は個体群動態のでこぼこが減る．

• まあ， ウミガメデータにはどちらのモデリングがよいかは， 実データとの対応をよくみて考えよう．
• で， いつのまにか夜になっていました．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1010): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ニンジン・コンニャク・ブナシメジ・サケの味噌汁．
  • 昼 (1410): イソップベイカリーのクロワッサン．
  • 晩 (1930): 大学にいこうかと思って家をでてみたけど， 途中でイヤになったので大学横の「ねこや」で晩飯． チキンソテー， デミグラスソース． 結局， そのまま帰宅．

2008 年 01 月 07 日 (月)

• 0810 起床． ねむいー …… 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• …… で， 午前中に予定されてたデータ解析こんさるはどたきゃん， となりました． まあ， 「早おき」 できたからいいや．
• いかん， また階層ベイズ隠れマルコフモデルの改善に没頭してしまった (後記: これは正確には隠れマルコフではなく一般化状態空間モデル) ……
• いろいろと堆積してしまっているメイル返信かきなどに着手． まず粕谷さんからのご指摘いただいたので， FAQ モデル選択 を修正． 「モデル選択規準 AIC が一番小さいモデルは一番あてはまりの良いモデルですか?」 の

  比較しているモデルの中でパラメーター数のもっとも多いモデルが 「あてはまりの良い」モデルということになります

  に
  • ただしこれは「比較しているモデル」が含有関係にある場合に限定されます (例: 一般化線形モデルの線形予測子だけがモデルによって異なる場合)
  • 含有関係にないモデル間の比較の場合， パラメーターが多いからといってあてはまりがよくなるとは限りません
  という補足の説明を追加．
• 重田さんとウミガメ相談 30 分ほど．
• そのあと東研の藤原君とアリ用語相談． 藤原君の提案で Pedersen et al. (2006) の Table 1 なんかを とりあえずの基準にしたらいいんではないか， とのことで ……
• どうでもいいが， Wikipedia の Ant colony 項はわりとてきとーなる記述だなぁ． 昼飯． あらー， また積雪しそうなふりかたになってる ……
• シカ移動のモデリングに関するコメント書き． これは Gibbs 林冠モデル 的にシカ個体ごとに少しずつ移動経路変更と個体の増減をやりつつ， パラメーターの事後分布を決めていく方法しかないように思えてきた．
• またいろいろとメイルかきかき …… なんだかたいへんな仕事をひきうけてしまったような．
• あ， 今日は「穴あき」になった冬季用靴のかわりが届くはず …… と， 1750 研究室発． 調査用長靴で雪の上を小走りに． 1800 帰宅 …… ネットで確認すると， 二日前に東京をでた荷物は雪の札幌には届いてないのでした． 日本は広い．
• 脱力． うんどう． 体重 70.6 kg． いやはや …… これからはうんどう量を改善していこう． 生活も． 晩飯の準備． 晩飯．
• 私は年賀状なんぞは書かないんだけど …… そのくせもらった年賀状の返信は「松の内」にとドロなわで返信かき …… といってもメイルで， しかも返事を書かねばならないのは 3 通だけなんだが． 気楽だ． しかしそのうち一通はメイルアドレスが不明だったので， あきらめることに． いやー， こういう季節もの event から釈放されると気分がラクですよ ……
• [今日の運動]
  • エアロバイク 47 分間． 400kcal．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ニンジン・コンニャク・ブナシメジ・サケの味噌汁．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． イソップベイカリー のバタール． チーズ．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ダイコン・ネギ・ブナシメジ・コンニャク・豆腐の味噌汁． 卵焼き．

2008 年 01 月 08 日 (火)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 1000 より研究室発表． 本日は修論発表会 (は一ヶ月ほど先なんだけど) の発表準備， みたいなかんじで． うーむ， M2 のみなさんへろへろぎみだ …… 正午まえに終了．
• 昼飯をはさんでひたすらメイル書き． やはりこの時期はデータ解析こんさる的なものが多い． あと， 2/22-2/24 に 宮城県大崎市鳴子温泉 に行くことになったので， 航空券の予約， とか． ここ地環研事務室の会計に廃棄予定の長机ひきとりの用意あり， といった連絡とか． あと本日しめきりの生態学会 福岡大会 の要旨を拝読する， とか (いろいろと共著者にいれてもらっているので)．
• 努力したおかげで， inbox のメイル件数が 3 に減少した． シウリザクラ原稿みなおし， 地衣類繁殖解析の原稿みなおし， そして断りたかったんだけど断りの手紙かくぐらいなら いっそのことそれを査読報告にしてしまえという誰にとっても 不幸な (まだ放置されていた) 査読一件だ．
• とりあえず一ヶ月間放置してた地衣類原稿ファイルを少しさわってみることに …… 不思議なことに共用ゐんどーづ機の MS おひす (2003 だったか?) では開けなかった password つきわーどファイル， 最新版の OpenOffice for Linux だと難なくひらくことができた．
• Trendy セミナー． 今日は浮き世ばなれした数理モデルのハナシで． 終了後に気づいたんだけど， 高須さんの点過程な個体群動態モデルに関する近似計算ってのは， 他ならぬ Bolker 氏 (その風体からすると「師」とおよびするべきか?) が 10 年以上前に moment closure で解決してたハナシだなぁ ……
• 1850 研究室発． 1905 帰宅．

[そして宅配便をうけとることができた]

穴あきになった冬季靴を代替するべく， ネット通販で買った． キャラバン GK-4． 9240 円． せいぜい大切に使って長もちさせることにしよう．

• ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． ダイコン・ネギ・ブナシメジ・コンニャク・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ナメコの味噌汁． ハクサイ・ネギ・ショウガ・シイタケ・卵の炒めもの． 長芋の酢のもの．

2008 年 01 月 09 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 曇． 0955 研究室着．
• 志水さんとの共著である地衣類繁殖の階層ベイズモデル解析の 投稿直前の原稿なおし作業． アタマがなかなか地衣類にきりかわらない．
• なんとか作業をおえて， 志水さんに連絡． 昼飯． 窓の外は吹雪．
• 会計係に連絡メイル書き． ついでに A 棟 8F お茶部屋の天井蛍光灯を修理したい件についても問いあわせ．

[長年蓄積された計算機ごみ]

よーやく捨てられることになりそうだ． なんというか， よくもまあこんなにためこんだもんだ …… 左は会計係に示すためにとった写真 (拡大)．

• すでに時刻は 1500． 地衣類に関しては志水さんの返事まちなので …… ウミガメ問題でもススめておくか． これも修論したうけの一部なんで (ただし他研究室だけど)， 放置しとくとアブない時限爆弾なんだよね．
• ということで， 夜までウミガメに苦闘． 複雑なデータ構造をあつかえない BUGS 言語の限界を R で克服するような， まあ何と言いますか良くも悪くもかなり創意工夫した， ともうしますか ……
• うーむ， じりじりとそれっぽい個体群動態は (MCMC 計算の中で) シミュレイトされているけれど， chain ごとにぜんぜんばらばら …… このような場合は， モデルか観測データが悪いわけだが， この場合はまちがいない統計モデルが悪いのである． ウミガメ個体群動態についてよく理解できてない， ということで．

• 明日午前中もデータ解析こんさるがあるので撤退． 2100 研究室発． 雪はやんでいる． 2120 帰宅． 晩飯．
• 考えてみれば， 一日の中で 地衣類 と ウミガメ の両方について考える研究者ってのもなかなかいないかもね ……
• うげー， なんと (昨日のぎょーむ日誌でもちらっと言及してみた) Bolker 師やその弟子 (?) 奥山さんたちがウミガメ階層ベイズモデルとか すでにいろいろ やっておられるな …… 幸か不幸か， 時系列解析モノではないみたいだけど．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． タマネギ卵炒飯． ナメコの味噌汁． 長芋の酢のもの．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． フランスパン． チーズ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・シイタケ・豚肉のトマトスープ．

2008 年 01 月 10 日 (木)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 雪． 0930 研究室着．
• Nina さんと河川中のアミノ酸データの議論． 今日はデータ変換ぐらいまでしかススまなかった ……

• 昼飯後， ウミガメ上陸数時系列データの階層ベイズモデリングのつづきにとりくむ．
• で， その間にもテングザル採餌行動データ解析とか熱帯林樹冠モデリングのハナシとか …… 前者は東研 D3 松田君 (なんでも月末のテングザル TV 番組に出演されるそーで) のハナシで， このデータはかなり貴重なモノだと思うんだけど， 個体差とか時系列とかフェノロジーとかありとあらゆる難物が含まれていて …… 月末の D 論公聴会にはぜんぜんまったくまにあわない． ということで， その「なんでもかんでもゆーい差だせ!」とかいう 「ゆーい差」決戦主義者の副査 (私は誰なのかしらないんだけど) に対抗するべく， なぜこのデータ解析は難しいのか， 統計モデルの仮定とデータの構造が合致してないのに 「ゆーい差」だけ計算してもばかばかしいだけ， といった方向で説明する方策を．
• などと disturbance が入りつつ， ウミガメ上陸モデルはどーにかこーにか完成した． 計算時間は 3000 MCMC step で 35 秒 …… 水棲動物個体群の時系列データ解析がこんなのでホントによいのか， まだまだよく検討すべき点はあるけど， 修士論文対策としてはとりあえずこんなモンでしょう (事後分布表， BUGS code)．

• モデルの予測 (prediction) としてはこんなかんぢで (ヒゲは事後分布の 80% 信頼区間)．

• 自分のやったコトをすぐに忘れるんで記録しとくと， 一番下の q.year は「その年にウミガメたちが上陸したい『気分』」 (全日本共通) みたいなもので， そんなパラメーターあるわけないだろうと思われるだろうけど， こういう統計モデリングやってみると「ウミガメ masting year? 現象」 らしき不思議な推定結果が得られました， と． このアヤしげなる 「全日本共通」とやらに意味があるのは 1980 年代後半以降のみ， だけど．
• 今日もいろいろありましたなぁ …… とばてきって撤退． 2030 研究室発． 2050 帰宅． 体重 70.4 kg． ちょっとうんどう． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． キャベツ・タマネギ・シイタケ・豚肉のトマトスープ．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． フランスパン． チーズ． リンゴ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． キャベツ・タマネギ・シイタケ・豚肉のトマトスープ．