ぎょーむ日誌 2008-12-31

2008 年 12 月 31 日 (水)

• 0820 起床． 生活周期がずれたまま年末 …… 朝飯． コーヒー． 洗濯． どこに何があるのかわからない， というこの部屋の現状に関して少しばかりの疑問が生じたので， 物品を移動することで何か秩序のようなものが生じるかどうか とゆー実験を試みてみた …… 多少はマシになった． そもそもそんなにモノがあるわけでもないんで． しかしあるはずのモノが見つからなかったり． うーむ?
• てなことでうだうだしてるうちに， すでに正午ちがくなってしまった． 不調だな． 不調だ． 1130 自宅発． 雪． 気温はやや高く歩道上の雪はややとけぎみ． 1145 研究室着． A 棟 1F の廊下を歩いてたら， 実験棟にむかう生態遺伝研究室のかたにばったりお会いした．
  「あれ? 君は実験動物のお世話しなくてもいいのに何でいるの? 計算機のお世話?」
  「M2 という動物のお世話です」
  「ああ，なるほど」
  まあ， 実際のところは M2 のデータにとりくんでいるわけだが．
• で， 昼飯などくいつつデータをながめる． うーむ．
• とりあえず， データ中の信用できない列を削除して， 信用できるところを組みあわせて， 樹高成長量などを算出していく．
• さらに死亡枝と新規生成枝 (先発枝 proleptic shoot を区別しつつ) TRUE/FALSE 列で …… このあたり sapply() ワザの連発．
• うーむ， apply() 関数系のワザは ぜんぜん難しくないと思うんだけど， まわりの院生をみてると「習得の難所」になってるような気も． これが「他のワザでは代替できない」 かというと， ぜんぜんそんなコトはないんだけど (皆さん for () とかでシノいでいたりしますな)， 使えるとコード全体がかなりすっきりするする (for () は関数ではないのですっきり書けない)， というご利益はある．
• データから「ゑくせる呪われこぴぺエラー」 はひとまず厄ばらいできたように思えたので， 「全データを俯瞰できる図」 の作図プログラミングにとりくんでみる． 図を作るとまたエラーとか見つかったりするんだけどね ……
• library(lattice) 作図の coding …… これまた「習得の難所」 かなぁ …… 来年はでるはずの「R の作図わざ」 を読めば下のような図が描けるようになる， といいですね． まあ， R こーどは こんな かんぢで．

• シラカンバ 22 個体・ホオノキ 33 個体ぶんの枝成長・枝死亡・枝生成・ 幹成長などの図を pdf() 関数を使って PDF ファイルに出力してみる …… あ， evince だとシンボルの一部がバケるんだった． えーい， データが正しいかどうかわからんけど， PDF ファイルもリンクしておくか (BP, MO)．

• うーむ， データが正しいとすると， だけど ……
  • シラカンバの頂部の幹 (leader shoot) では当年では一次枝は同時枝としては伸びないけど， 翌年に先行枝として伸びる?
  • ただし樹高成長がよい個体は同時枝をだす? (いかんせん BP は個体数が少ないので何とも)
  • 緑の横棒は一次枝直径の log RGR に相当する量なのだが， これは個体上部ほど高い …… しかし直径が小さい枝も上部にある， つまり直径と位置が交絡してるので， 何ともかんとも．
  • ホオノキはわけわからん
  はてさて， どうなることやら．
• 1900 研究室発． なぜか気温があがって雨． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 歳末うんどう不足状態継続中 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ネギ・卵炒飯．
  • 昼 (1250): 研究室お茶部屋． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2130): 蕎麦． ヨーグルト．