ぎょーむ日誌 2008-12-22

2008 年 12 月 22 日 (月)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0815 自宅発． 曇． 積雪びっしり． 0830 研究室着．
• 0900 より群集生態学論文の勉強会のつづき． 今日の午前は苫小牧の石原さんで，

  Clark JS (2003) Uncertainty and variability in demographiy and population growth: a hierarchical approach. Ecology 84:1370-1381.

  フクロウの個体群動態の生残確率率・産仔数パラメーター推定の階層ベイズモデル． Clark 的にいつものごとく， ともうしますか数式とか「てきとー」に書きトバしてるのでまちがいとか いろいろあったり (この論文に関しては図・表もかなりまちがっている)． とはいえ， 2003 年の時点で「生残確率を推定するのにアホみたいな割算するな」 (意訳) と指摘しその解決策を論文にだしてたのは …… うーん， 私はまだまだ周回おくれなかんぢが．
• ところでこの個体群なハナシが群集生態学につながるかといえば， ぬけめない石原さんは Clark et al. (2007) を紹介しておられた． これは群集生態学の理解に貢献してるのかしてないのか， なんとも …… しかし意外にも， ともうしますか， 午後に平尾君が紹介してくれた論文には引用されてた．
• 3 時間びっしりとひとつの論文にとりくみ， 昼飯．
• 午後は 13 時から 3 時間ほど． 平尾君による，

  Jabot F, et al (2008) Reconciling neutral community models and environmental filtering: theory and an empirical test. OIKOS 117:1308-1320.

  これも勉強になった． 平尾君が「ここまでの経緯」 みたいなのも含めて紹介してくれたんだけど， ややぼーっとしつつ聞いてた私の理解はこんなかんぢで:
  • Hubbell 本 (2001) が 「群集の species abundance 分布 (SAD) を生成できる」 「実データと比較可能でありパラメーター推定ができる」 理論として群集の中立説というフレイムワークの提示に 本腰をいれ， (Hubbell の思わくどーりに?) 賛成するヒトも反対するヒトもその手のひらの上で 踊ってくれるという時代になった
  • Hubbell は SAD をシミュレイションで生成していたのだけど， この方法で SAD を生成してみせるのはけっこう不便だとわかってきた
  • 局所群集への移入率の大きい局限では， 中立な多数対立遺伝子の確率分布 (Ewens 1972) でよい (尤度関数がかける) とわかった
  • 一般的な移入率のもとでの (ややこしー) 尤度関数は Etinne (2005; この論文の共著者のひとり) が示したけど， メタ群集の多様性θを Ewens (1972) のやりかたで 推定する必要があった
  • 局所群集での種分化はない (個体数が少ないので) と仮定すると (SAD はランダムドリフトとメタ個体群からの移入だけできまる)， 遺伝子系図学 (gene genealogy) で使われる coalescence process で局所群集の SAD を定式化でき， それを尤度として移入率が推定できる (メタ群集多様性θなんかは推定しないで)， とわかった (Etienne and Olff 2004 など) …… スゴい発想だ!
  • この論文では定着仮定に filtering (局所環境が species 定着の可否に影響する) があったらどうなるのかを調べた
  といったもの． シミュレイション実験してみると， 場所による移入率の相違は Etienne (2005) の方法では うまく推定できないけどこれは推定できる， ということをまず確認． つぎに環境差があると …… 移入率は低く見つもられてしまう． これはメタ個体群との相違が大きくなるためで， 中立モデルで解釈すると「移入率が低いからヘンな群集ができる」 となるため． まあ， これで m の推定やることで種差に影響あたえていそうな環境要因とか 特定できるんじゃないの? といったハナシのようで …… しかし， この論文のままでは「移入率が場所によって異なる」 「環境による filtering がある」 の区別がつかないよね， といったハナシから上述の Clark et al. (2007) なんかに言及がいってるようで．
• …… よーやく， おわった …… 勉強にはなったけどばてた．
• テングザル論文すすまず． 1920 研究室発． 買いもの． そしたら北 12 生協でテングザル松田君にばったりあった． うう． 1940 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ふけんこうなる日々， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.8 合． 卵焼．
  • 昼 (1200): 百周年記念会館「きゃら亭」の A ランチ． シーフードスパゲッティー．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ネギ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ニンジン・鶏肉のレモン蒸し． ヨーグルト．