ぎょーむ日誌 2008-09-(01-10)

2008 年 09 月 01 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 晴． しかし今日は夕方には雨降りになる， という予報で． 0930 研究室着．
• R の作図わざ本ほんやくのつづき． まずは， 作図オブジェクト (graphical object; grob) の edit のやりかたの説明．
• 昨年につづいて，「停電あけの A706 室内停電」 事件が発生． A706 実験室は室内に大量の機器 (インキュベイターなど) があり， 停電あけには大電流が通じて室内ブレイカーがオチる (フロアのブレイカー盤以外に室内のブレイカー盤がある)．

[A706 室内ブレイカー]

昨年の発生にこの件を研究室雑用 Wiki に記録しといたんだけど， もうちょっとわかりやすく記録しなおす． 一年に一度ぐらいしか発生しないんだけど， しかし何も知らないと復旧に手間どるからね ……

• 院生の野外調査スケジュール管理 (みたいなこと) やってる掲示板が不調 …… 先日， log file をちょっとヒネったのが原因のようだ． しかし 30 分ほど調べてみたんだけど， なぜ不調なのかよくわからない． 新規登録・確認はうまくいってるようだ． しばらく放置．
• 昼飯．
• ほんやく作業， つづく． R 作図のオブジェクト指向プログラミング， とゆー誰がこんなの読むんだぱーとに突入．
• 章としては最後の第 7 章， なかなか難しくてススみが遅い． 2030 研究室発． 予報はハズれて雨はまったくふらなかった． 2045 帰宅． 体重 72.4 kg …… なかなかオチない． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• ほんやくのつづき， ちょっと．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 238 ペイジまで．

• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.8 合． レタス・モロヘイア・ハムの炒めもの．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． レタス・モロヘイア・ハムの炒めもの．
  • 晩 (2200): ニラ麻婆豆腐． コマツナ． レタス． ヨーグルト．

2008 年 09 月 02 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• R の作図わざ本ほんやくのつづき． 今日も， おぶぢぇくと指向なハナシ． おもしろいけど， 誰が読んでくれるんだろうか， って内容で …… library(grid) とオブジェクト指向プログラミングの両方の理解が必要． まあ， 最終章だし， たしかにこれは著者 Paul Murrell 以外の誰にも書けない 内容だなぁ ……
• うーむ， これっておぶぢぇくと指向というより， ジェネリックプログラミング ってやつかしらん? …… 本文にはそうは書いてないけど． しかしながら， ハナシがあまたある総称関数 (generic function) の定義をどうするかってコトに終始してるし．
• 昼すぎ， ちょっと気分転換に室内のごみかたづけ． 本日は古い本とダンボールすてる準備．
• おそい昼飯． 昼飯後， 上記のごみを A 棟地下 1F にすてる作業． 台車一往復でなんとかなった．
• うをー， テングザル論文の分担部分執筆とくそくが ……
• R 作図わざ本ほんやくにかまけている日々だけど， このですまーちのごとき「とりあえずひととーりほんやく」 フェイズが終了したらただちに着手したほうがよさそうな作業， アブない順に
  1. 苫小牧樹木直径成長論文の再投稿原稿， 最終的なチェック
  2. テングザル
  3. 生態学会誌解説記事 …… そう， またなんですよ， また ……
  …… といったところか?
• ともかく残り 40 ペイジをなんとかせねば， ということで， ほんやくのつづき．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 252 ペイジまで．

• 1820 研究室発． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． ニラ麻婆豆腐．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ニラ麻婆豆腐．
  • 晩 (2100): 米麦 0.6 合． シジミの味噌汁． ピーマン・タケノコ・シイタケ・豚肉の炒めもの． キュウリ・ワカメの酢のもの．

2008 年 09 月 03 日 (水)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0925 研究室着．
• R 作図わざ本のほんやくのつづき．
• 今日も R おぶぢぇくと指向． まあ， この第 7 章があるおかげで， grid の挙動がいよいよよくわかる， という構想になっている， というのにはよーやく気づいたのだが ……
• とつぜんの雷雨． 激しい雨．
• 1710 第 7 章， よーやくほんやくできた． あとは Appendix が 20 ペイジばかり．
• ということで， Appendix A 「短い R 入門」に突入．
• ばてた． 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 268 ペイジまで． がんばれば， 明日には「とりあえずひととーりほんやく」フェイズは終了する， かも．

• 2000 研究室発． 買いもの． 2025 帰宅． 2045 自宅発北大構内走． 夕方まで雨ふっていたんだけど， 今は星空． やはり走るとカラダとアタマが修復されるかんぢがする． 2135 帰宅． 体重 71.6 kg． お， ほんやくやせか? 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.8 合． ピーマン・タケノコ・シイタケ・豚肉の炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キュウリ・ワカメの酢のもの．
  • 晩 (2220): ダイコン・煮干の味噌汁． ピーマン・ネギ・モヤシ・豚ハツの炒めもの． バナナ． ヨーグルト．

2008 年 09 月 04 日 (木)

• 0820 起床 …… ほんやくばて， か? 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0925 研究室着．
• R 作図わざ本ほんやくのつづき． 最後の Appendex． まずは Appendex A 「短い R 入門」のつづき． これがけっこう長くて ……
• 1250 研究室． いったん帰宅して昼飯． ついでに洗濯もの干し． 1345 研究室もどる．
• 1450 Appendix A のほんやく終了． 残るは Appendix B 「Traditional 作図と Grid 作図を組みあわせる」 だけだ! あと 6 ペイジほど ……
• 1655 「とりあえずひととーりほんやく」フェイズ終了!! 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 285 ペイジまで． よーやく， よーやくにしてオワった …… そう， ひとまずは．

• 全部の章を \input{...} して LaTeX コンパイルしてみると， 全 7 章 + Appendix で 285 ペイジではなく 287 ペイジ．まあ，本のレイアウトとか考えるのはもっとあとのハナシで ……
• とりあえず， 打鍵作業からのがれるべくゴミすて作業のつづき． 本日は発泡スチロールごみ， 別名 Mac ごみ． ちょっと時間くったけど， 室内ごみ体積は見た目かなりへったかんぢだ．

[衝動買いの夢のあと]

甲山さんがときどき衝動買いする Mac の空きバコ …… がなぜかしら無関係なはずの私のまわりに捨てられていたりするわけで． 緩衝材の発泡スチロールは環境科学院ウラの物置へ． ダンボール箱は地下 1F へ．

• さてさて， R 作図わざ本ほんやく作業， 今後の展望だが …… その前に今までの作業をふりかえってみよう． データ解析サイト で記録してた作業進捗をこちらに移動してみる ……
  1. 2008-08-14 開始
  2. 2008-08-15 まえがき終了 (6 ペイジぶん)
  3. 2008-08-16 第 1 章途中 (p.15 まで)
  4. 2008-08-17 第 1 章終了 (p.22 まで)
  5. 2008-08-18 第 2 章終了 (p.42 まで)
  6. 2008-08-19 第 3 章途中 (p.58 まで)
  7. 2008-08-20 第 3 章途中 (p.76 まで)
  8. 2008-08-21 第 3 章途中 (p.93 まで)
  9. 2008-08-22 第 3 章途中 (p.107 まで)
  10. 2008-08-23 第 3 章終了 (p.122 まで)
  11. 2008-08-24 第 4 章途中 (p.136 まで)
  12. 2008-08-25 第 4 章終了 (p.153 まで)
  13. 2008-08-26 第 5 章途中 (p.167 まで)
  14. 2008-08-27 第 5 章途中 (p.185 まで)
  15. 2008-08-28 第 5 章終了 (p.198 まで)
  16. 2008-08-29 第 6 章途中 (p.202 まで)
  17. 2008-08-30 第 6 章終了 (p.220 まで)
  18. 2008-08-31 第 7 章途中 (p.225 まで)
  19. 2008-09-01 第 7 章途中 (p.238 まで)
  20. 2008-09-02 第 7 章途中 (p.252 まで)
  21. 2008-09-03 第 7 章終了 (p.268 まで)
  22. 2008-09-04 Appendix 終了 (p.285 まで)
  ありゃー， 3 週間以上コレばっかりでオワってしまいましたよ ……
• 291 ペイジ (まえがき 6 + 本文 285) に 22 日間ってことは 1 日 13 ペイジぐらいね． うーむ ……
• たしかに本文 285 ペイジはけっこうペイジ数おおいとは 思うけど， じつは R Graphics ってのはかなり条件的にはラクだったはず， なんだよね ……
  • 図表，とくに 1 ペイジまるごとつかった図が多い …… つまりペイジ数のわりに文章がぜんぜん少ない
  • R コードもたくさん (とくに最後の 2-3 章)
  • 同じようないいまわしが多い …… 登場する動詞の三割以上は provide, use, describe, show, demonstrate あたりで占められそう
  • 原著の LaTeX 原稿ファイルが使えた …… これで作業は格段にラクになった
  • R 作図あれこれに関して訳者の私にけっこう経験があり， 理論的な理解もあった
  これだけの条件にめぐまれていて， 22 日間ほかのことはほうりだし， 作業している私には「さっさとオワらせたい」 という意欲があったにもかかわらず …… 一日 13 ペイジぐらいしかススまなかったわけか．
• 教訓： 「はいはい，ほんやくなんて日本語になおすだけだからカンタンですよ」 などとほんやくの安うけあいをするのは自滅的． 慎重に．
• 今回は間瀬さんから (間接的に) まわされてきた仕事だったんで断れなかったんですけどね …… しかし， 「ま，かんたんでしょ」などと根拠もない楽観にはとりつかれてました． 初日でその楽観はくだかれましたが．
• まー， 私が訳したり書いたりする速度が激オソなのかなー， とゆー気もしますよ． 1 時間かけても 2 ペイジもススまないわけだから． この本の場合だと 2 ペイジで 1200 字ぐらい? ひと文字 3 秒? …… うーん， だとすると私の「考えながら書く」速度の上限かも， とゆー気もしますね ……
• ともかく， 自分は速く書けない， というのが納得できた気分ですな． とにかく， この遅さを念頭にモノ書きの計画をたてたり， 仕事依頼を断ったりすればよさそう． ふう ……
• えーと， このあとの作業はどうなるのかな?
  • とりあえずファイル上でざっとみなおして， 意味不明な訳文を修正していく
  • 印刷出力してみて訳文チェック
  • 共立出版に連絡していろいろめんどうな相談
  • 院生をやとって訳文の読みにくさをチェックしてもらう?
  • 訳注とかあとがき書きとか?
  といったところかな． 本日はもー何もやりたくありませんが． ともあれ， おそらく一番体力勝負な作業フェイズが終了して， よかったよかった．
• 1900 研究室発． 1915 帰宅． 1930 自宅発北大構内走． 2025 帰宅． 体重 71.8 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 恒例の， ともうしますか， また冷蔵庫内の氷壁はがし作業．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 55 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.8 合． ダイコン・煮干の味噌汁． ピーマン・ネギ・モヤシ・豚ハツの炒めもの．
  • 昼 (1310): 米麦 0.8 合． ダイコン・煮干の味噌汁． ピーマン・ネギ・モヤシ・豚ハツの炒めもの．
  • 晩 (2210): ダイコン・煮干の味噌汁． タマネギ・ブナシメジ・サケの電磁波酒蒸し． トマト． コマツナ．

2008 年 09 月 05 日 (金)

• 0830 起床 …… うーむ， 夜中に目がさめてしまって， その後 2 時間ねむれなかった …… 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 晴． 0955 研究室着．
• R 作図わざ本ほんやくにかまけて 放置してしまっていた苫小牧樹木直径成長モデルのみなおし 作業にいそいそととりくんでみる． まずは原稿よみなおし & チェック．
• 昼飯後も同じ作業つづく． あいかわらず， というか， 読むのも遅い．
• 夕方ごろからファイル書きなおし作業． Linux 上の VM ware 上のゐんどーづ上の OpenOffice.org の writer で． 最後に writer で処理できない部分 (数式まわり) を， 院生部屋のゐんどーづ機上のわーどでかたづける．
• とりあえずファイルを server 上において， 鍋嶋さん・日浦さんに連絡メイルをさしあげる．
• cover letter のみなおし作業． 先月末に VPD (vapour pressure deficit) 問題なるものをちょっと議論していて， 要点は
  • VPD なる量の計算には気温と相対湿度を使う
  • 今回の気象データでは， 相対湿度は高さ 19 m で， 気温は 1.5 m で測定した
  • 測定場所が異なるのに VPD を計算してよいのか? と査読者からの疑問
  といったところで．
• まあ， 基本的にはマズい． だからといって計算を全部やりなおすのはたいへん． そこでこのようないいわけで何とかならんものかな， と．
  1. この樹木成長モデルは， 機構論的な生理モデルではなく現象論的な統計モデルなので， VPD の絶対値ではなく「VPD に比例する量」さえわかればよい
  2. さてさて査読者氏もよくご存知のように， 気温 15-25 度といった範囲 (つまり苫小牧の夏) においては気温と VPD はほぼ比例関係にある
  3. これはつまり， もし苫小牧の高さ 1.5 m と 19 m の気温に強い線形相関があれば， 「1.5 m の気温と 19 m の相対湿度」で計算された VPD X は実際の「高さ 19 m の VPD」と比例関係にある
  4. 苫小牧では高さ 1.5 m と 19 m の気温に強い線形相関があった
  5. ということで VPD X は「VPD に比例する量」となり， 統計モデルの変数として使える
  …… うーむ， こんなところかなぁ …… 何ともアヤういハナシなのは一読すればわかるとーりだけど． あとは， まあ， 査読者氏のユーモアのセンスに期待するほかありませんな．
• …… などと都合のよろしーコトなど考えつつ， 敵国語作文． 書いてみると …… なンとなく狂信者っぽいなあ． 自分ではまだ正気のつもりではあるんだが． まあ， これも私の作文能力ゆえの限界とゆーことで．
• はてさて， どうなることやら ……
• まあ， なんとかなったかな， というコトにして， 1855 研究室発． 買いもの． 1915 帰宅． 体重 71.8 kg． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• とつぜん， 発作的にスターウォーズのスピンアウト映画， クローンウォーズ を見にいくことを決意し， 札幌駅ビルの札幌シネマフロンティアのレイトショー (1200 円) にいく．
• 自宅から歩いて 10 分． なかなか便利ですな． 2140 より上映． この時間帯は自由席になっているよーで． スターウォーズのパンフレット (800 円) は値段にみあったもの． お客さんはそれでも 10 人ぐらいいた． 2330 ごろ終了． ひと月ほど前にみた スカイ・クロラ と同じく， というか今回もとうぜんながら SKYWALKER SOUND が作った音響なので， 映画館で楽しむのがよろしいかと．
• 90 分間 (私にはてごろな長さでした) にアクションつめこみ全編 CG アニメイション映画， 私はけっこう楽しめましたよ． ただしスピンアウト映画なんで， Star Wars (SW) 新三部作ぐらい見てないと何がおもしろいのやら， となるんではないかな (蛇足ながら私の新三部作感想: EP1, EP2, EP3)．
• ワタクシ的に「SW 新作映画でがっかりしないコツ」 は「今日は R2-D2 がどんなふうに活躍してくれるかな!」 とだけ期待していくこと． そして「すとーりー」には何も期待しない． これで十分に楽しめます． そして本日も， この小さな体にあふるる剛胆，忠良なる我らの友人はがんばっていました． よしよし．
• いま気づいたんだけど， 新キャラクターであるアソーカもなかなかよかった． 事前の印象としてはアナキン=スカイウォーカーの弟子 (パダワン) ってなんだかぴんとこないなぁ， と思っていたんだけど …… なんというか， この女性大学院生的なる少女も R2-D2 的なので良いわけですよ． つまり能力は高いけど， それがうまく使いこなせなくてぢたばたしたり無謀なことをやったり， といったキャラクターが SW には必要なんぢゃないでしょうか． その意味ではタトウィーンでの最後の戦いは単なる Jedi の騎士 になってしまっていていまいちですなぁ …… ここで同行していた R2 に助けてもらえばよかったのに．
• CG キャラクターと言えば， アナキンなんかは実写より CG のほうがよかったような (あいかわらず眉間にシワがよってるけど)． 少なくともしゃべりは実写版俳優の Hayden Christensen より今回の声優さんのほうがよかったのでは．
• 話のスジには何も期待してなかったわけだが …… スジというか流れは案外わるくない． とにかく新三部作は「旧三部作につなげるつじつまあわせ」 にすごく労力をさいていたので， 「無理矢理だなぁ」 「なんだかなぁ」感がつのったんだけど， (時系列的には EP2 と EP3 のあいだの期間を描く) 今回のスピンアウト作品はそのしがらみから少し解放されててよかった． かなり無理矢理な dark side ハナシとかなかったしね．
• さらに EP2 と EP3 のあいだを描くハナシはこれ一個ではない， と知っていると何も決着のつかないハナシであっても 不満とかとくにないかも．
• CG はまあこんなもんでしょう． 予告編動画 でもちょっと見られる AT-TE の大垂壁登攀はチカラはいってて楽しめました (もうちょっと見たければ こちら)． EP1-EP3 でも同じことを感じたんだけど， 宇宙戦闘のたぐいは 「 R2 がいないとおもしろくなくなる」典型的な場面ですなぁ． 簡単に構築できるけどおもしろく作るのは難しい状況なのかも (この映画にかぎらず)．
• まあ， 全般に低予算の中でがんばってるんでしょう． 音楽もそう． ともあれ， 新三部作のうち少なくとも EP2 ぐらいは見た， そして SW に過剰なる期待をもってないヒトには楽しめる娯楽作です．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.8 合． タマネギ・ブナシメジ・サケの電磁波酒蒸し．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． タマネギ・ブナシメジ・サケの電磁波酒蒸し．
  • 晩 (2030): トマト・タマネギ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のカレー． バナナ． ヨーグルト．

2008 年 09 月 06 日 (土)

• 0840 起床． 今日はよく眠れた． 朝飯． コーヒー． 怠業 …… YouTube 上の Star Wars / Clone Wars 映像に没頭してしまった．
• そして今さらながら， R2-D2 がどうやってあの大垂壁を登攀したのか気になってきた …… そもそもあの ``red light ... green light'' の republic attack gunship にも搭乗してなかったような …… でも僧院内うろうろの「途中」からは出ていたような ……? いや，脱出するところだけだったかな? うーむ，記憶が ……
• 1110 自宅発． 曇． クラーク会館地下 1F の 理髪店 で散髪． 今日は待たずに切ってもらえた． 前回は 7/12， また二ヶ月も経過していたか． 1235 研究室着． 昼飯．
• メイル書き， ぢりぢりと． しかし仕事がススまん ……
• 1845 研究室発． 雨． 日高 (しかも谷筋のルート) に行った甲山さん・工藤さん・平尾君パーティーは だいじょうぶなのか? 1900 帰宅． いきなり寝てしまった． 夜中ちかくに晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): イソップベイカリーのクロワッサン． トマト．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． イソップベイカリーのバタール． トマト・タマネギ・ピーマン・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2340): トマト・タマネギ・ピーマン・ホウンレンソウ・ブナシメジ・豆腐のカレー． バナナ． ヨーグルト．

2008 年 09 月 07 日 (日)

• 0840 起床． ほんやくばてから復旧中． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業．
• 1100 自宅発北大構内走． 厚い雲． ちょっと雨． 1150 帰宅． 体重 72.0 kg．
• 1300 自宅発． 曇． 札幌駅周辺の本屋とかうろうろ． 1505 研究室着．
• 放置していたテングザル図の作成にとりくむ． 松田君の原稿をよむと， サル社会の重層構造とやらはようするに グループの集中分布のコト， と矮小化できそうなんで …… 最近傍グループまでの距離分布 (bootstrop 生成) の「近いがわ 5%」だけを示してみることに．
• ぢりぢりとだけ進捗させて， 1850 研究室発． 買いもの． 1915 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): シリアル．
  • 昼 (1340): 札幌駅ちかくのイノダコーヒでサンドイッチセット．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ナス・トマト・タマネギ・エリンギ・鶏肉の煮物．

2008 年 09 月 08 日 (月)

• 0755 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• テングザル作図のつづき． まあ， とりあえずはこんなものかな?

• …… と他にもいろいろデータがあることを思いだしてきたので (やはり放置 → 再開ってのは効率が悪い)， 図の追加と作りなおし． 下の図は (R 作図わざ本ほんやくで使いかたのわかった) layout() 関数を応用したもの (layout(matrix(c(1, 2, 3), heights = c(2, 1, 1))), ． まあ， library(grid) とか使ったほうがよさそうだけど， ちょっと今は時間がないんで ……

• こういった時系列図を描いてると， 「やっぱりこれって日ごとに独立ではないかも?」 という不安んとりつかれる． とりあえず t 日目 vs t+1 日目の観測値をプロットしてみる． 何か相関があるようには見えないけど， 順位相関はプラスであり， これだけ点数があるとゆーいということに．

• しかしこれだけでは何とも言えない． サルのいる場所は日々移動しているので， あれこれ要因もあわせて検討しなければならない．
• ということで， 「日々独立」 を仮定した glmmML() なポアソン回帰をやり， その random effects に指定した「日差」 (事前分布は「日々独立」の正規分布) の相関を調べてみることに …… glmmML() の結果の「日差」の事後分布のモードを fit$posterior.modes というふうにとり， また t vs t+1 比較をしてみると ……

• 勝手に「日々独立」を仮定して， さらに場所ごとに変わる説明変数いれたモデルでも， やはり「日差」にプラスの時間相関がでましたか (事前分布は正規分布なので， まあ，この相関は線形相関係数で計算してもよい)． つまり，昨日にご近所サルグループ数が多ければ， 本日もその多い可能性が高い， 他の要因の影響を考慮したとしても …… ここはアキらめて解析やりなおしたほうがよさそうだ．
• 松田君にこちらにきていただいて， 現状の説明， 今後の相談． glmmML() による解析は無理， ということで random effects に時間的自己相関のある 階層ベイズモデル化をすることに． 例によってゐんばぐすで．
• ウミガメ上陸数モデルをもとに作っていく． 今回はウミガメにくらべて格段に簡単なので， BUGS code などはすぐに書けたのだが …… 時系列モデルはなかなか思うとーりに動いてくれない．
• 解決せぬまま撤退． 2005 研究室発． 2020 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル．
  • 昼 (1320): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2200): ゆでブロッコリーとエノキダケ・ショウガ・ひき肉のソース． トマト． ヨーグルト．

2008 年 09 月 09 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• テングザルうろうろ時系列モデリングのつづき． 昨晩のばぐっぽい挙動は今朝になってみるとすぐに原因がわかって， すぐに修正できた． 今回もまたパラメーターの初期値の問題だった．
• あとは事後分布の収束をよくすればよいだけなのだが …… これがなかなかうまくいかない． Linux 上の Wine 上で WinBUGS を動かしてるんだけど， 一度 OS が Wine ごとオチてびっくりした．
• 収束を改善するために長いサンプルを得ようとすると， Trap 窓がでて死ぬ， とわかった． これはおそらくプロセス過程にある「隠れ状態変数」 の中でデータにしばられてない部分 (雨季でサルたちが森の中にいて観察できなかった時期とか) があらぬ方向にすっとんでいって， まずい値になっているんではないかな …… えーい， うろうろおサルめ ……
• いろいろ試行錯誤してみてわかったことは …… どうも， 「日×場所」の交互作用的なモノに該当する random effects が必要とされている， というかんぢですな． 私はこれはあまり好きではないんだけど， やはりウミガメ上陸数モデルのときも同じ問題で苦闘して， やはりこの妥協的な策にたどりついた．
• さらに， 説明変数は中央化 (centralize) するだけでは不十分な場合があって， 標準化 (standardize) とまではいかなくても， 説明変数間のスケイルをそろえなさい， といったコトのようで …… ばかばかしいけど MCMC 計算の収束のおそい・はやいが このあたりにかなり依存してますなぁ．
• ウミガメ上陸数モデルよりさらに簡単化してみる． ウミガメでは二次の差分まで見てたけど， サルでは一次でもよいのでは， と．
• 昼飯． 昼飯後も試行錯誤がつづく．
• とりあえず， 説明変数の標準化 + 交互作用的な random effects + 長 step sampling で収束した． 20000 MCMC step におよそ 780 秒． BUGS code， 事後分布表， 事後分布図．

• 階層ベイズモデルによる解析から得られた結論． 松田君が調査した ボルネオ島北部のテングザルは 「川の上流のほうでみんなでお花見をする」 のが好き …… うーむ， ちょっと画期的すぎるような気もする ……
• 今年度の 統計学授業 はとーとつに全 7 回→全 5 回に変えられた． まあ， べつにいーや． 10/27 (月) スタート． データ解析でおなやみの皆さんは参加してみてください．
• テングザルのご近所密度の統計モデリングの結果であまりヘン な解釈をしないように関係ありそうなデータをまとめる図をゼロから 作り直してみる． R の作図わざ本 ほんやく中なので， カッコよく library(grid) を駆使して …… とがんばったわけだけど， やっぱり library(grid) はなかなかアタマを酷使させられる …… しかし下のような図は library(grid) で描くのがもっとも簡単， ということで．

• 難所は意外なところにあり， 上の図のように「上に軸目盛をつける」 ってのは， ちょっと試行錯誤してみたんだけど， やっぱり library(grid) のそうとうに難しいワザを使わなければならないらしい， とわかった (そこで上の図では viewport(..., clip = "off") としておいて grid.segments() と grid.text() でごまかしている)． なお， 縦軸のラベルはあとから LaTeX 上でつけたもの． これはむしろ library(grid) を使ったほうがよかったかも (フォントまわりの詳細にめんどくさいものを感じて LaTeX でやった)．
• まあ， この図をみてみると統計モデルの推定結果がああなったか 理解できる． やっぱり， この説明変数はマズいというか， 解釈にかなり気をつけたほうがよさそうだ． これに限らず， 時系列なモデルで因果関係を調べるのはなかなか難しい， という気がする．
• 1910 研究室発． 1930 帰宅． 2015 自宅発北大構内走． 2105 帰宅． 体重 71.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): マカロニ． タマネギ・ピーマン・サンマのトマト煮．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン． タマネギ・ピーマン・サンマのトマト煮．
  • 晩 (2200): ブナシメジ・豆腐の味噌汁． タマネギ・ピーマン・サンマのトマト煮． キャベツ・ミズナ・ネギ・ハムのサラダ． トマト． ヨーグルト．

2008 年 09 月 10 日 (水)

• 0820 起床． 今日もあけがた目がさめて， しばらく眠れなかった． 朝飯． コーヒー． ちょっとメイル書き． 0945 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• またべつのメイル書き． なぜかふらんすからまたアリ話． とりあえず図など作ってみる． やっぱり， これはあろめとりーなハナシにするより， 資源分割モノにしたほうが無難では ……?

• 解析やりなおしはだいたいできたコトにしてしまって， テングザルうろうろ論文したうけ業に復帰する努力． えーとやらんといかんことは ……
  • Figure つくり (はだいたいできてる?)
  • Table つくり (プログラミグがかなり必要そう)
  • 松田君がすでに書いた部分をよむ
  • 本文中の自分の分担部分を書く
  こりゃけっこうたいへんかも． というのも 15 日 (日) ごろまでに， という〆切みたいなものが ……
• ぢりぢりと作業すすめる． 昼飯． 昼飯後も同じく．
• R + LaTeX で作表システムを作って， こういう Table つくってみた． 指数表示とか何かプログラム言語 + LaTeX じゃないとめんどうでやってられませんよね． もちろん， 推定計算結果から値をひろってきたり， もとデータや推定計算結果が変わってもほぼ自動で作り直せるところなんかも．

• dvipdfm で PDF ファイル化して， サーヴァーにアップロード， 松田君にとりあえずここまでできましたメイルをだす．
• で， 松田作文よみのつづき．
• うーん， この fission-fusion なるものの実態がいまいちよくわからんな ……
• よくわからんので， 気分転換にメモ的な作図． random effects 的なパラメーターの事後分布の中央値． うーむ， 雨季の前に「理由は不明なれど，なぜかしら集まる」とかよくわからない挙動， ですか …… これも論文の図に含めたほうがよさそう． 95% 区間とかつけて．

• 作文のほうは着手できなかった …… まあ， 明日からがんばろう． 1910 研究室発． 買いもの． 1930 帰宅． 2000 自宅発北大構内走． 2050 帰宅． 体重 71.2 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ブナシメジ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ミズナ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・ミズナ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2200): ブナシメジ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ネギ・ピーマン・鶏レバの炒めもの． コンブの酢のもの． ヨーグルト．