ぎょーむ日誌 2008-08-(11-20)
2008 年 08 月 11 日 (月)
-
0930 起床
……
うーむ，
やっぱり意識的に努力しないと生活周期が復旧しないな．
朝飯．
コーヒー．
1030 自宅発．
晴．
1045 研究室着．
-
地衣類繁殖論文の再投稿作業．
れがしーっぽさを追及する The Lichenologist
の要求にあわせて，
「三部の紙こぴー」をとってみたり．
封筒に floppy disk (いやはや) ともどもツメこんで，
作業終了．
まあ，
これでうまくいけばいいんだが．
-
地衣類と言えば伊庭さんも地衣類に興味をもたれたようで，
食べられる地衣類
情報をおしえていただいた．
ただし毒キノコならぬ
毒地衣類
もあり．
-
A704 院生部屋の EPSON LP-S6500 の廃トナーボックスがとどいたので，
いつでも交換できるようにしておく．
-
さてさて次は
……
苫小牧樹木成長 revision 作業にもどろうとする努力．
新しく引用すべき論文のチェック．
-
昼飯．
-
昼飯後も引用論文みなおし作業つづく．
-
うーむ，
ちょっと集中力が
……
VMware の update 作業などしてみる．
ver. 6.0.4 になった．
ありゃ?
……
シリアルナンバーいれなおし?
たしか自宅にハコとか置いといたはず．
とりあえず中止．
-
苫小牧樹木成長論文 revision 作業，
置き換えるべきパラグラフなどは準備できたので
……
不本意ながら A801 院生部屋共用ゐんどーづ機上の
MS わーど上でパラグラフおきかえ作業．
鍋嶋さんから送っていただいたファイルは奇妙なロックがかかっている
……
どうにもこの編集反映の解除方法がわからんので，
OpenOffice
の writer でぽいぽいと操作したらこの問題はとくに何ということもなく解決され，
以前の編集がすべて反映された
カタチになった．
これを MS 呪われ形式で「保存」してまたわーどで開く．
編集記録もーどにしてパラグラフの置き換えとか，
査読者 #1 がいちゃもんつけてる carbon 蓄積まわりの作文削除とか
……
-
……
本文ファイルの修正はこれでだいたいオワったのかしらん?
しかし，
ぐだぐだ作業してたら遅くなってしまった．
やれやれ．
2050 研究室発．
晩飯．
2210 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ゴーヤ・ミズナ・ニンジン・ブロッコリーのサラダ．
鶏レバのショウガ煮．
- 晩 (2120):
ごはんやデンスケで玄米 & サンマを食べてしまった
……
2008 年 08 月 12 日 (火)
-
0810 起床．
4 時間ぐらいしか眠れなくて，
いまいちな
……
コーヒー．
朝飯
……
しまった，
うだうだしてて出発がおくれてしまった．
不調だ．
1010 自宅発．
晴．
1025 研究室着．
-
苫小牧樹木成長 revision 作業
……
になかなか着手できず．
-
いつまでもぐずぐずしてられないので，
作業のつづき．
Cover Letter を LaTeX 化しようかとおもったんだけど，
再投稿先 (Ecological Modelling) のシステムを考えると，
全文テキストファイルのままでも問題ないような気がしてきた．
返信に数式が含まれてるわけでもないし．
-
となると，
まず着手すべき残された作業としては
……
Associate editor への返信かきか．
これは長くならないはずだが
対 reviewer あて返信 (これはすでに書いた)
と同じぐらい重要という気がする．
なぜかというと，
この論文はあなたが editor やってる Ecological Modelling
の趣旨に (これこれの理由で) たいへん合致したものであり，
(ダメだししてくれた)
reviewer #1 氏は残念ながら
そのあたりについて
(本人もちょっと書いているように)
「ひょっとしたらよくわかってないかもしれない懸念」
がある，
といった内容にするつもりなんで．
いや，
もちろん
「両査読者ならびにあなたの重要なご指摘をうけて，
これこれを抜本的に書きなおしました」
といったことをまず書きますよ．
-
そうだ，
さらに Journal Manager ってのもいたな，
このヒトって Editor-in-Chief みたいなものなのか，
と Ecological Modelling の Editorial Board みて驚いた
……
なんとまだ Jorgensen が Editor-in-Chief だったのか．
うーむ，
私はてっきり彼が他人と交代したので Ecological Modelling
が劇ヘンしたのかとカンちがいしてましたよ．
蛇足ながら Journal Manager は Elsevier のいちメンバー，
つまり事務的処理担当のようで．
-
ということで，
Cover Letter のそもそものあて先は，
返信は Associate Editor たる Brian Fath あてとすればよいよいだ．
このヒトに原稿がまわると処理が速いのかな?
-
Associate Editor への作文かき，
苫小牧樹木モデル Wiki にそのあたりアップロード，
ついでに昨日修正した原稿ファイルもダウンロードできるようにする，
鍋嶋さん・日浦さんに連絡メイル送信
……
しばらくはまた待機状態，
になるのかな?
-
昼飯．
-
どうでもいいが，
Amazon のデータベイスまわりというか
「おすすめ商品」
まわりが半月ぐらいぶっこわれたままだな．
以前に問いあわせたら「すぐになおします」
とか言ってたけど．
たぶんプログラムが
かなりめちゃくちゃなものになっているのだろう．
-
月末停電対策として使う，
deep freezer 用の保冷材 Techni Ice とどいた．
-
統計学分野の journal (海外) から査読依頼がきたんだけど
……
コトわってしまった．
査読期間って生態学まわりだとふつーは 3 週間ぐらいなんだけど，
こちらはなんと 3 ヵ月
だったんだよね．
かなり面白そうな論文原稿だったんだけど，
やっぱりこういう統計学分野って議論が深そうというか
……
統計学のいい journal だと論文が ``with discussion''
とかで他のヒトたちによるかなりつっこんだギロンがくっついていたり．
で，
こういう論文なんかも 3 ヵ月かけてじっくり読んで，
計算や計算機実験もぜんぶ自分でやりなおして
(何しろ統計学の論文なんで完全に再現可能)，
さらに著者たちが見おとしてる点を発見して
……
ぐらいの水準が要求されてるのでは，
とコワくなって逃げだした次第であります．
いやはや．
断っておきながら，
ちょっとがっくり．
-
今朝とかだけじゃなくいつもぐだぐだ時間を浪費してるのに，
といったご指摘もありそうだけど，
なんとなく精神的によゆーがないような不安的なきぶん，
ともうしますかですね
……
-
えーと，
つまり鍋嶋さん・日浦さんからの返事まちのあいだにやるべきこと，
なんてのもあって，
ですね
……
アブなそうな順番を考えると，
-
松田君のテングザル寝場所ご近所問題したうけ
-
佐竹さんの開花モデリングしたうけ
-
R graphics 翻訳に着手できるようにする
といったところか．
-
とりあえずテングザル．
えーい
……
これはかなりケガれたゑくせるファイルだな．
以前なら
「ケガれ仕事はケガれ言語で」
ぽりしーのもと，
Perl なんかでさっさと片づけていたわけだが，
今回は R の
readLines() と strsplit()
を駆使して苦しんでみる．
Perl はすごく便利な言語なのだが，
データ処理工程の途中で R 以外の言語を使う局面が生じると
……
その作業のたびに私のところでヒネくらなければならなくなるので．
-
なんとかかんとかデータ変換できた．
-
で，
図にしてみると
……
-
うーむ，
このうろうろおサルたちの空間統計学ってのは，
ちょっと難しいんでは，
という気もしてきた．
-
1930 研究室発．
1945 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.6 合．
ゴーヤ・ネギ・卵の炒めもの．
鶏レバのショウガ煮．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ゴーヤ・ネギ・卵の炒めもの．
鶏レバのショウガ煮．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
サバの電磁波酒蒸し．
2008 年 08 月 13 日 (水)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
0945 自宅発．
曇．
1000 研究室着．
-
苫小牧樹木成長 revision メイルやりとり．
現時点の問題点は
……
気温データは林内 (高さ 1.5 m)
で測定したけど，
相対湿度は高さ 19 m で測定した，
というあたり．
-
これがなぜまずいかというと，
このふたつを組みあわせた飽差 (VPD)
なる index があって，
ですね．
観測値の測定高度がばらばらでいいかどうか，
という問題．
まあ，
私はてきとーなる返信でごまかそうとしたわけだが
……
-
えーと，
VPD の計算やってたのはもう
4 年前
になるのか
……
それはともかく気温依存性の部分は
exp(17.502 * T / (T + 240.97))
なる部分．
これを気温 15-25 度ぐらいの範囲
(なにしろ苫小牧の夏なのだ)
で図にしてみると
(つまり相対湿度一定のときの VPD 依存性なのだ)
……
-
まあ，
ほとんど直線である
……
とゆーことはですよ，
高さ 1.5 m の気温と高さ 19 m の気温のあいだの
線形相関が高ければ無問題
(となるように VPD は統計モデルの中であつかわれている)
……
となりませんかね，
とおうかがいメイルを書いてみる．
どうなることやら．
-
昼飯．
-
苫小牧森林の乾きぐあいについては返信まち状態．
テングザル問題にもどる．
-
いろいろ図を書いてみる．
BE グループから見た (-500 -- +500 m 内) 近傍グループの位置．
-
近傍グループ数の分布．
季節変動などによる密度変化があるので，
二項分布になるのは自然．
むしろ，
意外なほど (青で示された) ポアソン分布にちかい．
-
最近傍グループに対する距離の分布の 95% 区間はこうなる．
> sapply(1:7, function(n)
+ quantile(sapply(1:10000, function(x) min(runif(n, 0, 500))),
+ probs = c(0.025, 0.975)))
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7]
2.5% 11.624 5.8121 4.5246 3.1796 2.4349 2.3092 1.7322
97.5% 488.718 421.7873 352.3056 299.2731 252.9746 225.4052 200.3385
データとあわせて作図するとこうなる
……
まあ，
こんなんでは「なれなれしい」「よそよそしい」どちらとも言えませんなぁ．
近傍グループ数ゼロは除外されてるし．
-
……
とはいえ，
ベイズな空間統計学ってのもなあ．
おもしろそうだけど，
オオゴトすぎる．
松田君によると，
実際に現場で見てるとグループ間相互作用はとうぜんながらあるわけで．
-
そうそう．
上の計算では「寝場所は好きに選べる」
と単純化している．
実際には寝るのにいい樹木がある場所に限定される．
しかし上のように単純化しても，
なんともいえないわけで．
-
まあ，
いろいろやったことで，
とりあえず全体の見とおしはわかった．
-
……
と検討してると，
英国で開催されてた国際霊長類学会からかえってきた
松田君から修正されたデータが送られてきた．
川の水位とおサルの「なれなれしさ」に関連あり?
アヤしげなハナシだな．
-
また呪われゑくせるファイルを変換．
新しい列が追加されたんで改造が必要だったけど，
昨日つくった R プログラムですぱっと変換．
上の水位バナシはやはりアヤしいとわかった．
水位は対数正規分布的で，
上のほうの図でみたようにおサルグループは負の二項分布
(低密度が最頻値)
だから，
というだけのハナシだ．
-
今日のおサルデータ解析はこれぐらいにしとくか．
1850 研究室発．
1905 帰宅．
ちょっとうんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
サバの電磁波酒蒸し．
- 昼 (1250):
研究室．
納豆巻．
- 晩 (2150):
米麦 0.7 合．
サバの電磁波酒蒸し．
ゆでコマツナ．
2008 年 08 月 14 日 (木)
-
0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
0945 研究室着．
-
ちょっとまたメイルかき．
-
R Graphics
翻訳作業にとりくんでみる．
-
昼飯後も作業つづく．
やはり原著 LaTeX ファイルがあると作業が格段にラクだ．
-
14 時すぎから夜まで，
松田君とテングザル解析．
グループ間の相互作用を仮定しなくても，
まあ観測されたパターンは説明できるんぢゃないの，
という結末で．
-
で，
テングザル論文の共著者として assign されてしまった
……
どうなることやら．
まあ，
アリ論文や地衣類論文よりはラクだろう，
と期待したいところ．
1920 研究室発．
1935 帰宅．
ちょっとうんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
ストレッチ．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
卵のいためもの．
- 昼 (1240):
研究室．
サンクスの納豆巻．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・鶏レバのカレー．
2008 年 08 月 15 日 (金)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
雨．
0915 研究室着．
-
R Graphics
翻訳作業のつづき．
-
とりあえず前書き (6 ペイジ) おわった．
時刻はすでに 1430．
昼飯．
あいかわらず雨ふりつづける．
お茶部屋のテイブルに放置されてたお茶ポットに古い茶がらがのこっていて，
そこにピンクのカビがはえてる
……
ことに気づいてしまった．
昼飯前に洗う．
あいかわらず手があれてるんだがなぁ
……
-
R 作図本ほんやくのつづき．
本日のすごく頻出な動詞 provide．
本のアタマの部分にとりくんでいるので
「この書物では……をとりあげる」
といったたぐいの表現はことごとく ``provides ...''
なのである．
もちろん「供給する」「提供する」などと訳すとワケわかんなくなるので，
てきとーに言いかえてるわけだが．
-
と言いますか，
翻訳作業ってひさしぶりな気がするけど，
今さらながら，
直訳するとホントに意味のわかんない作文になっちゃうね．
こういう計算機ソフトウェアな技術文書であっても．
-
進捗よろしくなく第 1 章のアタマだけでおわった．
どうなることやら．
1950 研究室発．
雨．
2005 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.6 合．
ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・鶏レバのカレー．
- 昼 (1450):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・鶏レバのカレー．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・鶏レバのカレー．
2008 年 08 月 16 日 (土)
-
0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
雨．
-
いつまでもうだうだしてられないんで，
1140 自宅発．
曇．
ちょっと雨．
1155 研究室着．
A 棟 8F は無人．
平和だ．
-
しかしぎょーむに着手できづ
……
昼飯．
-
R Graphics
ほんやくのつづき．
-
よーやくにして，
(全 7 章中の)
第 1 章の第 1 節のみが翻訳できた．
このあたりは図が多いので，
全 285 ペイジ中の 15 ペイジまでススんだ．
しかしながら，
時刻はすでに 2020．
こりゃー，
予想してたよりぜんぜん時間がかかるわ．
-
どうなることやら，
と懸念しつつ，
2040 研究室発．
買いもの．
2100 帰宅．
ちょっとうんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
ストレッチ．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
シリアル．
- 昼 (1240):
研究室．
北 12 生協の納豆巻．
プチトマト．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
レタス・ショウガ・豚ひき肉の炒めもの．
キュウリ．
2008 年 08 月 17 日 (日)
-
0930 起床．
うーむ
……
朝 4 時ぐらいに目がさめて，
6 時ぐらいにまた寝てみると，
こういうふうに生活周期がズレます
……
などと実験してもしょうがないな．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
1140 自宅発．
晴．
1155 研究室着．
-
R Graphics
ほんやくのつづき．
-
ひるめし．
-
ほんやくのつづき．
-
よーやく第 1 章おわり．
全 285 ペイジ中の 22 ペイジまで．
2015 研究室発．
買いもの．
2035 帰宅．
晩飯の準備
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
シリアル．
キュウリ．
- 昼 (1350):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
レタス・ショウガ・豚ひき肉の炒めもの．
- 晩 (2130):
鶏レバのショウガ煮．
ダイコン・キュウリ・ワカメの酢のもの．
ヨーグルト．
2008 年 08 月 18 日 (月)
-
0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
0845 自宅発．
晴．
ここしばらく日々の最低気温は 16-17 度ぐらい，
最高気温は 24-25 度ぐらい，
といいかんぢだ．
もしかしたら今年の真夏日は終了してくれたのかもしれない．
0900 研究室着．
-
ひたすら R 作図わざ本のほんやく
-
……
1910 本日の作業終了．
うう
……
-
今日の R の作図わざ本
ほんやく:
全 285 ペイジ中の 42 ペイジまで．
20 ペイジすすんで第 2 章が終了．
これは短い章なんだよね．
次の第 3 章は 80 ペイジぐらいある．
今日のペイスだと 4 日ぐらいかかりそうだね
……
-
1930 研究室発．
1945 帰宅．
とりあえずカラダを動かさねば，
とゆーことで
2005 自宅発北大構内走．
2055 帰宅．
体重 72.8 kg
……
「ふけんこうな夏」太りといったところか．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.7 合．
鶏レバのショウガ煮．
ダイコン・キュウリ・ワカメの酢のもの．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
鶏レバのショウガ煮．
ダイコン・キュウリ・ワカメの酢のもの．
- 晩 (2200):
ダイコン・豆腐のコンソメスープ．
ナンバンの炒めもの．
サバ・ネギの電磁波酒蒸し．
トマト．
ヨーグルト．
2008 年 08 月 19 日 (火)
-
0745 起床．
朝飯．
コーヒー．
0915 自宅発．
曇．
0930 研究室着．
-
R 作図わざ本ほんやくのつづき．
-
14 時すぎ昼飯．
なんか今日は進捗よろしくない．
-
今日の R の作図わざ本
ほんやく:
全 285 ペイジ中の 58 ペイジまで．
16 ペイジすすんだ．
この本，
うしろにススむにつれ難しくなっていきそうな．
今日は R 作図の座標系 (私が考えてたよりずっと複雑だった)
とか R のぢつはまにあっくきわまりない色指定
(Paul Murrell は色空間の比較がお好きなよーで)
とか．
勉強にはなったけど，
なかなかススまぬ．
-
2055 研究室発．
2115 帰宅．
カラダを復旧するべく，
2150 自宅発北大構内走．
2240 帰宅．
体重 72.2 kg．
水収支が改善したのか，
昨日とくらべて 0.6 kg 減．
私の場合，
短期太りの要因のひとつは「塩分とりすぎ」
ではないかと思う．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.8 合．
ダイコン・豆腐のコンソメスープ．
- 昼 (1405):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
サバ・ネギの電磁波酒蒸し．
ナンバンの炒めもの．
- 晩 (2320):
ダイコン・豆腐のコンソメスープ．
キャベツ・ニンジン・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
トマト．
ヨーグルト．
2008 年 08 月 20 日 (水)
-
0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
曇．
0905 研究室着．
-
R 作図わざ本ほんやくのつづき．
フォントまわりの節に突入．
このへんも難しい．
うーむ，
font face の訳語は字体ではなく書体だったのか．
-
昼飯．
-
今日の R の作図わざ本
ほんやく:
全 285 ペイジ中の 76 ペイジまで．
今日はテキスト・線などグラフのコマかい要素のハナシだった
……
-
2010 研究室発．
買いもの．
2030 帰宅．
2105 自宅発北大構内走．
2155 帰宅．
体重 72.4 kg．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
- 晩 (2310):
ゆでブロッコリーとブナシメジ・ショウガ・ニンニク・ひき肉のソース．
トマト・キュウリ．
ヨーグルト．
