ぎょーむ日誌 2008-07-(11-20)
2008 年 07 月 11 日 (金)
-
0810 起床．
またよく眠れなくてねむい．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
雨．
0935 研究室着．
-
データ解析こんさるメイルがたまっていたので，
いろいろとお返事かき．
衛生管理の微生物学まわりで，
なかなかおもしろいポアソン分布の使われかたをされている，
と勉強になった．
> （１）添付ファイルのp. 170 の例6-2の問題
> この中で，計数値として＞100といったデータを含めてポアソ
> ン分布を仮定して解析しております。
> どう解釈して良いのか分からず，悩んでおります。
たとえばデータが N_1 = a, N_150 = b, N_170 = c だったとすると，ふつ
うの尤度方程式では
(尤度) = (1 個だった結果が a 個存在する確率)
× (150 個だった結果が b 個存在する確率)
× (170 個だった結果が c 個存在する確率)
と書くわけですが，この教科書の例題では 101 個以上はカウントしないとしてい
るので，尤度方程式は
(尤度) = (1 個だった結果が a 個存在する確率)
× (100 個より大だった結果が b + c 個存在する確率)
を計算しているわけです．上記の確率はすべてポアソン分布から計算されてい
ます．「100 個より大 …… の確率」はポアソン分布で 101 から上を全部積
分しているわけです．
えーと，
微生物学なのでシャーレ上の寒天培地とかに液体状になった標本をぬって，
いくつのコロニーが出現するのかをカウントしているわけだが
……
コロニー数が多すぎる場合には「> 100」とか記録されるよーで．
で，
こういう
「コロニー数 100 まではちゃんと数える，
それ以上は (たぶんそういう例が少ないので) いちいち数えない」
という場合のポアソン分布を使った統計モデルで最尤推定するには
どうしたらよいか?
という問題だ．
上で私が解説してるように，
データシートに「> 100」と記録されている場合は
「コロニー数が 101 以上である確率」を尤度とすればよいのである．
ふーむ，
なるほど．
さらにこのハナシのつづきとして，
> （２）添付ファイルのp. 171-172，量分析による推定
> 細菌が「増殖する／増殖しない」といった実験結果から
> 増殖の場合の試料中の菌数を推定するという話です。
> 増殖する→1個以上は菌が存在する→菌が0個でない確率
>
> q = 1- exp(-λ)
>
> を上記のp = の式に入れております。
> このような方法はどうなのでしょうか？
よく使われる方法です．
> また，もしこのような解析をGLMで扱うにはどうしたらよいで
> しょうか？
R の glm() 関数の場合，family = binomial(link = "cloglog") を使った場
合に該当します (ただし推定されるのはλではなく log(λ))．
R で help(family)
(あるいは ?family)
するとわかるけど，
family = binomial(link = ...)
の場合，
link はおなじみ "logit"
(ロジスティック回帰)
となるわけだが，
それ以外にも"probit", "cauchit", "cloglog"
が選択可能である．
で，
この "cloglog" こと
complementary log-log
なる link 関数はいったい何なのだろうか?
たとえば link = "logit"
の場合には確率 p と線形予測子 z
の関係は
つまりこうなっている．
ところが link = "cloglog"
では
つまりこうなる．
生態学まわりでは発症者の少なくない，
「わからない数式をみても図もつくらずに，
そのままふりーづしてますますわからなくなる」
症の大学院生たちのために図を作ってみるとこんなかんぢで．
-
で，
使いどころとしては上の質問にあるように，
ポアソン分布との連係わざ，
たとえば
-
ポアソン分布にしたがっているカウントデータ
(のはずなんだけど)
-
『いない』『いる』データしかない
-
しかしポアソン分布の平均値を推定したい
といった状況で使える．
うーむ，
きわめて個体群密度のひくい動物の目撃情報
(「ここらへんでは見た」「見なかった」)
データから密度を推定するとか，
かな?
-
地衣類繁殖論文 revision 作業のつづき．
-
午後からデータ解析こんさるなので，
いつもより早めの昼飯．
-
1300 より
地球圏科学専攻の重光さんのデータ解析こんさる．
海洋沈降粒子の同位体比のハナシとかだったらイヤだなぁ
(割り算値の統計モデリングは難しいので)
……
と思っていたのだけど，
わりと単純なモデル選択の質問だったので，
助かった．
-
そしてこのあとも別件のデータ解析こんさるメイルかきが
……
さらにネット雑用も 3 件ほどわりこんでくる．
さらにプリンタートナーカートリッジの交換．
A802 室の CANON LBP5400．
研究室雑用 Wiki に記録
……
ふーむ，
二ヶ月で K トナーがきれたか．
このプリンターは場所をとらないんだけど，
カートリッジもちっこいんだよね．
-
窓の外はひたすら雨．
-
よーやく地衣類繁殖原稿 revision 作業にもどる．
えーい，
何がどうなっていたのやら
……
-
けっきょく cover letter ひねくるだけの段階は終了し，
原稿本文を変更していかねばならない状況にいる，
とよーやく気づいた．
原稿にとりくむ
……
こりゃー，
なおすべきところがたくさんあるわ
……
-
まあ，
文章のなおし自体はそれほど難しくないので，
ぢりぢりと進捗していくのだが
……
OpenOffice の「わーぷろ」上で作業しなければならぬので，
ちょっといらいらする．
私が主著者ならテキストエディター (vim) + LaTeX
なんだけど，
まあこれはしょうがない．
MS わーどじゃないだけマシだと考えることにしよう．
-
まだまだ作業は終わらず．
1930 研究室発．
雨．
1945 帰宅．
ちょっとうんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
米麦 0.7 合．
ワカメ・豆腐の味噌汁．
キャベツ・ニラ・ショウガ・豚肉・卵の炒めもの．
- 昼 (1210):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
キャベツ・ニラ・ショウガ・豚肉・卵の炒めもの．
- 晩 (2100):
米麦 0.8 合．
ワカメ・豆腐の味噌汁．
キャベツ・ニラ・ショウガ・豚肉・卵の炒めもの．
2008 年 07 月 12 日 (土)
-
0810 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
1015 自宅発北大構内走．
ときどき陽光さすけど，
まあどちらかといえば曇．
1055 自宅発北大構内走．
昼飯．
-
1300 自宅発．
お，
いまのほうがいい曇りぐあいだ．
クラーク会館地下 (正確には 1F)
の 理髪店
にいったら waiting 客がすでに二名．
土曜日はこんでる．
店員氏が予約しときましょうか，
というのでおねがいしておいて，
とりあえず
1330 研究室着．
-
仕事はあまりススまぬうちに予約時間になってしまったので，
また理髪店に．
一時間弱で終了．
前回きったのは
5/10
か．
やはり二ヶ月ぐらいでぼさぼさになるな．
1430 研究室にもどる．
-
えーい，
また仕事がふりーづしてる
……
-
残念ながらあまりススまず
……
1810 研究室発．
買いもの．
1830 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1230):
うどん．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ワカメ・ダイコンの味噌汁．
ダイコン・サバの電磁波蒸し．
キャベツ・ミズナ・ニンジン・ネギ・ハムのサラダ．
2008 年 07 月 13 日 (日)
-
0920 起床
……
まあ，
眠れたほうかな．
朝飯．
コーヒー．
-
洗濯．
部屋があまりにもきたなくなったので，
怠業ではなく掃除機かけ & ふきそうじ．
洗濯・そうじがおわった時点でいい曇天ぐあいだったので，
1130 自宅発北大構内走．
1215 帰宅．
体重 70.8 kg．
うーむ．
昼飯．
-
1410 自宅発．
ちょっと晴れてきた．
1425 研究室着．
-
地衣類繁殖論文 revision の原稿修正にとりくみ中
……
けっきょく，
abstract は全文かきなおし．
-
論文の材料とスジがきはぜんぶでそろっているので，
アタマから書きなおしている次第．
そして Introduction も少なくとも最初のパラグラフは
ぜんぶ書きなおしだな．
-
伝統ある
The British Lichen Society
(……
などと書いてみたが同 web site によれば設立は 1958 年とのことで，
ぜんぜん新しいじゃないか
……
web site ももだんだし)
出版するぢゃーなる
The Lichenologist
(ただしこれの原稿やりとりは郵便依存なモノ)
に日本人著者初掲載めざして
(とのこと)
地衣類専門家が書いた作文を，
地衣類なんてまったく見わけもつかないデータ解析したうけ業者
が勝手にかきなおしていたりする日曜日の午後の不思議さよ
……
-
しかし introduction の書きなおしとなれば，
今さらながらとりあげられている地衣類論文を読まねばならぬ．
ますます作業に時間がかかる．
そして，
世の中には (成長がたいへんおそい) 地衣類の成長解析などといったスゴイ
としかいいようがない研究やってるヒトたちがいる，
とわかった．
いやはや．
-
introduction ぢりぢり全文かきなおしの途中で終了．
1950 研究室発．
2005 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
イソップベイカリーのクロワッサン．
キャベツ・ミズナ・ニンジン・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1330):
イソップベイカリーのバタール．
トマト・ズッキーニ・タマネギ・ニンジン・ピーマン・シイタケの炒めもの．
- 晩 (2050):
米麦 0.7 合．
イワシの味噌づけ．
カボチャ・タマネギのスープ．
キャベツのあえもの．
2008 年 07 月 14 日 (月)
-
0750 起床
……
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
北海道より南では熱帯夜だの真夏日だのがつづいてるみたいだけど，
当地はまだ夏日にならない日も多くて，
そのあたり助かる．
0945 研究室着．
まだねむい．
-
メイル書きで午前中がオワってしまった．
その内容としては，
データ解析こんさる関係がほとんど．
-
現状はこういうかんぢなのかな
……
-
地衣類繁殖論文 revision: タイトルから全文かきなおし，
となってしまって予想外に時間くっている．
地衣類論文なども読まないといけないし．
おもしろい作業ではあるけど，
進捗は遅々たるもの．
-
帯広樹木開花モデリング: 当方のモデリングや作図で
もとデータにいろいろ問題がある，
と判明してきたので帯広のほうでそちらの確認作業をされるそうで．
今日の当方の作業としては，
関連データや R プログラムを server にアプロードしたり．
-
苫小牧樹木成長論文 revision:
以上のような次第で，
まだまだ着手できそうにありません，
すみません
……
メイルを送信した．
-
院生のゐんどーづ版 R でちょっとナヤんでみる．
やはり，
Program_files の R の R-{version} の etc の Rprofile.site
を直接かきかえる以外に，
起動時設定を変更する方法はないよーで．
Rconsole とやらは My Document とかにおかれるのにな．
私が使ってる Linux 版だと
${HOME}/.Rprofile
を変えればいいだけなのでお手軽なかんぢだ．
-
プリンターのトナーカートリッジがよーやくとどいて，
A 棟 8F の印刷環境は復旧した．
-
といったことはかたづいたんだけど，
地衣類繁殖論文原稿のなおしはススまず．
こういうふうに進捗がよろしくないときは，
細かいコトが気になったり
……
となりの講義室で集中講義やってんだけど，
あれこれとさわがしくていらいらさせられる．
-
おそい昼飯．
-
地衣類作文がススまぬ理由
……
どうも地衣類論文を読まねばならない，
という状況であるため．
いまやってることは introduction 節の全面かきなおしなんだけど，
ここに引用されてる文献のいくつかをちょっと丁寧に読まないことには
やはり書きなおしができない，
という状況なんだよね．
-
隣室というか部屋番号からいうと同室の講義もやかましいので，
地衣類論文一式かかえて図書館に逃亡．
つらつらとながめてみる．
もちろん論文 revision の材料とする方向で，
だけど．
-
どうでもいいけど，
地衣類論文というと北欧の著者が多いような気がする．
地衣類の分布と関係あるのかも．
-
研究室もどる．
だいたい introduction の構成は
「こうしたらよい」
というのはわかったのだが
……
-
本日も
「時間と体力を浪費した」
感あり．
2110 研究室発．
買いもの．
2130 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
札幌はぜんぜん暑くないのに，
なんで私はこんなにばててるんだろうなぁ
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
イソップベイカリーのバタール．
- 昼 (1420):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ダイコン・サバの電磁波蒸し．
- 晩 (2240):
米麦 0.7 合．
カブのスープ．
ニラ・豆腐・卵の炒めもの．
2008 年 07 月 15 日 (火)
-
0750 起床．
ねむい．
だるい．
朝からばててる．
朝飯．
コーヒー．
動作がのろい．
0930 自宅発．
曇．
ああ，
札幌はこんなに涼しく快適なのに．
0945 研究室着．
-
やはり，
生活周期をみなおして，
ここから強引にたてなおしていかんと体調が維持されないような．
仕事のすすみかたなんかも遅すぎるし．
今が年度後半とかだったら，
もっとぼろぼろになっていただろう．
-
地衣類繁殖論文 revision 作業，
introduction の全文かきなおし作業のつづき．
-
……
introduction の
かきなおし作業，
あくまでひととーりではあるけど，
できた．
分量は 3 倍ちかくに増えた．
これでハナシのスジはとおり，
うるさい査読者たちにきちんと対応できている．
というか，
査読者たちのご指摘のおかげで introduction がずいぶんとマシになった．
とりあえず休憩．
時刻はすでに 13 時すぎ．
北大生協で昼飯調達．
研究室にもどって昼飯．
-
いつもよりぐったり休んだかんぢで作業再開．
introduction 節はもうちょっと修正したいところだけど，
またあとで全体 & cover letter との整合性を考えて
修正することになるので，
このまま放置．
-
……
と書いたけど，
けっきょく読みなおしてしまった．
修正は最小限にとどめて，
次の節に移動する．
-
Materials and methods 節，
調査地の記述はちょこちょこ修正，
地衣類の説明はほぼそのまま，
sampling methods になるとかなりの書きなおし
……
おおっと結果なんかが書かれていたりするし．
研究室の修論ちぇっくとかアリ論文のときなんかも感じたのだけど，
実際に現場で作業したヒトが
このあたりをうまく書けない場合ってのはマレではない，
という気がする．
なんというか，
アタマにうかんだ「やったこと」が散発的・羅列的に置かれてたり．
いっぽうで，
私のほうは「得られたデータのデータ構造はどうなっていて，
次にそれをどう統計モデリング・解析して，
そこからどういう結果を導いたと言いたいのか」
といった全体図が念頭にあるので
(でないと他人の書いた論文修正なんかできない)，
説明のぬけや不適切な順番に気づいたりすることがある，
とゆーことで．
-
方眼紙って
mesh sheet
というのかな?
grid paper
のほうがマシという気がする
……
-
統計モデリングっぽいところに突入．
これは以前に私が書いたところ + 志水さんが今回なおしたところを含めて，
かなりの書きなおし．
-
今日は A702 室の Linux server 機とらぶるにやたらとまきこまれる．
はい，
例によって甲山さんがよく考えずにぽいぽい買ってしまったあの二台です．
-
Results 節の前で revision はオワってしまった．
1930 研究室発．
Homac によって薄手の綿のズボンなど買う．
2030 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
カブのスープ．
- 昼 (1330):
研究室．
北大生協サンドイッチ．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ネギ・ピーマン・卵の炒めもの．
カブのシュートのあえもの．
ダイコンの味噌汁．
2008 年 07 月 16 日 (水)
-
0800 起床．
寝不足感，
かなり解消．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇．
今日もすずしくて助かる．
0945 研究室着．
-
地衣類繁殖論文 revision，
まずはまた図のてなおしから．
つぎに results 節の改訂にとりくむ．
というか，
最後の discussion 節や昨日なおした部分も含めて，
内容を移動させたり表現をそろえたり，
といった作業になる．
統計モデリングまわり，
昨日はあまりなおさなかったんだけど，
今日はいろいろと修正が入る．
-
昼飯．
-
お茶部屋で永光さんと帯広のヤナギの
父性判定の統計モデリング議論に没頭してしまった
……
基本的には R の
MasterBayes
package でいろいろ事後分布が得られるわけだが，
その事後分布 (からの標本セット) を組みあわせて
いろいろな量の事後分布を構成してみる，
といったハナシ
……
-
また地衣類論文で苦闘してると Annika さんがちょっと質問にきた．
で，
当方が The Lichenologist 投稿論文 revision に苦闘してるのを見ると，
lichenologist (地衣類研究者) ならぬ bryophyte 専門家
(bryophytologist? コケ植物専門家)
としてあれこれご教示いただく．
Lichen Biology のサイト
を読め，
とか
-
いろいろ読んでたりして，
地衣類論文後半部の修正はなかなかススまず．
1915 研究室発．
1930 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
ゐんどーづでは Rprofile.site ファイルの位置が固定されてるんだろうか，
などとぎょーむ日誌に書いたのだけど，
そんなことはありませんよ，
というご教示をいただいた．
環境変数
R_PROFILE
でファイルの位置を指定しながら起動すればよさそう．
こんど院生のゐんどーづ機か，
自分の Linux 機上の VMWare 上でためしてみよう．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
カブのシュートのあえもの．
鶏レバのショウガ煮．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
鶏レバのショウガ煮．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
カブ・ニンジンの味噌汁．
鶏レバのショウガ煮．
2008 年 07 月 17 日 (木)
-
0810 起床．
ねむくてだるい朝，
ふたたび
……
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
ときどき強い風がふき，
天気はあれもよう．
0935 研究室着．
-
午後から佐竹さんと植物の開花モデリングの相談なので，
少しばかりまたタンパク質発現データを
……
と思ったんだけど，
どうもアタマがへたれていて何とも進捗せず．
-
志水さん・Annika さんと地衣類メイルやりとり議論してるうちに，
-
査読者の「朝の結露が重要だろ」
に対する反論
-
地衣類 2 種のうち片方が
thallus サイズ依存的に子器 (apothecium)
数を増やすといった観測データと，
これまでの研究
(thallus がでかいと保水能力が高い)
といったハナシを結びつける
にまとめて対処できそう，
という気がしてきた．
ようするに，
高山では日中なんかでも霧が発生したりするので乾燥・湿潤の時間帯が不確定，
しかしそれは「水制限がない」こととは別問題，
と整理すればよいだけのことだ．
-
帯広樹木開花モデリングについてのメイルやりとり．
データにいろいろ入力まちがいがあったようなので
(といったことが R 作図をやるとよくわかるのである)，
そのあたりの修正にしばらく時間かかるとのこと．
-
帯広ならぬ佐竹さん開花モデリングのデータひねくりまわし
& 作図．
昼飯後も．
-
午後 1 時間弱ほど開花モデリング相談．
PCR が生成しうる誤差構造がわからんことには，
推定結果がまともになりそうにない，
ということは再確認できた．
しかし当方がてもとのデータでなんかモデリングしないことには，
ハナシがススまんような気もしてきた．
-
相談後も少しばかりデータをひねくる．
下の図はありがちな
library(lattice)
図なんだけど
……
-
……
じつは「どこからどこまで 1 個体か」
という labeling の R coding に苦闘してました，
ということを示す図．
たいへん残念ながら，
こういう魔術的なめんどう複雑怪奇なものになってしまった．
まあ，
諸悪の根源はもとデータファイルの構造にあるわけだが．
d$id <- factor(c(sapply(
1:6,
function(i) {
dsub <- dc[dc$col == i,]
ns <- nrow(dsub) + 1
rep(
paste(rep(i, ns), letters[1:ns], sep = ""),
apply(
data.frame(
start = c(1, dsub$row),
end = c(dsub$row -1, n.date)
), 1,
function(x) x["end"] - x["start"] + 1
)
)
}
)))
-
夕方からは農学部・生態管理の赤坂君 (以下，簡単のため赤坂弟)
のデータ解析こんさる，
一時間ほど．
空間構造がらみは難しい．
とくに査読者が半可通の場合は．
-
終了後，
最後の質問についてつらつらと考えてみる．
動物のテレメトリーデータってのは，
統計モデリングに関しては
まあやっかいきわまりないものなのだが
……
たしかに
library(geoRglm)
みたいなツールで解析することは不可能ではない．
とはいえ，
テレメデータみたいな時系列 + 空間構造ありの場合，
やはりシミュレイション実験みたいなことをやってみないと，
どういう方法がよいのか悪いのか，
よくわからないなぁ．
-
うーむ
……
いかん，
こんさるばて，
か?
こんさるって短距離ダッシュというか，
インターヴァルトレイニングみたいなところがありますよね
……
-
地衣類論文 revision はあまりススまず．
無念．
2050 研究室発．
晩飯．
2210 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
鶏レバのショウガ煮．
- 昼 (1210):
研究室．
セイコーマートのサンドイッチ．
- 晩 (2110):
ごはんやデンスケで晩ごはんたべた．
2008 年 07 月 18 日 (金)
-
0820 起床．
ばて感，
やや解消．
朝飯．
コーヒー．
0940 自宅発．
晴．
0955 研究室着．
-
昼飯前の時間はあれこれメイルかきでおわってしまった．
オワってるなぁ．
-
ふつーより遅い時刻に昼飯．
昼飯後もメイルかき．
いやはや．
-
植被度に関する説明はちょくちょくくる．
何度も聞かれることなので，
ここに回答例を示してみよう．
「見た目の被度」
をたとえば「level 1-5 の 4 (50-75%)
を 75% の coverage」と解釈し，さらに「100 のうち 75」
といったカウントデータに変換して
glm(..., family = binomial)
してよいかといった質問．
植生学における「見た目の coverage」は，われわれがあつかうデータの中で
かなり最悪なもののひとつです．すでにいろいろナヤまされてきましたが，
調査方法をきちんとする (つまり「見た目」をやめる) 以外に抜本的な解決策
はありません．
ともあれ，この場合，
・地表の被覆を調査するために ◯m の正方形のわくを準備し，それを 10x10
の小さい正方形 (小わく) にくぎった．調査地のうえにそのわくをのせ，小
わく内に少しでも対象種が存在すれば 1 とカウントし，全体で 0 - 100 の
値となるように coverage を測定した
としていれば，上のように 100 のうち何個ということで二項分布を仮定する
ロジスティック回帰で無問題でしょう．
なぜかしら上のように調査しない人がほとんどなので，ハナシはこじれます．
つまり「全体を 100 個」と仮定する根拠がなくなるためです．
となると，論文中での作文のごまかしでのりきるしかありません．つまり，根
拠を述べずに逃げるか，上でいう「小わく」ぐらいの「目視精度」だったと主
張してみたり，といった方策です．
ついでながらの指摘ですが，被度 5 は「75% より大，100% 以下」ですから，
その代表値は 100 ではなく 87.5% あたりにすべきなのかもしれません……な
ぜ 87.5 か? という根拠もこれまたよくわからぬところですが．いやー，やっ
ぱり「見た目の被度」はほんとにイヤなものですね．
... [あるいは被度を 0-1 間の値に直してベータ分布で統計モデリング
できるだろうかという質問] ...
beta 分布を使った最尤推定関数としては library(VGAM) の vglm() で
family = betaff あるいは beta.ab と指定すればよい，などが例としてあげる
ことはできます．しかしこれが順序変数的な「被度」のモデリングにてきとう
なのかどうかはよくわかりません．
いっそのこと被度の level が {-,+,1,2,3,4,5} というふうに 7 水準ある，と
いうことですから，これを応答変数とする多項 logistic 回帰であつかう，と
いう方法もあります．ふつうの logistic 回帰は {0, 1} に 2 水準を応答変
数にするものですが，多項 logistic 回帰は {0, 1, ..., n} の n 水準をあ
つかうことができます． R の library(nnet) の multinom() 関数であつかう
ことができます．
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/NeuralNetwork.html
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/2007/0721.html#04
など参考にしてください．
天気予報では
29°C
あたりまで上昇するはず，
となっていたのだけど，
雨などふってきてくれたおかげで，
本日の最高気温は
26°C
ちょっとあたり，
となったようだ．
暑さで体力を消耗しなくてすむので，
ホントに助かる
……
ばてぎみなもので．
体力復旧しなくては．
というか，
かなり激しい雨．
札幌上空で気団の激突?
地衣類繁殖論文 revision 作業に復帰しようとする努力．
その前に，
このあたりにこの地衣類問題に興味をもってしまった
lichenologist ならぬ bryophytologist の Annika
さん
(地衣類・コケ類の non-vascular plant 同盟，
みたいなものがあるようだ)
のコメントメイルに返信を書かねばならぬ．
これがまたけっこうな長文で
……
mini PAM とかで光合成速度 (活性というべきか)
を測りなさいよ，
といったご指摘で．
Annika さんが The Lichenologist の査読者でなくてよかった
……
停電準備の雑用．
A606 実験室にいってみると，
-30°C
冷凍庫はけっこう巨大で，
棚が 8 段もあった．
ここだけで
8 個も保冷材が必要になるのか
……
とりあえず研究室メイリングリストに連絡メイル．
地衣類繁殖論文
(より正確には繁殖器数論文，
とでもいうべきか)
revision のつづき．
もうちょい results 節を修繕したいところだけど，
あれこれ中断でアタマが混乱してるので
(と書いてよーやく思いだしたんだけどパラグラフの
再配置をやってたんだな)，
discussion 節の書きなおしにススむことに
……
うーむ，
この節もおそらく全文かきなおし，
というかんぢだ．
2010 研究室発．
買いもの．
2030 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
電気代支払う．
1438 円．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
ホッケ．
トマト．
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
レトルトパウチドのトマトソース．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
カブ・ニンジンの味噌汁．
タマネギ・ピーマン・サバの電磁波酒蒸し．
2008 年 07 月 19 日 (土)
-
0730 起床．
眠れたよーな眠れなかったよーな．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
1000 自宅発．
今日も曇で助かる．
1015 研究室着．
-
地衣類繁殖論文の revision
……
になかなか着手できず．
-
ススまないとサマツなことが気になる．
たとえば「わーぷろ」．
志水さんとの共著なので，
OpenOffice.org の Writer なるソフトウェアつかってるんだけど
……
なんとも重苦しい気分になるねえ．
動作が遅くてデータの見とおしの悪いソフトウェアはいらいらする．
テキストエディター (私は Vim) + LaTeX が
「一人のりヘリコプターで晴れた札幌市上空をぴゅんぴゅん飛び回り，
行き先もささっと俯瞰して簡単に着地」
といったかんぢだとすると，
わーぷろってのは「札幌市内を移動するために暗くて臭い下水道の中を
平安時代の牛車で移動」してるかんぢ，
といいますか
……
-
わーぷろはもともとはテキストエディターとして出発した
ソフトウェアなんだろーけど，
ユーザー数増大が評価関数になったとたん WYSWYG
DTP ソフトウェアってな方向に暴走進化して
……
ふつーのヒトが使うソフトウェアの中でも超重肥大なモノにバケてしまった．
DTP ってのは，
といいますか
LaTeX 作者の Knuth 先生のエッセイ読めばわかるように，
組版ってのはワケわからんばっどのうはうのカタマリなんだから，
それをリアルタイム処理っぽく実現しようともくろむわーぷろなる
ソフトウェアが「重く」なってしまうのはある意味自明なコトで．
-
この点，
作文は作文，
組版は組版と作業が分割されてる text editor + LaTeX
なシステムは快適なんだよね．
わーぷろなんか使ってると，
こっちは文章の内容の構成を考えてんのに，
何であんた (計算機) は紙の上の組版
(ディスプレイ上では見苦しい)
の計算なんかごちゃごちゃぐずぐずやってるんだよ，
と文句をつけたくなる．
-
ついでながら検索・置換が遅くてヘボいですな．
OpenOffice と MS わーどのそれを比較すると，
残念ながら機能的には OO の負け
(後記: あとでよく見たらそんなにマケてなかった)．
しかし勝ってる側もしょぼい．
テキストエディター Vim は「できること」の総量では Emacs
に負けてるんだけど，
検索・置換のような基本機能は同等でダンとつに速い．
処理の指示も実行も．
慣れると「文書全体 (あるいはここからここまで) をこう変更したいなー」
と思っただけでほぼ無意識のうちに打鍵して
(このときの打鍵数が少ない)
あっという間にかなり複雑な条件つき変換なんかができる．
-
どうしてわーぷろでも
このあたり簡単に改良できるのに
(わーぷろを開発しているプログラマーたちなら絶対にそうしたいハズだ)
そうしないんだろう，
と不思議に思ってたんだけど
……
最近になってその理由かもしれない現象に気づいておどろいた．
わーぷろ大好きな皆さんってのはこういう検索・置換とか
必ずしもよく使ってるわけではないらしい
……
だとすればこのあたり改善されないわけですな．
研究者はそんなことないでしょう，
と思うかもしれないけど，
大学院生の中にも「わーぷろの検索・置換って何?」なヒトはいる．
検索・置換が必要な場合は目で探して手で直すのが当然，
というおどろくべき根性主義の世界
……
そういえば，
このヒトたちはゑくせる上の入力まちがいなんかもそうやって修正しますな．
-
多くのヒトたちにとって，
わーぷろなるソフトウェアは「清書機械」
なんでしょうなあ
……
実際のところ，
そういう方向にぢりぢりと進化してしまったわけだし．
編集すべき「画面」をスクロールによって目の前に表示し
(「画面」が作業の単位となるようだ)，
目と手で注意ぶかく，
あたかも紙の上で作文してるかのように，
同時にレイアウトも考慮しつつ作業するソフトウェア，
といったものなんだろね
……
-
いっぽう文書ファイルをデータととらえる
(プログラマー的?) なユーザーにとっては検索その他で
ファイル内をびゅんびゅん飛びまわり，
編集作業の単位はパラグラフ
(関数みたいなものですかね)，
レイアウトだの組版だのは文章編集にひと区切りついたら
コンパイラー (LaTeX)
で試行錯誤しつつ，
内容は内容，
見てくれは見てくれ，
と分割された工程になるわけで．
数千万人に普及させようとするソフトウェアの場合，
この「分割」が普及阻害の致命的要因なんでしょうなあ．
-
……
などとやくたいもないコト書いてても地衣類論文の
書きなおしはススまないわけで．
えーい
……
-
まあ，
ともかく共著の場合でも今後は脱わーぷろをめざしたいね．
数式まわりの問題もあるし．
何か方策を考えよう．
-
嗚呼，
しかしこれの次の論文 revision もわーぷろファイルなんだよね
……
「まる一日ついやせば LaTeX に変換できそう」
といった誘惑にまけそう．
-
だめだ．
気をとりなおすべく昼飯．
-
地衣類繁殖論文 revision 作業，
discussion 節全文かきなおし作業をぢりぢりとススめる．
-
うわー，
われながら
むちゃくちゃにアホなこと
やってた!!
……
作図プログラムまちがえたまま最初の投稿しちゃったよ．
えー，
これが訂正前の図．
-
そしてこちらが訂正後．
あまり変わらんけど，
右の図で predicted curve がびみょーに異なる
(左の図もちょっとだけ変わっている)．
ここで計算まちがいやってた．
-
いやー，
ばかだばかだ
……
不幸中のさいわいで被害はこの Fig. 4 に局限されてる．
-
すでに書かれてる一文一文について，
「これは何を言ってるのか? ここに残してよいか?
移動すれば残せるか?」
と検討しつつの作業
……
ってのはトンネルほりのようなものですなぁ．
2110 研究室発．
買いもの．
2130 帰宅．
ぐったり．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.6 合．
タマネギ・ピーマン・サバの電磁波酒蒸し．
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
タマネギ・ピーマン・サバの電磁波酒蒸し．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
ニラ麻婆豆腐．
トマト．
2008 年 07 月 20 日 (日)
-
0930 起床．
生活周期がおかしい．
なんとかタテなおしたい．
朝飯．
コーヒー．
1110 自宅発．
ありがたいことに本日も曇．
涼しい．
登校途中でついつい古本屋にとらっぷされてしまった．
1140 研究室着．
-
問題とすべきなのは通学路上の寄り道ではなく
机についてるのに仕事がススまぬ時間である．
少なくとも，
相対論的な質量増大をも考慮すべき遷光速移動物体を重力場兵器にしたてあげようにも
重力衝撃波や潮汐力が近傍に及ぼす影響は意外にもたいしたことないんでは
……
といった定量的な検討が地衣類繁殖器管数に関する論文原稿の discussion
section の書き直しにあまり役にたたないことは事前に気づいてしかるべきであろう．
しかし最近では超新星爆発時の
重力衝撃波
なんかが観測されてたりするみたいだね．
-
昼飯．
食べ終わったらすでに 15 時か．
うう．
-
地衣類繁殖論文かきなおしにぢりぢりととりくむ．
しつこく作図プログラムもつくりなおし．
-
うーむ，
hypothallus (下生菌糸) と tallus (葉状体)
の関係がいまいちわからん．
志水さんに聞くしかないな
……
-
あと 1-2 パラグラフで discussion 節のかきなおしができそうなんだけど，
ばててきたので撤退．
2020 研究室発．
買いもの．
2040 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
米麦 0.7 合．
ネギ・卵の炒めもの．
- 昼 (1440):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ニラ麻婆豆腐．
- 晩 (2200):
米麦 0.8 合．
オクラ・サバぶし・卵の炒めもの．
カブ・キュウリの酢のもの．
トマト．
