ぎょーむ日誌 2008-07-17

2008 年 07 月 17 日 (木)

• 0810 起床． ねむくてだるい朝， ふたたび …… 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． ときどき強い風がふき， 天気はあれもよう． 0935 研究室着．
• 午後から佐竹さんと植物の開花モデリングの相談なので， 少しばかりまたタンパク質発現データを …… と思ったんだけど， どうもアタマがへたれていて何とも進捗せず．
• 志水さん・Annika さんと地衣類メイルやりとり議論してるうちに，
  • 査読者の「朝の結露が重要だろ」 に対する反論
  • 地衣類 2 種のうち片方が thallus サイズ依存的に子器 (apothecium) 数を増やすといった観測データと， これまでの研究 (thallus がでかいと保水能力が高い) といったハナシを結びつける
  にまとめて対処できそう， という気がしてきた． ようするに， 高山では日中なんかでも霧が発生したりするので乾燥・湿潤の時間帯が不確定， しかしそれは「水制限がない」こととは別問題， と整理すればよいだけのことだ．
• 帯広樹木開花モデリングについてのメイルやりとり． データにいろいろ入力まちがいがあったようなので (といったことが R 作図をやるとよくわかるのである)， そのあたりの修正にしばらく時間かかるとのこと．
• 帯広ならぬ佐竹さん開花モデリングのデータひねくりまわし & 作図． 昼飯後も．
• 午後 1 時間弱ほど開花モデリング相談． PCR が生成しうる誤差構造がわからんことには， 推定結果がまともになりそうにない， ということは再確認できた． しかし当方がてもとのデータでなんかモデリングしないことには， ハナシがススまんような気もしてきた．
• 相談後も少しばかりデータをひねくる． 下の図はありがちな library(lattice) 図なんだけど ……

• …… じつは「どこからどこまで 1 個体か」 という labeling の R coding に苦闘してました， ということを示す図． たいへん残念ながら， こういう魔術的なめんどう複雑怪奇なものになってしまった． まあ， 諸悪の根源はもとデータファイルの構造にあるわけだが．

  d$id <- factor(c(sapply(
      1:6,
      function(i) {
          dsub <- dc[dc$col == i,]
          ns <- nrow(dsub) + 1
          rep(
              paste(rep(i, ns), letters[1:ns], sep = ""),
              apply(
                  data.frame(
                      start = c(1, dsub$row),
                      end = c(dsub$row -1, n.date)
                  ), 1,
                  function(x) x["end"] - x["start"] + 1
              )
          )
      }
  )))
  

• 夕方からは農学部・生態管理の赤坂君 (以下，簡単のため赤坂弟) のデータ解析こんさる， 一時間ほど． 空間構造がらみは難しい． とくに査読者が半可通の場合は．
• 終了後， 最後の質問についてつらつらと考えてみる． 動物のテレメトリーデータってのは， 統計モデリングに関しては まあやっかいきわまりないものなのだが …… たしかに library(geoRglm) みたいなツールで解析することは不可能ではない． とはいえ， テレメデータみたいな時系列 + 空間構造ありの場合， やはりシミュレイション実験みたいなことをやってみないと， どういう方法がよいのか悪いのか， よくわからないなぁ．
• うーむ …… いかん， こんさるばて， か? こんさるって短距離ダッシュというか， インターヴァルトレイニングみたいなところがありますよね ……
• 地衣類論文 revision はあまりススまず． 無念． 2050 研究室発． 晩飯． 2210 帰宅．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1210): 研究室． セイコーマートのサンドイッチ．
  • 晩 (2110): ごはんやデンスケで晩ごはんたべた．