ぎょーむ日誌 2008-07-(01-10)

2008 年 07 月 01 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 晴． 0915 研究室着．
• 本日以降のぎょーむだが …… うーむ， 遅滞ぐあいを考慮して，
  1. 大雪-十勝山系の地衣類繁殖論文の revision
  2. 帯広樹木開花モデル現状版の報告かき
  3. 苫小牧樹木成長論文の revision
  の順でススめていくか． 今週中に終わってくれればよいのだけど ……
• 地衣類の図のかきなおしのしあげ． R 作図の黒魔術 library(grid) で legend をいれたりするのにじたばたする． grid.plot.and.legend() をみるともっと黒魔術っぽい方法が説明されているんだけど， まあ今回は viewport() を切って， といった原始的な方法で．

• ネット雑用少々． ついでに， 院生部屋のプリンターのトナーカートリッジがきれかけているので， 雪野さんに交換カートリッジ購入のおねがいメイル．
• 地衣類原稿 revision 作業のつづき． 図表の修正はできたので， 志水さんが修正した本文と cover letter にとりくんでみる．
• 昼飯．
• 新しい露崎さん院生のネット接続設定． なぜいまの時期に， と思われるかもしれないけど起学なるよくわからない専攻 の一部の院生はいまの時期に研究室配属なのである． で， てこずってしまった． TCP/IP は接続しているのに web browser はつながらない． 原因は (以前の職場で) 「proxy を通す」 設定にしてた， というところでこれを解除したらつながった． くそう， ゐんどーづめ ……
• 他にもどたばたしつつも， なんとか地衣類作業にもどろうとする努力．
• この cover letter はだいぶ修正したほうが良さそうだな． 地衣類専門家たる reviewer 氏は けっこうめんどいことを指摘してきているわけで ……
• …… いかん， reviewer の長々とした指摘と 志水さんの長々とした対応 (こちらもなかなかに難解) を読みくらべてたら 集中力がオチて機能停止状態にオチいってしまっていた． おそるべし， lichenologist わーるど． ともかく素人の私でも介入できるように論点を整理しなくては．
• 1900 研究室発． 1915 帰宅． 1945 自宅発北大構内走． 2035 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): ヨーグルト． キャベツ・ミズナ・ニンジン・ネギのサラダ．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・タマネギ・ニンジン・ホタテのカレー．
  • 晩 (2130): うどん．

2008 年 07 月 02 日 (水)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 晴． 今日は暑くなりそう， との予報． 1000 研究室着．
• 歩きながら， ふと「来年の 生態学会大会 の一般講演は何にしようかなー」 などと考えてしまった． 11/14 (金) が一般講演もうしこみ〆切なんだけど， 年度後半は下うけぎょーむとかがタテこむ可能性があるので， 今のうちから検討しておいたほうが安全だ．
• で， 今後やっていかねばならぬ修論さるべいじ作業の内容なんかは， すでに (本人もしくは私が) 生態学会で発表ずみ． 現在 revision 中の論文原稿も同様． うーむ …… と考えていて， そうだ今年はじめに 苦闘 させられたウミガメ上陸数変動モデルはどうだろう? という気分になった． 時系列データの階層ベイズモデル解析の例， というのは興味をもつヒトがけっこう多いのではなかろうか? そしてこれもまた「闇にほうむられそうな」 修論さるべいじ作業になりますな．
• で， この修論をやった重田さんは卒業後はまったく音信不通状態なので …… 指導教員 (大統領ではなく大阪にいるホンモノのほう) のかたに連絡メイルをかいてみる． まったく面識もなにもないんだけど． はてさて， どうなることやら．
• 地衣類繁殖論文の revision のつづき． なかなかしんどい． えーと， poikilohydric は「変湿 (変水分?)」(湿度に左右される) という意味かな? poikilotherm が「変温」(変温動物の変温) なので．
• 地衣類のめんどくさい角度計算をみなおしてるうちに不安になってきた． この方位角データはどのようにとられたものなのか? 時計まわりだと思っていたんだけど， 反時計まわりだとマズい． 志水さんにお尋ねしてみることに …… しかし返事は明日以降かな?
• ということで， reviewer に迎合するべくやってみようかと検討していた計算 はヤメることに． これは東側とか重視する計算にしたらいいんじゃないの， というハナシだったんだけど …… まあ， データをよくみなおしてみたらそんな傾向もなさそうだし．
• ともあれ， revision の基本方針としては絶対にゆずれない点 (たぶん一点だけで，明るさ指数を説明変数にすること) をのぞけばあとは reviewer にことごとく 全面的に妥協してみせるのが得策だろう …… という方針で図を削除したり cover letter を書いている． 私はよくしらないんだけど， 先方はどうも地衣類ぎょーかいの大物， かどうかはよくわからんけど少なくともかなり強気なヒトであることは まちがいないので．
• 譲歩作文にくたびれたので昼飯． 地衣類 revision なかなか時間がかかりそう． そして終わったら今度は苫小牧樹木成長モデルの譲歩作文 ……
• 動物生態の松田君とまた テングザル ばなし． 「テングザルの好きな寝場所」 論文が現在改訂中 (minor revision だったか?) だそーで． 基本的に川べりの樹上で寝るんだけど， 好きな寝場所のひとつは対岸の木にジャンプしやすいところ， らしい． 捕食者の ウンピョウ におそわれた場合の「わが逃走経路だッ」というやつで， いざとなれば 5 m ぐらいぴょーんと飛ぶそうで．
• で， 本日の相談はテングザルの寝場所はグループごとにかたまるのだけど， グループごとに独立に寝場所を選んでいると言えるのか? 問題． 2005-2006 年にかけていろいろデータがとられたわけだが …… 毎日 1630 ごろから調査対象の支流の川くだりによる寝場所センサスは データとしてのあつかいに難しい部分があるので (日没はもっとあとでまだ川べりにきてない群れがある)， 追跡している BE グループを中心に上下 500 m 地帯にいるグループ数 に関する統計モデルを作ることに． とりあえずデータの整理をおねがいしといて， 本日は終了．
• Trendy セミナー， 本日は酒井章子さんで送粉ネットワークの理論なヒトたちの暴走ぶりについて． 送粉系 (植物と送粉動物) のネットワーク解析では nested なる概念が (おもに複雑系物理屋なヒトたちに) 重視されてた． この nested なるものは何だかヘンてこな概念なのだが， ようするに
  1. 極端な generalist な送粉者がいてほとんどすべての植物を訪れる
  2. 極端な generalist な植物がいてほとんどすべての送粉者がやってくる
  3. specialist な送粉者は generalist な植物 (とくに 2. のようなやつ) にいく
  4. specialist な植物に generalist な送粉者 (とくに 1. のようなやつ) が訪れる
  5. 1. - 4. の極端な連中のあいだに中間的なものがいる
  といった関係が成立してることだ． つまり specialist 送粉者 → specialist 植物 という関係がほとんど見られない野外群集， といった状況． で， 酒井さんのご指摘はこういう nested な関係ってサンプリング bias なんじゃないの (観察日数を増やしていくとどんどん nested じゃなくなる)， ということ． 私のコメントとしては phenology の効果が (たとえサンプリング継続が年をまたいだとしても) あるんじゃないの， というようなところで．
• しかし生態学における (おもに群集生態学まわりで使われてる) ネットワークなんちゃらはいまいちなものが多いな． これまでのうまくいかなかった道具， たとえば個体群動態のハナシでいえば 「なんでもかんでも行列モデル」 「なんでもかんでも格子モデル」 といったザツなやり口ではうまくいかなくて， もっと対象生物の挙動に注意しましょう， と教訓を残したのとおなじようなかんぢで．
• 1930 研究室発． 買いもの． 1955 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): シリアル．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 北大生協の巻き寿司．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ニラ・マイタケ・卵の炒めもの． ミズナのサラダ．

2008 年 07 月 03 日 (木)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0945 自宅発． 曇． 1000 研究室着．

[警察官うろうろ]

自宅横が国道 5 号線なんだけど …… 各交叉点に 6-7 名の (おそらく他県の) 警察官が配備されていたり， 福岡県警のパトカーが走っていたり， 他県から派遣された機体もふくむ ヘリコプター 4 機 (!) 編隊ぶんぶん飛んでたり …… たぶん， 具体的な意味が何もない出動で， サミットまでやることなくてヒマ， なんでしょうなぁ ……

• サミット関連の会議でインドネシアからユニさんが札幌にきている． あいかわらず日本語がうまい． お子さんは 2 才になったそうで．
• 地衣類繁殖論文 revision の譲歩作文のつづき． reviewer VS. 志水さんといった地衣類専門家対決のあいだにたって 「とりなし」 の方向で cover letter を書き直すのはなかなかたいへんだ． まあ， データ解析したうけ業者の「あふたーさーびす」とでもいうことで．
• そうそう昨日心配してた角度計算は何も問題ないことがわかった． とりあえず， ひと安心．
• 昼飯．
• また譲歩作文のつづき．
• 再来週に甲山さん代打の授業やれ， というのは (いつものごとくというべきか) すけぢゅーる誤認によるカラさわぎとわかった． しかしながら， なぜかしら来週の水曜日に一回だけやらされることに． うう．
• よくわからぬ他研究室授業の mailing list 構築． ついでにその TA 院生にてつだってもらって， もひとつのよくわからぬ雑用， 「院生部屋の面積や利用院生名を報告せよ」 にとりくんでみる． 野外調査用の巻尺で部屋のタテ・ヨコの長さをはかる． A 棟 7-8F はこんなかんじ．
  • A704 (4 名，面積 34 m²)
  • A801 (11 名，面積約 85 m²)
  • A802 (10 名，面積約 72 m²)
• 地衣類論文 revision というか cover letter 書き， なかなか進捗しない． 他人が書いた cover letter の修正は難しい． 1855 研究室発． 1910 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うーむ， またうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． コマツナあえもの． プチトマト． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナあえもの． プチトマト． 鶏レバのショウガ煮．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． ニラ・卵・豚肉の炒めもの． トマト・レタスのサラダ．

2008 年 07 月 04 日 (金)

• 0830 起床． うーむ， ねぼうした …… 0840 自宅発． 曇． 0855 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• また地衣類繁殖論文の譲歩作文． reviewer 氏の「主たる反駁」に対して一点固守 & 他は前面譲歩という部分の作文は昨日かけたわけだが …… えーい， このヒトうるさくて細かいところもあれこやれこれケズれとうるさいよ． しかもこれに対する主著者の cover letter がなんともわかりにくくて， ですね …… 最初からぜんぶ書きなおし作業中．
• 1215 研究室発． 自宅にかえって昼飯． 1310 研究室もどる．
• 地衣類繁殖論文 cover letter かきなおしのつづき． エラそうな言いかたの好きな reviewer 氏の 「てきとーにセンでもひきやがれ」 とかてきとーお気楽にめちゃくちゃな指示をしているので， それがいかにバカバカしいことかを 説明する長文の作文にはまりこんでしまった．
• 夕方に食品総合研究所の小関さんがみえるので， その予習． 50 年ほど前まで食中毒の人体実験が可能だったメリケン国の 人体実験データの解析 …… 被験者 50 人ぐらいだと， 意外と個体差がない， ともうしますか． 食中毒って案外個体差がないものなのかな?
• そして (私の希望としては次世代ゐんばぐすになってほしい) JAGS の研究． 小関さんは Mac 使いなもので．
• R から JAGS を使う library(rjags) なかなかよろしい． とりあえず簡単なメモを R で JAGS に． JAGS の欠点としては (やはり依然として，ゐんばぐすに比べて) MCMC 計算が「遅い」といったあたりか．
• 1600 小関さん (一年ほど前 にも訪問してくださった) がみえる． また 2 時間ほど食中毒なデータ解析雑談をたのしむ．
• 1905 研究室発． 1920 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 研究室． 食パン．
  • 昼 (1240): 米麦 0.7 合． ワカメ・豆腐のサラダ．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． プチトマト． チンゲンサイ・豚肉のカレー．

2008 年 07 月 05 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 暑い．
• 昼飯． 1310 自宅発． ちょっと曇． 薬局でメンソレとか買ってみる． 手がすこしあれぎみ． 1330 研究室着．
• R で JAGS ペイジに例題など追加したり JAGS 雑 ペイジに説明を補足してみる． 結局のところ， 現状の所感としては，
  • JAGS より WinBUGS-OpenBUGS 系のほうが MCMC 計算が --- いろいろな意味で --- 速い (長年にわたって Gibbs sampling のアルゴリズムが洗練されたためだろう --- ただし非公開)
  • WinBUGS には空間統計モデリング用の関数がある
  • しかし JAGS 自体の設計のよさ & open 性のおかげで 将来性がいろいろあるように思える (たとえば現在の version のものでも， C++ を使って拡張モジュールを比較的簡単に自作できるように見える)
  • library(rjags) は library(R2WinBUGS) より格段にわかりやすいすぐれた設計になっている
  • JAGS は完全な free software (GPL) であり， 内部が完全に公開されている (改造も許されている)
  • JAGS は Linux, MacOS X, Windows 上のどこでも比較的無難に動かせる
  といったところか．
• うーむ， 仕事がススまない …… ちょっとメイルかきとか．
• 地衣類論文の譲歩 (一部反駁) 作文， さっさと終わらせたいのだけど 1830 研究室発． 買いもの． お， 北 12 生協に近郊農家野菜こーなーが …… 安くて良さそうな野菜がたくさん置かれてたので， 思わずたくさん買ってしまった． 1850 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． プチトマト． チンゲンサイ・豚肉のカレー．
  • 昼 (1245): スパゲッティー．
  • 晩 (2050): 米麦 0.8 合． カブ・ブナシメジのコンソメスープ煮． ゆでブロッコリの豚ひき肉・ネギ・ショウガ・ニンニクソース． トウモロコシ．

2008 年 07 月 06 日 (日)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 部屋の衣類， ちょっとかたづけ …… さすがに洗濯ずみ・未洗濯はわけられているけど， 洗濯ずみのものがわやくちゃな状況で …… ちょっと整理できた． 1040 自宅発． 晴． 昨日は札幌でも真夏日 (今年初?) だったんだけど， 今日も暑くなりそう． 1055 研究室着． 天気概況みたら， 本日はすでに真夏日． 予報によると， 明日以降はまたすずしくなるそーで．
• 仕事ススまん状態継続中．
• ふりーづしてると風が窓からふきこみ …… かとー神殿が倒壊した． そもそもこの部屋は かとーオフィス とよばれていて， かとー先生が君臨されていた． で， かとー先生が栄転されたあとでも部屋の奥の机・本棚は かとー神殿としてそのまま保存されていたわけだが ……

[かとー神殿，倒壊]

本棚とホワトボードが倒れてきた． ゆっくり倒れてきたので， 手で支えて椅子をつっかえ棒がわりにできた次第． 観測史上いままで一度もなかったことだ． これも地球温暖化の影響にまちがいない． なんてオソろしいことだ ……

• やはりかとー神殿はそろそろ解体すべき時期か， ということで肉体労働に一時間ほど費やす． 昼飯． 重量物をいくらか動かし (院生にも 5 分ばかり手伝ってもらった)， するとこの部屋の奥に堆積しているゴミとかが ……
• 掃除でばててしまったので本日のかたづけ作業はここまで． こりゃー， けっこう難事業になりそうだわ． しかしながら， かとー神殿を解体整理することで， 暑いとき・寒いときの室温調節が今までより格段に改善されそう， とわかってきたのでぼちぼちとやりとげたいところだ．
• あいかわらずススまず． 暑い． 15 時すぎても 30 度超．
• いつまでもふりーづしてられないので， 地衣類繁殖論文 revision の cover letter 書き， というか書きなおし作業のつづき． 自分で cover letter を好き勝手に書いてよい場合， ここまで苦闘することはないと思うんだけどなぁ ……
• いやはや， いらいらせずにススめていくしかない． cover letter みて 「この指摘に対してどこをどうなおしたの?」 とまったくわからん点は， 私が新旧原稿をよみくらべるのではなく， 志水さんに書いてもらったほうがマシだろう …… とよーやく気づいた． うう．
• とりあえず， やっかいなる reviewer 1 氏への返答， ひととーり書けた (志水さんに聞かないと不明な点は除いて)． この reviewer 1 氏は 「図には全部 p 値つける，ゆーいかどうか示せ」 なる狂ったゆーい差決戦主義者， というか， 実際のところは周りに流されるだけの 自分では何もモノごとを考えてない， まあ， ありがちなつまらない人物なので， そのあたり「そういうことをする必要ありません」 という作文を書いてみる． 別にわざわざ引用する必要ないんだけど， Johnson (1999) の 「統計学的な有意性検定の意味のなさ」 (竹中さんサイト中) だの Clark 御大の 2003 年論文における 「あれこれ測定しました， を全部統計モデルにつっこむのはヘボ」 (久保意訳) 言及などを引用してみる．
• もちろん reviewer 1 氏を立腹させたところで 当方には何の利益もないので， 私のとぼしい作文能力が許容するかぎりにおいて 懇切丁寧に書いているつもり．
• で， 次は reviewer 2 氏だ． このヒトは一枚だけの短い査読報告で， 「まあいいんじゃないの」 という方向なのだが …… 論点に番号とかうってなくて， ですね． なかなかたいへんだ ……
• …… というのも， 書き忘れていたが， 長い伝統をほこる地衣類学の top journal たる The Lichenologist の投稿-査読過程は当世ふうのちゃらちゃらしたぢゃーなるとは異なっており，
  • 投稿は紙に印刷出力したもの (3 copy) その他を英国けんぶりっぢ大学まで郵送する (ぎょーむ日誌 2008-01-16)
  • 査読報告は紙に印刷出力されたものが郵送されてくる
  • reviewer 2 氏にいたっては印刷出力した自分の査読報告に 手がきで修正をくわえている
  といったありさまで …… 当方が書かねばならぬ返答の cover letter には 書写とかが必要になったりして， ですね．
• ともかく自力でなんとかなるところまで作業終了．
• 1940 研究室発． 1955 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． カブ・ブナシメジのコンソメスープ煮．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． チンゲンサイ・豚肉のカレー．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ネギ・ブナシメジ・卵の炒めもの． カブのスープ． カブ (シュート部分) のおひたし． カブの浅漬 …… とカブづくしになってしまった．

2008 年 07 月 07 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 涼しい日々がもどってきた． 0855 研究室着．
• 地衣類繁殖論文の revision & cover letter 書き作業， (本業多忙な) 志水さんが木曜日には登校できるということなので， そのときに一緒に作業することにして， 当方の作業はいったん中止．
• ということで， 帯広樹木開花モデルの現状までの推定計算結果に関する報告かき． とりあえず， またいろいろと図を作らねばならんなぁ ……
• カナダに行ってる工藤さん → 甲山さん経由で A606 実験室の薬品管理書類かきの雑用をおしつけられた小山さんといっしょに 北大の薬品管理データベイスで苦しんでみる． わかったこと．
  • Web 上のデータベイス検索はヘボくて必要な情報が得られない
  • そこで全ビンの全データを CSV 出力するのがよい
  • しかしこのへっぽこデータベイスは ホントに腐れた設計になっているので， CVS 出力するためにはゐんどーづの Internet Explorer を使わねばならない
  • CVS 出力されたファイルは巨大なので， R の data.frame であつかうのが気分よい (例: PRTR 法と毒劇法の両方に該当するビンの本数は sum(d$PRTR.No != "" & d$毒劇法 != "") とするだけでよい)
  研究室雑用 Wiki の「薬品管理」まわりを更新．
• 帯広樹木開花， 6/30 のベイズ推定結果を図示する作図プログラミングのつづき． 事後分布からのサンプルの行列計算を駆使した library(lattice) な図 …… うーむ， こうなりましたか． やはり「去年開花したかどうか」 (欠測の場合はベイズ的にうめる) を説明変数に使ったのはまずかったかなぁ ……

• しかし 「昨年は開花したかどうか」 情報を使わないと樹種 Ma みたいに 「昨年開花したら今年は咲く確率が低くなる (ただし明るい場所もしくはサイズが大きい個体なら毎年開花可能)」 みたいなおもしろい特性が統計モデルで表現できないんだよね． えーと， Ma はイヌエンジュか．

> unique(cbind(as.character(d0$SP), as.character(d0$wamei)))
      [,1]   [,2]
 [1,] "Ad"   "ケヤマウコギ"
 [2,] "Ag"   "カラコギカエデ"
 [3,] "Ah"   "ケヤマハンノキ"
 [4,] "Aj"   "ハンノキ"
 [5,] "Am"   "イタヤカエデ"
 [6,] "Axm"  "ウスゲヒロハハンノキ"
 [7,] "Bp"   "シラカバ"
 [8,] "Cj"   "エゾサンザシ"
 [9,] "Es"   "マユミ"
[10,] "Fm"   "ヤチダモ"
[11,] "Hp"   "ノリウツギ"
[12,] "Ja"   "オニグルミ"
[13,] "Kp"   "ハリギリ"
[14,] "Ma"   "イヌエンジュ"
[15,] "Mb"   "ヤマグワ"
[16,] "Mbvm" "エゾノコリンゴ"
[17,] "Mk"   "キタコブシ"
[18,] "Pm"   "ミヤマザクラ"
[19,] "Pm"   "エゾヤマザクラ"
[20,] "Pp"   "エゾノウワミズザクラ"
[21,] "Ps"   "エゾヤマザクラ"
[22,] "Qd"   "カシワ"
[23,] "Qm"   "ミズナラ"
[24,] "Sa"   "アズキナシ"
[25,] "Sh"   "エゾノバッコヤナギ"
[26,] "Ud"   "ハルニレ"

• どうしたものやら， と思いつつ昼飯．
• R 集計わざ． ds という data.frame に種 (sp) 列とサイト (site) 列があるとすると， table(ds$sp, ds$site) とするだけで「どの種がどのサイトに何個体いたか」 がわかる table が作成できる．

     f01. f01.B f01.K f01.S f02. f03. f03.R f04. f04.R f05. f06. f07. f08. f09.
Ad      0     9    22    16    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ag      0    28    46    12    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Aj      0     0    53    10    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Am      0    29    11     4    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Bp      0    21    32    60   19    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Cj      0     3     0    35    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Es      4    62    90     9    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Fm      0    34   226    43    0    0     0    0     0    0    0   74   94    0
Hp     32    31    76     9    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ja      0    43    61    26    0    0     0    0     0    0    0    0   30    0
Kp      0    59   104    28    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ma      0     6   103    38    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Mb      0    91   154     0    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Mbvm    0    18    21     9    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Mk      0    27   105     6    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Pm      0    56   147     3    0    6     0    0     0    0    0    0    0    0
Pp      0     4    30    20    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ps      0    45    91    23    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Qd      0   167   200    64   95   98    50   82    48    0    0    0    0    0
Qm      0   123   247     5    0    0     0    0     0   40    0    0    0    0
Sa     13    17    95     7    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Sh      0    40    11    45    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ud      0    51    79    48    0    0     0    0     0    0   30   40    0   35

• で， 紺野さん・佐藤さんに読んでいただく 帯広樹木開花モデルの報告説明かき． うう， この説明かきはいつもたいへんだ．
• 図も追加する必要があったり． なんだこりゃ， な単純な図だったり，
  
  ながーい図だったり ……
  
• どーにかこーにかひととーりウマったので， 帯広に「書いてみました」メイルを送信して逃げるように撤退． 2005 研究室発． ふう． 買いもの． 2025 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 私の家は国道 5 号線ぞいにあるのだが …… 夜になっても他県からきた警察官たちでびっしり． ときどきヘリコプターが国道上空を航過． すると， 交差点の警官たちぴーぴー笛をならして道路を封鎖する． 私も何ごとかと窓から見物してみる． 大名行列の お先触 よろしくスピーカーから「したにー」とか何とか 音声を発しながらパトカーが通りすぎる． しばらくすると先導の白バイが 2 台並走． すぐに車体左前方に国旗をぱたつかせた黒塗りセダンが 道交法無視の速度でとおりすぎる． そのあとを警察車両その他 7-8 台が追っかける …… といったことが何度もくりかえされるありさまで．
• で， その通りすぎゆく小さなぱたぱた国旗たちに注目してたんだけど， インドだの中国だの …… いったい全体， 札幌なんかに何しにきたのかしらん? 洞爺湖ういんざーホテルの高い宿泊費をけちっているのかな? と思ってたら， 明日は札幌で 新興5カ国首脳会合 とやらがあるそーで． そんなのこんな 180 万人都市のあちこち封鎖してやらずに， 洞爺湖とか， G8 の連中といっしょじゃイヤというなら 支笏湖べりとかウトナイ湖 (苫小牧にある池みたなところ) とかでやればいいのに ……
• それはともかく， 通過時刻とラジオのニュースから憶測するとあの五星紅旗はためく車には 胡錦濤さん でも乗ってたのではあるまいか? うーむ， 警官はたくさんいたけど， 私がてろりすとならばやすやすと狙撃できる位置から見物できてしまいましたなあ ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． カブのスープ．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． カブ (シュート部分) のおひたし． カブの浅漬．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． トウモロコシ． キュウリ． ダイコン・サケの味噌汁．

2008 年 07 月 08 日 (火)

• 0710 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 涼しい． よしよし． 0855 研究室着． セミナーの予習．
• 1030 より 研究室セミナー， 本日は大泉君で時計タンパク質の (リン酸化されたものの濃度の) 概日周期モデル． まあリミットサイクルなモデルになるわけだが …… ふつーの酵素反応速度にくらべて一日ぐらいといったゆっくりした 周期で変動してるのは， ほとんどすべてのタンパク質が不活性状態におかれているから， というのがこのモデルの説明． そういうモノなのかな． もひとつよくわからんかったのは KaiC なるタンパク質が 六量体であることのご利益． リン酸化反応が基質濃度に対してミカエリス-メンテン的なやつではだめで， もっと (極端には) スイッチング的でないとリミットサイクルにならない， というのはそのとおりだろう． で，ここでユニット数に応じて反応速度がかわる． それはいいんだけど， 問題は平衡状態近傍で不安定であるためには， 今度は生成物濃度に対して反応速度の傾きが正でなければならない …… これってどういう反応素過程からでてくるのか (そもそも六量体と関係あるのか?)， そのあたりがわからないんだよね．
• 昼飯．
• いろいろとメイルかき． 次の 生態学会大会 (盛岡) のポスター発表， ウミガメ上陸数モデルで発表させていただけることになった． (私にとっての) 主題は階層ベイズモデルによる時系列データ解析． ウミガメ論文とかも書かんといかんねー

• 前にも書いたけど， 発表タイトルだけ提出すればよい申込〆切 (11/14) のずっと前に 「次の発表どうしよう?」 と検討してたのは， とにかく年度の後半はいつもばたばたしがちなため． しかも私の場合， 必ず他人との共著になるんで， 事前に了承とか得ておかないといけないし．
• 明日の午後， 甲山さん担当だったはずの「植物生態学特論 II」 の代打的な授業やらねばならぬことになった． 夜までその準備．
• まあ何しろ一回でオワりなので， データ解析きちんとやりましょう， R で図を作りましょうといった入門的な内容で．
• 準備だいたい終了． ばてた． 2010 研究室発． 2030 帰宅． 体重 70.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 晩飯くったらいきなりねてしまった． そしてあけがためざめたり．
• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日ですよ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.6 合． ダイコン・サケの味噌汁．
  • 昼 (1300): 研究室． サンクスのサンドイッチ．
  • 晩 (2140): 米麦 0.7 合． ニンニク茎・ネギ・卵炒飯． キュウリ．

2008 年 07 月 09 日 (水)

• 明けがた 2 時間ぐらい眠れなかった． 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 曇． 0955 研究室着．
• 紺野さんから帯広樹木開花モデルについて， いろいろとコメントのメイルなどいただく． また新しく作図． これまた「ながーい」図になる． 下の図はその 1/3 (全体は こちら)．

• 上の図は例によって library(lattice) によるもの． 欠測している「年・樹種」をぬくには， xyplot() の layout と skip オプションを使う． 概要はこんなかんじで．

  	v.sp.year <- sort(apply(
  		expand.grid(levels(d$sp), 2001:2004),
  		1, function(x) paste(x[1], x[2])
  	))
  	print(xyplot(
  		flower ~ log(dbh) | sp.year,
  		data = d,
  		ylim = c(-0.1, 1.1),
  		skip = !(v.sp.year %in% levels(d$sp.year)),
  		layout = c(4, length(v.sp)),
  		panel = function(x, y, subscripts, ...) {
  			dsub <- d[subscripts,]
  			panel.points(
  				x,
  				y + (dsub$light.level - 2.5) * 0.05,
  				pch = 3,
  				col = col.ll[dsub$light.level]
  			)
  		}
  	))
  

  drop.unused.levels なるオプション (help(xyplot)) を使ってもよさそうなんだけど， これはいまいち使いかたがよくわからない．
• 授業の準備． 昼飯． 授業の準備．
• 1300 より 80 分ほど植物生態学特論 II， 甲山さんの代打的な授業． 今回だけで終了なので， 入門的な内容にする． つまりデータ解析って何? + R の紹介 + 確率分布と統計モデリングの基礎的なコトと例題， といった内容で． ついでに「もっとくわしく勉強したいヒトは 10 月末からの授業 にどーぞ」 といった宣伝． 15 人ぐらい参加． 今日も涼しいわけだが， A804 室に 15 人以上つめこむと， けっこう暑い ……
• どうも私はしゃべりのフィジカルな効率があまりよくないのか， 授業後 (あるいは口頭発表のあと) はいつもへろへろとばてる． ずっとしゃべりっぱなしというわけでもなければ， むやみにでかい声をだしてるわけでもないのだが． あるいはアタマの中の部品が疲れてるのかしらん? 私は自分の脳の自然言語処理能力， とくに音声言語処理の水準に関する疑惑を払拭できない状況で …… ようするに 「いま自分がしゃべってることとツジツマがあうように 次のコトバを発する」 リアルタイム処理ってのが私の能力では負荷が高すぎであり， アタマが疲労困憊しきってしまうのかしらん?
• 残念ながらいつまでもばてきっていられないので， ぢりぢりと復旧． 現状は下記のごとし， なのかな?
  • 帯広樹木開花モデリング: 帯広で検討中， 当方はときどき作図とか
  • 地衣類繁殖論文 revision: 明日は志水さんが大学にくるので， 集中的に作業をススめる予定
  • 苫小牧樹木成長論文 revision: まだ何も着手してない
  ということで， 苫小牧問題に少しとりかかってみる． とりあえず査読報告の読みなおし．
• cover letter 書きの準備したところで終了． 1750 研究室発． 1800 帰宅． 体重 70.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 部屋の蛍光灯を交換した．
• [今日の運動]
  • 不健康なるうんどう休養日つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): キャベツ・ネギ・鶏肉のサンドイッチ．
  • 昼 (1210): 研究室． キャベツ・ネギ・鶏肉のサンドイッチ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ダイコン・タマネギ・カボチャ・シシトウ・豚肉のカレー．

2008 年 07 月 10 日 (木)

• 0800 起床． すごくねむい． 朝飯． コーヒー． 0925 自宅発． 曇． 0940 研究室着．
• 今日は地衣類論文 revision 作業の日． 午後には志水さんが来られるので， それまでに当方で原稿のよみなおしとかやっとかねばならんのだが …… ススまん．
• おっと図の修正もまだ必要だな．
• 昼飯． 昼飯後もみなおし作業はつづく．
• 1300 すぎから 2.5 時間ほど， 志水さんと相談しながら cover letter 書きと revision の方針かくにん． ご本人にうかがってみると状況はそれほどいりくんだものではない， とわかった． しかし書きなおすべき部分は多々ある．
• で， 地衣類作業 …… なンとも進捗せずに， 1905 研究室発． 札幌ではめずらしく夕立ちっぽい雨． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 不調なうんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.5 合． 卵の炒めもの． ヨーグルト．
  • 昼 (1200): 研究室お茶部屋． サンクスにぎり飯．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ワカメ・豆腐の味噌汁． キャベツ・ニラ・ショウガ・豚肉・卵の炒めもの．