ぎょーむ日誌 2008-06-(21-30)
2008 年 06 月 21 日 (土)
-
0850 起床．
うーむ，
生活周期が
……
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
データ解析こんさるのプログラムかき．
R による Perl 的な処理，
と申しますか，
read.csv()
とかが使えないようなテキストデータを
readLines()
と strsplit()
状態変数を使って解読していくようなモノ．
-
高速化の要点: 可能なかぎり
data.frame()
を回避する．
-
昼飯．
-
R 自由集会記事とりまとめの作業．
うーむ，
分量的にはこれでよさそうだけど
……
-
またなんとなく怠業もーどにおちこむ
……
-
そして明日はまた甲山さんと登山．
積丹岳
1255 m．
-
[今日の運動]
-
で，
明日はかなりうんどうするはずだから，
という気分でまたうんどう休養日
-
[今日の食卓]
- 朝 (1020):
イソップベイカリーのクロワッサン．
ニンジン・ブロッコリー．
チーズ．
- 昼 (1400):
イソップベイカリーのバタール．
ナガイモ・エノキダケの炒めもの．
リーフレタス．
- 晩 (2030):
米麦 0.7 合．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
アスパラガス・ネギ・ショウガ・イカの炒めもの．
2008 年 06 月 22 日 (日)
-
0610 起床．
ねむい．
本日は甲山さんと積丹岳にいってみる予定．
朝飯．
コーヒー．
お，
NHK ラジオで中島裕子さんが．
-
0658 自宅発．
自宅横の北 12 生協で甲山さんと合流．
0705 甲山さん車にのって出発．
札樽道 (さっそんどう; 札幌と小樽をむすぶ高速道路)
で小樽に，
余市町をとおって積丹町へ．
[08:47 三合小屋下に車を止める]
積丹町に入ってからも国道 299 号を北上するのだけど，
婦美地区の牧場の中にとつぜん「積丹岳登山口」
という杭の標識があらわれるのでそこで左折，
しばらくすると舗装されてない林道に突入．
10 分弱のぼると三合小屋．
札幌方面からきた車両多数で停車できず，
すこし下った林道わきにとめた．
[08:57 三合小屋]
準備して出発．
まずはこの三合小屋前の積丹岳登山口へ．
この小屋で宿泊して早朝から登りはじめたヒトたちも
多数いたようだ．
[08:58 登山口]
余市警察署が山菜とるひとたちに，
毎年事故があるとか，
捜索費用請求するからな，
とかおどし文句が書かれている．
警察による演出なのかどうか，
立札の根元には花が供えてあったり．
たしかに山菜とりのヒトが多かった．
国立公園内ではないから?
かな
……
[09:39 五合目]
甲山さんの腕時計内蔵高度計によると標高 650 m ふきん．
ここの登山道はホントに単調な登り．
アップダウンがほとんどなく，
傾斜はゆるやか．
わりと整備されているようにみえる．
この季節，
虫がおおくて (しかもさされる)
虫よけをもってくるべきだった．
[10:27 七合目]
高度計によると標高 800 m ふきん．
道の両はしはびっしりササなんだけど，
たくさんのヒトがこのササやぶにもぐりこんで
「タケノコ」をとっている
……
そう，
北海道ではササの小さいのをタケノコというんだよね．
そんなにしてまでとって食べたいものかなあ，
と思いつつとおりすぎる．
[11:12 九合目]
高度計によると標高 1000 m ふきん．
すでに主稜線にあがっている．
樹高は 2 m ぐらいになったけどまだダケカンバがはえてたりする．
あとはハイマツとササ．
ササが多い．
むこうにみえてるのはおそらく山頂手前の小ピーク．
[11:26 積丹町をみおろす]
「海と山，だけ」というかんじの積丹町．
海と山のあいだ，
山裾の比較的平らな部分は牧場になってた．
今日の登山中の天気はほとんど曇．
直射日光なく，
気温が低くて快適．
ただし展望はあまりよくないけど．
[11:34 積丹岳山頂 (標高 1255 m)]
登山口から 2.5 時間ほどで到着．
けっこうたくさんヒトがいました．
[11:35 余別岳]
山頂から南西にみえる．
積丹岳より 40 m ほど高い．
白いのは残雪．
こういった風景をながめつつ昼飯．
[11:54 下山開始]
団体客が下山しそうになったので，
それに巻きこまれぬようささっと出発．
札幌近郊の 1000 m 級の山とくらべて
広葉樹がおおいような気がする．
[12:56 倒木]
登山道上にはダケカンバの倒木がおおい．
こいつらは成長はやいんだけど，
すぐにぱたぱたと倒れるんだよねえ
……
[13:49 下山]
2 時間弱あるいて下山．
[14:09 積丹の海]
ここらへんはところどころ山の尾根が海につきだしてる，
といったかんじで
……
つまりトンネルがたくさんある．
これが狭かったり，
けっこうくねくねまがっていたり．
崩落で有名な豊浜トンネルがあったり．
余市市街地から小樽方面にむかったところにある塩温泉．
半年ほど前に新装開店したようで，
なかなか広くて快適．
入湯料 600 円．
[15:31 温泉をたって札幌へ]
この尾根というか岬のつけねのトンネルをくぐると小樽市に入る．
そこから高速道路で 30 分ほどで札幌市内に．
途中で石狩浜の風力発電の風車を遠くにみた．
-
また自宅ちかくまで甲山さん車でおくっていただいて，
1640 帰宅．
洗濯．
怠業．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0620):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1140):
積丹岳山頂．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ
とチーズのサンドイッチ．
- 晩 (2000):
米麦 0.7 合．
ニラ卵．
キャベツ・ミズナ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
コマツナ．
2008 年 06 月 23 日 (月)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
晴．
0935 研究室着．
-
R 自由集会記事，
さらに修正をくわえてみる．
また PDF 化して共著者の皆さんに連絡．
-
アリ論文，
まだ見なおしが不十分かも，
と懸念しつつも「さっさと脱アリしたい」
という誘惑にまけてしまって
Behavioral Ecology and Sociobiology
に投稿してしまった．
どうなってしまうことやら
……
さてさて，
どこかに掲載されるまで脱アリにならないわけだが，
とりあえず投稿しちゃったことでちょっと脱力．
-
時刻はすでに 1310．
昼飯にしますか．
-
このへんの大学院生的
もしくは大学院生まんが
PHD
的なえぴそーど．
現在，
北大周辺では洞爺湖さみっと便乗的な
(よくわからぬ趣旨だな)
会議
なんかが開催されてんだけど，
それに参加してきた院生のハナシ．
会場に参加者用 free food がおいてあった．
サクランボやまもりだったのでそれを大量に食べてしまったあと，
それはさみっと便乗会議ではなくぜんぜん別の研究会のために準備されたもの，
とわかったそうで
……
とうぜんながら，
大学院生がうろうろしてそうな場所にそんなものを置いといた側に責任がある，
と考えるべきんなんだろうねえ
……
-
昨日の積丹岳登山，
手首とか何ヵ所かムシにくわれてしまった．
甲山さんも同様だったらしい．
ヌカカかな?
ともあれ，
やはり虫よけが必要だなぁ．
-
とある学会の編集委員になりませんか，
と連絡をいただいたのだけど，
私では無理そうだったのでお断りのメイルを書いてみる
……
ありがたいことに，
この件は問題なくかたづいた．
-
その他，
いろいろメイルかき．
うう．
-
アリ論文は手もとをはなれ，
R 自由集会記事
(来週月曜日に提出)
はなんとなくカタチになったので
……
自分としては「破綻ぎみ」に思える現状を整理してみる．
-
帯広樹木の開花モデリング:
とりあえず紺野さん・佐藤さんへの返事かきから，
これは今後のモデリング案も示さねばならない
-
苫小牧樹木直径成長の revision:
introduction その他の書きなおし
-
地衣類繁殖論文の revision:
図の描きなおしなど
……
これは上のより分担部分が少ないはず
-
屋久島葉寿命解析の牛原さん修論の論文化:
(データ解析はひととーり終了してるけど)
まだカゲもかたちもない
……
今年中に投稿したければ次のデータ解析したうけシーズン
(10 月以降?)
の前までにひととーり書かねばならないのだが
……
-
R Graphics 翻訳:
これは 11 月までに，
ということになっている
……
毎日ぽちぽちとススめることができればよいのだが
……
-
岩波本:
さしせまった〆切は設定されてないけど，
放置しとくのは危険きわまりない
-
生態学会誌 一次元 CAR モデル:
これは〆切は 9 月末，
しかも私はあまり長く書かなくてもよいようなので，
しばらく放置してもよいだろう
うーむ
……
-
私のアタマの中では混乱ぎみの帯広開花モデリングについて
整理整頓してみるか．
いろいろとわーど・ゑくせるファイルなんかも送っていただいたことだし．
-
で，
また帯広データで苦闘する．
これの難しいところは年によって調査している項目が変わるだけでなく，
2004 年だけ開花の記録方式が異なる，
といっためんどうがあったりして，
ですね
……
-
へろへろと
2040 研究室発．
すごくばてた．
いやはや．
2055 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
レタス・キュウリ・チーズのサンドイッチ．
- 晩 (2150):
米麦 0.8 合．
レタス・キャベツ・ニンジン・キュウリ・ミズナ・ネギのサラダ．
コマツナ．
2008 年 06 月 24 日 (火)
-
0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0830 自宅発．
曇．
0845 研究室着．
セミナーの予習．
-
1030 より
研究室セミナー，
今日は西澤君で動物の闘争とゲイム理論のハナシ．
ゲイム理論の計算みたいなことに関しては
(いろいろな分野で)
もうすでにさんざんやられているわけで
……
なんかもうどこかで聞いたことのあるようなハナシばかり．
All-pay auction というのは Maynard-Smith & Brown
の古典的な war of attrittion と同じ．
指摘されて気づいたんだけど，
持久戦ゲイムの応用例として知られる Parker のフンバエ
のケンカは敗者にあわせてコストをしはらう，
という点でこちらのほうがむしろ変わりモノなのかもしれない．
-
メイル書きちょっと．
今日は帰宅して昼飯を食べることに．
1205 研究室発．
ちょっと晴れてきてしまったな．
帰宅して昼飯．
1300 研究室もどる．
-
日曜日の積丹岳で虫にさされたあと，
本日もけっこうカユい．
ちゃんと防虫対策とるべきだった．
安楽椅子生態学研究者を自称するデータ解析したうけ業者の
(日ごろの野外活動の)
経験不足が露呈してるかんじですなぁ
……
-
となりの講義室，
「チョークがんがんたたきつけ板書」
系のセンセイなので，
なんともやかましい．
ちなみに黒板は例のウスい壁にとりつけられている．
-
昨日の図などみながら，
帯広樹木開花メイルかき．
こういう作業は時間がかかる．
-
サイズと明るさの関係は
なんとも分離しがたく，以前の
「とりあえず解析」
と同じく「開花するしないの種差は (統計モデリング的には) サイズだけで説
明できる，明るさ応答性には種差なし」といった推定結果になりそうな気がし
ます(明るさのモデリングには再考の余地がいろいろありますが)．
-
(前データを観測期間前半と後半の)
ふたつにわけて……の件ですが，これはベイズ統計モデリング的に
は (モデルのややこしさを最小限にしようとするならば) 「全データをうまく
つかえ」ということとほとんど同義になります．それはそれで，ひとつの (ベ
イズ的にはむしろ推奨される) モデリングと言えるかもしれません．
-
樹木のグループわけ:
これは
統計モデルを一個にしぼり，
その中で「グループわけ」をやってみたら現実の
低木・中低木・高木に対応しました，としたほうが良いように思います……
しかし現実にはなかなか難しそうです
(結局のところ最大サイズを参照したグループわけになりそうだから)．
-
明るさモデリング: ここでも RPPFD のモデリングには樹高が使われていて，
つまり (私が以前にやった「とりあえずモデリング」もそうですが)
樹高そのものと樹高の関数である
RPPFD を logistic 回帰にいれているかんじになっていました．
結局のところ，個々の個体で得られている情報は 4 段階の明るさ
level にすぎないので，この離散的な尺度の観測値をうまくつかった
モデリングが必要とされているように思います．
-
観測値 / 最大観測値といった割残値の説明変数は
あまり意味がないように思います．
-
(紺野さんたちの構想にある)
「繁殖場面で，光の感受性が樹種 (生育型) によって異なる」
ですが，なかなかこのように言明するのは難しいかもしれません．
少なくとも一年前の「とりあえず」版では明るさ応答性に
種差はありませんでした．
今回のデータであってもそのように細かい種差がでるのか
どうかよくわからないところです．
-
もうちょっと図とかでも作ってみるか，
とひねくってみる
……
お，
この図は生物学的にもいろいろと興味ぶかいな．
-
紺野さんからメイルがきたのでこういう図もつくってみる．
色のちがいは調査地のちがい．
-
いやはや，
なかなかススまない
……
1950 研究室発．
晩飯．
2100 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ヨーグルト．
シリアル．
- 昼 (1230):
米麦 0.6 合．
レタス・キャベツ・ニンジン・キュウリ・ミズナ・ネギのサラダ．
- 晩 (2000):
でんすけでサンマのショウガ煮たべた．
2008 年 06 月 25 日 (水)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
帯広開花モデリングについて検討してみる．
0940 自宅発．
晴．
0955 研究室着．
-
あらら
……
ThinkPad X31 の LCD が割れてしまった
……
[割れた液晶パネル]
今朝，
デイパックにいれるときにちょっと落してしまったんだけど，
まさか LCD が割れていたとは．
しょうがないので自力で修繕すべくネット上で中古品をさがす．
ありがたいことに，
いまの時代なら送料こみ 5000 円ぐらいで X31 用中古品
(LCD パネルだけ)
がすぐにみつかる．
-
LCD 中古品を発注．
まあ研究室では ssh 経由で使ってる
(たとえば，こうやってぎょーむ日誌かいてる)
ので LCD 関係ないし，
自宅でもこの程度の画面がみえてればメイルよんだりするぐらいはできるだろう．
-
気をとりなおして
R-2.7.1
をインストール．
これは昨晩かえりがけに Dell 機の中で RPM package
化させたやつだ．
-
帯広樹木開花データちぇっくのつづき．
サイズ (DBH) の変化が異常
(と言いますか，
こういうのはデータ記録・入力まちがい)
の個体を自動的に除去するようにしてみる
……
たいへん乱暴なやりかただけど，
これをいちいち確認しながら手作業するのはたいへんなので．
13085 サンプル中 147 サンプルを除去．
つまり全体の中の 1% のかわりものだ．
-
ねんのため書いとくと，
このように，
つまり「ダメそうなデータをてきとーに除去する」
という方法はこんにちの統計学では推奨されてない．
ではどうするかといえば，
「人間が記録まちがいとかする」事象
(これは単純な正規分布なんかでは表現できない)
まで統計モデリングに含める，
というのがひとつの理想だと考えられてる．
とはいえ，
なかなかこう理想どーりにやるのはいろいろたいへんなので，
とういわけで
……
-
データの性質をみるには統計モデリングしてみるほかあるまい
……
ということで，
「とりかかりの統計モデリング」
として個体差とか場所差はいれてないけど
いろいろな樹種差は考慮している開花の階層ベイズモデルを構築してみる．
-
だいたいできたので，
計算させつつ昼飯．
-
計算時間 30 分ぐらいかかった．
データ数が多いせいか，
random effects が入ってないせいか
……
ともあれ，
収束は 2000 MCMC step ていどでだいたい OK?
結果はなかなかきょうみぶかい．
-
よくわからんけど個体差とかいれてみるか．
(欠側部分のない)
全樹木個体数は
> length(levels(factor(d$id)))
[1] 2213
で，
2001-2004 年のあいだに何回観測されたか，
は
> table(table(d$id))
1 2 3 4
779 793 514 127
つまり 1434 個体が開花状況を 2 回以上観測されてるわけで，
random effects 的な
「個体差」がそれなりに重要になってくるはず．
-
ついでながら，
観測した調査地の数は
……
> length(levels(factor(d$site)))
[1] 20
うひゃー
-
「年差」はわけわからなくなるから，
とりあえずやめとこうかな?
random effects くみこみ版を作って計算やりなおし．
これまた時間がかかりそうだ．
-
しかしながら 850 秒ほどで終了．
計算時間が短くなったのは random effects を巧妙にいれたため，
ということで．
しかしパラメーター数が増えたせいか，
収束がちょっと悪くなった．
もっと長く sampling せんといかんな．
-
うーむ 3000 でもよくないようで
……
いろいろ試行錯誤してみる．
-
計算まち時間はメイルをかいたり，
R 自由集会記事を修正したり．
-
8000 MCMC step で 3100 秒ぐらい．
うーむ，
たぶん，
まだモデルがよくないんだろなぁ．
なかなかおもしろい結果ではあるけれど．
BUGS code
と
事後分布表．
-
この統計モデリングは手ぬきなところがいろいろあるんだけど
……
たとえば時系列データなんだけど，
latent variable を使ったきちんとした時系列モデリングになってない，
といったあたりだろうか．
しかしこれをまじめにやろうとすると，
開花だけでなく樹木のサイズや「明るさ」なんかも
latent variable にする必要があるんで，
なんというかたいへんなんだよねえ．
データ整理整頓だの入力まちがいさいがしだの
も今まで以上に苦闘することになりそうだし．
-
しかし時系列データモデリング的なところは
ぜんぜんうまくモデリングできてるような気がしない．
昨日つくった図から，
おそらく何種かは「去年開花したから今年は繁殖しない」
(しかも個体間で同期)
というのがいたりするように思うんだが
……
うーむ，
やはり fixed effects と random effects がうまくあつかえてないような．
(後記:
翌朝になってこの BUGS code で記述されてるようなモデルでは
ダメで，
「個体差」を状態変数としたモデリングが必要，
とよーやく理解できた)
-
紺野さんからメイルいただき，
開花ではなく結実のモデリングするなら雌雄異株な樹種の場合は
注意すべきでしょう，
とのこと．
結実まではとてもテがまわらない予感．
そして個体の雌雄データのあつかいは難しい．
雌雄同株のやつもいるわけだし
……
-
とりあえず，
また帯広にデータ整理と計算報告のメイルをかいて，
本日のデータ解析したうけぎょーむは終了．
1845 研究室発．
1900 帰宅．
1930 自宅発北大構内走．
2010 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
LCD 壊れた
ThinkPad X31 もちかえってみたものの，
メイルよみぐらいにしか使えん
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
ニラ卵炒飯．
- 昼 (1320):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
レタス・キャベツ・ニンジン・キュウリ・ミズナ・ネギのサラダ．
コマツナ．
- 晩 (2100):
米麦 0.7 合．
ネギ・ホッケの電磁波酒蒸し．
チンゲンサイ・ブナシメジの炒めもの．
2008 年 06 月 26 日 (木)
-
0710 起床．
朝飯．
コーヒー．
震度 2-3 ぐらいの
地震．
0840 自宅発．
晴．
忘れものしたので一度もどる．
0905 研究室着．
歩いてるうちに帯広樹木開花モデルの改良案をおもいついた．
-
ThinkPad X31 の液晶パネル (LCD) 崩壊はいよいよひどい．
研究室ではいつも (A 棟 8F 闇ネット) ssh 経由で使っているので
LCD が壊れてもさしつかえないんだけど
……
代替 LCD がとどくまでは闇ネットにつなぎっぱなしにしとくか．
-
しかしこういう状況で放置しといたら LCD の inverter
とかに負荷がかかったりするのかしらん?
……
そうか!
ACPI 設定したときにインストールした
radeontool
でもって sudo /usr/sbin/radeontool light off
すればいいんだ．
-
システムごとにアカウント乱発してた北大，
よーやく
まとめる方向
に動きはじめたよーで
……
「ぱすわーどがわからん」
「ろぐいんできん」
怒りのお電話攻撃にイヤ気がさしたんだろうな．
被害者意識にさいなまれてる大学教員なんて一番相手にしたくない存在だ．
-
帯広樹木開花モデルの改善にとりくむ．
「個体差」の部分を時系列モデルにする．
これですっきりした．
しかし計算時間はますます長くなり
……
-
うーむ，
この「時系列な個体差」，
なかなかよいモデリング方法がわからん
……
こんなところで，
多変量正規分布をつかうのもナンだしなぁ
……
というか共分散の事前分布のきめかたがわからん．
-
そもそもいくつかの樹種では「一回」しか観測されてないわけだし
……
-
甲山さんの MacOS X の「ssh がうまくつながらん」
問題にとりくむ．
先日
と同じく，
要点は
$HOME/.ssh/config
の設定だった．
-
すでに 16 時ちかい．
おそーい昼飯．
-
計算まち時間に Annika さんから古い測定機器から
回収したというよくわからぬ文字コードがたくさん混入した
ロガーファイル (いちおうテキストファイルらしきもの) が送られてきた．
ゑくせるで読めるように変換せよ，
とのこと．
よくわからないので，
アヤしげな文字コードはことごとく
,
に変換せよ，
という Perl スクリプトを書いてみる．
#!/usr/bin/perl -w
while (<>) {
chomp;
s/[^0-9A-Za-z:\.\-]/,/g;
print "$_\n";
}
ケガれ仕事にはケガれ言語を，
と変換ずみファイルを送りかえしたら，
他にもたくさんあるので「やりかた」を教えろ，
との御命令．
しょうがないので，
上と同じ内容を R でかいてみる．
file.input <- "AKJ20080625Bfinal2.dat"
file.output <- sub("\\.dat", "\\.csv", file.input)
cat("# converting", file.input, "->", file.output, "\n")
sink(file.output)
lines <- readLines(file.input)
for (line in lines) {
line <- gsub("[^0-9A-Za-z:\\.\\-]", ",", line)
cat(line, "\n", sep = "")
}
sink()
こんなところだろうか?
-
今回の帯広樹木開花の
モデリングで時系列モデルと空間モデルのちがいについて
いろいろ検討させられた．
空間モデリングであれば，
とくに考えずに Gaussian random field たとえば
intrinsic CAR Gaussian model
(ゐんばぐすだと car.nomarl())
なんぞを使えばよい．
-
時系列モデルなんかでもお手軽に
car.nomarl()
ですませてしまいたい．
これを使って計算することも可能である．
しかし正しいのかどうかよくわからない．
というのは，
car.nomarl()
で考えてる多変量正規分布
を使うってことは「ある年の個体の開花のヤル気」
が去年のヤル気だけでなく来年のヤル気にも依存している
……
もちろんこれは条件つき確率分布から Gibbs sample
を生成させるときに形式的にそう見える，
というだけのコトなのかもしれないが
……
-
しかしある時系列データが多変量正規分布になってる，
とゆーのはなんだかヘンな気がする
……
これは相関をあらわしてるわけだが，
時系列だと因果関係っぽくモデリングするべきでは，
という気もしてですね．
-
そのあたり勉強不足 & 考え不足でよくわからない．
そこで
car.nomarl() は使わないことにして，
この
BUGS code
のごとくおもしろくない過去 → 現在なモデリングにしている．
計算時間がながくなる
……
-
蛇足ながら，
おそらく原理的には
「咲いた・咲かない」
データ上では「負の相関」は見えるけど，
正の相関は見えないはず．
いつも咲いてる (on になってる) のは
単なる「常にヤル気のある」個体．
-
本日の計算，
うまくいかないまま終了．
4000 MCMC step に 3600 秒ほど．
事後分布表．
収束がぜんぜんダメだ．
むやみに計算時間を長くするのではなく，
なにかモデリングを改善すべき状況，
という気がする．
-
LCD 崩壊が進行中の ThinkPad X31
(いま ssh 経由でぎょーむ日誌をかいてるわけだが)
は研究室に残置して，
1925 研究室発．
1940 帰宅．
2000 自宅発北大構内走．
2050 帰宅．
体重 70.4 kg．
晩飯の準備．
晩飯．
-
ThinkPad をもちかえるとネットをだらだらと使う，
とわかった
……
ネットが使えない夜は本を読んで
マルタ島
の歴史を勉強したり
(べつに地中海にいく予定なんか何もないんだが)，
これまた崩壊しつつあるデイパックを修繕したり，
というかんぢで．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
米麦 0.6 合．
ネギ・ホッケの電磁波酒蒸し．
チンゲンサイ・ブナシメジの炒めもの．
- 昼 (1550):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ネギ・ホッケの電磁波酒蒸し．
チンゲンサイ・ブナシメジの炒めもの．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ゆでたブロッコリーとタマネギ・ショウガ・ひき肉ソース．
プチトマト．
2008 年 06 月 27 日 (金)
-
0650 起床．
そして自宅でネットが使えないとやや早寝早起きになるような気もする．
朝飯．
コーヒー．
0830 自宅発．
曇．
すずしくてよい．
0845 研究室着．
-
来週の 7/2 (水)
に
酒井章子さん
が セミナー
してくださるそうです．
セミナーペイジはまたあとで更新します．
-
昨日，
(別の研究室の教員の授業の TA やらされてるので)
授業メイリングリストを作れと命じられた大学院生がきたので，
それは iiC-ID なるアカウントで北大ぽーたるとやらに login すれば
作れるでしょう
……
と言ってみたのだが，
じつは今年度から設定された iiC-ID なるもがは
(在来の)
大学院生のだれにも発行されていない，
と判明した
……
一方で，
新入の大学院生は iiC-ID 取得 → メイルアカウント設定，
となるので全員が iiC-ID をもっている．
-
こりゃー何だかヘンだぞ，
と思って「北海道大学企画部情報基盤課IT推進グループネットワークチーム」
なるところに，
「これまでの大学院生は iiC-ID は発行されないんですか?」
といったことを昨日質問してみたところ，
意外と早く返事がきた．
結論からいうと
(新入生には発行されてるにもかかわらず)
「大学院生には iiC-ID はいらないでしょうから，
発行しませんでした」
とのこと．
iC-IDが必要な割合が
教職員と比較して小さいことから、大学院生の分については
iiC-IDをこちらから発送はしておりません。
申請が行われた場合にiiC-IDを発行し、通知を送付しております。
院生でiiC-IDが必要な場合は、基本的にはハブポートの担当者や、
端末の管理者になっている場合（又はこれからなる場合）に限られます。
管理者となっていなければiiC-IDは特に必要ございません。
申請に関しては、
http://www.hines.hokudai.ac.jp/application/format1_200804.pdf
から申請書をダウンロードし、必要事項をご記入の上、
HINES部局担当者（環境科学院は事務部会計担当）に
ご提出をお願いいたします。
-
まあ，
めんどう最小限を実現するには私の iiC-ID
でてきとうなメイリングリストを作ればよいのだろう．
自前の server つかえばもっと高性能なやつを作れるけど，
何だかよくわからん授業のためそこまで労を費やす気になれん．
-
と思って，
北大ぽーたるとやらに login してみたら
……
メーリングリスト取得/削除
ようこそ 久保 拓弥 様
ただいまこの機能は調整中です。サービス提供開始までしばらくおまちください。
メーリングリストの取得/削除を行う場合は以下の申請書をダウンロードし、申
請内容を記入後、情報基盤センターまで提出してください。
* HINESML（新規・変更・廃止）申請書PDFファイルをダウンロードする
さすがわ北大ねっと，
システムは変わってもあいかわらずぜんぜんダメだわ．
これはもう手もとの server 機で ezmlm
したほうがだんぜんラクそうな気がしてきた．
-
帯広樹木開花モデリングの改良，
というか
いきあたりばったりな試行錯誤のつづき．
本日は樹木の状態 (開花のやる気)
あらわす状態変数を離散化してみる．
つまり隠れマルコフモデルですな．
どうなることやら．
-
計算まち時間の雑用いろいろ．
アリ論文の英文修正を Editage
なる会社 (インターフェイス部: 日本; 本体: インド)
におねがいしてたんだけど，
6/13 に発送された ``MNS''
(インド人たちが生成してくれた見積・納品・請求書)
がなかなか到着しない．
しょうがないので web 版を印刷して 7F
にもっていったらちょうど MNS が届いていた．
インドは遠いねえ
……
というのはたぶん見当はずれで，
日本国内にあるインターフェイス部が
なにか手ちがいをやったのだろう．
こんな紙切れをわざわざ海外からの郵便にするはずもなし．
-
で，
研究室事務担当の雪野さんに教えていただいたところによると，
こんにちの北大事務 (地環研事務だけ?)
においてはこの MNS だけではダメで，
-
見積・納品・請求書
-
修正された論文原稿の最初・まんなか・最後のペイジ
-
やりとりメイル (最初の一通)
もあわせて提出せよ，
とのこと．
おそらく，
英文修正なる「謝金」
(消耗品?)
で数万円以上のカネを比較的ラクに動かせるコトに気づいてしまった
ウラ金づくりにこそ独創性の精華を発揮する一部の大学教員と，
偏執的かつ他罰的気質の横溢した事務会計担当の凄絶なる軍拡競争
(進化論でいうところの arm race)
のひとつの帰結なのであろう．
こういう狂った世界についてまぢめに検討するのは阿呆らしいので，
へいへいとおとなしく必要な紙束をそろえる．
-
昼飯．
-
共済の
「年金加入記録のお知らせ」
なる紙切れがとどく．
私はこれまで 73ヵ月
「加入中」だそーです．
北大でデータ解析したうけ商売を開店して，
もうそんなになるのか．
それ以前の計算傭兵時代は国民年金だった．
こっちのほうも
一年ほど前
にネット経由で確認ずみ．
-
帯広樹木開花モデル
……
うーむ，
あまりいいモデルになってないような気がするし，
収束もいまいちなんだが
……
とりあえずはこんなところか?
10000 MCMC step に 4000 秒，
BUGS code
と
事後分布表．
-
「前回の開花の影響」
をもっとうまくモデリングすべきなんだけど，
よいアイデアがない．
これまでの試行錯誤は，
ほぼすべて失敗．
しかし何かもう少しマシな方法はあるはず．
まあ，
データ解析したうけ業者だけが暴走してもしょうがないんで，
このあたりでいったん停止するか．
-
あまり改善のみこみのない，
しかし時間のかかる計算を A801 院生部屋の機械に命じておく．
-
しばらく放置してしまった大雪十勝山系地衣類繁殖論文の
revision とゆーか，
とりあえず図のつくりなおしにとりくんでみる．
-
しかしあまりススまず
……
1750 研究室発．
1800 帰宅．
スポーツサンダル (Coleman) の宅配便うけとる．
昨年まで使っていたのは大破したため．
-
「おなかすいたなー」
とぐったり本などよんでたら時間がすぎてしまった
……
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
米麦 0.6 合．
メカブ．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ゆでたブロッコリーとタマネギ・ショウガ・ひき肉ソース．
- 晩 (2150):
うどん．
豆腐．
レタス・ミズナ・ネギのサラダ．
2008 年 06 月 28 日 (土)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
0905 自宅発．
晴．
0920 研究室着．
-
昨晩，
かえりがけに投げておいた
帯広樹木開花モデルの MCMC 計算
……
あえて「(時間変化しない) 個体差」をいれることで収束はよくなった
(この小手先わざはたぶん実用上重要)．
実際にこのモデルで考えてるような「個体差」がある，
と考えたほうが観察されたパターンを説明しやすい，
ということだ．
しかし
10000 MCMC step に 12000 秒，
つまり 3 倍も長くなってしまった!
まあ，
推定結果そのものはなかなか興味ぶかいのだが．
BUGS code
と
事後分布表．
-
もうちょっとだけモデルを複雑にして，
また再計算を命じる．
4 時間ぐらいかかりそうだ．
-
他の仕事がススまん
……
-
昼飯．
うーむ．
-
地衣類の図の修正，
ぢりぢりと
……
-
14000 秒ついやして朝に命じておいた計算終了．
やはり「開花した」「しなかった」を同時にいれるモデルは
阿呆阿呆だったな．
撤退．
年の random effects をいれてみる．
MCMC step 数はもう少し少なくてもだいじょうぶだろう．
-
地衣類繁殖論文 revision 作業のつづき．
偏執的にウルさい査読者の注文で図を作りなおさなくてはならないんだけど，
前回
にひきつづき今回のもちょっとめんどくさい．
R なら作図お手軽魔術
library(lattice)
もしくは作図黒魔術 library(grid)
を使うべき局面なのだが
……
library(lattice)
するためにはデータの (あまりウツくしくない) 変換が必要で，
だったら (前回の図の修正と同じく) 黒魔術を使うか
……
あとでわかったのだけど，
これは意外なところで手間どり，
結果からいうと library(lattice)
を使ったほうがはやかった．
-
ともかく
library(grid)
な R code を書いてみる．
下の図は default な図ではなく以下で述べる試行錯誤をへたあとのもの．
問題はじつに些細な
(しかし正気の所在に関していくばくかの嫌疑がかけられてもよい
「あの」
査読者ならば指摘しかねない)
トコロだ．
この図では縦軸の数字がすでにタテになっている．
しかし default の grid.yaxis()
関数 (だけ) をいくらヒネってもこういう図は描けない．
-
library(grid)
のもとで，
どうすればこのような数字がタテになっている縦軸を描けるか?
これはネットを検索しても答えが容易にみつからぬ問題で，
library(grid)
作者たる Paul Murrell の ``R Graphics''
``Avoiding argument explosion''
(p.257)
なるオソろしげな小小節を読み，
しかるのちに ``6.1.1 Standard functions arguments''
を読まねばならぬ．
ついでに R のオンライヘルプの
(一見なんの関係もない)
grid.text()
も理解する必要があり．
ようするに grob
(grid graphics object) の操作が必要で，
R 作図問題の中ではかなりの難問というべきだろう．
-
正解を書いておくと上のような縦軸を生成するためには
こう書かないといけない．
grid.yaxis(gp = gpar(cex = 0.8), name = "yaxis1")
grid.edit(
"yaxis1", edits = gEdit("labels", rot = 90, hjust = "center")
)
-
論文清書版の図を生成するために上の図の EPS
file 版を生成しようとするともひとつ落とし穴におちる．
library(grid)
使用の有無とは関係なく，
ふつーは
postscript(...)
... 作図部分 ...
dev.off()
とすればよい．
しかしながら上のような縦軸を作図するためだけなのに，
とりっきーな
grid.edit()
を使ってしまったので，
このワザは通用しない．
grid.edit()
は作図やりなおしを命じる関数であり，
やりなおし前と後の図が複数ペイジに描かれてしまうので，
この方式は使えないわけだ．
-
ではどうすればよいかというと，
これまたカンで正解を探索する必要があるのだが，
ふだんはあまり使わない
dev.copy2eps()
を使えばよい．
つまり一度ディスプレイなどに出力しておき，
その作図の流れを EPS file に再出力させる，
という手口だ．
... 作図部分 ...
dev.copy2eps(
file = file,
paper = "special",
width = 8, height = 4,
horizontal = FALSE
)
-
さらについでに書いとくと，
こういう難しい状況から生還するためには
(なかまさんの)
R Gonzui 検索がたいへん役にたつのだけど，
library(grid)
は標準 package なので
CRAN
ではなく
R 本体
で検索しないといけない．
-
試行錯誤に疲れたので，
夕方すぎに大学を脱出して正門前から数百メートルいったところにある小映画館
「蠍座」で
「泥の河」
をみた．
昭和 30 年大阪の川べりの貧乏な世界の子供 3 人，
おサルさんのような悪がき二人と，
カシこいお姉さんの小学生を中心とするハナシ．
自分自身の過去を刺激された点に固執しつつ勝手に断定してみると，
小学生男子たちを「おサルっぽく」描くのがこの映画の主題．
どうやればおサルっぽくなるかというと，
重要な場面においてこそ「コトバが生成されない，発せられない」
と演出すること
(TV ドラマの子役やはりうっど子供映画ならばもっとしゃべるだろう)．
もちろんおサルにも感情はあるので，
コトバが生成されないおサルたちは沈黙の無表情を示したり，
黙ったままヘンな表情を作ったり，
モノを投げたり，
走ったり，
畳の上に倒れたまま動かなくなったり，
道路の上で前転したりする．
おサル描写は動物行動観察的でおもしろく
(かつ自分のおサルさについて無理矢理おもいださされ)，
「いかにもお姉さん」でけなげな銀子ちゃんは
「おサルからヒトへ」
というかんじで
(つまりおサルより感情移入しやすい)，
よい映画でした．
-
なんか私が大学とかでみかけるような野郎大学院生の一部って
まだおサルなのかなぁ
(ひょっとしたら自分も?)
……
などと検討しつつ，
2000 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
食パン．
チーズ．
レタス・ミズナ・ネギのサラダ．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
食パン．
チーズ．
レタス・ミズナ・ネギのサラダ．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・豚肉の煮物．
オカヒジキ．
2008 年 06 月 29 日 (日)
-
0850 起床
……
ねむい
……
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
1030 自宅発北大構内走．
さいわいにも曇天．
ただしときどき日がさす．
いつもよりちょっと長く走って
1140 帰宅．
体重 70.2 kg．
-
1220 自宅発．
曇．
何やら北海道警が洞爺湖さみっと関連か何かの演習やってるらしく，
警察車両がやたらと走りまわってるわ，
上空にはヘリコプターとんでるわ状態．
札幌駅まわりの本屋群をうろうろ．
昨日の映画「泥の河」の原作みてみる．
子供まわりはだいたい同じ
……
ただし映画のラストは走るおサルになってるところがちがうな．
映画ではよくわからなかった大人たち世界の設定，
これは映画とはかなり異なる．
ついでに台所雑貨屋でおたま買う．
1340 研究室着．
昼飯．
[ちょっと良いおたま]
1200 円ぐらい．
以前もってたやつは柄も合成樹脂製だったので
……
うっかりしてて「溶かして」しまった．
今回は全金属性．
まあ，
たぶんもつ部分が熱くならない工夫してるんだろう
(何やらちょっとふくらむような加工が)，
と期待しつつ．
-
昨日，
かえりがけに投げておいた計算．
意外にも
「全樹種共通の年差」があるかも，
といった結果だ．
しかし MCMC step 数をけちったままだったので収束はいまいち．
やりなおしを命じる
……
WinBUGS + R2WinBUGS
の場合，
少々工夫すれば「途中までやった計算の継続」も可能だけど，
まあここはすっきりやりなおしましょう，
ということで．
-
仕事がススまん
……
-
R 自由集会記事原稿のみなおし．
-
ThinkPad X31 の交換用 LCD (中古品)
が今晩とどくので，
原稿修正はおわってないけど撤退．
1830 研究室発．
買いもの．
1850 帰宅．
液晶パネルは 19 時すぎにとどいた．
-
ということで，
こちらのペイジ
を参考にさせてもらいながら，
液晶パネル交換の外科手術．
パネルまわりの配線が細かくてめんどくさい
……
組み立て工場のヒトたちはもっとすばやく作業するんだろうけど．
[届いたパネル]
中古品なんですが，
送料こみで 5000 円ちょっと，
だったのでよかったのではないでしょうか．
こういう古いマシンでもメイカーに修理にだすと
5 万円ぐらいかかるみたいだからねえ
……
-
無事に修理できた!
めでたしめでたし．
-
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
シリアル．
- 昼 (1420):
研究室．
シリアル．
- 晩 (2150):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ミズナ・ニンジン・ネギのサラダ．
ネギ・サバの電磁波蒸し．
2008 年 06 月 30 日 (月)
-
0750 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
地環研前のガソリンスタンドで「佐賀」ナンバーの
警察車両が給油していた．
現在，
北海道内には日本全国から警官部隊が派遣されてるのである．
0915 研究室着．
-
R 自由集会の生態学会誌記事の修正．
本日中ぐらいに提出しないといけない
……
何ヵ所か修正してみる．
-
午前中でだいたい推敲終了．
共著者の竹中さん・粕谷さんに御連絡メイル．
-
明後日夕方の酒井章子さんの
セミナーペイジ
を更新
……
こりゃー，
けっこう難しそうなハナシだ．
-
昨晩，
かえりがけに投げておいた
帯広樹木開花モデルの MCMC 計算
……
10000 MCMC step に 13000 秒，
BUGS code
と
事後分布表．
まあ，
こんなところかなぁ．
-
まあ念のため，
「前年開花しなかった」
説明変数を
「前年開花した」
にとりかえて試しに計算させてみるか．
あまり意味がないけど，
結果は多少かわってくるので．
-
昼飯．
-
なんだか ThinkPad (Vine Linux) の CPU 負荷がみょーに高い，
と思ったら
……
CUP が起動した
/usr/bin/cnpkmodule
が動きまわっていた．
これはどうも lprm
で print job を殺しそこなうと，
かくのごとき状況におちこむらしい．
とりあえず sudo killall -KILL cnpkmodule
で粛正する．
-
R 自由集会原稿を学会誌編集部の命じている形式で
生成するための LaTeX わくぐみ作り．
ようするに，
いままで「できあがり誌面的なレイアウト」(下の図の左)
などで分量など調整してきたわけだが，
これを「いかにも『わーぷろ』出力」(右)
みたいにしなさい，
ってコトで．
-
どこかアホらしさもある作業，
もちろん「ファイルの内容をこぴぺ」するわけではなく
(これは自滅的だ)，
「すでに作った部品をカタにながしこむ」
的にしあげるのである．
ただし図まわりがちょっととりっきーなので，
変換用 Perl スクリプトを作って対処する．
-
変換システムできた．
図が少なかったので，
2 年前
に書いてた
GLMM 解説記事
のときほど苦闘しなかった．
-
データ解析こんさる，
とかちょっとメイルかき
……
のつもりだったけど，
意外とてこずってしまった．
-
R でいうと
glm(y ~ x - 1, family = gaussian, ...)
というふうに「原点をとおる直線をつかった直線回帰」
をやったときに，
y に関する「予測値」のハバは
x とともに増大する．
というのも，
(傾きの推定誤差) カケることの x，
というふうに「(後述するなんらかの) 誤差」がひろがるからだ
(intercept がゼロでない場合はもう少し
ハナシがややこしくなるけど)．
-
図で示せば簡単なコトで，
こう．
下の図では
-
各
{X, Y}
のペアには Y = b * X
なる関係があるんだけど，
この b は定数ではなく乱数
(平均 = 1, SD = 0.1 の正規乱数)
-
Y の「測定誤差」
はつねに一定 (SD = 0.01)
となってるわけだが，
Y に関する「予測値」のハバは
X とともに増大します，
と．
-
「各
{X, Y}
のペアを関係づける b は定数ではなく乱数」
ってどういうコトよ，
と思われるかもしれないけど
……
各 {X, Y}
が生物一個体で観測された量
(たとえば {アタマの長さ, アタマの幅})
なんかの場合，
個体ごとに b
なる値がちがっていても不思議はないでしょう．
-
まあ，
一個体から一測定値セットしか得られないけど．
以前から言ってるように (言ってたっけ?)，
このあたり測定誤差と個体差
(ここでいう
b のちがい)
を区別したければ一個体から「二回以上の測定」
するしかありませんなあ (前の測定値は見ないで)．
-
全個体共通の
b
だ! と断定されるヒトもいるかもしれない．
だとしても，
Y に関する「予測値」のハバは
X とともに増大する．
それは有限個のデータで推定しているために，
b の推定値にハバが生じるためだ．
ただし，
この立場 (非ベイズ的立場?)
をとるならばサンプル数 (ここでいう個体数)
をどんどん増やせば b
の推定値のばらつきはどんどん小さくなります
……
となるわけだが，
はたして実データではどうなってるでしょうね．
-
ま，
ともあれ生物なんかの測定値の場合，
傾きだかなんだかの
b
って個体ごとにちがっててもぜんぜん不思議ではないよね．
するといくらサンプル個体数ふやしても上の図みたいな
ばらつきが消せない．
-
で，
このときに
「分散パラメーターが
X とともに
増大する統計モデルをゐんばぐすで実装するぞ!」
などと
むやみに
ハリきってしまうのは場合によってはまずいのかもしれない．
それは「測定誤差 (分散パラメーター) の増大」ではなく，
単なる「b のばらつき (個体差)」
で説明できてしまうかも，
といった状況かもしれないわけだ
……
はい，
このあたり自戒をこめて書いております．
-
めんどくさいのは「切片」なる量がゼロでない場合だ．
-
昨年度の修論したうけ計算についてふりかえってみると
……
樹木のシュートや実生に関するカタチの統計モデリングでは
何も問題ナシ，
というかんぢですな．
これらは「あろめとりー」っぽいモデリングになっており，
原点をとおるからだ．
-
えーい，
しかしながら，
いつもいつもめんどうを招来するのは
樹木・森林生態学における暗黒大陸，
すなわち樹木の太さ-樹高 (D-H) 関係だ．
これはめんどうだ
……
仮に「D-H 関係ってそもそも何?」
といった考えるだけでもイヤになる問題についての検討を放棄したとしても
……
-
と不安なキモチになっていたら，
ありがたいことに帯広樹木開花の「念のため計算」が終了したので，
結果の回収・保存・記録．
BUGS code
と
事後分布表．
やはりあまり意味のない計算だったけど，
parameter 6 に関しては「対称」にちかいカタチになってて，
なかなかよろしい
……
うん?
これってどういう意味なのかな?
-
これでぜんぜん完成したモデル，
というかんぢではないけど一連の計算はひとまずここで終了．
本日えられた結果に関していろいろ作図プログラムとか作らんといかんね．
-
しかしながら，
粕谷さん・竹中さんから R 自由集会記事の推敲不足などのご指摘いただき
……
ああ，
どうして私は作文のみなおし集中力なるものが継続しないのだろう，
と反省しつつみなおし．
-
で，
本日が〆切とゆーことになっているので，
生態学会誌編集部に原稿ファイルを提出，
で本日はオワってしまった．
2000 研究室発．
2015 帰宅．
ちょっとうんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
ストレッチ．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.6 合．
キャベツ・ミズナ・ニンジン・ネギのサラダ．
- 昼 (1420):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
ネギ・サバの電磁波蒸し．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
キャベツ・タマネギ・ニンジン・ホタテのカレー．
キャベツ・ミズナ・ニンジン・ネギのサラダ．
