ぎょーむ日誌 2007-06-(21-30)
2007 年 06 月 21 日 (木)
-
0800 起床．
あまりよく眠れなかった．
コーヒー．
朝飯．
0915 自宅発．
曇．
0930 研究室着．
-
さて，
拉致られアリいじめられデータを解析する
階層ベイズモデルまわりの説明なんだけど
……
具体的な「説明すべき相手」としてまず例の大統領閣下
(何しろ岩倉さんたちの指導教官だし)
が念頭にうかんでしまうわけだが
……
私のアタマの中の仮想の大統領は
なぜかしら
「スキあらば一瞬にして説明を (自分に都合よい方向に) 誤解してみせる」
という挙動にでること多くて，
当方をわずらわせている．
何が原因で，
このよーに脳内シミュレイトされるんでしょーかね?
-
ということで，
も一個だけ (条件つき? 周辺化?) 事後確率密度分布図をつくってみる．
-
また岩倉さん修論にはまりこむ．
(おそらく大統領指示の)
用語で気になるんだけど，
星置・定山渓・樽川などアリ拉致場所のことを
locality としておられるな．
そう記述するほうが正確なのかもしれないけど，
意味あいとしては colony とすればいいんじゃないのかなあ
……
-
昼飯．
-
とりあえず岩倉さん修論の summary
をかなり詳しく検討してみたんだけど，
(おそらく大統領指示がかなり入った)
結論は
-
(岩倉さんたちは DNA とかも調べてて)
石狩浜 supercolony 内でも
遺伝的分化が生じてるんだろうけど，
supercolony 内の「巣間敵対性の低さ」
は維持されてる
-
体表面炭化水素組成
(の解析もやっておられる)
では札幌周辺のエゾアカヤマアリは出身地域を
区別できない
となってる
(もちろん他にもあれこれ示されてはいるが)．
-
これに対して，
今回のべいづなモデリングの解析結果では
-
たしかに石狩浜 supercolony 内では
「巣間敵対性」なるものは低そうなんだけど，
同巣か同コロニーか異コロニーかは厳密に区別していて
(と解釈できるほど)
攻撃確率が異なっていた
-
ただし今回の実験対象であるエゾアカヤマアリたちは
「相手にさわった瞬間に出身地を判断」
するのがあまり得意ではないらしい
-
瞬間的に判断できなかったときは
antennation をするみたいなんだけど
(? …… 拉致られアリがすばやく逃げる場合もある)，
antennation に移ると
(攻撃衝動がウスれるのか，
逃げられるスキが増えるのか知らないけど)
攻撃確率はかなりさがる
(すると「攻撃する気がない」ように見える)
-
瞬間的に判断する場合でもそもそも攻撃する確率
(攻撃に成功する確率?)
が低いようだ
-
ただし定山渓のアリみたいに攻撃確率が高い集団もあり，
こういう場所では「antennation 後の攻撃」
の確率も他 colony における「antennation せずに攻撃」
する確率より高い
(上の図)
ついでに，
現状の予定を列挙してみると，
-
以上のような敵対性実験データにもとづく
行動解析だけをハナシとしてまとめてみる
-
炭化水素組成データは 8 月の沖縄での
(なンとなく楽しくない)
研究会発表までに
(neuralnet 解析とか)
いろいろやってみる
-
遺伝子データも Bayesian な文脈で解析しなおせば，
またいろいろと異なる結果が得られるんだろうけど，
こっちの世界の「深み」にはまってしまいそうなので
手をださない
(藤原君におまかせ)
-
1500 から 1800 まで，
つくばの
食品総合研究所
の
小関成樹さん
が来てくださったので，
生態学で使われてる階層ベイズモデルの解説．
食品中の微生物増殖のモデリングとかに使えないだろうか，
ということで．
後半は微生物データつかって，
「その場で Bayesian モデリングを構築していく」
実演やってみた．
-
「実演」の目的は達成されたわけだが
……
しかし人前で説明しつつ R を操作してて
(いつも)
思うんだけど，
やっぱり R って変な世界に見えてしまうんだろうねえ
……
-
1940 研究室発．
1955 帰宅．
体重 66.8kg．
即興モデリングやせ，
かしらん．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
ストレッチ
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
米麦 0.7 合．
ネギ・ニラ・ニンジン・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 昼 (1240):
研究室．
なぜか甲山さんにめぐんでもらった北大生協にぎり飯
(ネギ味噌)．
リンゴ．
さすがにこの季節に購入できる 99 円リンゴは
ほとんど味がしない．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
ミニチンゲンサイ・ニンジン・ネギ・ショウガ・ニンニク・
干しエビ・卵の炒めもの．
トマト・レタスのサラダ．
2007 年 06 月 22 日 (金)
-
0640 起床．
またよく眠れなかった．
ねむい．
コーヒー．
朝飯．
朝から八甲田湿原群「脱」割算値問題にとらっぷされてしまう
……
0920 自宅発．
晴．
0940 研究室着．
-
今日は夏至か
……
一年の半分がもうおわってしまった気がする．
-
八甲田湿原群のややこしー計算，
ややこしげに見えるけど，
じつは群集生態学ではありがちな
「場所とりあい・資源とりあい」
問題のたぐいにすぎない．
ということは，
Gibbs 分布みたいなもので現象がうまく表現できるだろう，
ということだ
(……
ということに気づいてる群集生態学研究者はまだ少ない)．
-
じゃあ，
八甲田の湿原植物たちは何をとりあっているかというと
……
ひとつは「光」だ
(ただしこの「光」のデータ
ってのは一次元化された群落構造にもとづく
ややこしー計算が生成してしまった値なのである)．
じゃあこの問題だけ考えてりゃいいのか，
というと
……
そうでないところがこの一連のハナシのイヤなところで
……
おそらく調査区画内の「バイオマス」もとりあってる
(これは実測データがある)，
とモデル化してみせるのが妥当なのだろう．
で，
「バイオマス」が「光」獲得に影響している，
と．
くだんの割算値の趣旨はそういうことだ．
-
ついでに書いとくと，
バイオマスのモデリングが同時に
(たとえばとある標高に)
「いる・いない」問題もとりあつかってるのである．
-
問題は種間相互作用を表現するモデルのややこしさがどうなってしまうか，
だなあ．
「種ごとの強さ」だけ考えればいいなら一次元の
vector でそれを表現できるわけだけど，
「相性問題」みたいなのを考えねばならぬとすると，
これは行列形式になるので推定計算が格段にたいへんになる，
と．
-
まあ，
生産者どうしのぶんどり競争だから
相性問題とかモデリングしてみせなくてもいいんでは，
などと考えつつ，
この問題はしばらくまた放置．
-
しかし気になるので定式化の基本アイデアだけメモ．
まあ，
このモデルもあれこれと単純化してるわけだけど，
「これまでの競争の帰結」
(バイオマス)
と「(層別刈り取りやった) その瞬間における競争」
(光)
が分離できてたりする．
この階層ベイズモデルは観測されたバイオマスと憶測された「光」
獲得量に fit するので，
割算値統計解析の泥沼よりはよほどマシだろう
……
さてさて，
これで放置できるかな，
と．
-
生態学会さーばー雑用
……
意外にも，
とか言うのはまったくヘンなんだけど，
北大事務まわりとかより生態学会事務局まわりで働く人たちのほうが，
ネット上の server を介したファイルやりとりをよっぽど理解していて，
活用アイデアもいろいろと．
北大事務まわりはおじさんたちがエラそうにしてるのが敗因なのだろうか?
-
またエゾアカヤマアリ岩倉さん修論を綿密に読む作業
……
これって大統領わーるどだよなあ．
ホントに supercolony アリって
(アルゼンチンアリとかが人気者になるまで)
「コワれた社会性昆虫」
とみなされていたんだろうか?
-
昨年度に提出された修論たちにやられている．
エゾアカヤマアリは修論．
八甲田も修論．
そしてまた別の修論一式が本日こちらあてに発送された，
との連絡いただく
……
-
アリ論文，
unicolonial と supercolonial の使いわけがわからん
……
colony と locality の使いわけはやや混乱ぎみだと判断できた．
-
昼飯．
-
岩倉さんエゾアカヤマアリ修論の introduction 読み，
終了．
大統領わーるど感ただようわけだが，
整理すれば当方の行動解析統計モデリングと正剛
じゃなくて整合できそうな気がする．
-
そのつづきで Materials & Methods の精読．
なンかここですでに
「石狩浜のアリはこういうものだ!」
という言明がいろいろと並べられてしまっているな
……
-
1600 すぎから，
ちょっとセミナー予習の論文よみ．
-
1700 から研究院のセミナー，
本日は (2 年前まで低温研助教授だった)
Andew Davis さんで
``Biodiversity network analysis of patterns of drosophilid diversity
in SE Asia and the western Pacific''
で 21 箇所 (北は沖縄，南はオーストラリア，東はフィジー，西はミャンマー)
のショウジョウバエ群集の類似度でネットワーク解析やりました，
というもの．
場所によって「調査強度」がちがっていたり，
フィジーとミャンマーが似てるんだけどその理由がよくわからん，
といまいちすっきりしない統計解析．
群集生態学はやっぱり Bayesian で
……
と言いたいところだが，
こういった単純な「いる・いない問題」であっても
統計モデリングには相当の工夫が必要，
という気がしてきた．
-
空腹になったのでお茶部屋で晩飯．
-
石狩浜アリの不思議世界を放浪
……
うーむ，
これって「分断化された supercolony における……」
といった方向でまとめたほうが良さそうな．
2155 研究室発．
2210 帰宅．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
ストレッチ
-
[今日の食卓]
- 朝 (0730):
食パン．
- 昼 (1355):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ジャガイモ・タマネギ・牛肉の煮物．
ゆで卵．
リンゴ．
- 晩 (1910):
食パン．
帰宅してからリンゴ・ヨーグルト．
2007 年 06 月 23 日 (土)
-
0900 起床．
コーヒー．
朝飯．
怠業．
-
昼飯．
洗濯．
怠業．
アリばてか?
-
1515 自宅発．
曇．
1530 研究室着．
-
また岩倉さん修論の石狩浜アリ世界の深淵をさまよう．
ここは慎重に行動すべき作業フェイズなので，
時間かかるのはしょうがない．
-
岩倉さん修論読みつつ，
今までの階層ベイズモデリング反芻してるうちに，
「推定結果の説明を簡単にするため」
その他の目的のため，
もう一個よけーなパラメーターを追加したほうがよいかも
とゆー気がしてきた
……
むろん，
こんなことをすると計算時間がそのぶんよけーに必要になり，
しかも他のパラメーターの収束わるくする危険性もあるんだけど．
-
まあ石狩浜右往左往してるついでの副業ということで，
と休眠状態の A801 院生部屋の Dell desktop 機をたたきおこし，
最新の
formica.yessensis セットを
rsync で送りこんで BUGS プログラムと
R2WinBUGS
なドライヴァーを改造．
再計算を命じる．
-
MCMC 計算まち時間
(1000 秒ちょい)
にも岩倉さん修論の解読は進捗していく
……
methods に関しては小うるさそうな大統領ちぇっくが入ってないか，
あるいは方法論節の重要性に関して
……
-
で，
再計算で得られた事後分布だけど，
やはり予想どーり攻撃確率に関するパラメーターの
収束わるくなった．
この「あちこち交絡しまくり実験計画」のすばらしさのあらわれ，
とでも申しましょうか
……
-
そうだなあ，
「策」としては
……
無情報事前分布の「無情報ぶり」をやや低下させてみるか?
これは fixed effects の「過小評価」につながるので，
それほど unfair な策ではない．
むしろ (たとえば「ゆーい差」決戦主義なヒトたちから見れば)
自分で自分のクビをしめてるようなものだろう．
しかしながらおそらく，
事前分布ニラみつつ観測データに「あわせて」いく
MCMC 計算によって生成される事後分布というものは，
私の期待としては，
いま少し ``robust'' なものなのである．
-
また 1000 秒ほど岩倉さん修論に専念．
Methods section の書きなおしはあとまわしだ．
Results section の解読にとりかかる．
-
ネラいどーり全パラメーターで無事に収束した．
そして予想どおりの推定結果というか，
「30 m 離れたところで拉致られたアリ」も
またヨソものとしてちくちく攻撃されてる
(ただし supercolony 内のアリは同種内平和ぼけなので
攻撃確率 0.01 - 0.1 ぐらい)，
と判明した
(
print(ant.bugs, digits.summary = 2))．
よしよし．
-
そして R & LaTeX の自動作図・作表のすばらしさは，
かかる再計算時の図表つくりなおしが
make
いっぱつで終了することである
……
ただし，
実際には推定結果が変わると図のレイアウトに影響する場合があり，
作図プログラムの微調整とかは必要になる．
-
ついでに，
これら図表でもちいられている術語のいくつかがあまりよろしくない，
と岩倉さん修論よんで気づいたので修正しておく．
-
しかしまあ，
今回の階層ベイズモデルで推定してみせた攻撃確率なるものも，
自分で計算しといてなんだけど，
ワケわからんものだなぁ．
1 contact における攻撃確率とやらが 0.05 だったとしよう．
これは「低い」のか「高い」のか?
拉致られアリとしては各回の遭遇において
無傷のうちに脱出できる見こみは低くない
……
しかしある nest の防衛圏から脱出するまでには多数の地元アリに
遭遇してしまうわけで，
そうだとすると噛まれたりせずに防衛圏から脱出できる確率は
かなり小さくなってしまう
(ましてやうっかり地元巣に入ってしまったら ……)，
と．
-
「拉致られアリに対する遭遇ごとの攻撃確率 0.05 でした」
といった「一回ごとの確率の低さ」によって
「すーぱーころにー」なるものは特徴づけられているんだろうけど
……
識別能力が高めの地元アリが 1-2 割いるだけでその巣の総合的な
他者排除能力ってのは高くなるような気がするんだけどなあ．
-
よくわからぬまま撤退．
2115 研究室発．
2130 帰宅．
体重 67.6kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0940):
イソップベイカリーのクロワッサン．
- 昼 (1300):
スパゲッティー．
レトルトパウチドのカルボナーラソース．
- 晩 (2330):
米麦 0.7 合．
レタス・ネギ・卵炒飯．
トマト．
2007 年 06 月 24 日 (日)
-
0730 起床．
コーヒー．
朝飯．
怠業．
-
1010 自宅発．
曇．
札幌駅すぐ北の小映画館「蠍座」で
「世界最速のインディアン」．
1962 年，
ニュージーランドの
Burt Munro
老人が渡米して速度記録用改造モーターサイクル ``Indian''
(1920 年代うまれ)
にまたがりユタ州塩湖
「速度記録の聖地」
の乾いた表面で全力疾走するハナシ
(実話にもとづくフィクション)．
「最強に強められたメカづくり」
「本人のやりたい放題でうまくいく・皆に愛される」，
つまり老人主役の「男の子」映画とでもいうか．
エンターテイメントを誠実に追及したひとつの回答として，
「登場人物いいヒトたちばかり」
という手法はかなり有効かも，
という気分になる．
「男の子」に共感もしくは反撥しつつも理解はできるヒトなら
2 時間たのしめます．
-
帰宅．
昼飯．
怠業．
ばてぎみなのか夕方ちょっと寝てしまって
……
-
気づいたら夜．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
食パン．
- 昼 (1340):
パン．
アスパラガス・イカのサラダ．
西洋ワサビのアイスクリーム，
という珍しいもの食べてしまった．
- 晩 (2100):
北 14 西 1 のグロビュールでカレー．
2007 年 06 月 25 日 (月)
-
0740 起床．
コーヒー．
朝飯．
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
-
岩倉さん修論のわーどファイル中の references を
BibTeX
データベイスファイルに変換する作業．
午前中ぜんぶを使ってしまった．
むろんこういうケガれ仕事はケガれ言語たる Perl でもってするほかなく，
さらに「悪魔のパズル」とでも言うべき
「Perl 正規表現もちいた文字列置換」
なる技芸に関して
(院生たちの呪われゑくせるファイルからの強行データ救出作戦を通じて)
相当の修行と研鑽をつんでしまった私であっても，
なかなか苦闘させられてしまった，
ということである．
-
まー，
こういうのはかなり難度の高いフィルタリングになりがちなんだけど
……
やっぱり「手作業」で入力された項目ってのは，
予想外の「書式のふれ」を含んでるもので
……
こういうのは元データファイルの書式統一のため，
やはり「手作業」で修正するほかない．
ともかく何とかかんとか BibTeX データベイスファイル化に成功．
BibTeX で書式が自動整形された出力にちょっと感銘うける
(書籍の引用形式とかまだ内容が一定してないけどね)．
-
もちろん出力の形式は書式定義の
.bst ファイル変更することで，
どのようなぢゃーなるの書式にあわせることもできる．
bst ファイルの半自動生成については
ぎょーむ日誌 2007-04-23
あたり参照のこと．
-
昼飯．
脱力．
-
岩倉さん修論精読作業の最終段階 (?)，
discussion 節にとりくむ．
-
……
と思ったら，
帯畜大の紺野さんの院生の修論 & データファイル一式がとどく．
はい，
例の「第三の修論」です．
うーん，
どうしようと思ったんだけど，
岩倉さんアリ修論ぎょーむを優先することに．
紺野さんにそのあたり連絡．
-
アリ修論 discussion，
理由はよくわからないんだけど
(ということにしておこう)，
なぜかしら読んでるうちに
「これって大統領命令でそうとうにカタよった解釈してるんでは……」
妄想がふつふつとわいてきてしまって，
投げだしたくなる．
やっぱ割算値列挙の「解析」ってのは，
いくらでも恣意的に
……
-
あー，
なんか「検閲」を逃れてるような記述も
……
-
辞書や生物学辞典に載ってない用語，
``female allates''
の意味がわからん．
検索してもダメだった．
前後の文脈から憶測にするに，
(アリとかの) 「メスの繁殖カーストの個体」
みたいな意味みたいなんだけど
……
-
1600 すぎ，
岩倉さん修論 discussion 精読ひととーり終了．
さてさて，
どうしたもんかねえ
……
と，
ひと休み．
ひとつ確実なのは，
やはりいろいろと他にもアリ論文を読まねばならぬ，
ということか．
えーい
-
A 棟 6F 院生によるかけこみ統計こんさるへの対応．
まーたまた多重比較とか邪悪なハナシにはまりこみかけているので，
それって「時系列データぶちぶち切り + 何度も何度も検定」するべきではなく，
時間とともにだんだん生残率がおちていくといった統計モデリング
(GLMM) + AIC によるモデル選択で良いでしょう，
という方向で．
-
図表の修正と figure legends 書き．
-
2040 研究室発．
北 12 生協で買いもの．
何やらお茶部屋こーひーが逼迫してるらしいので，
現物補助のためいくつか買う．
2100 帰宅．
体重 67.6kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
ストレッチ
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
ネギ・卵の炒めもの．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
食パン．
リンゴ．
- 晩 (2220):
米麦 1.0 合．
タマネギ・干シイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
ピーマン・ネギ・ショウガ・卵の炒めもの．
2007 年 06 月 26 日 (火)
-
0710 起床．
コーヒー．
朝飯．
0820 自宅発．
曇．
0835 研究室着．
-
私もぜんぜん勉強してないので (したくもないので)
詳しくないのですが，
などとぼやきつつ多重比較・多重検定に関するコメント書き．
……
まあ，実際の使われかたを見てると学問というより，何かおもしろくもないパ
ズルといったかんじですね．私の浅薄な表面的な理解だと，まずなぜかしら
・どんなデータ解析も「検定」か ANOVA に帰着させる
という前提からスタートして (ANOVA 使いの多数派は ANOVA が何の計算やっ
てるのか正確には理解しておらず，統計モデルの比較というより何か特別な
クラスの「検定」だと認識している)，
・現象にあわせた統計モデリングはできない (やりかたがわからない) ので，
データのほうをぶちぶちと切断してあちこちで「検定」しまくる
・しかし「検定」回数が増えると多重比較だと論文査読者に注意される
・しかし単純な「補正」だと (皆さんの好きな) 「ゆーい差」が出なくなる
・「検定」しまくる，できるだけ「ゆーい差」だしたい，といった条件をみた
せるような多重検定の細かい技法があれこれと発展してしまい，部外者には
わけわからぬことになってしまっている
あまりおもしろくもないパズルに関するあまりおもしろくもないコメントでし
た．
石狩浜エゾアカヤマアリの接触→攻撃行動の
階層ベイズモデルの説明かきのつづき．
おっと今日は
研究室セミナー
だった
……
で，
1030 より白崎君の研究計画なんだが
……
不吉な既視感というか，
死屍累々
は言いすぎかもしれないけどなかなかうまくいかないことの多いのが
この研究室の樹木研究なわけで
……
ミズキ
とか
トドマツ
とか．
どうなることやら．
永光さんからシウリザクラ原稿「投稿直前」版おくっていただいたので，
(あまり得意ではないかも疑惑のある)
原稿みなおし + 改善点あらいだし作業．
昼飯．
昼飯後もみなおし．
隣の講義室の授業でチョーク + 黒板つかってるみたいで，
書き殴り音がやかましい．
シウリザクラ原稿よみ，
ひじょーにゆっくりと進行中．
そしてなかなか改善すべき点を列挙できない．
モデル中のとある概念に関する説明についての修正案をメインとする
メイルを永光さんにおくって
……
一件落着?
時刻はすでに 1635．
アリ世界に復帰を試みるが
……
なかなかアタマが切りかわらない．
モデルの説明をちょっとだけ書きはじめたところで撤退．
1935 研究室発．
1950 帰宅．
晩飯．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
タマネギ・干シイタケ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
食パン．
リンゴ．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
ピーマン・ネギ・ブナシメジ・豆腐の炒めもの．
トマト．
2007 年 06 月 27 日 (水)
-
0750 起床．
ねむい．
コーヒー．
朝飯．
0920 自宅発．
晴．
0935 研究室着．
-
石狩浜エゾアカヤマアリの接触→攻撃行動の
階層ベイズモデルの説明かきのつづき．
[事後分布の定義]
めんどうなのでいつもは全体についてのこういう定義は書かないんだけど
(そして部分ごとに書くんだけど)，
今回は何か気の迷いでこうしてしまった．
-
作文がイヤになった気分転換に，
メイリングリスト trendy-ml に粕谷さんセミナーの予告を投稿する．
北大の久保です．7/12 (木) 16:30 より粕谷英一さん (九州大) による
Trendy セミナーを予定しています．内容はおそらく「近親交配回避は有利か不利か」
といったものになりそうです．要旨などいただいたら，また詳しい案内をさしあげます．
-
現在の A 棟 8F，
院生密度がきわめて低く，
じつに平和な日々．
-
ぢりぢりと進捗してると健康診断の時間になってきたので，
1350 研究室発．
晴．
1400 札幌駅すぐ北
エルプラザ
5F の
札幌複十字総合健診センター
着．
20 分ほど待って 30 分ほどかけてあれこれ検診．
去年の検診時
とあまり変化なし，
みたいだった．
ただし体重の測定値は 6 kg 以上おちてる．
去年の今ごろは特に重かったからなぁ
……
そして視力は左右いれかわってる
(今年は左右 = 1.2:1.5)．
おそらく寝てるあいだにでも左右の眼球がいれかわったんでしょうなあ．
-
北大生協で昼飯調達，
1505 研究室もどる．
昼飯．
-
健康診断まち時間はぼーっと「次」の石狩浜アリモデリング
について検討していた．
そう，
エゾアカヤマアリは拉致られアリいじめられ実験データ解析の
階層ベイズモデルだけでは終了しないんだよね
……
ガスクロマトグラフィーで特定された体表面炭化水素データ，
これを
ニューラルネットワーク
で解析もやらんとダメなんでしょうなあ．
アリの触角じたいにあるていどの敵性判断能力があるらしいので，
そのシミュレイションになっている，
といいますか．
-
ニューラルネットにはパターン識別の「教育」させる必要あるわけだけど，
これに何とおりものやりかたがありうる．
石狩浜 + 札幌周辺アリたちについて興味ぶかいのは，
こういう「教育」させかたではないかな，
と
……
-
身内 (実データ) vs
すーぱーころにー (SC) 内 (実データ)
vs SC 外 (実データ) を完全に識別する:
これは実際のアリにとっては非現実的な
「教育」方法なんだけど，
体表面炭化水素データにこれらをかなり正確に識別可能な
情報が含まれていることを示すために「学習」させてみる
-
身内 (実データ)
vs 身内ちょっと変えたもの (多数; 実データ + 乱数)
vs ランダムパターン (少数) から身内を識別する:
これで石狩浜アリたちののほほんとした識別能力を
再現できないかな，と
-
身内 vs 身内修飾したもの (少数; 実データ + 乱数)
vs ランダムパターン (多数) から身内を識別する:
これで定山渓アリたちの凶暴性を
再現できないかな，と
-
などと空想にひたってないで，
目の前の作文作文．
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モデル説明 4 ペイジほど書いたあたりで作業効率がいちじるしく悪く
……
なってることにすらなかなか気づかなかった．
ねばってもしょうがない，
という気がしてきたので本日は撤退．
1850 研究室発．
1900 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
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[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0850):
米麦 0.6 合．
ピーマン・ネギ・ブナシメジ・豆腐の炒めもの．
- 昼 (1515):
研究室お茶部屋．
食パン．
リンゴ．
- 晩 (2220):
米麦 0.7 合．
ピーマン・タマネギ・ネギ・ニラ・ニンジン・ブナシメジ・
ニンニク・豚肉のカレー炒め．
キャベツ・ニンジン・タマネギのサラダ．
トマト．
グリーンアスパラガス．
2007 年 06 月 28 日 (木)
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0830 起床．
コーヒー．
朝飯．
0955 自宅発．
曇．
1010 研究室着．
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いろいろメイル書き，
とか．
-
石狩浜エゾアカヤマアリの接触→攻撃行動の
階層ベイズモデルの説明かきのつづき．
今日はちょっと結果まわりの説明なんかを
……
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なかなか説明すべきことが尽きないなあ
……
と昼飯．
-
来月に粕谷さんがしばらく札幌に滞在される予定なんだけど，
そのときに可能ならばこのへんのアメンボの卵をサンプリングしたい，
ということで
……
そういえば北大構内・地環研のそばに池があったけど，
あそこにアメンボなんていたかしらん，
と昼食後の散歩みたいなかんじで偵察にでてみる．
[北大構内の大野池]
……
という名前がついてることを今回はじめて知った
(
元ファイル)．
中央生協と工学部のあいだ，
サクシュコトニ
川の水をひいてる小さな池
(
地図)．
池のまわりにはマガモとそれにエサをやってる疲れたおじさんたちが多数．
マガモはすっかり油断していて，
ヒトが近づいても逃げない．
[池の西側]
水がよどんでていかにもアメンボいそうなんだけど
……
アメンボはいない．
池をぐるっと一周して池の北側で一匹だけアメンボみかけた．
[よどむサクシュコトニ川]
地環研にもどる途中，
テニスコートの西側．
水はよどんでいるんだけど，
ここにもなぜかアメンボがいない．
-
研究室もどる．
また何通かメイルかき．
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そしてアリ作文つづき．
-
日没時刻ごろに結果ひととーり書けた．
この「ひととーり」がクセものなんだが．
1925 研究室発．
1940 帰宅．
体重 68.0kg．
アリ太りか?
晩飯．
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
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[今日の食卓]
- 朝 (0920):
米麦 0.7 合．
ピーマン・タマネギ・ネギ・ニラ・ニンジン・ブナシメジ・
ニンニク・豚肉のカレー炒め．
キャベツ・ニンジン・タマネギのサラダ．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
食パン．
リンゴ．
- 晩 (2150):
米麦 0.8 合．
ニラ・ネギ・豆腐・煮干の味噌汁．
ピーマン・タマネギ・ネギ・ニラ・ニンジン・ブナシメジ・
ニンニク・豚肉のカレー炒め．
キャベツ・ニンジン・タマネギのサラダ．
トマト．
2007 年 06 月 29 日 (金)
-
0740 起床．
コーヒー．
朝飯．
洗濯．
アリ作文
……
おっと作文にはまりこんでしまった．
朝はやはり集中力が高いような気がする．
0945 自宅発．
曇．
1000 研究室着．
-
1030 から正午ごろまでフィールド科学センター
上田研
の院生 Nina さんと河川水中のアミノ酸組成モデリングの相談．
関連する論文いくつかもってきてもらったんだけど，
こういう従来研究は
(多変量なデータあつかう生態学ではありがちな)
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やみくもな相関解析 + クラスタリング
-
GIS つかった計算値 + 重回帰
ものが多いみたいだ．
当方としてはとうぜんながら莫大な個数のパラメーターの
最尤推定 (もしくはもっと原始的なモーメント推定)
とかコワくてやりたくないので，
ここはとうぜん (同研究室の石沢さんの卒研と同様に)
べいづモデルでけりをつけたいところだ．
しかし，
あれってかなり
苦闘
したからなぁ
……
という事情は Nina さんもよくご存知なんだが．
-
その後も「水もの」 Bayesian modeling 論文とか調べてしまう．
昼飯後も少し続ける．
生態学というより工学方面の河川水質論文とかはすでにいろいろ
Bayesian なものがあるね
……
ということでメイル書き．
I found some papers that may be helpful for your data analysis
using Bayesian statisitacal model. I hope some of these papers
could aid your understanding on the Bayesian modeling ...
* Arhonditsis, G.B., C.A. Stow, L.J. Steinberg, M.A. Kenney, R.C. Lathrop,
S.J. McBride and K.H. Reckhow. 2006. Exploring ecological patterns with
structural equation modeling and Bayesian analysis Ecological Modelling
192: 385-409
http://dx.doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2005.07.028
* Khadam, I. and Jagath J. Kaluarachchi. 2003. Applicability of risk-based
management and the need for risk-based economic decision analysis at
hazardous waste contaminated sites, Environment International 29:503-519.
http://dx.doi.org/10.1016/S0160-4120(03)00009-6
* Malve, O., M. Laine, H. Haario, T. Kirkkala and J. Sarvala. 2007. Bayesian
modelling of algal mass occurrences--using adaptive MCMC methods with a
lake water quality model, Environmental Modelling & Software 22: 966-977.
http://dx.doi.org/10.1016/j.envsoft.2006.06.016
* Qian, S.S., K.H. Reckhow, J. Zhai, and G. McMahon 2005. Nonlinear
regression modeling of nutrient loads in streams: A Bayesian approach.
Water Resources Research 41: W07012
http://www.agu.org/journals/wr/wr0507/2005WR003986/
ということで，
河川にざぶざぶ流されてた状態からはいあがって，
また石狩浜の砂浜アリ作文の世界に
……
しかしなんとなく
「あーめんどーめんどー」
という気分になって，
エゾアカヤマアリ画像
などながめてると
……
アリ類データベイスの
子供むけペイジ
の「戦 (たたかい) をしないアリ」
にエゾアカヤマアリの名前が
……
……
ほかの虫にはおそいかかるが、
同じ種類（しゅるい）のアリとは、巣（す）がちがっていても戦わない
……
すみません，
ちょっと巣 (す) がちがっただけでも攻撃確率
(こうげきかくりつ)
がたかまるのでは，
とゆー推定計算 (すいていけいさん) などやってしまいました．
「エゾアカヤマアリは戦わないって書いてあるもん!
うそつきー!」
とアリ好きの子供たちからウソつき呼ばわりしてもらえるらしい，
とわかってきたので職業的ウソつき
(professional liar?)
の私としてはようやく作文意欲が復帰してきた．
がんばって書こう．
二日前にいいかげんに書いてた事後分布定義まわりはかくのごとく変更．
改善されたのか改悪されたのか
……
-
ホントにイヤでめんどうな terminolgy
(とゆーか，
大統領定義をマにうけたふりをして
「すーぱーころにー」
だの polydomy だのなんだのと事前決めうちカテゴライズしちゃってる言いわけ，
でしょうなあ
……)
に関するパラグラフなども「いちおー」書いてみたりしたので
(いや，
これもやっぱり書きなおさんといかんような気がしてきた)，
統計モデリングに関する説明もかなりうまってきた
……
1830 研究室発．
ちょっと雨．
晩飯．
札幌駅まわりの本屋でうろうろしてから
2120 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.5 合．
ニラ・ネギ・豆腐・煮干の味噌汁．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (1910):
北 12 西 4 の「ねこや」，
今日の A 定食，
サラダ．
エンドウマメポタージュ．
ねこや風カレーライス (黒くて甘口)
+ チキンソテー・温野菜．
コーヒー．
2007 年 06 月 30 日 (土)
-
0930 起床．
コーヒー．
朝飯．
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エゾアカヤマアリ (大統領命令) 拉致られアリいじめられ実験データ解析の
階層ベイズモデルの説明作文かきのつづき
……
さすがに統計モデルの説明とその結果は
ひととーり書けてきたたような気がしてきたので，
関係者に読んでもらえるような小細工あれこれに着手してみる．
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しかし夕方以降は怠業．
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2210 自宅発北大構内走．
2305 帰宅．
体重 68.2kg．
まあ，
晩飯後だとこんなものかなあ
……
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (1030):
イソップベイカリーの巨大クロワッサン．
- 昼 (1400):
イソップベイカリーのバタール．
チーズ．
- 晩 (1900):
米麦 1.0 合．
ジャガイモ・ニンジン・タマネギ・挽肉のカレー．
