ぎょーむ日誌 2007-06-21

2007 年 06 月 21 日 (木)

• 0800 起床． あまりよく眠れなかった． コーヒー． 朝飯． 0915 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• さて， 拉致られアリいじめられデータを解析する 階層ベイズモデルまわりの説明なんだけど …… 具体的な「説明すべき相手」としてまず例の大統領閣下 (何しろ岩倉さんたちの指導教官だし) が念頭にうかんでしまうわけだが …… 私のアタマの中の仮想の大統領は なぜかしら 「スキあらば一瞬にして説明を (自分に都合よい方向に) 誤解してみせる」 という挙動にでること多くて， 当方をわずらわせている． 何が原因で， このよーに脳内シミュレイトされるんでしょーかね?
• ということで， も一個だけ (条件つき? 周辺化?) 事後確率密度分布図をつくってみる．

• また岩倉さん修論にはまりこむ． (おそらく大統領指示の) 用語で気になるんだけど， 星置・定山渓・樽川などアリ拉致場所のことを locality としておられるな． そう記述するほうが正確なのかもしれないけど， 意味あいとしては colony とすればいいんじゃないのかなあ ……
• 昼飯．
• とりあえず岩倉さん修論の summary をかなり詳しく検討してみたんだけど， (おそらく大統領指示がかなり入った) 結論は
  1. (岩倉さんたちは DNA とかも調べてて) 石狩浜 supercolony 内でも 遺伝的分化が生じてるんだろうけど， supercolony 内の「巣間敵対性の低さ」 は維持されてる
  2. 体表面炭化水素組成 (の解析もやっておられる) では札幌周辺のエゾアカヤマアリは出身地域を 区別できない
  となってる (もちろん他にもあれこれ示されてはいるが)．
• これに対して， 今回のべいづなモデリングの解析結果では
  • たしかに石狩浜 supercolony 内では 「巣間敵対性」なるものは低そうなんだけど， 同巣か同コロニーか異コロニーかは厳密に区別していて (と解釈できるほど) 攻撃確率が異なっていた
  • ただし今回の実験対象であるエゾアカヤマアリたちは 「相手にさわった瞬間に出身地を判断」 するのがあまり得意ではないらしい
  • 瞬間的に判断できなかったときは antennation をするみたいなんだけど (? …… 拉致られアリがすばやく逃げる場合もある)， antennation に移ると (攻撃衝動がウスれるのか， 逃げられるスキが増えるのか知らないけど) 攻撃確率はかなりさがる (すると「攻撃する気がない」ように見える)
  • 瞬間的に判断する場合でもそもそも攻撃する確率 (攻撃に成功する確率?) が低いようだ
  • ただし定山渓のアリみたいに攻撃確率が高い集団もあり， こういう場所では「antennation 後の攻撃」 の確率も他 colony における「antennation せずに攻撃」 する確率より高い (上の図)
  ついでに， 現状の予定を列挙してみると，
  1. 以上のような敵対性実験データにもとづく 行動解析だけをハナシとしてまとめてみる
  2. 炭化水素組成データは 8 月の沖縄での (なンとなく楽しくない) 研究会発表までに (neuralnet 解析とか) いろいろやってみる
  3. 遺伝子データも Bayesian な文脈で解析しなおせば， またいろいろと異なる結果が得られるんだろうけど， こっちの世界の「深み」にはまってしまいそうなので 手をださない (藤原君におまかせ)
• 1500 から 1800 まで， つくばの 食品総合研究所 の 小関成樹さん が来てくださったので， 生態学で使われてる階層ベイズモデルの解説． 食品中の微生物増殖のモデリングとかに使えないだろうか， ということで． 後半は微生物データつかって， 「その場で Bayesian モデリングを構築していく」 実演やってみた．

[レタスの中のリステリア属菌]

Listeria monocytogenes の試料中での増殖しらべました， というデータ (Kosekiand Isobe 2005 より) にあてはめる成長式において， 初期状態・飽和状態の不確定性を考慮しつつ， 最大成長速度の温度依存性が推定できるか， という問題． 時間もかぎられてるので， いろいろと単純化の仮定を導入した階層ベイズモデルをつくり (BUGS code) 「とりあえずこう推定できます」 という例を示してみた． 温度依存性のパラメーターは p2．

• 「実演」の目的は達成されたわけだが …… しかし人前で説明しつつ R を操作してて (いつも) 思うんだけど， やっぱり R って変な世界に見えてしまうんだろうねえ ……
• 1940 研究室発． 1955 帰宅． 体重 66.8kg． 即興モデリングやせ， かしらん． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
  • ストレッチ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． ネギ・ニラ・ニンジン・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1240): 研究室． なぜか甲山さんにめぐんでもらった北大生協にぎり飯 (ネギ味噌)． リンゴ． さすがにこの季節に購入できる 99 円リンゴは ほとんど味がしない．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． ミニチンゲンサイ・ニンジン・ネギ・ショウガ・ニンニク・ 干しエビ・卵の炒めもの． トマト・レタスのサラダ．