ぎょーむ日誌 2008-07-07

2008 年 07 月 07 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 涼しい日々がもどってきた． 0855 研究室着．
• 地衣類繁殖論文の revision & cover letter 書き作業， (本業多忙な) 志水さんが木曜日には登校できるということなので， そのときに一緒に作業することにして， 当方の作業はいったん中止．
• ということで， 帯広樹木開花モデルの現状までの推定計算結果に関する報告かき． とりあえず， またいろいろと図を作らねばならんなぁ ……
• カナダに行ってる工藤さん → 甲山さん経由で A606 実験室の薬品管理書類かきの雑用をおしつけられた小山さんといっしょに 北大の薬品管理データベイスで苦しんでみる． わかったこと．
  • Web 上のデータベイス検索はヘボくて必要な情報が得られない
  • そこで全ビンの全データを CSV 出力するのがよい
  • しかしこのへっぽこデータベイスは ホントに腐れた設計になっているので， CVS 出力するためにはゐんどーづの Internet Explorer を使わねばならない
  • CVS 出力されたファイルは巨大なので， R の data.frame であつかうのが気分よい (例: PRTR 法と毒劇法の両方に該当するビンの本数は sum(d$PRTR.No != "" & d$毒劇法 != "") とするだけでよい)
  研究室雑用 Wiki の「薬品管理」まわりを更新．
• 帯広樹木開花， 6/30 のベイズ推定結果を図示する作図プログラミングのつづき． 事後分布からのサンプルの行列計算を駆使した library(lattice) な図 …… うーむ， こうなりましたか． やはり「去年開花したかどうか」 (欠測の場合はベイズ的にうめる) を説明変数に使ったのはまずかったかなぁ ……

• しかし 「昨年は開花したかどうか」 情報を使わないと樹種 Ma みたいに 「昨年開花したら今年は咲く確率が低くなる (ただし明るい場所もしくはサイズが大きい個体なら毎年開花可能)」 みたいなおもしろい特性が統計モデルで表現できないんだよね． えーと， Ma はイヌエンジュか．

> unique(cbind(as.character(d0$SP), as.character(d0$wamei)))
      [,1]   [,2]
 [1,] "Ad"   "ケヤマウコギ"
 [2,] "Ag"   "カラコギカエデ"
 [3,] "Ah"   "ケヤマハンノキ"
 [4,] "Aj"   "ハンノキ"
 [5,] "Am"   "イタヤカエデ"
 [6,] "Axm"  "ウスゲヒロハハンノキ"
 [7,] "Bp"   "シラカバ"
 [8,] "Cj"   "エゾサンザシ"
 [9,] "Es"   "マユミ"
[10,] "Fm"   "ヤチダモ"
[11,] "Hp"   "ノリウツギ"
[12,] "Ja"   "オニグルミ"
[13,] "Kp"   "ハリギリ"
[14,] "Ma"   "イヌエンジュ"
[15,] "Mb"   "ヤマグワ"
[16,] "Mbvm" "エゾノコリンゴ"
[17,] "Mk"   "キタコブシ"
[18,] "Pm"   "ミヤマザクラ"
[19,] "Pm"   "エゾヤマザクラ"
[20,] "Pp"   "エゾノウワミズザクラ"
[21,] "Ps"   "エゾヤマザクラ"
[22,] "Qd"   "カシワ"
[23,] "Qm"   "ミズナラ"
[24,] "Sa"   "アズキナシ"
[25,] "Sh"   "エゾノバッコヤナギ"
[26,] "Ud"   "ハルニレ"

• どうしたものやら， と思いつつ昼飯．
• R 集計わざ． ds という data.frame に種 (sp) 列とサイト (site) 列があるとすると， table(ds$sp, ds$site) とするだけで「どの種がどのサイトに何個体いたか」 がわかる table が作成できる．

     f01. f01.B f01.K f01.S f02. f03. f03.R f04. f04.R f05. f06. f07. f08. f09.
Ad      0     9    22    16    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ag      0    28    46    12    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Aj      0     0    53    10    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Am      0    29    11     4    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Bp      0    21    32    60   19    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Cj      0     3     0    35    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Es      4    62    90     9    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Fm      0    34   226    43    0    0     0    0     0    0    0   74   94    0
Hp     32    31    76     9    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ja      0    43    61    26    0    0     0    0     0    0    0    0   30    0
Kp      0    59   104    28    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ma      0     6   103    38    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Mb      0    91   154     0    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Mbvm    0    18    21     9    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Mk      0    27   105     6    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Pm      0    56   147     3    0    6     0    0     0    0    0    0    0    0
Pp      0     4    30    20    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ps      0    45    91    23    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Qd      0   167   200    64   95   98    50   82    48    0    0    0    0    0
Qm      0   123   247     5    0    0     0    0     0   40    0    0    0    0
Sa     13    17    95     7    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Sh      0    40    11    45    0    0     0    0     0    0    0    0    0    0
Ud      0    51    79    48    0    0     0    0     0    0   30   40    0   35

• で， 紺野さん・佐藤さんに読んでいただく 帯広樹木開花モデルの報告説明かき． うう， この説明かきはいつもたいへんだ．
• 図も追加する必要があったり． なんだこりゃ， な単純な図だったり，
  
  ながーい図だったり ……
  
• どーにかこーにかひととーりウマったので， 帯広に「書いてみました」メイルを送信して逃げるように撤退． 2005 研究室発． ふう． 買いもの． 2025 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 私の家は国道 5 号線ぞいにあるのだが …… 夜になっても他県からきた警察官たちでびっしり． ときどきヘリコプターが国道上空を航過． すると， 交差点の警官たちぴーぴー笛をならして道路を封鎖する． 私も何ごとかと窓から見物してみる． 大名行列の お先触 よろしくスピーカーから「したにー」とか何とか 音声を発しながらパトカーが通りすぎる． しばらくすると先導の白バイが 2 台並走． すぐに車体左前方に国旗をぱたつかせた黒塗りセダンが 道交法無視の速度でとおりすぎる． そのあとを警察車両その他 7-8 台が追っかける …… といったことが何度もくりかえされるありさまで．
• で， その通りすぎゆく小さなぱたぱた国旗たちに注目してたんだけど， インドだの中国だの …… いったい全体， 札幌なんかに何しにきたのかしらん? 洞爺湖ういんざーホテルの高い宿泊費をけちっているのかな? と思ってたら， 明日は札幌で 新興5カ国首脳会合 とやらがあるそーで． そんなのこんな 180 万人都市のあちこち封鎖してやらずに， 洞爺湖とか， G8 の連中といっしょじゃイヤというなら 支笏湖べりとかウトナイ湖 (苫小牧にある池みたなところ) とかでやればいいのに ……
• それはともかく， 通過時刻とラジオのニュースから憶測するとあの五星紅旗はためく車には 胡錦濤さん でも乗ってたのではあるまいか? うーむ， 警官はたくさんいたけど， 私がてろりすとならばやすやすと狙撃できる位置から見物できてしまいましたなあ ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． カブのスープ．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． カブ (シュート部分) のおひたし． カブの浅漬．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． トウモロコシ． キュウリ． ダイコン・サケの味噌汁．