ぎょーむ日誌 2008-07-18
2008 年 07 月 18 日 (金)
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0820 起床．
ばて感，
やや解消．
朝飯．
コーヒー．
0940 自宅発．
晴．
0955 研究室着．
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昼飯前の時間はあれこれメイルかきでおわってしまった．
オワってるなぁ．
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ふつーより遅い時刻に昼飯．
昼飯後もメイルかき．
いやはや．
-
植被度に関する説明はちょくちょくくる．
何度も聞かれることなので，
ここに回答例を示してみよう．
「見た目の被度」
をたとえば「level 1-5 の 4 (50-75%)
を 75% の coverage」と解釈し，さらに「100 のうち 75」
といったカウントデータに変換して
glm(..., family = binomial)
してよいかといった質問．
植生学における「見た目の coverage」は，われわれがあつかうデータの中で
かなり最悪なもののひとつです．すでにいろいろナヤまされてきましたが，
調査方法をきちんとする (つまり「見た目」をやめる) 以外に抜本的な解決策
はありません．
ともあれ，この場合，
・地表の被覆を調査するために ◯m の正方形のわくを準備し，それを 10x10
の小さい正方形 (小わく) にくぎった．調査地のうえにそのわくをのせ，小
わく内に少しでも対象種が存在すれば 1 とカウントし，全体で 0 - 100 の
値となるように coverage を測定した
としていれば，上のように 100 のうち何個ということで二項分布を仮定する
ロジスティック回帰で無問題でしょう．
なぜかしら上のように調査しない人がほとんどなので，ハナシはこじれます．
つまり「全体を 100 個」と仮定する根拠がなくなるためです．
となると，論文中での作文のごまかしでのりきるしかありません．つまり，根
拠を述べずに逃げるか，上でいう「小わく」ぐらいの「目視精度」だったと主
張してみたり，といった方策です．
ついでながらの指摘ですが，被度 5 は「75% より大，100% 以下」ですから，
その代表値は 100 ではなく 87.5% あたりにすべきなのかもしれません……な
ぜ 87.5 か? という根拠もこれまたよくわからぬところですが．いやー，やっ
ぱり「見た目の被度」はほんとにイヤなものですね．
... [あるいは被度を 0-1 間の値に直してベータ分布で統計モデリング
できるだろうかという質問] ...
beta 分布を使った最尤推定関数としては library(VGAM) の vglm() で
family = betaff あるいは beta.ab と指定すればよい，などが例としてあげる
ことはできます．しかしこれが順序変数的な「被度」のモデリングにてきとう
なのかどうかはよくわかりません．
いっそのこと被度の level が {-,+,1,2,3,4,5} というふうに 7 水準ある，と
いうことですから，これを応答変数とする多項 logistic 回帰であつかう，と
いう方法もあります．ふつうの logistic 回帰は {0, 1} に 2 水準を応答変
数にするものですが，多項 logistic 回帰は {0, 1, ..., n} の n 水準をあ
つかうことができます． R の library(nnet) の multinom() 関数であつかう
ことができます．
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/NeuralNetwork.html
http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/log/2007/0721.html#04
など参考にしてください．
天気予報では
29°C
あたりまで上昇するはず，
となっていたのだけど，
雨などふってきてくれたおかげで，
本日の最高気温は
26°C
ちょっとあたり，
となったようだ．
暑さで体力を消耗しなくてすむので，
ホントに助かる
……
ばてぎみなもので．
体力復旧しなくては．
というか，
かなり激しい雨．
札幌上空で気団の激突?
地衣類繁殖論文 revision 作業に復帰しようとする努力．
その前に，
このあたりにこの地衣類問題に興味をもってしまった
lichenologist ならぬ bryophytologist の Annika
さん
(地衣類・コケ類の non-vascular plant 同盟，
みたいなものがあるようだ)
のコメントメイルに返信を書かねばならぬ．
これがまたけっこうな長文で
……
mini PAM とかで光合成速度 (活性というべきか)
を測りなさいよ，
といったご指摘で．
Annika さんが The Lichenologist の査読者でなくてよかった
……
停電準備の雑用．
A606 実験室にいってみると，
-30°C
冷凍庫はけっこう巨大で，
棚が 8 段もあった．
ここだけで
8 個も保冷材が必要になるのか
……
とりあえず研究室メイリングリストに連絡メイル．
地衣類繁殖論文
(より正確には繁殖器数論文，
とでもいうべきか)
revision のつづき．
もうちょい results 節を修繕したいところだけど，
あれこれ中断でアタマが混乱してるので
(と書いてよーやく思いだしたんだけどパラグラフの
再配置をやってたんだな)，
discussion 節の書きなおしにススむことに
……
うーむ，
この節もおそらく全文かきなおし，
というかんぢだ．
2010 研究室発．
買いもの．
2030 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
電気代支払う．
1438 円．
[今日の運動]
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
ホッケ．
トマト．
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
レトルトパウチドのトマトソース．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
カブ・ニンジンの味噌汁．
タマネギ・ピーマン・サバの電磁波酒蒸し．