ぎょーむ日誌 2008-08-(21-31)

2008 年 08 月 21 日 (木)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0925 研究室着．
• 今日も R の作図わざ本ほんやく．
• 昼飯． 院生密度が低くて平和だ．
• 昼飯後も R 作図わざ本ほんやくやってたら， 鍋嶋さん・日浦さんからメイルいただいたので， ちょっと苫小牧樹木成長論文 revision 作業のつづき．
• またほんやくのつづき．
• 作図領域・作図座標系まわりはややこしくて苦しい． どれぐらいややこしーかとゆーと …… 図のマージンにユーザーが何か追加出力することに関して あれこれややこしく説明したあげく， 太陽系内で最も R 作図問題に通暁し浩瀚なる知識をもってなるかの原著者でさえ ……

  (原文) Often, a trial-and-error approach is required to achieve the desired result.

  (久保訳) のぞんだとおりの結果をえるためには試行錯誤が要求されることもしばしばあります．

  …… などとナゲてしまうぐらいなんですよょょょ ……
• ちなみに今とりくんでいるのはとらっど (traditional) な作図を カスタマイズするなる趣旨の第 3 章 (全 7 章中もっとも凶悪そうなデスマーチ章，嗚呼広漠無辺) なんだけど …… ぢつはこのマージンなる空間におけるややこしさは 本書後半でいっしょうけんめい解説してる (trad とはぜんぜん別世界の) Grid 作図においても ややこしーままである (例: ぎょーむ日誌 2008-06-28 の grid.yaxis() 黒魔術)．
• 作図のペイジ内ではあるけど作図領域 (plot region) ではない，ベルセルクふうに申し上げますと「はざまの世界」， ここにおいてユーザーに自由を与えんとすれば， まあ， どーしてもややこしくなるんだろうなぁ …… もがく者 …… うーむ， やはりベルセルクだ …… 皆さんも， 「R の作図わざ」本で この不思議な世界を楽しんでくだされ．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 93 ペイジまで． やっと全体のさんぶのいち， か． まだ 200 ぺいじものこってる． だれかたすけてー

• 2120 研究室発． 2135 帰宅． とにかく体力・持久力勝負の日々なので， カラダが動く状態を維持するべく， 2200 自宅発北大構内走． 2250 帰宅． 体重 72.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.8 合． ゆでブロッコリーとブナシメジ・ショウガ・ニンニク・ひき肉のソース．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． ゆでブロッコリーとブナシメジ・ショウガ・ニンニク・ひき肉のソース．
  • 晩 (2350): キャベツ・ニンジン・ネギ・豆腐のスープ． サバ・ナンバン・ブナシメジの電磁波酒蒸し． ヨーグルト．

2008 年 08 月 22 日 (金)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 晴． 0930 研究室着．
• 遠洋水研の岡村寛さんの「水産資源学におけるベイズ統計の応用ワークショップ」 (すでに終了) の資料が 公開 されている． 解説と例題からなる実践的なもの．
• R の作図わざ本ほんやく．
• 14 時ごろ昼飯． 今日も進捗がおそいような．
• またちょっと苫小牧樹木論文 revision 作業のつづき． 鍋嶋さんも日浦さんもおいそがしそうだ ……
• R 作図わざ本ほんやくにもどる．
• また座標系まわりか …… とアタマがぼーっとしてることにも， うだうだ時間を浪費してることにも気づかず …… これはいかん， ということでいったん撤退． 2030 研究室発． 2045 帰宅． 体重 72.4 kg． とりあえず晩飯．
• 晩飯後もほんやく匍匐前進 ……
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 107 ペイジまで． 全 7 章中最長のデスマーチ第 3 章ものこり 15 ペイジ． 明日はこの無限回廊から脱出できそうだ ……

• [今日の運動]
  • うーむ，うんどう休養日 …… しかしストレッチだけはやっとく．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． サバ・ナンバン・ブナシメジの電磁波酒蒸し．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． サバ・ナンバン・ブナシメジの電磁波酒蒸し．
  • 晩 (2110): スパゲッティー． キャベツ・ニンジン・ネギ・豆腐のスープ． トマト．

2008 年 08 月 23 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 1030 自宅発． 曇． 1045 研究室着．
• 今日もひたすら R の作図わざ本ほんやく ……
• …… よーやくにして長大なる第 3 章 (全 80 ペイジ) がオワった …… 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 122 ペイジまで． ああ， まだ半分にもとどいていない． ともあれ， 「第 I 部 traditional な作図」 は終了， 明日から 「第 II 部 traditional な作図」 に突入．

• 2000 研究室発． 買いもの． 2025 帰宅． 2055 自宅発北大構内走． 2145 帰宅． 風呂． 体重 72.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 食パン． トマト・キュウリ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． お茶部屋冷凍庫で発見した (自分で以前につくった) ジャガイモ・タマネギ・ニンジン・ホタテのカレー．
  • 晩 (2320): タマネギ・シシトウ・エリンギ・ホタテの炒めもの． コマツナ． トマト． ヨーグルト．

2008 年 08 月 24 日 (日)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 1040 自宅発． 曇． なかなか寒いな． 1055 研究室着．
• R の作図わざ本ほんやく． 今日は Lattice な作図 ……
• うーむ， なんだか進捗がよろしくない ……
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 136 ペイジまで．

• 2015 研究室発． 雨． 買いもの． 2040 帰宅． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): うどん． トマト．
  • 昼 (1210): 研究室お茶部屋． 食パン． タマネギ・シシトウ・エリンギ・ホタテの炒めもの．
  • 晩 (2300): タマネギ・ニンジン・ピーマン・ナンバン・エリンギ・ホタテのカレー． トマト． ヨーグルト．

2008 年 08 月 25 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． メイル書き． 1020 自宅発． 晴． 1035 研究室着．
• 今日も R の作図わざ本ほんやく． とにかく長いので， 全作業の中でめんどうな部分を短期決戦でのりこえたい．
• library(lattice) 作図をあつかった第 4 章， よーやくのことで終了． 時刻はすでに 1720． 全 285 ペイジ中の 148 ペイジまで． よーやく半分か …… ということは， この「とりあえず，ひととーりほんやく」作業フェイズは あと 10 日ぐらいつづくってコトですか． うーむ， 前途遼遠 ……
• とゆーことで， ちょっとひとやすみして， と． ここからいよいよ「誰がこんなもの読むんだ」 の library(grid) 作図の第 5 章にとつにゅー …… まあ， R 作図をつきつめると誰でも grid にぶちあたるんですけどね．
• …… お， Paul Murrell 氏， 自分で作った library(grid) についてはけっこう気あいをいれて説明してるな． なかなかおもしろい．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 153 ペイジまで．

• 2040 研究室発． 2055 帰宅． 体重 72.8 kg． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・ピーマン・ナンバン・エリンギ・ホタテのカレー．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・ピーマン・ナンバン・エリンギ・ホタテのカレー．
  • 晩 (2310): キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・ハムのスープ． 豆腐． ヨーグルト．

2008 年 08 月 26 日 (火)

• 0900 起床． ほんやくばて， か? 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 今日も R の作図わざ本ほんやく．
• 今日は library(grid) の座標系まわり． こりゃー， まにあっくだわ …… Paul Murrell は R を DTP software にしたかったのか? てなイキオイでございまして ……
• 1900 研究室発． 買いもの． 1925 帰宅． 2000 自宅発北大構内走． 2045 帰宅． 体重 72.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• 晩飯後もちょっとほんやくをつづける ……
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 167 ペイジまで．

• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 食パン． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・ハムのスープ．
  • 晩 (2200): キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・ハムのスープ． チンゲンサイ・ニラ・シイタケ・ひき肉・卵の炒めもの． トマト．

2008 年 08 月 27 日 (水)

• 0830 起床． うーむ …… 朝飯． コーヒー． メイルかき． 1000 自宅発． 雨． 1015 研究室着．
• R の作図わざ本ほんやく作業のつづき．
• 今日は library(grid) の viewport まわり． 「ひとつの表示領域」 たる viewport は grid の中での重要概念で， しかもリスト・スタック・木といったデータ構造をとるので， ぢつにいろいろなことが …… と書かれていてかなりおもしろいわけだが， 同時にいったいぜんたい R 作図わざ本の読者のうち， こういったデータ構造の使いかたを想像できるヒトって どれぐらいいるのかしらん， という気も．
• ちょっと Paul Murrell の技術的暴走かも． とはいえ， じっさいこういう library を作るがわからすると， ユーザーがここまで「使わない」ことがわかっていたとしても， いわゆる「縁の下の力持ち」として， やはりあらゆる状況に対応できるデータ構造を使いたくなるんだろうな， という気もする．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 185 ペイジまで． さてさて， 「とりあえずひととーりほんやく」作業フェイズも， 残りあと 100 ペイジ!! …… もあるのか …… たすけてー

• 2020 研究室発． 2045 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． ダイコンの酢のもの． トマト．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ニラ・シイタケ・ひき肉・卵の炒めもの．
  • 晩 (2140): 米麦 0.6 合． ニンジン・牛スジ肉の煮もの． ダイコンの酢のもの．

2008 年 08 月 28 日 (木)

• 0700 起床． なぜかめざめてしまった． しかし， ねむい． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 晴． 0825 研究室着． 今日の午後は院試の筆記試験のカントクやらされるんだよねー
• データ解析こんさるメイル書き． 水産資源解析ぎょーかい， よくわからん． 「割り算値」指標がエラそーにしてる分野ってのは ……
• また R の作図わざ本ほんやくのつづき．
• 試験カントクなので早めの昼飯． 筆記試験会場は人文社会棟という建物 (地環研のちょっと西) で． 1300 より専門科目試験． これが 3 時間もあるんだよね …… たいはんの受験生は 2 時間ぐらいで途中退出するわけだが (院試の問題はぜんぜん難しくないんで)．
• 受験者は 50 人ぐらいしかいないのに， カントクは 5 人も assign されていたので， 2 + 3 人にわかれて 45 分ずつ交代でカントク．
• で， 例によって A4 に印刷出力した R Graphics (本日ほんやくすべき部分とその先の部分) をこそこそ 見ながらカントクやってたわけだが …… いやー， library(grid) ってすごいわ． 以前は黒魔術とか書いてたけど， 何がどうなってるのかぢつによくわかった． ポスター発表のポスターも library(grid) 使ったらあんがい簡単に作れるかも． そうだなー， レイアウト作りとか scalable なグラフ (とうぜんこれも R で作る) のはりこみなんかは問題ないとして， Linux R の場合， テキストのフォントがいつも問題のよーな …… device を pdf() にしとけば問題ないのかな．
• 1600 試験終了． フィールド科学の回答用紙束をつくって， A 棟 7F の甲山さんに一式ひきわたして， 1630 ぎょーむ終了．
• で， ほんやくのつづきやろうとしたんだけど， 隣室 (とゆーか仕切られた同室とゆーか) で環境起学の教員の皆さんが   わいわいがやがやぎゃーぎゃーわはは   などと環境破壊的な騒音を発しつつ採点していて， ですね …… このヒトたちはなぜかいつもやかましい．
• どうにも集中できないので， 1850 研究室発． 1905 帰宅． 1930 自宅発北大構内走． 2020 帰宅． 体重 72.0 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• ほんやくのつづき． library(grid) と library(lattice) のこんびねいしょんわざ伝授のくだり． これもすごい．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 198 ペイジまで． 第 5 章終了， のこり 2 章 + Appendix ……

• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 食パン． キャベツ・ミズナ・ネギのサラダ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン． キャベツ・ミズナ・ネギのサラダ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 晩 (2140): ダイコンの酢のもの． コンブ納豆． ホッケの電磁波蒸し． バナナ．

2008 年 08 月 29 日 (金)

• 0900 起床 …… うーむ， やはり夜おそくまで仕事をやると， 翌日に影響する． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 雨． 1015 研究室着．
• 岡村さんにいろいろご指摘いただいたので， 午前中は データ解析サイト 修正したり， メイル書きでおわってしまった ……
• メイル書きしつつ， R-2.7.2 の RPM package 作りやってた． build の中でテストに時間かかるんだよね． メイル書き後， sudo rpm -Uvh．
• 1300 から院試の面接の「面接担当者の人数を増やして受験生を威圧する」 人数まし要員として招集されているので， それまで R 作図わざ本のほんやくのつづき． Grid graphics object の不思議な世界をあつかう第 6 章に入る．
• 1300 から一時間ほど威圧ぎょーむ． ついでにいつものことながら「よびだし小僧」ぎょーむも． 本日は待合室 (2F 講堂) - 面接室 (C 棟奥 C-202) まで案内すべき距離が長い．
• 研究室にもどって， またメイルかき． 昼飯．
• 日曜日の全学全日停電にそなえて， A606 実験室の冷凍庫 (-80°C と -30°C) の保冷材の準備． 竹内さんに手伝ってもらった．

[最初はシート状]

Techni-ICE なる保冷材 (保温材にも使えるとのこと)． 使う前はこういうシート状になってて， 5 cm 四方ぐらいのセルにわけられている． このセルひとつひとつに吸水ゲルがはいってる． 切り離して使うこともできる．

[水につける]

このシートを水につけて， 中の空気をおいだす． しばらく放置．

[ふくらんだら凍らせる]

2 時間ぐらいすると水をすってこのようにふくらむ． あとはこれらを冷凍庫に入れるだけ． ようするに， とけても水がでない点で氷より良く， あつかいが簡単でサイズ調節が簡単という点で ドライアイスより良い， ということで．

• 今日は R 作図わざ本ほんやくはあまりススまず， 撤退． 1850 研究室発． 雨． 1915 帰宅． 体重 72.2 kg． 雨なので北大構内走はやめとく． ちょっとうんどう． 晩飯の準備． 晩飯．
• R 作図わざ本のほんやくのつづき．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 202 ペイジまで．

• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 食パン． キャベツ・ミズナ・ネギのサラダ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． キャベツ・ミズナ・ネギのサラダ． 鶏レバのショウガ煮．
  • 晩 (2100): ダイコン・ネギ・シイタケの味噌汁． ホッケの電磁波酒蒸し． コマツナ． トマト． バナナ．

2008 年 08 月 30 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 1040 自宅発． 曇． 1055 研究室着．
• R 作図わざ本ほんやくのつづき． 今日は graphical object (grob) のデータ構造， などなど．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 220 ペイジまで． 第 6 章終了． 残るは第 7 章 (40 ペイジぐらい，長い!) と Appendix (20 ペイジぐらい)．

• 明日の停電対策， 計算機まわり．
  • su - (root になって)
  • at 07:50AM (at コマンドで)
  • /sbin/shutdown -h now (停電 10 分前に server を停止)
• 2050 研究室発． 北 12 生協で買いもの． 2120 帰宅． 2215 自宅発北大構内走． 2300 帰宅． 体重 72.0 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.8 合． ダイコン・ネギ・シイタケの味噌汁． ピーマン・ハム・卵の炒めもの．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． コマツナ． ピーマン・ハム・卵の炒めもの．
  • 晩 (2330): 豆腐． ブロッコリー． ジャガイモのカレー． バナナ．

2008 年 08 月 31 日 (日)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• トイレの水タンク内から水滴落下音がするんだが …… ふたをはめなおしたら止まった．
• 1115 自宅発北大構内走． 昼間に走るのはひさしぶり． 晴． まあ曇りぎみだし， あと三週間ほどで秋分だから 紫外線もヨワってることだろう． 1200 帰宅． 体重 72.0 kg． 昼飯．
• 怠業ぎみ． R の作図わざ本ほんやく少しばかり．
• 1740 自宅発． 曇． 1755 研究室着． 電力すでに復旧している． server あれこれ復旧作業． 北大ネットの router も動いてる． C 棟 1F のよくわからぬネットワーク部屋で， 環境科学院 server も再起動． こいつは再起動したときにネットワーク (もしくは HUB?) が不調ぎみで， sudo /etc/init.d/network restart (もしくは HUB の配線つなぎなおし?) が必要のようだ．
• 実験室の冷凍庫の保冷材は …… なるほど， 冷凍庫にいれといたら停電しても凍ったままだな． ただし冷凍庫は電源再投入後の再冷却中の警告ぴーぴー音を発している．
• 1910 研究室発． 1925 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．

[あんです]

地衣類繁殖論文いっしょに書いてる志水さんの アンデス遠征が無事に終わったそうで． これは Lianganuco 谷から見た Chopicalqui 峰 (6354 m)， 登頂できました， とのこと．

• ほんやくまた少しばかり．
• 今日の R の作図わざ本 ほんやく: 全 285 ペイジ中の 225 ペイジまで．

• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.8 合． ジャガイモのカレー．
  • 昼 (1320): うどん．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ピーマン・サバの味噌煮．