ぎょーむ日誌 2009-03-(01-10)

2009 年 03 月 01 日 (日)

• 0740 起床． 北海道若手生態学研究会 二日目． 北海道青少年会館． 朝飯． コーヒー． 0900 より本日の講演．
• 最初に鏡味麻衣子さん「『ミジンコはツボカビがお好き?』 ツボカビを考慮に入れた湖沼食物網動態の解析」． 分類・形態・生活誌・観察方法をおさえたツボカビ入門 & 生食連鎖だけじゃなくて微生物食物網もあります 水中食物網入門 (かなりナイスな virus CG 動画なんかも) から始まり， 「食えない」大型珪藻の中身がツボカビ遊走子となってちらばり ミジンコに食われる Mycoloop の発見にいたる (loop なのでミジンコによる栄養塩回帰もおさえられている)． おそらく化学走性でツボカビが珪藻のまわりをくるくる回ったりする動画も． いろいろ実験系くめるけど， 継代培養で新しい host に適応しつつなぜかしらもとの host も忘れられないおもしろ不思議な実験結果がでたり， 水中動態把握はなかなかたいへんかもといったハナシも．
• 最後の講演は今博計さん「ミズナラ豊凶を引き起こす気象トリガーの検証」． すごくていねいに準備された「ミズナラのマスティング入門」， どうも受粉後の abortion 量が「今年の豊凶」きめているらしい (まったく関係ないハナシだけど，豊凶なるくみあわせは変わってるなぁ …… 豊貧とか聞いたことないし，貧富や吉凶だと別の意味だし)． そして知床・志賀高原のミズナラ時系列解析なんだが …… いやー， 「影響をあたえてる期間」 のモデル選択はちょー難問ですね． 気象データに対して無情報な統計モデリングは無力だ．
• ということで 1200 ごろ全日程ぶじに終了． 研究会の準備に尽力してくれた宮田さん・矢澤さんおつかれさまでした． 今年から生態学会北海道地区会共催． 会場代をだしてもらった．
• 今回の研究会の (おもに) 雑談でわかったこと:
  • R は普及しつつある． とくに大学院生たちのあいだで． これは研究室内に大学院生どうしの「教えあいループ」 が発生した場合． そして， 各地に R 導入の講師をやる (やらされる) ヒトたちが点在している．
  • にもかかわらず， R の初期導入のコストは高い． データが読みこめない， 読みこんだデータをチェックする方法がよくわからない， 気にいるような作図がなかなかできない …… たしかに以前からこのあたりで皆さん苦闘しておられる
  • 統計モデリング的な発想も普及しつつある． これまた「教えあいループ」の効果で． しかしススめていくうちに不安になることも． GLMM は使える， ベイズモデル とかは まだまだわけがわからない， ご利益もよくわからない， といったところで．
• 1220 会場発． 丘の住宅地の中を歩いて真駒内駅方面をめざす． 途中の蕎麦屋 (昨日も入ったところで昼飯．

[真駒内川]

真駒内橋 (国道 453) の上から撮影． 3 月の札幌の川はこんなかんぢで．

• 1250 蕎麦屋発． 地下鉄南北線にのって 1306 真駒内発． 1325 札幌着． 本屋とかぷらぷらして， 1400 研究室着． ふう．
• あ， いかん． お茶ばかりぱかぱか飲んでぽーっとしてた．
• ちょっと前に， 志水さんと共著である地衣類繁殖器密度の階層ベイズモデル解析論文を The Lichenologist におしこんだわけだが， ここの編集長がていねいなヒトというか， 論文の校正刷りをいちいち点検して， 「もうちょっとなおしたら」 と指示してくるんだよね (私の知るかぎり， ここまで個々の掲載論文を気にする chief editor はなかなかいない) …… 修正案を考えて返信してみる．
• 他にもメイルかき ……
• やってたんだけど， どうにも効率が悪いようなので撤退． 1730 研究室発． 1745 帰宅． なんだかぐったり． ちょっと Homac に買いものにいかねばならぬ， と気づいた． ついでに晩飯．
• [今日の運動]
  • 不健康な日々がつづく …… 真駒内散歩 (20 分ぐらい?) と Homac 往復 (20 分ぐらい?) はうんどうに入るのか?
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 北海道青少年会館の朝飯． ごはんに関しては 昨年 の国立大雪青少年交流の家のほうがよかったかも．
  • 昼 (1240): 盛朗庵 のゴボウてんぷら蕎麦． 880 円．
  • 晩 (1930): Homac 横の いっぴん で豚丼． 714 円． おいしいと言われるよう研究を重ねました， といったかんじ． たしかにおいしい．

[ゴボウてんぷら蕎麦]

もりあがるゴボウてんぷら． てんぷらおいしい． 汁が天つゆふうでてんぷらにはよくあうんだけど， 蕎麦にはちょっとくどい． もっとウス味でもいいかも …… しかし北海道的には濃い味つけが正しいんだろうな．

2009 年 03 月 02 日 (月)

• 0740 起床． うー． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 大雪． 0945 研究室着．
• いろいろメイルかきとか ……
• 来年度， 京大の霊長類研究所 (犬山) で集中講義 (詳細未定，11-12 月ごろ?) することになったので兼業許可申請なる紙きれに 何ごとかを書かねばならぬ． また事後にも何か提出せよと言われるかもしれないので (google で検索できる場所に) メモ． 担当科目: データ解析のための統計モデリング． 担当時間: 集中講義 15 時間 (こんなにやるのか?!)． 期間: 平成 21 年 4 月 1 日 - 平成 22 年 3 月 31 日 (ようするに日時未定ということ)． 手当 (1 時間予定額): 4420 円 (事務からあとでこのへん再確認されたりするんだよね) …… おっと他にもあるな． 兼業先: 京都大学大学院理学研究科 (でいいのか?)． 従事場所: 京都大学霊長類研究所． 従事場所まで片道 4.5 時間ぐらい?
• うーむ， The Lichenologist の chief editor 殿， 自分のぢゃーなるにおかしな論文は掲載したくない， というあたりは立派というべきなんでしょうけどねえ …… 昨日の修正案に関して， もうちょっとなんとかしろ指示． うーむ， たしかに手ぬきといえば手ぬきでしたよ． いやはや． 修正してまた送ってみる． これと関連して気づいたのだが， Appendix 冒頭にも同様の手ぬきがあるな． えーい， reviewer からの指示で本文の一部を Appendix にまわした後遺症だ． 編集長殿に気づかれたら修正指示がでるだろう．
• 1124 あたりからネット途絶 …… 手順をおって調査してみると， (しばらくはどこにも接続できなかった …… 大学 DNS server もヤラれたっぽい) 北大内までは接続できる． 他大学にはつながらない． 北大孤立， といったところか? 学外からの通信もとどかなくなっている …… 1150 ごろ復旧． まあ， また「なかったこと」にするんだろうな．
• と思ったら夕方ごろになって， めずらしく事情説明メイルが会計係経由で配信された．

  > 本日AM 11:20頃からPM 12:30頃 までの間、
  > 通信機器の不具合によって、
  > 全学のネットワークに通信障害が発生しました。
  > 
  > また2月28日（土）に実施したネットワーク作業により、
  > 地球環境科学院・環境科学院の一部、
  > ベンチャー・ビジネス・ラボラトリー及び低温研と電子研のユーザサブネット
  > において通信障害が発生しておりました（3月2日（月）PM 12:40現在全て復旧）。
  

• 昼飯．
• 1300 から 1430 まで大学院入試の場にいなければならぬことに．
• 院生の PC の修理 ……

[HDD 移植作業]

なんだか motherboard が壊れたようなので， 以前 と同じく「激ヘン」予算で 8 台ばかりクラスタされた PC から 1 node ぬきとって再利用を試みる． 今回はゐんどーづが boot を拒否した． やれやれ． safe mode もダメ． で， 不思議なことに HDD を元 PC にもどすと， その PC はいきなり復旧してですね …… 意味不明だ．

• またデータ解析なメイルかきをえんえんと …… ああ， 二週間後の火曜日には盛岡に行かねばならないのに， こんなことばかりやってて準備がすすまない．
• 1950 研究室発． 雪はやんでる． 買いもの． 2015 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • なかなかうんどうが生活の中に復帰しない ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): シリアル．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ギョウザ． ダイコン・シイタケの味噌汁．

2009 年 03 月 03 日 (火)

• 0800 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 朝から晩までネギとろ用マグロ (すき身) 中の食中毒菌の統計モデリング． 今日午後に食品総合研究所の小関さんがこちらに見えるので．
• 小関さんの原案は当方の ウミガメ モデル (嗚呼，二週間後に盛岡でポスター発表しないといけないのにまだ何も 準備できてないよー) を改造しようとしたものなのだが， R からどうやってデータなどを指定したらよいかわからないので， といったご相談 …… あのウミガメモデルのデータ構造はすごいややこしいんですよ．
• R で JAGS な小関さんのコードを書き直してるうちに …… もっと簡単なデータ構造のモデル (ただし無駄計算の量は増える) に直してみたらどうだろう， という方向で改善してみる．
• ひととーりできたので JAGS を走らせてみたのだが …… library(rjags) 経由のせいなのか， どこに問題があるのかよくわからん．
• ということで， 同じ BUGS code をゐんばぐすで動かせるように R スクリプトを準備する． ああ， アホなまちがいがぼろぼろと見つかる ……
• ばてたので昼飯．
• しかし WinBUGS で計算させてもえらく時間がかかる．
• 計算がおわらぬうちに小関さんがみえる． MCMC 計算ススめつつモデル改良などについて説明．
• 説明すべきことがひととーり終わってしまうと， 「逃げ場なし」 その場でリアルタイムなモデル改良が始まってしまった． これは現在の改良内容を説明しつつのコード書きとなるので， すごくすごくクタびれる ……
• やはりこの無駄計算おおい簡易データ構造版は どうヒネくっても激オソとわかったので …… けっきょくチカラわざでウミガメモデル型になおしてしまう． うをー，これは速い!
• 18 時ごろまでかかって本日の計算は終了． 最終的には 120 秒ぐらいでほぼ収束するようになった． BUGS code， 事後分布表．

• しかし二種類の菌の相互作用はよくわからず， それぞれ自己抑制的な密度効果が特定できただけだった …… これほど細かい動態データがあるにもかかわらず， 種間相互作用は推定できんものなのか ……? うーむ ……
• ぐったりしつつお茶部屋でぐったり晩飯．
• ぐったりぎょーむ日誌かき．
• ぐったりデータ解析こんさるメイルかき．
• 2115 ぐったり研究室発． 2130 帰宅．
• [今日の運動]
  • ぅ--
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 院生チャーハン． サラダ．
  • 晩 (1820): 研究室お茶部屋． 院生チャーハン． 春雨スープ． リンゴ．

2009 年 03 月 04 日 (水)

• 0710 起床． ねむい． うう． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 弁当の準備． 0855 自宅発． 晴． どうも真冬日の日々は終わりつつあるようで． 0910 研究室着．
• 二週間後には盛岡でポスター発表しないといけないので (しかもその前日は GLM 自由集会)， さっさと準備に着手したいのだが …… 今日も着手できないのでは， と懸念している． データ解析こんさるメイルかき数件， 昨日の食中毒菌 BUGS code まわりの整備， そして「蟻」提出版の準備 …… なんかがあって， ですね．
• Linux からちょー巨大 PDF ファイルを印刷しようとすると， うまくいかない場合がある． しかしそのファイルはゐんどーづからだと印刷できた． おそらく printer driver の差， ではないかな．
• …… とりあえずメイルかき終わった． けど， 午前もオワった ……
• ばてたので昼飯．
• 昨日の食中毒菌の BUGS code の整備， さらにこれを JAGS でも動かせるように library(rjags) な R コード整備 (cf. R で JAGS)．
• 試運転． 残念ながら JAGS は遅い． WinBUGS が (Linux 上の Wine 上で動かしてるにもかかわらず) 100 秒 で事後分布を推定した 食中毒菌増殖実験の時系列データの統計モデリング， 同じ BUGS code を使って 350 秒 を必要とした． まあ， 他の場合でもだいたいこんなかんぢ．
• JAGS が遅いというより， ゐんばぐすが何か超絶な黒魔術わざを使っているんだよね …… このあたりは依然として秘密のまま． まあ OpenBUGS のコードを読解すれば何かわかるのかもしれないけど， それってごうもんだよなぁ ……
• 推定計算結果は JAGS でも WinBUGS でも同じ． これは JAGS が努力して追いついた， ってなかんぢがしますね．
• とりあえずダウンロードできるようにして， 小関さんにメイルかき． これでこれは一件落着， か．
• 「蟻」解説方面を終わらせる努力． まずは (おいそがしいところ) 原稿を読んでくださった恒岡さんのコメントを原稿に反映させる． しかし私ってホントに注意力がないというか ……
• これで原稿としてはいちおー完成． 問題は次． 文書のわーど化 (うへー)， 図表の別ファイル化だ． 私としては (「蟻」誌面サイズである) B5 でこういうふうに原稿を準備してみたんだけど ……

• 編集部のほうでレイアウトとかぜんぶやりなおすので， わーどファイルで出せ， というお達しで． まあ， しょうがないですな．
• LaTeX からのテキスト変換だが …… 今回は BibTeX な部分があるので， dvi2tty でやってみることに． dvi2tty -e-11 -v 500000 -w 132 kubo2009ari.dvi ぐらいでいいかな? よけーなスペイスが入るが．
• このあたり手作業で修正せねばならぬ． まあ Vim の正規表現な置換で切りぬけるわけですが．
• ふと気になって， 再投稿後 78 日が経過してしまったアリ論文の消息を お尋ねするメイルを書いてみる． 墓穴にならねばよいのだが．
• 「蟻」解説， dvi2tty なテキストファイルの Vim 処理はオワった． 次はわーど， か． イヤだなー
• と書いて (ふだんはなぜか本棚の上におかれている) ThinkPad を机の上に移そうとしたら， イヤな気分が伝わってしまったのか， いきなり shutdown してしまった． そうか， 君もイヤか．
• かくのごとくイヤがってる Thinkpad 上で VMware を動かして， その上でゐんどーづを起動． わーどの「書式指定置換」を駆使して原稿をなおしていく ……
• 九大の別所君が藻類の異型世代交代・同型世代交代の モデルを説明してくれるということなので， 一時間ばかり拝聴・議論する． いろいろめんどくさく時間変化する環境のもとでも， 切れ目なく世代交代する個体群の適応度はわりと単純な性質をもつ， といったあたりがおもしろい．
• ハナシが終わったあとにふと気づいたんだけど， 現物の生物あいてに生態学やってるヒトたちといっしょに 私なんぞがまがりなりにも共同研究やモデリング議論をやっていける理由は， 彼ら・彼女らの対象生物ではなく観測データを相手にしているからだ， という気がしてきた． 生態学研究者のアタマの中にある生物をもちだされると 当方はいちじるしく劣位な立場になるんだけど， (アタマの外にある) データセットをあいだにおいて議論してるぶんには もう少しマシな状況になる， と．
• アリ論文について BES に問い合わせたわけだが， 何ごとにつけすばやい Tatiana Czeschlik 編集長殿 (先日もお花見おサル論文を即座に editor reject してくれた) がただちに調査してくれて …… 一人の査読者は大昔 (a long time ago) に返しているんだけど， もう一方がすでに二度の督促を受けているにもかかわらず …… とゆー初投稿時と同じパターン． 来週までに何とかしてくださるそーです．
• LaTeX ファイル → DVI ファイル → テキストファイル → わーどファイル， とゆー苦行， なんとか終了した． 今回はアリなヒトたちむけの解説で， 数式が少なかったので比較的マシだった． あとは図表か ……
• しかしチカラつきたので撤退． 1845 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯．
• うーむ， 作業のつづきに着手できん ……
• どーでもいいけど先日のガス代は 8475 円． あいかわらず高い．
• [今日の運動]
  • よくない生活周期だなぁ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): シリアル．
  • 昼 (1210): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 鶏レバ・ハツのショウガ煮．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． 豆腐・ネギの味噌汁． 鶏レバ・ハツのショウガ煮． ヨーグルト．

2009 年 03 月 05 日 (木)

• 0800 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 気温たかい． 0945 研究室着．
• 「蟻」解説まわりの作業をオワらせる作業のつづき． LaTeX 文書の MS わーど化はオワったので， こんどは図表の単離 → JPG 化． JPG とはいかにもばかばかしいので， PDF と PNG にしよう．
• 図表の単離化 …… LaTeX まわりでいろいろ工夫， 図 9 個 & 表 3 個をそれぞれ自動的に PDF/PNG 化するスクリプトを書く． 細かいワザがいろいろ必要で …… えーと， LaTeX で紙面を拡大する方法． こちら を参考にしたんだけど， プリアンブルに \mag 2000 と書くと全体が 2 倍になる．
• ImageMagick による「余白きりとり」は convert -trim input.pdf output.png．

• このあたりまとめて server にアップロード． お手数ですがダウンロードしてくださいメイルを 編集長・編集委員に送る． これで一件落着か ……?
• と思ったら編集長殿から即座に「図は JPG で」 とゆー指示が …… もーこーなったら JPG でも BMP でもなんでもやってあげますよ． こちらも速攻で自動図変換スクリプトを書きなおしてただちに対応 …… で， メイル送ってから「350 dpi で」 という指示を見落としていたことに気づき， またどたばたと改造． えーと， 解像度変更は convert -density 350x350 ...， か …… むちゃくちゃ図表ファイルがでかくなってしまった． メイル再送信． これで「蟻」解説まわりはひとまず終了か?
• 時刻はすでに 1330 ちかい． 「さっさとオワらせたい」 というアセりでどたばた作業してしまったせいなのか， 自滅的なぐったり感が …… ぐったりしつつ， 昼飯．
• 生態学会大会の 講演要旨集の電子化に関するアンケート があったので回答してみる． 紙も CD もいらないんじゃないでしょうか．
• 3/17 (火) からはじまってしまう生態学会大会の準備にとりくむ． 時間がない …… とアセる理由のひとつは一年以上放置しているウミガメ動態モデルに 関するポスター発表やらねばならない， というところにあるわけだが …… ポスター作業に専念できるように， GLM 自由集会 の準備をさきにすませてしまうことに． これは今年 1 月末の 授業 をかなり使いまわしをする予定．
• とりあえず二回分授業の LaTeX seminar ファイルをくっつけて， よけーなペイジを除去すると， 全部で 65 枚になった． 私は 30 分 + 30 分のハナシをするので， 分量的にはこんなものかな? 内容はこれからいろいろ変えなきゃいけないけれど． 追加も必要そうだな．
• 先日かいてた兼業届の書類が「かきなおし」 でさしもどされてくる． 「兼業と本務の関係 (兼業が必要な理由)」 を書けとかいうことで， 事務のヒトが示した文案をまる写しして 「データ解析の専門家として特に依頼されたものであり， 講義の実施により統計学的なデータ解析の普及の点で寄与が大きい」 などと書いて再提出しなければならぬ． やれやれ．
• 佐賀大の 野間口さん が翻訳された ベイズカエル本 が 「生態学のためのベイズ法」 として出版されることになり， 出版社のほうからなぜかしら私にも一冊送っていただいた． 御礼のメイルを送る． 九大にいたころ野間口さんには佐賀大 TREE セミナー などでいろいろ教えていただきました．

[日本語版カエル本]

表紙の写真は葉っぱだらけのように見えるが， ちゃんとカエルがのっている． 共立出版はさすがに理系本のつくりは丁寧で， 原著の「MS わーどの数式そのままはりつけ」 みたいなカッコ悪さはない． ちょっと気になるのは BUGS code の部分で， mean(x [ ]) とか dbern (p [i]) みたいにスペイスがやたらと入っているけど， これはそれぞれ mean(x[]) や dbern(p[i]) と書いて問題ない (まったく同じ結果になる)．

• 1700 より Trendy セミナー， 本日は Rob Jones さん (カナダ出身で森林総研北海道支所の PD) で昆虫たちは針葉樹内のどの部分の葉っぱを食べるのが好きか， 食べるとどうなるか， といったハナシ． 樹木内の葉っぱはいろいろな age のものが混在しており， 若い葉はヤワらかい・窒素多い・有毒であるのに対して 古くなるとカタい・窒素少ない・毒すくない， といった特徴がある． 虫たちは (generalist でも specialist でも) けっこういろんな age の葉を食ってる (foliage age mixing) ように見えるのでその説明がいろいろ考えられてきた: 若いときは若い葉・年とると古い葉を食う説; 混ぜて食うのが健康に良い説; 移動しながらその場その場で食うからいろいろ食う説; (よくわからんのだけど) preference = performance になってる説 (虫個体によってさまざまってこと?) などなど． 野外・室内実験してみると齢依存とか「混ぜると健康」といったハナシ はなんとなく通用しそう， といったことのよーで．
• 生態学会自由集会準備， も少しススめる ……
• 1850 研究室発． Rob Jones さんと (昨日から開催されてる) GCOE 会議ゲスト接待に出席 (といっても主催者は大学院生で，私は歩く ATM みたいなものだが)． 場所は 13 条門前の ゆきさわ司． GAME の Mark Lenz さん (ドイツ人) が目の前におられたので， Mark ってのはそれほど「ドイツふう」な名前ではありませんよね， とお尋ねしてみたら， たしかにこれは Latin ふうで Marcus の短縮形だね， とのこと． 2155 帰宅．
• [今日の運動]
  • いやはや ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.6 合． 豆腐・ネギの味噌汁． 鶏レバ・ハツのショウガ煮．
  • 昼 (1340): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1920): 接待．

2009 年 03 月 06 日 (金)

• 0755 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 0955 自宅発． 曇． 強風． ちょっと雨． 1010 研究室着．
• GLM 自由集会 の準備 …… はまだ完了したわけではないけど， 昨日の作業でとりあえず最低限の準備はできてしまったので， そうですね， うまくいくかどーかは不明瞭だけど， これから再来週火曜日までぽちぽちと 漸進的な改良をつづけてみることにしよう．

• ということで， ポスター発表の準備だ． ウミガメ． これは昨年度の修論 (動物生態) の下うけゆーか 「直前とびこみデータ解析代行」 であり， 例年のごとく修論要旨提出すべき 1 月なかごろまでには 計算終了・修論こぴぺ可能な説明文かきを終えていたわけだが ……
• なにしろ一年以上放置していたので， 当方のアタマの中からいろいろとぬけおちている． 計算も「とりあえずウミガメ個体群 6 地点の増減をベイズ推定しました」 といったあたりでトマっているわけで (最初は「7 地点の増減」と書いてしまった …… それぐらい何もかも忘れている) ……
• 可能であれば推定された事後分布をくみあわせて 短期将来予測みたいなモノを示せれば， ともくろんでいたのだけど …… 冷静に考えて再来週の水曜日のポスター発表にはまにあわない可能性が高い．
• とりあえず， アタマの中にウミガメ動態モデルを復旧していく作業．
• 昨年はこういうありがちな R 作図をしていたわけだが ……

• 「データから推定して知りたいこと」 は右側の g つまり個体群増殖速度 (マルサス係数) の対数なんだよね． 上では年ごとの「80% credible interval」 なるモノを図示している．
• で， おそらくこーゆーいつものごとき 「ゐんばぐすが吐きだした事後分布の○% 区間がアレこれだから」 といった論法は個体群生態学的にはまずい， というかあまり informative ではない， ってかんぢだ． 昨晩も深谷君がそう指摘していたが．
• 実際のところ， 個体群動態的に興味があるものとしては， たとえばむしろ「g の経路 (年変化)」に関する事後分布だ． すなわち， ゐんばぐすが吐きだした事後分布とは， 下の図のように「g の経路」 600 本あって， これらを使って …… とハナシを展開していったほうが便利 (生態学的な議論につながりやすい) でしょ， ということで．

• 上の作図はちょっと苦闘したので， R 作図てくにかる備忘録． 大量のデータを重ねて作図するときは 透過値指定わざ が便利であると昨年 12 月の R Advanced Tutorial で Thomas Lumley さんから伝授していただいたので， それを応用している． ま， ようするに「半透明なセン」を重ねていって全体を濃淡で示す， と．
• 透過値というかアルファ値の指定は簡単で， col = "#0000ff04" などと色指定すればよい． つまり col = "#RRGGBBAA" というふうに RGB 指定のうしろにフタけたの 16 進数で アルファ値を指定すればよい． あるいは rgb(red, green, blue, alpha) とか．
• かくのごとく半透過の指定じたいは簡単なのだけど， 問題は「どの device にだすか?」といったあたりだ． これは OS 依存なハナシになっていて， たとえばあなたが Mac OS X ユーザーだとすると苦労は少ない． しかし Linux だとけっこうしんどくて (ゐんどーづの場合は調べてないのでわからん) …… 教科書的には png() と pdf() が使えるハズなんだけど， Vine Linux だと前者はダメ (type= "cairo" と指定しても) で後者は OK．
• で， 学術ぢゃーなるへの投稿論文の図とかなら全部 pdf() に出力すればいいんだけど， ポスター発表とか投影資料とかの場合， ちょっとばかりヒネりたいとか， うまく PNG に変換して「カルく」したい， といったことも実現したいわけだが …… Adobe なソフトウェアが使えぬ Linux 環境での PDF ファイル操作， 「これぐらいのこと」 がなかなか (思ったようには) できないのである．
• そこでこの難所を突破するために， 第三の透過対応 device， つまり標準ではない (install.packages() が必要とされる) library(RSvgDevice) の devSVG() 関数 で SVG 出力しましょう， となる． SVG ファイルなら Illustrator もどきをめざしている Inkscape であつかえるからだ．
• で， この devSVG() を使ってみたんだけど， いくつか注意が必要だ．
  • 「ワクに入ってる」オブジェクトのみを SVG 出力してるようなだけど， この判定がキビしい …… 余白 (par(mar = c(下, 左, 上, 右)) などで指定) をじゅうぶんにとる必要がある
  • 上と同じ理由で， たとえば abline() で描いた「すごーく長い」線などは出力されない (lines() で線分を描いて代行)
  • 色が 「透過しすぎ」 だと少なくとも Inkscape 上では表示されない (表示される・されないの条件は複雑でよくわからない) …… 表示ではなく SVG ファイルに出力されてないのかもしれない
• 昼飯． ちょっと休憩． 6 地点の調査地ごとの図をならべてみる．

• ま， こういう図をながめているうちに思いつくのは， 「対数マルサス係数 g の経路 (年変化) の事後分布」 からさらに要約した経路ごとの統計量の事後分布を示してみる， といった発想でしょうな． たとえば 経路ごとの 「条件つき」 平均マルサス係数 (マルサス係数の幾何平均) または平均対数マルサス係数 (こちらはとうぜんながら，対数マルサス係数の算術平均) の事後分布ってのは個体群生態学的には興味あるところだ． 条件つき， の条件のつけかたの例としては， たとえば「1990 年以降の」 といったものだ．
• えーと， なんで個体群の増減にかかわるパラメーターばかりを 重視してるかとゆーとですね …… ひとことで言えば， 「脱」カメの簡単化のため． このウミガメモデリングもポスター発表したあとは論文かいてしまって 「脱」カメしたいんだけど， さてさてじゃあこれって生態学の研究としてはどんなものなの? と考えると (そういや，このあたりも深谷君と昨晩議論したな) …… これって個体群生態学のひじょーに基本的なモデリングなんだけど， 今までは 観測データとモデルの対応づけの方法に関してはでたらめでしたねえ， といったあたりだ．
• ところがこういう方法に関するハナシはなかなかウケないというか， 「従来の方法との比較」とかをまぢめに示してやるのは， 当方の労苦が多いばかりで (読みテによるけど) いんぱくととやらがないんだよね．
• で， もっと安易・お手軽な方向でまとめようと考えると …… Applied といった単語なんかをぢゃーなる名に含んでいるところ (さすがに conservation はイヤかも) にほうりこんでしまう， というのがひとつのテですな． だとすると「定量的な将来予測」 とかいうアヤしい確率論的な計算があると 当方の作文苦労が軽減されるはず， ではないかと． であるならば， 経路の事後分布から経路統計量の事後分布を作って …… と考えてるわけですよ． うむ， われながら安易だ．
• うーむ， しかしながら …… 「個体群」「個体群」なんぞと書いてはいるけど， 実際のところ「ウミガメの個体群」って何なのか， どう定義できるのか よくわからないんだよね (かなり遠方まで泳いでいってしまうため) …… まあ， 誰にもできないのではないかな．
• 窓の外は風雨 …… と思っていたら午後になって暴風雪となっている．
• またボルネオのコタキナバルにいる松田君からメイル． お花見おサル論文は Animal Behavior (そんなところに投稿してたのか!) でふたたび editor reject． うーむ， たぶん論文原稿の「ぱっと見」 つまり abstract とかあるいは私の作図なんかが問題あるんでしょうな． しかし果敢にもまた良いところに再投稿するとのこと．
• そして， テングザル写真をまた送ってもらった． 上から， 求愛しているオス， オスは鼻が大きい， メスは鼻が小さい， 写真．

• ウミガメデータ検討はいったんおいて， 今度はポスター準備てくにかるな周辺部をさぐってみる． web ペイジの更新． ウミガメ写真の探索 …… 世の中， 自由に使っていい写真ってなかなかないもんですね．
• そして LaTeX なポスター作成システムのみなおし． いままで， a0poster.cls のための見本についてた PStricks な「カドが丸いハコ・色 gradient」 を使っていたわけだが …… たとえば， これは二年前の屋久島葉寿命のやつ (これもさっさと論文化しなければなりませんな)．

• しかし PStricks わざを使うと PDF ファイル化するときに dvipdfmx が使えなくて不便だ …… とゆーのも， 昨年 10 月 の IPA font 導入で Ghostscript まわりが混乱， それによって日本語文字と英数文字の基準線が ちょっとずれてしまったよーで， dvips ではキレイな PDF ファイルが生成されないんだよね ……
• そこで PStricks わざを全廃， ハコなんかは \usepackage{color} の \fcolorbox なんかを使うことにすると …… dvipdfmx で問題なくポスター PDF ファイル生成できるし (しかも作業がすげー速い!)， まあ見てくれもそんなに悪くないかも．

• 1920 研究室発． 雨． もう冬は終わりつつあるのかねえ． ちょっと札幌駅の本屋による． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • …… 明日はうんどうしよう ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． 豆腐・ネギの味噌汁． 鶏レバ・ハツのショウガ煮．
  • 昼 (1250): 研究室． 米麦 0.8 合． 鶏レバ・ハツのショウガ煮．
  • 晩 (2100): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． ダイコンの味噌汁． リンゴ．

2009 年 03 月 07 日 (土)

• 0910 起床． よくねてしまった． 朝飯． コーヒー． 怠業．
• さっさと大学にいって生態学会準備を …… とは思うのだけど． とりあえずうんどう不足な日々がつづいているので， 今日はうんどうしてみる． 腕たてふせなどちょっとやってから， エアロバイク 30 分間． ひさしぶりの有酸素運動でばてた．
• うんどう不足なわりには握力はおちてない． というか改善されてる． 右 43 kg， 左 47 kg (私は左利き)． これは同年齢の日本人平均 (51-52 kg) より低いのだけど， 以前 はもっと低かったわけで ……
• 昼飯． 1420 自宅発． 雪． 1435 研究室着．
• うんどうすると， きぶん的にはすっきりするのだけど， アタマもぽーっとする．
• ぽーっとしながらメイル書き．
• ぽーっとしてたら雑用書類かきの泥沼におちた．
• 1850 研究室発． 真冬にもどったような雪． うーむ， 生態学会大会の準備は何もすすまなかった． まあ， メイルの返信が片づいたからいいけど． 1905 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 背筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． エアロバイク 30 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): シリアル．
  • 昼 (1330): イソップベイカリーのクロワッサン．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． ダイコンの味噌汁． ニラ・ブナシメジ・豚肉・卵の炒めもの．

2009 年 03 月 08 日 (日)

• 0910 起床 …… 生活周期のずれ， なかなか修復できん． 朝飯． コーヒー．
• 昨日やってた雑用の余波の雑用．
• 生態学会大会のウミガメポスターの準備が気にかかるが …… とりあえず「脱」うんどう不足な生活をめざして， うんどう．
• 昼飯． あれこれと時間をとられてしまって， 1525 自宅発． 晴． 気温たかい． 1540 研究室着．
• 夜までかかって， ウミガメ推定結果をまとめた library(grid) 作図で試行錯誤してみる …… というのも下の図ていどの複雑さのレイアウトであっても， traditional な R 作図ではなかなかうまくできないからだ． library(grid) を使わざるをえない．

• さてさて， 問題はこのように PDF として出力した図を， LaTeX ポスターの中でうまく \includegraphics できるかどうか， だな．
• …… やってみたらうまくいった． ebb で図 PDF の bounding box を定義しておいて， \includegraphics な DVI ファイルを dvipdfmx すると下のごとし． なぜか Ghostscript 呪われの シンボル (マル) ばけも解消されている?

• PDF とりこみという技術的な問題も少し解決したので， 本日はここまで． 2105 研究室発． 買いもの． 2130 帰宅． 体重 71.4 kg．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 30 分． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.8 合． ネギ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1430): モリモトのサンドイッチ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・豚肉のカレー． ヨーグルト．

2009 年 03 月 09 日 (月)

• 0840 起床． よくねた． しかしながら， あいかわらず生活周期ずれぎみ． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• またちょっとウミガメ作図プログラムの修正．
• 1015 研究室発． 北大構内北部にある高等教育機能開発総合センター (旧教養部，おおげさな名前ですな) の大講堂で 3/12 (木) 二次入学試験後期日程の説明会．
• 毎回毎回おなじ内容なのだが …… アドミッションセンター (旧入試課，おおげさな名前ですな) の権力を見るにつけ， 北大における「品質保証」みたいなものの実現にあたって， 学部入試に北大リソースを徹底的につぎこむ， という姿勢がうかがえますな． これが入学後の授業・学生入れ換えになったりする日がくるのだろうか ……
• で， アドなセンターの権威を示すために， 総長なヒトに 冒頭 3 分ばかりの訓示などさせてみたりするのが いつもの北大方式の「権威づけ」 なのだが …… 「えー，受験生はたいへんないーぶ になっておりまして，監督員の皆さんには」 …… 総長， それは なーばす (nervous) では?
• 一時間ばかりで釈放される． ついでに北部生協で USB メモリなど買って， 1145 研究室にもどる．
• なんだかあれこれメイル書き， とか．
• 昼飯． 院生となぜか本願寺雑談． ふーむ， この Wikipedia 記事 本願寺の歴史 はおもしろい．
• R 作図わざ本の原稿チェックの進行状況確認のメイルが …… 今月末には再開します， と返信してみる．
• ここ半年ばかり教授会のたぐいは全部欠席しているのだが …… 定数がそろわないのか， 総務から電話があり明日の午前・午後の会議に 出席しなければならぬことになってしまった． とほほ．
• ウミガメポスター準備のつづき． Kamouda ちょっと見にくいか?

• モデルの概念図かきに時間をとられる …… とりあえずポスターの上 1/3 ぐらいはウマってきた．

• 2050 研究室発． 2110 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・豚肉のカレー．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・豚肉のカレー．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． ホウレンソウのおひたし． ホッケ．

2009 年 03 月 10 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0905 研究室着．
• 0930 から 2F 講堂で教授会． こういうのは極力出席しないように努力してきたわけだが， 昨日は電話で事務からの電話で「出席するのかしないのか」と問われて， つい「出席します」などと答えてしまったので出席． 今度から会議の案内がきたら， 即座に欠席しますメイルを返信することにしよう． 最近はめんどうなので欠席メイルも出していなかったので．
• で， 一時間ちょいの会議中， 私にウミガメ計算したうけを発注した重田さん (昨年卒業) の修士論文原稿を読んでいた． この会議がなければまたポスターひねくり作業に没頭していたはずなので， 会議のおかげで読めたと言える．
• で， この修士論文よんでみて愕然とさせられたのだが …… これってだれも教員が (事実上) チェックしてないね …… まあ， これがこのあたりの修論の標準なのかもしれませんが． いくら読んでもどうやってウミガメデータがとられたのか， ぜんぜんわからない． 調査方法について具体的には何も書かれていないため， 「その， 『ウミガメの上陸数』って何ですか? どういうデータなんですか?」 という質問にもまったく回答できない． こりゃー， こまった ……
• いやー， 私も完全に油断してたんで， この修論をほとんど読んでいなかったのだが (なお， 私は副査でもないし， 修論ファイルをもらったのは提出されたずっとあと) …… そもそもこのデータって (NPO法人) 日本ウミガメ協議会 が標準化した観測方法で全国の砂浜を調べてますってハナシだったから， 修論の「方法」section はその調査マニュアルの要点を丸写しするんだろう， と楽観していたのだが (動態解析モデル部分は久保説明文の copy & paste だったので) …… うーむ何もない．
• 一時間ちょっとの教授会終了後に， いそいで ウミガメ協議会 のサイトを中心に具体的な調査方法の情報をさがしたのだが …… 内心でちょっと危惧していたとおり (というのも重田さんの修論の引用文献にそれらしきものがまったくなかったので)， やはり (少なくともネット上には) そのような情報はどこにもない． 50 年以上におよぶ長期 census データあるわけだが， これを使って書かれた論文なんかも (これまたネット上からアクセスできるところには) 実質的には何もない， とわかった．
• その後， 論文などしつこく探していたら， Hatase et al. 2002. Marine Ecology Progress Series 245:299-304 に Minabe (和歌山県南部町千里浜) の調査地の長さが 1.4 km その他， 調査方法について書かれていた． この程度の情報でよいんだけどなぁ ……
• さらに検索工夫の努力を重ねてみると …… 環境省生物多様性センターのモニタリングサイト 1000 のサイトに ウミガメ調査検討会配布資料 といったペイジがあった． おそらくこれがネット上でもっともよくまとまっている 本邦ウミガメ調査方法に関する資料サイトだろう．
• で， その「ウミガメ類調査マニュアル 平成 21 年度版」 なるものを読んでみたのだが …… 依然として「ウミガメの上陸数って何です?」 といった基本的な質問にきちんと答えられない …… とりあえず， データ解析で使っている 6 地点に関して， これさえわかればよいのだが． わかるのは， 全国 41 海岸ごとに測定される， 場所ごとにやりかたがちがってもよい， 初上陸日から最終上陸日までカウントする， といったあたりだ．
• 各海岸のどれぐらいの範囲を， どの程度の調査努力 (パトロール頻度など) で調べるのか， これがちっともわからない． ウミガメなヒトたちには「常識」なのかもしれませんけどねえ ……
• 海岸ごとに異なる， というのであればそういうデータベイスなんかもあればよいのだが， とうぜんながらカゲもカタチもない． 少なくともネット上には (あとからメイルいただいたのだが …… ネット上以外でもなさそう)．
• (2008-01-04 から始まる) ウミガメしたうけ開始時に 上陸数に関してあれこれ確認したときには， たしか「500 m ぐらいの区間をとって」 といったハナシを聞いたような気がする (つまり sampling effort が標準化されている， と思っていたわけですな)． しかしどこにもそういう情報はない ……
• いやー， この logistics 的な側面の貧弱さはちょっとやばい …… さっさと論文かいて 「脱」カメ「脱」カメ， などと計画していたわけだが， それすら不可能かも．
• とりあえずポスター発表の共著者お二人に質問メイルを書いてみる．
• 1400-1600 ふたつの会議に拘束される． なンで一日に三つも会議があるかといえば， 研究院の会議， 学院の会議， またも一度研究院の会議があったため． 研究院てのが教員の組織で， 学院が大学院生の所属する組織． 本日はどちらも会議もやたらと投票． 次の研究院長・学院長その他をきめるため． ローマ法王の選挙じゃあるまいし． 厄日だ．
• 拘束されてる時間中， ひたすらウミガメ論文など読んでた． 窓の外はけっこう強めの吹雪．
• ウミガメ質問， すぐに回答いただいた． やはり調査地によってかなり調査区間の長さが異なる． そして調査期間も．
• まず調査期間については， これはまあ調査サイトごと・年ごとに異なるんだけど， 「一年間ぜんぶ，上陸は全部みた」 とゆーことになるそうで． 調査努力に関しては， 夜じゅう何度も見まわりするサイトもあれば， 朝になってウミガメ匍匐あとをカウントするサイトもある， と．
• 次に調査区 (砂浜) の長さだが …… 現在のモデルではこれは推定結果にあまり影響をおよぼさない， とわかった． はしょって言えば， 「個体群サイズが大きい」 「個体群密度が高い」 このふたつはベツものなんだけど， この統計モデルの個体群変化速度の推定上では， どちらでもよい， ということ． まあ， モデルの説明するときには個体群サイズと個体群密度を 混同せぬよう気をつける必要ありますが．
• けっきょくのところ， 「上陸数って何?」 といった質問に対する回答としては， ある砂浜 (長さはさまざま) において一年間に観察された全上陸数， といったことになりそう． そしてとりあえず， 今回あつかう 6 地点の 砂浜の長さはわかった．
• といったことを考えつつ， ポスター作業をすすめる．

[疑似 BUGS code]

モデルの説明は図と疑似 BUGS code でやってみることに． はたしてどうなることやら． なぜ「疑似」かと言えば， 少なくともゐんばぐすの BUGS code では dpois(exp(log.y[t])) といった書きかたが許されないため．

• あとは文字をうめれば， ポスターの「上半分」は完成だな． 問題は「下半分」だが． なかなか作業の進捗が遅いね． いつものことながら． 2055 研究室発． すでに雪はやんで晴れてる． 寒くて歩道はつるつるに凍結． 2110 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯． 寝不足ぎみなので， 風呂に入ってちょっとのんびりしてすぐ寝た．
• [今日の運動]
  • ねぶそく休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・豚肉のカレー．
  • 昼 (1300): 研究室． カロリーメイト． あじけない．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ネギ・ニラ・ハム卵炒飯． ヨーグルト．