ぎょーむ日誌 2009-03-04

2009 年 03 月 04 日 (水)

• 0710 起床． ねむい． うう． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 弁当の準備． 0855 自宅発． 晴． どうも真冬日の日々は終わりつつあるようで． 0910 研究室着．
• 二週間後には盛岡でポスター発表しないといけないので (しかもその前日は GLM 自由集会)， さっさと準備に着手したいのだが …… 今日も着手できないのでは， と懸念している． データ解析こんさるメイルかき数件， 昨日の食中毒菌 BUGS code まわりの整備， そして「蟻」提出版の準備 …… なんかがあって， ですね．
• Linux からちょー巨大 PDF ファイルを印刷しようとすると， うまくいかない場合がある． しかしそのファイルはゐんどーづからだと印刷できた． おそらく printer driver の差， ではないかな．
• …… とりあえずメイルかき終わった． けど， 午前もオワった ……
• ばてたので昼飯．
• 昨日の食中毒菌の BUGS code の整備， さらにこれを JAGS でも動かせるように library(rjags) な R コード整備 (cf. R で JAGS)．
• 試運転． 残念ながら JAGS は遅い． WinBUGS が (Linux 上の Wine 上で動かしてるにもかかわらず) 100 秒 で事後分布を推定した 食中毒菌増殖実験の時系列データの統計モデリング， 同じ BUGS code を使って 350 秒 を必要とした． まあ， 他の場合でもだいたいこんなかんぢ．
• JAGS が遅いというより， ゐんばぐすが何か超絶な黒魔術わざを使っているんだよね …… このあたりは依然として秘密のまま． まあ OpenBUGS のコードを読解すれば何かわかるのかもしれないけど， それってごうもんだよなぁ ……
• 推定計算結果は JAGS でも WinBUGS でも同じ． これは JAGS が努力して追いついた， ってなかんぢがしますね．
• とりあえずダウンロードできるようにして， 小関さんにメイルかき． これでこれは一件落着， か．
• 「蟻」解説方面を終わらせる努力． まずは (おいそがしいところ) 原稿を読んでくださった恒岡さんのコメントを原稿に反映させる． しかし私ってホントに注意力がないというか ……
• これで原稿としてはいちおー完成． 問題は次． 文書のわーど化 (うへー)， 図表の別ファイル化だ． 私としては (「蟻」誌面サイズである) B5 でこういうふうに原稿を準備してみたんだけど ……

• 編集部のほうでレイアウトとかぜんぶやりなおすので， わーどファイルで出せ， というお達しで． まあ， しょうがないですな．
• LaTeX からのテキスト変換だが …… 今回は BibTeX な部分があるので， dvi2tty でやってみることに． dvi2tty -e-11 -v 500000 -w 132 kubo2009ari.dvi ぐらいでいいかな? よけーなスペイスが入るが．
• このあたり手作業で修正せねばならぬ． まあ Vim の正規表現な置換で切りぬけるわけですが．
• ふと気になって， 再投稿後 78 日が経過してしまったアリ論文の消息を お尋ねするメイルを書いてみる． 墓穴にならねばよいのだが．
• 「蟻」解説， dvi2tty なテキストファイルの Vim 処理はオワった． 次はわーど， か． イヤだなー
• と書いて (ふだんはなぜか本棚の上におかれている) ThinkPad を机の上に移そうとしたら， イヤな気分が伝わってしまったのか， いきなり shutdown してしまった． そうか， 君もイヤか．
• かくのごとくイヤがってる Thinkpad 上で VMware を動かして， その上でゐんどーづを起動． わーどの「書式指定置換」を駆使して原稿をなおしていく ……
• 九大の別所君が藻類の異型世代交代・同型世代交代の モデルを説明してくれるということなので， 一時間ばかり拝聴・議論する． いろいろめんどくさく時間変化する環境のもとでも， 切れ目なく世代交代する個体群の適応度はわりと単純な性質をもつ， といったあたりがおもしろい．
• ハナシが終わったあとにふと気づいたんだけど， 現物の生物あいてに生態学やってるヒトたちといっしょに 私なんぞがまがりなりにも共同研究やモデリング議論をやっていける理由は， 彼ら・彼女らの対象生物ではなく観測データを相手にしているからだ， という気がしてきた． 生態学研究者のアタマの中にある生物をもちだされると 当方はいちじるしく劣位な立場になるんだけど， (アタマの外にある) データセットをあいだにおいて議論してるぶんには もう少しマシな状況になる， と．
• アリ論文について BES に問い合わせたわけだが， 何ごとにつけすばやい Tatiana Czeschlik 編集長殿 (先日もお花見おサル論文を即座に editor reject してくれた) がただちに調査してくれて …… 一人の査読者は大昔 (a long time ago) に返しているんだけど， もう一方がすでに二度の督促を受けているにもかかわらず …… とゆー初投稿時と同じパターン． 来週までに何とかしてくださるそーです．
• LaTeX ファイル → DVI ファイル → テキストファイル → わーどファイル， とゆー苦行， なんとか終了した． 今回はアリなヒトたちむけの解説で， 数式が少なかったので比較的マシだった． あとは図表か ……
• しかしチカラつきたので撤退． 1845 研究室発． 1900 帰宅． 晩飯．
• うーむ， 作業のつづきに着手できん ……
• どーでもいいけど先日のガス代は 8475 円． あいかわらず高い．
• [今日の運動]
  • よくない生活周期だなぁ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): シリアル．
  • 昼 (1210): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 鶏レバ・ハツのショウガ煮．
  • 晩 (2000): 米麦 0.8 合． 豆腐・ネギの味噌汁． 鶏レバ・ハツのショウガ煮． ヨーグルト．