ぎょーむ日誌 2009-03-03

2009 年 03 月 03 日 (火)

• 0800 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0945 研究室着．
• 朝から晩までネギとろ用マグロ (すき身) 中の食中毒菌の統計モデリング． 今日午後に食品総合研究所の小関さんがこちらに見えるので．
• 小関さんの原案は当方の ウミガメ モデル (嗚呼，二週間後に盛岡でポスター発表しないといけないのにまだ何も 準備できてないよー) を改造しようとしたものなのだが， R からどうやってデータなどを指定したらよいかわからないので， といったご相談 …… あのウミガメモデルのデータ構造はすごいややこしいんですよ．
• R で JAGS な小関さんのコードを書き直してるうちに …… もっと簡単なデータ構造のモデル (ただし無駄計算の量は増える) に直してみたらどうだろう， という方向で改善してみる．
• ひととーりできたので JAGS を走らせてみたのだが …… library(rjags) 経由のせいなのか， どこに問題があるのかよくわからん．
• ということで， 同じ BUGS code をゐんばぐすで動かせるように R スクリプトを準備する． ああ， アホなまちがいがぼろぼろと見つかる ……
• ばてたので昼飯．
• しかし WinBUGS で計算させてもえらく時間がかかる．
• 計算がおわらぬうちに小関さんがみえる． MCMC 計算ススめつつモデル改良などについて説明．
• 説明すべきことがひととーり終わってしまうと， 「逃げ場なし」 その場でリアルタイムなモデル改良が始まってしまった． これは現在の改良内容を説明しつつのコード書きとなるので， すごくすごくクタびれる ……
• やはりこの無駄計算おおい簡易データ構造版は どうヒネくっても激オソとわかったので …… けっきょくチカラわざでウミガメモデル型になおしてしまう． うをー，これは速い!
• 18 時ごろまでかかって本日の計算は終了． 最終的には 120 秒ぐらいでほぼ収束するようになった． BUGS code， 事後分布表．

• しかし二種類の菌の相互作用はよくわからず， それぞれ自己抑制的な密度効果が特定できただけだった …… これほど細かい動態データがあるにもかかわらず， 種間相互作用は推定できんものなのか ……? うーむ ……
• ぐったりしつつお茶部屋でぐったり晩飯．
• ぐったりぎょーむ日誌かき．
• ぐったりデータ解析こんさるメイルかき．
• 2115 ぐったり研究室発． 2130 帰宅．
• [今日の運動]
  • ぅ--
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル． ヨーグルト．
  • 昼 (1300): 研究室お茶部屋． 院生チャーハン． サラダ．
  • 晩 (1820): 研究室お茶部屋． 院生チャーハン． 春雨スープ． リンゴ．