[A606 実験室奥]
Dalton 社製の実験台．
おそらく電源コンセントなし．
備品番号: 北大庁 環 ク-3-34
(ただし「ク」の部分は手書き文字が汚くて判読困難)
実験台の点検の実施について（協力依頼） 本学に設置されている (株) ダルトン社製コンセント付実験台の一部において， 配線の取り付けが不十分な箇所が発見されました。 ついては，漏電等の危険があることから，全学に設置されている同社製 コンセント付実験台について，下記のとおり点検を実施します。 点検の実施に当たっては，同社の技術者が財務部担当者の立会いの下， 行うこととしますが，立会いのご協力をお願い致します。 また，事前調査としまして，ダルトン社製実験台を設置している研究室を 把握する必要がありますので，該当する研究室の部屋番号を回答願います。 ◆回答期限・回答先 平成２０年１月２３日（水）１７時まで 事務部会計担当：kaikei@ ◆注意事項 ダルトン社製のどの実験台が該当製品なのか判明しておりません。 下記の点検の際にすべての実験台を確認しますので，ダルトン社製実験台を 有する場合には必ずご連絡願います。 ※コンセントが付いていない製品については調査対象外とします。
陸域生態の久保です．件名に関して A 棟 A606 実験室 (南側) について調査し たところ， 1. 部屋の奥にある小さな実験台 (北大庁 環 ク-3-34) はダルトン社製でした が，おそらく電源コンセントはついていません 2. 部屋の入口側にある大きな実験台 (北大庁 環 ク-3-20) は製造会社のシー ルがないので不明です．しかし同じ部屋にダルトン社製の実験台があるの で，ダルトン社製の可能性はあります 備品番号 (ただし「ク」の部分は手書き文字が汚くて判読困難) から備品の台 帳にあたって検査該当製品かどうか調査してください．
gs
や
dvipdfm との相性
(日本語文字 TrueType font のあつかい)，
ってコトかもしれんけど．
たいへんまっとうな本．
冗談ではなくこういう本があるので，
私などは安心して
講義のーと
とか書き散らせるわけで
……
夕方からの授業では
現物をもってさっそく紹介してみた．
粕谷（九大・理）です。「minorant」ということばにはどんな日 本語が当てられているか教えてください。と質問されてたので， 授業準備の現実逃避の一環としていろいろ調べてみた．
北大の久保です．私も初めてきくコトバですが…… 調べてみると minorant は英語ではなくフランス語のようで http://fr.wikipedia.org/wiki/Majorant 英語だと lower bound http://en.wikipedia.org/wiki/Upper_bound つまり下界ということになります． http://ja.wikipedia.org/wiki/%E9%A0%86%E5%BA%8F%E9%9B%86%E5%90%88
通信障害について(2008/1/22) 本日16時前頃より、全学でHINESの通信に障害が発生しました。 19:15頃より一時的に復旧しています。 障害の原因が判明しておりませんので、今後調査を続け原因の特定を行います。 また、再度障害が発生する可能性がありますこと、予めご了承ください。 大変ご迷惑をお掛けし、申し訳ありませんでした。とのこと． 「一時的に復旧」 って何なの? (後記: 今回はルーターがぶっこわれてたそーで)
library(MASS))
でケリをつけることができた．
しかし観測 vs モデル予測の図を
よくみるとやはりこれも階層ベイズモデル化すべきだったのかもなぁ
……
glm.nb()
はうまく計算できない．
そこでお約束のごとく zero inflated な GLM すなわち
zicounts()
にマル投げしようかと思ったんだが
……
これはモデル選択がかなりたいへんになるんだよね．
zicounts()
用の model selector を作るか
「めんどうになったらベイズ」
ドクトリンを適用して library(R2WinBUGS)
を召喚してやるところだが
……
テがないので
「zicounts()
でモデル選択したければ手作業でやるしかないんでは」
などとテキトーなることを言って撤収しようとしたんだけど
……
言ってしまってからしばらくして，
もひとつ策があることに気づいた．
つまりハマエンドウの花芽を「つける・つけない」は
glm(..., family = binomial)
にてモデリングして，
「つける」という条件のもとでの (つまり花芽数 > 0)
花芽数に関しては
(あの先日ちょっと調べてみた)
library(VGAM)
のvglm()
が使えるではないか!
library(lattice)
な作図は試行錯誤になるので，
ここに R コードをはっておく．
今回も過去の「ぎょーむ日誌」
(2007-07-03
とか
2007-08-02
とか)
に助けられた．
source("read.data.R")
library(lattice)
st <- trellis.par.get()
st$background$col <- "#dddddd"
trellis.par.set(st)
v.col.aa <- rainbow(18)
print(
barchart(
caa ~ site | id.m,
groups = aa,
data = dl.noNA,
stack = TRUE,
col = v.col.aa,
auto.key = list(
col = v.col.aa,
space = "right",
rectangles = FALSE,
reverse.rows = TRUE
),
layout = c(4, 2)
)
)
library(MASS)
の nnet() で生成された
人工にゅうらるねっと
の例．
実データを正規乱数で修飾した炭化水素 (人工)
データ 200 パターンでトレイニングされた
あるにゅうらるねっとアリ個体．
上から出力層・隠れ層・入力層．
入力層は 25 個のけみかる感覚素子からなっている．
赤い結線はプラス，
青い結線はマイナスの加重，
太さは加重の大きさをあらわす
(加重がゼロにちかい結線は描画してない)．
入力層・隠れ層の数値は閾値．
pairs()
を工夫してみた．
二変量正規分布 (二次元正規分布; bivariate normal distribution)
の confidential region (信頼領域?) は
library(ellipse)
(
R Graphical Manuals の図)
の ellipse()
関数を使って描画．
pairs(..., upper.panel = pfunc1, ...)
の pfunc1 パネル関数はこんなかんぢで．
plot.ellipse <- function(x, y, level, col)
{
f <- is.finite(x) & is.finite(y)
x <- x[f]
y <- y[f]
exy <- ellipse(cor(x, y), level = level)
polygon(
mean(x) + exy[,1] * sd(x),
mean(y) + exy[,2] * sd(y),
border = NA,
col = col
)
}
pfunc1 <- function(x, y)
{
plot.ellipse(x, y, 0.8, col = "#ffff00")
plot.ellipse(x, y, 0.5, col = "#eeee00")
points(
x, y,
col = c(rep("#ff4000", n.location), rep("#0000ff", n.location)),
pch = 21,
cex = v.col * 0.25
)
usr <- par("usr"); on.exit(par(usr))
par(usr = c(0, 1, 0, 1))
rect(0, 0, 1, 1)
}
library(VGAM)
な vglm()
解析にとりくんでみる．
これの family = posnegbinomial
すなわち positive negative binomial 分布
なる positive なのか negative なのかはっきりしてくれー
な分布
(その実体はゼロが「見えない」負の二項分布)
なるモノがつかえるのだけど
……
これも glm.nb()
と同じくデータ数が少ないときは計算を途中で投げ出してしまう，
とわかった．
おとなしく
family = pospoisson
とする
……
実際のところ，
ちょっと overdispersion ぎみな気もするんだが．
install.packages("rgl")
でツマってしまった．
par3d.cpp: function 内の `void Specify(const char*, SEXPREC*)': par3d.cpp:128: error: invalid conversion from `const char*' to `char*' par3d.cpp:135: error: invalid conversion from `const char*' to `char*'Vine Linux 4.2 のもとでコンパイルするとこういうエラーがでる．
rgl/src/par3d.cpp
の 128 行目と 135 行目において
if (psmatch(mouseModes[mode], CHAR(STRING_ELT(value, i-1)), (Rboolean)FALSE)) {
となっているところを
if (psmatch(const_cast<char*>(mouseModes[mode]), CHAR(STRING_ELT(value, i-1)), (Rboolean)FALSE)) {
と修正すればよい
……
といった結論に到達するのに数時間を費やしてしまった．
TrueType-sazanami
だけにする
sudo apt-get remove)
sazanami
とかいうとなんだかイヤなかんじだけど，
ここに VLゴシックフォントファミリ
が同梱されているのである．
IPA font なんかも使いたいところだけど
……
おそらくまあやめといたほうが良いのでしょう．
