ぎょーむ日誌 2007-01-(21-31)

2007 年 01 月 21 日 (日)

• 1130 起床． 不調． 朝飯． コーヒー． 1445 自宅発． 曇． 1500 研究室着．
• 統計学授業の準備 …… を続けたいんだけど， とりあえずデータ解析こんさるとかのメイル書き & 院生の R プログラミングわんぽいんとリリーフ． 日曜日午後ってのはこういうことをする時間なのだろうか ……
• なぜか断続的にながびく．
• 外来メイルはいったんおいて， 授業準備 …… したいところだが， とりあえずシウリザクラ再計算． 2004 年 12 月当事の自作計算用 Perl スクリプトを解読． パラメーター設定変更． 再計算． メイルつけて永光さんにお送りしてみる．
• またメイルかき ……
• そして夜になってからよーやく明日の授業の準備． だめだ． やっぱり昨年の第 3 回の内容はあまり変更できん ……
• 2100 研究室発． 2115 帰宅． 体重 69.2kg．
• 準備， ぢりぢりと ……
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 : くってない
  • 昼 (1330): スパゲッティー． レトルトパウチドトマトソース．
  • 晩 (2210): 米麦 0.7 合． 納豆． ネギ・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁．

2007 年 01 月 22 日 (月)

• 0630 起床． 朝飯． コーヒー．
• 本日夕方の授業準備のつづき．
• 1000 自宅発． 晴． 1015 研究室着．
• 本日夕方の授業準備のつづき．
• 間瀬さんから先日の group ごと最大値さがし 問題の別解をご教示いただいた．

  > data2 <- NULL
  > lapply(unique(data$group), function(g) {temp <- data[data$group == g,]
    data2 <<- rbind(data2, temp[which.max(temp$y),]) } )
  

  なるほど! <<- 演算子 ってこうやって使えばいいのか!
• さらにスゴいわざも教えていただく (RjpWiki に投稿あったそうで)．

  > data2 <- NULL
  > by(data, data$group, function(i) data2 <<- rbind(data2,i[which.max(i$y),]))
  

  たしかに <<- 演算子あれば tapply() や by() の使いかたも変わるよな ……
• 本日夕方の授業準備のつづき． ときどき明後日の準備作業に移行したり．
• 今年度の科研費あまりぐあい． 粕谷さん科研 (久保わりあて 30 万円) のほうが松山大会旅費でぎりぎり使いきられる予定 (書籍・英文校閲・旅費で使われたことになる)． 逆に東さん科研 (久保わりあて 30 万円) のほうは 10 万ほど残っているけれど (20 万円は研究室用の消耗品・備品で使った)， 事務処理担当の三浦さんにおあずけしたほうがよさそうな状況のようなので， そちらで使っていただくことにする．
• モデル屋はカネを使わずに一年をすごすことができる (さらに圧縮可) という一例でした．
• 昼飯． 昼飯後も同じく ……
• 1600 すぎに教室に移動． 準備． お， 液晶プロジェクターが天井すえつけになった．
• 1630 から統計学授業． 内容は昨年 の第三回とほとんど同じ． 一時間ほどで終了してしまったんで， どうしよう …… と思っていたんだけど， 残り 30 分間は質疑応答でうまった． ありがたや．
• そして昨年も 60 分話して 30 分ぐらい質疑応答だった， と思い出した．
• 脱力． 2020 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.6 合． ネギ・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 地環研玄関の出張販売でかった 北大生協弁当． ひじきごはん．
  • 晩 (2110): 米麦 0.7 合． ネギ・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁．

2007 年 01 月 23 日 (火)

• 0900 起床． うーむ． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 雪． 1015 研究室着．
• 1030 より一時間ほど 研究室セミナー， 本日は庄山さんで知床 岩尾別・幌別台の植生復元 調査のハナシ． ハナシを聞いてるうちにアタマの中で， 限定的な植生データから何が言えるのか， といったちょっと別のてくにかるな問題の方向を検討してしまった …… これまた群集のベイズ的な問題， か．
• なぜか統計こんさるメイルかきあれこれがひたすら蓄積している． 教訓: 統計学授業とかやるとこんさるメイルかきぎょーむが増える．
• また北大生協と九大事務との航空券メイルやりとりも．
• Annika さんが母国スウェデーン王立アカデミーから 2007-2009 年日本滞在研究予算と自分の誕生日を祝うため， 自分でケイキをたくさん作ってきてお茶部屋で皆さんにふるまわれる (というのが北欧方式? とのことらしい)． 私もおしょうばんさせていただく．
• またメイルかきあれこれ． ふう．
• ようやく明日の準備にとりかかれる．
• 吹雪のなか， 昼飯調達のたびにでる． 生協中央食堂に到達した時点でチカラつきてしまったので， ここで昼飯をとって栄養補給． 1400 昼飯． また吹雪のなか研究室にもどる．
• またメイル & こんさるその他． そういうしーづんなのか．
• なぜか共立出版から本が送られてきたので， 写真撮影． この本の最大の衝撃はトンボ生態学者の野間口さんの お兄さん (?) が統計学者で， これはそのご兄弟 (?) による翻訳， というあたりか ……

[general LM 本]

一般化線形モデル (generalized linear model) ではなく一般線形モデル (general linear model) についての教科書 (出版社内のペイジ)． 一般線形モデルとは 「分散分析とか直線回帰とか言ってるけれど， その正体はどれも等分散正規分布 + 線形モデルですよね， それを明示的にあつかおう (つまり一般化線形モデルの一部だと自覚しましょう」 という趣旨の …… まあ歴史的には「なんでも正規分布」時代の最後の総括， というべきものか?

• ぢりぢりと明日の準備．
• 1915 研究室発． 1930 帰宅． 体重 69.2kg． 晩飯．
• ぢりぢりと明日の準備 …… しかしどうも眠いのでさっさと寝ることに．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.5 合． ネギ・ブナシメジ・豆腐・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1400): 北大生協中央食堂． 雑穀米 M， 豚肉おろしポン酢， サラダバー (海藻，春雨，サツマイモ)． 477 円． 622 kcal． 塩 3.7g．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・さつまあげの煮物．

2007 年 01 月 24 日 (水)

• 0415 起床． 寒い． 5 時間ほど寝た． コーヒー． 本日夕方の授業の準備．
• 朝飯． 準備つづき． 1030 自宅発． 曇． 1045 研究室着．
• 夕方までひたすら準備． ベイズの公式すら登場しないベイズモデル解説， というのはわれながらヒドいかも． しかし「とりあえずの説明」には不要なんだよね ……

• 1600 すぎ， よーやくひととーりできたのでアップロード …… まだまだ修正必要だろうな， などと思ってたら …… 今日の授業の PDF ファイル理解できない， というメイルがきたりしてアセる． うう．
• 1630 から 統計学授業． 参加者 20 名ぐらい． 今回のめいんは牛原さんの 屋久島データに対応する階層ベイズモデルを説明するところ． 久保授業で実データが登場するのは， これが初めてである (これまでは架空データばかり使ってた)． 1755 ハナシ終了 …… ほーら， 手ぬき説明でも 85 分かかった． やはり， というべきか本日はあまり質問もなくオワってしまいましたよ ……
• べいづ自由集会 までにはまだまだ修正が必要だなぁ， と反省しつつ撤退． 1850 研究室発． 1910 帰宅． 体重 69.4kg． 晩飯 …… あ， やっぱりばててる． アタマの中がホワイトアウトぎみ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0600): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ニンジン・さつまあげの煮物．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 北大生協弁当． ひじきごはん．
  • 晩 (2120): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・さつまあげの煮物． 豚肉の角煮．

2007 年 01 月 25 日 (木)

• 0650 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． よーやく札幌らしい雪の朝． まだまだ積雪しそう． 0925 研究室着．
• またメイルかきとか．
• 1000 からちょっとだけ 上田研究室 の牧口君とデータ解析相談． 生死時系列データであっても， 目的によってはいわゆる生存時間解析とか必要ではないよね， というような． しかしこのあたりもときどきは勉強せんといかんな．
• またメイルかきとか雑用とか． はい， 「1/24 の授業すんだら対応できます」 などと「先のばし」にしてたあれこれが蓄積していて， ですね ……

[三項乱数の例]

私の苦手なわりあいデータ． logit の世界の正規乱数から構築した三項分布の pairs() 図はこのようになる．

• こんさるメイルとか書いてたらすでに正午すぎ． lmer() の線形混合モデルは頑健な計算してくれる (無理矢理にでも推定値などを求める) んじゃないかしらん， などと根拠もなく思いこんでいたんだけど …… どうもけっこう小うるさい． なくなく link 関数を "log" から default ("identity") に変えると， これはまあ計算してくれるわけで．
• 昼飯．
• 永光さん執筆のシウリザクラ論文原稿よみ． 文章がわかりやすくて読みやすい． それにくわえて， 書かれている内容をすでにたいへんよく承知している (共著者だからあたりまえなんだが) にもかかわらず …… なんだか時間がかかる． 授業ぼけか?
• いやー， やっぱりくろーなる植物の繁殖生態って， 何を単位に考えればいいのかよくわからん …… あまり進化生物学みたいなことを考えたくはないんだけど， 種内競争に限定したとしても， そもそも植物は有限の資源 (まあ，場所，とか) とりあいをやってるわけで …… と考えると， やはり単位は genet だよな． うん．
• そのあたりの簡単なコメントを， とメイルかきに取りくんでみたものの， これまた書くのになぜか時間かかる．
• 今週の月曜日にやって 授業 の投影資料内の書きまちがい (最尤推定量の導出のところ) について 中澤さん からありがたくもご指摘いただいたので， さっそく (「使いまわし」もとの 昨年 ぶんも含めて) 修正 & 再アップロード．
• 授業ぼけ治療と称して撤退． 1840 研究室発． 晩飯． 2030 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ニンジン・さつまあげの煮物． 豚肉の角煮．
  • 昼 (1400): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1930): 北 12 西 4 「ねこや」のばんごはん． チキンソテー， ドミグラスソース．

2007 年 01 月 26 日 (金)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 1005 自宅発． 晴． 1020 研究室着．
• いきなり A 棟 8F 闇ネットの DNS server がコワれてた． 修復に 20 分間ついやす． 原因・server 停止時刻不明． うーむ …… 午後になってからわかったんだけど， これはまたしても昨晩の A 棟 8F の停電がきっかけの 今回もまた復旧操作に「まきこまれて」 この部屋の電力がオトされてしまったわけだ． web server 機のほうは無停電装置で助かったけど， DNS server 機は無停電装置がついてなかったので死んだ， ということ．
• メイル書き． データ解析がらみの下うけプログラミング． さらに A 棟 8F 内データ解析こんさる．
• 昼飯． 甲山さんがあちこちテをひろげて予算を獲得しようとしている， といったハナシとか． うーむ …… ホラふきにならないと研究費というのはもらえないものなのだろうか， と「カネがかからない研究」 をウリにしたい私としては考えこんでしまうのであった．
• てもとにある「授業がおわったらやらんといかんこと」リスト ……
  • 母子里論文しあげ
  • アカマツ「補償」現象 Bayes model 化
  • 富良野トドマツ 母→子 model
  • 地衣類繁殖 Bayes model 原稿かき
  • ECOAS 群集計算
  • 屋久島 再計算・ポスター準備・論文化
  このリストにはまだヌケがあるような気がするし (苫小牧 leafminer 再計算とかアリとか)， また突発的にいろいろと介入してくるんだろうけど …… むちゃです感ただようなぁ．
• まあ， まずは 三ヶ月ちかく も放置してる 母子里林冠モデル 論文原稿のしあげ (文章修正) & 投稿作業をせんといかんよね． はあぁ (ふかいためいき) ……
• しかしこれが 「いき馬の目をぬく」 てなかんじ (ホントか?) の分子生物学よりな方面とかだったら， 原稿ほぼ完成状態で三ヶ月も放置とかトンでもない， とかいう世界があるんだろうなあ …… 浮き世ばなれした統計モデリングやっててよかった …… などとのんびりしててはイケませんね．
• ぢりぢりと原稿なおし．
• しかし空腹でへろへろしてきたので撤退． 1800 研究室発． ちょっと雪． 1815 帰宅． 晩飯．
• データ解析こんさる試行錯誤 & メイルかき．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.6 合． 海藻スープ．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1850): 米麦 1.0 合． 豚肉の角煮． チンゲンサイ・ブナシメジ・ショウガのスープ．

2007 年 01 月 27 日 (土)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． ちょっとそうじでも， と思ったんだが …… アルミサッシ窓わくが完全に凍結していて窓の開閉不可能状態， になってしまった． 怠業． 隣の北 12 生協で買いもの． 道産米 10Kg， とか．
• 昼飯． 1210 自宅発． 曇． 1225 クラーク会館の 理髪店 で散髪． 前回は二ヶ月前か． なぜか本日は客が少ない． 1325 研究室着．
• 教訓． 研究上のことで追いつめると自爆する院生は少数派ではないかも． 今後はさらに増えるだろう．
• 母子里原稿改善作業をススめる．
• 1500 研究室発． 1510 駅すぐ北の映画館 蠍座． はなれ瞽女おりん． とても悲しいきもちで終わる映画． 日本海世界の風景と方言が美しい．
• なぜかぜんぜん別分野の他大学の先生と院生と楽しく晩飯． 2400 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): パンケイキ．
  • 昼 (1150): 米麦 0.5 合． チンゲンサイ・ブナシメジ・ショウガのスープ．
  • 晩 : 札幌駅ビルでごちそうになりました． ありがとうございました．

2007 年 01 月 28 日 (日)

• 1000 起床． コーヒー． 怠業． データ解析こんさるメイルかきとかも．
• 雪のふる午後はずっと怠業 ……
• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 昼 (1400): 北 15 東 3 「もりもと」のサンドイッチ．
  • 晩 (1930): 米麦 0.7 合． ニラ豚卵． ネギ・豆腐の味噌汁．

2007 年 01 月 29 日 (月)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 雪． これからの数日でそれなりの積雪ありそう． よーやく札幌の冬らしく． 0935 研究室着．
• こんさるメイル書き．
• 母子里 Gibbs 林冠 MCMC 計算原稿の修正しあげ作業のつづき．
• 昼飯．
• ひたすら作業のつづき． 窓の外はひたすら雪．
• 本文の修正はひととーり終わった． 2020 研究室発． 雪． 2040 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.5 合． ニラ豚卵． ネギ・豆腐の味噌汁． リンゴ．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2140): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・煮干の味噌汁．

2007 年 01 月 30 日 (火)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 昨日の修正原稿の点検作業． ひととーり点検したんで 1045 自宅発． 曇． 低気圧の接近によって， 本日は脱・真冬日． あ， 明日もなのか． 1100 研究室着．
• 原稿修正作業のつづき． コメント反映．
• 正午すぎ北大生協が航空券 (旅割) もってきてくれた． 松山往復 37600 円． 中断して手紙かいて九大事務に郵送する．
• 原稿修正作業のつづき ……
• 昼飯． 院生と話してるうちに 3 月の生態学会 松山大会 の宿泊予約 ど忘れしてたことに気づいた …… ネット・温泉・松山城まわり・安い， といった要件をみたす (しかし空港アクセスはそれほどよくないかもしれぬ) ホテル泰平 (本館)， 3/19 (月) 夜着の 3/23 (金) 朝発， 四泊．
• また原稿みなおし …… しかしこの仕事に関する集中力がキレてしまったように思えたので， make pdf してアップロード， 7 名いる共著者の皆さんにメイル書き． とりあえず一件落着したことにしよう．
• データ解析こんさるメイル書き． lmer() ユーザー数， 増大中．
• 現状はこんなかんぢ． 2 番 3 番に M1 下うけぎょーむが浮上してきて 他の項目が下に押しやられた (ぎょーむ強制力は個体間距離の二乗に反比例するため) …… そして， M1 下うけぎょーむはこの二つにとどまるものではない． そう， M2 がこちらのテの出せない領域に飛びこんでしまうと， 今度は今まで闇の深淵の中にひそんでいた その下のヒトたちが台頭してくるのである!
  1. 母子里論文しあげ → とりあえず共著者の皆さんの応答まち状態
  2. 石狩浜データ変換
  3. Pasoh 50 樹種データ解析
  4. アカマツ「補償」現象 Bayes model 化
  5. 富良野トドマツ 母→子 model
  6. 地衣類繁殖 Bayes model 原稿かき
  7. ECOAS 群集計算 (3/6)
  8. 屋久島 再計算・ポスター準備 (3/20)・論文化
  9. ベイズ自由集会 (3/20) 準備，とか
  ああ， それからここしばらくぼけぼけしてるあいだに， 査読がふたつ入ってしまった． 2/10 (土) と 2/23 (金) が〆切．
• ということで， 本来ならひと月ほど前に片づけておくべきだった 石狩浜 データ変換作業， 全四部構成の第二番ハマエンドウ篇にとりくんでみる． さてさて ……
• …… やはり石狩浜データは今年度最高難度のデータ構造をもつだけあって， なかなかひとスジなわでは情報救出できん． 撤退． 1940 研究室発． 1955 帰宅． 体重 69.2kg． 晩飯．
• 助教書類第二号， 明日提出せんといかんので以前のやつをちょっと書き直す． ついでにもう提出してしまう． 一件落着．
• うーむ， ハウスダスト， か ……
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.5 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): 納豆スパゲッティー． ダイコン・ニンジン・ネギ・煮干の味噌汁．

2007 年 01 月 31 日 (水)

• 0630 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 温暖前線通過にともなう雨 & 高温 (+3°C ぐらい)． まあ， 札幌市民の暮らしだの札幌市除雪コストの点からすると， こうやって路上の雪山が削られていくのはいいことなんだろうけど． ただし， 明日からまた真冬日の日々， という予報． 0925 研究室着．
• 母子里林冠 MCMC 計算論文原稿に関して， また小林さんからていねいなチェックをいただいたので， さっそく修正作業． 嗚呼， われながらいつもうかつというか …… make pdf 発令して再アップロード．
• 2007年度 統計関連学会連合大会， 今度は 9 月に神戸， か． うーむ， 発表とかできる状況にあればよいのだが ……
• 石狩浜問題にふたたびとりくむ．
• 昼飯はさんで作業はつづく …… うん? 「作業つづいて」 いるのか? ちっとも進捗しとらん．
• 今まで何十人ものデータファイルみてきたけど， いま目の前にあるのはその中でも最強級に呪われてしまっている …… ように思えてならない． いやいや， メンタル面で敗北しては救出できるデータさえも救出できなくなってしまう．
• 松山出張関係の (依頼出張) 書類かき． やたらとハンコおすことに． そして一点のしくじりに気づいた． 昨日， 航空券を郵送しちまったけどあれは生物事務室に送るのではなく， この紙切れどもといっしょに財務企画係とやらに送りつけるべきだったな． ということで， またお手数依頼なメイルかき． いやはや．
• 石狩浜データ救出作業， 進捗よろしくないので， ケガれ Perl コードをひねくって間接的にデータを探索するのは いったん止めて， 下水管の中で水泳するみたいな決意で 元データファイルをひらいてみる …… うう． 助けて． しかしながら， 飛びこんでみるとこれを扱う解毒あるごりずむ， ってのがようやくわかってきたような ……

[Gnumeric で開く]

そして眺める． 耐える． 考える ……

• ココロが疲労困憊してしまったので撤退． 1830 研究室発． 1900 帰宅． 洗濯． 晩飯．
• 夜もぷろぐらみんぐを， と思っていたんだけど健康に悪そうなので， 手先を動かす作業療法．

[廃バイク解体]

エアロバイクの解体作業． 部品に分割して「もえないゴミ」の日に捨てるため． なるほど， こういうしくみになっていたのか ……

• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.5 合． ダイコン・ニンジン・ネギ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 北大生協にぎり飯．
  • 晩 (2110): 米麦 0.7 合． シメサバ． ダイコン・ニンジン・ネギ・煮干の味噌汁．